Päivitys on Michael’s Domain

GE:n Äkta Avant -ohjelmiston päivittäminen Windows 10:een

Tue, 18 Feb 2020 00:00:00 +0000

Avant on GE Healthcaren Äkta-sarjan FPLC (nopea proteiinien nestekromatografia) -laitteiden lippulaiva. Käytämme sitä säännöllisesti, ja se on kaikkien käytettävissä Helsingin yliopistossa.Yliopistomme päätti toimia yhteistyössä Microsoftin kanssa ja estää kaiken verkkoliikenteen Windows 7 -tietokoneilta. Koska Äkta-laitettamme (ostettu vuonna 2015) käyttävät monet eri tutkijat, käytämme Microsoftin Active Directorya käyttäjien tunnistamiseen ja laitteen käytön seurantaan. Kun yliopisto lopulta sulki Windows 7 -liikenteen tammikuun lopussa, päivitimme lopulta HP-tietokoneen Windows 7:stä Windows 10:een . Ennen päivitystä otimme yhteyttä GE:hen varmistaaksemme, että FPLC toimisi. Vaikka yliopistomme käyttämän Windows 10:n rakennusnumero (Windows 10 Enterprise, versio 1809, rakennusnumero 17763.1039), ei ollut tuettu missään GE:n vuosien varrella julkaisemassa Unicorn 7 -versiossa (katso tämä ohjelmistoyhteensopivuustaulukko, jota en enää löydä GE:n verkkosivuilta: https://drive.google.com/open?id=1cA33lEqfEr0MIaA8r9TyoQFcxiHWuZsp) , meille vakuutettiin, että ohjelmisto toimisi edelleen. Valitettavasti tämä ei pitänyt paikkaansa.**Paikallinen päivitys vai puhdas asennus?**Teimme Win7:stä Win10:een paikallisen päivityksen. En ole koskaan pitänyt näistä. Edes hieman paremmilla käyttöjärjestelmillä, kuten macOS ja Linux , paikan päällä tehtävät päivitykset eivät ole aina sujuneet ongelmitta. Uusi asennus on aina ollut turvallisempi (ja myös nopeampi) vaihtoehto.YhteysongelmatPäivityksen jälkeen Unicorn 7 alkoi menettää yhteyden Äkta Avant -laitteeseen käynnissä olevien proteiinipuhdistusajojen aikana. Manuaalisissa ajoissa voimme selvästi havaita, että tietyt komennot laukaisivat yhteyden katkeamisen. Äktan LCD-näyttö pimeni ja laite käynnistyi uudelleen. Luonnollisesti epäilimme, että tämä johtui Windows 10:een tehdystä päivityksestä. Koska Unicorn 7.0.2:ta ei ollut testattu toimimaan meidän Windows 10 -versiomme kanssa, halusimme ensin yrittää päivittää Unicorn 7:n versioon, joka oli testattu meidän Win10-versiomme kanssa. Olin jo joulukuussa pyytänyt kyseistä päivitystä GE:ltä, mutta pyyntöni oli jätetty huomiotta, ja minulla oli tuolloin paljon muuta tekemistä, joten en vaivautunut palaamaan asiaan (jälkikäteen ajateltuna suuri virhe).OhjelmistopäivityksetSe, mitä Chrome ja Firefox tekevät viikoittain hiljaa taustalla (käyttäjän huomaamatta), vaatii GE:n tapauksessa käyttäjältä lähes kahden viikon täysipäiväisen panostuksen. Yksinkertainen lataus saattaisi toimia Bio-Rad , mutta GE vaatii monimutkaista, sekavaa, epäselvää, käyttäjäepäystävällistä, jatkuvasti muuttuvaa ja GDPR-säännösten vastaista järjestelmää, joka lisäksi sijaitsee palvelimilla, jotka tuntuvat niin hitailta, että ihmettelee jatkuvasti, onko selainvälilehti jumiutunut. Mitä siihen sanottavaa, GE:n verkkosivut ovat aina olleet tällaisia huolimatta lukuisista uudistuksista ja GE:n digitaalisesta muutoksesta. Minun ja erilaisten GE:n tukiosoitteiden välinen sähköpostiketju käsittää tänään 60 sähköpostia (alkaen ensimmäisestä tukipyynnöstäni 2. joulukuuta 2019). Tämän lisäksi on käyty myös melko paljon puhelinkeskusteluja (koska sähköpostia näyttää usein pidettävän oletuksena ”ei-kiireellisenä”).Tietosuojaan liittyvät huolenaiheet GE:n asiakastietojen käsittelystäKun olin tehnyt lataustilauksen, saanut tarjouksen, vahvistanut tilauksen ja saanut tilausvahvistuksen, sain