Proteiinien Puhdistus on Michael’s Domain

Bio-Rad korjaa NGC-laitteemme

Wed, 20 Sep 2023 00:00:00 +0000

PÄIVITYS (tilanne 21.12.2024)

Selvisimme juuri proteiinien puhdistuskurssista (ks. myös mun muut blogpostit opetuksesta ). Suoritettuamme noin 25 ajoa ”korjatulla” Bio-Rad NGC:llä joudun valitettavasti toteamaan, että suurin ongelma on edelleen olemassa: FPLC ei reagoi manuaalisesti annettuihin komentoihin. Myös näiden yhteyskatkosten satunnaisuus jatkui. Vain yhdellä opiskelijaryhmällä oli ongelmia, mutta meillä sattui useita tapauksia tuona yhtenä päivänä. Tämä päättää valitettavasti lyhyen vierailumme Bio-Radin maailmassa proteiinien puhdistuksen osalta. Kaikki tämä viittaa siihen, että lisäinvestoinnit tähän laitteeseen ovat ajanhukkaa ja rahan tuhlausta. Meillä ei ole liikaa aikaa eikä liikaa rahaa. Jos Bio-Rad haluaa tehdä jotain omasta aloitteestaan, annan mielelläni heidän tehdä mitä tahansa, jotta laite saadaan käyttökelpoiseen kuntoon, mutta emme aio aktiivisesti ryhtyä mihinkään lisätoimiin. Paras tapa pitää FPLC-laite hyvässä kunnossa on solmia huoltosopimus. Vaikka olemme viimeisten 30 vuoden aikana kahdesti saaneet yliopistoltamme rahoitusta huippuluokan FPLC-laitteen hankintaan, rahoituksen saaminen huoltosopimukseen on paljon vaikeampaa. Yksi monista syistä on se, että useimmat apurahakausit ovat lyhyempiä kuin huoltosopimukset, jotka ovat järkeviä vain, jos ne tehdään useaksi vuodeksi.

Proteiinien puhdistuskurssi 2019

Wed, 31 Jul 2019 00:00:00 +0000

Järjestämme jälleen joulukuussa laboratoriossamme DPBM-proteiinien puhdistuskurssin. Varmista paikkasi, sillä tämä käytännönläheinen kurssi on suosittu ja paikkoja on vain 16. Voit tuoda mukanasi oman proteiinin, ja räätälöimme kurssiohjelman juuri sinun tarpeidesi mukaan!Lisätietoja: http://research.med.helsinki.fi/corefacilities/b3p/teaching.htmlRegistration : https://courses.helsinki.fi/en/dpbm-135/131042336

Rekombinanttiproteiinien puhdistus ja karakterisointi

Mon, 20 Mar 2017 00:00:00 +0000

Järjestämme (jälleen) käytännönläheisen proteiinien puhdistuskurssin 4.–20. joulukuuta. Kurssille mahtuu enintään 16 osallistujaa, jotka jaetaan 2–4 hengen ryhmiin. Jokainen ryhmä tarvitsee kolme kokopäivää käytännön harjoitusten suorittamiseen, mutta kurssin kolmas päivä osuu päällekkäin seuraavan ryhmän ensimmäisen päivän kanssa. Kurssi pidetään Biomedicum Helsingissä, huoneissa A516a1 (jossa laitteet sijaitsevat) ja B318a/b (laboratoriossamme). Puhdistamme proteiinin (VEGF-reseptori 3) kaksivaiheisella menetelmällä (affiniteettikromatografia + geelisuodatus) Äkta Avant FPLC -laitteella. Kurssin kolmantena päivänä mittaamme proteiinin vuorovaikutusta sen ligandin (VEGF-C) kanssa ITC-laitteella (isoterminen kalorimetria). Olemme järjestäneet vastaavan kurssin vuonna 2015 ( http://www.helisci.fi/hbgs/FPLC2015/) . Tämä uusi kurssi ( https://courses.helsinki.fi/en/DPBM-135/120171139 ) on rakenteeltaan samanlainen, mutta olemme pidentäneet sitä yhdellä päivällä, jotta voimme analysoida proteiinien vuorovaikutuksia hyödyntämällä B3P-yksikkömme uutta isotermisen kalorimetrian laitetta. Kurssimateriaali ja tulokset ovat saatavilla myös täältä .Koska voimme käsitellä kerrallaan enintään kaksi näytettä (meillä on ”vain” kaksi FPLC-laitetta), joudumme jakamaan osallistujat ryhmiin (2–4 opiskelijaa ryhmässä) ja toistamaan kolmen päivän kurssin useita kertoja osallistujamäärän mukaan.

