Opetussessioiden Zoom-tallenteiden muokkaaminen FFmpegillä

Wed, 25 Nov 2020 00:00:00 +0000

Opiskelijapalautteen perusteella olemme järjestäneet uuden kurssin TRANSMED MSc -ohjelmaan biologisten lääkeaineiden kehityksestä. Se on kurssi, jonka saksaksi kutsutaan nimellä “Schnupperkurs”. En ole koskaan löytänyt tyydyttävää käännöstä tälle sanalle (tutustumiskurssi?). Se tarkoittaa, että haluamme vain herättää opiskelijoiden kiinnostuksen tätä aihetta kohtaan. Jos he pitävät siitä, he voivat osallistua johonkin monista syventävistä kursseista, joita tarjotaan esimerkiksi farmasian tiedekunnassa , jossa englanninkielinen opetus lisääntyy tulevina vuosina huomattavasti suunnitellun kansainvälisen farmasian MSc-ohjelman myötä.

Kuinka paljon PCR-tuotetta voi saada?

Thu, 10 Mar 2016 00:00:00 +0000

Kuinka paljon PCR-tuotetta tyypillisestä PCR-reaktiosta saadaan? 50–120 ng/µl näyttää olevan tyypillinen tulos, mutta se riippuu suuresti käytetyistä PCR-olosuhteista. Jos alukepitoisuutta on vähennettävä spesifisyyden maksimoimiseksi, saanto voi olla huomattavasti pienempi. Toisaalta, jos spesifisyys ei ole ongelma (esim. joissakin PCR-kloonauksissa), saanto voi olla moninkertainen.Tarkastellaan tyypillistä yhden PCR-reaktion enimmäismäärää, joka on 100 µl. Oletetaan, että spesifisyys ei ole ongelma ja voimme siksi käyttää suuria määriä alukkeita (kumpikin 1 µM) ja dNTP:itä (0,2 µM). Koska jokaisen kaksisäikeisen PCR-tuotteen molekyylin synteesi kuluttaa yhden alukkeen, kaksisäikeisen (ds) DNA-tuotteen teoreettinen suurin moolikonsentraatio on sama kuin alukkeen pitoisuus: 1 µM. 1 µM dsDNA:ta vastaisi 100 pmolia 100 µl:n PCR-reaktiossa. Kuinka paljon se on mikrogrammoina? Se riippuu tietysti PCR-tuotteen pituudesta: esimerkiksi 100 pmol 1000 bp:n dsDNA:ta vastaa 66 µg. Voiko todella saada niin paljon? Ei tässä 1000 bp:n tuotteen esimerkissä. Syynä on se, että DNA:n rakennuspalikat, dNTP:t, loppuvat kauan ennen alukkeita. 1000 bp:n tuotteen tapauksessa vain 40 % alukkeista on käytetty loppuun, kun dNTP:t loppuvat (olettaen, että amplikonin GC:n ja AT:n suhde on 50:50). Yhden 1000 bp:n dsPCR-tuotteen molekyylin valmistamiseen tarvitaan noin 2000 dNTP-molekyyliä. Esimerkissämme 400 bp:n PCR-tuote olisi siis optimaalinen, koska sekä alukkeet että dNTP:t loppuvat samaan tahtiin.Vaikuttaa siltä, että jos haluat saada suurempia määriä pidempiä PCR-tuotteita, sinun pitäisi lisätä dNTP-pitoisuutta. Kuitenkin esimerkissämme, jossa tuotteen pituus on 1000 bp, PCR-tuotteen teoreettinen enimmäismäärä on noin 26 µg, mikä on valtava määrä ja riittää useimpiin sovelluksiin. Verkossa on laskin, jonka avulla voi kokeilla eri alukkeiden ja dNTP-pitoisuuksien sekä tuotteen pituuksien yhdistelmiä: http://www.bioline.com/us/media/calculator/01_14.html

Pituus on Michael’s Domain

Opetussessioiden Zoom-tallenteiden muokkaaminen FFmpegillä

Kuinka paljon PCR-tuotetta voi saada?