vihdoin ”luvan” ladata Unicornin uusimman version (eli 7.5). Kirjauduin GE:n ”eDeliveryPortaliin” vain huomatakseni, että pystyin näkemään monien muiden GE-asiakkaiden ohjelmistokäyttöoikeudet ja lataukset, mutta en yhtään omaani. Jonkin verran edestakaisin viestittelyn jälkeen versio 7.5 ilmestyi vihdoin latausluettelooni. Lisenssini puuttuu edelleen tänäkin päivänä. Mutta miksi vaivautua? Voisin käyttää mitä tahansa muuta lisenssiä (väärennettyäni tietokoneeni MAC-osoitteen, sillä ohjelmisto on ilmeisesti sidottu tiettyyn tietokoneeseen sen verkkokortin MAC-osoitteen kautta). Tämä on selvä GDPR:n rikkomus, sillä ei ole mitään syytä, miksi tietoni (käyttöoikeustunnukset, MAC-osoitteet, nimet, sähköpostiosoitteet) pitäisi olla muiden asiakkaiden saatavilla. Voi olla, että GE pitää Helsingin yliopistoa yhtenä asiakkaana; se olisi jo suunnittelultaan GDPR:n vastaista.Järjestelmän konfiguraatiotiedostojen (eli laiteohjelmiston) etsiminenEmme kuitenkaan olleet päivittäneet järjestelmän konfiguraatiotiedostoja, koska en ollut löytänyt niitä GE LifeSciencen verkkosivuilta . Käytössämme oli versio 3, kun taas uusin versio oli 3.6. Huomionarvoista on, että nämä tiedostot sisältävät myös yksittäisten Äkta-komponenttien laiteohjelmiston. Näyttää siltä, että tämä latauslinkki on piilotettu huolellisesti. Tarvitsin GE:n apua sen löytämiseksi. GE LifeScience -verkkosivustolla on hakutoiminto, ja haku jopa löytää kyseisen lataustiedoston. Se on kuitenkin ehkä viimeinen kohde lähes 1000 osuman luettelossa (10 osumaa/sivu). Yksi vinkki GE:lle: Google osaa hakea! Jos vain antaisitte Googlen indeksoida koko verkkosivustonne, asiakkaat löytäisivät kaiken Googlen haun kautta. Monet yritykset käyttävät Googlea sisäisen verkkosivustonsa hakutoimintoon. GE näyttää kuitenkin avaavan hakukoneiden indeksointiroboteille vain tuotesivunsa, mutta ei tukisivujaan. Missä lisenssitiedostomme ovat? Laitteen kokoonpanon päivittämisen jälkeen ongelma jatkui. Lähetettyämme järjestelmäraportin (ja sen jälkeen toisen, ”laajennetun” järjestelmäraportin) GE päätteli, että syynä oli todennäköisesti paikan päällä tehty päivityksemme Windows 7:stä Windows 10:een, koska he havaitsivat joitakin epäsäännöllisyyksiä SystemEventLog.xml-tiedostossa. Minulla ei ollut syytä epäillä tätä selitystä, joten pyysin IT-tiimiltämme puhtaan Windows 10 -asennuksen. Asensin sitten Unicorn 7.5:n, mutta huomasin, että ongelma ei ollut kadonnut. Sivuhuomautuksena: Meillä oli itse aiheutettu ongelma lisenssitiedostomme (.lic) kanssa. Unicornin asennusohjelma vaatii lisenssitiedoston asentamista, mutta en ole koskaan nähnyt sitä ladattavana missään eDelivery-portaalissa (olemme saaneet nämä lisenssitiedostot sähköpostiliitteinä suoraan GE:n tukihenkilöstöltä – miksi niitä ei ole saatavilla ladattavina, kun ne ovat alttiita katoamaan?). Meidän olisi pitänyt tehdä kopio lisenssitiedostostamme ennen kuin tyhjensimme tietokoneemme puhdasta Windows 10 -asennusta varten, mutta unohdimme sen, ja jouduin kaivamaan lisenssitiedoston esiin järjestelmävarmuuskopiosta, jonka olin onneksi tehnyt kyseiselle koneelle vuonna 2016. Ja etsin edelleen lisenssitiedostoja eri järjestelmäkomponenteille (Classic Evaluation ja Column Handling), joita ei ollut vielä asennettu, kun tein järjestelmävarmuuskopion.Paluu Windows 7:äänVarmistaaksemme, ettei kyseessä ollut laitteistovika, päätimme palauttaa järjestelmän takaisin Windows 7:ään ja Unicorn 7.0.2:een. Se osoittautui odotettua vaikeammaksi, koska emme voi enää asentaa Windows 