<?xml version="1.0" encoding="utf-8" standalone="yes"?><rss version="2.0" xmlns:atom="http://www.w3.org/2005/Atom"><channel><title>Sähköinen Laboratoriopäiväkirja on Michael’s Domain</title><link>https://jeltsch.org/fi/tags/s%C3%A4hk%C3%B6inen-laboratoriop%C3%A4iv%C3%A4kirja/</link><description>Recent content in Sähköinen Laboratoriopäiväkirja on Michael’s Domain</description><generator>Hugo</generator><language>fi</language><copyright>Copyright © 2002 - 2026 Michael Jeltsch.</copyright><lastBuildDate>Fri, 24 Jul 2026 00:18:18 +0300</lastBuildDate><atom:link href="https://jeltsch.org/fi/tags/s%C3%A4hk%C3%B6inen-laboratoriop%C3%A4iv%C3%A4kirja/index.xml" rel="self" type="application/rss+xml"/><item><title>eLabFTW-sähköinen laboratoriopäiväkirja: valmis päärooliin?</title><link>https://jeltsch.org/fi/eLabFTW/</link><pubDate>Fri, 03 Jun 2022 00:00:00 +0000</pubDate><guid>https://jeltsch.org/fi/eLabFTW/</guid><description>&lt;p&gt;Toiset rakastavat sitä, toiset vihaavat: sähköinen laboratoriopäiväkirja (ELN). Jo vuosikymmen sitten ennustettiin, että 10 vuoden kuluttua paperinen laboratoriopäiväkirja olisi mennyttä. Todellisuudessa suurin osa akateemisista laboratorioista käyttää paperia edelleen vuonna 2022. Siirtymää ei ole helpottanut se, että markkinoilla on kirjaimellisesti satoja kaupallisia tuotteita, jotka eivät ole keskenään yhteensopivia. Aloimme kokeilla ELN-ratkaisuja vuonna 2013 testaamalla muutamia kaupallisia ja avoimen lähdekoodin ratkaisuja. Huonoimmat niistä eivät edes antaneet mahdollisuutta kokeilla niitä ennen ostamista (esim. LabVantage näyttää olettavan, että et osta sitä, kun olet kerran kokeillut sitä – ja he ovat täysin oikeassa!). Päädyimme [eLabFTW]:hen (
 &lt;a href="https://www.elabftw.net" target="_blank" rel="noopener noreferrer nofollow"&gt;https://www.elabftw.net&amp;nbsp;






 
 
 
 &lt;svg class="svg-inline--fa fas fa-up-right-from-square fa-2xs" fill="currentColor" aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 512 512" overflow="visible"&gt;&lt;use href="#fas-up-right-from-square"&gt;&lt;/use&gt;&lt;/svg&gt;&lt;/a&gt;
 ), avoimen lähdekoodin projektiin, jonka pääkehitys tapahtuu Curie-instituutissa Pariisissa, Ranskassa. Se on PHP:llä ja MySQL:llä rakennettu verkkosovellus. Siitä on myös vertaisarvioitu julkaisu: 
 &lt;a href="https://doi.org/10.21105/joss.00146" target="_blank" rel="noopener noreferrer nofollow"&gt;https://doi.org/10.21105/joss.00146&amp;nbsp;






 
 
 
 &lt;svg class="svg-inline--fa fas fa-up-right-from-square fa-2xs" fill="currentColor" aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 512 512" overflow="visible"&gt;&lt;use href="#fas-up-right-from-square"&gt;&lt;/use&gt;&lt;/svg&gt;&lt;/a&gt;
 sekä yleinen Nature Protocols -katsausartikkeli, jossa käsitellään ELN:n käyttöönottoa: 
 &lt;a href="https://doi.org/10.1038/s41596-021-00645-8" target="_blank" rel="noopener noreferrer nofollow"&gt;https://doi.org/10.1038/s41596-021-00645-8&amp;nbsp;






 
 
 
 &lt;svg class="svg-inline--fa fas fa-up-right-from-square fa-2xs" fill="currentColor" aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 512 512" overflow="visible"&gt;&lt;use href="#fas-up-right-from-square"&gt;&lt;/use&gt;&lt;/svg&gt;&lt;/a&gt;
.&lt;strong&gt;Käyttöönotto opetuksessa Helsingin yliopistossa&lt;/strong&gt; Äskettäisen 
 &lt;a href="https://doc.elabftw.net/changelog.html#version-4-3-3" target="_blank" rel="noopener noreferrer nofollow"&gt;versioon 4.3&amp;nbsp;






 
 
