Svg on Michael’s Domain

Proteiinien puhdistus Äkta- ja Unicorn-järjestelmillä

Sun, 19 Apr 2026 00:00:00 +0000

Proteiinit (ja muut biomolekyylit) puhdistetaan useimmiten kromatografisilla menetelmillä. Vain muutamat valmistajat ovat kehittäneet erityisesti biomolekyyleille, kuten proteiineille, nukleiinihapoille ja viruksille, optimoituja kromatografiajärjestelmiä. Tunnetuimpia järjestelmiä ovat BioRadin NGC-sarja ja Cytivan Äkta-sarja. Tiedekuntamme on hiljattain hankkinut Äkta Avant -laitteiston, ja sen käyttöönotto on aivan loppusuoralla. Se on jo integroitu varausjärjestelmään, ja ainoastaan automaattinen varmuuskopiointijärjestelmä puuttuu vielä. Olen käyttänyt Äkta-laitteita vuodesta 1996 lähtien, jolloin professori Jorma Keski-Oja osti yhden ensimmäisistä Äkta Explorer -laitteistoista Haartman-instituuttiin. Ohjelmistona oli ja on edelleen Unicorn, mutta nykyisin käytössä on versio 7, joka näyttää huomattavasti nykyaikaisemmalta kuin viime vuosituhannen Unicorn-versiot: se on paljon selkeämpi ja vähemmän sekava. Kuitenkaan edes yli 10 vuoden kehitystyön jälkeen Unicorn 7 ei vastaa ominaisuuksiltaan täysin vanhoja versioita. Siksi Evaluation-moduuli tarjoaa mahdollisuuden vaihtaa takaisin Evaluation Classic -näkymään. Jos haluat esimerkiksi esitellä yksilöllisiä ja tyylikkäitä kromatogrammeja luennoillasi, tarvitset edelleen Evaluation Classic -versiota! Vaikka uudessa Evaluation-moduulissa on pikatoimminot käyrien viemiseksi suoraan esitysohjelmiin (kuten PowerPointiin), tämä vienti perustuu täysin pikseligrafiikkaan, eikä kuva ole enää helposti muokattavissa viennin jälkeen. Käyrät kannattaa viedä alan standardimuotoiseen vektorigrafiikkamuotoon: SVG-muotoon. Voit muokata sitä millä tahansa nykyaikaisella vektorigrafiikkaohjelmalla, kuten Canvalla, Adobe Illustratorilla tai Inkscapella. Kun klikkaat hiiren kakkospainikkeella kromatogrammin sisällä Evaluation Classic -näkymässä, voit tallentaa kromatogrammin metatiedostona. Nykyisessä Unicorn-versiossa tämä kuitenkin aiheuttaa virheen Windows 11 -ympäristössä. Ongelman voi kuitenkin kiertää seuraavasti:

Kuvia esityksiin ja havainnollistamiseen

Mon, 09 Sep 2024 00:00:00 +0000

Lupasin tammikuussa luetella verkkosivustoja, joilta löytyy ilmaisia kuvia ( ilmaisia sekä taloudellisessa että vapauden merkityksessä ). Sitten unohdin lupaukseni. Koska käytän pääasiassa Inkscapea kuvitusten piirtämiseen, etsin yleensä SVG-kuvia. Inkscape on avoimen lähdekoodin ohjelmisto, jolla luodaan vektorigrafiikkaa. SVG ei ole vain vektorigrafiikan verkkostandardi, vaan myös Inkscapen oma tiedostomuoto. Joskus myös PNG- tai JPEG-kuvat käyvät, jos ne voidaan helposti muuntaa SVG-kuviksi (esim. siluetit). Toisinaan etsin 3D-kuvia (“malleja”), ja silloin pidän niistä parhaiten Blender -muodossa (ainoa 3D-ohjelmisto, jota olen käyttänyt useammin kuin vain muutaman kerran).Verkossa on kahta erilaista vapaasti käytettävää kuvatyyppiä: Public Domain ja Creative Commons . Public Domain -kuvia voi käyttää ilman rajoituksia, kun taas Creative Commons -kuviin liittyy yleensä joitakin rajoituksia. Yleisin rajoitus CC-lisensoiduille kuville on, että tekijän nimi on mainittava. Joskus on myös lisärajoituksia, kuten kaupallisen käytön tai muokkaamisen kieltäminen.Kun teet kuvahakua Googlen tai DuckDuckGon avulla, voit rajata hakutulokset vain tiettyä lisenssiä noudattaviin kuviin. Google ja DuckDuckGo kattavat kuitenkin vain murto-osan internetistä, ja on olemassa hakusivustoja, jotka ovat erikoistuneet tiettyjen kuvien etsimiseen.Voit myös pyytää tekoälyä luomaan täydellisen kuvan. Yleensä tarvitaan useita yrityksiä, ennen kuin saat jotain käyttökelpoista, etkä voi koskaan saada tekijänoikeuksia kuvaan, vaikka olisit viettänyt tunteja täydellisen kehotteen suunnitteluun. Voit kokeilla esimerkiksi DALL·E 3:a , tai voit jopa käyttää joitakin tekoälypohjaisia kuvageneraattoreita omalla tietokoneellasi, kuten Stable Diffusion . Yllä oleva kuva on luotu DALL·E 3:lla seuraavan ohjeen avulla: ”Henkilö, jota ympäröivät kuvat, symboloimassa täydellisen kuvan etsimistä.”

Miksi BioRenderiä ei kannata käyttää

Wed, 17 Jan 2024 00:00:00 +0000

Noin kaksi vuotta sitten yliopistomme otti käyttöön BioRenderin organisaatiotilauksen. BioRender on selainpohjainen tieteellinen kuvitusohjelmisto, jossa on laaja kirjasto valmiita elementtejä, mukaan lukien monimutkaisia kuvituksia. Sen avulla voi kuvittaa tieteellisiä käsitteitä nopeasti tai luoda vuokaavioita kokeellisille järjestelyille. Ja kun otetaan huomioon, kuinka helppoa sen käyttö on, tulokset näyttävät varsin tyylikkäiltä. Se on kuin tieteellisen kuvituksen McDonald’s. Se on nopea ja hoitaa homman. Totta, ruoka kolmen Michelin-tähden ravintolassa maistuu paljon paremmalta, mutta useimmilla meistä on harvoin varaa sellaiseen ylellisyyteen. Miksi et sitten pitäisi käyttää sitä kaikista edellä mainituista eduista huolimatta?

Kuinka muuntaa EMF-tiedostot SVG-muotoon

Tue, 06 Mar 2007 00:00:00 +0000

Tämä tarve syntyi, koska Äkta Explorer -laitetta ohjaava Unicorn-ohjelmisto pystyy viemään raakakromatografiakäyriä vain EMF-muodossa. Surkeaa. Kokeillessani erilaisia vaihtoehtoja päädyin OpenOfficeen. OpenOffice Draw pystyy tuomaan EMF-tiedostoja ja tallentamaan ne SVG-muodossa. Muita sovelluksia, jotka pystyvät avaamaan EMF-tiedostoja, ovat FreeHand ja CorelDraw (testattu Macintoshilla). FreeHand ei kuitenkaan pysty viemään tiedostoja SVG-muotoon.