7:ää yliopiston koneille. Onneksi meillä oli vielä yksi vanha, käyttämätön Dell-pöytätietokone, jossa oli Windows 7. Unicorn 7 vaatii kaksi verkkokorttia (yhden yhteydenpitoon ulkomaailman kanssa ja toisen erilliseen 10. verkkoon yhteydenpitoon Äkta Avantin kanssa). Siirsimme verkkokortin vakiokoneeltamme tähän vanhaan Windows 7 -koneeseen. Unicornin asentaminen ja käyttäminen vaatii kuitenkin internetyhteyden, koska ohjelmisto ”soittaa kotiin”. Juuri tämä on kielletty yliopistomme Windows 7 -koneilla. Siksi minun piti perustaa yksityisverkko puhelimeni kautta, jotta Unicorn 7 voisi olla yhteydessä GE:n pääkonttoriin. Vielä pahempaa oli, että minun piti kloonata vakiotietokoneemme MAC-osoite, koska Unicorn 7 -ohjelmistomme on ilmeisesti sidottu tiettyyn tietokoneeseen sen MAC-osoitteen kautta. Langaton internetyhteys ei tullut kyseeseen, koska alkuperäinen MAC-osoite oli peräisin langallisesta verkkokortista. MAC-osoitteiden kloonaus kaapeliliitännällä varustettujen verkkokorttien ja langattomien USB-sovittimien välillä ei ole mahdollista, koska langattomien korttien MAC-osoitteissa on kiinteä etuliite. Siksi jouduin tekemään monimutkaisen asetuksen puhelimestani tietokoneen kautta (kaapeli)reitittimeen ja sieltä Win7-käyttöjärjestelmällä varustettuun Dell-tietokoneeseen.Windows 10:tä ei voi syyttää – syyllinen on F-SecureYllätyksekseni Äkta Avant kaatui jatkuvasti, kun Unicorn 7 Windows 7:ssä antoi komentoja kuten ”pause” tai ”end”. Sitten kuitenkin tajusin, että – toisin kuin vanha Äkta Explorerimme – Avant käyttää laitteiden väliseen viestintään tavallisia verkkokortteja, ja Helsingin yliopiston Windows 10 -versiota on oletusarvoisesti ”parannettu” etäohjaus- ja tietoturvaohjelmistoilla. Menin Ohjauspaneeliin ja poistin kaikki yliopiston asentamat ohjelmistolisäosat. Erityisesti F-Securen Client Security Premium oli niiden ohjelmien joukossa, jotka poistin. Uudelleenkäynnistyksen jälkeen en enää saanut Äkta Avantia kaatumaan. Vahvistaakseni havaintoni asensin verkkokortin takaisin alkuperäiseen oletustietokoneeseemme, käynnistin sen uudelleen ja järjestelmä jumittui Windowsin BitLocker -näyttöön. Laitteistokokoonpanon muuttaminen saa väistämättä Windowsin kieltäytymään käynnistymästä. Tämä hidasti työtäni, koska jouduin ottamaan yhteyttä yliopistomme IT-osastoon, joka on kroonisesti ylikuormitettu ja johon on vaikea saada yhteyttä. Poistin valikoivasti F-Secure Client Security Premium -ohjelman palomuurin käytöstä, ja kaatumiset loppuivat välittömästi myös Windows 10:ssä. On erittäin vaikea perustella, miksi yliopistomme tarvitsisi F-Securen tuotteita. Windowsissa itsessään on (XP SP2:sta lähtien) erittäin tehokas palomuuri, ja siinä on myös oma virustorjuntaohjelmisto ( Windows Security Essentials / Windows Defender ), joka on vähintään yhtä hyvä kuin parhaat kilpailijansa, ja lisäksi se on ilmainen ja täysin integroitu Windowsiin (eikä se vaadi kolmannen osapuolen ohjelmistojen syvällistä integrointia käyttöjärjestelmään).Windows 10 on liian hidas vuoden 2015 laitteistollammeAinoa vaihtoehto on päivittää oletustietokoneemme uudemmalle laitteistolle. Tiedekuntamme oli korvannut vanhat Win7-tietokoneet uusilla koneilla vuonna 2019, mutta tämä tietokone oli yhden päivän liian uusi sisällytettäväksi päivitykseen. Se on kuitenkin jo viisi vuotta vanha, ja erityisesti Windows 10 -päivityksen jälkeen se on erittäin hidas. Kun proteiini eluoituu puhdistuksen aikana, fraktioiden keräämisen ei haluta alkavan muutaman sekunnin kuluttua, vaan heti.