Unicorn 7:n käyttäjien määrittäminen edellyttää manuaalista toimenpidettä verkkokäyttäjäympäristössä

Fri, 17 Jun 2016 00:00:00 +0000

Unicorn, Äkta Avant, Äkta Explorer, GE Healthcare, Windows, verkkotodennus, käyttäjän määrittäminen, menetelmä, tulos, tiede, proteiinien puhdistus Koska käytämme Äkta Avant -laitettamme monikäyttäjäympäristössä, meidän on erotettava eri käyttäjien menetelmät ja tulokset toisistaan. Oletusasetuksina jokainen verkkokäyttäjä voi tällä hetkellä nähdä kaikki menetelmät ja tulokset, jotka kuka tahansa muu verkkokäyttäjä on laitteella tuottanut. Tämä on merkittävä yksityisyys- ja turvallisuusongelma, sillä pahantahtoinen käyttäjä voisi poistaa (tai vielä pahempaa: muokata) menetelmiä ja tuloksia.Äkta-laitteemme on konfiguroitu siten, että käyttäjät voivat kirjautua Unicorn 7 -tietokoneeseen yliopiston käyttäjätunnuksella ja salasanalla tavallisen Windows-verkkotodennusmekanismin kautta. Jos kuitenkin useat henkilöt jakavat vastuun yhdestä mittaussarjasta, tämä järjestely ei ole mahdollinen, sillä heidän olisi paljastettava salasanansa toisilleen. Siksi olemme luoneet paikallisen tilin, jota voivat käyttää ne käyttäjät, jotka haluavat jakaa Äkta-laitteen käytön. Windowsiin kirjautumisen jälkeen käyttäjien on vielä kirjauduttava Unicorn 7 -ohjelmistoon, minkä he tekevät yliopiston käyttäjätunnuksella ja salasanalla (“Windows-todennus”). Tässä järjestelyssä jokainen käyttäjä voi nähdä kaikki menetelmät ja tulokset, mikä ei ole hyväksyttävää. Kun uusi käyttäjä määritetään Unicorn-ohjelmistossa (valikko ”Access > Folders”), voidaan määrittää tarkasti, mihin kansioihin kyseisellä käyttäjällä on pääsy, jolloin käyttäjä näkee vain omat menetelmänsä ja tuloksensa. Koska Unicorn 5:n kansiorakenne noudatti Windows-tiedostojärjestelmän kansiorakennetta, käyttäjät pystyivät aina kopioimaan menetelmiä ja tuloksia kansiosta toiseen ja saamaan ne siten käyttöönsä huolimatta Unicorn 5 -ohjelman asettamista rajoituksista.Kun luin ensimmäisen kerran, että Unicorn 7 tukee Windowsin verkkoautentikointia, toivoin, että voisimme välttää sen työlään käyttäjien määrittämisen, jonka jouduimme suorittamaan jokaisen käyttäjän kohdalla Äkta Explorerissa. Vaiva jatkuu kuitenkin, sillä käyttöoikeuksien määrittäminen kerran ryhmälle ei takaa käyttäjien eristämistä.Ensinnäkin Unicorn 7:ssä ei voi rajoittaa yksittäisten käyttäjien käyttöoikeuksia, vaan ainoastaan ryhmien käyttöoikeuksia. Meidän piti luoda yksi käyttöoikeusryhmä jokaiselle verkkokäyttäjälle, lisätä verkkokäyttäjä tähän ryhmään, luoda ryhmälle erillinen kotikansio ja sitten rajoittaa kansion käyttöoikeudet tähän kotikansioon. Muutaman käyttäjän kohdalla tarvittiin satoja napsautuksia, sillä oletusasetuksena on, ettei käyttäjällä ole pääsyä mihinkään, ja jokainen käyttöoikeusvalintaruutu on aktivoitava paitsi järjestelmänvalvojan oikeudet. Tässä suhteessa Windows (ja kaikki muut käyttöjärjestelmät) on paljon älykkäämpi kuin Unicorn. Jos yliopiston työntekijä kirjautuu koneelle, johon hän ei ole aiemmin kirjautunut, järjestelmä luo automaattisesti kaiken tarvittavan oletusarvoisen