 
 &lt;svg class="svg-inline--fa fas fa-up-right-from-square fa-2xs" fill="currentColor" aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 512 512" overflow="visible"&gt;&lt;use href="#fas-up-right-from-square"&gt;&lt;/use&gt;&lt;/svg&gt;&lt;/a&gt;
 tehdyn päivityksen myötä viimeinen este laajamittaiselle käyttöönotolle on ylitetty. Kaikki, joilla on helsinki.fi-tili, voivat nyt kirjautua järjestelmään yliopistotunnuksillaan. Tämä helpottaa huomattavasti uusien käyttäjien käyttöönottoa. Aion käyttää järjestelmää uudella kurssillamme ”Rekombinantti-DNA-tekniikka ja geenitekniikka”. Tällä hetkellä palvelimeen pääsee vain yliopiston sisäverkosta. Jos haluat käyttää sitä kotoa käsin, sinun on käytettävä VPN:ää. Vuosien varrella käyttäjämäärä on kasvanut noin 25 käyttäjään, ja on mielenkiintoista nähdä, miten järjestelmä toimii, kun käyttäjämäärä kaksinkertaistuu tai nelinkertaistuu. Järjestelmä toimii Docker-kontissa Ubuntu 20.04 LTS -virtuaalipalvelimella, jota emme valitettavasti voi päivittää tai laajentaa ilman lisärahoitusta. Joten jos olet kiinnostunut käyttämään ELN:ää, varmista paikkasi jo tänään kirjautumalla osoitteeseen 
 &lt;a href="https://elab.ltdk.helsinki.fi" target="_blank" rel="noopener noreferrer nofollow"&gt;https://elab.ltdk.helsinki.fi&amp;nbsp;






 
 
 
 &lt;svg class="svg-inline--fa fas fa-up-right-from-square fa-2xs" fill="currentColor" aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 512 512" overflow="visible"&gt;&lt;use href="#fas-up-right-from-square"&gt;&lt;/use&gt;&lt;/svg&gt;&lt;/a&gt;
 ja valitsemalla alareunassa olevan vaihtoehdon ”Login through your institution”. Sinulla on mahdollisuus valita tiimi. Tiimin ylläpitäjän on hyväksyttävä sinut, ennen kuin voit käyttää järjestelmää. Jos et löydä laboratoriotasi tiimien joukosta, se tarkoittaa, että olet laboratoriostasi ensimmäinen käyttäjä, joka käyttää tätä järjestelmää. Siinä tapauksessa sinun tulee valita tiimi ”Helsingin yliopisto” ja ottaa minuun yhteyttä sähköpostitse (
 &lt;a href="mailto:michael@jeltsch.org"&gt;michael@jeltsch.org&lt;/a&gt;
), sillä minun on rekisteröitävä uusi tiimi laboratoriollesi, ja sinusta tulee tämän uuden tiimin ylläpitäjä.&lt;strong&gt;Vierailijoiden käyttöoikeudet&lt;/strong&gt;Jos sinulla ei ole Helsingin yliopiston tiliä, voit silti käyttää järjestelmää, jos olet Helsingin yliopiston Eduroam-verkossa, mutta sinun on käytettävä ”Rekisteröidy nyt” -linkkiä, ja järjestelmän ylläpitäjän on hyväksyttävä tilisi.&lt;strong&gt;Käyttö omalla koneella&lt;/strong&gt;eLabFTW:n järjestelmävaatimukset ovat melko vaatimattomat, ja kannettavallasi ei todennäköisesti ole ongelmia Docker-kontin paikallisen kopion ajamisessa. Vaikka eLabFTW:n asentaminen uudelle Windows- tai macOS-tietokoneelle on mahdollista, se on jossain määrin haitallista, koska se ei tarjoa verkkoyhteyttä eikä tiimitoimintoja. Vaikka et tarvitsisikaan näitä ominaisuuksia, suosittelisin, että otat vanhan pöytätietokoneen käyttöön tätä tehtävää varten ja käytät sitä tavallisella Linux-palvelinasennuksella. Vastaan mielelläni kaikkiin mahdollisiin kysymyksiisi (sekä järjestelmänvalvojan että loppukäyttäjän näkökulmasta).&lt;/p&gt;</description></item><item><title>Sähköisen laboratoriopäiväkirjan käyttöönoton esteet</title><link>https://jeltsch.org/fi/barriers_to_electronic_lab_notebook_adoption/</link><pubDate>Thu, 08 Jun 2017 00:00:00 +0000</pubDate><guid>https://jeltsch.org/fi/barriers_to_electronic_lab_notebook_adoption/</guid><description>&lt;p&gt;Laboratoriossamme on jo jonkin aikaa kiinnostuttu sähköisistä laboratoriomuistikirjoista (ELN). 
 &lt;a href="https://jcheminf.springeropen.com/articles/10.1186/s13321-017-0221-3" target="_blank" rel="noopener noreferrer nofollow"&gt;Äskettäin julkaistu artikkeli&amp;nbsp;






 
 
 
 &lt;svg class="svg-inline--fa fas fa-up-right-from-square fa-2xs" fill="currentColor" aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 512 512" overflow="visible"&gt;&lt;use href="#fas-up-right-from-square"&gt;&lt;/use&gt;&lt;/svg&gt;&lt;/a&gt;
 [Journal of Cheminformatics] -lehdessä (
 &lt;a href="https://jcheminf.springeropen.com" target="_blank" rel="noopener noreferrer nofollow"&gt;https://jcheminf.springeropen.com&amp;nbsp;






 
 