Asustor AS7004T:n RAM-muistin laajennus

Sun, 31 Jul 2016 00:00:00 +0000

Aiotko ostaa uuden Asustor AS7004T ? Se on todellakin vaikuttava pieni NAS-palvelin, mutta siinä on vain 2 Gt RAM-muistia, ja jos haluat hyödyntää joitakin sen hienompia ominaisuuksia (kuten virtuaalikoneiden ajaminen ), sinun on lisättävä RAM-muistia. Laitteen tekniset tiedot ovat epäselvät (“2 Gt SO-DIMM DDR3 (laajennettavissa, enintään 16 Gt)”), ja muistin asennusohje on harhaanjohtava. Laitteessa on kuitenkin todellakin kaksi DDR3 SO-DIMM -muistipaikkaa. Ostamassani laitteessa oli 2GB RAM-muistia liimattuna käyttäjän vaihdettavissa olevaan muistipaikkaan, kun taas käytännössä saavuttamaton tehdasasennettu muistipaikka oli tyhjä. Jos haluat lisätä RAM-muistia, joudut mitätöimään tehdastakuun, sillä tyhjään RAM-paikkaan ei pääse käsiksi poistamatta ruuvia, jota peittää ”Void if removed” -tarra. Joka tapauksessa vapaaseen RAM-paikkaan pääsemiseksi laite on purettava lähes kokonaan, mikä ei sovi heikkohermoisille. Varsinkin kun Asustorin oma YouTube-video esittelee purkamisen vain 10-paikkaiselle AS7010T-mallille, joka eroaa merkittävästi AS7004T-mallista. Suurin ero 7004T:n ja 7010T:n välillä on se, että 7004T:ssä on ylimääräinen jäähdytyselementti, joka on ruuvattu PCI-takalevyyn. Tämä jäähdytyselementti poistaa lämpöä emolevystä, mutta tekee myös takalevyn ja emolevyn irrottamisesta hankalampaa. Ennen emolevyn irrottamista on myös poistettava virtalähde ja irrotettava virtajohdot emolevystä.