paikallisen kansiorakenteen ja liittää kyseisen käyttäjän yksityisen kotikansion ilman, että hänelle myönnetään pääsyä mihinkään muuhun, mitä muut työntekijät ovat kyseisellä koneella tehneet. Mielestäni tämän pitäisi olla vaihtoehto myös Unicornissa. Ehkä se onkin, enkä vain osaa löytää sitä? Toinen suuri haittapuoli edellä kuvatussa menetelmässä, jossa jokainen käyttäjä erotetaan omaan käyttöoikeusryhmäänsä, on se, että Unicorn-ohjelmaan kirjautuminen muuttuu suureksi koettelemukseksi: käyttäjänimen ja salasanan kirjoittamisen lisäksi käyttäjän on valittava oikea käyttöoikeusryhmä, jotta kirjautuminen onnistuu. Ja mikä vielä pahempaa: meidän järjestelmässämme emme voi välttää sitä, että jokainen yliopiston työntekijä kuuluu kahteen käyttöoikeusryhmään: manuaalisesti luotuun käyttöoikeusryhmään käyttäjien erottelua varten ja ”oletusryhmään”, joka toimii Windowsin verkkoautentikoinnin kautta – ehkä Kerberos?). Siksi, jos käyttäjät valitsevat oletuskäyttöoikeusryhmän (jota meidän tapauksessamme kutsutaan nimellä ”Users”), he pääsevät kirjautumaan sisään, mutta eivät näe omia menetelmiään ja tuloksiaan.On kaksi syytä, miksi emme voi poistaa ”Users”-käyttöoikeusryhmää: Ensinnäkin se on tiedekunnan määräys, ja toiseksi (ja olemme yrittäneet) emme voi enää poistaa sitä, koska monet ovat jo luoneet menetelmiä ja tuottaneet tuloksia ollessaan ”Users”-käyttöoikeusryhmässä. Näin ollen UNICORN estää meitä poistamasta tätä tiliä. Työstän parhaillaan tätä ongelmaa: minun pitäisi pystyä pääsemään suoraan taustalla olevaan MS-SQL-tietokantaan, jotta voisin muuttaa menetelmien ja tulosten omistajuutta. GE ei kuitenkaan ollut kovin avomielinen, kun kysyin käyttöoikeuksien hallinnasta. Vastaus oli: ”Itsenäisessä UNICORN-ratkaisussa tietokannan käyttöoikeustiedot on salattu, eikä niitä julkisteta.” Jos sinulla olisi yritysratkaisu (jossa isännöit omaa (SQL Server) -tietokantaasi), sinulla olisi hallintaoikeudet tunnistetietoihin ja teoriassa voisit poimia halutut tiedot (muoto on sellainen, jonka joudut selvittämään itse, emmekä me tue sitä). Voit päivittää ratkaisusi yritysversioon, jos haluat. Tämä kuulostaa pahemmalta kuin se on, koska meillä on fyysinen pääsy MS-SQL-palvelimeen ja käyttöoikeustietojen poimiminen ei vaikuta kovin vaikealta. Mutta minulta vie aikaa löytää haavoittuvuus, jonka avulla voin ”murtautua omaan järjestelmäämme”, ja juuri se ärsyttää minua. GE:n Lisa Bromarkin mukaan 7.0.2-päivitys näyttää kuitenkin korjaavan tämän ongelman: UNICORN voidaan konfiguroida käyttämään uutta tietokantasalasanaa. On mahdollista luoda salattu salasana tai syöttää jo salattu salasana. Tämä tehdään ajamalla UNICORN Service Tool -työkalu UNICORNin asennuksen jälkeen.Päivityksen saaminen on kuitenkin uskomattoman vaikeaa (ainakin se näyttää vievän viikkoja). Jakelu tapahtuu ilmeisesti edelleen optisilla tallennusvälineillä ja postitse. Luulen, että viimeksi hankin ohjelmiston CD- tai DVD-levyltä yli 10 vuotta sitten. GE kertoi minulle kuitenkin, että he ovat juuri siirtämässä UNICORN-ohjelmistopäivityksiä ”sähköiseen jakeluun”. Tervetuloa 21. vuosisadalle!