 
 &lt;svg class="svg-inline--fa fas fa-up-right-from-square fa-2xs" fill="currentColor" aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 512 512" overflow="visible"&gt;&lt;use href="#fas-up-right-from-square"&gt;&lt;/use&gt;&lt;/svg&gt;&lt;/a&gt;
 ) on keskittynyt ELN:ien käyttöönoton esteisiin. Erityisesti akateemisessa maailmassa yli 90 % tutkijoista käyttää edelleen perinteistä paperista laboratoriomuistikirjaa. Suurin käyttöönoton este oli kustannukset sekä rahallisesti että uusien tottumusten oppimisen kannalta. Tiiviisti perässä sijoilla 3 ja 4 olivat käyttöönoton vaivalloisuus ja tietoturvaan liittyvät huolenaiheet. Vaikka kirjoittajat ovat selvästi puolueellisia (he kehittävät avoimen lähdekoodin ELN-järjestelmää 
 &lt;a href="https://scinote.net/" target="_blank" rel="noopener noreferrer nofollow"&gt;ELN SciNote&amp;nbsp;






 
 
 
 &lt;svg class="svg-inline--fa fas fa-up-right-from-square fa-2xs" fill="currentColor" aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 512 512" overflow="visible"&gt;&lt;use href="#fas-up-right-from-square"&gt;&lt;/use&gt;&lt;/svg&gt;&lt;/a&gt;
), käyttöönoton esteet ovat samat kuin ne, joita koen omassa laboratoriossani ja Helsingin yliopistossa.Olin ällistynyt, kun noin kaksi kuukautta sitten sain sähköpostiviestin, jossa kerrottiin, että Helsingin yliopisto oli neuvotellut puitesopimuksen 
 &lt;a href="http://www.labvantage.com/" target="_blank" rel="noopener noreferrer nofollow"&gt;LabVantage&amp;nbsp;






 
 
 
 &lt;svg class="svg-inline--fa fas fa-up-right-from-square fa-2xs" fill="currentColor" aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 512 512" overflow="visible"&gt;&lt;use href="#fas-up-right-from-square"&gt;&lt;/use&gt;&lt;/svg&gt;&lt;/a&gt;
 -LIMS/ELN-toimittajan Software Pointin kanssa. Vaikka pidän yliopistokohtaista ELN-ratkaisua tarpeellisena, tämä sopimus vaikuttaa kaikkea muuta kuin optimaaliselta useimmille Helsingin yliopiston tutkimuslähtöisille laboratorioille. Useat yliopiston laboratoriot ovat käyttäneet ELN-järjestelmiä jo jonkin aikaa, eikä yksikään niistä ole ollut tietoinen pyrkimyksistä solmia yliopistokohtainen sopimus LIMS/ELN-ratkaisusta. Eikä yksikään niistä, jotka jo käyttävät LIMS/ELN-järjestelmää, ole valinnut LabVantagea, vaan muita ratkaisuja (
 &lt;a href="https://www.labguru.com/" target="_blank" rel="noopener noreferrer nofollow"&gt;Labguru&amp;nbsp;






 
 
 
 &lt;svg class="svg-inline--fa fas fa-up-right-from-square fa-2xs" fill="currentColor" aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 512 512" overflow="visible"&gt;&lt;use href="#fas-up-right-from-square"&gt;&lt;/use&gt;&lt;/svg&gt;&lt;/a&gt;
, 
 &lt;a href="https://scinote.net/" target="_blank" rel="noopener noreferrer nofollow"&gt;SciNote&amp;nbsp;






 
 
 
 &lt;svg class="svg-inline--fa fas fa-up-right-from-square fa-2xs" fill="currentColor" aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 512 512" overflow="visible"&gt;&lt;use href="#fas-up-right-from-square"&gt;&lt;/use&gt;&lt;/svg&gt;&lt;/a&gt;
, 
 &lt;a href="https://www.elabftw.net/" target="_blank" rel="noopener noreferrer nofollow"&gt;eLabFTW&amp;nbsp;






 
 