Drupalin päivittäminen

Tue, 19 Feb 2013 00:00:00 +0000

Tässä on ohjeet, miten päivitän Drupalin (pienet päivitykset, esim. versiosta 7.18 versioon 7.19) Ubuntu-palvelimellani. Olen asentanut Drupalin suoraan Drupalin lähdekoodista enkä Ubuntun pakettivarastosta (koska Ubuntun pakettivarasto on yleensä melko vanha eikä sitä päivitetä kovin usein). Itse asiassa päivitys on melko vaivatonta; olen varma, että joku on jo automatisoinut sen jossain…cd /var/wwwsuwget http://ftp.drupal.org/files/projects/drupal-7.19.tar.gztar -xvzf drupal-7.19.tar.gz chown -R jeltsch:www-data drupal-7.19rm drupal-7.19.tar.gz cp -a drupal-7.18/sites/ drupal-7.19/Yllä oleva cp-komento luo kopion koko sivustosta, mikä voi viedä paljon aikaa ja käyttää paljon levytilaa. Sen sijaan voit poistaa uuden drupal-kansion ”sites”-alikansion ja luoda linkin vanhaan ”sites”-alikansioon:cd drupal-7.19rm -rf sitesln -s ../drupal-sites/ sitesTässä vaiheessa sinun tulisi kirjautua sivustollesi ja asettaa se huoltotilaan! mysqldump -u root -p --databases drupal7_jeltsch_org drupal7_claudia_jeltsch_org drupal7_lammertlab_org > drupal7_all.sqlrm drupal7ln -s drupal-7.19/ drupal7Tässä vaiheessa sinun tulee klikata päivityskomentosarjan linkkiä. Kun päivitykset on suoritettu onnistuneesti, voit ottaa sivustosi jälleen käyttöön.** ****Drupal 9**Drupal 9:n päivittäminen on helpointa Composerilla:composer update "drupal/core-*" --with-all-dependenciesMyös moduulit voidaan päivittää. Minun tapauksessani päivitys ei kuitenkaan aina kohdistunut siihen moduuliin, jota tosiasiassa käytettiin, vaan moduuliin, joka sijaitsi prioriteettilistalla alempana jossakin toisessa hakemistossa. Pienempien versiopäivitysten yhteydessä:composer update drupal/modulename --with-dependenciesSuurempien versiopäivitysten yhteydessä:composer require drupal/modulename:^2.0Tämän jälkeen älä unohda käydä osoitteessa https://yoursite.com/update.php !

Suse Linux 9.0:n päivittäminen versioon 9.1

Wed, 04 Apr 2007 00:00:00 +0000

Päivitysversio .0:sta .1:een antaa ymmärtää, ettei kyseessä ole mikään iso juttu. Itse asiassa se onkin. Monet toiminnot lakkaavat toimimasta, ja useimmat suosittelevat 9.1:n puhdasta asennusta. Halusin kuitenkin päivittää järjestelmän, koska koneellani oli runsaasti kolmannen osapuolen ohjelmistoja ja mukautuksia. Siltä varalta, että päivitys osoittautuisi käyttökelvottomaksi, halusin mahdollisuuden palata versioon 9.0. Tämä näytti helposti mahdolliselta, koska meillä oli vapaana 8,6 GB:n osio (hdb3) kiintolevyllä. Itse asiassa se ei ollut vapaana, vaan se oli RedHat 9 -asennuksemme juuriosio. Tein seuraavat toimet: Halusin säilyttää kaikki käyttäjäkohtaiset asetukset. Siksi varmuuskopioin kaikki piilotiedostot ja -kansiot pääkäyttäjän kotikansiosta: tar -cvf configuration_files.tar .[a-zA-Z0-9]* Sitten alustin hdb3:n (se oli ext3) uudelleen reiserfs-tiedostojärjestelmäksi YAST:n avulla. Siirryin sitten ajotasolle 1 komennolla sudo /sbin/telinit 1 ja liitin juuri alustetun osion mount /dev/hdb3 /redhat Sitten kopioin nykyisen juuriosion (/dev/hdb2) cd redhat cp -ax / . Sitten muokkasin tiedostoa /redhat/etc/fstab: Muutin juuriosion merkinnän /dev/hdb2:sta muotoon /dev/hdb3. Nykyinen juuriosio (/dev/hdb2) käyttää jo reiserfs-tiedostojärjestelmää, joten muita muutoksia ei tarvita tässä. Sinun on kuitenkin poistettava kommenttimerkit kaikista ”erityisistä” tiedostojärjestelmistä. Muuten Suse-asennusohjelma yrittää liittää näitä, epäonnistuu ja antaa sitten vääriä virheilmoituksia. Minulla oli esimerkiksi kaksi merkintää colinuxille (/dev/cob2 /) ja sain seuraavan virheilmoituksen: ”/etc/fstab-tiedoston juuriosiossa on väärä juurilaite. Katso http://portal.suse.com/sdb7en/2004/01/sata.html" . Myös erityiset tiedostojärjestelmät aiheuttavat samanlaisia ongelmia. Jätin aluksi proc-, usbfs- ja muut merkinnät paikalleen ja sain jälleen virheilmoituksen: ”Osioita ei voitu liittää.” Sitten muokkasin fstab-tiedostoa ja jätin siihen vain /, /boot, swap ja /home, minkä jälkeen Suse-asennusohjelma onnistui. Sitten muokkasin tiedostoa /boot/grub/menu.lst ja lisäsin merkinnän uudelle järjestelmälle (kopioin vain olemassa olevan merkinnän, nimesin sen uudelleen ja muutin juuriosion hda3:ksi; lisäksi määritin vmlinuzin ja initrd:n suoraan eikä symbolisten linkkien kautta, koska linkit osoittavat päivityksen jälkeen uuden ytimen tiedostoihin). Ennen varsinaisen asennuksen aloittamista tarkistin, että voin valita GRUBista molemmat asennukset ja käynnistää järjestelmän onnistuneesti. Asennuksen aikana asennusohjelma ilmoitti noin 1200 ristiriidasta. Suurimman osan niistä sivuutin, sillä monet vanhan järjestelmän paketit oli lisätty manuaalisesti ja ne olivat liian uusia 9.1-asennus-CD:lle. Mutta koska aioin päivittää järjestelmän verkosta heti asennuksen jälkeen, tämän ei pitäisi olla suuri ongelma. Päätin myös säilyttää asennetut paketit, joita ei enää ylläpidetä.

Gallerian päivittäminen CVS:n kautta

Tue, 06 Mar 2007 00:00:00 +0000

Suorita komento cvs update -Pd root-käyttäjänä gallery2-hakemistossa
Kun tiedostot on päivitetty, avaa Gallery 2 verkkoselaimessasi, jolloin pääset automaattisesti päivitysohjelmaan
Lisätietoja löytyy tarvittaessa Gallery-sivustolta

Gallerian päivittäminen

Mon, 14 Aug 2006 00:00:00 +0000

Varmuuskopioi albumit ja Galleryn toimiva koodi sekä tallenna tietokannat
Aseta kaikki Gallery-sivustot huoltotilaan
Lataa uusin täysversio Gallerysta
Pura tiedosto olemassa olevan Gallery-version päälle
Siirry päävalikkoon järjestelmänvalvojana
Suorita päivitysohjelma
Suorita puhdistusskripti tarvittaessa
Tarkista, että kaikki toimii kunnolla
Vaihda sivustojen tila aktiiviseksi