Unicorn 7:n käyttäjien erottelu edellyttää manuaalista toimenpidettä verkkokäyttäjäympäristössä

Mon, 09 May 2016 00:00:00 +0000

Koska käytämme Äkta Avant -laitettamme monikäyttäjäympäristössä, meidän on erotettava eri käyttäjien menetelmät ja tulokset toisistaan. Oletusasetusten mukaan jokainen verkkokäyttäjä voi tällä hetkellä nähdä kaikki menetelmät ja tulokset, jotka joku muu verkkokäyttäjä on tuottanut laitteella. Tämä on merkittävä yksityisyys- ja turvallisuusongelma, sillä pahantahtoinen käyttäjä voisi poistaa (tai vielä pahempaa: muokata) menetelmiä ja tuloksia.Äkta-laitteemme on konfiguroitu siten, että käyttäjät voivat kirjautua Unicorn 7 -tietokoneeseen yliopiston käyttäjätunnuksella ja salasanalla tavallisen Windows-verkkotodennusmekanismin kautta. Jos kuitenkin useat henkilöt jakavat vastuun yhdestä ajosta, tämä järjestely ei ole mahdollinen, sillä heidän pitäisi paljastaa salasanansa toisilleen. Siksi olemme luoneet paikallisen tilin, jota voivat käyttää ne käyttäjät, jotka haluavat jakaa Äkta-laitteen käytön. Windowsiin kirjautumisen jälkeen käyttäjien on vielä kirjauduttava Unicorn 7 -ohjelmistoon, minkä he tekevät yliopiston käyttäjätunnuksellaan ja salasanallaan (“Windows-todennus”). Tässä järjestelyssä jokainen käyttäjä voi nähdä kaikki menetelmät ja tulokset, mikä ei ole hyväksyttävää. Kun uusi käyttäjä määritetään Unicorn-ohjelmistossa (valikko ”Access > Folders”), voidaan määrittää tarkasti, mihin kansioihin kyseisellä käyttäjällä on pääsy, jolloin käyttäjä näkee vain omat menetelmänsä ja tuloksensa. Koska Unicorn 5:n kansiorakenne noudatti Windows-tiedostojärjestelmän kansiorakennetta, käyttäjät pystyivät aina kopioimaan menetelmiä ja tuloksia kansiosta toiseen ja saamaan ne siten käyttöönsä huolimatta Unicorn 5 -ohjelman asettamista rajoituksista.Kun luin ensimmäisen kerran, että Unicorn 7 tukee Windowsin verkkotodennusta, toivoin, että voisimme välttää sen työlään käyttäjien määrittämisen, jonka jouduimme suorittamaan jokaisen käyttäjän kohdalla Äkta Explorerissa. Vaiva jatkuu kuitenkin, sillä käyttöoikeuksien määrittäminen kerran ryhmälle ei takaa käyttäjien eristämistä.Ensinnäkin Unicorn 7:ssä ei voi rajoittaa yksittäisten käyttäjien käyttöoikeuksia, vaan ainoastaan ryhmien käyttöoikeuksia. Meidän piti luoda yksi käyttöoikeusryhmä jokaiselle verkkokäyttäjälle, lisätä verkkokäyttäjä tähän ryhmään, luoda ryhmälle erillinen kotikansio ja sitten rajoittaa kansion käyttöoikeudet tähän kotikansioon. Muutaman käyttäjän kohdalla tarvittiin satoja napsautuksia, sillä oletusasetuksena on, ettei käyttäjällä ole pääsyä mihinkään, ja jokainen käyttöoikeusvalintaruutu on aktivoitava paitsi järjestelmänvalvojan oikeudet. Tässä suhteessa Windows (ja kaikki muut käyttöjärjestelmät) on paljon älykkäämpi kuin Unicorn. Jos yliopiston työntekijä kirjautuu koneelle, johon hän ei ole aiemmin kirjautunut, järjestelmä luo automaattisesti kaiken tarvittavan oletusarvoisen paikallisen kansiorakenteen ja liittää kyseisen käyttäjän yksityisen kotikansion ilman, että hänelle myönnetään pääsyä mihinkään muuhun, mitä muut työntekijät ovat kyseisellä koneella tehneet. Mielestäni tämän pitäisi olla vaihtoehto myös Unicornissa. Ehkä se onkin, enkä vain osaa löytää sitä? Toinen suuri haittapuoli edellä kuvatussa menetelmässä, jossa jokainen käyttäjä erotetaan omaan käyttöoikeusryhmäänsä, on se, että Unicorn-ohjelmaan kirjautuminen muuttuu suureksi koitokseksi: käyttäjänimen ja salasanan kirjoittamisen lisäksi käyttäjän on valittava oikea käyttöoikeusryhmä, jotta kirjautuminen onnistuu. Ja mikä vielä pahempaa: meidän järjestelmässämme emme voi välttää sitä, että jokainen yliopiston työntekijä kuuluu kahteen käyttöoikeusryhmään: manuaalisesti luotuun käyttöoikeusryhmään käyttäjien erottelua varten ja ”oletusryhmään”, joka toimii Windowsin verkkoautentikoinnin kautta – ehkä Kerberos?). Siksi, jos käyttäjät valitsevat oletuskäyttöoikeusryhmän (jota meidän tapauksessamme kutsutaan nimellä ”Users”), he pääsevät kirjautumaan sisään, mutta eivät näe omia menetelmiään ja tuloksiaan.On kaksi syytä, miksi emme voi poistaa ”Users”-käyttöoikeusryhmää: Ensinnäkin se on tiedekunnan määräys, ja toiseksi (ja olemme yrittäneet) emme voi enää poistaa sitä, koska monet ovat jo luoneet menetelmiä ja tuottaneet tuloksia ollessaan ”Users”-käyttöoikeusryhmässä. Näin ollen UNICORN estää meitä poistamasta tätä tiliä. Työstän parhaillaan tätä ongelmaa: minun pitäisi pystyä pääsemään suoraan taustalla olevaan MS-SQL-tietokantaan, jotta voisin muuttaa menetelmien ja tulosten omistajuutta. GE ei kuitenkaan ollut kovin avomielinen, kun kysyin käyttöoikeuksien hallinnasta. Vastaus oli: ”Itsenäisessä UNICORN-ratkaisussa tietokannan käyttöoikeustiedot ovat salattuja eivätkä ne ole julkisia.” Jos sinulla olisi yritysratkaisu (jossa isännöit omaa (SQL Server) -tietokantaasi), sinulla olisi hallintaoikeudet tunnistetietoihin ja teoriassa voisit poimia halutut tiedot (muoto on sellainen, jonka joudut selvittämään itse, emmekä me tue sitä). Voit päivittää ratkaisusi yritysversioon, jos haluat. Tämä kuulostaa pahemmalta kuin se on, koska meillä on fyysinen pääsy MS-SQL-palvelimeen ja käyttöoikeustietojen poimiminen ei vaikuta kovin vaikealta. Mutta minulta vie aikaa löytää haavoittuvuus, jonka avulla voin ”murtautua omaan järjestelmäämme”, ja juuri se ärsyttää minua. GE:n Lisa Bromarkin mukaan 7.0.2-päivitys näyttää kuitenkin korjaavan tämän ongelman: UNICORN voidaan konfiguroida käyttämään uutta tietokantasalasanaa. On mahdollista luoda salattu salasana tai syöttää jo salattu salasana. Tämä tehdään ajamalla UNICORN Service Tool -työkalu UNICORNin asennuksen jälkeen.Päivityksen saaminen on kuitenkin uskomattoman vaikeaa (ainakin se näyttää vievän viikkoja). Jakelu tapahtuu ilmeisesti edelleen optisilla tallennusvälineillä ja postitse. Luulen, että viimeksi hankin ohjelmiston CD- tai DVD-levyltä yli 10 vuotta sitten. GE kertoi minulle kuitenkin, että he ovat juuri siirtämässä UNICORN-ohjelmistopäivityksiä ”sähköiseen jakeluun”. Tervetuloa 21. vuosisadalle!