 
 &lt;svg class="svg-inline--fa fas fa-up-right-from-square fa-2xs" fill="currentColor" aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 512 512" overflow="visible"&gt;&lt;use href="#fas-up-right-from-square"&gt;&lt;/use&gt;&lt;/svg&gt;&lt;/a&gt;
). Olisi ollut hyödyllistä, jos arviointiryhmässä olisi ollut joku, jolla on todellista kokemusta LIMS/ELN-järjestelmien käytöstä (tai joku, joka on osallistunut LIMS/ELN-kehitykseen), varsinkin kun tällaista asiantuntemusta on saatavilla Helsingin yliopistossa.Neuvotteluihin on osallistunut vain muutama henkilö, kun taas suurimmalta osin sidosryhmiltä ei edes pyydetty mielipidettä. Kun kysyin nimenomaisesti tästä suljetusta toiminnasta, vastaus oli: Hankintaan oli tuolloin mukana hyvin harvoja yksiköitä (lähinnä kronologian yksikkö ja yksi henkilö kemian laitokselta), vaikka tieto oli levitetty ympäri yliopistoa ja kuka tahansa oli tervetullut osallistumaan ja esittämään tarpeitaan. Vaikka yritänkin seurata aktiivisesti IT-infrastruktuurin kehitystä, en nähnyt missään mitään ilmoituksia, enkä löytänyt jälkikäteen etsiessäni mitään, mikä olisi herättänyt huomioni ja antanut minulle mahdollisuuden osallistua. Helsingin yliopiston kansainväliseen menestykseen eniten vaikuttavat laboratoriot ovat tärkeimpiä sidosryhmiä, mutta ne jätettiin huomiotta. Ehkä hieman aktiivisempi sidosryhmien etsiminen olisi ollut paikallaan. LabVantagen kanssa neuvoteltu peruspaketti näyttää olevan suunnattu rutiini- ja kliiniseen laboratoriotyöhön, mutta ei innovatiiviseen tutkimukseen. Kaksi moduulia, jotka ovat elintieteiden tutkimustyössä kaikkein välttämättömimpiä, ovat ELN ja tallennustilan hallinta. Valitettavasti monet biotieteille ominaiset rutiinit (DNA- ja proteiinisekvenssien haku BLAST-tyyppisillä hakualgoritmeilla) puuttuvat tarjouksesta kokonaan, vaikka niitä tarvitaan biotieteissä kipeästi. Ilmaisen sovellusrajapinnan (API) puuttuminen (kuten 
 &lt;a href="https://elabftw.readthedocs.io/en/latest/api.html" target="_blank" rel="noopener noreferrer nofollow"&gt;eLAbFTW&amp;nbsp;






 
 
 
 &lt;svg class="svg-inline--fa fas fa-up-right-from-square fa-2xs" fill="currentColor" aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 512 512" overflow="visible"&gt;&lt;use href="#fas-up-right-from-square"&gt;&lt;/use&gt;&lt;/svg&gt;&lt;/a&gt;
 -ominaisuudet tai 
 &lt;a href="https://support.scinote.net/hc/en-us/articles/115001421649-Onko-API:ta-tai-verkkopalvelua-sciNoten-integroimiseksi-kolmannen-osapuolen-sovellukseen-" target="_blank" rel="noopener noreferrer nofollow"&gt;SciNote&amp;nbsp;






 
 
 
 &lt;svg class="svg-inline--fa fas fa-up-right-from-square fa-2xs" fill="currentColor" aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 512 512" overflow="visible"&gt;&lt;use href="#fas-up-right-from-square"&gt;&lt;/use&gt;&lt;/svg&gt;&lt;/a&gt;
) estää käyttäjiä integroimasta omaa olemassa olevaa koodiaan tai omia tietokantajärjestelmiään. Jokainen pieni muutos vaatisi LabVantage-kehittäjien osallistumista, ja se olisi erittäin hidas ja kallis prosessi. Käytännössä tämä tarkoittaa, että järjestelmän puutteita ei koskaan korjata. Peruspaketin voi ottaa käyttöön mikä tahansa yliopiston laboratorio maksamalla kertaluonteisen 200 euron maksun jokaisesta käyttäjästä (ei jaettavia lisenssejä, vain nimelliskäyttäjiä). Meidän laboratoriomme osalta summa olisi 2 000 €, mutta alhainen hinta ei sinänsä ole myyntivaltti. Puitesopimuksen puitteissa mikä tahansa laboratorio voi maksaa lisämoduulit itse, mutta 17 500 €:n korkea hinta tekee siitä epätodennäköistä, että kukaan niin tekisi. En halua ajaa yhteishankintaa, koska ei ole mitään keinoa tietää, sopisivatko nämä moduulit laboratoriotyön arkeen. Toisin kuin useimmat muut toimittajat, LabVantage ei tarjoa järjestelmän ilmaista kokeiluversiota. Minusta on epäilyttävää, jos toimittaja ei tarjoa kokeiluversiota. Jos tuote on hyvä, kokeiluversio vakuuttaa potentiaaliset asiakkaat ostamaan sen. Jos tuote on hyvä, mitä haittaa kokeiluversiosta voisi olla toimittajalle? Olemme itse testanneet useita ELN-ratkaisuja kahden viime vuoden aikana, ja jotkut järjestelmät saivat erittäin huonoa palautetta niiltä, jotka käyttävät niitä päivittäin (esim. hankala tietojen tuonti, epäintuitiivinen käyttöliittymä, hidas palvelimen vasteaika). Itse asiassa oligonukleotidien hallintaan ja proteiinien/entsyymien varastointiin käytämme edelleen täysin vanhentunutta avoimen lähdekoodin LIMS-järjestelmää, jonka olin mukana kehittämässä noin 15 vuotta sitten tohtoriopiskelijana (
 &lt;a href="http://phplabdb.sourceforge.net" target="_blank" rel="noopener noreferrer nofollow"&gt;http://phplabdb.sourceforge.net&amp;nbsp;






 
 
 
 &lt;svg class="svg-inline--fa fas fa-up-right-from-square fa-2xs" fill="currentColor" aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 512 512" overflow="visible"&gt;&lt;use href="#fas-up-right-from-square"&gt;&lt;/use&gt;&lt;/svg&gt;&lt;/a&gt;
, nykyisin osoitteessa 
 &lt;a href="https://github.com/mbekaert/phplabdb%29" target="_blank" rel="noopener noreferrer nofollow"&gt;https://github.com/mbekaert/phplabdb)&amp;nbsp;






 
 
 
 &lt;svg class="svg-inline--fa fas fa-up-right-from-square fa-2xs" fill="currentColor" aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 512 512" overflow="visible"&gt;&lt;use href="#fas-up-right-from-square"&gt;&lt;/use&gt;&lt;/svg&gt;&lt;/a&gt;
. Laboratoriossani käytämme 
 &lt;a href="https://www.elabftw.net/" target="_blank" rel="noopener noreferrer nofollow"&gt;eLabFTW:tä&amp;nbsp;






 
 
 
 &lt;svg class="svg-inline--fa fas fa-up-right-from-square fa-2xs" fill="currentColor" aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 512 512" overflow="visible"&gt;&lt;use href="#fas-up-right-from-square"&gt;&lt;/use&gt;&lt;/svg&gt;&lt;/a&gt;
. Meillä on paikallinen asennus Helsingin yliopiston intranetissä (johon pääsee VPN:n kautta mistä tahansa), ja kuka tahansa Helsingin yliopiston jäsen voi saada sieltä käyttäjätunnuksen. Jos olet kiinnostunut kokeilemaan sitä, ota yhteyttä minuun! Keskeinen kysymys jää edelleen vaille vastausta: miksi suurinta osaa sidosryhmistä ei otettu mukaan päätöksentekoprosessiin?&lt;/p&gt;</description></item><item><title>OpenBIS aloittelijoille</title><link>https://jeltsch.org/fi/openbis_for_dummies/</link><pubDate>Tue, 06 Sep 2016 00:00:00 +0000</pubDate><guid>https://jeltsch.org/fi/openbis_for_dummies/</guid><description>&lt;p&gt;Jos olet harkinnut 
 &lt;a href="https://jeltsch.org/fi/tags/eln/"&gt;siirtymistä paperisista laboratoriomuistiinpanoista sähköisiin&lt;/a&gt;
, kuten me tällä hetkellä teemme, olet ehkä törmännyt 
 &lt;a href="https://wiki-bsse.ethz.ch/display/bis/Home" target="_blank" rel="noopener noreferrer nofollow"&gt;OpenBIS&amp;nbsp;






 
 
 
 &lt;svg class="svg-inline--fa fas fa-up-right-from-square fa-2xs" fill="currentColor" aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 512 512" overflow="visible"&gt;&lt;use href="#fas-up-right-from-square"&gt;&lt;/use&gt;&lt;/svg&gt;&lt;/a&gt;
 -ratkaisuun. Haluatko asentaa OpenBIS:n, mutta et tiedä miten? Minullakaan ei ollut aavistustakaan, joten yritin toistuvasti, kunnes onnistuin. Onneksi sain apua ETHZ:n OpenBIS-tiimiltä ja paikalliselta IT-tukitiimiltä, mutta he eivät tietenkään voi korvata Jetty- ja PostgreSQL-ohjelmistoihin liittyvän osaamisen puutetta….Jos haluat vain kokeilla sitä nopeasti, voi olla helpompaa ladata VirtualBox-kuva, jossa kaikki on esiasennettu ja esiasetettu (
 &lt;a href="https://wiki-bsse.ethz.ch/display/bis/openBIS&amp;#43;ELN-LIMS&amp;#43;Virtual&amp;#43;Machine" target="_blank" rel="noopener noreferrer nofollow"&gt;https://wiki-bsse.ethz.ch/display/bis/openBIS+ELN-LIMS+Virtual+Machine&amp;nbsp;






 
 
 
 &lt;svg class="svg-inline--fa fas fa-up-right-from-square fa-2xs" fill="currentColor" aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 512 512" overflow="visible"&gt;&lt;use href="#fas-up-right-from-square"&gt;&lt;/use&gt;&lt;/svg&gt;&lt;/a&gt;
 ). Minulla ei kuitenkaan ollut tarpeeksi nopeaa laitteistoa VirtualBox-kuvan ajamiseen, joten päätin, että vanha tietokone riittää hyvin myös ilman virtuaalikoneen käyttöä. Alla olevat ohjeet on kirjoitettu muistista ja niiden lopullisten konfiguraatiotiedostojen perusteella, jotka toimivat. Aion kuitenkin vielä asentaa palvelimen alusta alkaen suorittamalla vain alla kirjoittamani ohjeet varmistaakseni, etten ole jättänyt mitään tärkeää huomiotta. Sillä välin haluan kuitenkin julkaista nämä tiedot. Olisin ollut iloinen, jos olisin löytänyt jonkinlaisen ”OpenBIS-asennus aloittelijoille” -ohjeen. Jotta tuki olisi mahdollisimman pitkäaikaista, valitsin asennukseen Ubuntu 16.04 Serverin (VirtualBox-kuvassa käytetään Ubuntu 14.04 Desktopia) ja 
 &lt;a href="https://wiki-bsse" target="_blank" rel="noopener noreferrer nofollow"&gt;OpenBIS 16.05.1&amp;nbsp;






 
 
 
 &lt;svg class="svg-inline--fa fas fa-up-right-from-square fa-2xs" fill="currentColor" aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 512 512" overflow="visible"&gt;&lt;use href="#fas-up-right-from-square"&gt;&lt;/use&gt;&lt;/svg&gt;&lt;/a&gt;
 -ohjelmiston uusimman version.ethz.ch/display/bis/Production+Releases) (ohjelmiston lataaminen edellyttää tilin luomista). Sähköisen laboratoriomuistikirjan (ELN) laajennus sisältyy kyseiseen versioon. Tällöin sinulla on ongelma Java 7:n tuen kanssa (sitä ei ylläpidetä enää kauan, ja aion pian kokeilla OpenBIS ELN:n käyttöä Java 8:n kanssa, mutta tässä ohjeessa käytetään Java 7 PPA:ta Ubuntu 16.04:lle).1. Asenna Ubuntu 16.04.1 Server puhtaalta pöydältä. Luo asennuksen aikana järjestelmänvalvojakäyttäjä ”openbis”. Kun ohjelma pyytää valitsemaan ohjelmistot, valitse vakiotyyppisten järjestelmätyökalujen lisäksi OpenSSH ja PostgreSQL. Ensimmäisen kirjautumisen yhteydessä (käyttäjänä openbis) päivitä ja päivitä kaikki ohjelmistot uusimpaan versioon ja asenna emacs (tai mikä tahansa mieluisasi tekstieditori) sekä unzip:&lt;code&gt;sudo apt install unzip emacs24-nox&lt;/code&gt;2. Asenna Java 7. Tässä on yksi tapa tehdä se:&lt;code&gt;sudo add-apt-repository ppa:openjdk-r/ppa sudo apt-get updatesudo apt-get install openjdk-7-jre-headless&lt;/code&gt;3. Jotta PostgreSQL asennettaisiin oikein, muokkaa asetustiedostoa /etc/postgres/9.5/main/pg_hba.conf. Kaikissa &lt;strong&gt;peer&lt;/strong&gt;-sanalla päättyvissä riveissä &lt;strong&gt;peer&lt;/strong&gt; on vaihdettava sanaksi &lt;strong&gt;trust&lt;/strong&gt;! Sen jälkeen lataa PostgreSQL uudelleen: &lt;code&gt;sudo systemctl reload postgreql&lt;/code&gt;4. Jos asennat VirtualBoxin kaltaiseen virtuaalikoneeseen, on järkevää asentaa vierasapuohjelmat (virtualbox-guest-utils), sillä ne helpottavat käyttöä. Luo jaettu (pysyvä, automaattisesti avautuva kansio) ja lisää openbis vboxsf-ryhmään: &lt;code&gt;sudo usermod -a -G vboxsf openbis&lt;/code&gt; 4. Siirrä pakattu openBIS-asennustiedosto openbis-käyttäjän kotikansioon. 5. Pura asennustiedosto:&lt;code&gt;tar -xvzf openBIS-installation-standard-technologies-S233.0-r36799.tar.gz&lt;/code&gt;6. Siirry purkettuun hakemistoon: &lt;code&gt;cd openBIS-installation-standard-technologies-S233.0-r36799&lt;/code&gt; 7. Muuta seuraavia asetuksia console.properties-tiedostossa: &lt;code&gt;INSTALL_PATH=/home/openbis/DSS_ROOT_DIR=/home/openbis/dataELN-LIMS = truePATHINFO_DB_ENABLED = trueINSTALLATION_TYPE = server&lt;/code&gt;Tässä kokeilussa en ole muuttanut avainvaraston salasanaa, mutta sinun tulisi tehdä se turvallisuussyistä, jos käytät palvelinta tuotantokäytössä!8. Suorita asennusohjelma (ei root-käyttäjänä, vaan openbis-käyttäjänä):&lt;code&gt;./run-console.sh&lt;/code&gt;9. Kun asennusohjelma pyytää antamaan openBIS-käyttäjän ”admin” salasanan, kirjoita salasana, jota haluat käyttää kirjautuessasi admin-käyttäjänä verkkokäyttöliittymään.10. Kun asennus on valmis, siirry kansioon ~/openbis/servers/openBIS-server/jetty/etc ja muokkaa tiedostoa &lt;strong&gt;service.properties&lt;/strong&gt;. Itse asiassa sinun ei tarvitse muokata mitään, jotta asennus toimisi, mutta meidän piti määrittää järjestelmä Ldap-pohjaista kirjautumistodennusta varten.&lt;code&gt;authentication-service = file-authentication-service =&amp;gt; authentication-service = file-ldap-authentication-service&lt;/code&gt;Jos käytät pelkästään LDAP:tä (eli authentication-service = ldap-authentication-service), LDAP-hakemistossa on oltava tiettyjä erityiskäyttäjiä. Todennamme yliopistomme LDAP-palvelimen kautta vain järjestelmän tavallisia käyttäjiä, joten esimerkiksi järjestelmänvalvojan käyttäjä on todennettava paikallisesti. Tämä järjestelmänvalvojan käyttäjä määritetään asennuksen aikana, mutta jotta tämä toimisi, sekä tiedosto- että LDAP-todennuksen on oltava käytössä. Tämä on ldap-palvelimemme osoite, sellaisena kuin se on määritelty service.properties-tiedostossa. Se sisältää todennusperustan, jonka sinun on pyydettävä järjestelmänvalvojiltasi:&lt;code&gt;ldap.server.url = ldap://ldap2015.it.helsinki.fi/OU=people,DC=helsinki,DC=fi&lt;/code&gt;Tämä on LDAP-käyttäjä ja hänen salasanansa LDAP-palvelimella (älä kysy minulta, miksi LDAP-väki käyttää niin monimutkaista sanamonsteria niin yksinkertaisen käsitteen kuvaamiseen):&lt;code&gt;ldap.security.principal.distinguished.name = OU=openbis,OU=login,DC=helsinki,DC=fi``ldap.security.principal.password = PASSWORD&lt;/code&gt;Seuraavat parametrit koskevat nimenomaan LDAP-palvelintamme. Käytämme OpenLDAP:ia, ja koska OpenBIS ei näytä tukevan TLS:ää, käytämme SSL:ää:&lt;code&gt;ldap.security.protocol = ssl``ldap.security.authentication-method = simple``ldap.queryTemplate = (&amp;amp;(%s))&lt;/code&gt;OpenBIS vaatii HTTPS:ää. Voit joko jättää itse allekirjoitetun varmenteen (jonka ETHZ on toimittanut) voimaan tai asentaa oman varmenteen. Jos pidät itse allekirjoitetun varmenteen voimassa, kaikki käyttäjät saavat varoituksen yrittäessään kirjautua verkkopalveluun. Lisäongelmana näyttää olevan se, että tiedostojen lähettäminen ei näytä toimivan itse allekirjoitetulla varmenteella, koska portin 8444 kautta lähetetty https-pyyntö ei tuota sellaista välityspyyntöä, joka näkyisi käyttäjille selainikkunassa ja jonka he voisivat ohittaa.Siksi meillä ei ollut muuta vaihtoehtoa kuin hankkia oikea varmenne, mikä onneksi on nykyään helpompaa kuin vielä vuosi sitten 
 &lt;a href="https://letsencrypt.org/" target="_blank" rel="noopener noreferrer nofollow"&gt;Let’s Encryptin&amp;nbsp;






 
 
 
 &lt;svg class="svg-inline--fa fas fa-up-right-from-square fa-2xs" fill="currentColor" aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 512 512" overflow="visible"&gt;&lt;use href="#fas-up-right-from-square"&gt;&lt;/use&gt;&lt;/svg&gt;&lt;/a&gt;
 ansiosta. Siitä huolimatta varmenteen hankkiminen kesti jonkin aikaa. Käytämme OpenBIS-palvelinta yliopiston sisäverkossa, eikä se ole näkyvissä ulkopuolelta. Käyttäjien, jotka haluavat käyttää palvelinta ulkopuolelta, on käytettävä VPN:ää. Siksi jouduimme asentamaan väliaikaisen ”väärennetyn” palvelimen, jolla on sama nimi, julkisesti saavutettavalle IP-osoitteelle ja luomaan Let’s Encrypt -varmenteen (Let’s Encrypt ei ole vielä automatisoitu Jetty-sovellukselle). Käytin automaattista menetelmää Apache2:lle omalla Digital Ocean -palvelimellani ja hain sitten kaksi tärkeää tiedostoa (fullchain1.pem ja privkey1.pem) hakemistosta /etc/letsencrypt/archive/eln.jeltsch.org ja siirrin ne OpenBIS-palvelimellemme. Muuntaakseni ne Java-avainvarastolle sopivaan muotoon käytin seuraavia komentoja:&lt;code&gt;openssl pkcs12 -export -out keystore.pkcs12 -in fullchain1.pem -inkey privkey1.pemkeytool -importkeystore -srckeystore keystore.pkcs12 -srcstoretype PKCS12 -destkeystore keystore.jks&lt;/code&gt;Ensimmäinen komento pyytää vientisalasanaa. Ei ole väliä, mitä salasanaa käytät (minä käytin 12345678). Toinen komento pyytää kohdeavainvaraston salasanaa. Kirjoita tähän &amp;ldquo;changeit&amp;rdquo;, jos et ole muuttanut avainvaraston oletussalasanaa (&amp;ldquo;changeit&amp;rdquo;) asennuksen aikana. Sitten se pyytää myös lähdeavainvaraston salasanaa (joka on se 12345678, jota käytin juuri yllä).Sitten sinun on vielä lisättävä tämän avainvaraston sisältö jo olemassa olevaan avainvarastoon. Tähän on luultavasti monia tapoja, mutta minä käytin graafista työkalua nimeltä 
 &lt;a href="http://www.keystore-explorer.org/" target="_blank" rel="noopener noreferrer nofollow"&gt;Keystore Explorer&amp;nbsp;






 
 
 
 &lt;svg class="svg-inline--fa fas fa-up-right-from-square fa-2xs" fill="currentColor" aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 512 512" overflow="visible"&gt;&lt;use href="#fas-up-right-from-square"&gt;&lt;/use&gt;&lt;/svg&gt;&lt;/a&gt;
. Avaa vain molemmat avainvarastot (tähän tarvitset salasanan ”changeit”), poista olemassa oleva ETHZ-merkintä ja lisää ainoa (letsencrypt) merkintä äskettäin luodusta avainvarastosta. Korvaa hakemistossa ~/openbis/servers/openBIS-server/jetty/etc/ olevat tiedostot ”keystore” ja ”openBIS.keystore” muokatulla avainvarastolla. Molemmat tiedostot ovat identtisiä, enkä tällä hetkellä tiedä, miksi ne on kopioitu kahdesti. Sinun on myös korvattava ~/openbis/servers/datastore_server/etc/openBIS.keystore avainvaraston uudella versiolla. Jostain syystä tiedostojen lähetys ei toiminut, ja jotta lähetys saadaan toimimaan, datastore-palvelimen service.properties-tiedostossa on määritettävä datastore-palvelimen isäntäosoite: &lt;code&gt;https://eln tarvitsee =&amp;gt; https://eln.jeltsch.org&lt;/code&gt;. Koska käytimme eri isäntää varmenteen luomiseen, isäntänimissä oli ristiriita, ja jouduimme korvaamaan isäntänimen asetukset manuaalisesti: Muuta ne tiedostoissa /etc/hostname ja /etc/hosts ja käynnistä sitten järjestelmä uudelleen. Asennusohjelma otti kuitenkin datastore-palvelimen service.properties-tiedostoihin vain nimen ensimmäisen osan. Palvelimemme nimi on eln.jeltsch.org, mikä johti muotoon https://eln. Tätä osoitetta ei voitu ratkaista verkossamme, koska Let’s Encrypt -varmenne oli allekirjoitettu toisella palvelimella. Kun olimme muuttaneet service.properties-tiedostoja ja käynnistäneet järjestelmän uudelleen, olimme vihdoin valmiita testaamaan palvelinta: 11. Palvelimen käynnistäminen: Kirjaudu palvelimeen openbis-käyttäjänä. &lt;code&gt;cd ~/openbis/bin/./allup.sh&lt;/code&gt; 12. Siirry toisella tietokoneella selaimellasi osoitteeseen &amp;ldquo;
 &lt;a href="https://eln.jeltsch.org:8443/openbis/webapp/eln-lims%22" target="_blank" rel="noopener noreferrer nofollow"&gt;https://eln.jeltsch.org:8443/openbis/webapp/eln-lims"&amp;nbsp;






 
 
 
 &lt;svg class="svg-inline--fa fas fa-up-right-from-square fa-2xs" fill="currentColor" aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 512 512" overflow="visible"&gt;&lt;use href="#fas-up-right-from-square"&gt;&lt;/use&gt;&lt;/svg&gt;&lt;/a&gt;
. Jos et ole asentanut julkisesti luotettua varmennetta, selain varoittaa sinua nyt, että yhteys ei ole suojattu. Napsauta vain &amp;ldquo;Lisäasetukset&amp;rdquo; ja vahvista suojauspoikkeus. Sinun on kirjauduttava sisään käyttäjätunnuksella admin/PASSWORD (jonka määritit asennuksen yhteydessä). ELN:n käytöstä on saatavilla joitakin 
 &lt;a href="https://wiki-bsse.ethz.ch/display/openBISDoc/openBIS&amp;#43;ELN-LIMS&amp;#43;Tutorial" target="_blank" rel="noopener noreferrer nofollow"&gt;oppaita&amp;nbsp;






 
 
 
 &lt;svg class="svg-inline--fa fas fa-up-right-from-square fa-2xs" fill="currentColor" aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 512 512" overflow="visible"&gt;&lt;use href="#fas-up-right-from-square"&gt;&lt;/use&gt;&lt;/svg&gt;&lt;/a&gt;
. Laboratoriossani työskentelevät kollegat ovat kuitenkin kertoneet, että käyttöliittymä ei ole kovin intuitiivinen ja että minun on opetettava heille perusasiat. Mielestäni voisi olla järkevää kuvata oppaassa tyypillisen pienen biotieteiden laboratorion asetukset: mitkä työtilat, millaiset käyttöoikeudet ja kenelle, sekä kuvata yleisiä tilanteita (esim. jos joidenkin reagenssiluetteloiden on oltava ulkopuolisten saatavilla jne.). Minulla on myös paljon parannusehdotuksia. Olisi esimerkiksi mukavaa saada lisää ”ELN-esikatseluja” ladatuille asiakirjoille. Tällä hetkellä kuvia voi esikatsella, mutta esimerkiksi PDF-tiedostoja ei (en ole vielä kokeillut SVG-tiedostoja, mutta käytämme niitä melko paljon kuvien merkitsemiseen). Tämä ei todellakaan ole viimeinen OpenBIS-aiheinen kirjoitukseni, ja ennen kuin otamme järjestelmän tuotantokäyttöön (todennäköisesti ensi vuoden alussa), minulla on vielä paljon opittavaa.&lt;/p&gt;</description></item></channel></rss>