2 viikon laboratoriokurssi

Tue, 30 Dec 2014 00:00:00 +0000

En ollut lainkaan tietoinen siitä, kuinka paljon työtä käytännön laboratoriokurssin järjestäminen vaatii. Jos olisin tiennyt, Pirjo olisi joutunut paljon vaikeampaan tilanteeseen yrittäessään suostutella minua pitämään tämän kurssin DPBM-tohtorikoululle . Kari oli varoittanut minua… Kurssiin liittyvä luentokurssi oli ollut käynnissä syyskuusta marraskuuhun. Käytännön kurssille oli tarjolla 16 vapaata paikkaa, mutta se oli täysin epärealistista, kun otetaan huomioon, että meidän tilamme rajoittuivat minun 23,7 neliömetrin laboratorioon. Opetuskäyttöön tarkoitettua laboratoriotilaa on saatavilla, mutta ilman laitteita ja kaikkea muuta tällaiseen hankkeeseen tarvittavaa infrastruktuuria. Käytännön kurssille ilmoittautui kahdeksan henkilöä, ja – onneksi – puolet heistä perui osallistumisensa viime hetkellä, koska heillä ei ollut riittävää mahdollisuutta sitoutua kurssin vaatimaan raskaaseen työmäärään. Näin ollen meillä oli lopulta neljä opiskelijaa ja kolme projektia. Emme olisi missään nimessä selvinneet enempää.Ajatuksena oli tarjota jokaiselle osallistujalle mahdollisuus toteuttaa oma DNA-kloonaus- ja proteiini-ilmentymisprojekti, joka olisi merkityksellinen hänen omille tohtoriopintoilleen. Tätä varten tapasin kolme ryhmää kuukautta etukäteen kloonauksen suunnittelemiseksi ja tarvittavien materiaalien tilaamiseksi. Työskentelimme rinnakkain seuraavien kolmen projektin parissa: