Teknologia on Michael’s Domain

Zoteron asentaminen Linuxiin/Ubuntuun

Mon, 11 May 2026 00:00:00 +0000

Virallinen tapa asentaa Zotero Linuxiin on lievästi sanottuna painajainen ( https://www.zotero.org/support/installation ). Se tosiasia, että asennuksessa onnistuminen vaatii yksityiskohtaisia ohjeita, puhuu puolestaan:

Sovellus ei vastaa

Fri, 27 Mar 2026 00:00:00 +0000

Gnomessa saat varoituksen, jos sovelluksella kestää liian kauan suorittaa tehtävä. Tämä voi olla todella ärsyttävää, jos tiedät, että sovellus vain yrittää tehdä työnsä käytettävissä olevilla resursseilla. debi, Zotero ja SnapGene ovat joitakin sovelluksista, jotka aiheuttavat usein tämän varoituksen minun (melko hitaalla) kannettavallani. Päästäksesi eroon tästä häiritsevästä varoituksesta (tai ainakin tehdäksesi niistä paljon harvinaisempia), voit pidentää timeoutia näin:

Find-komento vanhalla Asustorilla

Sat, 21 Mar 2026 00:00:00 +0000

Sen sijaan, että klikkailisit satunnaisesti loputtomia kansiohierarkioita Asustorin verkkokäyttöliittymässä, voit yksinkertaisesti ottaa ssh-yhteyden laitteeseen ja etsiä komentoriviltä. Nykyaikaisten Linux-järjestelmien find-komennon ja Asustorin find-komennon välillä on kuitenkin tärkeitä eroja. Elinkaarensa päässä oleva (EOL) Asustorini (AS-304T) käyttää versiota 3.5.9.RWM1, jossa on BusyBoxin find v1.19.3, kun taas Ubuntu Linuxini käyttää GNU find -versiota 4.9.0. BusyBoxin find karsii ominaisuuksia pienen binäärikoon saavuttamiseksi ja on lukittu GPL-2-lisenssiin. Linuxin GPL-3-puolella on lisätty merkittäviä uusia ominaisuuksia ja suorituskykyparannuksia. Tässä on find-komento, jota tarvitset, jos haluat etsiä kaikilta Asustorisi levyiltä:

Kuinka asentaa värisokeille turvallinen Nature Color Palette Inkscapeen

Wed, 28 Jan 2026 00:00:00 +0000

Tämä on helppoa ja nopeaa Linuxissa. Ohjeet tämän väripaletin asentamiseen Windowsissa tai macOS:ssa löydät osoitteesta https://github.com/atsuyaw/NatureColorPalette .

Asustor AS-304T verkkolevypalvelin ei pysty liittämään nykyaikaisia ext4-tiedostojärjestelmiä

Thu, 22 Jan 2026 00:00:00 +0000

Asustore AS-303T on jo melko vanha (vuodelta 2013), mutta halusin silti pitää sen tallentaakseni varmuuskopioita noin viimeisen 15 vuoden ajalta. Olin alun perin asentanut laitteeseen neljä 2 TB:n levyä, mutta nyt minulla oli ylimääräisenä neljä vanhaa 3 TB:n levyä ja halusin käyttää niitä maksimoidakseni tallennuskapasiteetin. Kopioin siis väliaikaisesti tiedot NAS:n RAID-järjestelmästä muutamalle ulkoiselle levylle ennen NAS:n päivittämistä 3 GB:n levyillä. Tein osan kopioinnista suoralla point-to-point-kaapeliyhteydellä kannettavaan tietokoneeseeni , mikä oli huono idea, sillä kun myöhemmin yritin kopioida tietoja takaisin käyttämällä NAS:n paikallista USB3-porttia, NAS:n käyttöjärjestelmä ei tunnistanut ext4-tiedostojärjestelmää, jota Ubuntu 24.04 -järjestelmäni käytti. Kävi ilmi, että Asustor NAS käyttää BusyBox v1.19.3 -versiota, ja vaikka se pystyy lukemaan ext4-tiedostojärjestelmää, se ei tunnista moderneja ext4-ominaisuuksia ja epäonnistui siksi levyjen liittämisessä (Asustor AS-304T käyttää ADM-versio 3.5.9.RWM1, joka sai viimeisimmän päivityksensä 29. elokuuta 2022). Jotta Asustor-käyttöjärjestelmä tunnistaisi nämä levyt, minun oli “alennettava” ext4-tiedostojärjestelmää. Näin se käy:

Verkkoliikenteen reititys kahden eri verkkokortin kautta

Sat, 03 Jan 2026 00:00:00 +0000

Kopioin juuri valtavasti tiedostoja NAS-varmuuskopiostamme kannettavalleni. Koska WiFi oli liian hidas (1 TB:n siirto kestää todellisuudessa useita tunteja), yhdistin NAS-laitteen suoraan kannettavaani ethernet-kaapelilla. Molempien koneiden IP-osoitteet piti määrittää manuaalisesti samaan verkkoon (joka voi olla mikä tahansa; käytin kannettavalleni osoitetta 192.168.8.150 ja NAS-laitteelle osoitetta 192.168.8.199, ja molempien Netmask-arvona oli 255.255.0.0). Koska tämä “sisäinen” verkko ei tarjoa internetyhteyttä, Ubuntu 24.04 -kannettavani palasi automaattisesti käyttämään WiFiä. Pakottaakseni kannettavan käyttämään langallista verkkoa, minun piti kytkeä WiFi pois päältä. Mutta nyt en pääse internetiin ilman WiFiä. Joten minun piti kertoa tietokoneelle, että langallista verkkoa käytetään vain NAS-laitteeseen, jonka IP-osoite on 192.168.8.199. Tarvitsemani komento on:

Samsung-työpuhelimessani oli esiasennettuna vakoiluohjelma

Thu, 25 Dec 2025 00:00:00 +0000

Työskennellessäsi Helsingin yliopistossa saatat saada vaikutelman, että meidän IT-osasto suhtautuu vakavasti digitaalisen turvallisuutesi suojelemiseen. Esimerkiksi tietohallinto pakottaa kaikki HY:n työntekijät suorittamaan vuosittaisen “kokeen” todistaakseen, että muistamme yhä tietoturvan ja yksityisyyden perusteet. He myös jatkavat – kaikkien asiantuntijoiden neuvojen vastaisesti – käyttäjien pakottamista päivittämään salasanansa vuosittain. Tutkimukset ovat osoittaneet, että molemmat edellä mainitut käytännöt heikentävät turvallisuustasoa sen parantamisen sijaan [1,2]. Yksityisyys on enemmän teatteria kuin todellisuutta nykypäivän digitaalisessa maailmassa [3]. Olisiko minun pitänyt yllättyä siitä, että oman IT-osaston virallisesti suosittelema Android-puhelinmalli sisälsi esiasennetun vakoiluohjelman?

Python hallitsee kasvejamme

Wed, 24 Dec 2025 00:00:00 +0000

Vuonna 2025 päivitimme 12 vuotta vanhan reitittimemme (Asus RT-AC66U, WiFi 5/IEEE 802.11ac) ja korvasimme sen WiFI 6 Flint 2:lla (GL-MT6000). Vaikka Flint 2:n oletuskäyttöliittymä on melko yksinkertainen, sen lisäasetukset ovat todellinen voimanpesä. Kun klikkaat “Advanced Setup”, pääset käsiksi taustalla olevaan OpenWRT-käyttöliittymään. OpenWRT on Linux-jakelu reitittimille. Eikä ole yllätys, että se on erittäin tehokas. Vuosi sitten aloitimme LED-valojen käytön auttaaksemme kasvejamme selviytymään talven yli. Valojen automaattiseen ohjaamiseen käytämme Shelly-älypistoketta Python-skriptin kautta, joka laskee valotasot ja sähkönhinnat (käyttäen sähkönhintatänään-rajapintaa hintatietojen hakemiseen) ja kytkee kasvivalot päälle vain silloin, kun sekä valotasot että sähkönhinnat ovat alhaisia.

Ohjeet Asustor AS7004T:n muuntamiseksi Ubuntu-palvelimeksi

Sat, 22 Nov 2025 00:00:00 +0000

Tänä viikonloppuna päivitin vanhan Asustor AS7004T NAS -laitteemme. Nyt se käyttää Ubuntu 24.04 -käyttöjerjestelmän. Vanha ADM-käyttöjerjestelmä ei ollut saanut päivityksiä enää yli vuoteen, ja laite seisoi siitä lähtien sammutettuna hyllyssä. Tämä on sääli, sillä laitteessa ei ollut kerta kaikkiaan mitään vikaa. Olin jo varhaisessa vaiheessa päivittänyt laitteen alkuperäisen 2 Gt:n muistin 8 Gt:n moduulilla yhteensä 10 Gt:n suuruiseksi. Ubuntu-palvelinta voi pyörittää myös 2 Gt:n muistilla, jos todella haluaisi… Mitä muuntamiseen tarvitaan? On sanomattakin selvää, että sinun on kytkettävä laitteeseen USB-näppäimistö ja hiiri. Applen USB-näppäimistöt eivät toimi. Mitä halvempi näppäimistö, sen parempi. Joskus hiiren kanssa oli ongelmia, ja silloin auttoi sen kytkeminen toiseen USB-porttiin. Ja tietysti NAS on liitettävä näyttöön HDMI-kaapelilla. Suosittelen asentamaan Ubuntu Server 24.04.3:n. Myös Ubuntu Desktop 24.03 toimii (testasin sitä), mutta en tarvitse sitä, ja palvelinversion resurssivaatimukset ovat paljon pienemmät. Toisin kuin vanhemmissa Asustorin NAS-laitteissa, tuulettimen ohjaus toimi ongelmitta. LED-ohjaus ja näytön tiedot eivät kuitenkaan toimi: näytössä lukee aina “Starting system. Please wait…”.

Vienti Avidemuxista MP4-muotoon

Sat, 20 Sep 2025 00:00:00 +0000

Jostain syystä Helsingin yliopiston Unitube kaatuu yritettäessä ladata MKV-tiedostoa. Sama toimi vielä viime vuonna… Vain suljetut tiedostomuodot näyttävät olevan ok (kuten MP4). Tämä aiheuttaa minulle paljon lisätyötä, sillä käytän avoimen lähdekoodin työkaluja luentotallenteideni editointiin (lähinnä turhien osien pois leikkaamiseen). MP4-tiedoston luominen edellyttää kuitenkin transkoodausta, mikä on aikaa vievä prosessi ja vaatii monien oletusasetusten muuttamista. Käytän siihen avoimen lähdekoodin ohjelma nimeltä Avidemux:

t_coffee ei edelleenkään pelaa vakio-Ubuntu 24.04 LTS -asennuksen kanssa

Thu, 18 Sep 2025 00:00:00 +0000

t_coffeen bugi, josta on ilmoitettu osoitteessa https://github.com/cbcrg/tcoffee/issues/27#issuecomment-1355339411, on edelleen olemassa monen vuoden jälkeen. Tuskin uskallan suositella t_coffeeta opiskelijoille, vaikka haluaisinkin, koska se on muuten erinomainen ja erittäin tehokas ohjelma. Useimmat eivät onnistu asentamaan sitä yliopistomme Ubuntu-distroon (“Cubbliin”), joka on tällä hetkellä Ubuntu 24.04. Kokeilin sitä itse aivan äskettäin (Ubuntu 24.04 LTS, sekä pakettienhallinnan kautta Ubuntu-paketinhallintalähteestä saatavalla versiolla että stable ja beta-versiolla osoitteesta https://tcoffee.org/Projects/tcoffee/index.html (vakaa COFFEE_installer_Version_13.46.0.919e8c6b_linux_x64.tar.gz ja beta T-COFFEE_installer_Version_13.46.1.b8b01e06_linux_x64.tar.gz). Kaikissa tapauksissa edelleen sama virhe estää ohjelman käyttöä: –ERROR: MAX_N_PID exceeded. Ohjelma jumittuu ja kestää noin minuutin ennen kuin se antaa virheilmoituksen, jopa yksinkertaisessa tehtävässä, joka normaalisti vie vain muutaman sekunnin. Monimutkaisemman alignmentin kohdalla voi kestää minuutteja tai tunteja ennen kuin virhe ilmenee. Kiertotapana on asettaa ympäristömuuttuja ennen jokaista ajokertaa, eli t_coffee korvataan skriptilla, joka kutsuu uudelleennimettyä t_coffeeta sen jälkeen, kun ympäristöparametri MAX_N_PID_4_TCOFFEE on asetettu johonkin suureen arvoon (kuten /proc/sys/kernel/pid_max), ja tämä on selitetty yllä olevassa Github linkissä. Katso myös https://github.com/cbcrg/tcoffee/issues/47 . Toinen kiertotapa on compilata ohjelma uudelleen eri MAX_N_PID-arvolla, mikä on melko suoraviivaista; katso myös täältä https://github.com/cbcrg/tcoffee :

Wireguard

Sat, 30 Aug 2025 00:00:00 +0000

Kotireitittimessäni (GL-iNet GL-MT6000) on sisäänrakennettu WireGuard-tuki. Asiakaslaitteen lisäämiseksi painat painiketta ja voit joko skannata QR-koodin tai ladata asetustiedoston. QR-koodi toimii ilman lisäsäätöjä Wireguard for Android -sovellukseni (virallinen Android-asiakasohjelman) kanssa, ja asetustiedosto toimii yhtä hyvin Ubuntu Linux 24.04:ssä NetworkManagerin kautta. VPN:n määrittämiseksi tuot vain asetustiedoston. Alhaalla viimeisen komennon tarkoitus on estää VPN:n automaattinen käynnistyminen uudelleenkäynnistyksen jälkeen. Jos työskentelen kotona, ei ole juurikaan järkeä liikenteen reitittämisessä oman kodin VPN-palvelimelle, kun olen jo kotona.

DVD-levyjen varmuuskopiointi

Sat, 09 Aug 2025 00:00:00 +0000

DVD-levyjen kopiointi on yksi asia (ja Handbrake on työkalu, jota olen enimmäkseen käyttänyt siihen). Mutta joskus haluat vain kopioida koko DVD:n kiintolevylle. Ubuntu Linuxissa suosikkiohjelmistoni tähän on dvdbackup .

Sama paikka, 38 vuotta myöhemmin (osa A)

Sat, 19 Jul 2025 00:00:00 +0000

Kävin Tallinnassa ensimmäisen kerran vuonna 1987. Se oli myös ensimmäinen ja viimeinen vierailuni Viron sosialistisessa neuvostotasavallassa. Otin tuolloin muutamia valokuvia (minulla oli vain yksi 36 kuvan 35 mm filmirulla mukana). Viime viikolla palasin sinne yli 25 vuoden tauon jälkeen ottaakseni uusintakuvia samoista paikoista. Sain apua asiantuntijalta, joka paikansi tarkasti alkuperäisten kuvien ottopaikat muutaman metrin tarkkuudella. Perspektiivin saaminen oikein oli silti vaikeaa, ja epäonnistuin selvästi kolmessa neljästä kuvasta. Luulin, että olin käyttänyt vuonna 1987 28–100 mm zoom-objektiivia, mutta kuvien perusteella en olekaan siitä enää varma. Minulla oli myös 70–210 mm zoom, ja saatoin käyttää sitä. Vuoden 1987 kuvista käy jotenkin ilmi, että minun on täytynyt olla kaukana kuvaamistani ihmisistä, koska kukaan ei kiinnittänyt huomiota. Olisin tietenkin voinut käyttää samaa kameraa (joka minulla on yhä laatikossa, jota en ole avannut kymmeneen vuoteen tai pidempään), mutta en ehtinyt hankkia filmimateriaalia lyhyellä varoitusajalla. Kuva nro 3 oli erityisen haastava, koska yhtäkään vuoden 1987 kuvassa näkyvistä rakennuksista ei ole enää olemassa. Otan mielelläni vastaan palautetta seuraavaa matkaani varten!

Sama paikka, 38 vuotta myöhemmin (osa B)

Sat, 19 Jul 2025 00:00:00 +0000

#Not necessary! # #

Sama paikka, 38 vuotta myöhemmin (osa C)

Sat, 19 Jul 2025 00:00:00 +0000

Tämä oli kaikkein hankalin kuva, enkä ole lainkaan varma, onko uusi kuva otettu oikeasta paikasta. Jälleen kerran uskon, että vuoden 1987 kuva on täytynyt ottaa yli 100 mm:n polttovälillä. Alueella ei ollut yhtään rakennusta, joka olisi voinut toimia selkeästi tunnistettavana kiintopisteenä. Muuten, kaikki vuoden 2025 kuvat on otettu Samsung Galaxy A35 -puhelimen kameralla. Alkuperäisen kameran (Ricoh XR-P) mukaan ottaminen olisi suunnilleen kaksinkertaistanut matkatavaroiden painon. Ja mistä saisin heti filmirullat? Ja kehitys?

Sama paikka, 38 vuotta myöhemmin (osa D)

Sat, 19 Jul 2025 00:00:00 +0000

Seuraavalla kerralla otan mukaan vanhan järjestelmäkamerani ja 70–210 mm zoom-objektiivin. Olisin kai voinut käyttää myös puhelimeni digitaalista zoomia…

Näkymä Tammsaare-puiston kulmasta itään, Estonia bulevardin toiselle puolelle 1987

Näkymä Tammsaare-puiston kulmasta itään, Estonia bulevardin toiselle puolelle 2025

Lenovo ThinkPad X390 -koneeni boottaaminen USB-tikulta

Sat, 12 Jul 2025 00:00:00 +0000

Tietokoneen boottaaminen USB-tikulta on joskus vaikeampaa kuin luulisi. Sen onnistuminen vaatii kaksi ei-triviaalia taitoa:

Boottaavan USB-tikun luominen
Tietokoneen pakottaminen boottaamaan kyseiseltä USB-tikulta

Tässä postauksessa en käsittele sitä, miten boottaava USB-tikku luodaan, mutta sinun on varmistettava, että USB-tikkusi on boottaava. Minulla on tikku, jonka tiedän varmasti olevan boottaava: SpinRite -USB-tikkuni. Loin sen Windows 10 -käyttöjärjestelmässä käyttäen SpinRiten omaa sisäänrakennettua toimintoa, mutta Steve Gibson tarjoaa myös ilmaisohjelman, joka tekee pelkästään tämän: https://www.grc.com/bootable.htm . SpinRite käyttää kuitenkin boottaamiseen BIOSia (tai BIOS-emulaatiota), ja joskus tarvitaan UEFI-yhteensopiva boot-laite. Jos minulla on käytettävissä Ubuntu -järjestelmä, käyttäisin Ubuntun käynnistyslevyn luontityökalua (Startup Disk Creator) ja kirjoittaisin Ubuntu-imagen USB-tikulle. Tämä on oman kokemukseni mukaan ollut luotettava tapa luoda UEFI-yhteensopiva, boottaava USB-tikku. Ubuntulla on hyvä syy saada USB-boottaus toimimaan nykyaikaisissa laitteissa, sillä ilman sitä kukaan ei voisi asentaa Ubuntua Windows-PC-koneille tai Intel-Maceille. Vastaavasti SpinRite on riippuvainen siitä, että se voidaan bootata USB-asemalta (tai CD-levyiltä tai lerpuilta/korpuilta, joita ei enää yleisesti käytetä). Tästä syystä SpinRiten sivustolla on tyhjentävä käsittely aiheesta boottaavien USB-tikkujen luominen ( https://forums.grc.com/forums/booting/ ).

Mahdoton overlap-extension-PCR

Sat, 21 Jun 2025 00:00:00 +0000

Väitöskirjatutkija kysyi minulta plasmidikarttoja useille DNA-konstrukteille, jotka olin kloonanut noin 20 vuotta sitten. Koska SnapGeneä ei ollut tuolloin olemassa, olin käyttänyt nykyään vanhentunutta GeneConstructionKit2-ohjelmaa. Tein tuohon aikaan paljon klonauksia, mutta en jaksanut karttojen luomista niistä kaikille. GCK2-muoto ei mahdollista helppoa annotointia. Plasmidien kattavaan annotointiin tarvittiin erillinen ohjelma, ja nämä tiedot tallennettiin erilliseen tiedostoon, niin sanottuun ”illstraatiotiedostoon” – mikä voisikaan mennä vikaan? Eilen päädyin kaivamaan esiin vanhat laboratoriomuistiinpanoni ja jäljittämään noin 10 vanhaa klonausta SnapGenessä. En kuitenkaan pystynyt simuloimaan yhtä kloonausta, koska SnapGene oli liian konservatiivinen ja ei sallinut ”huonojen” PCR-alukkeiden (primerien) toiminnan.

Pythonin virtuaaliympäristöt

Mon, 16 Jun 2025 00:00:00 +0000

Pythonia voi ajaa virtuaaliympäristössä monilla eri tavoilla. Olen tähän asti käyttänyt condaa (yhdessä anacondan kanssa), mutta päädyn usein työskentelemään koneilla, joihin sitä ei ole asennettu. Siksi olen viime aikoina alkanut käyttää “sisäänrakennettua” virtuaaliympäristöä. Jos työstät Python-projektia jossakin hakemistossa, voit aloittaa sen käytön näillä vaiheilla:

ProxyJump

Thu, 01 May 2025 00:00:00 +0000

OpenSSH 7.3:sta lähtien ulkopuolelta on ollut huomattavasti helpompaa muodostaa yhteys UH-verkon sisällä oleviin Linux-tietokoneisiin. Vanhemmissa SSH-versioissa piti käyttää monimutkaista “ProxyCommand”-komentoa, mutta nyt se on yksinkertaista:

Restriktioentsyymilaskuri

Tue, 29 Apr 2025 00:00:00 +0000

Käytä interaktiivista työkalua laskeaksesi kuinka paljon entsyymiä tarvitset restriktiopilkkomiseen.

Restriction Digest Calculator

Joskus on tarpeen tietää, kuinka paljon restriktioentsyymiä tarvitaan tietyn plasmidimäärän pilkkomiseen tietyssä ajassa. Tässä on etsimäsi laskentatyökalu! Kaikki tämän algoritmin koodaamiseen käytetyt tiedot on saatu New England Biolabsilta (NEB). Entsyymin säilyminen reaktiossa ekstrapoloitiin NEB:n raportoimista kokeista. Syötä vain luvut lomakkeeseen ja paina Submit-painiketta!

Barrier (ohjelmistopohjainen KVM-kytkin)

Tue, 21 Jan 2025 00:00:00 +0000

Barrier on loistava ohjelmisto, jonka avulla voit käyttää samaa näppäimistöä ja hiirtä eri tietokoneilla ilman erillisiä laitteita. Minulla on työpöydälläni kaksi tietokonetta, ja aiemmin käytin laitteistopohjaista KVM-kytkintä (näppäimistö, video ja hiiri), joka kävi tarpeettomaksi, kun tietokoneeni alkoivat lähettää videokuvaa HDMI-liitännän kautta. Siksi minulla on työpöydälläni kaksi näppäimistöä, mikä ei ole kovin ergonomista. Tiesin, että tähän ongelmaan on olemassa ohjelmistoratkaisuja, mutta en ole koskaan ehtinyt ottaa niitä käyttöön, enkä myöskään halunnut maksaa tilausmaksua tästä ylellisyydestä. Olen nyt alkanut käyttää Barrieria: https://github.com/debauchee/barrier . Se on toiminut tähän mennessä erinomaisesti (asennusta ja ohjeistusta lukuun ottamatta), mutta minun on vielä saatava se toimimaan ennen kirjautumista, jotta voin luopua toisesta näppäimistöstäni. Tässä ovat vaiheet, joita ei ollut dokumentoitu hyvin: Kun Barrier asennetaan Ubuntuun, se ei luo varmenteita automaattisesti. Joten tämä on tehtävä itse: Suorita sekä asiakaskoneella että palvelimella: /home/käyttäjätunnus/.local/share/barrier/SSL:openssl req -x509 -nodes -days 365 -subj /CN=Barrier -newkey rsa:4096 -keyout Barrier.pem -out Barrier.pemJos käytät palomuuria, sinun on myös avattava portti 24800. Kun olet saanut Barrierin toimimaan, tarkista oikea komento (ps aux) komentoriviltä. Se on todennäköisesti jotain tällaista:/usr/bin/barrierc -f --no-tray --debug INFO --name tietokoneen-nimi [87.167.231.88]:24800startKäytä Ubuntun Käynnistyssovellukset-toimintoa ja liitä yllä oleva komento siihen. Tämä tarkoittaa, että et voi käyttää Barrieria kirjautumiseen, koska se ladataan vasta kirjautumisen jälkeen. Mutta en ole toistaiseksi keksinyt enempää. Luultavasti on olemassa tapa saada tämä toimimaan ennen kirjautumista systemd:n avulla, mutta en ole ehtinyt selvittää, miten se tehdään.

Ouriginal ei useimmiten onnistu havaitsemaan plagiointia

Thu, 23 May 2024 00:00:00 +0000

Ouriginal , aiemmin Urkund-nimellä tunnettu plagioinnin havaitsemispalvelu, on ollut käytössä Helsingin yliopistossa jo hyvin pitkään. Koska Ouriginal ei kyennyt käsittelemään joitakin opiskelijoidemme pro gradu -tutkielmia, käytin hieman aikaa Ouriginalin ja sen ongelmien tutkimiseen. Tässä ovat havaintoni. Ruotsalaisesta eurooppalaiseksi ja edelleen yhdysvaltalaiseksiMinulle ei ole selvää, mitä ohjelmistoa oikeastaan käytämme, sillä Ouriginal on syntynyt ruotsalaisen Urkundin ja saksalaisen PlagScanin fuusiosta, ja vuonna 2021 amerikkalainen Turnitin osti Ouriginalin. En tarvitse mitään tällaista ohjelmistoa, mutta yliopistomme vaatii, että opinnäytetyöt on skannattava kyseisellä ohjelmistolla. Koska luen ja arvioin vuosittain yhä enemmän opinnäytetöitä, käytän myös yhä enemmän Ouriginalia. Ouriginal tukee monia tiedostomuotoja, mutta tuki on buginen Tarkastellessani lähetysten historiaa huomasin, että noin toukokuun puoliväliin 2024 asti kaikki lähetetyt PDF-tiedostot oli analysoitu asianmukaisesti. Mutta viime viikolla jotain muuttui, sillä noin puolet lähetetyistä asiakirjoista jäi käsittelemättä. Tavanomaiset kikat (lähettäminen toisessa muodossa, kuten .docx, .odt, .ps, .rtf) toimivat joidenkin, mutta eivät kaikkien opinnäytetöiden kohdalla. Yksi opinnäytetyö oli erityisen hankala, eikä meidän ”asiantuntijoillamme” eikä Originalin tukipalvelun henkilökunnalla ollut aavistustakaan, miksi heidän ohjelmistonsa ei pystynyt käsittelemään sitä (mikä saa minut jälleen miettimään, mitä ohjelmistoa heidän taustajärjestelmänsä oikeastaan käyttää). Ouriginal on tutkinut asiaa jo kuukauden ajan ilman, että minulle olisi annettu vastauksia… Yliopistomme saa opetusministeriöltä rahoitusta valmistuvien opiskelijoiden määrän perusteella, ja menetämme tuhansia euroja jokaisesta opiskelijasta, joka ei valmistu ajoissa. Maksuvelvollisilla opiskelijoilla on myös vahva kannustin valmistua ajoissa lisäkustannusten välttämiseksi. Siksi jokainen viivästys valmistumisaikataulussa on mahdoton hyväksyä. Ouriginalin suorituskyky tuottaa pettymyksen järkyttävällä tunnistusasteella Koska Word-asiakirjan muuntamiseen PDF-tiedostoksi on kymmeniä tapoja, yritin rajata ongelman lähettämällä testiasiakirjoja Ouriginal-palveluun. Käytin käsikirjoituksia, jotka olemme julkaisseet viime vuosina. Olin järkyttynyt huomatessani, että Ouriginal ei onnistunut havaitsemaan plagiointia yli puolessa tapauksista. Syynä eivät ole maksumuurit, sillä lähes kaikki julkaisumme ovat vapaasti saatavilla. Julkaisun uutuus tai lehden laatu eivät myöskään vaikuttaneet tuloksiin havaittavalla tavalla. Näyttää kuitenkin selvältä, että Ouriginalilla on enemmän ongelmia muiden kuin englanninkielisten asiakirjojen kanssa. On erittäin vaikea selittää, miksi niin monia vapaasti saatavilla olevia tieteellisiä tekstejä arvostetuista lehdistä ( Scientific Reports , Angiogenesis , Annals of Anatomy ) eivät ole Ouriginalin indeksoimia. Plagioinnin tunnistamatta jääminen Helsingin yliopiston omasta väitöskirjarekisteristä Ouriginal ei indeksoi edes oman yliopistomme vapaasti saatavilla olevia väitöskirjoja ( https://ethesis.helsinki.fi ). Yhtäkään omassa laboratoriossani kirjoitettua väitöskirjaa ei tunnistettu. Tarkistin myös oman väitöskirjani , ja se oli ainoa, joka tunnistettiin (Ouriginal löysi sen [docslib.org]-sivustolta ( https://docslib.org/doc/7864611/vegfr-3-ligands-and-lymphangiogenesis ), ei oman yliopistomme virallisesta väitöskirjarekisteristä). Onko järkevää maksaa tällaisesta puutteellisesta palvelusta? En usko. Tärkeiden lehtien vapaasti saatavilla olevien tekstien puuttuminen vaikuttaa anteeksiantamattomalta, sillä yksinkertainen Google-haku toimii paremmin. Tein Google-hakuja tunnistamattomista teksteistä löytyneillä lauseilla, ja useimmissa tapauksissa Google tunnisti alkuperäisen lähteen ongelmitta. Mikä tahansa ohjelmoija voi kirjoittaa Python-skriptin, joka jakaa tekstit lauseiksi yksittäisiä Google-hakuja varten ja kokoaa tulokset yhteen, yhden iltapäivän aikana. Miksi ylläpitäisit omaa tietokantaasi, jos Google hoitaa asian paremmin kuin sinä? Seuraavista julkaistuista käsikirjoituksista/opinnäytetöistä/konferenssijulkaisuista ei havaittu plagiointia:*

Web-kamerakuvan ottaminen komentoriviltä

Fri, 05 Apr 2024 00:00:00 +0000

Käyttötapauksia ei luultavasti ole kovin paljon, mutta etävalvonta on yksi esimerkki, niin pahantahtoisessa kuin laillisessakin yhteydessä. Haittaohjelma voi ottaa kuvia tietämättömästä käyttäjästä, ja vastaavasti: ”Onko joku tutkinut toimistoni, kun unohdin sulkea oven viime perjantaina?”.

Ylikuormitettu IT-tuki

Fri, 23 Feb 2024 00:00:00 +0000

Ongelma: Järjestelmän kaatuminen käynnistyksen aikana

Yli vuosi sitten, muutama viikko sen jälkeen, kun olin saanut uuden työtietokoneeni, se ei käynnistynyt uudelleen järjestelmäpäivityksen jälkeen, vaan jumittui käynnistysprosessin alkuvaiheessa. Huomasin pian, että pystyin silti käynnistämään tietokoneen ”turvatilassa”. Outoa kyllä, mikään ei näytä olevan vialla, sillä kun poistun turvatilasta manuaalisesti käynnistysprosessin lopussa, tietokone toimii normaalisti. IT-osastomme on yrittänyt korjata ongelmaa monta kertaa tuloksetta. Jouduin jopa työskentelemään ilman tietokonetta noin kolme viikkoa, kun se oli ”korjauksessa”. Tiedät varmaan, kuinka paljon töitä voi saada tehtyä ilman tietokonetta: lähes nolla.Tietokoneellani on Cubbli 20.04.06LTS, epävirallinen Ubuntu-versio, jota Helsingin yliopisto ylläpitää sisäiseen käyttöön. Vaikka bioinformatiikkaa voi harrastaa myös Windows- tai macOS-tietokoneella, Linux on ylivoimaisesti paras valinta. Monet bioinformatiikan kehittäjät eivät edes vaivaudu julkaisemaan ohjelmistojaan Windowsille. MacOS toimii pääosin hyvin (koska sekin on UNIX-yhteensopiva käyttöjärjestelmä), mutta joutuisin maksamaan kaksinkertaisen hinnan samasta laskentatehosta.Tietokone on Lenovo P350 , jossa on NVIDIA T1000 -näytönohjaimella, jota käytän kahden näytön ohjaamiseen. Tarvitsen näytönohjainta pääasiassa 3D-mallinnukseen, fylogeneettiseen analyysiin ja vastaaviin tehtäviin. Tämä näytönohjain on saattanut aiheuttaa ongelman. En alun perin halunnut ostaa tätä mallia, mutta koska grafiikkakorteista oli tuolloin pulaa, IT-osasto sai minut vaihtamaan alkuperäisen valintani T1000-malliin.

Netgate pfsense SG-3100:n palauttaminen toimintakuntoon

Fri, 10 Nov 2023 00:00:00 +0000

Netgate pfsense SG-3100 -reitittimen toiminnallisuuden palauttaminen epäonnistuneen laiteohjelmistopäivityksen jälkeen on tällä hetkellä liian hankalaa (vaikka laite on muuten loistava). Tänään koin jo kolmannen epäonnistuneen päivityksen kuuden vuoden aikana. Palautus on onnistunut joka kerta ilman ongelmia, mutta sen pitäisi olla PALJON helpompaa, jos haluan suositella tätä reititintä vähemmän tekniikkaan perehtyneille ystävilleni. Palautuksen suorittamiseen tarvitaan 8 Gt:n USB-muistitikku sekä USB-kaapeli, jonka toisessa päässä on korkeaprofiilinen micro-USB-liitin ja toisessa tavallinen USB-A-liitin. Laitteen palauttamiseksi on suoritettava seuraavat vaiheet:

Withings Body Scan älyvaaka

Thu, 29 Jun 2023 00:00:00 +0000

Vuonna 2009 ostimme ensimmäisen Withings-älyvaakamme. Vaikka kokeilin sitä tuolloin, lakkasin pian käyttämästä sitä rajallisten toimintomahdollisuuksien vuoksi. Nyt, yli kymmenen vuotta myöhemmin olen sitä mieltä, että älyvaakojen teknologia on vihdoin kehittynyt niin pitkälle, että se on todella hyödyllinen. Sen lisäksi olen nyt liittynyt tämän laitteen kohderyhmään: Olen keski-ikäinen, ylipainoinen mies, jolla on suvussa sydänsairauksia ja joka harrastaa urheilua, mutta luultavasti ei tarpeeksi. Yhteenvetona etukäteen: Aion käyttää Body Scan vaakaa joka ikinen päivä tulevaisuudessa. Joidenkin hyödyllisempien ja vähemmän hyödyllisten ominaisuuksien lisäksi se muistuttaa minua siitä, että tietyn iän jälkeen sydän- ja verisuoniterveyttä on aktiivisesti ylläpidettävä. Withings on hiljattain julkaissut kolme erihintaista älyvaakaa: Body Scan, Body Comp ja Body Smart. Saimme Body Scan-huippumallin arvostelua varten. Se saapui 4 päivää ennen kuin lähdimme kesälomalle, ja siksi en testannut kaikkia sen toimintoja. Jotkin toiminnot edellyttävät tietyn vähimmäismäärän toistuvia mittauksia, ja siksi tämä kirjoitus saattaa saada päivityksen, kun olen käyttänyt vaakaa pidempään. Mitä vaa’alla voi tehdä? Ilmeisesti se voi mitata painosi ja eri kehonosien koostumuksen (rasva- ja lihasosuus). Se väittää myös pystyvänsä erottamaan viskeraalisen ja subkutaanisen rasvan. Kaikki rasva ei ole yhtä pahasta: viskeraalinen rasva on paljon vaarallisempaa kuin subkutaaninen rasva, joka voi olla jopa hyödyllistä. Jos vaaka pystyisi erottamaan luotettavasti viskeraalisen ja subkutaanisen rasvan vartalossa, se olisi hämmästyttävä tekninen edistysaskel (tästä myöhemmin lisää). EKG-OMINAISUUSBody Scan vaaka voi suorittaa EKG:n (elektrokardiogrammi), eli se voi mitata sydämen sähköistä toimintaa. EKG:n avulla voidaan määrittää monenlaisia sydänongelmia, mutta tämän mittauksen kannalta elektrodien (mittauspisteiden) määrä kehossa on ratkaiseva. Lääketieteellinen standardi on 12 elektrodia. Käyttökelpoisuussyistä kuluttajille tarkoitetut laitteet ovat vähemmän kehittyneitä, ja siksi niillä voidaan tunnistaa vain rajoitetusti erilaisia sydänongelmia. Body Scan-laiteella on 6 elektrodia, mikä on parasta, mitä kuluttajille tarkoitetussa laitteessa on nykyään mahdollista saada. Tällainen 6-elektroodinen EKG on kuitenkin huomattavasti lääketieteellisen EKG:n oletusarvoa heikompi, ja se voi jopa jättää huomaamatta akuutin tuoreen sydänkohtauksen. Itse asiassa ainoat lääketieteelliset tilat, jotka tämä EKG pystyy luotettavasti havaitsemaan, ovat eteisvärinä ja eteislepatus (eteisflutteri). Eteisvärinä on sydämen rytmihäiriö, joka voidaan havaita pulssin perusteella (esim. sydän tekee kaksi iskua yhden sijaan). Eteisflutteri on vähän samanlainen ilmiö, ja se ilmenee nopeana (> 250/min) sydämenlyöntinä, joka voi esiintyä episodimaisesti (kestää tunneista päiviin), mutta voi olla myös jatkuvaa. Molemmat vaativat lääketieteellistä hoitoa, ja siksi kuulostaa järkevältä, että kuluttajalaitteella olisi mahdollisuus havaita ne. Kliiniset tutkimukset osoittavat kuitenkin, että eteisvärinän massaseulonnan tulokset eivät tulokset eivät ole selvästi hyödyllisiä. Asiantuntijat ovat itse asiassa eri mieltä siitä, ovatko massaseulonnat hyvä idea: Euroopan kardiologiyhdistyksen vuonna 2020 antamassa ohjeessa suositellaan joukkoseulontoja, kun taas Yhdysvaltain Preventive Services Task Force ja Yhdistyneen kuningaskunnan kansallinen seulontakomitea eivät tällä hetkellä suosittele niitä. Vaikka eteisvärinä on melko yleistä, se on useimmiten toissijaista muihin sydänsairauksiin nähden, eikä Withings Body Scanin kohderyhmä (terveystietoinen, keski-ikäinen, keskiluokkainen) ehkä ole se kohderyhmä, joka hyötyy eniten tästä ominaisuudesta. Eräässä tutkimuksessa, jossa eteisvärinää tutkittiin (niin sanottu LOOP STUDY), ei käytetty kuluttajille tarkoitettua laitetta vaan ammattilaiskäyttöön tarkoitetut sensoorit, mikä on parempi menetelmä eteisvärinän havaitsemiseksi. Tämän lisäksi tutkimuksessa tarkasteltiin henkilöitä, joilla oli sydänkohtauksen riskitekijöitä. Ei ole yllättävää, että eteisvärinän havaitseminen (ja hoito) lisääntyi kolminkertaiseksi, mutta tästä asetelmasta huolimatta tutkimuksessa ei havaittu mitään hyötyä sydäninfarktin tai valtimoembolian vähenemisen kannalta.Jotkut asiantuntijat uskovat, että on erilaiset eteisvärinätyypit ja että emme yksinkertaisesti vielä tiedä, miten vaaralliset tyypit erotetaan hyvänlaatuisista.Yhteenvetona voidaan todeta (myös joidenkin uudempien tietojen perusteella), että Body Scan EKG:n hyöty näyttää olevan pieni. Hyöty on todennäköisesti merkittävä vain korkean riskin väestöryhmissä, jotka eivät todennäköisesti käytä 400 euron älyvaakaa (esim. vanhukset).Vielä ei tiedetä (koska tällaiset laitteet eivät ole juurikaan yleistyneet kuluttajien keskuudessa), mikä on väärien positiivisten tulosten aiheuttama rasite terveydenhuoltojärjestelmälle. On myös syytä mainita, että tällä hetkellä ei ole olemassa digitaalista infrastruktuuria, jonka avulla vaa’an tuottamat tiedot voitaisiin siirtää lääkärille tutkittavaksi. Itse asiassa ei ole edes standardoitua tiedostomuotoa. Röntgenkuvalle ja samankaltaisille kuvantamisdatalle on olemassa avoin tiedonsiirtostandardi (DICOM), mutta EKG-datalle ei ole mittään vastava. Kaikki edellä mainittu selittää, miksi Body Scan ei ole vielä saatavilla Yhdysvalloissa. FDA ei ole hyväksynyt sitä lääkinnällisenä laitteena. Sääntelykehys ja -vaatimukset ovat erilaiset EU:ssa ja Yhdysvalloissa, mutta Withingsin mukaan Body Scan tulee saataville Yhdysvalloissa vuoden 2023 kolmannesta neljänneksestä alkaen FDA:n hyväksynnän jälkeen. Euroopassa laitteen on “vain” saatava lääketieteellinen CE-merkintä. CE-merkinnän saamiseksi laitteen on täytettävä tietyt standardit, jotka riippuvat laitteen luokituksesta. Body Scan on luokiteltu IIA-laitteeksi (mikä asettaa sen mielenkiintoisesti hammastäytteiden, kirurgisten puristimien ja trakeotomiaputkien rinnalle). Vaatimustenmukaisuuden arviointia ei suorita Euroopan Lääkevirasto (EMA) vaan riippumattomat akkreditoidut organisaatiot (ns. “Notified bodies”). Ne analysoivat ja sertifioivat laitteen turvallisuuden ja suorituskyvyn. EMA:n ja FDA:n hyväksyntä on olennaisen tärkeää, koska on luonnollisesti tärkeää saada riippumaton vahvistus siitä, että laite todella havaitsee rytmihäiriöt, jotka se lupaa havaita jne. Tässä on Medlife Crisis:in youtube-video, jossa käsitellään eteisvärinän seulonnan hyödyllisyyttä. Videolla käsitellään Apple Watchia, mutta periaatteessa sama pätee mihin tahansa kuluttajalaitteeseen: https://www.youtube.com/watch?v=rW3DGnHO2iY&t=719s KEHONKOOSTUMUKSEN MÄÄRITTÄMINENKehonkoostumustiedot ovat erittäin hyödyllisiä terveydentilan ja harjoittelutilanteen määrittämisessä. Helpompi mittari on painoindeksi (BMI), jonka laskemiseen tarvitaan vain pituus ja paino: (paino kilogrammoina)/(pituus metreinä²). Vaikka painoindeksi korreloi terveyden kanssa, siinä on paljon poikkeamia, jotka koskevat erityisesti erittäin hyväkuntoisia henkilöitä, joilla on paljon lihasmassaa (jotka ovat usein teknisesti ylipainoisia), ja laihoja henkilöitä, joilla on vähän lihasmassaa (jotka eivät ole teknisesti ylipainoisia, mutta joilla saattaa silti olla liikaa rasvaa). Paljon parempi kuntoilun mittari on kehon rasvaprosentti, jonka tämä vaaka määrittää biosähköisen impedanssianalyysin (BIA) avulla. Vaaka mittaa vartalon ja kehonosien rasva- ja lihasmassaprosentit. Tämä tarkoittaa yksinkertaisesti sitä, että vaaka lähettää sähköimpulsseja kehon läpi. Koska rasva johtaa sähköä huonommin kuin lihakset, vaaka voi päätellä rasvan määrän kahden mittauspisteen välillä. BIA ei valitettavasti ole erityisen tarkka menetelmä segmentaalisen kehonkoostumuksen määrittämiseksi. Jotta todella tiedettäisiin, missä rasvaa on, ja jotta voitaisiin erityisesti erottaa viskeraalinen ja subkutaaninen rasva toisistaan, kultainen standardi on magneettikuvaus (MRI). Tällä hetkellä tätä menetelmää käytetään kuitenkin harvoin tähän tarkoitukseen lääketieteellisen tutkimuksen ulkopuolella, ja se on myös hyvin kallis. Epätarkempi menetelmä rasvaprosentin mittaamiseen on niin sanottu kaksoisenergia-röntgenabsorptiometria (DEXA/DXA), jota käytetään ensisijaisesti luun mineraalitiheyden määrittämiseen, mutta jolla voidaan myös mitata kehon rasvaprosentti. DEXA:lla on kuitenkin vaikeuksia erottaa toisistaan ihonalainen rasva ja viskeraalinen rasva (jos haluat teettää tällaisen analyysin sinun on syytä kysyä palveluntarjoajaltasi, mitä tietoja sen laite antaa). Jotta saat segmentaalisen kehonkoostumuksen, tarvitset Body Scan-mallista älyvaakaa. Body Comp ja Body Smart eivät tarjoa tätä ominaisuutta. Suuri kysymys on: Miten vaaka tekee tämän mittauksen ja kuinka luotettava se on? Saatavilla ei ole paljon tietoa, paitsi että vaaka käyttää useita taajuuksia mittaustarkkuuden lisäämiseksi. Käsien ja jalkojen välisen BMI:n ansiosta segmentaalinen kehonkoostumus on luultavasti kohtuullisen tarkka. On kuitenkin täysin epäselvää, miten vaaka määritä viskeraalisen rasvan prosenttiosuus. Ei ole olemassa selityksiä, patentteja eikä - mikä tärkeintä - tieteellisiä julkaisuja, jotka validoisivat tekniikan MRI:n kultaisella standardilla. Viskeraalisen rasvan prosenttiosuus näytetään myös erillään kehon koostumuksesta, mikä saattaa viitata siihen, että tämä mittaus tehdään toisella tavalla. Legendaarinen vatsan sixpack ei paradoksaalisesti ole hyvä mittari kunnolle: Jos rasva on sixpack-lihasten päällä, vatsalihasten sixpackia ei näe, vaikka sellainen olisikin. Lihasten päällä oleva rasva ei kuitenkaan ole vaarallisinta rasvaa. Vaarallinen rasva on sixpack-lihasten alapuolella, kehon ontelossa, jossa elimesi ovat. Sinulla saattaa olla näkyvä six-pack huolimatta siitä, että elintärkeisiin elimiin ja niiden ympärille (maksa, munuaiset, suolisto jne.) on kertynyt vaarallista rasvaa. Vaa’an määrittelemä vartalon rasvaprosentti on todennäköisesti kohtuullisen tarkka. Tästä poiketen ja ilman ulkoista validointia epäilen, että viskeraalisen rasvan indeksi, jonka vaaka näyttää minulle, ei ole lähelläkään mitään merkityksellistä arvoa todellisuudessa. Mitä tämä “viskeraalinen rasvaindeksi” oikeastaan tarkoittaa? Selityksen mukaan se on arvo välillä 1-20. Mutta mikä se on? Ymmärtäisin, jos vartalon rasvaprosentti jakautuisi viskeraalisen rasvan ja ei-viskeraalisen rasvan kesken (mutta sen luku olisi välillä 0-100 %). Niin kauan kuin se on niukkuuden peitossa, tämä arvo on todennäköisesti melko hyödytön (ja olen nähnyt sen vaihtelevan melko nopeasti päivästä toiseen, mikä viittaa siihen, että se ei ole kovin luotettava). SYDÄN- JA VERISUONITAUTIRISKIN MÄÄRITTÄMINENSydän- ja verisuonitautien osalta kolme suurta riskitekijää ovat:

Dynaaminen DNS DomainDiscount24:n ja pfsense:n avulla

Sat, 27 May 2023 00:00:00 +0000

Monet yritykset tarjoavat ilmaista dynaamista DNS-palvelua. Koska käytän DomainDiscount24:ää, käytän myös heidän dynaamista DNS-palveluaan. Päivittääkseni vpn.jeltsch.org-sivuston IP-osoitteen minun on lähetettävä HTTPS-pyyntö tiettyyn URL-osoitteeseen, liittäen mukaan salasanan ja sen isäntänimen, jota varten päivitys tehdään:https://dynamicdns.key-systems.net/update.php?hostname=vpn.jeltsch.org&password=12345678&ip=autoTämän automatisoimiseksi käytän pfsense-reitittimen crontabia. Crontabin muokkaaminen ei ole oletusarvoisesti käytössä, mutta voit ladata ja asentaa cron-paketin. Sen jälkeen saat käyttöliittymän kohdasta “Services > Cron”, jossa voit määrittää ajastuksen ja komennon:/usr/local/bin/curl "https://dynamicdns.key-systems.net/update.php?hostname=vpn.jeltsch.org&password=12345678&ip=auto"

Arvostelu: Wenger Synergy -reppu viiden vuoden päivittäisen käytön jälkeen

Sat, 21 Jan 2023 00:00:00 +0000

Pidän reppuista, joissa on paljon taskuja. Ei ihme, että pidän Wenger Synergy -reppusta, joka on ollut markkinoilla jo yli 10 vuotta vain pienin muutoksin. Tämän mallin kanssa minulla oli kuitenkin runsaasti laatuongelmia. Toisin kuin yli 40 vuotta vanha sveitsiläinen linkkuveitseni, tämä reppu rikkoutui jatkuvasti takuuaikana tai pian sen jälkeen. Sen vaihtaminen ei ollut koskaan ongelma, kun se rikkoutui takuuaikana, mutta kyllästyin vaihtoon liittyvään vaivaan, kun olin tehnyt sen kahdesti. Reppun vikaantunut osa oli aina sama: olkahihnojen saumat alkoivat aueta. Ilmoitin asiasta suoraan valmistajalle toivoen, että he tekisivät jotain olkahihnojen parantamiseksi. Kun kuitenkin myös kolmannessa repussa ilmeni sama ongelma, päätin, etten vaihda sitä, vaan korjaan sen. Korjaukseni ei ole ulkonäöltään kovin kaunis, mutta se on kestänyt tarpeeksi kauan, jotta voin raportoida toisesta vikaantuneesta kohdasta: pohjalevystä. Se repesi kohdasta, jossa pohjalevy koskettaa reppun takalevyä. Korjasin myös sen, koska minua kiinnosti, mikä osa vikaantuisi seuraavaksi. Hyvä puoli: nämä korjaukset olivat nopeita ja helppoja, ja ne ovat kestäneet jo neljä kuukautta ilman minkäänlaisia vian merkkejä korkealaatuisen materiaalin ansiosta. Vetoketjut rajoittavat ehkä kaikkien reppujen lopullista käyttöikääNyt tiedän: vetoketjuissa on alkanut ilmetä ongelmia. Olen yllättynyt, että vetoketjut toimivat vielä jotenkin. Vetoketjut ovat olleet lähes kaikkien muiden reppujeni akilleenkantapää. Ja toisin kuin olkahihna, pahasti rikkoutuneen vetoketjun korjaaminen (= vaihtaminen) vaatii melko paljon vaivaa. Tämä reppu on nyt viisi vuotta vanha. Olen käyttänyt sitä kirjaimellisesti joka ikinen päivä. Pyöräilen tai juoksen sen kanssa töihin ja käyn sillä ostoksilla. Matkustan sen kanssa ja vien sen kesämökille. Odotanko liikaa noin 100 euron reppulta? Onko viiden vuoden käyttöikä nykyään enimmäismäärä, jonka voin saada irti repusta? Kestävä kehitys on useimmiten pelkkää sanahelinää, alasta riippumatta. Olen päättänyt pitää tämän reppun vielä viisi vuotta, mutta vetoketjujen vaihtaminen vie minulta ainakin 2–3 tuntia työtä. Pikakorjauksena kiristin pihdeillä metallisen liukukappaleen ylä- ja alareunan siipiä (kuten tässä YouTube-videossa ). Se on toistaiseksi toiminut, mutta kokemukseni mukaan kiristystä on toistettava yhä lyhyemmin väliajoin, ja lopulta metalli murtuu. Jotta koko vetoketjun vaihtamista ei tarvitsisi tehdä, voit lisätä napit uuden kiinnityksen luomiseksi , mikä on ehkä vähemmän työlästä, jos et ole kovin taitava ompelemaan.

Wake on LAN -toiminto pfsense-komentoriviltä

Sun, 17 Apr 2022 00:00:00 +0000

Pfsense on erittäin tehokas palomuuri- ja reititinohjelmisto. Käytän SG-1100-laitetta, ja sen avulla voi saada paljon räätälöityjä toimintoja, sillä perusasetusten lisäksi siihen voi asentaa lukuisia lisäpaketteja. Olen juuri saanut tietää, että sen avulla voin käynnistää etäyhteydellä muita tietokoneita, jotka ovat samassa lähiverkossa. Vaatimukset:

Riski vs. vaara

Sun, 10 Apr 2022 00:00:00 +0000

Viime viikolla en onnistunut selittämään riskin ja vaaran välistä eroa. Ehkä siksi, että tätä eroa ei ole niin selvästi olemassa äidinkielelläni (saksassa). Sekä vaara että riski käännetään melko vaihtelevasti sanoilla ”Gefahr” tai ”Risiko”.Joka tapauksessa, kun menin tänä aamuna keittiöön keittämään aamukahviani, huomasin vaaran: joku oli jättänyt palavia esineitä keittolevylle. Tämä on vaara. Se voi aiheuttaa vahinkoa. Se ei kuitenkaan välttämättä aiheuta vahinkoa lainkaan. Mutta onko palavien esineiden jättäminen keittolevylle myös riski? Totta kai! Riski on sen todennäköisyys, että vahinko tapahtuu. Jos keittolevyä ei koskaan käytetä, koska kukaan ei koskaan laita ruokaa, riski voi olla pieni. Jos kuitenkin lähellä on pieniä lapsia, jotka pitävät sähkölaitteiden kytkemisestä päälle ja pois päältä, riski voi olla suuri. Riski voidaan ilmaista määrällisesti. Venäläisen ruletin pelaamiseen liittyy riski, joka voidaan ilmaista määrällisesti: 1/6 jokaisella liipaisimen painalluksella. Vaaran todennäköisyys on aina joko 0 tai 1 (vaara joko on olemassa tai ei). Todennäköisyyden lisäksi riski sisältää implisiittisesti myös onnettomuuden vakavuuden. Siksi venäläinen ruletti on erittäin riskialtista, mutta hyppääminen 3 metrin ponnahduslaudalta ei ole niin riskialtista, vaikka onkin olemassa riski, että loukkaat itsesi.

Admin salasanan nollaaminen Drupal 9:ssä

Sat, 09 Apr 2022 00:00:00 +0000

Siirry Drupal-asennuksen juurikansioon
Luo salasanallesi hajautusarvo: php core/scripts/password-hash.sh ’newpasswd'
Suorita MySQL:ssä: UPDATE users_field_data SET pass=‘edellisen komennon hash-tulos_tulee_tähän’ WHERE uid = 1;
Tyhjennä välimuisti: DELETE FROM cache_entity WHERE cid = ‘values:user:1’;

Yliopiston tukipalvelu suosittelee Zoteroa, mutta ei tarjoa merkittävää tukea

Sun, 20 Mar 2022 00:00:00 +0000

Viime vuoden lopussa (31.12.2021) Helsingin yliopisto lopetti oletusarvoisen viitteidenhallintaohjelmistonsa RefWorks lisensoinnin. Outoa kyllä, RefWorksia ei voi hankkia yksityishenkilönä. Tämä tarkoittaa, että kun akateeminen työsuhteesi päättyy, et voi mitenkään jatkaa ohjelmiston käyttöä. Ehkä RefWorksin nykyinen omistaja (Clarivate) lopettaa sen kokonaan, koska RefWorks on suora kilpailija Endnotelle , joka on viitteidenhallintaratkaisu, johon Clarivate keskittyy, ottaen huomioon Endnoten integroinnin Publonsin ja Web of Science (WoS) -tietokannan kanssa, joka tunnetaan parhaiten impact factorista . Ei ole sattumaa, että Clarivate on Thomson Reutersin omistuksessa, sillä juuri tämä yritys nosti kanteen Zoteroa vastaan, koska se tarjosi käyttäjilleen mahdollisuuden muuntaa EndNoten omistamat viittaustyylitiedostot yhteentoimivaksi ja standardoiduksi CSL-muodoksi . Suositeltu korvaaja RefWorksille on Zotero . Minulla ei ole mitään ongelmaa tämän kanssa, sillä pidän Zoterosta ja olen käyttänyt sitä oletusarvoisena lähdeluettelonhallintatyökaluna jo yli 10 vuotta. Sen lisäksi, että se on ilmainen, se yhdistää kaksi tärkeää ominaisuutta, jotka tekevät siitä ainutlaatuisen ja kaupallisia ratkaisuja paremman:

OP-pankin varojen vuotuisen sijoitetun pääoman tuoton (ROI) laskeminen

Sun, 09 Jan 2022 00:00:00 +0000

Olen suomalaisen OP-pankin asiakas. Kuten monilla muillakin, minulla oli koronaviruspandemian aikana tavallista enemmän ylimääräistä rahaa. Ja kuten monet muutkin, sijoitin osan tästä rahasta osakemarkkinoille. En seuraa osakemarkkinoita, mutta vuoden lopussa haluan tietää, miten sijoitukseni ovat tuottaneet: haluan tietää vuotuisen sijoitetun pääoman tuoton (ROI) tai sisäisen tuottoasteen (IRR) koko salkulleni sekä yksittäisille osakkeilleni.

Jäitkö paitsi jostakin TV-lähetyksestä?

Fri, 26 Nov 2021 00:00:00 +0000

Jos olet jäänyt paitsi jostakin televisio-ohjelmasta, jota ei ole saatavilla verkossa, voit kokeilla tätä palvelua: https://www.onlinetvrecorder.com/v2/signup/1905125 .

Kuinka salata toinen kiintolevy manuaalisesti Ubuntu 20.04:ssä

Fri, 19 Nov 2021 00:00:00 +0000

https://dev-notes.eu/2020/12/LUKS-Encrypt-Hard-Drive-with-Cryptsetup-on-Ubuntu-20.04/Check-levyt : lsblk sudo hdparm -i /dev/sda Käytä parted-komentoa (alle 2 TB:n levyille voidaan käyttää fdisk-komentoa partedin sijaan):sudo parted /dev/sda mklabel gptsudo parted -a opt /dev/sda mkpart primary ext4 0% 100%Luo LUKS-salaus. Tässä vaiheessa sinun on syötettävä salasana, jota käytät levyn salauksen purkamiseen:cryptsetup -y -v luksFormat /dev/sda1Luo väliaikainen kartoitus:sudo cryptsetup luksOpen /dev/sda1 DOCUMENTS (jos et saa virheilmoitusta, olet onnistunut)Tarkista kartoitus: ls -l /dev/mapper/DOCUMENTS sudo cryptsetup -v status DOCUMENTS Tee kartoituksesta pysyvä. Sanan ”none” sijaan voit myös määrittää avaintiedoston (= huomattavasti vähemmän turvallista, jos tiedosto sijaitsee samassa järjestelmässä). /dev/sda1:n sijaan voit myös antaa UUID:n. Ehkä osiota ei edes tarvita, vaan /dev/sda:ta voidaan käyttää suoraan. Voit selvittää UUID:n komennolla “blkid” tai – jos se ei toimi – komennolla “ls -l /dev/disk/by-uuid"DOCUMENTS UUID=e6813be6-1e6e-4c6f-80cf-b47a428a700d none luks,discard Tarkista LUKS-otsikko: sudo cryptsetup luksDump /dev/sda1 Luo tiedostojärjestelmä: sudo mkfs.ext4 /dev/mapper/DOCUMENTS -L “4TB_DOCUMENTS_DISK”

Nollaa Wirelesstagin ulkoanturin flash-muisti

Sat, 09 Oct 2021 00:00:00 +0000

Pidän todella paljon https://wirelesstag.net/-sivuston tuotteista. Tuotetiedot ovat kuitenkin toisinaan puutteellisia, eikä yrityksen henkilökunta ole kovin ammattimaista. Esimerkiksi ulkoanturin nollaamisesta ei ole ohjeita, kun se on liitettävä toiseen tunnistehallintaohjelmaan (eikä edelliseen tunnistehallintaohjelmaan ole enää pääsyä). Heillä on ohjeita (ja kuvia) siitä, miten tämä tehdään langattomien anturitunnisteiden kohdalla, mutta ei ulkoilma-anturin osalta. Asiakkaat ovat jo pyytäneet tätä tietoa, mutta sen lisääminen ei näytä olevan heille prioriteetti. Tässä on siis kuva, jossa näkyy, mitkä nastat on oikosuljettava. Mistä tiedän tämän? Selvitin sen kokeilemalla.

Miksi käytän nyt Windows 11:tä

Sun, 03 Oct 2021 00:00:00 +0000

Työtietokoneeni hajosi alkukesällä: näytönohjain meni rikki. Olen käyttänyt sitä siitä lähtien ilman näytönohjainta, mutta muutama viikko sitten kiintolevy alkoi aiheuttaa ongelmia. Tilasin uuden koneen, mutta koska uudet Lenovo-mallit tulevat pian markkinoille, IT-osasto kysyi, haluaisinko odottaa muutaman viikon saadakseni uudemman mallin (P350:n sijaan P340:n). Joten minun on selvitettävä tämä aika jollain väliaikaisella ratkaisulla. Kokeilin vanhaa pöytätietokonetta, jolla ohjailin Äkta Avantia, mutta se oli melko käyttökelvoton (käynnistysaika ~ 3 minuuttia), mutta ratkaisuksi osoittautui vanha HP Elitebook G3 -kannettavamme. Useimmat minua tuntevat tietävät, että olen suuri avoimen lähdekoodin ohjelmistojen fani. Monet parhaista avoimen lähdekoodin ohjelmista toimivat Windows-käyttöjärjestelmässä: Firefox, VLC, Inkscape, Blender, Scribus, Zotero. Joitakin avoimen lähdekoodin ohjelmistoja ei kuitenkaan ole koskaan portattu Windowsiin. Usein ohjelmiston Linux-versio toimii paremmin kuin Windows-versio. Yksi esimerkki on Gnumeric, Gnomen taulukkolaskentaohjelma, jossa on erinomainen kaavioiden vientitoiminto SVG-muotoon. Olen usein suositellut Windowsia käyttäville opiskelijoilleni, että he asentaisivat Linux Subsystem for Windowsin (WSL) Linux-ohjelmien ajamiseksi, mutta vasta nyt olen tehnyt niin itsekin. Tätä varten minun piti päivittää Windows 10:stä Windows 11:een. Seurasin näitä ohjeita: https://docs.microsoft.com/en-us/windows/wsl/tutorials/gui-appsStrangely . Kun yritin päivittää, Windows valitti, että laitteistoni ei ole ”yhteensopiva” Windows 11:n kanssa, mutta aloitti päivityksen kuitenkin ja se onnistui.Tässä näet Windows 11:n käynnissä käytöstä poistetulla HP Elitebook G3:lla, jota yliopistoni oli kieltäytynyt päivittämästä Windows 7:stä Windows 10:een vuonna 2019 (vaikka se oli teknisesti yhden päivän sisällä määräajasta). Tein puhtaan Windows 10 -asennuksen virallisella asennusmedialla, jonka latasin Microsoftilta. Jostain outosta syystä se ei koskaan pyytänyt minulta lisenssiä (vaikka olin vaihtanut SATA-SSD:n NVMe-SSD:hen). Itse asiassa tietokone on todella nopea ja käyttökelpoinen, ja aion ehdottomasti pitää sen vielä muutaman vuoden ajan ainoana Windows-koneenani, koska on edelleen harvinaisia tilanteita, joissa tarvitsen fyysisen Windows-asennuksen.Haittapuolena oli, että Windows 10:n asennus oli todellinen riesa, koska yliopistoni IT-osasto lukitsee BIOSin, eikä se koe velvollisuudekseen antaa näille koneille uutta elämää, kun ne on poistettu käytöstä. Mielestäni tämä on täysin yliopistomme kestävyystavoitteiden vastaista. Onneksi lukitun BIOSin voi useimmiten kiertää. Pahimmassa tapauksessa se on vaihdettava kiinalaiseen vara-BIOSiin.

Erichsen Geld & Gold

Sun, 01 Aug 2021 00:00:00 +0000

Tämä kirjoitus on saatavilla vain saksaksi, koska kirjoitan tässä (mielestäni) parhaista saksankielisistä raha- ja talousaiheisista podcasteista. Raha ja talous ovat maakohtaisia aiheita. Kun kyse on esimerkiksi eläke- tai sairausvakuutuksista, yhdysvaltalaisista podcasteista saatavat neuvot ovat melko hyödyttömiä. Kuka täällä maassa edes omistaa 401(k)-eläkejärjestelmän (1)? Mutta jopa Euroopassa maat eroavat toisistaan niin paljon, että kannattaa miettiä tarkkaan, ennen kuin omaksuu toisesta maasta peräisin olevia hyväntahtoisia neuvoja. Yksinkertainen esimerkki ovat erot käteisen käytössä: Täällä Skandinaviassa KAIKKI maksetaan kortilla , summasta riippumatta. Käteistä on täällä enää pääasiassa vain saksalaisten matkailijoiden takia!Koska asun Suomessa, minun pitäisi siksi kuunnella suomalaista rahaa ja taloutta käsittelevää podcastia. Valitettavasti en ole vielä löytänyt yhtään mielenkiintoista. Tarvitaan varmaankin tietty määrä valinnanvaraa, jotta voi a) löytää jotain, joka sopii omaan elämäntilanteeseen, ja b) joka on laadukasta sekä sisällöltään että toteutukseltaan. Elämäntilanne, ikä ja etenkin yhteiskunnalliset asenteet johtavat kaikkien podcastaajien kohdalla (enemmän tai vähemmän) rajalliseen näkökulmaan, josta on vaikea irrottautua.Luultavasti juuri siksi selkeä ykköseni talouspodcasteissa on Erichsen: Geld und Gold . Miksi pidän ”Erichsen Geld & Goldia” parempana kuin kaikkia muita? Luultavasti siksi, että ammattia lukuun ottamatta minun ja Lars Erichsenin elämäntilanteet ovat hämmästyttävän samankaltaisia. Alkaen iästä ja perheestä aina ansioluettelon yksityiskohtiin ja yhteiskunnallisiin asenteisiin asti. Jos olisin jäänyt Saksaan, olisin minäkin Nordlicht (2). Se, että voin tehdä tämän vertailun, kertoo jotain myös podcastista: se on kyllä talouspodcast, mutta säännöllisenä kuuntelijana saa nopeasti tunteen, että tuntee Lars Erichsenin hyvin. Juuri tämä lähes henkilökohtainen suhde on auttanut podcasteja läpimurtoon, eikä televisio tai edes mediakonsernien ammattimaisesti tuottamat podcastit – joita on yhä enemmän – yksinkertaisesti pysty kilpailemaan sen kanssa. Entä Handelsblatt ? Unohda se!

Keinoja, joilla prosessi voidaan pitää käynnissä uloskirjautumisen jälkeen

Sat, 26 Jun 2021 00:00:00 +0000

[thumbnail] url = “img/screen.webp” title = “Screenshot of screen” author = “Michael Jeltsch” +++

On monia tapoja pitää prosessi käynnissä uloskirjautumisen jälkeen. Jokaisella niistä on omat etunsa ja haittansa: nohup, disown, screen, tmux, ssh2go jne. Screen ei todellakaan ole ominaisuuksiltaan monipuolisin tai nykyaikaisin ratkaisu, mutta se on oletusarvoisesti käytettävissä melkein kaikissa Linux-asennuksissa. Siksi käytän sitä. Näin se toimii:

Perl-moduulien asentaminen

Tue, 22 Jun 2021 00:00:00 +0000

En ole tehnyt tätä ehkä kymmeneen vuoteen tai kauemminkin. Mutta ilmeisesti asiat ovat edelleen samat Ubuntu 18.04:ssa:

sudo apt-get install build-essential
cpan
make install
install Bundle::CPAN
install App::GnuplotUtils

Mihin siirtyä RefWorksista?

Thu, 10 Jun 2021 00:00:00 +0000

“Sanoinhan, että älkää käyttäkö kaupallista ohjelmistoa, vaikka yliopistomme maksaisi siitäkin!” En ole koskaan ymmärtänyt, miksi yliopistomme maksaa kaupallisesta viitteidenhallintaohjelmistosta. Ehkä jotkut hallinnon vanhat konkarit elävät yhä viime vuosituhannen 90-luvulla, jolloin EndNote oli käytännössä ainoa kunnollinen viitteidenhallintaohjelmisto WYSIWYG-tekstinkäsittelyohjelmille. Mutta ne ajat ovat jo kauan menneet. Viimeinkin yliopistomme on ainakin luopumassa yhdestä suljetun lähdekoodin viitteidenhallintaohjelmistostaan:

Kansioiden kovat linkit Linuxissa

Thu, 03 Jun 2021 00:00:00 +0000

Kansioiden kiinteät linkit ovat kiellettyjä Linuxissa, koska ne:

aiheuttaisivat silmukoita hakemistohierarkiassa.
rikkoisivat oletusta, että hakemistot muodostavat puurakenteen.
vaikeuttaisivat tiedostojen poistamista ja viittausten laskemista.
vaikeuttaisivat huomattavasti tiedostojärjestelmän läpikäyntiä ja ylläpitoa.

Sen sijaan Linux sallii kovat linkit tavallisille tiedostoille ja symboliset linkit sekä tiedostoille että hakemistoille. Voit jäljitellä jotain, joka muistuttaa hakemiston kiinteää linkkiä, seuraavasti: Voit mountata minkä tahansa tiedostojärjestelmän polun mihin tahansa toiseen kansioon (bind mount). Sinun on kuitenkin oltava varovainen, sillä saatat kohdata samat ongelmat kuin hakemistojen kiinteiden linkkien kanssa, nimittäin kiertävät ja siten loputtomat tiedostopolut… sudo mount --bind /home/user/Documents/Desktop/ /home/user/Desktop/. Tällainen linkki katoaa uudelleenkäynnistyksen jälkeen. Jos haluat tehdä siitä pysyvän, voit lisätä liitännän tiedostoon /etc/fstab:/home/user/Documents/Desktop/ /home/user/Desktop none bind. Jotkut sanovat, että tämä ei toimi LVM:n kanssa, mutta ainakin Ubuntu 20.04:ssä se toimii. Tämä merkintä tulee tietenkin sijoittaa fstab-tiedoston loppuun!

Satunnaistettu, kontrolloitu perunalastujen maistelututkimus

Sun, 16 May 2021 00:00:00 +0000

Teimme eilen sokkoutetun, satunnaistetun ja kontrolloidun perunalastujen maistelututkimuksen (RCPCT). Valitettavasti kaikki halusivat osallistua, joten emme voineet toteuttaa tutkimusta kaksoissokkoutetusti. Valitsimme maustamattomat perunalastut, joita Prismasta löytyi kolme eri tuotemerkkiä: Estrella, Taffel ja Xtra. Arvioimme ainoastaan makua, ja tulokset olivat selkeät ja hieman yllättävät: Xtra ja Estrella jakoivat ensimmäisen sijan, ja Taffel sijoittui kolmanneksi eli viimeiseksi kaikkien neljän osallistujan mielestä. Kun otetaan huomioon, että sekä Taffel että Estrella ovat lähes kaksi kertaa kalliimpia (vastaavasti 8,49 € ja 8,18 €/kg) kuin Xtra-tuotemerkki (4,3 €/kg), Xtra-tuotemerkin ostaminen tuntuu itsestään selvältä valinnalta. Entä ravitsemukselliset näkökohdat? Sekä Estrellassa että Xtrassa on 1,4 % suolaa, kun taas Taffelissa suolapitoisuus on vain 1,1 %. Entä rasva? Xtra käyttää yksinomaan auringonkukkaöljyä, kun taas sekä Taffel että Estrella käyttävät auringonkukka- ja rapsiöljyn sekoitusta. Näin ollen sekä Estrellalla että Taffelilla on terveellisempi rasvahappokoostumus kuin Xtralla, ja Estrella on kärjessä vähiten tyydyttyneitä rasvahappoja sisältävänä tuotteena. Kumpi valita, ei ole aivan selvää: Xtra tarjoaa hyvää makua pienimmällä rahalla, mutta se ei ole terveellisin valinta. Toisaalta ei ole täysin selvää, kumpi Taffelista ja Estrellasta on terveellisempi (jos ylipäätään voidaan puhua tällaisesta luokasta perunalastuja arvioitaessa). Taffelissa on vähemmän suolaa, mutta enemmän tyydyttyneitä rasvahappoja. Estrellassa on enemmän suolaa, mutta vähemmän tyydyttyneitä rasvahappoja. Koska hinta on suunnilleen sama, annetaan maun ratkaista asia. PS: Englannin- ja saksankielessä ei erotella kahta eri Brassica-lajia, joista rapsiöljyä valmistetaan (Brassica rapa ja Brassica napus). Suomen kielessä Brassica rapa käännetään kuitenkin sanalla rypsi, kun taas Brassica napus käännetään sanalla rapsi. Rasvahappokoostumuksen osalta ravintoarvot ovat samankaltaiset molemmissa kasveissa.

Useita Python-versioita Ubuntu 20.04:ssä

Fri, 30 Apr 2021 00:00:00 +0000

Uuden Python-version lisääminen Ubuntu 20.04:ään (minun käyttöjärjestelmälle se on kolmas versio 2.7:n ja 3.8:n jälkeen): sudo update-alternatives --install /usr/bin/python python /usr/bin/python3.6 3

Eduroamin asennus Linuxissa

Tue, 23 Feb 2021 00:00:00 +0000

Tänä aamuna kesti tunnin, ennen kuin sain Eduroam toimimaan. Eduroam on kansainvälinen WLAN-roaming-palvelu yliopisto-opiskelijoille ja henkilökunnalle. Toin työpaikalle oman (yliopiston hallinnoimattoman) kannettavan tietokoneeni ja yritin muodostaa yhteyden. Löysin lopulta ohjeet IT-tukipalvelun sivustolta osoitteesta 19 (21 tuloksen joukosta, jotka näkyivät ensimmäisellä sivulla, kun hain hakusanalla ”Eduroam Linux”): https://helpdesk.it.helsinki.fi/en/ohjeet/kirjautuminen-ja-yhteydet/verkot/eduroam-verkon-asennus-ubuntussa Kuten tavallista, ohjeet ovat useita vuosia vanhoja eivätkä enää toimi ”uudemmilla” järjestelmillä, kuten Ubuntu 20.04 LTS:llä. Tämän lisäksi minulla oli jäljellä vanhoja, toimimattomia Eduroam-asetuksia edellisestä epäonnistuneesta yrityksestä. Alla olevia ohjeita varten tarvitset Eduroam-määritystyökalun, jonka voit ladata osoitteesta https://cat.eduroam.org . Jotta se toimisi, minun piti tehdä seuraavat asiat:

Opetussessioiden Zoom-tallenteiden muokkaaminen FFmpegillä

Wed, 25 Nov 2020 00:00:00 +0000

Opiskelijapalautteen perusteella olemme järjestäneet uuden kurssin TRANSMED MSc -ohjelmaan biologisten lääkeaineiden kehityksestä. Se on kurssi, jonka saksaksi kutsutaan nimellä “Schnupperkurs”. En ole koskaan löytänyt tyydyttävää käännöstä tälle sanalle (tutustumiskurssi?). Se tarkoittaa, että haluamme vain herättää opiskelijoiden kiinnostuksen tätä aihetta kohtaan. Jos he pitävät siitä, he voivat osallistua johonkin monista syventävistä kursseista, joita tarjotaan esimerkiksi farmasian tiedekunnassa , jossa englanninkielinen opetus lisääntyy tulevina vuosina huomattavasti suunnitellun kansainvälisen farmasian MSc-ohjelman myötä.

Grub2

Mon, 19 Oct 2020 00:00:00 +0000

Grub2 on ollut Ubuntun oletuskäynnistyslataaja jo yli 10 vuoden ajan. Sen asetustiedosto on nykyään /boot/grub/grub.cfg, mutta Grub-käynnistysvalikkoa muokatessasi ET SAA muokata tiedostoa /boot/grub/grub.cfg. Sen sijaan sinun on lisättävä omat merkinnät tiedostoon /etc/grub.d/40_custom. Joitakin yleisiä asetuksia määritetään myös tiedostossa /etc/default/grub sekä kaikissa /etc/default/grub.d/ -kansion alla olevissa tiedostoissa.

Nudossi, mikä muu?

Sun, 13 Sep 2020 00:00:00 +0000

En tiedä tarkalleen, milloin Nutella ilmestyi Suomen supermarkettien hyllyille. Vuonna 1989, kun työskentelin ensimmäistä kertaa Suomessa Rajamäen kalkkitiilitehtaalla (Rajamäen kalkkitiilitehdas), täällä ei ollut vielä Nutellaa, Nudossia eikä Nussplia . Kahden pääainesosan (sokerin ja palmuöljyn) perusteella voi kuitenkin olettaa, että jokainen Nutella-purkki pienentää selviytymismahdollisuuksiani ensimmäisen sydänkohtauksen sattuessa. Saksassa on hieman kalliimpi, mutta huomattavasti parempi tuote: Nudossi. Se on kuin Nutella, mutta vaivaisien 13 prosentin pähkinäpitoisuuden sijaan Nudossi sisältää 36 prosenttia hasselpähkinöitä. Vaikka olin päättänyt vähentää Amazon-tilauksiani (katso täältä miksi: https://www.newyorker.com/magazine/2019/10/21/is-amazon-unstoppable) , tilasin koronakevään aikana suuren (1 kg) Nudossi-ämpärin. Kun kuitenkin kesällä klikkasin ”Tilaa uudelleen” -painiketta, ruudulle ilmestyi välittömästi seuraava virheilmoitus: ”Tätä tuotetta ei voi toimittaa valittuun osoitteeseen. Voit joko muuttaa toimitusosoitetta tai poistaa tuotteen tilauksestasi”. Niche-tuotteiden osalta Amazon voi olla pelastus, koska tällaiset tuotteet eivät muuten koskaan saavuttaisi Suomen kaltaista syrjäistä markkinaa. Siitä huolimatta Amazonin päätavoitteena on tietysti tuottaa voittoa, ei tehdä asiakkaita onnellisiksi. Onneksi nämä kaksi tavoitetta kulkevat usein, vaikkakaan eivät aina, käsi kädessä. Tämä ei kuitenkaan ollut ensimmäinen kerta, kun pystyin tilaamaan Amazon-tuotteen vain kerran ja jouduin toisella yrityksellä huomaamaan, että Suomi oli poistettu mahdollisten toimituskohteiden luettelosta. Minusta tuntuu, että tämän ilmiön takana on ilkeämielinen tekoäly. Mitä tein? Tilasin tuotteen suoraan Vadossin tehtaalta ( https://www.vadossi.de/shop/kategorien/nudossi/ ). Vaikka tehtaan verkkokaupassa ei nimenomaisesti mainittu toimitusta kansainvälisiin kohteisiin, minulla ei ollut ongelmia sopia asiasta sähköpostitse. Lisäksi lopullinen hinta oli huomattavasti alhaisempi kuin se, mitä olisin maksanut Amazon.de:ssä. Tiedän, että Amazon suunnittelee ruotsalaista (Amazon.se) sivustoaan palvelemaan Skandinavian markkinoita. Myös Suomessa Amazon on jo ostanut varaston ( https://translate.google.com/translate?sl=fi&tl=en&u=https%3A%2F%2Fwww.hs.fi%2Ftalous%2Fart-2000006611380.html ). Mutta pahantahtoisen tekoälyn vuoksi minun pitäisi luultavasti edelleen minimoida tilausteni määrä.

Kaikkien aktiivisten internetyhteyksien luettelo Linuxissa

Wed, 02 Sep 2020 00:00:00 +0000

netstat -natp

Ei kuitenkaan ole aina helppoa selvittää, mikä ohjelma yhteydestä tosiasiassa vastaa. Esimerkiksi Brave-selaimeni näkyy nimellä

8219/renderD129 --c

Jos haluat selvittää, mikä sovellus renderD129 on, voit käyttää seuraavaa komentoa:

Apache-välityspalvelin

Fri, 31 Jul 2020 00:00:00 +0000

Joka tapauksessa: Mikä on eteenpäin välittävä välityspalvelin (ja mikä on muuten käänteinen välityspalvelin)? Jos välityspalvelin on eteenpäin välittävä, palvelin luulee välityspalvelinta asiakkaaksi. Jos välityspalvelin on käänteinen, asiakas luulee välityspalvelinta palvelimeksi.

Tiedostojen laskeminen (luettelo ja sanamäärä, ls & wc)

Wed, 29 Apr 2020 00:00:00 +0000

Miten lasketaan hakemistossa olevien tiedostojen määrä? Tehtävästä tulee hankala, jos hakemistossa on tuhansia tiedostoja. Tiedostonhallintaohjelma ei pysty laskemaan niitä, varsinkin jos tiedostot eivät ole paikallisia. Linuxin komentorivillä tämä tehtävä sujuu nopeasti ja helposti: ls | wc. ls listaa tiedostot yksi riviä kohden ja wc palauttaa kolme lukua: rivien, sanojen ja tavujen määrän. Tiedostojen laskemisen esimerkissä rivien ja sanojen määrä on sama ja vastaa hakemistossa olevien tiedostojen lukumäärää. Laskeaksesi kaikki tiedostot rekursiivisesti hakemistopuussa “backcheck”: find backcheck/ -type f | wc -l

Jäähdytetyn sentrifugimme korjaus

Tue, 17 Mar 2020 00:00:00 +0000

Jäähdytetyt pöytämalliset sentrifugit ovat melko kalliita. Vaikka mallia ei enää valmisteta, kunnostettu Eppendorf 5415R (malli, jota käytämme) maksaa edelleen 1–2K dollaria. Toinen kahdesta Eppendorf 5415R -sentrifugistamme rikkoutui jo yli vuosi sitten, ja siitä lähtien olemme joko sentrifugoineet kylmähuoneessa tai käyttäneet naapurilaboratorion kylmäkaappia. Mutta kun meillä oli kaksi rikkoutunutta saman tyyppistä sentrifugia, joilla oli kuitenkin erilaiset vikailmiöt, oli pakko koota yksi toimiva laite niiden jäännöksistä. Toisen sentrifugin roottori oli juuttunut (sitä ei voinut kääntää edes käsin), ja toinen sentrifugi syöksi kipinöitä ja savua käynnistyessään. Olin lykännyt tätä korjausta, koska ajattelin sen vievän paljon aikaa. Kun kuitenkin avasin ensimmäisen sentrifugin, pystyin heti tunnistamaan osan, jonka minun piti siirtää toisesta sentrifugista. Koko korjaus kesti alle tunnin. Jäähdytyspuhaltimen vieressä oli palanut vastus, joka oli helppo vaihtaa toisesta sentrifugista otettuun osaan. Kuvassa vasemmalla roottorin edessä näkyy rikkoutunut messinkivärinen vastus (CGS HSA50 -vastus, saatavilla Amazonista hintaan 13 dollaria). Molempien sentrifugien vika johtui ilmeisesti nesteen pääsystä laitteen sisäosiin. Toisen sentrifugin roottori ei enää pyörinyt, koska se oli ruostunut suolan ja veden vaikutuksesta. Myös vastus oli ilmeisesti kastunut (se sijaitsee välittömästi jäähdytysritilän alapuolella laitteen yläosassa takana). Sentrifugi toimii jälleen, jäähdytys mukaan lukien. En tiedä, kuinka kauan saamme siitä iloa, sillä se oli jo käytetty, kun ostimme sen vuonna 2014. Mutta vaikka se kestäisikin vain vielä vuoden, korjaus oli sen arvoista.Tämän tyyppiset korjaukset saattavat helpottua tulevaisuudessa, sillä jos en erehdy, EU aikoo velvoittaa valmistajat asettamaan huolto- ja korjausohjeet kolmansien osapuolten korjaamojen saataville (tällainen velvoite on jo olemassa autovalmistajille, jotta riippumattomat autokorjaamot voivat pysyä toiminnassa).Koronavirustilanteesta riippuen saatan ehkä ehtiä korjata vielä lisää rikkoutuneita laboratoriolaitteita. Seuraavana vuorossa on vanhan FPLC-laitteemme (GE Healthcare Äkta Explorer Frac-950) fraktiokerääjä.

GE:n Äkta Avant -ohjelmiston päivittäminen Windows 10:een

Tue, 18 Feb 2020 00:00:00 +0000

Avant on GE Healthcaren Äkta-sarjan FPLC (nopea proteiinien nestekromatografia) -laitteiden lippulaiva. Käytämme sitä säännöllisesti, ja se on kaikkien käytettävissä Helsingin yliopistossa.Yliopistomme päätti toimia yhteistyössä Microsoftin kanssa ja estää kaiken verkkoliikenteen Windows 7 -tietokoneilta. Koska Äkta-laitettamme (ostettu vuonna 2015) käyttävät monet eri tutkijat, käytämme Microsoftin Active Directorya käyttäjien tunnistamiseen ja laitteen käytön seurantaan. Kun yliopisto lopulta sulki Windows 7 -liikenteen tammikuun lopussa, päivitimme lopulta HP-tietokoneen Windows 7:stä Windows 10:een . Ennen päivitystä otimme yhteyttä GE:hen varmistaaksemme, että FPLC toimisi. Vaikka yliopistomme käyttämän Windows 10:n rakennusnumero (Windows 10 Enterprise, versio 1809, rakennusnumero 17763.1039), ei ollut tuettu missään GE:n vuosien varrella julkaisemassa Unicorn 7 -versiossa (katso tämä ohjelmistoyhteensopivuustaulukko, jota en enää löydä GE:n verkkosivuilta: https://drive.google.com/open?id=1cA33lEqfEr0MIaA8r9TyoQFcxiHWuZsp) , meille vakuutettiin, että ohjelmisto toimisi edelleen. Valitettavasti tämä ei pitänyt paikkaansa.**Paikallinen päivitys vai puhdas asennus?**Teimme Win7:stä Win10:een paikallisen päivityksen. En ole koskaan pitänyt näistä. Edes hieman paremmilla käyttöjärjestelmillä, kuten macOS ja Linux , paikan päällä tehtävät päivitykset eivät ole aina sujuneet ongelmitta. Uusi asennus on aina ollut turvallisempi (ja myös nopeampi) vaihtoehto.YhteysongelmatPäivityksen jälkeen Unicorn 7 alkoi menettää yhteyden Äkta Avant -laitteeseen käynnissä olevien proteiinipuhdistusajojen aikana. Manuaalisissa ajoissa voimme selvästi havaita, että tietyt komennot laukaisivat yhteyden katkeamisen. Äktan LCD-näyttö pimeni ja laite käynnistyi uudelleen. Luonnollisesti epäilimme, että tämä johtui Windows 10:een tehdystä päivityksestä. Koska Unicorn 7.0.2:ta ei ollut testattu toimimaan meidän Windows 10 -versiomme kanssa, halusimme ensin yrittää päivittää Unicorn 7:n versioon, joka oli testattu meidän Win10-versiomme kanssa. Olin jo joulukuussa pyytänyt kyseistä päivitystä GE:ltä, mutta pyyntöni oli jätetty huomiotta, ja minulla oli tuolloin paljon muuta tekemistä, joten en vaivautunut palaamaan asiaan (jälkikäteen ajateltuna suuri virhe).OhjelmistopäivityksetSe, mitä Chrome ja Firefox tekevät viikoittain hiljaa taustalla (käyttäjän huomaamatta), vaatii GE:n tapauksessa käyttäjältä lähes kahden viikon täysipäiväisen panostuksen. Yksinkertainen lataus saattaisi toimia Bio-Rad , mutta GE vaatii monimutkaista, sekavaa, epäselvää, käyttäjäepäystävällistä, jatkuvasti muuttuvaa ja GDPR-säännösten vastaista järjestelmää, joka lisäksi sijaitsee palvelimilla, jotka tuntuvat niin hitailta, että ihmettelee jatkuvasti, onko selainvälilehti jumiutunut. Mitä siihen sanottavaa, GE:n verkkosivut ovat aina olleet tällaisia huolimatta lukuisista uudistuksista ja GE:n digitaalisesta muutoksesta. Minun ja erilaisten GE:n tukiosoitteiden välinen sähköpostiketju käsittää tänään 60 sähköpostia (alkaen ensimmäisestä tukipyynnöstäni 2. joulukuuta 2019). Tämän lisäksi on käyty myös melko paljon puhelinkeskusteluja (koska sähköpostia näyttää usein pidettävän oletuksena ”ei-kiireellisenä”).Tietosuojaan liittyvät huolenaiheet GE:n asiakastietojen käsittelystäKun olin tehnyt lataustilauksen, saanut tarjouksen, vahvistanut tilauksen ja saanut tilausvahvistuksen, sain vihdoin ”luvan” ladata Unicornin uusimman version (eli 7.5). Kirjauduin GE:n ”eDeliveryPortaliin” vain huomatakseni, että pystyin näkemään monien muiden GE-asiakkaiden ohjelmistokäyttöoikeudet ja lataukset, mutta en yhtään omaani. Jonkin verran edestakaisin viestittelyn jälkeen versio 7.5 ilmestyi vihdoin latausluettelooni. Lisenssini puuttuu edelleen tänäkin päivänä. Mutta miksi vaivautua? Voisin käyttää mitä tahansa muuta lisenssiä (väärennettyäni tietokoneeni MAC-osoitteen, sillä ohjelmisto on ilmeisesti sidottu tiettyyn tietokoneeseen sen verkkokortin MAC-osoitteen kautta). Tämä on selvä GDPR:n rikkomus, sillä ei ole mitään syytä, miksi tietoni (käyttöoikeustunnukset, MAC-osoitteet, nimet, sähköpostiosoitteet) pitäisi olla muiden asiakkaiden saatavilla. Voi olla, että GE pitää Helsingin yliopistoa yhtenä asiakkaana; se olisi jo suunnittelultaan GDPR:n vastaista.Järjestelmän konfiguraatiotiedostojen (eli laiteohjelmiston) etsiminenEmme kuitenkaan olleet päivittäneet järjestelmän konfiguraatiotiedostoja, koska en ollut löytänyt niitä GE LifeSciencen verkkosivuilta . Käytössämme oli versio 3, kun taas uusin versio oli 3.6. Huomionarvoista on, että nämä tiedostot sisältävät myös yksittäisten Äkta-komponenttien laiteohjelmiston. Näyttää siltä, että tämä latauslinkki on piilotettu huolellisesti. Tarvitsin GE:n apua sen löytämiseksi. GE LifeScience -verkkosivustolla on hakutoiminto, ja haku jopa löytää kyseisen lataustiedoston. Se on kuitenkin ehkä viimeinen kohde lähes 1000 osuman luettelossa (10 osumaa/sivu). Yksi vinkki GE:lle: Google osaa hakea! Jos vain antaisitte Googlen indeksoida koko verkkosivustonne, asiakkaat löytäisivät kaiken Googlen haun kautta. Monet yritykset käyttävät Googlea sisäisen verkkosivustonsa hakutoimintoon. GE näyttää kuitenkin avaavan hakukoneiden indeksointiroboteille vain tuotesivunsa, mutta ei tukisivujaan. Missä lisenssitiedostomme ovat? Laitteen kokoonpanon päivittämisen jälkeen ongelma jatkui. Lähetettyämme järjestelmäraportin (ja sen jälkeen toisen, ”laajennetun” järjestelmäraportin) GE päätteli, että syynä oli todennäköisesti paikan päällä tehty päivityksemme Windows 7:stä Windows 10:een, koska he havaitsivat joitakin epäsäännöllisyyksiä SystemEventLog.xml-tiedostossa. Minulla ei ollut syytä epäillä tätä selitystä, joten pyysin IT-tiimiltämme puhtaan Windows 10 -asennuksen. Asensin sitten Unicorn 7.5:n, mutta huomasin, että ongelma ei ollut kadonnut. Sivuhuomautuksena: Meillä oli itse aiheutettu ongelma lisenssitiedostomme (.lic) kanssa. Unicornin asennusohjelma vaatii lisenssitiedoston asentamista, mutta en ole koskaan nähnyt sitä ladattavana missään eDelivery-portaalissa (olemme saaneet nämä lisenssitiedostot sähköpostiliitteinä suoraan GE:n tukihenkilöstöltä – miksi niitä ei ole saatavilla ladattavina, kun ne ovat alttiita katoamaan?). Meidän olisi pitänyt tehdä kopio lisenssitiedostostamme ennen kuin tyhjensimme tietokoneemme puhdasta Windows 10 -asennusta varten, mutta unohdimme sen, ja jouduin kaivamaan lisenssitiedoston esiin järjestelmävarmuuskopiosta, jonka olin onneksi tehnyt kyseiselle koneelle vuonna 2016. Ja etsin edelleen lisenssitiedostoja eri järjestelmäkomponenteille (Classic Evaluation ja Column Handling), joita ei ollut vielä asennettu, kun tein järjestelmävarmuuskopion.Paluu Windows 7:äänVarmistaaksemme, ettei kyseessä ollut laitteistovika, päätimme palauttaa järjestelmän takaisin Windows 7:ään ja Unicorn 7.0.2:een. Se osoittautui odotettua vaikeammaksi, koska emme voi enää asentaa Windows 7:ää yliopiston koneille. Onneksi meillä oli vielä yksi vanha, käyttämätön Dell-pöytätietokone, jossa oli Windows 7. Unicorn 7 vaatii kaksi verkkokorttia (yhden yhteydenpitoon ulkomaailman kanssa ja toisen erilliseen 10. verkkoon yhteydenpitoon Äkta Avantin kanssa). Siirsimme verkkokortin vakiokoneeltamme tähän vanhaan Windows 7 -koneeseen. Unicornin asentaminen ja käyttäminen vaatii kuitenkin internetyhteyden, koska ohjelmisto ”soittaa kotiin”. Juuri tämä on kielletty yliopistomme Windows 7 -koneilla. Siksi minun piti perustaa yksityisverkko puhelimeni kautta, jotta Unicorn 7 voisi olla yhteydessä GE:n pääkonttoriin. Vielä pahempaa oli, että minun piti kloonata vakiotietokoneemme MAC-osoite, koska Unicorn 7 -ohjelmistomme on ilmeisesti sidottu tiettyyn tietokoneeseen sen MAC-osoitteen kautta. Langaton internetyhteys ei tullut kyseeseen, koska alkuperäinen MAC-osoite oli peräisin langallisesta verkkokortista. MAC-osoitteiden kloonaus kaapeliliitännällä varustettujen verkkokorttien ja langattomien USB-sovittimien välillä ei ole mahdollista, koska langattomien korttien MAC-osoitteissa on kiinteä etuliite. Siksi jouduin tekemään monimutkaisen asetuksen puhelimestani tietokoneen kautta (kaapeli)reitittimeen ja sieltä Win7-käyttöjärjestelmällä varustettuun Dell-tietokoneeseen.Windows 10:tä ei voi syyttää – syyllinen on F-SecureYllätyksekseni Äkta Avant kaatui jatkuvasti, kun Unicorn 7 Windows 7:ssä antoi komentoja kuten ”pause” tai ”end”. Sitten kuitenkin tajusin, että – toisin kuin vanha Äkta Explorerimme – Avant käyttää laitteiden väliseen viestintään tavallisia verkkokortteja, ja Helsingin yliopiston Windows 10 -versiota on oletusarvoisesti ”parannettu” etäohjaus- ja tietoturvaohjelmistoilla. Menin Ohjauspaneeliin ja poistin kaikki yliopiston asentamat ohjelmistolisäosat. Erityisesti F-Securen Client Security Premium oli niiden ohjelmien joukossa, jotka poistin. Uudelleenkäynnistyksen jälkeen en enää saanut Äkta Avantia kaatumaan. Vahvistaakseni havaintoni asensin verkkokortin takaisin alkuperäiseen oletustietokoneeseemme, käynnistin sen uudelleen ja järjestelmä jumittui Windowsin BitLocker -näyttöön. Laitteistokokoonpanon muuttaminen saa väistämättä Windowsin kieltäytymään käynnistymästä. Tämä hidasti työtäni, koska jouduin ottamaan yhteyttä yliopistomme IT-osastoon, joka on kroonisesti ylikuormitettu ja johon on vaikea saada yhteyttä. Poistin valikoivasti F-Secure Client Security Premium -ohjelman palomuurin käytöstä, ja kaatumiset loppuivat välittömästi myös Windows 10:ssä. On erittäin vaikea perustella, miksi yliopistomme tarvitsisi F-Securen tuotteita. Windowsissa itsessään on (XP SP2:sta lähtien) erittäin tehokas palomuuri, ja siinä on myös oma virustorjuntaohjelmisto ( Windows Security Essentials / Windows Defender ), joka on vähintään yhtä hyvä kuin parhaat kilpailijansa, ja lisäksi se on ilmainen ja täysin integroitu Windowsiin (eikä se vaadi kolmannen osapuolen ohjelmistojen syvällistä integrointia käyttöjärjestelmään).Windows 10 on liian hidas vuoden 2015 laitteistollammeAinoa vaihtoehto on päivittää oletustietokoneemme uudemmalle laitteistolle. Tiedekuntamme oli korvannut vanhat Win7-tietokoneet uusilla koneilla vuonna 2019, mutta tämä tietokone oli yhden päivän liian uusi sisällytettäväksi päivitykseen. Se on kuitenkin jo viisi vuotta vanha, ja erityisesti Windows 10 -päivityksen jälkeen se on erittäin hidas. Kun proteiini eluoituu puhdistuksen aikana, fraktioiden keräämisen ei haluta alkavan muutaman sekunnin kuluttua, vaan heti.

Kopiointi rsyncillä

Mon, 17 Feb 2020 00:00:00 +0000

Syitä, miksi rsync:tä kannattaa (ei aina, mutta usein) suosia cp:n sijaan:

Keskeytettyjen siirtojen jatkaminen Jos kopioit suuria tiedomääriä ja terminaalisessio kaatuu tai virta katkeaa, joudut aloittamaan alusta jos käytät cp:tä. rsync voi sen sijan jatkaa juuri siitä, mihin se jäi, mikä voi säästää valtavasti aikaa suurten tietomäärien kohdalla.
Tehokkuus (delta-siirtoalgoritmi) rsync on suunniteltu toimimaan älykkäästi. Jos kopioit tiedostoa, joka on jo olemassa kohdessa (esim. päivität varmuuskopiota), rsync kopioi vain ne tiedoston osat, jotka ovat tosiasiallisesti muuttuneet (”delta”), sen sijaan että se korvaisi koko tiedoston. cp puolestaan kopioi aina koko tiedoston joka kerta.
Reaaliaikainen edistymisen seuranta rsync tarjoaa erinomaista visuaalista palautetta. Käyttämällä -P- (tai –progress-) saat reaaliaikaisen edistymispalkin, joka näyttää valmistumisprosentin, siirtonopeuden ja arvioidun jäljellä olevan ajan. cp on tunnetusti hiljainen, jolloin joudut arvaamaan, onko prosessi vielä käynnissä vai onko se jumiutunut. Toki voit tarkista kohdekansiosta saapuvan tiedoston koon perusteella, eteneekö prosessi lainkaan (ls -lh tiedostonimi tai du -hs tiedostonimi)
Saumattomat etäsiirrot rsync on alun perin suunniteltu toimimaan SSH:n kautta. Sen avulla voit kopioida tiedostoja suoraan etäpalvelimelle tai sieltä pois yhtä helposti kuin kopioisit tiedostoja omalla koneellasi. cp ei pysty tähän; jos haluat käyttää cp:tä etäpalvelimelle, sinun on ensin liitettävä etätiedostojärjestelmä paikallisesti, mikä on paljon monimutkaisempaa ja virhealtisempaa.

Tässä on yleinen käyttötapaus: kansion siirtäminen sen koko sisällön kanssa:

Asiakirjojen ilmainen digitaalinen allekirjoittaminen Linuxissa – mahdotonta?

Sun, 01 Dec 2019 00:00:00 +0000

Koko juttu alkoi, kun yritin allekirjoittaa LibreOffice-asiakirjan. Jos internetin tietoja on uskominen, asiakirjojen allekirjoittaminen on sisäänrakennettu LibreOfficeen. En ole vieläkään löytänyt ketään, joka olisi onnistunut allekirjoittamaan LibreOffice-asiakirjan digitaalisesti. Tämä kokemus osoittaa, että Edward Snowdenista huolimatta useimmat ihmiset eivät välitä aktiivisesti turvallisuudesta ja yksityisyydestä. Debian poisti scdaemonin gnupg2-paketista, ja kuten tavallista, tämän korjaaminen vaatii komentorivin ninjan taitoja. Scdaemon tarjoaa älykorttituen (jota minulla ei ole, mutta ilman scdaemonia Kleopatra-avainhallinta kieltäytyy toimimasta). Käytän Ubuntu 18.04:n oletusasennusta, ja asiakirjan allekirjoittaminen oli melkoinen seikkailu. Itse asiassa minulla ei vieläkään ole tyydyttävää tapaa tehdä tätä. Miten sen sitten tekeekin, jokin ei ole kohdallaan. Ubuntu 19.10 on korjannut ainakin avainhallinnan käynnistämisen LibreOfficesta, ja voin käynnistää SeaHorsen asiakirjan allekirjoitusvalintaikkunasta, mutta minulla ei vieläkään ole aavistustakaan, miten saisin GPG-avaimeni näkyviin LibreOfficessa. Onko kukaan selvittänyt tätä? Kunnes joku näyttää minulle, miten allekirjoitetaan LibreOfficella, käytän erittäin hyvää, mutta omaa ohjelmistoa PDFStudio GPG-avainten tuomiseen ja PDF-tiedostojen allekirjoittamiseen.Allekirjoituspalvelut (DocuSign, HelloSign) Mitä siis teet, jos sinun täytyy allekirjoittaa esimerkiksi PDF-tiedosto, mutta sinulla ei ole keinoja tai et halua tilata jotakin asiakirjojen allekirjoitukseen tarkoitettua varmennepalvelua, kuten DocuSign ? Jopa DocuSignin edullisimmalla paketilla yksi digitaalinen allekirjoitus maksaa 2 dollaria. DocuSign tarjoaa 30 päivän ilmaisen kokeilujakson, mutta en tiedä, pysyvätkö kokeilujakson aikana luomasi varmenteet voimassa kokeilujakson päättymisen jälkeen. HelloSignilla ( https://www.hellosign.com , nykyisin DropBoxin omistama ) on myös ilmainen taso (jolla voi allekirjoittaa 3 asiakirjaa kuukaudessa), ja allekirjoituksen yhteydessä se upottaa näkymättömän allekirjoituksen (joka oli jostain oudosta syystä pätemätön, kun testasin sitä, vaikka HelloSign onkin Adoben hyväksyttyjen luotettavien palveluntarjoajien listalla).Itse allekirjoitetut, CAcert ja StartSSL Teknisesti voit luoda omia allekirjoituksia (itse allekirjoitettuja varmenteita), mutta jos tällaisia PDF-tiedostoja katsellaan Acrobat Readerilla, allekirjoitus merkitään virheelliseksi ja itse allekirjoittaminen ilmoitetaan. Aikaisemmin oli olemasshttp://www.cacert.org/ -sertifikaatteja, mutta tietääkseni kaikki selaimet ovat poistaneet CAcert-sertifikaatit, ja sama pätee todennäköisesti myös Acrobatiin. StartSSL jakoi aiemmin ilmaisia sertifikaatteja, mutta niitä ei enää ole (niiden oma turvallisuus oli vakavasti kyseenalainen).PDF-katseluohjelmien tukiMielenkiintoista on, että monet PDF-katseluohjelmat jättävät allekirjoituksen joka tapauksessa huomiotta (esim. Firefoxin sisäänrakennettu PDF-katseluohjelma ei näytä mitään). Toiset PDF-katseluohjelmat näyttävät allekirjoituksen, mutta EIVÄT ilmoita, että sitä ei pidetä luotettavana (esim. Chrome-selaimen PDF-katseluohjelma ja Ubuntun oletuskatseluohjelma Evince). Koska et voi tietää, mitä katseluohjelmaa vastaanottaja käyttää allekirjoitetun PDF-tiedostosi näyttämiseen, olet joka tapauksessa hankalassa tilanteessa (vaikka tilaisitkin asiakirjojen allekirjoituspalvelun). Letsencrypt Allekirjoituksen luotettavuuden lisäämiseksi voi käyttää Letsencrypt -varmennetta allekirjoittamiseen. Tämä allekirjoitus todistaa, että asiakirjan laatija hallinnoi tiettyä verkkosivustoa (minun tapauksessani jeltsch.org). Se on enemmän kuin itse allekirjoitettu varmenne (ja jos verkkosivusto on luotettava, tämä on kiistatta myös enemmän kuin DocuSign-tilauksen ostaminen), mutta Adobe ei luota uudelleen käytettyyn Letsencrypt-varmenteeseen, koska Letsencrypt-hanke ei tietenkään ole koskaan ollut tarkoitettu asiakirjojen allekirjoittamiseen (“Allekirjoittajan identiteettiä ei tunneta, koska sitä ei ole lisätty luotettujen varmenteiden luetteloon eikä mikään sen vanhemmista varmenteista ole luotettu varmenne”). Tällaisen varmenteen enimmäisvoimassaoloaika on kuitenkin 3 kuukautta, minkä jälkeen se menettää voimassaolonsa. Sitä voidaan edelleen käyttää, mutta se näkyy voimattomana, koska se on vanhentunut (tai ei ole vielä voimassa).Kuinka käyttää Let’s Encrypt -varmennetta väärinEnsinnäkin tarvitset verkkopalvelimen, joka käyttää Let’s Encrypt -varmenteita verkkosivuston identiteetin todentamiseen. Tämä ei kuulu tämän blogikirjoituksen aihepiiriin, mutta aiheesta löytyy useita hyviä oppaita (esim. Let’s Encryptin omilta sivuilta tai Digital Oceanilta ). Kun olet hankkinut Let’s Encrypt -varmenteesi, voit ”käyttää niitä väärin” asiakirjojen allekirjoittamiseen seuraavasti: Koska Let’s Encrypt vaatii varmenteen uusimista kolmen kuukauden välein, samaan hakemistoon kertyy paljon fullchain.pem- ja privkey.pem-tiedostoja, jotka on numeroitu. Haluat tietysti käyttää uusinta (ainoa voimassa oleva) varmennetta ja ehkä haluat uusia Let’s Encrypt -varmenteen välittömästi ennen sen viemistä asiakirjojen allekirjoittamista varten: certbot --apache --force-renewal -n -d jeltsch.org tai jos haluat uusia kaikki varmenteet: certbot --apache --force-renewal Jos päätät uusia kaikki varmenteet, certbot yrittää myöntää yhden varmenteen kaikille palvelimellasi oleville verkkotunnuksille (tätä mahdollisuutta ei ollut Let’s Encrypt -ekosysteemin alkuvaiheessa, mutta se otettiin käyttöön myöhemmin). Jos palvelimesi palvelee useampaa kuin yhtä verkkotunnusta, sinun on määritettävä manuaalisesti se verkkotunnus, jolle haluat varmenteen. Lisätietoja certbot-skriptin käytöstä löytyy osoitteesta https://certbot.eff.org/docs/using.html#certbot-komennotT ämä komento muuntaa varmenteet PKCS#12-tiedostoksi:openssl pkcs12 -export -out signing_certificat.p12 -in /etc/letsencrypt/archive/website-name/fullchain1.pem -inkey /etc/letsencrypt/archive/website-name/privkey1.pemPKCS#12-tiedosto tallentaa varmenteen ja yksityisen avaimen yhteen salattuun tiedostoon (tiedostotunniste .p12). Siksi komento pyytää sinulta salasanalauseen, joka sinun on ehdottomasti muistettava, jotta voit käyttää varmennetta. Sen jälkeen voit siirtää p12-tiedoston pöytätietokoneellesi ja käyttää sitä PDF-tiedostojen allekirjoittamiseen.AikaleimauspalvelimetJos PDF-sovelluksesi pyytää aikaleimauspalvelinta, voit käyttää jotakin ilmaispalveluista, kuten ca.signFiles.com/TSAServer.aspx tai http://zeitstempel.dfn.de . Adobe Acrobat ei kuitenkaan luota myöskään näihin aikaleimauspalveluihin.Tässä ovat komennot itseallekirjoitetun varmenteen luomiseen (ohjelma pyytää (väliaikaista) salasanaa; keksi vain jotain ja muista se, tarvitset sitä toisessa vaiheessa):openssl req -x509 -newkey rsa:4096 -keyout key.pem -out cert.pem -days 3650Muuntaminen allekirjoitussertifikaatiksi (ohjelma pyytää ensin edellä mainittua väliaikaista salasanaa ja sitten lopullista salasanaa, jonka sinun on muistettava sertifikaatin käyttämiseksi:openssl pkcs12 -export -out signing_certificat.p12 -in cert.pem -inkey key.pem

PXE-käynnistys Netgate Pfsense SG-3100 -laitteesta

Fri, 15 Nov 2019 00:00:00 +0000

Asentaakseni Linuxin ilman CD-, DVD- tai USB-muistitikkua käytän nykyään PXE-käynnistystä (”pixie”-käynnistystä) kotiverkossamme. En löytänyt hyviä ohjeita, joten jouduin kokeilemaan eri vaihtoehtoja, ennen kuin se alkoi toimia, mutta itse prosessi on melko yksinkertainen. Tässä ovat vaiheet:

Nautilus (Ubuntun tiedostonhallintaohjelma) ja kirjanmerkit

Tue, 06 Aug 2019 00:00:00 +0000

Aivan aikoinaan Ubuntun tiedostonhallinnan kirjanmerkit tallennettiin suoraan näkymättömänä tiedostona kotikansioon ($HOME/.gtk-bookmarks). Versiosta 14.04 lähtien ne ovat olleet piilossa kahden tason syvyydessä kansiossa $HOME/.config/gtk-3.0/bookmarks. Ja jos mietit, missä Nautilus-skriptit ovat, ne löytyvät nykyään kansiosta $HOME/.local/share/nautilus/scripts/.

LVM2:n manuaalinen liittäminen

Fri, 02 Aug 2019 00:00:00 +0000

Kaikki komennot suoritetaan sudo-oikeuksilla:

vgscan (--mknodes)
vgchange -ay (volumegroupname)
(lvdisplay or lvs or ls -l /dev/volumegroupname/)
mkdir -vp $PATH/{home,root} (to make a moint point)
mount /dev/volumegroupname/home $PATH/home
mount /dev/volumegroupname/root $PATH/root
(ls -al $PATH/home)

Kuinka ottaa käyttöön salasanattomat kirjautumiset palvelimelle

Wed, 24 Jul 2019 00:00:00 +0000

Ota palvelimella käyttöön root-kirjautuminen salasanalla. Tätä varten sinun on muokattava tiedostoa /etc/ssh/sshd_config. Muokkaa ”PermitRootLogin”-merkillä alkavia rivejä seuraavasti: #PermitRootLogin prohibit-password PermitRootLogin yes
Käynnistä sshd-palvelin uudelleen: sudo systemctl restart sshd
Kopioi asiakaskoneelta julkisen avaimen tiedostot palvelimelle ssh-copy-id-komennolla: ssh-copy-id root@server
Poista palvelimella käytöstä root-käyttäjän kirjautuminen salasanalla ja ota käyttöön root-käyttäjän kirjautuminen julkisen avaimen todennuksella:PermitRootLogin prohibit-password#PermitRootLogin yes

Käsikirjoitusten arviointi PDF-tiedostoihin tehtyjen merkintöjen avulla

Fri, 28 Jun 2019 00:00:00 +0000

Tieteelliseen vertaisarviointiin tarkoitetut käsikirjoitukset toimitetaan PDF-tiedostoina. Siksi tuntuu luonnollisimmalta tehdä huomautuksia suoraan PDF-tiedostoon sen sijaan, että kommentit lähetettäisiin erillisenä tekstitiedostona. Monet julkaisujärjestelmät eivät kuitenkaan salli kommenttien lähettämistä merkittyjen PDF-tiedostojen muodossa.Lisäksi Linuxille (jota käytän) ei ole helppokäyttöistä ilmaista tai avoimen lähdekoodin PDF-editoria. Kyllä, on olemassa PDFEdit ( http://pdfedit.cz/en/index.html) , mutta sen käyttö vaatii paljon opettelua, ja sen viimeisin versio on vuodelta 2012. Verkossa on ilmaisia PDF-muokkausohjelmia (esim. https://www.pdfescape.com/) , mutta joskus tarvitsen paikallista työkalua. Vaikka se ei ole avoimen lähdekoodin ohjelmisto eikä ilmainen, valitsemani työkalu on ollut PDF Studio Pro . Siinä on kaikki tarvitsemani ominaisuudet (itse asiassa paljon enemmän kuin tarvitsen), se on aidosti monialustainen (Windows, Mac, Linux), helppokäyttöinen ja erittäin edullinen siihen nähden, mitä se tarjoaa (129 dollaria kertaluonteisesta pysyvästä lisenssistä). Valitettavasti Quoppa Software – PDF Studion kehittäjä – ei tarjoa akateemisia alennuksia.PDF Studio ViewerJokin aika sitten PDF Studion kehittäjät alkoivat tarjota ilmaista versiota nimeltä PDF Studio Viewer . Tämä ilmainen versio on tullut ajan myötä yhä hyödyllisemmäksi. Viime vuodesta lähtien se tukee myös PDF-merkintöjä, mikä on erittäin tärkeää työssäni, etenkin kun arvioin tieteellisiä käsikirjoituksia vertaisarviointina. Monille akateemisille käyttäjille PDF Studio Viewer saattaa olla täysin riittävä.LibreOffice ja InkscapeTietenkin LibreOffice Draw ja Inkscape pystyvät muokkaamaan PDF-tiedostoja, mutta ne eivät ole erikoistuneet merkintöjen tekemiseen. Jos joudut tekemään laajoja merkintöjä, prosessista tulee pian hyvin työläs. Lisäksi Inkscapen muokkaus voi olla tuhoisaa (esim. kun muokkaat tekstiä), mutta olen käyttänyt sitä esimerkiksi lomakkeiden täyttämiseen.Sen lisäksi, että erillisiä merkintä- ja tarkistustyökaluja (kuten ”korvaa teksti”, ”yliviivaa teksti”, ”poista teksti”, ”lisää teksti” tai selitystekstejä) puuttuu, LibreOffice Draw on itse asiassa varsin pätevä PDF-editori, mutta se ei silti aina onnistu avaamaan hyvin monimutkaisia PDF-tiedostoja oikein (minulla on ollut ongelmia taustakuvien/kuvioiden kanssa). Outoa kyllä, ainoaa tarkistustyökalua (kommentteja) ei viedä oletuksena. Sinun on valittava ”Vie kommentit” -valintaruutu, kun viet muokatun PDF-tiedoston PDF-muodossa (”Tallenna”-toiminto luo ODG-tiedoston, jota et todennäköisesti halua).PDFsamJos sinulla ei ole tarvetta lisätä merkintöjä, saatat pärjätä avoimen lähdekoodin työkalulla PDFsam . Toisin kuin PDFEdit, PDFsam on saatavilla Ubuntun pakettivarastoista. PDFsamista on saatavilla myös kaksi maksullista versiota ( PDFsam Enhanced ja PDFsam Visual ). PDFsam Basic (avoimen lähdekoodin versio) on vain yksinkertainen graafinen käyttöliittymä, joka toimii joidenkin komentoriviohjelmien päällä, kun taas PDF Studio Viewer tarjoaa aidon visuaalisen muokkauskokemuksen. En voi puhua PDFsamin maksullisista versioista, koska niitä ei ole saatavilla ilmaisina kokeiluversioina. Itse asiassa kaikki PDFsamin toiminnot voidaan suorittaa komentoriviltä (katso täältä blogikirjoitukseni siitä, miten yleisiä PDF-muokkaustehtäviä suoritetaan pääasiassa komentorivityökalulla pdftk ).Tiedostokoon pienentäminenPDFsam Basic ja PDF Studio Viewer eivät tarjoa mitään toimintoja tiedostokoon pienentämiseen. LibreOffice Drawin PDF-vienti-valintaikkunassa voit pienentää kuvan resoluutiota ja JPEG-pakkausta, minkä avulla voit pienentää tiedostokokoa. Avoimen lähdekoodin alalla ainoat työkalut, joilla PDF-tiedoston kokoa voi pienentää, näyttävät kuitenkin olevan komentorivityökalut. Käytän tähän tehtävään ghostscript -ohjelmaa, mutta komentoa ei ole helppo muistaa:gs -sDEVICE=pdfwrite -dCompatibilityLevel=1.4 -dPDFSETTINGS=/screen -dNOPAUSE -dQUIET -dBATCH -sOutputFile=output.pdf input.pdfPDF Studio Pron avulla sinun ei tietenkään tarvitse muistaa eri avainsanoja eri tulostuslaatuasetuksille (näyttö, e-kirja, tulostin, painovalmistelu), sillä voit valita käytettävissä olevista vaihtoehdoista suoraan pudotusvalikosta. Jos etsit avoimen lähdekoodin graafista kääreohjelmaa Ghostscriptille, kokeile esimerkiksi workerPdf . Asiakirjojen allekirjoittaminen ja allekirjoitusten lisääminen PDF Studio Viewerilla voit allekirjoittaa asiakirjoja, jos sinulla on DocuSign-tilaus . Minua kiinnostaa kuitenkin lähinnä se, että voin itse todistaa luoneeni tietyn asiakirjan (“itse allekirjoitettu allekirjoitus”), enkä niinkään sitä, että muut voivat vahvistaa tekijyyteni. Tässä tilanteessa PDF Studio Viewer ei valitettavasti auta. Eikä ilmeisesti PDFSam tarjoa mitään mahdollisuutta allekirjoittamiseen (ei itseallekirjoitusta eikä kolmannen osapuolen allekirjoitusta). Libre Office Draw sen sijaan mahdollistaa asiakirjojen allekirjoittamisen! Olen etsinyt edullista ratkaisua (ei itse allekirjoitettua, mutta muiden PDF-lukijoiden luottamaa) PDF-asiakirjojen allekirjoittamiseen, mutta sopivaa ratkaisua ei näytä löytyvän, jos allekirjoittamista tarvitaan vain harvoin. DocuSignin peruspaketti (10 dollaria/kk) tuntuu liian kalliilta, kun allekirjoitetaan vain yksi asiakirja kuukaudessa.YhteenvetoJos haluat pysyä ilmaisten tai avoimen lähdekoodin ratkaisujen parissa, joudut todennäköisesti yhdistämään useita työkaluja, jotta kaikki tyypilliset PDF-muokkaustehtävät sujuvat vaivattomasti: PDFsam Basic, LibreOffice Draw, PDF Studio Viewer ja ghostscript. Mutta jos muokkaat PDF-tiedostoja usein (kuten minä), PDF Studio Pron ostaminen on selvästi paras vaihtoehto.

Ubuntu 18.04:n käynnistysviestit

Tue, 25 Jun 2019 00:00:00 +0000

Vaihdettuani tietokonetta (mutta pysyessäni samassa Ubuntu-versiossa) kopioin OpenVPN-asetukseni (/etc/openvpn) uuteen järjestelmään. Kun käynnistin tietokoneen seuraavan kerran, sain käynnistyksen aikana oudon pyynnön syöttää käyttäjätunnukseni ja salasanani. Missään ei mainittu, mihin tarkoitukseen tietoja tarvittiin, joten jouduin arvaamaan. Lisäksi ohjelmassa oli vika, jonka vuoksi minun piti painaa Enter-näppäintä kahdesti käyttäjätunnuksen ja salasanan syöttämisen jälkeen. Vika näytti johtuvan OpenVPN:stä, joka yritti oletuksena käynnistää kaikki /etc/openvpn-kansiossa löytämänsä OpenVPN-määritykset. Vanhalla järjestelmälläni olin asettanut, ettei mitään käynnistettäisi automaattisesti. Ja tietenkin tämä asetus ei ole /etc/openvpn-hakemistossa, vaan /etc/default/openvpn-hakemistossa. Automaattisen käynnistymisen estämiseksi sinun on poistettava kommenttimerkki riviltä #AUTOSTART="none".Jotta voisin selvittää, mikä prosessi pyysi salasanaa käynnistyksen aikana, minun piti tarkastella kaikkia käynnistysviestejä. Tämä tehdään painamalla Esc-näppäintä pian käynnistyksen jälkeen, jolloin GRUB-käynnistysvalikko tulee näkyviin (jos koneellasi on asennettuna vain Ubuntu; muussa tapauksessa näet käynnistysvalikon oletuksena). Paina vain e-näppäintä siirtyäksesi muokkaus tilaan. Täällä muokkaat riviä, joka alkaa sanalla linux, ja poistat kaksi sanaa ”silent splash”. Sen jälkeen painat F10-näppäintä käynnistysprosessin aloittamiseksi.

Käytetäänkö Ubuntu 18.04:ssä edelleen SSD-asemaa swap-tilaan?

Fri, 10 May 2019 00:00:00 +0000

Ubuntu 18.04:n kaksilevyisessä kokoonpanossa (/ SSD-levyllä, /home pyörivällä levyllä) Ubuntu 18.04 on silti oletusarvoisesti käyttänyt SSD-levyn swap-tilaa, vaikka pyörivällä levyllä oli samankokoinen swap-osio. Kyseessä ei ollut uusi asennus, vaan järjestelmän päivitys versiosta 16.04 (jossa olin luonut swap-osion manuaalisesti pyörivälle levylle SSD:n säästämiseksi). Linux pystyy tunnistamaan, onko levy pyörivä vai ei, mutta ilmeisesti asennus-/päivitysskripti ei ollut kovin älykäs. Mitkä swap-osiot ovat käytettävissä? sudo fdisk -l[…]Levy /dev/sda: 74,5 GiB, 80026361856 tavua, 156301488 sektoriaYksiköt: sektorit, 1 * 512 = 512 tavuaSektorikoko (looginen/fyysinen): 512 tavua / 512 tavua I/O-koko (vähimmäis-/optimaalinen): 512 tavua / 512 tavua Levyn tunnisteen tyyppi: dos Levyn tunniste: 0x34836041Laite Käynnistys Alku Loppu Sektoreita Koko Tunnus Tyyppi/dev/sda1 * 2048 148054782 148052735 70,6G 83 Linux /dev/sda2 148056062 156301311 8245250 4G 5 Laajennettu /dev/sda5 148056064 156301311 8245248 4G 82 Linux swap / SolarisDisk /dev/sdb: 931,5 GiB, 1000204886016 tavua, 1953525168 sektoriaYksiköt: sektorit, 1 * 512 = 512 tavuaSektorikoko (looginen/fyysinen): 512 tavua / 512 tavua I/O-koko (vähimmäis-/optimaalinen): 512 tavua / 512 tavua Levyn tunnisteen tyyppi: dos Levyn tunniste: 0xf6870277Laite Käynnistys Alku Loppu Sektoreita Koko Tunnus Tyyppi /dev/sdb1 2048 8390655 8388608 4G 82 Linux swap / Solaris/dev/sdb2 8390656 1953525167 1945134512 927,5G 83 Linux[…]Tarkistetaan, mikä levy on SSD:cat /sys/block/sda/queue/rotational0cat /sys/block/sdb/queue/rotational1Mitä swap-osiota käytetään?more /etc/fstab[…]# swap sijaitsi asennuksen aikana /dev/sda5:llä UUID=fdb5ad84-f758-4326-a6c8-7adf91d21079 none swap sw 0 0[…]Tarkista, vastaako UUID SSD-levyä: sudo blkid /dev/sda5 /dev/sda5: UUID="fdb5ad84-f758-4326-a6c8-7adf91d21079" TYPE="swap" PARTUUID="34836041-05"

Linuxin kopiointikomento (cp)

Wed, 17 Apr 2019 00:00:00 +0000

Jos haluat kopioida kaikki xml-tiedostot yhdestä hakemistosta toiseen korvaamatta samannimisiä olemassa olevia tiedostoja: cp -vnpr /source/*.xml /destination

Suomen sosiaalidemokraattien niukka voitto äärioikeistolaisista Perussuomalaisista

Mon, 15 Apr 2019 00:00:00 +0000

Eiliset parlamenttivaalit Suomessa olivat dramaattisempia kuin aikoihin. Monet äänestäjät jännittivät aamuyöhön asti, sillä hetken aikaa näytti siltä, että äärioikeistolainen Perussuomalaiset-puolue muodostaisi Suomen eduskunnan suurimman ryhmän ja saisi siten perinteisesti etusijan hallitusneuvotteluissa. Sosiaalidemokraattien lopullinen etumatka Perussuomalaisiin oli vain 0,2 %, eli hiuksenhieno. Vaikka sosiaalidemokraatit muodostavat ensimmäistä kertaa vuoden 1999 jälkeen jälleen suurimman ryhmän, ilo on hillittyä. Koska yksikään puolue ei saavuttanut yli 20 prosenttia äänistä, hallituksen muodostaminen tulee olemaan vaikeaa. Kaikki demokraattiset puolueet olivat jo ennen vaaleja sulkeneet pois mahdollisuuden koalitioon Perussuomalaisten kanssa. Joidenkin toivoma äärioikeistolaisten Perussuomalaisten heikkeneminen puolueen hajoamisen seurauksena alle kaksi vuotta sitten ei toteutunut, mikä tekee Perussuomalaisten vaalimenestyksestä sitäkin huolestuttavamman. Suomalainen strategia, jonka tarkoituksena oli heikentää äärioikeistopuolueiden vetovoimaa ottamalla ne nimenomaisesti mukaan politiikkaan, on siten todennäköisesti osoittautunut virheeksi. Perusfinnien kaksi keskeistä kantaa olivat tiukennettu maahanmuutto- ja pakolaispolitiikka sekä ehkä kaikkien puolueiden vähiten painottama asia: ympäristönsuojelu ja erityisesti ilmastonmuutoksen torjunta. Molemmissa kysymyksissä Perusfinnit eroavat perustavanlaatuisesti lähes kaikista muista puolueista. Perinteisesti suomalainen politiikka on kuitenkin konsensuspolitiikkaa, ja muutamia poikkeuksia lukuun ottamatta koalitio on mahdollinen minkä tahansa puolueen ja minkä tahansa toisen puolueen välillä. Tällä hetkellä näyttää vielä siltä, että kaikki demokraattiset puolueet pitävät vaalilupauksensa olla muodostamatta koalitiota Perussuomalaisten kanssa. Sosiaalidemokraattien todennäköinen tuleva pääministeri Antti Rinne korosti vaalivalvonnan jälkeisessä haastattelussa jälleen kerran Peruspuolueen kantojen yhteensopimattomuutta sosiaalidemokraattisten arvojen kanssa ja totesi, ettei hän voi millään hyväksyä ihmisten erilaista kohtelua etnisen taustan tai ihonvärin perusteella.Periaatteessa vaaleissa oli kyse neljä vuotta virassa olleen pääministeri Juha Sipilän johtaman koalitiohallituksen tilinpäätöksestä. Juha Sipilä oli jo kuukausi sitten ilmoittanut hallituksensa erosta ja toimi virassaan vain väliaikaisesti, koska hän ei pystynyt täyttämään terveydenhuoltojärjestelmän uudistamista koskevia keskeisiä lupauksiaan tuen puutteen vuoksi. Suomen Keskustapuolueen Sipilä on (vai pitäisikö sanoa oli) talouselämästä politiikkaan siirtynyt uusien tulokkaiden edustaja. Vaikka myös konservatiivinen Kokoomus ja Perussuomalaiset (suomalainen vastine Saksan AfD:lle) kuuluivat tähänastiseen koalitiohallitukseen, vain Keskustapuolue sai äänestäjiltä rangaistuksen viime vuosien politiikasta kärsimällä yli 7 prosentin massiivisen äänetappion, joka oli puolueen huonoin tulos 100 vuoteen.Se, täyttyvätkö omat toiveeni koulutukseen ja tutkimukseen kohdistuvien investointien lisäämisestä, riippuu täysin sosiaalidemokraateista, ja siksi he saivatkin ääneni. Vaikka kaikki muutkin puolueet ovat luvanneet kaksinkertaistaa tutkimus- ja kehitystoiminnan menot pitkällä aikavälillä, ”mustan nollan” ideologia on suosittu myös Suomen konservatiivien keskuudessa. Ainakin konservatiivit ja Keskustapuolue ovat viimeisen 10 vuoden aikana jättäneet käyttämättä jokaisen tilaisuuden osoittaa, että investoinnit tulevaisuuteemme ja lapsiimme ovat heille tärkeitä. On kyllä outoa, että liikemiehille kuten Juha Sipilälle olisi vieras ajatus, että tulevaisuuteen on investoitava, jotta pysytään kilpailukykyisinä.

ChemBio Finland

Thu, 28 Mar 2019 00:00:00 +0000

Kahden vuoden välein järjestettävä ChemBio Finland -tapahtuma pidetään Helsingin messukeskuksessa tämän viikon keskiviikkona ja torstaina. Esittelin tärkeintä projektiaamme Suomen Akatemian ( http://www.aka.fi/fi/akatemia/media/Ajankohtaiset-uutiset/2019/tervetuloa-suomen-akatemian-osastolle-chembio-messuille/ ) osastolla. Paikalle saapui paljon kuulijoita kuulemaan työstämme, jossa pyrimme siirtämään in vitro -vasta-aineiden tuotantoteknologiat 2000-luvulle synteettisen biologian ja CRISPR-tekniikan avulla.

Salasanaton kirjautuminen graafisen käyttöliittymän ja ssh-oletusarvot

Mon, 25 Mar 2019 00:00:00 +0000

Käytän CSC:n pilvipalveluita, eivätkä ne salli SSH-kirjautumista perinteisellä käyttäjätunnuksen ja salasanan yhdistelmällä. Kun haluan luoda tiedostonhallintaohjelmaani (Nemo) kirjanmerkin, joka osoittaa tähän sijaintiin, minun on määritettävä kirjautumiseen käytettävä RSA-avaintiedosto. Komentorivillä se näyttää seuraavalta:

Swappiness-arvon muuttaminen Linuxissa ja SSD:llä

Tue, 19 Feb 2019 00:00:00 +0000

Swappiness-parametri löytyy kohdasta /proc/sys/vm/swappiness

”0” tarkoittaa ”siirrä välimuistiin levylle vain, kun se on ehdottomasti välttämätöntä”
”100” tarkoittaa ”siirrä välimuistiin levylle välittömästi”

Jos käytät käyttöjärjestelmääsi SSD-levyltä, et ehkä halua käyttää oletusarvoa 60, varsinkaan jos sinulla on kohtuullisesti RAM-muistia (16 tai 32 GB). SSD-aseman käyttöiän pidentämiseksi suorita komento sudo sysctl vm.swappiness=10. Asetus kuitenkin katoaa uudelleenkäynnistyksen jälkeen, ja jotta se olisi pysyvä, sinun on lisättävä seuraava rivi tiedostoon /etc/sysctl.conf: vm.swappiness=10

Ryhmäkansioiden liittäminen fstab-tiedoston kautta

Mon, 11 Feb 2019 00:00:00 +0000

Helsingin yliopistossa voi hakea ryhmäkansioita, jotka ovat yksinkertaisesti NAS-laitteella olevaa levytilaa. Nämä on helppo liittää, kun käytät yliopiston hallinnoimaa tietokonetta yliopiston valikon kautta, mutta entä jos käytät omaa konettasi? Ainakin Ubuntu Linuxissa näiden hakemistojen liittämistapa on muuttunut useita kertoja vuosien varrella, ja se lakkasi toimimasta jälleen äskettäin. Nykyinen merkintä /etc/fstab-tiedostossa omassa (tavallisessa, yliopiston hallinnoimattomassa) Ubuntu 16.04 -järjestelmässäni on seuraava:# HY-ryhmäkansiot//group2.ad.helsinki.fi/h204 /home/local_username/GROUP-drive cifs noauto,user,user=hy_username,nobrl,uid=1000,gid=1000,file_mode=0666,dir_mode=0777 0 0Sen jälkeen voit yksinkertaisesti suorittaa komennon “mount /home/local_username/GROUP-drive”, jolloin sinulta kysytään HY-salasanaasi. Luku 2 ja merkkijono ”h204” palvelimen osoitteessa (group2.ad.helsinki.fi/h204) viittaavat kustannuspaikkaan, joka tässä tapauksessa on H2042 (otetaan kustannuspaikan merkkijonon ensimmäinen numero ja neljä ensimmäistä merkkiä). Tässä on ohjeita siitä, miten se tehdään manuaalisesti Macintosh-tietokoneella:https://helpdesk.it.helsinki.fi/en/instructions/saving-and-sharing/group-storage-space/remote-access-home-and-group-directory-mac

Kuinka muuttaa Ubiquity Edge Router X:n MAC-osoitetta

Wed, 14 Nov 2018 00:00:00 +0000

Avaa komentorivityökalu (CLI) selaimen käyttöliittymän kautta. Jos salasanassasi on erikoismerkkejä, saatat joutua vaihtamaan salasanasi ensin käyttöliittymän kautta. Huolimatta huomattavista yrityksistäni en onnistunut kirjoittamaan erikoismerkkejä komentoriville Firefox-selaimella Mac-tietokoneella (kopiointi ja liittäminen eivät toimi). Olettaen, että haluat muuttaa eth0:configureset interfaces ethernet eth0 mac 00:03:0D:51:B4:D2commitsave

Emme opi elämän, vaan koulun vuoksi

Tue, 13 Nov 2018 00:00:00 +0000

Non vitae sed scholae discimus („Emme opi elämän, vaan koulun vuoksi.“; “Thus we learn our lessons, not for life, but for the lecture-room.”) on noin 2000 vuotta vanha Senecan lainaus, joka on peräisin kirjeestä yhdelle hänen oppilaistaan. Poikani on samaa mieltä: suurin osa siitä, mitä hänen täytyy oppia koulussa, ei ole tärkeää todellisessa elämässä. Valitettavasti minun on (kuten monien muiden asiantuntijoidenkin) pakko myöntää, että hän on oikeassa. Ylpeys ja ilo, jotka useimpien lasten koulunkäynnin alkua säestävät, vaihtuvat usein muutaman vuoden kuluessa pettymykseksi. Jo muutaman viikon kuluttua suurista lomista lapset odottavat vain syksyn ja sitten joululomia, vaikka oppiminen voisi olla hauskaa. Mikä tässä menee pieleen? Miten koulut onnistuvat niin nopeasti tukahduttamaan lasten luonnollisen uteliaisuuden ja motivaation? Yritin aluksi väittää, että tärkeää ei ole SE, mitä oppii, vaan se, että oppii OPPIMAAN. Ja sitä voi tehdä millä tahansa aiheilla. Valitettavasti tämä argumentti on osoitus epäpätevyydestä niille, jotka laativat tai toteuttavat koulujemme opetussuunnitelmia. Miksi oppilaita ei sitten anneta oppia oppimaan aiheista, jotka ovat mielenkiintoisia ja merkityksellisiä? Siinä missä sata vuotta sitten riitti lukeminen, kirjoittaminen ja peruslaskutoimitukset, nykyään tieto kasvaa eksponentiaalisesti. Ja koulubyrokraattien ainoa vastaus on pakata yhä enemmän uutta aineistoa opetussuunnitelmiin poistamatta vanhaa niistä. Samalla tarvitaan kuitenkin enemmän liikkumavaraa kuin aiemmin, koska monien nykypäivänä tarvittavien osaamisalueiden opettaminen vaatii joustavuutta ja joustavia rakenteita. Ymmärrän, että useimpien koulujen (henkilöstö- ja taloudelliset) resurssit ovat rajalliset. Siitä huolimatta on monia opettajia, jotka uhmaavat puutetta (yhdessä maailman rikkaimmista maista!) ja suunnittelevat modernia opetusta suurella energialla ja sitoutuneesti.Monet näkevät ratkaisun MINT-aineiden (MINT = matematiikka, tietotekniikka, luonnontieteet ja tekniikka; englanniksi STEM: science, technology, engineering and mathematics), mutta juuri näillä aloilla tiedon määrä kasvaa niin nopeasti, että opetussuunnitelmat ja luultavasti myös useimmat opettajat eivät pystyisi läheskään pysymään todellisuuden vauhdissa, vaikka opetettava tieto olisikin välittömästi merkityksellistä. Siksi nykyään tarvitaan opettajia, jotka eivät opeta oppilailleen pelkästään faktoja, vaan menetelmiä. Tällaisia käsitteitä voidaan välittää juuri ajankohtaisten ja mielenkiintoisten aiheiden avulla:

OpenVPN-palvelin pfSense-laitteella ja asiakasohjelma Ubuntu 16.04:llä

Fri, 02 Nov 2018 00:00:00 +0000

Olen asentanut OpenVPN -palvelimen Netgate SG-3100 -reitittimeeni . Toivon, että tämän ansiosta varmuuskopioiden synkronointi fyysisesti erilliseen sijaintiin helpottuu. pfsense-reitittimeen on olemassa monia ohjeita OpenVPN-palvelimen asennuksesta, ja se toimii hyvin. Käytän kuitenkin töissä Ubuntua 16.04:ää, ja asiakassovelluksen määrittäminen vaatii hieman enemmän työtä kuin MacOS:ssa tai Windowsissa. Ubuntussa on pakko päivittää DNS-tiedot manuaalisesti VPN-tunnelin muodostamisen jälkeen, jos olet valinnut asetuksen, jonka mukaan kaikki asiakaskoneelta lähtevä internetliikenne reititetään VPN-palvelimen kautta. Jos et päivitä DNS-resolverin tietoja Ubuntu-asiakaskoneella, pääset kyllä VPN:n sisäiseen verkkoon (minun tapauksessani 10.0.0.0/24), mutta et voi käyttää isäntänimiä. Esimerkiksi komento ping www.google.com epäonnistuu, mutta komento ping 172.217.21.164 onnistuu. Vastaavasti selaimesi ei löydä URL-osoitteita. IP-osoitteilla selaaminen (”http://172.217.21.164”) ei ole kovin käytännöllistä. Ubuntun oletusasetukset eivät turvallisuussyistä salli tämän DNS-resolverin päivityksen tapahtuvan automaattisesti. Ubuntun OpenVPN-pakettiin sisältyy skripti, joka päivittää nämä tiedot (/etc/openvpn/update-resolv-conf). Jotta tämä toimisi, on kuitenkin

SSD vai perinteinen kiintolevy?

Wed, 12 Sep 2018 00:00:00 +0000

sudo apt install smartmontoolssudo smartctl -a /dev/sda tai cat /sys/block/sda/queue/rotational

Aikaisemmat opetussuunnitelmat

Mon, 10 Sep 2018 00:00:00 +0000

Non vitae sed scholae discimus („Emme opi elämän, vaan koulun vuoksi“) on noin 2000 vuotta vanha Senecan lainaus, joka on peräisin hänen eräälle oppilaalleen kirjoittamastaan kirjeestä. Lapseni ovat samaa mieltä: suurin osa siitä, mitä hänen täytyy oppia koulussa, ei olisi tärkeää todellisessa elämässä. Valitettavasti minun (ja monien asiantuntijoiden) on pakko myöntää, että hän on oikeassa. Ylpeys ja ilo, jotka useimpien lasten koulunaloitusta säestävät, vaihtuvat usein muutaman vuoden kuluessa pettymykseksi. Jo muutaman viikon kuluttua suurista lomista lapset odottavat enää vain syksyn ja sitten joululomia, vaikka oppiminen voisi olla hauskaa. Mikä tässä menee pieleen? Miten koulu onnistuu niin nopeasti tukahduttamaan lasten luonnollisen uteliaisuuden ja motivaation? Olen aiemmin yrittänyt väittää, että tärkeää ei ole SE, mitä oppii, vaan se, että oppii OPPIMAAN. Ja sitä voi tehdä millä tahansa aiheilla. Valitettavasti tämä argumentti on osoitus epäonnistumisesta niille, jotka laativat ja toteuttavat koulujemme opetussuunnitelmia. Miksi oppilaita ei sitten anneta oppia oppimaan aiheista, jotka ovat mielenkiintoisia ja merkityksellisiä? Siinä missä sata vuotta sitten riitti lukeminen, kirjoittaminen ja laskeminen (ja laskemisella tarkoitan peruslaskutoimituksia), nykyään tieto (valitettavasti myös väärä tieto) kasvaa eksponentiaalisesti. Ja kouluhallinnon ainoa vastaus on pakata yhä enemmän uutta oppimateriaalia opetussuunnitelmiin poistamatta vanhaa niistä. Monet näkevät ratkaisun MINT-aineiden (MINT = matematiikka, tietotekniikka, luonnontieteet ja tekniikka; englanniksi STEM: science, technology, engineering and mathematics), mutta juuri näillä aloilla tiedon kasvu on niin nopeaa, että opetussuunnitelmat ja luultavasti myös suurin osa opettajista eivät pystyisi läheskään pysymään todellisuuden vauhdissa, vaikka opetettava tieto olisikin suoraan merkityksellistä. Siksi nykyään tarvitaan opettajia, jotka pystyvät välittämään oppilailleen paitsi faktoja myös tiedon ja todellisuuden luonteen. Tällaisia käsitteitä voidaan välittää juuri ajankohtaisten ja mielenkiintoisten aiheiden avulla, kuten ilmastonmuutoksen kautta: miksi tiedämme sen, mitä tiedämme; mikä on ero ”tosiasioiden” ja ”mielipiteiden” välillä, miksi tieteessä ei ole ”totuutta”, miksi siitä huolimatta on teorioita, jotka ovat lähes varmasti oikeita, ja mitä ”oikea” ja ”väärä” tieteessä oikeastaan tarkoittavat, ja miksi tiede ei ole pelkkä tosiasioiden kokoelma, vaan menetelmä. Ja nimenomaan paras menetelmä, jonka tunnemme, lähestyäksemme todellisuutta (tällä paljastan olevani postmodernin mielivaltaisuuden vastustaja, joka pitää myös tiedettä kulttuurisidonnaisena ilman minkäänlaista erityistä suhdetta todellisuuteen tai totuuteen).Nykyiset opetussuunnitelmat (ainakin lasteni koulun) valmistavat siihen, mikä oli tärkeää toissapäivänä. Nykypäivän lapset tarvitsevat aineellisen tiedon sijaan menetelmiä. Ja menetelmiä voi oppia aineiston avulla, joka on mielenkiintoista jokaiselle yksittäiselle lapselle. Kyse ei ole myöskään aineiston määrästä, vaan pikemminkin syvyydestä. Luovuus, sitoutuminen ja vastuullisuus ovat muita asioita, joita nykypäivän koulujen tulisi opettaa ja jotka ovat välttämättömiä ihmiskunnan selviytymiselle; aiheesta löytyy runsaasti tietoa internetistä, tässä vain kaksi linkkiä inspiraatioksi: https://www.cicero.de/kultur/wir-brauchen-eine-bildungsrevolution/51963 ja http://www.spiegel.de/plus/a-00000000-0002-0001-0000-000158147643/ .

SnapGene ja osittaiset restriktioentsyymihajotukset uudelleen tarkasteltuna

Thu, 23 Aug 2018 00:00:00 +0000

SnapGene on ohjelmisto laboratoriossa työskenteleville molekyylibiologeille, jotka tekevät paljon kloonaustyötä (konstruktien suunnittelu ja annotointi). Siitä lähtien, kun viimeksi kirjoitin SnapGene-ohjelmistosta ( https://www.snapgene.com/ ), on tapahtunut monia hyviä asioita:

Kotiverkon skannaus (nmap)

Sun, 18 Mar 2018 00:00:00 +0000

Kotiverkon skannaus kaikkien porttia 80 (http) kuuntelevien laitteiden löytämiseksi:nmap -p80 192.168.0.0/24 -oG - | grep 80/openJoskus tämä ei toimi (koska nmap yrittää olla älykäs ja skannata vain saatavilla olevia isäntiä). Jotta nmap skannaisi ilman älykkyyttä, käytä e-Pn (no ping) -vaihtoehtoa. Tämä skannaa isäntäkoneen 192.168.0.2 kaikki portit:nmap -Pn -p0-65535 192.168.0.2

Posterin nro XX lähdeluettelo:

Thu, 01 Mar 2018 00:00:00 +0000

@page { }table { border-collapse:collapse; border-spacing:0; empty-cells:show }td, th { vertical-align:top; font-size:12pt;}h1, h2, h3, h4, h5, h6 { clear:both }ol, ul { margin:0; padding:0;}li { list-style: none; margin:0; padding:0;}li span. { clear: both; line-height:0; width:0; height:0; margin:0; padding:0; }span.footnodeNumber { padding-right:1em; }span.annotation_style_by_filter { font-size:95%; font-family: Arial; background-color: #fff000; margin: 0; border: 0; padding: 0; }* { margin: 0;}.P1 { font-size: 12pt; font-family: Liberation Serif; writing-mode: page; }.P2 { font-size:12pt; margin-bottom:4,23mm; margin-left:0mm; margin-right:0mm; margin-top:0mm; text-indent:0mm; font-family:Liberation Serif; writing-mode:page; }.P3 { font-size:12pt; margin-bottom:4,23mm; margin-left:0mm; margin-right:0mm; margin-top:0mm; text-indent:0mm; font-family:Liberation Serif; writing-mode:page; text-align:center ! important; }.P4 { font-size:20pt; margin-bottom:4,23mm; margin-left:0mm; margin-right:0mm; margin-top:0mm; text-indent:0mm; font-family:Liberation Serif; writing-mode:page; text-align:center ! important; font-weight:bold; }.P5 { font-size:11pt; margin-bottom:4,23mm; margin-left:0mm; margin-right:0mm; margin-top:0mm; text-indent:0mm; font-family:Liberation Serif; writing-mode:page; text-align:center ! important; }.Internet_20_link { color:#000080; text-decoration:underline; }.T10 { vertical-align:super; font-size:58%;}.T6 { font-style:italic; }.T7 { font-style:italic; }.T8 { font-weight:bold; }.T1 .T2 .T3 .T4 .T5 { }Uudet proteaaseja aktivoivat tekijät paljastavat VEGF-C:n uusia rooleja

Tietokoneaika: Windows vastaan muu maailma

Sat, 10 Feb 2018 00:00:00 +0000

En ole varma, mutta Windows näyttää olevan ainoa käyttöjärjestelmä, joka vaatii, että tietokoneen kello asetetaan paikalliseen aikavyöhykkeeseen maailmanlaajuisen standardiajan (UTC) sijaan. Ehkä se on jäänne ajalta, jolloin Microsoft ajatteli, ettei internetillä olisi kovin suurta merkitystä tietotekniikan tulevaisuudelle. Kaikki muut käyttöjärjestelmät käyttävät ilmeisesti UTC:tä: MacOS, Android, Linux, BSD jne. Jos tietokoneessasi on kuitenkin kaksoiskäynnistys, saatat joutua ongelmiin. Kaikki käyttöjärjestelmät eivät tunnista kaksoiskäynnistystä automaattisesti eivätkä sopeuta toimintaansa Windowsin kanssa yhteensopivaksi. Jos näin on, helpoin ratkaisu on muuttaa Windowsin toimintaa. Selkeät ohjeet tämän tekemiseen löytyvät osoitteesta https://liliputing.com/2016/03/fix-time-problem-dual-boot-computers-windows-linux-android.html , mutta tässä ovat vaiheet pähkinänkuoressa:

Syncthing

Wed, 24 Jan 2018 00:00:00 +0000

Syncthing on yksi parhaista työkaluista kansioiden synkronointiin internetin välityksellä. Jostakin syystä se kuitenkin lakkaa toisinaan toimimasta Ubuntu 16.04:lläni, ja koska käytän sitä ”aseta ja unohda” -periaatteella, unohdan myös, miten tarkistan, toimiiko se.Aseta se käynnistymään automaattisesti järjestelmän käynnistyessä (järjestelmäpalveluna): systemctl enable syncthing@username.serviceKäynnistä palvelu: systemctl start syncthing@username.serviceTarkista tila: systemctl status syncthing@username.serviceGUI:n URL-osoite: https://127.0.0.1:8384 Yllä oleva ratkaisu ei kuitenkaan toimi hyvin, jos esimerkiksi synkronoitavat tiedostot sijaitsevat salatussa kansiossa, joka liitetään vasta käyttäjän kirjautumisen jälkeen (esimerkiksi Ubuntu 16.04:ssä oli mahdollista salata käyttäjäkansio, joka avattiin vasta käyttäjän kirjautuessa). Vaihtoehtoisesti palvelun voi ajaa ”käyttäjäpalveluna” seuraavasti:cp /usr/lib/systemd/user/syncthing.service ~/.config/systemd/user/systemctl --user enable syncthing.servicesystemctl --user start syncthing.serviceSyncthing näyttää kadottavan säännöllisesti tiedoston nimeltä “.stfolder”, jonka pitäisi sijaita minkä tahansa jaetun kansion juuressa (tai se muunnetaan kansioksi). Minulla ongelma yleensä ratkeaa yksinkertaisesti luomalla kyseinen (tyhjä) tiedosto uudelleen (ja poistamalla samanniminen kansio, jos sellainen on olemassa).

Etätyöpöytäyhteydet Helsingin yliopiston työtietokoneeseen

Mon, 15 Jan 2018 00:00:00 +0000

Jos sinulla on työkanula, voit viedä sen kotiin töiden tekemistä varten. Mutta entä jos sinulla on pöytätietokone ja haluat käyttää sitä kotoa käsin? Teknologia, joka mahdollistaa tämän, on ollut olemassa jo yli 20 vuotta, mutta jos luulet, että yliopiston IT-osasto olisi tehnyt tästä sinulle helppoa, olet väärässä. Itse asiassa en tunne ketään, joka osaisi tehdä tämän (puhumattakaan siitä, miten prosessi saataisiin sujumaan helposti). Jopa alla selitetyn asetuksen avulla jotkin asiat eivät toimi kunnolla (esim. en ole koskaan keksinyt, miten tiedostojen jakaminen saadaan toimimaan Mac-Mac-yhteydellä, joten käytän edelleen Fugua erillisen tunneloidun sftp-yhteyden kautta tiedostojen siirtämiseen). Sinulla on useita vaihtoehtoja:

Taikakomento, jolla Apple SuperDrive herätetään Linuxissa

Sat, 09 Dec 2017 00:00:00 +0000

sudo apt-get install sg3-utils (tarvitaan vain ensimmäisellä kerralla)ls /dev (tarkistaaksesi, onko kyseessä sr0 vai sr1; yleensä se on sr0, ellei sinulla ole jo muita USB-asemia kytkettynä)sg_raw /dev/sr0 EA 00 00 00 00 00 01

Tehokkaimmat keinot hiilijalanjäljen pienentämiseen

Thu, 12 Oct 2017 00:00:00 +0000

Lundin yliopiston tämän tutkimuksen mukaan tehokkaimpia keinoja ilmastonmuutoksen torjumiseksi jätetään suurelta osin käsittelemättä. Ei ole yllättävää, että ne koskettavat juuri niitä asioita, jotka ovat meille rakkaimpia: autoamme, lomiamme, lapsiamme ja lempiruokiamme.

Natsit Saksan parlamentissa

Sun, 24 Sep 2017 00:00:00 +0000

Surullinen päivä Saksalle: natsit istuvat jälleen Saksan parlamentissa. He eivät kutsu itseään natseiksi. Sen sijaan he käyttävät nimeä AfD (Alternative für Deutschland = Vaihtoehto Saksalle). Ja monet väittävät (mielestäni oikeutetusti), että Angela Merkel ei tehnyt mitään estääkseen tämän tapahtumasta. Molemmat suuret puolueet – konservatiivit ja sosiaalidemokraatit – menettivät huomattavasti kannatustaan äänestäjien keskuudessa. Lähes kaikki pienpuolueet pystyivät joko säilyttämään tai kasvattamaan edustustaan Saksan parlamentissa, Bundestagissa. Merkel tarvitsee vähintään kahta niistä pysyäkseen vallassa, ja lukujen perusteella on mahdollista muodostaa koalitio konservatiivien, vihreiden ja liberaalien kanssa (jota kutsutaan Jamaika-koalitioksi näiden kolmen puolueen värien – mustan, vihreän ja keltaisen – mukaan). Aikanaan vallankumoukselliset vihreät tulevat nyt ylläpitämään vallitsevaa tilannetta Saksassa… Monet ihmiset näyttävät äänestäneen omia etujaan vastaan, mutta sosiaalidemokraatit eivät kyenneet vakuuttamaan riittävää määrää ihmisiä siitä, että he ovat ainoa toteuttamiskelpoinen vaihtoehto Angela Merkelin poliittiselle ohjelmalle.

Toni Nettin säännöt

Sat, 16 Sep 2017 00:00:00 +0000

Yli 50 vuotta sitten Toni Nett julkaisi kirjansa Der Lauf. Kirjassa hän esitteli nyrkkisääntöjä, joiden avulla voidaan laskea mahdollisia henkilökohtaisia juoksutuloksia yleisimmillä keski- ja pitkän matkan juoksumatkoilla. Mahdolliset henkilökohtaiset ennätykset lasketaan seuraavaksi lyhyemmällä matkalla saavutettujen tulosten perusteella. Manfred Steffny laajensi Toni Nettin sääntöjä kattamaan maratonin ja 100 km:n juoksun. Hän totesi näiden sääntöjen olevan yllättävän tarkkoja verratessaan satojen eri tasoisia juoksijoita, aloittelijoista maailmanmestareihin, henkilökohtaisia ennätyksiä. Olen kirjoittanut näistä nyrkkisäännöistä aiemmin täällä . Nyt olen tehnyt pienen PHP-skriptin, joka suorittaa laskelman puolestasi.

Tiedostojen poistaminen, joissa on ”sallimattomia merkkejä”

Fri, 08 Sep 2017 00:00:00 +0000

Yliopistomme monialustaympäristössä vähintään kolme eri käyttöjärjestelmää muodostaa yhteyden smb-jakettuihin ryhmäkansioihin. Ilmeisesti Mac-tietokoneet pystyvät tallentamaan tiedostoja, joiden nimissä on merkkejä, joita ei sallita muilla alustoilla ja joita ei voi helposti poistaa. Viime aikoina meillä on ollut useita tiedostoja, joiden nimi päättyy pisteeseen (.) tai välilyöntiin ( ), emmekä ole pystyneet poistamaan niitä graafisen käyttöliittymän kautta. Windows 7:ssä onnistuin siinä komentoriviltä komennolla: delete "file." tai delete "file ". En ole kuitenkaan löytänyt tapaa tehdä tätä Ubuntu-koneeltani, ja on ärsyttävää käynnistää Windowsia pelkästään muutaman tiedoston poistamiseksi. Valitettavasti tästä tuli välttämätöntä, koska Cloudberry -varmuuskopiointijärjestelmä (joka toimii Ubuntussa) jumittuu tällaisten tiedostojen kohdalla. Etsin uutta varmuuskopiointijärjestelmää laboratorion tietokoneillemme, koska CrashPlan päätti lopettaa tuen muille kuin yritysasiakkaille…

Windows muuttaa tietokoneeni kellonaikaa

Mon, 28 Aug 2017 00:00:00 +0000

Jos en ole erehtynyt, Windows on ainoa käyttöjärjestelmä, joka käyttää paikallista aikaa järjestelmäkellossaan (UTC:n sijaan). Tämä tarkoittaa, että monikäynnistysasetuksissa jokainen järjestelmän uudelleenkäynnistys Windowsiin sekoittaa järjestelmän kellonajan. Voit nollata sen (Ubuntu 16.04:ssa) komennolla sudo timedatectl set-timezone Etc/UTC.

Amber Stutthofista

Tue, 01 Aug 2017 00:00:00 +0000

Juostessani Itämeren rannalla lähellä Kąty Rybackieta (Puola), poimin muutamia meripihkakiviä. Osa niistä ei läpäissyt kelluntatestiä (20 % w/v NaCl-liuoksessa huoneenlämpöisessä vedessä), mutta minulla ei ole aavistustakaan, mitä nämä kellumattomat kivet oikeastaan ovat (ne ovat liian pehmeitä ollakseen lasia, ehkä muovia?).Kun saavuin tänne viikon rantalomalle, en tiennyt, että pieni kylä, jossa majoituimme, kuului Stutthofin kuntaan, jossa yksi natsien keskitysleireistä sijaitsi. Itse asiassa poikkesin kahdesti päivittäiseltä aamulenkiltäni rannalla katsomaan leiriä, joka on nykyään museo. Mielenkiintoista on, että alle 12-vuotiaat lapset eivät saa vierailla paikalla. Tämä eroaa niistä Saksan keskitysleirien muistomerkkipaikoista, jotka tunnen: päätös siitä, viedäänkö lapset vierailulle, jätetään vanhempien tehtäväksi. Toinen mieleenpainuva muisto näiltä lomilta olivat automatkat, jotka saivat minut tarkistamaan vakaasti pitämäni käsitystä siitä, että suurin osa autoilijoista täällä Suomessa ajaa vastuuttomasti ja useimmiten liian kovaa. Itse asiassa Puolassa oli lähes mahdotonta ajaa nopeusrajoitusten mukaisesti, sillä kukaan ei näyttänyt tekevän niin. Tajusin, että ajaminen nopeusrajoituksia noudattavalla autolla olisi vaarallisempaa kuin ajaminen holtittomasti ylinopeutta ajavalla autolla, sillä kapeilla maanteillä joutuisi jatkuvasti väistämään ohittavia autoja. Siksi minäkin ajoin ylinopeutta. Ei ole yllättävää, että Puolalla on Euroopan korkeimmat liikennekuolematilastot ( https://www.economist.com/blogs/easternapproaches/2013/06/polish-driving ). Puolan hallituksen väitetyn tavoitteen mukaan kuolemantapausten määrää halutaan vähentää, mutta nopeusrajoitusten alentamisen sijaan niitä korotettiin vuonna 2011. Wikipedian mukaan moottoriteiden suurin sallittu nopeus muuttui 130:stä 140 km/h:iin ja kaksiajorataisten teiden 110:stä 120 km/h:iin. Karkea arvio (perustuen näihin lukuihin ) osoittaa, että Puolan teillä on kuollut viimeisten 20 vuoden aikana suunnilleen yhtä monta ihmistä kuin natsit surmasivat Stutthofissa vuosina 1939–1945. Ehkä Puolan poliisin pitäisi alkaa valvoa nopeusrajoituksia?

Jaettujen kansioiden käyttö VirtualBoxissa (Linux-vieraskone)

Fri, 28 Jul 2017 00:00:00 +0000

Tiedostojen siirtäminen isäntäkäyttöjärjestelmästä vieraskäyttöjärjestelmään ja päinvastoin ei toimi suoraan asennuksen jälkeen, kun asennat VirtualBoxin Ubuntu-pakettivarastoista ja lataamalla Ubuntu VirtualBox -kuvan (esim. osoitteesta http://www.osboxes.org/virtualbox-images) . Vieraslisäosien asentamisen jälkeen vedä ja pudota -toiminto ei näyttänyt toimivan minulla, joten jouduin määrittämään ”jaetun kansion”. Kun se on määritetty graafisen käyttöliittymän kautta, se ei ilmesty automaattisesti vierasjärjestelmän työpöydälle. Se on liitettävä: sudo mount -t vboxsf nimi (kuten määritetty VirtualBoxin käyttöliittymässä) ~/liitäntäkohta vieraskäyttöjärjestelmässä/ Tähän on tietysti monia muita tapoja (esim. Samba, sftp tai sshfs)…

Valmis

Sat, 04 Mar 2017 00:00:00 +0000

Vuoden kestäneen vaivalloisen osien keräämisen ja rakentamisen jälkeen Tobias ja minä saimme tänään valmiiksi Lego Millennium Falcon Ultimate Collector’s Edition -mallin (Lego-sarja 10179, http://brickset.com/sets/10179-1/Ultimate-Collector-s-Millennium-Falcon ) valmiiksi. Tätä Millennium Falcon -versiota ei enää myydä, ja käytettyjä sarjoja myydään eBayssa hullun kalliilla hinnoilla, noin 5 000 eurolla.Olemme ottaneet tarvittavat Lego-palikat kahdesta muusta Lego Star Wars -mallista: Death Starista (Lego-sarja 10188, http://brickset.com/sets/10188-1/Death-Star ) ja Super Star Destroyerista (Lego-sarja 10221-1, http://brickset.com/sets/10221-1/Super-Star-Destroyer) . Meidän piti kuitenkin ostaa huomattava määrä puuttuvia osia. Monet niistä ostimme suomalaiselta verkkohuutokauppasivustolta Huuto ( http://huuto.net ) tai BrickLinkistä ( http://www.bricklink.com ), joka on eräänlainen ”LEGO-palikoihin erikoistunut eBay”. Vaikeimmin löydettävät osat olivat kaksi vaaleansinistä-harmaata ”Boat Mast Rigging Long 28 x 4” -osaa ( http://www.bricklink.com/search.asp?itemID=56261&colorID=86) , joita myydään tällä hetkellä peräti 100 euroa kappaleelta. Emme tietenkään ostaneet näitä kappaleita. LEGO myy kuitenkin edelleen tämän kappaleen mustaa versiota varaosana, ja Tobin kummisetä vaivautui hankkimaan ne ja maalaamaan ne harmaiksi. Kiitos, Clemens!

Käsijarru ja suojatut DVD-levyt

Thu, 02 Mar 2017 00:00:00 +0000

DVD-levyjen kopioiminen on jo menneisyyttä, mutta toisinaan minun on silti tehtävä sitä. Se tapahtuu kuitenkin niin harvoin, että joka kerta minulla on joko uusi tietokone tai uusi Linux-jakelu, ja minun on asennettava tarvittavat ohjelmistot. Tällä kertaa käytän Ubuntu 16.04:ää. Käytän yleensä Handbrakea , ja se on erittäin kätevä, mutta Handbrake ei aina onnistu tehtävässään. Tällä kertaa jouduin turvautumaan MakeMKV:hen . MakeMKV kuitenkin kopioi videon vain MKV-tiedostomuotoon, mutta ei pakkaa sitä. Jos tarvitset tilan säästöä, sinun pitäisi silti käsitellä tiedostoa pakkausohjelmalla. Tässä on koko komentoketju: Minulla on vain Apple USB-Superdrive. Apple ei halua, että käytän sitä muiden tietokoneiden kuin Macien kanssa. Jotta se toimisi Linuxissa, sille on lähetettävä ”Magic cookie” (katso täältä: ):sg_raw /dev/sr0 EA 00 00 00 00 00 01Jos sinulla on Handbrake asennettuna Ubuntun oletuspakettivarastosta, sinun on poistettava se (se on rajoitettu versio, ja haluat varmasti käyttää sitä myös salattujen DVD-levyjen kanssa): (sudo apt remove handbrake && sudo apt autoremove)Asenna tämä versio:sudo add-apt-repository ppa:stebbins/handbrake-releasessudo apt updatesudo apt install handbrake-gtk handbrake-cliAsenna ohjelmisto salattujen DVD-levyjen lukemiseen:sudo apt-get install libdvd-pkgSinun sinun on suoritettava joitakin manuaalisia komentoja asennuksen jälkeen, mutta asennusohjelma opastaa sinua asennuksen aikana. Valitse lähteeksi DVD:n TS_Audio-kansio. Jos skannaus ei pääty koskaan tai et näe yhtään raitaa skannauksen päätyttyä, saatat tarvita jotain MakeMKV:n kaltaista ohjelmaa. En löytänyt mitään PPA:ta tai deb-tiedostoa, joten käänsin ohjelman lähdekoodista, mikä onnistui ilman ongelmia seuraamalla ohjeita täältä: http://www.makemkv.com/forum2/viewtopic.php?f=3&t=224 . Tässä lyhyt versio:wget http://www.makemkv.com/download/makemkv-bin-1.10.4.tar.gzwget http://www.makemkv.com/download/makemkv-oss-1.10.4.tar.gztar -xvzf makemkv-bin-1.10.4.tar.gztar -xvzf makemkv-oss-1.10.4.tar.gz cd makemkv-oss-1.10.4/ ./configure make sudo make install cd ../makemkv-bin-1.10.4/ make sudo make installSuoritustiedosto on /usr/bin/makemkv

ScanSnap iX100:n tuki Linuxille

Fri, 23 Dec 2016 00:00:00 +0000

Ubuntu 16.04:ssa sane-paketti ei vielä tue ScanSnap iX100 -laitetta. Jotta laite saadaan toimimaan, sinun on asennettava Rolf Benschin ppa: sudo add-apt-repository ppa:rolfbensch/sane-git; sudo update; sudo upgrade

Ohjelmistojen automaattinen uudelleenasennus pakettiluettelosta

Sun, 20 Nov 2016 00:00:00 +0000

Jos minun on asennettava Ubuntu-/Debian-pohjainen Linux-käyttöjärjestelmä uudelleen (tai kopioitava ohjelmistovalikoima toiselle koneelle), se voidaan tehdä seuraavasti. Lähdekoneella:sudpkg --get-selections > ~/Package.listcp -R /etc/apt/sources.list* ~/apt-key exportall > ~/repository.keysSitten kopioidaan tiedostot kohdekoneelle:suapt-key add ~/repository.keyscp -R ~/sources.list* /etc/apt/apt-get updateapt-get install dselectdselect updatedpkg --set-selections < ~/Package.listapt-get dselect-upgrade -yJos joitakin paketteja ei ole saatavilla, tämä epäonnistuu. Tämä koskee minun tapauksessani manuaalisesti asennettuja paketteja, kuten TeamViewer tai snapgene / snapgene_viewer . Poistan nämä paketit yleensä manuaalisesti luettelosta (onneksi niitä ei ole kovin monta).Päivitys ei kuitenkaan ole täysin automaattinen, sillä joudut esimerkiksi hyväksymään erilaisia käyttöoikeussopimuksia (kuten Microsoftin TrueType-fonttien osalta) ja vahvistamaan manuaalisesti muita asioita (kuten libdvd-pkg:n oikeudelliset seikat), mikä tavallaan kumoo tämän prosessin tarkoituksen, eli sen, että se olisi automaattinen ja vaivaton…

Lämpötila-anturit

Tue, 15 Nov 2016 00:00:00 +0000

https://my.wirelesstag.net/eth/signin.html

Let's Encrypt on luonut kaksoiskappaleet lokitiedostoistani

Wed, 19 Oct 2016 00:00:00 +0000

En ole pitänyt verkkopalvelimeni lokitiedostoja ennen vuoden 2016 alkua, jolloin minun piti jäljittää tiettyihin tiedostoihin kohdistuneet pääsyt (aloin käyttää awstatsia , lähinnä siksi, että se oli minulle tuttu, sillä olin käyttänyt sitä vuosia sitten, kun sivustoni toimi vielä Red Hat -palvelimella). Maaliskuussa 2016 aloin onneksi käyttää Let’s Encryptia . Olin aiemmin käyttänyt toista ”ilmaista” palvelua, joka joutui äskettäin suuriin vaikeuksiin, sillä se ei ilmeisesti pystynyt hallitsemaan omaa tietoturvaansa. Kun tarkastelin Apache-palvelimeni lokitiedostoja (Ubuntu 14.04:llä), huomasin, että Apache teki kaksoislokitusta (sekä yksittäisen virtuaalipalvelimen lokitiedostoon että yhteiseen lokitiedostoon). Huomasin, että Let’s Encrypt määrittää jokaisen virtuaalipalvelimen konfiguraatiotiedostoon Import-direktiivin, joka viittaa tiedostoon /etc/letsencrypt/options-ssl-apache.conf. Ja tämä tiedosto puolestaan määrittää yhteiset access.log- ja error.log-tiedostot kaikille virtuaalipalvelimille hakemistoon /var/log/apache2/. Poistin kommenttimerkit viidestä tähän lokitiedostojen tallennukseen liittyvästä rivistä, ja päällekkäinen lokitiedostojen tallennus loppui (alun perin olin luullut, että tätä Let’s Encrypt -direktiiviä käytettiin vain Let’s Encryptin alkuasetuksissa varmenteen luomista varten).

Kuinka käynnistää OpenVPN- tai SSH-palvelin Ubuntu 16.04:ssä ja 18.04:ssä

Sat, 03 Sep 2016 00:00:00 +0000

OpenVPNsudo systemctl start openvpn@client”client” on johdettu asetustiedoston nimestä (/etc/openvpn/client.conf). Jos konfiguraatiotiedostosi nimi on server.conf, komennon tulee olla sudo systemctl start openvpn@server. Kun haluat, että palvelu käynnistyy automaattisesti järjestelmän käynnistyksen yhteydessä, anna komento: sudo systemctl enable openvpn@serverMallipohjaiset ja ei-mallipohjaiset palvelutOpenVPN on niin sanottu “mallipohjainen” palvelu (se tarvitsee konfiguraatiotiedoston käynnistettäessä). Sen sijaan ssh-palvelin on ei-mallipohjainen palvelu. Siksi komento on yksinkertaisempi:sudo systemctl start sshd

Asustor AS7004T:n RAM-muistin laajennus

Sun, 31 Jul 2016 00:00:00 +0000

Aiotko ostaa uuden Asustor AS7004T ? Se on todellakin vaikuttava pieni NAS-palvelin, mutta siinä on vain 2 Gt RAM-muistia, ja jos haluat hyödyntää joitakin sen hienompia ominaisuuksia (kuten virtuaalikoneiden ajaminen ), sinun on lisättävä RAM-muistia. Laitteen tekniset tiedot ovat epäselvät (“2 Gt SO-DIMM DDR3 (laajennettavissa, enintään 16 Gt)”), ja muistin asennusohje on harhaanjohtava. Laitteessa on kuitenkin todellakin kaksi DDR3 SO-DIMM -muistipaikkaa. Ostamassani laitteessa oli 2GB RAM-muistia liimattuna käyttäjän vaihdettavissa olevaan muistipaikkaan, kun taas käytännössä saavuttamaton tehdasasennettu muistipaikka oli tyhjä. Jos haluat lisätä RAM-muistia, joudut mitätöimään tehdastakuun, sillä tyhjään RAM-paikkaan ei pääse käsiksi poistamatta ruuvia, jota peittää ”Void if removed” -tarra. Joka tapauksessa vapaaseen RAM-paikkaan pääsemiseksi laite on purettava lähes kokonaan, mikä ei sovi heikkohermoisille. Varsinkin kun Asustorin oma YouTube-video esittelee purkamisen vain 10-paikkaiselle AS7010T-mallille, joka eroaa merkittävästi AS7004T-mallista. Suurin ero 7004T:n ja 7010T:n välillä on se, että 7004T:ssä on ylimääräinen jäähdytyselementti, joka on ruuvattu PCI-takalevyyn. Tämä jäähdytyselementti poistaa lämpöä emolevystä, mutta tekee myös takalevyn ja emolevyn irrottamisesta hankalampaa. Ennen emolevyn irrottamista on myös poistettava virtalähde ja irrotettava virtajohdot emolevystä.

Tiedostojen nimeäminen joukkona komentoriviltä

Tue, 28 Jun 2016 00:00:00 +0000

Ubuntu 16.04:n oletuskomentorivisovellus tiedostojen joukkonimeämiseen on nimeltään ”rename”: rename 's/tk98i_/wt_tk98_/' *.tif. Se käyttää Perl-säännöllisiä lausekkeita ja s/vanha/uusi/-syntaksia. Yllä olevassa esimerkissä nimetään uudelleen kaikki tiedostot, joiden tiedostotunniste on .tif, ja korvataan ilmaisu tk98i_ ilmaisulla wt_tk98_.Tässä on muutamia lisäesimerkkejä: http://tips.webdesign10.com/how-to-bulk-rename-files-in-linux-in-the-terminal

ffmpeg

Sun, 26 Jun 2016 00:00:00 +0000

AVI-tiedoston leikkaaminen: ffmpeg -i Die_Sendung_mit_der_Maus_16.06.19_09-30_ard_30_TVOON_DE.mpg.HQ.avi -vcodec copy -acodec copy -ss 00:06:04 -t 00:29:32 output.aviss on alkamisaika ja t on kesto (ei päättymisaika)WebM-tiedoston muuntaminen MP3-tiedostoksi:ffmpeg -i La_robe_de_soie.webm -vn -ab 128k -ar 44100 -y "La_robe_de_soie.mp3"Kahden videon yhdistäminen:ffmpeg -f concat -safe 0 -i list.txt -c copy /tmp/output.avilist.txt:file 'video1.avi'file 'video2.avi'PÄIVITYS: On mukavaa, että videotiedostoja voi käsitellä komentoriviltä. Erityisesti edistyneempien toimintojen kohdalla syntaksi muuttuu kuitenkin mahdottomaksi muistaa. Siksi tarvitaan graafinen käyttöliittymä, joka tekee ffmpeg:stä helppokäyttöisemmän. Paras työkalu, jonka olen tähän mennessä löytänyt, on alustojen välinen LosslessCut . Saatavilla on myös paketteja Macille, Linuxille ja Windowsille .

Unicorn 7:n käyttäjien määrittäminen edellyttää manuaalista toimenpidettä verkkokäyttäjäympäristössä

Fri, 17 Jun 2016 00:00:00 +0000

Unicorn, Äkta Avant, Äkta Explorer, GE Healthcare, Windows, verkkotodennus, käyttäjän määrittäminen, menetelmä, tulos, tiede, proteiinien puhdistus Koska käytämme Äkta Avant -laitettamme monikäyttäjäympäristössä, meidän on erotettava eri käyttäjien menetelmät ja tulokset toisistaan. Oletusasetuksina jokainen verkkokäyttäjä voi tällä hetkellä nähdä kaikki menetelmät ja tulokset, jotka kuka tahansa muu verkkokäyttäjä on laitteella tuottanut. Tämä on merkittävä yksityisyys- ja turvallisuusongelma, sillä pahantahtoinen käyttäjä voisi poistaa (tai vielä pahempaa: muokata) menetelmiä ja tuloksia.Äkta-laitteemme on konfiguroitu siten, että käyttäjät voivat kirjautua Unicorn 7 -tietokoneeseen yliopiston käyttäjätunnuksella ja salasanalla tavallisen Windows-verkkotodennusmekanismin kautta. Jos kuitenkin useat henkilöt jakavat vastuun yhdestä mittaussarjasta, tämä järjestely ei ole mahdollinen, sillä heidän olisi paljastettava salasanansa toisilleen. Siksi olemme luoneet paikallisen tilin, jota voivat käyttää ne käyttäjät, jotka haluavat jakaa Äkta-laitteen käytön. Windowsiin kirjautumisen jälkeen käyttäjien on vielä kirjauduttava Unicorn 7 -ohjelmistoon, minkä he tekevät yliopiston käyttäjätunnuksella ja salasanalla (“Windows-todennus”). Tässä järjestelyssä jokainen käyttäjä voi nähdä kaikki menetelmät ja tulokset, mikä ei ole hyväksyttävää. Kun uusi käyttäjä määritetään Unicorn-ohjelmistossa (valikko ”Access > Folders”), voidaan määrittää tarkasti, mihin kansioihin kyseisellä käyttäjällä on pääsy, jolloin käyttäjä näkee vain omat menetelmänsä ja tuloksensa. Koska Unicorn 5:n kansiorakenne noudatti Windows-tiedostojärjestelmän kansiorakennetta, käyttäjät pystyivät aina kopioimaan menetelmiä ja tuloksia kansiosta toiseen ja saamaan ne siten käyttöönsä huolimatta Unicorn 5 -ohjelman asettamista rajoituksista.Kun luin ensimmäisen kerran, että Unicorn 7 tukee Windowsin verkkoautentikointia, toivoin, että voisimme välttää sen työlään käyttäjien määrittämisen, jonka jouduimme suorittamaan jokaisen käyttäjän kohdalla Äkta Explorerissa. Vaiva jatkuu kuitenkin, sillä käyttöoikeuksien määrittäminen kerran ryhmälle ei takaa käyttäjien eristämistä.Ensinnäkin Unicorn 7:ssä ei voi rajoittaa yksittäisten käyttäjien käyttöoikeuksia, vaan ainoastaan ryhmien käyttöoikeuksia. Meidän piti luoda yksi käyttöoikeusryhmä jokaiselle verkkokäyttäjälle, lisätä verkkokäyttäjä tähän ryhmään, luoda ryhmälle erillinen kotikansio ja sitten rajoittaa kansion käyttöoikeudet tähän kotikansioon. Muutaman käyttäjän kohdalla tarvittiin satoja napsautuksia, sillä oletusasetuksena on, ettei käyttäjällä ole pääsyä mihinkään, ja jokainen käyttöoikeusvalintaruutu on aktivoitava paitsi järjestelmänvalvojan oikeudet. Tässä suhteessa Windows (ja kaikki muut käyttöjärjestelmät) on paljon älykkäämpi kuin Unicorn. Jos yliopiston työntekijä kirjautuu koneelle, johon hän ei ole aiemmin kirjautunut, järjestelmä luo automaattisesti kaiken tarvittavan oletusarvoisen paikallisen kansiorakenteen ja liittää kyseisen käyttäjän yksityisen kotikansion ilman, että hänelle myönnetään pääsyä mihinkään muuhun, mitä muut työntekijät ovat kyseisellä koneella tehneet. Mielestäni tämän pitäisi olla vaihtoehto myös Unicornissa. Ehkä se onkin, enkä vain osaa löytää sitä? Toinen suuri haittapuoli edellä kuvatussa menetelmässä, jossa jokainen käyttäjä erotetaan omaan käyttöoikeusryhmäänsä, on se, että Unicorn-ohjelmaan kirjautuminen muuttuu suureksi koettelemukseksi: käyttäjänimen ja salasanan kirjoittamisen lisäksi käyttäjän on valittava oikea käyttöoikeusryhmä, jotta kirjautuminen onnistuu. Ja mikä vielä pahempaa: meidän järjestelmässämme emme voi välttää sitä, että jokainen yliopiston työntekijä kuuluu kahteen käyttöoikeusryhmään: manuaalisesti luotuun käyttöoikeusryhmään käyttäjien erottelua varten ja ”oletusryhmään”, joka toimii Windowsin verkkoautentikoinnin kautta – ehkä Kerberos?). Siksi, jos käyttäjät valitsevat oletuskäyttöoikeusryhmän (jota meidän tapauksessamme kutsutaan nimellä ”Users”), he pääsevät kirjautumaan sisään, mutta eivät näe omia menetelmiään ja tuloksiaan.On kaksi syytä, miksi emme voi poistaa ”Users”-käyttöoikeusryhmää: Ensinnäkin se on tiedekunnan määräys, ja toiseksi (ja olemme yrittäneet) emme voi enää poistaa sitä, koska monet ovat jo luoneet menetelmiä ja tuottaneet tuloksia ollessaan ”Users”-käyttöoikeusryhmässä. Näin ollen UNICORN estää meitä poistamasta tätä tiliä. Työstän parhaillaan tätä ongelmaa: minun pitäisi pystyä pääsemään suoraan taustalla olevaan MS-SQL-tietokantaan, jotta voisin muuttaa menetelmien ja tulosten omistajuutta. GE ei kuitenkaan ollut kovin avomielinen, kun kysyin käyttöoikeuksien hallinnasta. Vastaus oli: ”Itsenäisessä UNICORN-ratkaisussa tietokannan käyttöoikeustiedot on salattu, eikä niitä julkisteta.” Jos sinulla olisi yritysratkaisu (jossa isännöit omaa (SQL Server) -tietokantaasi), sinulla olisi hallintaoikeudet tunnistetietoihin ja teoriassa voisit poimia halutut tiedot (muoto on sellainen, jonka joudut selvittämään itse, emmekä me tue sitä). Voit päivittää ratkaisusi yritysversioon, jos haluat. Tämä kuulostaa pahemmalta kuin se on, koska meillä on fyysinen pääsy MS-SQL-palvelimeen ja käyttöoikeustietojen poimiminen ei vaikuta kovin vaikealta. Mutta minulta vie aikaa löytää haavoittuvuus, jonka avulla voin ”murtautua omaan järjestelmäämme”, ja juuri se ärsyttää minua. GE:n Lisa Bromarkin mukaan 7.0.2-päivitys näyttää kuitenkin korjaavan tämän ongelman: UNICORN voidaan konfiguroida käyttämään uutta tietokantasalasanaa. On mahdollista luoda salattu salasana tai syöttää jo salattu salasana. Tämä tehdään ajamalla UNICORN Service Tool -työkalu UNICORNin asennuksen jälkeen.Päivityksen saaminen on kuitenkin uskomattoman vaikeaa (ainakin se näyttää vievän viikkoja). Jakelu tapahtuu ilmeisesti edelleen optisilla tallennusvälineillä ja postitse. Luulen, että viimeksi hankin ohjelmiston CD- tai DVD-levyltä yli 10 vuotta sitten. GE kertoi minulle kuitenkin, että he ovat juuri siirtämässä UNICORN-ohjelmistopäivityksiä ”sähköiseen jakeluun”. Tervetuloa 21. vuosisadalle!

Aito biohakkerointi

Mon, 13 Jun 2016 00:00:00 +0000

Steven Novella on kirjoittanut mielenkiintoisen blogikirjoituksen biohakkeroinnista . Olen suurelta osin samaa mieltä hänen kanssaan siitä, että useimmat käyttävät tätä termiä väärin, koska he eivät tee mitään käsitteellisesti uutta, mikä oikeuttaisi tämän uuden termin käytön. Tämän termin käytölle ja sen erottamiselle DIY-biologiasta sekä erilaisista kehonmuokkausliikkeistä ei kuitenkaan ole vielä vakiintunut yhtenäisiä kriteerejä. Biohakkeroinnin määritelmä ”vapaudeksi tutkia omaa biologiaansa perusteellisesti” on suurelta osin merkityksetön. Sana ”hacking” sisältää yleiskielessä useimmiten laittomuuden tai ainakin puolilaillisuuden vivahteen. Tätä kielenkäyttöä noudattaen urheiludopingia voitaisiin kutsua biohakkeroinniksi, mutta kahvinjuontia ei niinkään (lukuun ottamatta sitä, että kahvinjuonti täyttää ainakin joidenkin ihmisten kohdalla dopingin tunnusmerkit). Toinen esimerkki, jota kutsuisin ”aidoksi” biohakkeroinniksi, olisi Crispr/Cas-tekniikan käyttö oman DNA:n muokkaamiseen. Tai lääkkeiden valmistaminen omassa autotallissa. Kysymys kuuluu: tekeekö kukaan tällaista? Geeniteknologiset menetelmät ja lääkkeiden valmistus ovat yliopisto- ja kaupallisella alalla tiukasti säänneltyjä, koska tällaisiin menetelmiin liittyy joitakin riskejä. Siksi ei ole yllättävää, että sääntelyviranomaiset eivät ole iloisia siitä, että heidän on valvottava vielä yhtä yhteisöä bioterrorismin merkkien varalta.Itse asiassa tämän alan tarvittavien välineiden valmistaminen ja käyttö on yhä helpompaa. Bioteknologia autotallissa on todellisuutta – ainakin Nature-lehti on omistanut tälle aiheelle uutisartikkelin . Kuulin jo jonkin aikaa sitten luennon Thomas Landrainilta, joka on yksi La Paillasse-laboratorion perustajista (Thomas: olithan luvannut kääntää La Paillassen verkkosivut englanniksi!), joka on bioteknologialaboratorio, joka perustettiin ilman alkupääomaa Pariisin esikaupungin autotallissa ja joka toteuttaa todella mielenkiintoisia projekteja (tässä on Thomas Landrainin artikkeli DIY-biologiasta ). Myös DIY-biologiasta on jo järjestetty konferensseja: https://www.synenergene.eu/news-item/paris-conference-what-can-do-it-yourself-biology-do . Mutta missä kulkee raja DIY-biologian ja biohakkeroinnin välillä? E. coli-bakteerien muokkaaminen niin, että ne tuottavat erytropoietiiniä , puhdistaa proteiini ja pistää sitä itseensä urheilusuorituskyvyn parantamiseksi, luultavasti kuka tahansa pitäisi tätä biohakkerointina. Mielestäni tämä esimerkki ei ole lainkaan niin kaukaa haettu, vaan se olisi täysin toteutettavissa nykyisen DIY-biologian keinoin.

BSD ja Linux

Fri, 10 Jun 2016 00:00:00 +0000

Olen tottunut siihen, että Linuxin asennusohjelma tunnistaa tietokoneella jo olevan Windows-asennuksen ja tarjoaa asennuksen aikana mahdollisuutta määrittää tietokone kaksikäyttöiseksi. Päinvastoin, mikään Windowsin asennusohjelma ei tunnista mitään muuta tietokoneella jo olevaa käyttöjärjestelmää. Siksi olin yllättynyt, kun yritin asentaa Ubuntu 16.04:n PFSense-koneelleni (FreeBSD) ja Ubuntu-asennusohjelma ei edes havainnut, että levyllä on BSD-asennus. Valitsin vaihtoehdon ”poista kaikki”, mutta kun käynnistin tietokoneen uudelleen asennuksen päätyttyä, järjestelmä käynnistyi suoraan PFSenseen antamatta minulle mahdollisuutta valita Ubuntu. Oletan, että Ubuntu-asennusohjelma ei ollut koskenut käynnistyslataajaan. Käynnistin järjestelmän Ubuntu-live-USB-tikulta, alustin levyn uudelleen fdisk-komennolla ja kirjoitin nollia käynnistyslataajaan: dd if=/dev/zero of=/dev/sda bs=512 count=1. Sen jälkeen toistin asennuksen, ja kaikki sujui hyvin. PFSense-asennukseni kuitenkin katosi…

Netstat

Fri, 10 Jun 2016 00:00:00 +0000

Voit luetella kaikki portit, joita palvelin kuuntelee, komennolla: sudo netstat -plnt

Todellinen biohakkerointi

Mon, 23 May 2016 00:00:00 +0000

Olen lukenut mielenkiintoisen Steven Novellan blogikirjoituksen biohakkeroinnista . Olen täysin samaa mieltä siitä, että suurin osa biohakkerointia edistävistä ihmisistä ei tee mitään sellaista, mikä oikeuttaisi termin käytön. Uutta termiä tulisi käyttää, jos tekee jotain käsitteellisesti uutta. Biohakkeroinnin termin käyttö ja sen suhde DIY-biologiaan sekä erilaisiin kehonmuokkausliikkeisiin ei kuitenkaan ole vielä vakiintunut. Biohakkeroinnin määritelmä ”vapaudeksi tutkia biologiaa syvällisesti” tekee termistä melko merkityksettömän. Termi ”hacking” on aina sisältänyt (oikein tai väärin) ajatuksen laittomasta tai ainakin laillisuuden rajamailla olevasta toiminnasta. Tätä analogiaa seuraten urheiludopingia voitaisiin pitää biohakkerointina (mutta ei kahvin juomista – huolimatta siitä, että kahvi täyttää joidenkin ihmisten mielestä dopingin kriteerit). Muita esimerkkejä, joita kutsuisin ”todelliseksi” biohakkeroinniksi, olisivat Crispr/Cas-tekniikan käyttö oman DNA:n muokkaamiseen tai lääkkeiden kehittäminen sairauksien hoitamiseksi omassa autotallissa. Kysymys kuuluu: tekeekö kukaan tällaisia asioita? Tällaisten tekniikoiden kehittäminen on tiukasti säänneltyä sekä akateemisessa tutkimuksessa että kaupallisissa yrityksissä, ja todellinen geenitekniikka sisältää todellisia riskejä. Ei ole yllättävää, että lainvalvontaviranomaiset eivät ole kovin iloisia siitä, että on jälleen yksi alakulttuuri, josta on etsittävä merkkejä bioterrorismista . Työkalujen käyttö on kuitenkin yhä helpompaa, ja autotallibiotekniikka on todellinen ilmiö (ainakin Nature-lehti piti sitä uutisartikkelin arvoisena). Jo jonkin aikaa sitten kuuntelin Thomas Landrainin puheenvuoron. Hän on yksi La Paillasse -laboratorion (Thomas: lupasit, että La Paillassen verkkosivut käännetään englanniksi!), joka on biotekniikkalaboratorio, joka perustettiin ilman rahoitusta autotallissa Pariisin esikaupungissa. He tekevät varsin mielenkiintoista tutkimusta (katso esim. tämä artikkeli , jossa käsitellään hänen näkemyksiään DIY-biologiasta). DIY-biologiasta järjestetään myös konferensseja: https://www.synenergene.eu/news-item/paris-conference-what-can-do-it-yourself-biology-do . Mutta milloin DIY-biologia muuttuu biohakkeroinniksi? E. coli-bakteerin muokkaaminen tuottamaan erytropoietiiniä ja sen puhdistaminen sekä ruiskuttaminen itseensä urheilusuorituskyvyn parantamiseksi olisi varmasti biohakkerointia. Mielestäni tuo esimerkki olisi itse asiassa toteutettavissa, kun otetaan huomioon DIY-biologian teknologian nykytaso…

Python lapsille

Thu, 05 May 2016 00:00:00 +0000

Poikani opettelee parhaillaan ohjelmointia. Ja se on hauskaa. Aluksi ohjelmoimme yhdessä vähän HTML:ää ja PHP:tä, koska hän halusi tehdä verkkokyselyn omalle verkkosivustolleen. Sen jälkeen aloimme käydä läpi (saksankielistä) kirjaa ”Python für Kids” ( http://python4kids.net ). Valitsin Pythonin, koska se on moderni, helppolukuinen kieli. Se on nykyään luultavasti aloittelevien ohjelmoijien ensisijainen valinta. Python on avoimen lähdekoodin kieli, joka on helppo asentaa kaikille käyttöjärjestelmille, ja tehokkaita ohjelmia voi kirjoittaa jo lyhyen oppimisvaiheen jälkeen. ”Python für Kids” käyttää Turtle-moduulia , joka mahdollistaa graafisen johdannon ohjelmointiin. Yllä oleva kuva on esimerkiksi yksi tuloksista. Python on myös erinomainen valinta biologeille ja bioinformatiikan tutkijoille. Koska Python on monikäyttöinen kieli, sen käyttöä ei rajoita tiettyihin tehtäviin (kuten esimerkiksi R:n tapauksessa). Biopython on erinomainen moduuli DNA- ja proteiinisekvenssien (ja jopa 3D-rakenteiden) käsittelyyn.

BIOS-salasanan poistaminen HP Compaq Elite 8000 -tietokoneesta

Mon, 18 Apr 2016 00:00:00 +0000

Sammuta tietokone, irrota virtajohto (ja muut jännitteelliset kaapelit) ja anna jäännösvarauksen purkautua. Avaa kansi ja irrota vihreä hyppyjohdin. Käynnistä tietokone uudelleen, ja valmista on. Voit halutessasi laittaa vihreän hyppyjohdon takaisin paikoilleen, jotta se ei katoa (sen voi ilmeisesti jättää kiinni joko nastaan 1 tai nastaan 2, mutta ei molempiin nastoihin samanaikaisesti).

PC:n ja Macin varmuuskopiointi

Wed, 13 Apr 2016 00:00:00 +0000

Olen itse käyttänyt BackupPC -varmuuskopio-ohjelmistoa jo lähes kymmenen vuotta, ja aloin varmuuskopioida laboratoriomme tietokoneita keskitetylle varmuuskopiointipalvelimelle noin kaksi vuotta sitten. BackupPC tukee deduplikaatiota, minkä ansiosta muutamalle 2 TB:n kiintolevylle mahtuu tallennettavaksi paljon dataa. BackupPC tukee monia protokollia (smb, ftp, tar/rsync ssh:n kautta), mutta käytämme pääasiassa rsync:iä ssh:n kautta. Dataa ei salata ennen varmuuskopiointia. Kummallista kyllä, edes tuleva versio 4 ei tue lähetystä edeltävää salausta. Tallennamme varmuuskopion kuitenkin salatulle levylle. Näin se on ainakin suojattu, jos varmuuskopiopalvelin varastetaan. Siirron aikana dataa suojaa SSH. Järjestelmä ei kuitenkaan noudata TNO -periaatetta (“älä luota keneenkään”), koska minä (varmuuskopiointijärjestelmän ylläpitäjänä) pääsen käsiksi tiedostoihin. Linuxia käytettäessä yksi toteuttamiskelpoinen menetelmä olisi salata käyttäjän kotihakemisto eCryptFS:llä -ohjelmistolla (joka on sisäänrakennettu vaihtoehto käyttäjiä luotaessa Ubuntussa ) ja varmuuskopioida sitten /home/.ecryptfs-hakemisto käyttäjän kotihakemiston sijaan. Palauttaminen olisi kuitenkin paljon ongelmallisempaa. Voisit selata varmuuskopion hakemistorakennetta ja tiedostoja, mutta tiedostonimet eivät kertoisi mitään, koska nekin salataan prosessin aikana.Mac OS X -koneiden varmuuskopioinnissa on yksi erityispiirre: BackupPC muodostaa yleensä yhteyden asiakaskoneeseen root-käyttäjänä SSH:n kautta ja suorittaa rsync-varmuuskopiointikomennon. Jotta tämä olisi mahdollista yliopiston hallinnoimilla Mac OS X -tietokoneilla, meidän piti luoda asiakaskoneille erillinen käyttäjä (“backuppc”) ja sallia tälle käyttäjälle rsync-komennon suorittaminen root-oikeuksilla, mikä tehdään lisäämällä seuraava rivi tiedostoon /etc/sudoers: backuppc ALL=NOPASSWD: /usr/bin/rsync. Sitten meidän on muutettava Mac-asiakaskoneen ssh/rsync-komentoa backuppc-palvelimella korvaamalla ”root” sanalla ”backuppc”.

rikki DVD

Thu, 07 Apr 2016 00:00:00 +0000

dd if=/dev/sr0 of=image.iso bs=2048 conv=noerror,notrunc iflag=nonblock

Testi-iframe-kehykset

Mon, 04 Apr 2016 00:00:00 +0000

Gitin perusteet

Tue, 01 Mar 2016 00:00:00 +0000

git pull origin mastergit push origin mastergit commit -m "kommentti" -a https://www.linux.com/learn/tutorials/824358-how-to-run-your-own-git-server

Taj Mahal

Mon, 08 Feb 2016 00:00:00 +0000

Puolitoista vuotta viimeisimmän suuren LEGO-projektimme (suuri Millennium Falcon ), saimme nyt valmiiksi Taj Mahalin , joka on 5922 osallaan kaikkien aikojen suurin vähittäismyyntiin julkaistu LEGO-sarja. Käytimme jälleen olemassa olevia LEGO-osia ja ostimme puuttuvat osat Bricklinkin kautta neljästä eri verkkokaupasta.

SnapGene – Yksinkertaisesti paras DNA:n käsittelyohjelmisto

Fri, 01 Jan 2016 00:00:00 +0000

Laboratoriossamme on käytetty erilaisia ohjelmistopaketteja DNA-rakenteiden suunnitteluun, dokumentointiin ja visualisointiin. Niistä, joista olemme jo pitkään pitäneet erityisen paljon, ovat Textcon GeneConstructionKit (GCK) ja Clone Manager (Professional) . Jälkimmäinen toimii valitettavasti vain Windowsissa. Koska useat tietokoneistamme käyttävät kuitenkin Ubuntu Linuxia , käytimme GCK:n versioita 2.5 ja 3 WINE:n -ohjelmalla (yhteensopivuuskerros, jonka avulla voimme käyttää alkuperäisiä Windows-ohjelmia Linuxissa). Päivityksen myötä versioon 4 GCK muuttui kuitenkin WINE:n alla käyttökelvottomaksi hitaudeksi, joten aloimme etsiä sille korvaajaa. Otimme yhteyttä GCK:n kehittäjiin, mutta he eivät ilmeisesti olleet halukkaita tai kykeneviä auttamaan meitä. Oletan, että GCK:n koodipohja on luultavasti yli 20 vuotta vanha, ja siksi kukaan ei uskalla koskea siihen. Juuri tuolloin SnapGene julkaistiin, ja se täytti lähes kaikki vaatimuksemme:

OpenVPN:n hallinta Network Managerin avulla

Thu, 05 Nov 2015 00:00:00 +0000

Olen juuri siirtynyt takaisin MacOSX:stä Ubuntuun työasioiden vuoksi. Pääasiassa taloudellisista syistä. Työpaikalla tarvitaan lisää tietokoneita, ja todella hyvä PC-kannettava maksaa vain puolet siitä, mitä MacBook Pro tai iMac maksaa. Tänään halusin muodostaa yhteyden kotoa yliopiston VPN-verkkoon ja katsoin yliopiston antamia ohjeita. Kuten tavallista, ohjeita ei käytännössä ollut lainkaan, ja ne, jotka olivat saatavilla, olivat virheellisiä. Ja ne olivat yksinomaan suomeksi ( http://www.helsinki.fi/helpdesk/ohjeet/tietoliikenne_ja_etakaytto/yhteydet_yliopiston_ulkopuolelta/vpn_ubuntu-asennus.html) . Kuvasta (Hardy Heron) käy selvästi ilmi, että tätä sivua ei ole päivitetty vähintään kuuteen vuoteen (Hardy Heron julkaistiin vuoden 2008 alussa).Mitä siis teet, jos olet ladannut ja purkanut hy-vpn-config.tar.gz-tiedoston osoitteesta https://ohjelmistojakelu.helsinki.fi?Ensin sinun on asennettava laajennus Network Managerille: sudo apt-get install network-manager-openvpn network-manager-openvpn-gnome. Sen jälkeen avaat Network Managerin työpöydän oikeassa yläkulmassa olevan valikkopalkin kuvakkeen kautta. Kaikkien käytettävissä olevien langattomien verkkojen alapuolella on kohta ”VPN-yhteydet”. Seuraa polkua ”VPN-yhteydet” -> ”Määritä VPN” -> ”Lisää” -> ”Tuo tallennettu VPN-määritys” -> ”Luo”. Valitse sitten ladatuista ja puretuista tiedostoista tiedosto ”openvpn.conf”. Täytä sen jälkeen muut kentät valintaikkunassa: käyttäjätunnus ja salasana. CA-varmenteeksi valitse ladatuista tiedostoista tiedosto ”HY-vpn-CA.pem” (sinun olisi pitänyt tallentaa se ensin johonkin turvalliseen paikkaan, esim. kansioon ”/etc/openvpn”).Yksi ongelma, josta käyttäjät valittavat, on se, että tuonti ei noudata ”redirect-gateway def1” -ohjetta, minkä seurauksena et pysty muodostamaan yhteyttä mihinkään (luulen, että tämä johtuu siitä, että Network Manager käyttää dnsmasq:ta, eikä dnsmasq ilmeisesti ole tarpeeksi älykäs ymmärtämään, että sen pitäisi nyt lähettää kyselyt jonnekin muualle). Siksi käyttäjät valittavat, että Network Manager ei reititä kaikkea liikennettä VPN-verkon kautta. Valintaruutu, jonka valinta on poistettava, jotta tämä toimisi, on hyvin piilotettu: se löytyy yhteyden muokkausikkunasta IPv4-asetukset-välilehdeltä -> Reitit (oikeassa alakulmassa) -> ”Käytä tätä yhteyttä vain sen verkossa oleviin resursseihin”. Miksi ihmeessä sitä on nimetty tavalla, jota kukaan ei ymmärrä? Miksi sitä ei voitu nimetä ”Älä reititä kaikkea liikennettä tämän VPN-yhteyden kautta”? Minun piti myös valita valintaruutu ”Ohita automaattisesti saadut reitit”, vaikka en tiedä miksi…Kuten tavallista, OpenVPN:n asennus on hankalaa, ja tärkeä VPN-liikenteen tunnelointi piti lisätä manuaalisesti OpenVPN-palvelimelle:iptables -t nat -A POSTROUTING -s 10.8.0.0/24 -o eth0 -j MASQUERADETein tämän luomalla /etc/network/if-up.d/ -hakemistoon uuden tiedoston nimeltä openvpn2, jonka sisältö oli seuraava:#!/bin/shiptables -t nat -A POSTROUTING -s 10.8.0.0/24 -o eth0 -j MASQUERADETietenkin voit edelleen käynnistää ja pysäyttää VPN:n komentoriviltä. Systemd:n käyttöönoton jälkeen salasanan syöttö ei kuitenkaan ole enää yhtä suoraviivaista. Kun suoritat komennon sudo systemctl start openvpn.service, sinun on suoritettava (esimerkiksi toisessa terminaalissa) komento sudo systemd-tty-ask-password-agent ja syötettävä salasanasi siellä. Tämä on selvästi väliaikainen ratkaisu, kunnes järjestelmään saadaan kunnollinen salasana-agentti…

Neon-elektroporaatiolaite pettää

Tue, 04 Aug 2015 00:00:00 +0000

PÄIVITYS: Emme ole ainoita, jotka pyrkivät säästämään toimintakustannuksissaan. Tämä laboratorio julkaisi Neon-järjestelmällä tekemänsä kokeet lehdessä Analytic Biochemistry . Kiitos Joachim Goedhartille ( @joachimgoedhart ), joka toi tämän tietoon! Neon-transfektiolaite valmistajalta Life Technologies (oho, nykyään Thermo Fischer ja aiemmin Invitrogen ) tuotiin markkinoille noin viisi vuotta sitten. Se on suunniteltu nisäkässolujen helppoon elektroporointiin. Laite on ollut käytössämme vuodesta 2011 lähtien, mutta sitä ei ole juurikaan käytetty. En tiedä, johtuuko laitteen vähäinen käyttö sen käyttäjäepäystävällisyydestä (en vieläkään osaa kiinnittää elektrodin kärkeä pipettiin, vaikka olen tehnyt tämän satoja kertoja, mekaniikka on vain todella hankalaa), kalliista käyttökustannuksista (kertakäyttöisistä kullatuista elektrodeista ja valmistajan omasta transfektiopuskurista) vai jostakin muusta, jota en osaa selvittää. Haluaisin kuitenkin jakaa muutaman asian, sillä verkosta löytyy vain vähän todella hyödyllistä tietoa Neon-laitteesta.Ensimmäinen asia, josta meillä oli jatkuvasti ongelmia, olivat elektrodikärjessä olevat ilmakuplat, jotka johtavat katastrofaalisesti alhaiseen elektroporointitehokkuuteen. Ainoa tapa todella estää tämä on valmistaa vähintään 25 % enemmän solususpensiota kuin mitä tosiasiassa tarvitaan. Jos valmistat vain 10 % enemmän, viimeisessä elektroporoinnissa syntyy varmasti kipinöintiä väistämättömien ilmakuplien vuoksi (solususpensio tarttuu lisäksi helposti pipetin kärjen ulkopintaan, mikä lisää tarvetta valmistaa enemmän kuin todellisuudessa tarvitaan). Tämän seurauksena elektroporointipuskuri R loppui meiltä kauan ennen kuin pipetin kärjet loppuivat. Lisäksi puskuria R ei voi ostaa erikseen. Life Technologiesin edustaja, jonka kanssa olin yhteydessä, lupasi lähettää meille pienen erän pipetin kärkiä ja puskuria hyvän tahdon eleenä (se oli tammikuussa), mutta odotamme yhä niiden saapumista…Valitettavasti vanha Gene Pulser II -elektroporaatiolaite rikkoutui äskettäin. Bio-Rad ei enää korjaa sitä eikä myöskään toimita varaosia. Sitä käytettiin pääasiassa E. coli:n elektroporointiin. Tiesin, että Neon-laitetta ei ole suunniteltu E. coli:n elektroporointiin. Miksi ei, ja miksi sitä ei voi käyttää tähän tarkoitukseen? Kävi ilmi, että sähkökentän voimakkuus ei riitä läheskään E. coli:lle (BioRad Gene Pulser II:ssa tyypillisessä bakteerien elektroporoinnissa saavutetaan 12,5 kV/cm:n sähkökenttä, kun taas Neon saavuttaa hädin tuskin noin 850 V/cm). Kuitenkin (ajattelin), Neon pystyy tuottamaan paljon pidempiä pulsseja kuin Gene Pulser II (Neonin mainostetaan pystyvän tuottamaan jopa 100 ms:n pulsseja, kun taas Gene Pulser II:n tyypillinen pulssin pituus on noin 5 ms). Tämän lisäksi Neon pystyy lähettämään automaattisesti useita pulsseja. Halusin siis testata, voiko pitkä ja/tai toistuva pulssi, jonka kenttävoimakkuus on pienempi, transfektoida E. coli -bakteeria. Kävi kuitenkin ilmi, että kun E. coli:n transfektiopuskurina käytetään vettä (tai 10-prosenttista glyserolia) – kuten yleensä tehdään – laite ilmoittaa, ettei kärkielektrodi ole kosketuksessa. Tämä johtuu siitä, että laite tarkistaa, onko kärki asetettu oikein, lähettämällä pienen virran järjestelmän läpi, eikä virta kulje, jos E. coli on suspendoitu veteen. Jotta laite ”hyväksyisi” asetetun pipetin kärkielektrodin, tarvitaan 10–20 mM NaCl:ää. Käytin siis 15 mM natriumkloridia E. coli:n elektroporointipuskurina ja asetin elektroporointiparametrit arvoihin 2500 V ja 100 ms. Yllätys: Laite kieltäytyy antamasta tällaista pulssia, koska se on ”tehorajan yläpuolella!”. Suurin pulssin kesto, jonka se voi tuottaa 2500 V:n jännitteellä, on 19 ms. Valitettavasti edes tätä pulssia ei voida antaa automaattisesti useita kertoja (jälleen: ”tehorajan yläpuolella!”). Siksi suoritin tämän pulssin manuaalisesti 1–20 kertaa, mutta yksikään bakteeri ei saanut DNA:ta ja kaikki bakteerilevyt jäivät tyhjiksi. Käyttöohjeessa todetaan: `”Neon TM -laite on suunniteltu hyväksymään vain tiettyjä arvoja, ja kunkin arvon raja-arvot on lueteltu alla. Jos syöttämäsi arvo ylittää enimmäisarvon, näyttöön tulee virheilmoitus. Syöttöjännitealue: 500–2 500 V. Syöttöpulssin leveysalue: 1–100 ms. Syöttöpulssien lukumääräalue: 1–10.” Valitettavasti tämä voidaan ymmärtää hyvin helposti väärin. Minulle ei ollut selvää, ettei näiden alueiden sisällä olevia kolmea parametria voi yhdistellä vapaasti. Luulisi, että Life Technologylla olisi parempia teknisiä kirjoittajia (mutta ehkä he eivät käytä laitetta…). Johtopäätös: Laite on täysin käyttökelvoton mihinkään muuhun kuin nisäkässoluihin. Myös jotkut muut mielenkiintoiset sovellukset (kuten sukkulamatojen tai muiden pienten eliöiden elektroporaatio) ovat vaikeita tai mahdottomia. Vaikka laite saattaa olla hyvä valinta monille nisäkässoluille, se on paljon rajoitetumpi kuin vanhanaikainen BioRad Gene Pulser II. P.S.: Käytin puskuria E pipettiaseman täyttämiseen (käytettäväksi 10 µl:n kärkien kanssa). Testasin kuitenkin puskurin E sijaan myös seosta, jossa oli 90 % 150 mM natriumkloridia ja 10 % glyserolia (joka antaa saman johtavuuden kuin puskuri E). Haluaisin kuitenkin edelleen todella tietää puskurin R koostumuksen. Miksi? Koska uskon, että kärkielektrodeja voidaan kierrättää useammin kuin vain kaksi kertaa (muut pipettikärkielektrodien valmistajat mainostavat, että heidän elektrodejaan voidaan kierrättää paljon useammin (esim. BactoZapper , vaikka hekään eivät anna tarkkoja lukuja). Neonin käyttöohjeessa todetaan, että ”jos kärkiä käytetään useammin kuin kaksi kertaa, männän pinnalle voi muodostua oksidia, mikä heikentää männän elektrodin toimintaa”. Elektrodi on kullattu, ja kullan pitäisi kestää oksidien muodostumista paremmin kuin BactoZapperin ruostumattomasta teräksestä valmistetut elektrodit…

Mansikkapeltoja ikuisesti

Sun, 02 Aug 2015 00:00:00 +0000

Harvoin löytää metsämansikoita niin paljon, että niitä voisi poimia litroittain, mutta tänä kesänä se onnistui. Toivon, että geenitekniikan avulla tämä upea maku saadaan ennemmin tai myöhemmin takaisin viljelylajikkeisiin, jotka ovat menettäneet suurimman osan siitä vuosisatojen mittaisen, kokoa ja ulkonäköä painottaneen jalostuksen seurauksena. Kun niin tapahtuu, epäilen, että GMO:iden vastustajat jatkavat perinteisten, GMO- ja mauttomien, mutta torjunta-aineilla ylikuormitettujen lajikkeiden syömistä (lue lisää GMO-kasveista). Toistaiseksi meidän on tyydyttävä viljeltyihin lajikkeisiin. Kaupoissa viljeltyjä mansikoita myydään painon mukaan, kun taas torilla niitä myydään litran mukaan. Luonnostani säästäväisenä en ole koskaan pitänyt tästä, sillä se vaikeuttaa hintojen vertailua. Olettaen, että mansikoita voidaan lähestyä samankokoisina palloina, teoreettinen enimmäispakkaustiheys voisi olla 0,74 kg litraa kohti (tavallisella pakkauksella) ja 0,63 kg litraa kohti (satunnaisella pakkauksella). Olettaen, että mansikoita voi hieman puristaa, nämä luvut voisivat olla hieman suurempia. Tätä kompensoi kuitenkin jälleen mitta-astian pieni koko, joka jättää paljon tyhjää tilaa seinien ja mansikoiden väliin. Ostin muutaman kerran 1 litran mansikoita ja mitasin niiden painon, joka oli keskimäärin 0,517 kg. Nyt nyrkkisääntöni on, että jos litrahinta on enintään puolet kilohinnasta, kannattaa ostaa litraa. PÄIVITYS: Mittaisin nyt myös mustikoita, ja ne (pienemmän kokonsa vuoksi) täyttävät paremmin torimyyjien käyttämän 1 litran purkin. Yksi litra vastaa suunnilleen 0,575 kg. Toinen tärkeä havainto on, että torimyyjät antavat yleensä hieman enemmän. Jos ostaa litran, saa usein 1,05 tai jopa 1,1 litraa. Ovatko he anteliaita vai reagoivatko he vain siihen, että asiakas tarkkailee punnitusta?

Helkama Jääkäri – kaikki paitsi runko meni rikki kolmen ensimmäisen vuoden aikana

Thu, 07 May 2015 00:00:00 +0000

Vielä viimeisen kerran minun on kirjoitettava suomalaisesta polkupyörävalmistajasta Helkama . Omistan Helkama Jääkäri -pyörän, joka on sotilastyylinen polkupyörä ja jota markkinoidaan erittäin kestävänä. Rungolla on 25 vuoden takuu. Kuitenkin melkein kaikki muu on mennyt rikki jo kolmen ensimmäisen vuoden aikana, mikä tekee koko konseptista naurettavan. Tämän vuoden keväthuollon yhteydessä jouduin vaihtamaan kolme osaa: tukijalan, satulan ja kellon. Ja näen jo merkkejä tulevista ongelmista… Missään aiemmista polkupyöristäni satula tai tukijalka ei ole mennyt rikki niin nopeasti. Ja tämä koskee myös halpoja polkupyöriä, jotka maksoivat puolet siitä, mitä maksoin Jääkäristä. Ilmeisesti Helkama ei tarkista komponenttitoimittajiaan riittävän huolellisesti. Jääkärin takapyörä piti vaihtaa jo ensimmäisen talven jälkeen ja tavarateline on puolestaan vaihdettu jo kahdesti. Kun se rikkoutui kolmannen kerran, en edes vaivautunut vaihtamaan sitä uudelleen, vaan korjasin ja vahvistin sen itse . Toivon todella, että Helkaman mainos on pelkkä valhe ja että Suomen puolustusvoimat eivät käytä tätä polkupyörää.

Kiitos, Lufthansa!

Thu, 30 Apr 2015 00:00:00 +0000

Aamulla 25. syyskuuta 2014 odotin Helsingin lentokentällä Lufthansan lentoa LH 855 Frankfurtiin, jossa minun oli määrä vaihtaa konetta matkalla Genovaan, Italiaan. Minut oli kutsuttu pitämään esitelmä klo 14.45 Euroopan lymfologian seuran 40. kongressissa. Minulla oli vain 1 tunti 10 minuuttia vaihtoaikaa Frankfurtissa. 1 tunti 10 minuuttia aikataulun mukaisen lähtöajan jälkeen minä ja muutama muu matkustaja emme olleet vielä päässeet koneeseen (heidän tietokonejärjestelmässään oli käynnistysongelma, ja matkustajat kirjattiin käsin). Selitin tilanteen lähtöselvitystiskillä, ja virkailija sanoi, että jos päätän jäädä koneesta pois, koska en ehdä jatkolennolleni, hyvityksen saaminen olisi tässä tilanteessa täysin ongelmatonta. Lento oli ilmeisesti ylivarattu, ja jonossa seuraavana ollut mies oli erittäin iloinen, kun luovuin paikastani. Tiskivirkailija oli kuitenkin väärässä, kun hän sanoi minulle, että hyvityksen saaminen olisi helppoa. Itse asiassa en ole saanut sitä vielä tämän kirjoituksen laatimishetkellä. Sain kuitenkin Lufthansalta puhelimitse vakuutuksen, että se tapahtuisi seuraavien kahden tai kolmen viikon kuluessa.Kilpailun kiihkeydessä Lufthansa on virtaviivaistanut palveluitaan niin pitkälle, että ne ilmeisesti eivät enää toimi kunnolla. Yritin ensin hakea hyvitystä tavanomaisella tavalla: verkossa. Kun mitään ei tapahtunut kolmen kuukauden aikana, soitin. Useita kertoja. Useimmiten puhelu katkaistiin, kun olin odottanut jonossa 15 minuuttia tai kauemmin. Sitten kirjoitin paperikirjeen Yhdistyneeseen kuningaskuntaan osoitteeseen, jonka Lufthansa oli julkaissut verkossa asiakaspalautteita varten. Kirje palautui noin kahden kuukauden kuluttua: ”osoite tuntematon”. Sitten kirjoitin uuden kirjeen uuteen osoitteeseen (he olivat vihdoin saaneet päivitettyä verkkosivunsa), ja parin viikon kuluttua sain puhelun Lufthansalta. He olivat erittäin pahoillaan. Tällaista ei olisi koskaan saanut tapahtua. He lähettivät minulle kaksi pulloa samppanjaa, jotka saapuivat kuriirilla, mutta odotan yhä rahojani. Lennän ensi kuussa Sveitsiin Euroopan lymfologian seuran 41. kongressiin. Lennän Finnairilla.

Videon luominen verkkokameran still-kuvista crontabin ja ffmpeg:n avulla

Wed, 29 Apr 2015 00:00:00 +0000

Minulla on verkkokamera, joka ottaa kuvia, kun sen kuvausalueella havaitaan liikettä. Se lataa kuvat FTP-palvelimelle. Halusin löytää jonkin automaattisen tavan luoda videotiedosto edellisen päivän kuvista. Lopulta keksin seuraavan shell-skriptin, joka sijaitsee kansiossa /etc/cron.daily:#!/bin/sh## cron-skripti, joka luo videon verkkokameran still-kuvista## Verkkokamera tallentaa koko päivän kuvat kansioon, jonka nimi on päivämäärä. Tämä luo kohdekansion.foldername=/home/ftpuser/labcam/$(date -d "-1 days" +%Y%m%d)echo $foldername# Tämä nimeää kuvat uudelleen muotoon 1.jpg, 2.jpg jne. Tämä on välttämätöntä, jotta ffmpeg tunnistaa ne. counter=1for i in $foldername/*.jpg; do new=$foldername/$counter.jpg echo $new cmd='mv $i $new' eval $cmd counter=$((counter+1))done# Tämä suorittaa varsinaisen muunnoksenffmpeg -f image2 -framerate 25 -i $foldername/%d.jpg -c:v libx264 $foldername/out25.mp4# Ja tämä poistaa jpg-tiedostot kohdekansiosta (tilan säästämiseksi)cmd2='rm '$foldername'/*.jpg'eval $cmd2

Helkaman laatuongelmat

Sun, 25 Jan 2015 00:00:00 +0000

Tämä kirjoitus on jatkoa kaksi vuotta sitten julkaisemalleni kirjoitukselle, jossa kerroin uudesta polkupyörästäni, Helkama Jääkäri . Siinä oli runsaasti ongelmia, ja vaikka asiakaspalvelu reagoi niihin hyvin nopeasti, toistuvat ongelmat tavaratelineen kanssa kävivät minulle liikaa. Viime joulukuussa kolmas tavarateline rikkoutui. Olin saanut myös tämän ilmaiseksi korvaavana kappaleena, mutta on ärsyttävää, kun se rikkoutuu, vaikka sen vaihtaminen viekin vain noin 10 minuuttia. En käytä sitä kovin raskaasti: kuljettamani tavarat painavat noin 2–3 kg, mutta ilmeisesti hitsatut tai juotetut liitokset ovat alttiita väsymismurtumille. Helkama tietää, että sen tavaratelineissä on laatuongelma. Kun pyysin toista korvaavaa tavaratelineä, asiakaspalvelu kertoi, että he yrittävät löytää sopivaa korvaajaa alihankkijalle, joka valmistaa näitä tavaratelineitä. Tällä kertaa ajattelin korjata tavaratelineen sen sijaan, että olisin pyytänyt uutta korvaavaa kappaletta, mikä vei vähemmän aikaa ja kestää todennäköisesti pidempään. En tiedä, ovatko he vaihtaneet komponenttitoimittajaansa. Jos oma korjaukseni menee rikki, minulla on vielä kaksi vanhaa rikkoutunutta tavaratelinettä, jotka voin korjata, mutta todennäköisesti seuraava polkupyöräni ei tule olemaan Helkama .

Auto on autotallissa

Tue, 30 Dec 2014 00:00:00 +0000

Viimeinkin Claudian auto on lämmitetyssä autotallissamme. Kun olimme siirtäneet kaksi kolmasosaa kellarimme sisällöstä ja puolet asuntomme tavaroista autotalliin, tuntui epäilyttävältä, mahtuisiko auto sinne enää. Asensin useita lisähyllyjä ja siirrin minun ja Marzenan polkupyörät taloyhtiön yhteiseen pyörävarastoon. Muut seitsemän polkupyörää ja polkupyöräperävaunu ripustettiin koukkuihin autotallin seinille. Sitten nostimme Tobiasin 3,5 metriä pitkän pahvisen raketin tiukasti autotallin katon alle. Lopulta pystyin ajamaan auton sisään. Ajoin sisään tavallaan sokeasti, koska auto oli hautautunut lumeen niin pahasti, että minä ja Tobias emme saaneet mitään aikaan raapimalla sen tuulilaseja puolen tunnin ajan (jouduimme lopettamaan, koska sormemme olivat liian kylmät jatkaaksemme). Lumi ja kylmyys olivat saapuneet tänne Helsinkiin melko tarkalleen talvipäivänseisauksen myötä.

Lataa SnapGene

Fri, 31 Oct 2014 00:00:00 +0000

Voit pyytää rekisteröintikoodin (joka on voimassa vuoden 2014 loppuun asti) kurssin järjestäjältä.

Ubuntu on vähitellen muuttumassa käyttökelvottomaksi

Mon, 01 Sep 2014 00:00:00 +0000

Ubuntu 14.04:n oletusarvoinen asiakirjanäkymäohjelma on Evince. Viime aikoina siinä on alkanut ilmetä ongelmia monien PDF-tiedostojen kanssa, jotka avautuvat ongelmitta muilla PDF-katseluohjelmilla (Okular, Acroread). Itse asiassa Evince avaa ne, mutta ikkuna ei tule näkyviin. Yritin vaihtaa PDF-katseluohjelmaa, mutta Ubuntu on ilmeisesti poistanut versiosta 14.04 kaikki keinot tehdä niin, ellei sitten mene komentoriville ja muokkaa asetustiedostoja käsin: mikä edistysaskel! Aiemmissa tiedostonhallinnan versioissa oli mahdollista napsauttaa tiedostoa hiiren kakkospainikkeella ja valita ”Avaa” > ”Muu sovellus” ja sitten ”Aseta oletukseksi”. Nyt ainoa tapa tehdä tämä on muokata tiedostoa ~/.local/share/applications/mimeapps.list ja korvata [Default Applications]application/pdf=evince.desktop tekstillä [Default Applications]application/pdf=kde4-okularApplication_pdf.desktop; Taitaa olla aika palata takaisin OpenSuSE:en…

Se on valmis

Sat, 30 Aug 2014 00:00:00 +0000

Vuoden kestäneen palikoiden keräämisen ja rakentamisen jälkeen Tobias ja minä saimme tänään valmiiksi Millennium Falcon Ultimate Collector’s Edition -mallin (LEGO-sarja 10179, http://brickset.com/sets/10179-1/Ultimate-Collector-s-Millennium-Falcon) . Tätä Millennium Falcon -versiota ei enää myydä, ja käytetyt sarjat myydään Ebayssa hullun kalliilla hinnoilla. Otimme tarvittavat palikat kahdesta muusta Star Wars -mallista: Death Starista (LEGO-sarja 10188, http://brickset.com/sets/10188-1/Death-Star ) ja Super Star Destroyer (LEGO-sarja 10221-1, http://brickset.com/sets/10221-1/Super-Star-Destroyer).Meid än piti kuitenkin hankkia huomattava määrä puuttuvia osia, joista monet ostimme käytettyinä paikalliselta suomalaiselta verkkohuutokauppasivustolta http://huuto.net tai BrickLinkistä ( http://www.bricklink.com ), joka on eräänlainen LEGO-osien ”erikoistunut eBay”. Vaikeimmin löydettävät osat olivat kaksi vaaleansinisenharmaata venemaston takilaa, pitkää 28 x 4 ( http://www.bricklink.com/search.asp?itemID=56261&colorID=86) , joiden hinta BrickLinkissä on tällä hetkellä peräti 100 € kappaleelta. Emme tietenkään saaneet näitä palikoita. LEGO myy kuitenkin edelleen tämän palikan mustaa versiota varaosana, ja Tobiasin mentori vaivautui hankkimaan ne ja maalaamaan ne harmaiksi; kiitos Clemens!

CSL:n kanssa leikkimistä

Wed, 06 Aug 2014 00:00:00 +0000

Kun kirjoittaa tieteellisiä artikkeleita ja apurahahakemuksia, lähdeluetteloa joutuu päivittämään yhä uudelleen. Juuri tähän tarkoitukseen on kehitetty viitteidenhallintaohjelmistot. Niitä on saatavilla lukuisia (katso http://en.wikipedia.org/wiki/Comparison_of_reference_management_software) . Olen käyttänyt pääasiassa EndNotea, Bibusia tai Zoteroa ( http://www.zotero.org ), jota käytän myös tällä hetkellä. Sen etuna on, että se on aidosti alustojen välinen, avoimen lähdekoodin ohjelmisto ja yhteensopiva sekä LibreOfficen että Microsoft Officen kanssa. Aiemmin olen käyttänyt lyhyen aikaa myös Papersia (kehittäjä Mekentosj, joka väitti, ettei he ikinä tekisi Windows-versiota), Bookendsia, Mendeleytä ja RefWorksia (johon yliopistollani on lisenssi). Mikään niistä ei ole täydellinen, ja jopa kaikkein kaupallisimmista (Endnote, jonka omistaa nykyään Thomson Reuters) yksi tuhosi yhden (MS Word -muotoisen) käsikirjoitukseni kokonaan kaatuessaan. Jotkut näistä ohjelmista tallentavat tekstiviitteiden ja lähdeluettelon muotoilutiedot niin sanotussa CSL-muodossa (Citation Style Language, XML-tyyppinen kieli, http://en.wikipedia.org/wiki/Citation_Style_Language).En kuitenkaan löytänyt helppokäyttöistä CSL-editoria: Zoteron oma editori ei ole kovin hyvä, eikä myöskään verkkopohjainen CSL-editori ( http://editor.citationstyles.org/visualEditor).Tarvitsin kuitenkin keinon viedä nopeasti omat julkaistut artikkelini luodakseni ”Julkaisuluettelon” apurahahakemuksia varten. Siksi loin ryhmän Zoterossa ja lisäsin kaikki omat julkaisuni tähän ryhmään. Nyt valitsen ne kaikki, napsautan hiiren oikealla painikkeella ja valitsen ”Luo lähdeluettelo kohteista”. Avautuvassa valintaikkunassa valitsen tyylin ja merkitsen valintaruudut ”Lähdeluettelo” ja ”Kopioi leikepöydälle”. Palattuani tekstinkäsittelyohjelmaan minun tarvitsee vain liittää leikepöydän sisältö, ja suurin osa työstä on valmis. En kuitenkaan löytänyt tähän sopivaa tyyliä, joten loin sellaisen itse (se perustuu Vancouver-tyyliin). Käytä sitä vapaasti…

Mihin Nautilus-skriptikansio on siirtynyt Ubuntu 14.04:ssä?

Thu, 26 Jun 2014 00:00:00 +0000

Kun päivitin Ubuntu 12.04:stä versioon 14.04, Nautilus-skriptini lakkasivat toimimasta. Syynä on se, että niitä haetaan versiossa 14.04 eri sijainnista. Versiossa 12.04 ne sijaitsivat kansiossa ~/.gnome2/nautilus-scripts, mutta nyt ne ovat kansiossa ~/.local/share/nautilus/scripts. Luulen, että yllä olevaa linkkiä ei ole vielä päivitetty vastaamaan uutta sijaintia.

Maverick-päivityksen aiheuttamat ongelmat

Tue, 24 Jun 2014 00:00:00 +0000

1,5 vuotta vanha MacBook Pro -tietokoneeni alkoi toimia huonosti: se ei esimerkiksi käynnistynyt loppuun asti, ja muita ongelmia ilmeni. Tietokoneen tukihenkilö ehdotti päivittämistä Mountain Lionista Maverickiin nähdäkseen, korjaisiko se ongelmat. Aluksi se näytti toimivan, mutta monet ohjelmat eivät suostu toimimaan Maverickissa. Näitä ovat muun muassa Gnumeric ja (mikä tärkeintä) nfs. Näyttää siltä, että nfs:n liittäminen Finderin kautta ei ole enää mahdollista. Kuitenkin pystyn silti tekemään sen komentoriviltä (käyttämällä resvport-vaihtoehtoa, jonka ei pitäisi olla tarpeen, mutta joka kuitenkin toimii): sudo mount -o resvport -t nfs mcblserver:/var/www /Users/mjeltsch/nfs Ja Gnumericista puheen ollen: luulen, että minun täytyy kääntää se itse uudelleen Maverickia varten…

Julisteiden tulostus ilman A0-tulostinta

Thu, 15 May 2014 00:00:00 +0000

En ehtinyt valmistella julistettani ajoissa GRC:n konferenssiin, jonka aiheena ovat imukudoksen toiminnan ja sairauksien molekyylimekanismit . UNIGRAFIA:n A0-tulostinta ei voi käyttää viikonloppuisin. Siksi paras vaihtoehto oli tulostaa se A3-koossa ja ommella sivut yhteen. Selvä etu on se, että minun ei tarvitse juosta ympäriinsä näiden naurettavan suurten julisteputkien kanssa, jotka paljastavat sinut tiede-nörtiksi jo puolen mailin päästä. Valitettavasti ainoa sovellus, joka pystyy jakamaan DIN A0 -kokoisen PDF-tiedoston kunnolla erillisiksi sivuiksi lennossa tulostuksen aikana, on Acrobatin täysversio. Kokeilin muita vaihtoehtoja: pdfposter toimi melko hyvin, mutta se ei selvinnyt taustasta: pdfposter -mA3 -pA0 input.pdf output.pdf Pdfposter ei myöskään luo päällekkäisyyksiä. Ratkaisu, jonka pitäisi toimia aina, on muuntaa PDF-tiedosto kuvaksi (convert -density 150 input.pdf output.png) ja luoda sitten PosteRazorilla kyseisestä kuvasta yksittäisiä PDF-tiedostoja. A0-kokoisen PDF-tiedoston muuntaminen korkean resoluution kuvaksi voi kuitenkin kestää tunteja. Käytä .png-tiedostoa! PosteRazor kieltäytyi käsittelemästä 60 MB:n TIF-tiedostoa. Taustan liukuvärin muuntaminen aiheuttaa näkyviä väriportaisia. Tämän välttämiseksi taustan liukuväri olisi määriteltävä kuvana eikä vektorielementtinä. Muuten PosteRazor toimi hyvin; toisin kuin pdfposterissa, tässä ohjelmassa voi määrittää limityksiä kokoonpanoa varten. Olen käyttänyt Inkscapea julisteeni valmisteluun ja yleensä vien sen sieltä PDF-tiedostona. Tällä kertaa tämä ei onnistunut, koska ohjelma kaatui jatkuvasti viennin aikana. Siksi yritin tallentaa sen kapseloiduksi PostScript-tiedostoksi ja muuntaa sen PDF-tiedostoksi. Viedessäni Inkscapesta (itse asiassa kyseessä on ”Tallenna nimellä”) valitsin seuraavat asetukset:PostScript-taso 3Rasteroi suodatintehosteet: kylläRasteroinnin resoluutio: jotain välillä 150–300Vientialue on sivu: kylläDistilloinnin jälkeen tulostin sen Acrobat Prosta seuraavilla asetuksilla: Sivun asetukset: DIN A3, pystysuuntaSivun skaalaus: Suuret sivut laatoitettunaLaatoitusskaalalla 95 % ja 10 mm:n päällekkäisyydellä sain 9 sivua (3x3), mikä riittää edelleen kokoonpanoon.

Ubuntu Trusty Tahrin asentaminen CuBox Pro -laitteelle

Wed, 14 May 2014 00:00:00 +0000

ePÄIVITYS: Cuboxin tiimi on siirtänyt asennusohjeet Cubox Pro -laitteelle. Jos tarvitset Trusty Tahr -jakelua Cubox Pro -laitteellesi, voit ladata 4 Gt:n kuvatiedoston osoitteesta: https://drive.google.com/open?id=1CgbSfy17-UrWZwBjZtZpHYTkPgw0MXFq . Sinun tarvitsee vain kirjoittaa se SD-kortille (käyttämällä dd-komentoa), jotta järjestelmäsi saadaan toimimaan. Jos sinulla on suurempi SD-kortti, ei hätää: kopioi kuva dd-komennolla SD-kortille ja laajenna sitten gparted -ohjelmalla tai vastaavalla toisella osiolla (juuriosio) koko SD-kortin tilan täyttämiseksi. Salasana/käyttäjätunnus: cuboxpro/cuboxpro. SSH on käytössä, joten sinun pitäisi pystyä kirjautumaan etäyhteydellä. Kyseessä on työpöytäversio, joten voit myös kytkeä HDMI-kaapelin ja kirjautua sisään graafisen käyttöliittymän kautta. YouTube-videossa ( https://www.youtube.com/watch?v=XfLJAchNu2c ) on edelleen ohjeet alkuperäisen Cubox-asennusohjelman (http://download) käyttöön.solid-run.com/pub/solidrun/cubox/installer/), mutta uusin Ubuntu-versio, jonka voi asentaa tällä menetelmällä, näyttää tämän kirjoitushetkellä olevan 13.10. Olen hankkinut CuBoxin : ehkä maailman pienimmän pöytätietokoneen. Sekä töissä että kotona minun on korvattava vanha, meluisa LAMP-palvelin jollain nykyaikaisemmalla. En edes tarvitse graafista käyttöliittymää, vaan tyydyn käyttämään palvelinta ilman näyttöä. En myöskään tarvitse kovin suurta nopeutta. CuBox vaikuttaa loistavalta idealta: ei melua, pieni virrankulutus, ei tilavaatimuksia ja kelpo suorituskyky. Sen saaminen toimimaan ei kuitenkaan ollut lainkaan helppoa. Se ei todellakaan ole loppukäyttäjän lelu, vaan suunnattu nikkaroijille. Ensimmäinen vaikeus oli laitteen ostaminen. Valmistaja ei myynyt sitä tuolloin suoraan (nykyään myy), ja ainoa yritys, joka myi sitä Suomeen, oli brittiläinen NewIT . Koska valmistajan kotisivuilla esitellään vain uusimmat mallit (”CuBox-i”-mallit), en edes tiennyt, kuinka monta erilaista mallia he olivat julkaisseet. Ostin itse asiassa CuBox Pron (mutta en tiennyt sitä, koska on olemassa myös ”CuBox-i4Pro”, joka olisi ollut se, jonka olisin mieluummin pitänyt ostaa). Israelissa toimiva SolidRun voisi ehdottomasti parantaa verkkosivujensa sisältöä. Yrityksellä näyttää olevan nopea tuotekierto, ja se poistaa pääsivultaan nopeasti kaikki linkit ”vanhempiin” tuotteisiinsa. Tämä on vastuutonta, varsinkin kun näitä tuotteita myydään edelleen.Ostin laitteen vähän ennen kuin Ubuntu 14.04 LTS (Trusty Tahr) julkaistiin, aikomuksenani asentaa palvelinversio tälle laitteelle. Ostin laitteen 4 Gt:n SD-kortilla, johon oli esiasennettuna vanha Ubuntu 10.04 (Oneiric Ozelot). Liitin laitteen HDMI-liitännällä (ei-Full HD) televisioomme, ja ainakin ensimmäinen käynnistys onnistui ja työpöytä näytti toimivan, vaikkakaan ei kovin vikkelästi. Mutta mitäpä siitä, haluan käyttää sitä palvelimena. Joten ensimmäiseksi yritin päivittää järjestelmän versioon 14.04. Olin varma, että tämä toimisi, koska yhteisö astuu apuun siellä, missä CuBox epäonnistuu. Nimittäin tarjoamalla käyttövalmiita levykuvia, jotka voi flashata SD-kortille. Kokeilin Arch Linuxia, Debiania ja varhaista Ubuntu 14.04 -julkaisua. Kun kuitenkin asetin SD-kortin paikalleen flashauksen jälkeen, CuBox ei suostunut käynnistymään. Koska Oneiric-kuva (joka tuli laitteen mukana 4 Gt:n kortilla) toimi, flashasin sen takaisin varmuuskopiosta (jonka olin tehnyt dd-komennolla). Jälleen kerran Oneiric käynnistyi moitteettomasti. Aloin päivittää jakelua versioon 12.04, mikä onnistui jotenkin, mutta menetin grafiikan (mistä en välittänyt). Päivitys versiosta 12.04 versioon 14.04 epäonnistui kuitenkin täysin. Ja haluan ehdottomasti version 14.04, koska haluan asentaa sen ja unohtaa sen seuraavaksi viideksi vuodeksi.Mikään tarjotuista kuvista (CuBoxin tai yhteisön toimittamista) ei kuitenkaan suostunut käynnistymään (en edes halua graafista käyttöliittymää, komentorivipääsy riittää minulle, koska aion käyttää laitetta palvelimena). Yritin asentaa ne sekä Windowsista että Linuxista, mutta se ei auttanut. Mikä syy tähän olisi voinut olla? Kortin osiot asennetaan automaattisesti ilman virheitä, kun laitan kortin Ubuntu 14.04 -kannettavalleni. Lopulta googlasin mallinumeron ”CBP-300-P”, joka on painettu tarralle kuution pohjaan. Olin alkanut epäillä, että vika ei ole minussa, vaan jossain yhteensopimattomuudessa tai viallisessa laitteistossa. Löysin tämän IRC-keskustelun , ja tajusin, että olin ladannut käyttöjärjestelmäkuvat CuBox-i-wikisivuilta, vaikka mallini oli CuBox Pro.Asiaa käsittelevä foorumi löytyy täältä , ja ohjeet toimivat. Ohjeet eivät sovi heikkohermoisille, mutta eivät myöskään ole liian vaikeita. Tarvitset HDMI-liitännän Full HD -näyttöön (1920x1080). Jos näytön resoluutio on tätä alhaisempi, sinun on muodostettava yhteys sarjakonsoliin toisen tietokoneen mini-USB-kaapelilla ja käytettävä terminaaliemulaattoria, kuten täällä selitetään. Suositeltu Putty kieltäytyi muodostamasta yhteyttä ttyS0:aan (Ubuntu 14.04:stä), mutta minicomilla se onnistui. Värikoodausta ei ollut, mutta se toimi myös ilman sitä.Koska koko käyttöjärjestelmä pyörii SD-kortilta, kannattaa ehkä rajoittaa muistin vaihtoa ja tehdä muutamia muita muutoksia muistikortin käyttöiän pidentämiseksi, periaatteessa samoin kuin SSD-asemien kohdalla .

Yksittäisten osioiden asennus levyn varmuuskopioista

Thu, 26 Dec 2013 00:00:00 +0000

Voit luoda levykuvia yksittäisistä osioista tai kiintolevyltä, jolla on useampi kuin yksi osio. Jälkimmäisellä vaihtoehdolla on se etu, että voit palauttaa tietokoneen palauttamalla kuvan samalle tai toiselle kiintolevylle. Jos kuitenkin haluat käyttää yksittäistä osiota kiintolevykuvasta, sinun on tiedettävä, missä osioiden rajat sijaitsevat. Voit merkitä ne muistiin fdisk-komennon tulosteesta. fdisk -l-komento näyttää osioiden rajat, mutta yksikkönä käytetään sektoreita. Sinun on kerrottava tämä luku loogisen sektorikoon kanssa, jotta saat osiot rajat tavuina. Vaihtoehtoisesti voit käyttää [parted]-komentoa ( http://www.gnu.org/software/parted/ ) -ohjelmaa (kun olet käynnistänyt parted-ohjelman, suorita komennot unit, B, print tässä järjestyksessä), jotta osioiden rajat näkyvät tavuina. parted-ohjelmaa voidaan käyttää myös levyn varmuuskopiossa, esim. parted /home/backups/diskdump.img osioiden rajojen määrittämiseksi.jeltsch@Michael:~$ sudo parted /home/backup/diskdump.img GNU Parted 2.3 Käytetään tiedostoa /home/backup/diskdump.img Tervetuloa GNU Partediin! Kirjoita 'help' nähdäksesi komentojen luettelon. (parted) unit Yksikkö? [compact]? B (parted) print Malli: (tiedosto)Levy /home/backup/diskdump.img: 160041885696B Sektorikoko (looginen/fyysinen): 512B/512B Osiointitaulukko: msdosNumero Alku Loppu Koko Tyyppi Tiedostojärjestelmä Liput 1 1048576B 524287999B 523239424B ensisijainen ntfs käynnistys 2 524288000B 80282124287B 79757836288B ensisijainen ntfs 3 80283171840B 160041009151B 79757837312B laajennettu 5 80283172864B 122626684415B 42343511552B looginen ext4 7 122626768896B 157924769279B 35298000384B looginen ext4 6 157932322816B 160041009151B 2108686336B looginen linux-swap(v1)(parted)Sitten kiinnität kuvan silmukkalaitteeksi lisäparametrilla offset käyttäen sen osion alkurajaa, jonka haluat kiinnittää:sudo mount -o loop,ro,offset=524288000 /home/backup/diskdump.img /mnt

Prisma Viikki ja kuluttajan oikeudet uudelleen tarkasteltuna

Wed, 03 Jul 2013 00:00:00 +0000

Ostin lampun Prismasta hintaan 24,95 €. Koska sen nimi oli ”plafondi”, oletin sen olevan kattovalaisin: ”plafond” tarkoittaa ranskaksi kattoa. Mutta olin väärässä. Sitä ei ollut tarkoitettu kiinnitettäväksi kattoon, vaan seinälle (outoa kyllä, Prisman verkkosivuilla sitä kutsutaan ”Plafondi-seinävalaisimeksi” , mikä on ristiriitaista). Tajusin sen, kun huomasin, että pistoke oli tavallinen eikä tarkoitettu kattopistokkeeseen. Joten vaihdoin pistokkeen ja kiinnitin lampun kattoon. Kun ruuvasin lampun paikalleen ja käänsin valokatkaisijaa, valo ei syttynyt. Olin ostanut lampun (Megaman Liliput 11W E14-kierre) yhdessä valaisimen kanssa Prismasta. Olin vieläkin hämmentyneempi, kun toinen E14-lamppu toimi täydellisesti kyseisessä lampussa.

Vanhat LEGO-moottorit toimivat edelleen mainiosti

Mon, 24 Jun 2013 00:00:00 +0000

Vaikka lapsuudestani tutut LEGO-moottorit toimivat edelleen moitteettomasti, sarjan 8287 moottori rikkoutui vain kolme vuotta sen ostamisen jälkeen. Itse asiassa moottori on kunnossa, mutta paristokotelossa tai kytkimessä on jossain sisällä löysä liitoskohta. Ja mikä pahinta: en saa varaosaa! Toivon, ettei LEGO ole lähtenyt mukaan kertakäyttöisten lelujen tuotantotrendiin. Lapsuudestani peräisin olevat moottorit (jotka näkyvät taustalla) ovat lähes 40 vuotta vanhoja. Tämä osoittaa, että kestäviä lelumoottoreita voidaan valmistaa.

Tohtorintutkintojen myöntämisen vaihtelut

Tue, 11 Jun 2013 00:00:00 +0000

Mietin, miksi viime aikoina kukaan ei ole väitellyt tohtoriksi laboratoriostamme. Ensimmäinen (ja väärä) johtopäätökseni oli, että laboratoriomme ei ole enää yhtä tuottelias kuin ennen. Kun tarkastelin tietoja tarkemmin, huomasin mielenkiintoisen ilmiön: tohtoriväitösten määrä laboratoriossamme noudattaa 5–6 vuoden sykliä. Ja kas, sykli on jälleen saavuttamassa huippunsa vuosina 2013–2014, mikä on juuri sitä, mitä odotin tapahtuvan, sillä monet tohtoriopiskelijoistamme ovat valmistumassa tänä tai ensi vuonna. Mietin, onko tämä ilmiö ominaista vain Kari Alitalon laboratoriolle vai onko kyseessä yleinen ilmiö. Joka tapauksessa odotan innolla kaikkia niitä juhlia (”karonkkoja”), jotka ovat edessä. Yllä olevassa kuvassa näkyy Kari Alitalon ohjaamien tohtorintutkintojen määrä tiettynä vuonna, keskiarvona yhden tai kolmen vuoden ajanjaksolta. Yhteisohjaus laskettiin 0,5:ksi.

Elmex-suuvesin ruuvikorkki menee aina rikki

Sun, 09 Jun 2013 00:00:00 +0000

Tämä on jo kolmas Elmex-suuvesipulloni. Jokaisen pullon kierrekorkki on mennyt rikki – siinä on varmasti suunnitteluvirhe!

Näkymä Itämerelle

Sun, 05 May 2013 00:00:00 +0000

Vain todistaakseni, että Itämeri näkyy olohuoneemme ikkunasta.

MacOSX-käyttäjien salasanojen nollaaminen

Sun, 28 Apr 2013 00:00:00 +0000

Käynnistä tietokone pitämällä komento- ja S-näppäimiä painettuina (yksittäiskäyttäjätila)
fsck -fy
mount -uw /
salasana käyttäjätunnus

Vohveliresepti

Fri, 19 Apr 2013 00:00:00 +0000

Kokenut ikäviä kokemuksia OBH Nordican sähkövohveliraudasta (yhden vohvelin paistaminen kesti noin 12 minuuttia, eikä se vieläkään ollut täysin kypsä), ostin Skeppshultilta valurautaisen vohveliraudan . Kun olin ensin polttanut sen sisään ja tehnyt useita epäonnistuneita yrityksiä, onnistuin vihdoin paistamaan vohveleita. En ole kuitenkaan vielä kokeillut sitä avotulella, vaikka se olikin alkuperäinen ajatukseni ostaessani sen. Käytin sitä sähköuunissamme, ja yhden vohvelin paistaminen kestää noin 4 minuuttia (asetuksella 7–8/9). Laitteella on 25 vuoden takuu, ja se painaa noin 4–5 kg. Käytin seuraavaa reseptiä:

Drupalin päivittäminen

Tue, 19 Feb 2013 00:00:00 +0000

Tässä on ohjeet, miten päivitän Drupalin (pienet päivitykset, esim. versiosta 7.18 versioon 7.19) Ubuntu-palvelimellani. Olen asentanut Drupalin suoraan Drupalin lähdekoodista enkä Ubuntun pakettivarastosta (koska Ubuntun pakettivarasto on yleensä melko vanha eikä sitä päivitetä kovin usein). Itse asiassa päivitys on melko vaivatonta; olen varma, että joku on jo automatisoinut sen jossain…cd /var/wwwsuwget http://ftp.drupal.org/files/projects/drupal-7.19.tar.gztar -xvzf drupal-7.19.tar.gz chown -R jeltsch:www-data drupal-7.19rm drupal-7.19.tar.gz cp -a drupal-7.18/sites/ drupal-7.19/Yllä oleva cp-komento luo kopion koko sivustosta, mikä voi viedä paljon aikaa ja käyttää paljon levytilaa. Sen sijaan voit poistaa uuden drupal-kansion ”sites”-alikansion ja luoda linkin vanhaan ”sites”-alikansioon:cd drupal-7.19rm -rf sitesln -s ../drupal-sites/ sitesTässä vaiheessa sinun tulisi kirjautua sivustollesi ja asettaa se huoltotilaan! mysqldump -u root -p --databases drupal7_jeltsch_org drupal7_claudia_jeltsch_org drupal7_lammertlab_org > drupal7_all.sqlrm drupal7ln -s drupal-7.19/ drupal7Tässä vaiheessa sinun tulee klikata päivityskomentosarjan linkkiä. Kun päivitykset on suoritettu onnistuneesti, voit ottaa sivustosi jälleen käyttöön.** ****Drupal 9**Drupal 9:n päivittäminen on helpointa Composerilla:composer update "drupal/core-*" --with-all-dependenciesMyös moduulit voidaan päivittää. Minun tapauksessani päivitys ei kuitenkaan aina kohdistunut siihen moduuliin, jota tosiasiassa käytettiin, vaan moduuliin, joka sijaitsi prioriteettilistalla alempana jossakin toisessa hakemistossa. Pienempien versiopäivitysten yhteydessä:composer update drupal/modulename --with-dependenciesSuurempien versiopäivitysten yhteydessä:composer require drupal/modulename:^2.0Tämän jälkeen älä unohda käydä osoitteessa https://yoursite.com/update.php !

x11vnc nxserverin korvaajana

Thu, 29 Nov 2012 00:00:00 +0000

Nyt kun nomachine :n loistava nxclient ei enää toimi Mac OS X:ssä ja sen uusi nxplayer on vielä beta-vaiheessa (eikä toimi lainkaan minun järjestelmässäni), tarvitsin toisen ratkaisun, jotta voisin muodostaa yhteyden työpaikkani työpöytätietokoneeseen kotoa käsin. Kokeilin monia vaihtoehtoja, mutta päädyin lopulta x11vnc -ohjelmaan. Työtietokoneellani on Ubuntu Precise Pangolin (12.04), ja muodostan yhteyden Mac OS X 10.8:sta (Mountain Lion). Minun piti vain asentaa x11vnc ja openssh-server työpaikan työpöydälleni ja lisätä /etc/init-kansioon x11vnc.conf-tiedosto, jonka sisältö on seuraava:x11vnc -forever -rfbauth /etc/x11vnc.pass -bg -o /var/log/x11vnc.log -scale 1280x800 -display :0 -auth /var/run/lightdm/root/:0Minun on luotava salasanatiedosto:x11vnc -storepasswd password /etc/x11vnc.passSen jälkeen minun tarvitsee vain päästä työpaikkani työpöydälle jollain tavalla. Tällä hetkellä siirryn sinne yliopiston UNIX-tietokoneiden kautta, koska suora SSH-yhteys ei ole mahdollista palomuurin takia. Joten muodostan SSH-yhteyden UNIX-keskuskonetta ja sieltä edelleen työtietokoneeseeni. Kun olen päässyt sisään, muodostan käänteisen SSH-tunnelin kotona olevaan MacBook Pro -tietokoneeseeni:ssh -R 19999:localhost:5900 kotitietokoneen_IP-osoiteKotona olevalla MacBookillani minun piti ensin ottaa käyttöön Jakaminen - Etäkäyttö. Sitten käytän vain käyttöjärjestelmän sisäänrakennettua näytönjakotoimintoa ”Yhdistä palvelimeen” ja kirjoitan ”vnc://localhost:19999”, ja voilà – näen työpaikkani työpöydän kirjautumissivun.Vaihtoehtoisesti voisin käyttää MacBookiin asentamaani OpenVPN-palvelinta ja työpaikan työpöydän OpenVPN-asiakasohjelmaa yhteyden muodostamiseksi MacBookiin. Silloin voisin kirjautua suoraan sisään ja välttää yliopiston UNIX-koneiden kautta kulkevat väliportit käänteisen SSH-tunnelin muodostamiseksi. Toinen, vaikkakin hyvin hidas tapa päästä käsiksi työpaikkani työpöydän graafiseen käyttöliittymään on X11-eteenpäinohjaus SSH:n kautta. Tarvitsen vain toimivan SSH-yhteyden palvelimeen, SSH-palvelimen konfiguraatiotiedostossa käytössä olevan X11-eteenpäinohjauksen sekä X11-palvelimen paikallisella koneella (esim. XQuarz MacOSX:ssä): ssh -X username@remote-server.comxclock &

MySQL:n päivittäminen Ubuntu Lucid Lynxissä (10.04) jumittuu

Wed, 28 Nov 2012 00:00:00 +0000

Tämä on jo kolmas kerta, kun minulle tapahtuu näin: MySQL-palvelimelle on saatavilla päivitys, ja teen vain komennon ”apt-get upgrade”. Päivitysprosessi jumittuu täysin seuraavaan tehtävään: Valmistellaan mysql-server-5.1 5.1.66-0ubuntu0.10.04.1:n korvaamista (käyttäen …/mysql-server-5.1_5.1.66-0ubuntu0.10.04.2_i386.deb) …mysql stop/waitingProsessi, joka jumiutui jälleen johonkin ikuiseen silmukkaan (tai mihin tahansa), on erään tekstitiedoston korvaaminen egrep-komennolla:egrep -qi -r ^[^#]*ndb.connectstring|^[:space:]*\[[:space:]*ndb_mgmd /etc/mysql/Tappoin juuri kyseisen prosessin, ja päivitys jatkuu ikään kuin mitään ei olisi tapahtunut.

Lian peseminen pois ”likaisesta tusinasta”

Sun, 09 Sep 2012 00:00:00 +0000

On puhuttu paljon dirty dozen -listasta, joka sisältää 12 eniten torjunta-aineilla saastunutta hedelmää ja vihannesta ja jonka on laatinut Environmental Working Group . Vaikka kannatankin monia EWG:n tavoitteita, EWG on kuitenkin organisaatio, jolla on oma agendansa.Omenat olivat ”Dirty Dozen” -listan kärjessä, ja koska omenat ovat luultavasti hedelmä, jota syön eniten, päätin tutkia tarkemmin EWG:n tutkimuksen menetelmiä . EWG toteaa verkkosivuillaan: ”Lähes kaikissa tutkimuksissa, joihin opas perustuu, hedelmät ja vihannekset testattiin sen jälkeen, kun ne oli pesty tai kuorittu.” Suositusten perustana olevat tiedot eivät ole EWG:n itsensä tuottamia, vaan ne ovat peräisin Yhdysvaltain maatalousministeriöltä (USDA) . USDA:lla on laboratoriotoimintaa koskevat vakiomenettelyt (SOP), ja tarkasteltaessa asiaankuuluvaa SOP:ta ( PDP-LABOP Näytteiden käsittely ja analysointi, Rev. 4, 07/01/12 ), löysin seuraavaa: `5.3.3 Omenat Pese jokainen omena kylmän juoksevan vesihanan alla noin 15–20 sekuntia varmistaaksesi, että omenan kaikki pinnat on huuhdeltu. Anna kuivua vähintään 2 minuuttia paperipyyhkeiden päällä tasaisella pinnalla. Älä kuori. Poista varsi, jos sellainen on. Poista ydin kaupallisesti saatavilla olevalla omenanydinpoistajalla tai leikkaa kukin omena puoleen tai neljään osaan puhtaalla, kuivalla veitsellä ja poista ydinosa. Pilko mekaanisesti, kunnes saadaan silmämääräisesti homogeeninen seos. Yksikkölaskenta on pakollista. Jäähdytysaika ei saa ylittää 120 tuntia saapumisajankohdasta lähtien siihen asti, kunnes näyte on homogenoitu. Tästä päätellen näyttää siltä, että omenat analysoitiin kuorineen. Ehkä omenat ovat se poikkeus, johon EWG viittaa kirjoittaessaan ”lähes kaikki”. Voisiko olla, että perinteisesti viljeltyjen omenien torjunta-ainejäämät ovat pääosin kuoressa? Kyllä, se on mahdollista, sillä ”…omenien kuoriminen vähensi merkittävästi kaikkia torjunta-ainejäämiä” ( Rasmussen ym. 2003: Useiden torjunta-ainejäämien jakautuminen omenalohkoissa kotitalouskäsittelyn jälkeen ). Itse asiassa on tehty paljon tutkimusta siitä, voidaanko torjunta-ainejäämiä poistaa hedelmistä ja vihanneksista pesemällä. Tulokset viittaavat kaikki samaan suuntaan: muutamia poikkeuksia lukuun ottamatta (systeemiset torjunta-aineet) suurin osa torjunta-ainejäämistä sijaitsee kuoressa tai sen pinnalla. Veden lämpötila on tärkeä: mitä kuumempaa vesi on, sitä paremmin torjunta-ainejäämät poistuvat. Pesuaineet ja hankaaminen parantavat tulosta, aivan kuten käsien pesussa ( Holland ym. 1994: Varastoinnin ja jalostuksen vaikutukset kasvituotteiden torjunta-ainejäämiin , Chavarri ym. 2005: Torjunta-aineiden väheneminen hedelmissä ja vihanneksissa kaupallisessa jalostuksessa , Keikotlhaile ym. 2010: Elintarvikkeiden jalostuksen vaikutukset hedelmien ja vihannesten torjunta-ainejäämiin: meta-analyyttinen lähestymistapa ).Luultavasti juuri siksi monet ihmiset kuorivat omenat rutiininomaisesti ja toiset taas pesevät ja hankaavat niitä kuumalla vedellä. Ja jos haluat syödä kuoren, osta vain luomua. Ainakin se tuntuu paremmalta. Kuva perustuu Abhijit Tembhekarin teokseen Red Apple .

Uusi Helkama Jääkäri -polkupyöräni

Thu, 26 Apr 2012 00:00:00 +0000

Trek -polkupyöräni kesti 10 vuotta ja noin 50 000 kilometriä, ennen kuin jouduin luopumaan siitä. En tee mitään ennaltaehkäisevää huoltoa, vaan korjaan asioita vasta, kun ne ovat rikki. Vuonna 2006 ostin 450 euron polkupyörän Biltemasta . Se kesti alle viisi vuotta, ennen kuin se tarvitsi mittavan korjauksen (johon sisältyi kalliiden osien, kuten pyörien, jarrujen, vaihtajien ja vapaakytkimen, sekä monien halvempien osien vaihtaminen). Viime kesäkuussa päätin hankkia [Helkama Jääkäri]([img_assist|nid=581|title=Helkama Jääkäri|desc=|link=url,http://www.helkamavelox.fi/en/models/men/jaakari_3_gear-hmj3nhr_arv_k|align=left|width=240|height=160]) noin 700 euron hintaan. Se on vanhanaikainen armeijapyörä, ja toivoin, että se kestäisi pidempään kuin Bilteman tuotteet. Tänä talvena pyöräilin uudella Helkama-pyörälläni useita satoja kilometrejä kuoppaisilla lumiteillä, ja helmikuussa takapyöräni melkein irtosi. Ruuveja ei ollut kiristetty riittävän tiukalle, ja kierre oli jo pahasti vaurioitunut. Jotta voisin jatkaa matkaa, jouduin poistamaan aluslevyn paljastaakseni vahingoittumatonta kierteen osaa ja kiristämään ruuvia. Otin yhteyttä Helkamaan, koska polkupyörä ei ollut vielä edes vuotta vanha. He vastasivat nopeasti, ja sain postitse uuden takapyörän viikon kuluessa. Se on hyvää asiakaspalvelua ja syy pysyä tämän merkin uskollisena asiakkaana: Kun ostin pojalleni uuden pyörän viime kuussa, valitsin Helkama Yoker -mallin, vaikka se ei todellakaan ollut halvin vaihtoehto.

Influenssarokote tehoaa

Fri, 20 Apr 2012 00:00:00 +0000

Viime viikolla poikani sairastui flunssaan. Hänelle diagnosoitiin A-influenssa. Hän oli todella sairas: kuumetta oli yli 39 °C yli neljän päivän ajan, ja hän joutui olemaan kotona 10 päivää, ennen kuin pääsi taas päiväkotiin. Tyttäreni ei sairastunut. Eivätkä vaimoni eikä minäkään. Arvaa miksi? Koska otimme kausi-influenssarokotteen. Täällä Suomessa kausi-influenssarokote on ilmainen 6–35 kuukauden ikäisille lapsille, 65 vuotta täyttäneille ikäihmisille, raskaana oleville naisille sekä henkilöille, joilla on kroonisia sairauksia tai jotka käyttävät lääkkeitä, jotka lisäävät vakavan sairauden tai komplikaatioiden riskiä . Lisäksi monet työnantajat tarjoavat työntekijöilleen ilmaisia influenssarokotuksia. Koska poikani ei kuulu mihinkään näistä ryhmistä, joille rokotus on ilmainen, ja koska hän vastusti rokotusta voimakkaasti ja koska rokottamattomien henkilöiden tartuntariski on tiettynä vuonna ehkä vain 5 %, päätimme jättää hänet rokottamatta. Huono päätös. Science-based Medicine -blogissa erittäin hyvä artikkeli influenssarokotuksista sekä erittäin hyvä pediacast.org:n podcast aiheesta. Valitettavasti FluMist (rokote, joka otetaan hengitettynä eikä ruiskeena) ei ollut vielä saatavilla Suomen markkinoilla influenssakaudella 2011/2012. Flu Mistin valmistaa MedImmune , joka on AstraZenecan tytäryhtiö. Terveydenhuoltopalveluntarjoajani Mehiläisen mukaan nenän kautta annettava rokote on hyvin todennäköisesti saatavilla Suomessa seuraavalla influenssakaudella. Rokotteen nimi on Fluenz , ja se on hyväksytty tällä nimellä Euroopan lääkeviraston toimesta vuonna 2011 koko Euroopan unionin alueelle.Poikani vastusti vain pistosta, ei itse influenssarokotetta. Influenssasumute on yhtä tehokas kuin influenssarokote, ja se saattaa jopa tarjota parempaa suojaa verrattuna rokotteeseen. Tämä on loogista, koska antigeeni pääsee elimistöön luonnollista reittiä pitkin. Ja koska kyseessä on elävä rokote, immuunivaste saattaa olla parempi ja pitkäkestoisempi. Ehkä työnantajani terveydenhuollon palveluntarjoajan, Mehiläisen, pitäisi tarjota myös ilmaisia kausi-influenssarokotuksia työntekijöiden lapsille, sillä vaikka olin rokotettu, jouduin olemaan poissa töistä useita päiviä, koska jouduin huolehtimaan pojastani.

rtmpdump – Die Sendung mit der Maus

Wed, 14 Mar 2012 00:00:00 +0000

Kirjoitin 5. maaliskuuta 2010 julkaistussa kirjoituksessani ohjelmasta „Die Sendung mit der Maus“. Nyt voi vihdoin katsoa „Die Sendung mit der Maus“ -ohjelman kokonaisuudessaan Flash-videona internetistä! Se on katsottavissa 7 päivän ajan, seuraavaan „Die Sendung mit der Maus“ -jaksoon asti. Resoluutio ei tosin ole HD (512x288, 25 kuvaa sekunnissa, H264), mutta ainakin sen voi – jos osaa – tallentaa myös kiintolevylle. Ohjelma, joka tämän mahdollistaa, on tietysti avoimen lähdekoodin ohjelma: rtmpdump .Komentorivi on: rtmpdump -r rtmp://wdr.fcod.llnwd.net/a4331/e1 \-a a4331/e1 \-y mp4:tv/maus/flash/ganze_sendung/20120311_enmee_dsl.mp4 \-W http://www.wdr.de/themen/global/flashplayer/AS2/wsPlayerAS2.swf \-p http://www.wdrmaus.de/aktuelle-sendung/index.php5 \-f "LNX 11,1,102,63" \-o ~/maus.flv \-V \-B 1800Yksityiskohdat, erityisesti parametri -y (mikä tiedosto?) ja joskus -f (mikä Flash-versio?), on tietysti mukautettava kyseiseen lähetykseen. Tarvittavat parametrit voi selvittää tarkastelemalla verkkosivun lähdekoodia. Tai rtmpsuck-ohjelmalla. Yksinkertainen johdanto löytyy täältä . Jos se ei jostain syystä onnistu, vastaan mielelläni kysymyksiin.Käytän kuitenkin edelleen Online TV Recorderia . Sieltä löytyy nimittäin 680x360-resoluutioinen, 25 fps:n ja MPEG-4-muotoinen lähetys.

Rekombinanttiproteiinit

Fri, 20 Jan 2012 00:00:00 +0000

Aiemmin täällä oli dynaamisesti linkitetty luettelo proteiineistani. Valitettavasti jouduin turvallisuussyistä luopumaan suorasta linkityksestä laboratoriomme tietokantapalvelimeen. Ehkä jonain päivänä löydän aikaa julkaista laboratoriomme pakastimien sisällön turvallisella tavalla täällä kotisivuillani. Siihen asti tässä on vain luettelo proteiineista, joita olen tuottanut. Jos sinulla on kysyttävää tai tarvitset proteiineja tutkimustarkoituksiin, ota rohkeasti yhteyttä minuun tai esimieheeni:

Suosikkipodcastini

Fri, 20 Jan 2012 00:00:00 +0000

Suosikkipodcastini. Lähes jokainen jakso on loistava:

Tietokoneet: Uutisia ja tietoa tietoturvasta sekä siitä, miten internet ja tietokoneet toimivat: Security Now!
Kaikkea Linuxista: The Linux Action Show!
Joka viikko FLOSS Weekly esittelee uuden avoimen lähdekoodin projektin.

Tiede ja skeptisyys

Suosikkipodcastini

Thu, 05 Jan 2012 00:00:00 +0000

Suosikkipodcastini. Nautin melkein jokaisesta jaksosta:

Tietokoneisiin liittyvät aiheet Turvallisuusuutisia ja tietoa tietoturvasta sekä siitä, miten tietokoneet ja internet toimivat: Security Now!
Kaikki Linuxista: The Linux Action Show!
Joka viikko aiheena on yksi avoimen lähdekoodin projekti: FLOSS Weekly

Tiede ja skeptisyys

Tobin LEGO-palikkasarjat

Mon, 02 Jan 2012 00:00:00 +0000

SarjanumeroSarjanimiTeemaAlateemaVuosi625-1Traktori ja kaivinkoneKaupunkiClassic1978626-1Punaisen Ristin helikopteriKaupunkiClassic1978645-1Poliisin helikopteriKaupunkiClassic1979661-1 Spirit of St. Louis LEGOLAND 1976885-1 Avaruusskootteri SpaceClassic 1979886-1 Avaruusbuggy SpaceClassic 1979889-1 Tutka-auto SpaceClassic 1979894-1Liikkuva maaseuranta-asemaSpaceClassic1979897-1Liikkuva rakettien laukaisualustaSpaceClassic1979924-1AvaruuskuljetusalusSpaceClassic1979928-1Avaruusristeilijä ja kuutukikohtaSpaceClassic19791575-1Finnjet-lauttaFerries 19772114-1ChopovNinjagoSpinners20112116-1KraziNinjagoSpinners20113179-1KorjausautoCityTraffic20103179-1KorjausautoCityTraffic20103843-1Ramsesin pyramidi Games 20094915-1Mini-rakennussarjaCreator 20075933-1LentokenttärakennussarjaBricks and More 20115981-1Raid VPRSpaceSpace Police 320106191-1Palomies-rakennussarjaBricks and More 20096801-1KuubuggySpaceClassic19816821-1LapiobuggySpaceClassic19806822-1AvaruuskaivinkoneSpaceClassic19816841-1MineraalilöytölaiteSpaceClassic19806927-1MaastoajoneuvoSpaceClassic19816929-1Tähtilaivaston VoyagerSpaceClassic19817138-1RahkshiBionicleStars20107241-1Palokunta-autoCityFire20057245-1VankikuljetusautoCityPolice20057245-1VankikuljetusautoCityPolice20057566-1MaanviljelijäCityFarm20107610-1MoottoriveneCreator 20067631-1KippiautoCityConstruction20097732-1LentopostiCityCargo20087741-1PoliisihelikopteriCityPolice20087797-1KaksitasoCreator 20087930-1Palkkionmetsästäjän hyökkäyshelikopteriStar Wars: Kloonien sodat20117950-1Ritarien kohtaaminenCastleKingdoms20107953-1HovinarrinCastleKingdoms20107977-1Merenpohjan vaeltajaAtlantis 20117978-1Kalastajan hyökkäysAtlantis 20117984-1Syvänmeren ryöstäjäAtlantis 20118015-1Salamurhaajadroidien taistelupakettiStar Wars: Kloonien sota20098056-1Monster Crab ClashAtlantis 20108072-1Merisuihku, Atlantis 20108073-1Manta-soturi, Atlantis 20108083-1Kapinallissotilaan taistelupakettiStar WarsEpisodi IV–VI20108086-1Droid Tri-FighterStar WarsKloonien sota20108088-1ARC-170-tähtihävittäjäStar WarsKloonien sota20108089-1 Hothin Wampa-luola Star Wars Episodi IV–VI 20108093-1 Plo Koonin Jedi-tähtihävittäjä Star Wars The Clone Wars 20108095-1Kenraali Grievousin tähtihävittäjäStar WarsKloonien sota20108096-1Keisari Palpatinen sukkulaStar WarsEpisodi III20108130-1Terrain CrusherRacersTiny Turbos20078137-1Booster BeastRacersPower Racers20078193-1Blue BulletRacersTiny Turbos20108221-1Storming EnforcerRacers 20118400-1AvaruusspeederAvaruusAvaruuspoliisi 320098665-1Highway EnforcerRacersTiny Turbos20068860-1Auton alustaTechnic 198010188-1Death StarStar WarsUltimate Collector Series2008

Tobin LEGO-palikkasarjat

Wed, 09 Nov 2011 00:00:00 +0000

Joitakin hyödyllisiä PDF-muokkaus- (ja haku-)komentoja

Thu, 28 Jul 2011 00:00:00 +0000

Sivujen lisääminen lomittain: pdftk A=input_odd_pages.pdf B=input_even_pages.pdf shuffle A B output collated.pdf (pdftk-paketista)
Jaa A2-kokoinen PDF-tiedosto kahdeksi A3-sivuksi tulostusta varten (ilman päällekkäisyyttä): pdfposter -m A3 -p A2 Periodic-Table_A2.pdf Periodic-Table_2xA3.pdf
Jaa minkä tahansa kokoinen PDF-tiedosto A3-sivuiksi tulostusta varten 100 %:n koossa (= 1), ilman päällekkäisyyttä: pdfposter -m A3 -s1 Poster.pdf Poster_split_to_A3.pdf
Käännä sivujen järjestys: pdftk input.pdf cat end-1 output reversed.pdf (pdftk-paketista)
Pienennä PDF-tiedoston kokoa: gs -sDEVICE=pdfwrite -dCompatibilityLevel=1.4 -dPDFSETTINGS=/screen -dNOPAUSE -dQUIET -dBATCH -sOutputFile=output.pdf input.pdf Sallitut PDFSETTINGS-asetukset ovat /screen, /ebook, /printer, /prepress, /default. (ghostscript-paketista)
Muunna värillinen PDF-tiedosto harmaasävyiseksi: gs -sOutputFile=output.pdf -sDEVICE=pdfwrite -sColorConversionStrategy=Gray -dProcessColorModel=/DeviceGray -dAutoRotatePages=/None -dCompatibilityLevel=1.4 -dNOPAUSE -dBATCH input.pdf (ghostscript-paketista)
Vie bittikarttakuvia: pdfimages -j original.pdf extracted (xpdf-paketista)
Muunna bittikarttakuvaksi: convert original.pdf converted.png (imagemagick-paketista)
Jaa yksittäisiksi yhden sivun PDF-tiedostoiksi: pdftk original.pdf burst (pdftk-paketista)
Yhdistä kaksi tai useampia PDF-tiedostoja: pdftk original1.pdf original2.pdf cat output merged.pdf (pdftk-paketista)
Poista sivu 13 PDF-tiedostosta: pdftk original.pdf cat 1-12 14-end output page13deleted.pdf (pdftk-paketista)
Kierrä PDF-tiedoston sivu 5 90 astetta vastapäivään: pdftk Figures_LRES.pdf cat 1-4 5L 6-end output Figures_LRES2.pdf (pdftk-paketista>
Kokoa uusi PDF-tiedosto, jossa lähdetiedostojen neljä sivua yhdistetään yhdeksi vaakasuuntaiseksi sivuksi: pdfjam *.pdf –landscape –nup 2x2. Pystysuuntaista asettelua varten käytä vaihtoehtoa “–no-landscape” (pdfjam-paketista).
Aseta yksi PDF-tiedosto toisen (taustana toimivan) PDF-tiedoston päälle: pdftk foreground.pdf background background.pdf output overlay.pdf (pdftk-paketista).
GUI-PDF-editorit: Kokeilin PDFEdit -ohjelmaa, mutta se on minulle liian vaikea. Master PDF Editor" ei ole ilmainen, mutta se näyttää olevan paljon helppokäyttöisempi ilman käyttäjän laajaa perehdyttämistä.
**Salata PDF-tiedosto sekä omistajan salasanalla (tiedoston muokkaamista varten) että käyttäjän salasanalla (tiedoston avaamista varten): **pdftk input.pdf output encrypted.pdf owner_pw PROMPT user_pw PROMPT (pdftk-paketista).
**Jos haluat tehdä tekstihakua useista PDF-tiedostoista nykyisessä hakemistossa ja kaikissa sen alihakemistoissa, voit käyttää pdfgrep : **pdfgrep -r hakutermi * (pdfgrep-paketista).
**Muunna ja yhdistä kaikki nykyisen hakemiston jpg-tiedostot yhdeksi PDF-tiedostoksi:**convert *.jpg pictures.pdf Uusimmissa Ubuntu-versioissa tätä eräajotoimintoa ei sallita turvallisuusriskien vuoksi, mutta voit poistaa tämän rajoituksen käytöstä nimeämällä konfiguraatiotiedoston uudelleen: /etc/ImageMagick-6$ sudo mv policy.xml policy.xmlout

Pelastus pölynimurista

Tue, 05 Jul 2011 00:00:00 +0000

Olen selvittänyt tärkeimmän syyn siihen, miksi LEGO-palikat katoavat meiltä kotoa: pölynimuri. Epäilykseni vuoksi päätin vastahakoisesti tutkia pölynimurin pussin sisällön (Miele HyClean N/G), kun se oli täynnä, ja tässä on se, mitä sieltä löysin: Kolme LEGO-palikkaa, kolme palapelin palaa, ruuvimeisselin kärki, nastaseinän neula, Mastermind -pelin nasta ja jokin vielä tunnistamaton metalliesine.

LEGO

Sat, 05 Feb 2011 00:00:00 +0000

Tobi haluaa Legoja. Jotta et ostaisi hänelle sarjoja, jotka hänellä jo on, hän on laatinut brickset.com -sivustolle luettelon kaikista sarjoistaan. Jotta sinun ei tarvitse rekisteröityä brickset.com-sivustolle, tästä löydät kopion kyseisestä listasta: Tobin Lego-sarjat .

Tilastoja Suomesta

Thu, 09 Dec 2010 00:00:00 +0000

Suomi pääsee usein otsikoihin hyvillä tuloksillaan kansainvälisissä vertailuissa. Tällaisiin kuuluu esimerkiksi OECD:n PISA-tutkimus vuodelta 2006 , vuotuinen korruption havaitsemisindeksi sekä Newsweekin Paras maa elää -tutkimus . Jos Suomi ei pärjää niin hyvin kansainvälisessä vertailussa, siitä ei juurikaan uutisoida. Tässä muutamia tilastoja, joita kaipaan julkisuudessa:

Lastenohjelmat saksalaisessa televisiossa (Kid's series on German TV)

Fri, 05 Mar 2010 00:00:00 +0000

Saksalaisten julkisten televisioyhtiöiden (eli ARD:n) lapsille suunnattu verkkotarjonta ( kinder.ard.de ) on melko rajallinen (vaikka laadukkaita lastenohjelmia tuotetaankin). Verkosta löytyy kyllä paljon sisältöä, mutta harvoin varsinaisia ohjelmia, vaan lähinnä Flash-roskaa . Valikoidut tarinat ja pätkät [Sendung mit der Maus]-ohjelmasta ( http://www.wdrmaus.de/index.php5?flashschalter=off ) ovat ainoat, jotka kiinnostavat poikaani. Haluan koko Sendung mit der Maus -ohjelman! Ja Sesamstrassea ei ole lainkaan verkossa, ei kokonaan eikä osittain. Juuri sitä haluaisin: en nimittäin halua päättää vain itse, MITÄ lapseni katsovat televisiosta, vaan myös MILLOIN. Jos asuisin Saksassa, voisin tallentaa ohjelmat kiintolevylle. Onneksi Saksan lainsäädäntö sallii paitsi digitaalisen tallennuksen omaan käyttöön (" yksityiskopio "), myös tallennetun materiaalin jakamisen ystäville. Näin saan Sesamstrasse , Sendung mit der Maus , Was ist was TV ja Bibliothek der Sachgeschichten .Muuten on olemassa myös laillisia palveluita, jotka hoitavat digitaalisen tallennuksen pientä maksua vastaan ( ShiftTV tai OnlineTV Recorder ). Ja elokuvatiedostoja saa tietysti – laillisesti – jakaa myös ystäville. Aivan kuten 20 vuotta sitten VHS-videokasettien kanssa… Jäljellä on enää leikata tiedoston alku ja loppu, jotta kiintolevyllä ei kuluisi liikaa tilaa. Ohjelmat eivät nimittäin juuri koskaan ala juuri sillä hetkellä, jolle videonauhuri on ohjelmoitu. Leikkaan tiedostot Mencoderilla, joka on Mplayer -soittimen avoimen lähdekoodin oheisohjelma:

Levyn tyhjennys (dd) ja kopiointi verkon kautta (netcat)

Tue, 16 Feb 2010 00:00:00 +0000

Vastaanottavalla koneella (levy sda:n on oltava irrotettuna, esim. käynnistämällä järjestelmä live-CD:ltä tai USB-muistitikulta):netcat -l -p 4778 | dd of=/dev/sdaLähettävällä koneella (levy sdb:n on oltava irrotettuna, esim. käynnistämällä tietokone live-CD:ltä tai USB-tikulta):dd if=/dev/sdb | netcat 192.168.0.4 4778(-l listen; -p port)Kopioidaksesi hakemiston verkon kautta, siirry kyseiseen hakemistoon ja suorita lähettävällä koneella:tar -cz . | nc -q 10 -l -p 45454Vastaanottavalla koneella luo hakemisto, siirry siihen ja suorita:nc -w 10 192.168.0.11 45454 | tar -xzMuuten: Jos haluat seurata levyn kopioinnin etenemistä (kuinka paljon on jo kopioitu, kuinka kauan se on kestänyt ja mikä on keskimääräinen nopeus), voit käyttää (uudemmissa dd-versioissa) status-vaihtoehtoa. Tämä ei varmaankaan toimi verkkokopioinnissa, mutta en ole kokeillut… dd if=/dev/sdb of=/target status=progress

Pysyvä staattinen reitti Ubuntu Karmic Koala (9.10), Precise Pangolin (12.04) ja Trusty Tahr (14.04) -käyttöjärjestelmissä

Sat, 26 Dec 2009 00:00:00 +0000

Karmic Koala Jos haluat lisätä pysyvän staattisen reitin Karmic Koala -järjestelmään, jossa on yksi verkkokortti, sinun on muokattava tiedostoa /etc/network/interfaces. Seuraava osa on korvattava:# Ensisijainen verkkoliitäntäauto eth0#iface eth0 inet dhcpMuokkaa seuraavasti:# Ensisijainen verkkoliitäntäauto eth0iface eth0 inet dhcpup route add -net 10.8.0.0 netmask 255.255.255.0 gw 192.168.0.3down route del -net 10.8.0.0 netmask 255.255.255.0 gw 192.168.0.3**Precise Pangolin (12.04)**Precise Pangolinissa tein tämän lisäämällä /etc/network/if-up.d-kansioon skriptin nimeltä add_route:#!/bin/sh#if [ "$IFACE" = "eth0" ]; then route add -net 10.8.0.0/24 gw 192.168.0.18#fiEn koskaan lisännyt vastaavaa skriptiä (del_route) hakemistoon /etc/if-down.d, mutta se näyttää toimivan hyvin.**Trusty Tahr (14.04)**Trusty Tahrissa lisäsin route-komennon rivinä /etc/rc.local-skriptiin:…route add -net 192.168.1.0/24 gw 192.168.0.3exit 0route-komennon on oltava ennen “exit 0”-riviä!**Mac OS X 10.8 (Mountain Lion)**Ja näin se tehdään Mac OS X 10.8:ssa: http://nellen.it/blog/2012/01/permanent-static-routes-for-mac-os-x . MacOS X:n ohjeet ovat muuttuneet ajan myötä; tässä on ohjeet siitä, miten se tehtiin MacOS X 10.4.7:ssä .

Kuinka lisätä aikaleima jpg-kuvaan jhead- tai exiftool-ohjelmalla

Mon, 24 Aug 2009 00:00:00 +0000

Jos jpg-kuvassa ei ole EXIF-otsikkoa, se on luotava ensin: jhead -mkexif. Syötä sitten aikaleimatiedot: jhead -ts2009:08:15-10:30:00. Jheadin ( http://www.sentex.net/~mwandel/jhead/ ) lisäksi on olemassa toinen usein käytetty työkalu EXIF-tietojen muokkaamiseen: exiftool ( https://www.sno.phy.queensu.ca/~phil/exiftool/ ). Kun suoritat exiftool-komennon EXIF-tietojen näyttämiseksi, saat seuraavanlaisen luettelon:user@laptop:~$ exiftool IMG_001.jpgExifTool-versio: 10.80Tiedostonimi: IMG_001.jpg[…]Alkuperäinen päivämäärä/aika: 2018:09:02 13:20:13Luontipäivämäärä: 2018:09:02 13:20:13[…]Arvon muokkaamiseksi sinun on kuitenkin osoitettava yksittäinen tunniste, eikä komentorivillä odotettu tunnisteen nimi ole sama kuin luettelossa annettu (esimerkiksi ”Create Date” -tunnisteen nimi on ”CreateDate”):exiftool -CreateDate='2009:11:32 09:11:24.991000' IMG_001.jpgExiftool on luultavasti tehokkain työkalu, mutta samasta syystä se ei ole helppokäyttöisin. Jos haluat poistaa kaikki EXIF-tiedot, kokeile seuraavaa:exiftool -all=IMG_001.jpg

Vihdoin hyvää itse tehtyä suklaajäätelöä

Fri, 07 Aug 2009 00:00:00 +0000

Viime kesänä ostin tämän jäätelökoneen. Osa tekemistäni jäätelöistä oli ihan kelvollista, mutta vasta nyt onnistuin tekemään jäätelöä, joka pärjää hyvin Mövenpickin tai vastaavien rinnalla. Salaisuus on: MUNAT sekä runsaasti RASVAA ja SOKERIA. Tässä on resepti:

Miten tekstitiedoston koodaus määritetään ja muunnetaan (file, enca, iconv)

Wed, 22 Apr 2009 00:00:00 +0000

Voit selvittää tiedoston ”sample.txt” tiedostotyypin kirjoittamalla seuraavasti: file sample.txt. Yleensä ohjelma ilmoittaa vain, että kyseessä on tekstitiedosto. Jos haluat tietää enemmän koodauksesta: enca -L none sample.text. -L-vaihtoehto kertoo ohjelmalle, mitä kieltä tiedostossa käytetään. Jos et tiedä, käytä vain none.Voit muuntaa koodauksen ISO-8859-1:stä (latin1) UTF-8:ksi seuraavasti: iconv --from-code=ISO-8859-1 --to-code=UTF-8 sample_iso8859-1.txt > sample_utf-8.txt

HTML-palvelimen tiedostojen käyttöoikeudet (rekursiivinen chmod) – tiedostojen ja hakemistojen erottelu

Sun, 12 Apr 2009 00:00:00 +0000

Sotkin HTML-palvelimeni juurihakemiston tiedostojen käyttöoikeudet rekursiivisesti. Korjatakseni tilanteen jouduin ottamaan käyttöön joitakin ”edistyneitä” chmod-asetuksia. Haluan tietysti kohdella hakemistoja ja tiedostoja eri tavalla. En keksinyt parempaa ratkaisua kuin seuraava: chmod -R u=rw-x,g=rw-x,o=r-wx *chmod -R a+X *

Vanhat Macit ja USB-tuki

Tue, 17 Mar 2009 00:00:00 +0000

Meillä on töissä muutamia vanhoja Macintosh-tietokoneita, joissa on edelleen käytössä erilaisia MacOS 9 -versioita. Vaikka näissä koneissa on USB-portteja, ne eivät useimmiten toimi. Luulen, että MacOS 9.0 oli ensimmäinen versio, joka tuki USB-massatallennuslaitteita, mutta ilmeisesti tuki on ollut epävakaata versioon 9.2.2 asti. Ilmeisesti MacOS 9:n erilaiset päivitykset korjasivat pääasiassa USB- (ja FireWire-)tuen ongelmia. Ainakin yhdessä näistä koneista (jossa on MacOS 9.2.2) onnistuin korjaamaan USB-tuen. Poistin järjestelmäkansiosta kaikki muut kuin Applen USB- ja Firewire-laajennukset (esim. joitakin Lacie-valmistajan laajennuksia). Sitten latasin Applelta Mac OS 9.1 -päivityksen ja purin kaikki USB-laajennukset TomeViewerilla ja korvasin olemassa olevat (9.2.2) laajennukset näillä (9.1) vastineilla. Uudelleenkäynnistyksen jälkeen (PC-alustettu) USB-muistitikku tunnistettiin välittömästi. Tässä on luettelo laajennuksista, jotka korvasin:

YouTube iPodille ja videotiedostojen tarkistaminen

Mon, 23 Feb 2009 00:00:00 +0000

Yritin purkaa äänitiedoston eräistä YouTube -videoista, jotta voisin toistaa sitä iPod Shufflellani. Kokeilin erilaisia menetelmiä (mukaan lukien muuten varsin monipuolisen VLC Playerin ), mutta päädyin lopulta seuraavaan kaksivaiheiseen menettelyyn: 1. Lataa Flash-video (tiedostopääte .flv) paikalliselle levylle. Voit käyttää mitä tahansa menetelmää tämän tehtävän suorittamiseen, mutta kuten tavallista, Firefoxilla on täydellinen laajennus tähän tehtävään: Download Helper . 2. Pura ja muunna äänitiedosto [ffmpeg]-ohjelmalla ( http://ffmpeg.org ) seuraavalla komennolla: ffmpeg -i video-infile.flv audio-outfile.mp3. On myös mahdollista muuntaa .flv-tiedosto .mpeg-tiedostoksi. Tämä on tarpeen esimerkiksi silloin, kun haluat tuoda videon iTunesiin . Jostain outosta syystä QuickTime pystyy toistamaan Flash-videoita, mutta iTunes ei salli niiden toistamista. Komento on lähes sama: ffmpeg -i video-infile.flv audio-outfile.mpeg Toinen kätevä ffmpeg:n käyttötapa on videotiedostojen tarkistaminen vioittumisen ja muiden ongelmien varalta: ffmpeg -v 5 -i file.avi -f null - 2>error.log

Käytän LaTeXia harvoin

Mon, 02 Feb 2009 00:00:00 +0000

Kompilointi Käytän toisinaan LaTeXia . Haluaisin käyttää sitä useammin, mutta kuulun kai WYSIWYG-sukupolveen. Itse asiassa käytän sitä niin harvoin, että unohdan jopa, miten asiakirja käännetään. Seuraava onkin vain muistutus itselleni; tiedostonimi on doc.tex:

cryptsetup

Sun, 25 Jan 2009 00:00:00 +0000

Siirryin jo jonkin aikaa sitten vanhasta cryptoloop-tekniikasta uudempaan cryptsetup-tekniikkaan. Unohdan kuitenkin edelleen, miten salatut levyt luodaan ja liitetään manuaalisesti, koska teen tätä harvoin. Tässä ovat komennot:cryptsetup create cryptovolume /dev/mapper/logical_volumemount /dev/mapper/cryptovolume /mountpointTässä tapauksessa liitin loogisen levyn, mutta tietysti voit liittää myös fyysisiä levyjä:cryptsetup create cryptovolume /dev/sdb1mount /dev/mapper/cryptovolume /mountpoint

Kuinka käyttää salattuja levyjä live-CD-levyiltä

Sun, 25 Jan 2009 00:00:00 +0000

Kun olet päättänyt salata kiintolevysi, saatat joutua tilanteeseen, jossa joudut siirtämään tietoja levyltä ilman, että käytettävissäsi on tavanomaisia salauksen purkumekanismeja. Esimerkiksi silloin, kun käyttöjärjestelmä ei käynnisty tai levyllä on fyysisiä vikoja. Tällöin sinun on käynnistettävä tietokone CD- tai DVD-levyltä, joka tukee käyttämääsi salaustekniikkaa. Minun tapauksessani tarvitsen Ubuntu-live-CD- tai DVD-levyn, mieluiten samaa versiota, jota käytettiin levyn salaamiseen! Muuten saattaa ilmetä yhteensopimattomuuksia:sudo apt-get install lvm2 cryptsetup sudo modprobe dm-crypt sudo cryptsetup luksOpen /dev/sda2 crypt1 (tulos: avainpaikka 0 avattu, komento onnistui) sudo vgscan --mknodes (tulos: Löydetty volyymiryhmä "default")sudo vgchange -ay (loogiset volyymit aktivoituvat)sudo mkdir /volume1 jne.sudo mount /dev/default/root1 /volume1

Kuinka tyhjentää kiintolevyt (shred, dd)

Sun, 25 Jan 2009 00:00:00 +0000

Voit kirjoittaa nollia koko kiintolevylle: dd if=/dev/zero of=/dev/hda. Uudemmissa dd-versioissa voit seurata prosessin etenemistä: dd if=/dev/zero of=/dev/hda status=progress. On kuitenkin suositeltavaa suorittaa muutama kierros satunnaista kohinaa (oletusarvo on n = 3). Jos kirjoitusprosessi poisti magneettisen historian kokonaan ja satunnaislukugeneraattorisi oli täydellinen, yksi kierros riittäisi AINA. Todellisuudessa tarvitset n>1 vain, jos kyseessä ovat valtion salaisuudet, sillä n=1-pyyhkimisen jälkeen tietojen palauttaminen vaatii erikoislaitteita, joita ei voi ostaa mistään kaupasta. shred -vfz -n3 /dev/hda

Verkkokorttien (NIC) MAC-osoitteen (Media Access Control) muuttaminen

Sun, 25 Jan 2009 00:00:00 +0000

Joissakin verkoissa tietokoneet on rekisteröitävä, jotta ne voivat yhdistää verkkoon. Rekisteröinnin yhteydessä tietokone saa nimen ja IP-osoitteen. Aina kun se yhdistää verkkoon, DHCP-palvelin määrittää sille saman nimen ja IP-osoitteen. DHCP-palvelin tunnistaa tietokoneet MAC-osoitteen perusteella, joka on jokaiselle verkkokortille (NIC) yksilöllinen. Jos kuitenkin tiedät rekisteröidyn tietokoneen MAC-osoitteen, voit käyttää sitä verkkoon yhdistämiseen väärentämällä MAC-osoitteen:

Kuinka paljon hammastahnaa 3-vuotias voi nielaista turvallisesti?

Mon, 22 Dec 2008 00:00:00 +0000

Poikani ei pidä hampaiden harjaamisesta, eikä hän luultavasti ole tässä suhteessa mikään poikkeus. Hampaiden suojelemiseksi aloimme käyttää fluoridia sisältävää hammastahnaa, kun hän oli noin 2-vuotias. Olimme kuitenkin aina varovaisia emmekä antaneet hänen niellä hammastahnaa yliannostuksen välttämiseksi. Pikkulapsilla esiintyy todennäköisesti edelleen vuosittain melko paljon akuutteja fluorimyrkytystapauksia (Shulman & Wells, 1997) , ja ei ole yllättävää, että ne johtuvat pääasiassa suurten määrien fluoridia sisältävän hammastahnan nielemisestä. Laskin juuri äsken, että poikani ei todennäköisesti ollut koskaan yliannostuksen vaarassa, sillä vesi, jota saamme täällä Helsingissä paikalliselta vesilaitokselta Helsingin Vesi , sisältää hyvin vähän fluoria (0,1 mg/l tai 0,1 ppm). Hän harjaa hampaansa kahdesti päivässä ja käyttää joka kerta herneen kokoisen määrän hammastahnaa (noin 0,15 g). Hänen käyttämänsä hammastahna (OralB Stages) sisältää 0,11 % natriumfluoridia (joka vastaa 0,05 %:a fluoridia). Tämä tarkoittaa, että jos hän nielaisi koko hammastahnamääränsä, hän saisi päivittäin 0,15 mg fluoridia. Tämä on 30 % American Dental Associationin 3–6-vuotiaille lapsille, ja se on silti vähemmän kuin 6 kuukauden ja 3 vuoden ikäisille lapsille suositeltu päivittäinen määrä (0,25 mg). En ole kannustanut häntä nielemään hammastahnaa, vaikka sen tekemistä vastaan ei näytä olevan mitään syytä paitsi oma epäjohdonmukaisuuteni vanhempana. Isä ei luultavasti tiedä asiasta, koska hän muuttaa mieltään koko ajan… Mutta luulen, että koska hän pureskelee ksylitoli-purukumia niin innokkaasti, hänen pitäisi pärjätä hyvin ilman suurempaakin fluorimäärää.

WINE-regressiotestaus

Sun, 30 Nov 2008 00:00:00 +0000

Käytän Textco :n Gene Construction Kit -ohjelmaa (versio 2.5) DNA-vektori-karttojen piirtämiseen. Valitettavasti tämä yritys ei välitä Linux-käyttäjistä. Siksi joudun käyttämään WINE:tä Windows-version ajamiseen. Voisin tietenkin käyttää VMware:tä, VirtualBoxia tai Parallelsia, mutta onko se tarpeen vain pienen ohjelman ajamiseksi? Valitettavasti joko Gene Construction Kit (GCK) ei ole koodattu standardien mukaisesti tai WINE ei vieläkään pysty tarjoamaan täyttä yhteensopivuutta, mutta silloin tällöin WINE-päivitys aiheuttaa sen, että ohjelma ei enää toimi. Siksi jouduin turvautumaan regressiotestaukseen löytääkseni version, joka vielä toimii GCK:n kanssa. Tässä on komentoluettelo ja mitä tein:cdmkdir winecvs -z 3 -d :pserver:cvs@cvs.winehq.org:/home/wine checkout wine (salasana 'cvs')cvs update -PAd -D"2007-06-01 CDT"./configuremake dependmakesudo make installEdellä mainitun päivämäärän lähdekoodi on uusin, joka näyttää toimivan.

ADHD:n kaltaista käyttäytymistä aiheuttavien elintarvikevärien ja lisäaineiden E-numerot

Fri, 28 Nov 2008 00:00:00 +0000

On julkaistu tutkimus, jossa käsitellään keinotekoisia väriaineita ja muita elintarvikelisäaineita, jotka vaikuttavat lasten käyttäytymiseen ( McCann, 2007 ), jotka saattavat tehdä siitä ADHD:n kaltaista. Tämä johtuu ehkä kemikaalien vaikutuksesta aivojen kemiaan. Tämä väite ei ole uusi, vaan uutta on tutkimuksen menetelmä (kaksoissokkoutettu, satunnaistettu). Tutustuin juuri tähän artikkeliin ja selvitin vastaavat E-numerot. Valitettavasti tutkimuksessa käytettiin näiden lisäaineiden ”sekoituksia”, joten osa niistä saattaa olla vaarattomia. Tässä on kuitenkin luettelo:

Suklaa ja sipulisiirappi yskän hoitoon

Thu, 27 Nov 2008 00:00:00 +0000

Yskä on hyödyllistä, jos se on tuottavaa, eli jos se poistaa ylimääräistä limaa hengitysteistä. Tuottamaton yskä voi kuitenkin olla ongelmallista, varsinkin kun lapsille ei näytä olevan turvallisia yskälääkkeitä; monet lasten yskän hoitoon tarkoitetut käsikauppalääkkeet on kielletty niiden vakavien sivuvaikutusten vuoksi. Etsiessäni turvallisia vaihtoehtoja löysin yleisesti käytettyjä elintarvikkeita, jotka tehokkaasti hillitsevät yskää ja laajentavat hengitysteitä (suklaa) ja jotka (oletettavasti) auttavat hengitystieinfektioiden hoidossa (hunaja ja sipuli).SuklaaTeobromiinia käytetään tehokkaana yskänlääkkeenä ja keuhkoputkia laajentavana aineena ( Usmani 2005 , Simons 1985 ). Siksi saman yskänvaimennusvaikutuksen pitäisi olla mahdollista saavuttaa nauttimalla kaakaota tai suklaata. Tyypillinen teobromiiniannos on 500–1000 mg (eli noin 10 mg/kg). Kaakaon teobromiinipitoisuus vaihtelee 0,5–2,7 prosentin välillä. Terapeuttisen pitoisuusalueen saavuttamiseksi poikani (16 kg) joutuisi syömään noin 200 mg teobromiinia. Suurin kaakaopitoisuus, jota hän sietää suklaassa, on 85 % (mikä on melko yllättävää, mutta koska en juurikaan syö mitään, jonka kaakaopitoisuus on alle 70 %, hän tottui siihen jo varhain). Joten hänen täytyy syödä noin 10–20 grammaa erittäin tummaa suklaata. Lapset aineenvaihduttavat teobromiinia melko nopeasti, joten vaikutus ei kestä kovin kauan. Poikani on suostunut kokeilemaan tätä, ja se näyttää toimivan.Hunaja-sipulisiirappiToinen keino yskän hoitoon on sipulisiirappi. Otan sipulin. Pidän mieluummin punaisista sipuleista, koska ne eivät ole yhtä pistäviä kuin valkoiset. Leikkaan sen hyvin pieniksi paloiksi (1–2 mm:n pituisiksi kuutioiksi) ja sekoitan ne sitten suunnilleen saman määrän kiteistä, laadukasta hunajaa. Muutaman tunnin kuluttua seos muuttuu nestemäiseksi, kun sokeri imee vettä kasvisoluista (osmoosi). Sitten puristan mehun seoksesta. Yksi sipuli päivässä on suunnilleen oikea annos hengitystieinfektioiden hoitoon. Hunaja ja sipuli sisältävät molemmat antibakteerisia yhdisteitä, mutta en ole löytänyt hyviä tutkimuksia, jotka osoittaisivat tämän seoksen todella auttavan. Toisin kuin suklaa, tämä on kuitenkin vanha, perinteinen resepti yskän hoitoon.

Pakettien uudelleenasennus luettelosta

Fri, 26 Sep 2008 00:00:00 +0000

Kun asennan itselleni uuden tietokoneen (tai teen puhtaan uudelleenasennuksen vanhaan koneeseen), haluan, että tietokoneessa on ohjelmistot, joihin olen tottunut. Tämän prosessin automatisoimiseksi on olemassa erilaisia tapoja. Jos käytät Ubuntu-käyttöjärjestelmää, voit käyttää Ubuntu One -palvelua ohjelmistovalikoimasi synkronointiin useiden eri koneiden välillä (Ubuntu 11.10 Oneiric Ocelot -versiosta alkaen). Jos käytät jotain muuta, asia muuttuu hieman hankalammaksi. Voit luoda luettelon asennetuista paketeista seuraavilla komennoilla ja ladata luettelon myöhemmin asennusta varten:dpkg --get-selections > installed-packages.lstdpkg --set-selections < installed-packages.lstdselectTämä aiheuttaa kuitenkin suuria ongelmia, koska luettelo sisältää KAIKKI paketit, myös laitteistokohtaiset. Itse asiassa olet kiinnostunut vain käyttäjän asentamista ohjelmistoista. Ohjelmistojen uudelleenlataamiseen samalle (tai identtiselle) koneelle tämä komento toimii hyvin, mutta entä jos haluat käyttää uudella tietokoneella KDE:tä Gnomen sijaan? Haluat silti käyttää samoja ohjelmia, mutta yllä olevat komennot aiheuttavat kaaosta ja saattavat jopa pilata työpöytäkokemuksesi. Valitettavasti en ole löytänyt parempaa ratkaisua kuin avata dpkg:n luoma tekstitiedosto ja poistaa manuaalisesti kaikki rivit, jotka eivät sisällä käyttäjän asentamaa ohjelmistoa (eli suurin osa niistä).

tar-tiedostojen kopiointi SSH:n kautta

Fri, 26 Sep 2008 00:00:00 +0000

tar czv lähdepolku | ssh -l käyttäjätunnus 192.168.0.5 tar xz -C kohdepolku

MySQL-palvelimen uudelleenkäynnistys

Thu, 11 Sep 2008 00:00:00 +0000

MySQL-palvelimeni toimii Ubuntu Hardyn ympäristössä, ja sen jälkeen kun korvasin kaikki MySQL-tiedot toiselta palvelimelta peräisin olevalla varmuuskopiolla, komento ”/etc/init.d/mysql stop” epäonnistuu, koska järjestelmänvalvojan tili ei enää toimi. Joten jouduin luomaan sen uudelleen: GRANT ALL PRIVILEGES ON *.* TO 'debian-sys-maint'@'localhost' IDENTIFIED BY 'password' WITH GRANT OPTION; Salasana löytyy tiedostosta /etc/mysql/debian.cnf.

Lampaat

Sat, 27 Oct 2007 00:00:00 +0000

*Ja muista aina: se, että kaikki tekevät niin, on riittävän hyvä selitys!

Tiedostojen etsiminen find-komennolla

Mon, 24 Sep 2007 00:00:00 +0000

Tiedostojen etsiminen find-komennolla on itse asiassa vaikeampaa kuin sen pitäisi olla. Tämä komento etsii ja listaa koko tiedostojärjestelmän suurimmat tiedostot (yli 200 Mt):find / -type f -size +200000k -exec ls -lh {} \; | awk '{ print $9 ": " $5 }'Sama, mutta yksinkertaisemmalla syntaksilla:find / -size +200M -lsTämä etsii nykyisen hakemiston alla olevat viimeksi muutetut tiedostot:find . -type f -printf '%TY-%Tm-%Td %TT %p\n' | sortJa tämä komento ohjaa find-komennon tulokset toiseen komentoon. Ensin find etsii Quicktime-elokuvia (tiedostotunnisteen .mov perusteella) ja sitten ffmpeg muuntaa ne avi-tiedostoiksi.find . -name '*.mov' -exec sh -c 'ffmpeg -i "$0" -sameq "${0%%.mov}.avi"' {} \;Tämä komento etsii ja listaa kaikki tiedostonimet, jotka sisältävät merkkijonon ‘bitcoin’:find . -name '*bitcoin*' -lsJa tämä komento etsii Quicktime-elokuvat ja poistaa ne:find . -name '*.mov' -exec sh -c 'rm "$0"' {} \;Ja tämä etsii tiedostot, joita on muokattu (luotu tai päivitetty) viimeisten 2 minuutin aikana:find . -cmin 2Tämä etsii roskaa, jonka olet kopioinut Macintoshista ja jota et tarvitse Linuxissa:find . -name '*.DS_Store' -type f -deleteSama juttu tässä:find . -name '._*' -type f -deleteKun olet juurihakemistossa, tämän pitäisi löytää kaikki tiedostot, joiden nimi on ‘syncthing’:find . -name 'syncthing' -lsJa tämä löytää kaikki yli 200 MB:n kokoiset tiedostot /home-hakemistosta:find /home -size +200M -lsEtsi rekursiivisesti kaikki tiedostot, joiden pääte on .gz, ja laske niiden lukumäärä:find . -name '*.gz' | wc -lEtsi rekursiivisesti kaikki tiedostot, joiden pääte EI ole .gz, ja laske niiden lukumäärä:find . -not -name '*.gz' | wc -lKun haluat etsiä rekursiivisesti tekstitiedostojen sisällöstä, sinun on käytettävä grep-komentoa:grep -rnw '/polku/kohdekansioon' -e 'pattern'Kun etsit PDF-tiedostoja, joita on muokattu lokakuussa 2024:sudo find / -type f -name "*.pdf" -newermt "2024-10-01" ! -newermt "2024-11-01" 2>/dev/null

Salattu varmuuskopiointi BackupPC:n, LVM:n ja cryptsetupin avulla

Sat, 22 Sep 2007 00:00:00 +0000

Teen ulkoisia varmuuskopioita BackupPC:n avulla. Tietomäärä kasvaa jatkuvasti, joten joudun lisäämään ajoittain uusia kiintolevyjä. Lisäksi haluan, että tiedot salataan, ainakin sen jälkeen, kun BackupPC-sovellusta ajava järjestelmä on sammutettu. Siksi päätin käyttää loogisen tilanhallinnan (LVM) ja lohkolaitteiden salausta (cryptsetup). Seuraavat vaiheet olivat tarpeen (Ubuntu Feisty -käyttöjärjestelmässä):

cryptsetup LVM:n päällä Ubuntu Feisty -käyttöjärjestelmässä

Thu, 20 Sep 2007 00:00:00 +0000

Halusin salata ”Documents”-kansiot. Kotikansioni sijaitsee loogisella levyllä. Joten vapautin tilaa poistamalla toisen loogisen levyn ja luomalla uuden, joka salataan cryptsetup-komennolla. Tässä ovat komennot:

Sähköposti: siirtyminen Kmailista Evolutioniin

Tue, 17 Jul 2007 00:00:00 +0000

Vaihdoin äskettäin KDE:stä Gnomeen ja samalla KMailista Evolutioniin. Sähköpostiviestien siirtäminen ei ole helppoa, jos olet järjestänyt ne KMailissa useisiin postilaatikoihin. Sinun on valittava kaikki viestit kansiosta, napsautettava hiiren oikealla painikkeella ja tallennettava ne mbox-muodossa. Tämä vaihe on toistettava jokaisen kansion kohdalla. Sen jälkeen voit käyttää Evolutionin tuontitoimintoa (tuonti yhdestä tiedostosta). Jos sinulle sopii, että kaikki tiedostot päätyvät samaan kansioon, voit yhdistää .mbox-tiedostosi, jolloin vältät useiden tiedostojen tuomisen vaivan: cat *.mbox > allmail.mbox

Awstatsin asentaminen Ubuntu Feistyyn

Wed, 27 Jun 2007 00:00:00 +0000

Aloin käyttää awstats-ohjelmaa palvelimellamme sivuston tilastojen laatimiseen. Ubuntu-paketin asentamisen jälkeen minun piti vielä tehdä muutama asia:

Asentaa libnet-ip-perl ja libgeo-ipfree-perl, jotta DNS-merkinnät voidaan yhdistää maihin.Lataa http://www.maxmind.com/download/geoip/api/c/GeoIP-1.4.2.tar.gzhttp://www.maxmind.com/download/geoip/api/perl/Geo-IP-1.27.tar.gzhttp://www.maxmind.com/download/geoip/database/GeoLiteCity.dat.gzhttp://www.maxmind.com/download/geoip/database/GeoIP.dat.gzhttp://www.maxmind.com/download/geoip/database/asnum/GeoIPASNum.dat.gz , jotta voin käyttää GeoIP:n ilmaisia, mutta ei-avoimen lähdekoodin versioita.
Koska käytän virtuaalisia isäntiä (vhosts), laitoin jokaiselle virtuaaliselle isännälle yhden konfiguraatiotiedoston /etc/awstats/ -hakemistoon.
Vhost-kohtaiseen konfiguraatiotiedostoon laitan vain ne ohjeet, jotka eroavat oletuskonfiguraatiotiedostosta /etc/awstats/awstats.conf. Oman virtuaalipalvelimeni (jeltsch.org) osalta nämä ohjeet ovat seuraavat:LogFile="/var/log/apache2/jeltsch.org/access.log"LogFormat=1DNSLookup=1SiteDomain=“jeltsch.org"HostAliases=“ www.jeltsch.org "AllowToUpdateStatsFromBrowser=1AllowFullYearView=3EnableLockForUpdate=1AllowAccessFromWebToAuthenticatedUsersOnly=1AllowAccessFromWebToFollowingAuthenticatedUsers=“jeltsch"DefaultFile=“index.html index.php"LoadPlugin=“geoipfree"Jos haluat käyttää muuta kuin avoimen lähdekoodin GeoIP-ohjelmistoa, korvaa viimeinen rivi seuraavalla:LoadPlugin=“geoip GEOIP_STANDARD /usr/local/share/perl/5.8.8/Geo/IP/GeoIP.dat"LoadPlugin=“geoip_city_maxmind GEOIP_STANDARD /usr/local/share/perl/5.8.8/Geo/IP/GeoLiteCity.dat"LoadPlugin=“geoip_org_maxmind GEOIP_STANDARD /usr/local/share/perl/5.8.8/Geo/IP/GeoIPASNum.dat"Käännä GeoIP-1.4.2-osat INSTALL-tiedoston ohjeiden mukaisesti. Kääntämisen suorittamiseksi joudut todennäköisesti hankkimaan ensin joitakin tarvittavia ohjelmistoja. Suorita komento apt-get install build-essential. Käännä GeoIP-1.27 INSTALL-tiedoston ohjeiden mukaisesti. Pura kolme tietokantaa ja siirrä ne hakemistoon /usr/local/share/perl/5.8.8/Geo/IP/.
Tilastojen suojaamiseksi rajoitan pääsyn vain todennettuihin käyttäjiin. Seuraavat rivit on lisättävä virtuaalipalvelinkohtaisiin Apache-määritystiedostoon /etc/apache2/sites-available/jeltsch.org:<Directory “/usr/lib/cgi-bin”>AllowOverride NoneOptions ExecCGI -MultiViews +SymLinksIfOwnerMatchOrder allow,denyAllow from allAuthType basic #lisätty riviAuthName “cgi-bin restricted” #lisätty riviAuthUserFile /etc/apache2/.htpasswd #lisätty rivi #lisätty riviRequire valid-user #lisätty rivi #lisätty riviSeuraavaksi sinun on luotava tiedosto /etc/apache2/.htpasswd ja lisättävä käyttäjän salasana komennolla:htpasswd -c /etc/apache2/.htpasswd käyttäjätunnus
Nyt kaikki toimii paitsi kuvat, joiden awstats odottaa olevan virtuaalipalvelimen dokumenttijuuren icon-alikansiossa. Loin juuri linkin: ln -s /usr/share/awstats/icon /var/www/jeltsch.org/icon Joissakin Ubuntu-asennuksissa lokitiedostoihin ei pääse käsiksi, ja vaikka muutat käyttöoikeudet muotoon chmod -R 755 /var/log/apache2, lokirotaatioskripti palauttaa ne takaisin entiselleen. Korjaa tämä lukemalla tämä viesti .

Miksi jotkut cron.hourly-kansiossa olevat skriptit eivät suoritu

Sat, 09 Jun 2007 00:00:00 +0000

Koska minulla on hyvin yksinkertainen mp3-soitin, joka toistaa vain ISO-standardin mukaisia mp3-tiedostoja, joudun usein koodaamaan uudelleen podcastit, jotka podcast-latausohjelmani lataa (käytän Amarokia). Loin bash-skriptejä, jotka koodaavat kaikki ladatut MP3-tiedostot uudelleen ja luovat uuden RSS-syötteen sen kansion sisällön perusteella, johon uudelleen koodatut MP3-tiedostot tallennetaan. Skriptejä ei kuitenkaan suoritettu tunnin välein, ja syynä oli niiden nimeäminen (“podcast_downsampling.sh”). Nimien muodolle on melko tiukat säännöt (joita en muista), mutta jos käytät vain a–z-merkkejä, ei pitäisi olla ongelmia. Kun nimesin skriptin uudelleen nimellä ”podcastdownsampling”, kaikki toimi moitteettomasti.

Acrobat Reader 5.07 Linuxille

Sat, 26 May 2007 00:00:00 +0000

Gurulabs tarjoaa Acrobat Reader 5.07:n rpm-paketin Linuxille. Se ei kuitenkaan toiminut koneellani, joten jouduin tyytymään vanhaan lukijaan (eli versioon 4.05). Mutta tänään löysin ratkaisun verkosta: OK, tässä on virheilmoitus: $ /usr/local/Acrobat5/bin/acroread$ Varoitus: merkistöä "UTF-8" ei tueta, käytetään "ISO8859-1".$ KeskeytettyMutta acroread-tiedoston (/usr/local/Acrobat5/bin/acroread) muokkaaminen todella toimii. Lisää rivin: install_dir=/usr/local/Acrobat5/Reader jälkeen nämä kaksi riviä: LANG=Cexport LANG. Muuten, sinulla on oltava pääkäyttäjän oikeudet, jotta voit muokata acroread-tiedostoa.

Binhexed-liitteet ja Mozilla (hexbin, macutils)

Sat, 26 May 2007 00:00:00 +0000

Selvä, yritin tänään avata Cell & Tissue Research -lehteen tarkoitetun käsikirjoituksen lopullisen version. Pomoni lähetti sen minulle sähköpostin liitteenä noin kaksi viikkoa sitten. Käytän Mozilla Mailia ja tallensin liitteen. Open Office ei onnistunut avaamaan sitä. Ilmeisesti pomoni käyttää edelleen Macintosh-binhex-koodausta liitetiedostojen lähettämiseen sähköpostissaan MIME:n sijaan, jotta hän olisi mahdollisimman yhteensopimaton muun maailman kanssa. Onneksi Linuxissa on komentoriviohjelma hexbin, joka muuntaa binhex-koodatun tiedoston luettavaksi muodoksi: hexbin -3 Lymphangio_review_CTR.doc. Näin ainakin teoriassa. Muunnos ei onnistunut, ja sain virheilmoituksen ”unexpected EOF”. Epäilin, että Mozilla oli osasyyllinen, joten käytin pine-ohjelmaa liitteen purkamiseen, ja kas, hexbin onnistui muuntamaan Macintoshin siansaksaa kolmeksi tiedostoksi. Näistä kolmesta eri tiedostosta ainoa käyttökelpoinen osa (Word-asiakirjan tiedot) näkyi nimellä Lymphangio_review_CTR.doc.data. Tästä minun piti vielä poistaa .data-päätte, ja sen jälkeen Open Office pystyi avaamaan tiedoston ilman ongelmia. Vau. Kesti vain kaksi tuntia selvittää kaikki tämä (mukaan lukien pine-ohjelman paikallinen asennus, jotta pääsin sähköpostipalvelimelle SSL-suojatun yhteyden kautta). Minun täytyy vielä selvittää, miksi Mozilla Mail käsittelee binhex-muotoisia liitteitä väärin… Hexbin-apuohjelma sisältyy esimerkiksi macutils-pakettiin (saatavilla Suse- ja RedHat-jakeluille).

BitTorrent

Sat, 26 May 2007 00:00:00 +0000

Asensin tänään uusimman tiedostojen jakeluohjelman: BitTorrentin. Se oli hieman työlästä, sillä minun piti ensin asentaa wxPython. Ja wxPythonin asentamiseksi tarvitsin wxGTK:n. Ilmeisesti RedHat9:lle on olemassa RPM-paketti, mutta lataussivusto oli poissa käytöstä koko päivän, joten hain lähdekoodin wxPythonSrc-2.4.1.2.tar.gz SourceForgesta. Sen jälkeen yritin ladata RedHat9-CD-levyt, sillä tarvitsen puhtaan Linux-asennuksen Adobe Acrobat 5.0.7:n ja Crossover Officen testaamiseen (Acrobat 5 kaatuu heti käynnistyksen jälkeen RedHat9-järjestelmässäni, ja myös Crossover Office näyttää olevan jotenkin vaurioitunut liiallisesta näpertelystä). BitTorrentin sanotaan olevan erittäin nopea. Tähän mennessä latausnopeus on 23 kB/s.

Eri käyttöliittymien vaihtaminen käytön aikana Linuxissa

Sat, 26 May 2007 00:00:00 +0000

Luin, että Windows XP:ssä on ”uusi” ominaisuus, jonka avulla käyttäjät voivat vaihtaa työpöytää kesken käytön. Kirjautumisen sijaan käyttäjä voi siirtää istuntonsa taustalle, jolloin toinen käyttäjä voi kirjautua sisään. Tämä on tietysti erittäin hyödyllistä, jos lataat suuria tiedostoja tai suoritat palveluita etkä halua keskeyttää prosessia. Huomasin, että Linux on pystynyt samaan jo vuosia: kun minulla on GNOME-ympäristössä (tai KDE:ssä; esimerkiksi lmule), ja toinen käyttäjä haluaa käyttää omaa tiliään GNOME-ympäristössä, enkä halua lopettaa omaa graafista istuntoani, vaihdan toiseen (virtuaaliseen) terminaaliin painamalla Ctrl-Alt-F2, ja toinen käyttäjä kirjautuu sisään ja käynnistää x-istunnon (“startx – :1”). RedHat 9:ssä F2:sta käynnistetty uusi X-istunto on aluksi käytettävissä molemmista konsoleista (F2 ja F8). Kun toinen käyttäjä on saanut työnsä valmiiksi, voin palata ongelmitta takaisin omaan GNOME-ympäristööni painamalla Ctrl-Alt-F7 ja jatkaa sitä, mitä olin tekemässä GNOME:ssa.Jos toinen käyttäjä kuitenkin haluaa palata X-istuntoonsa, siihen pääsee vain Ctrl-Alt-F8-näppäinyhdistelmällä. Vaihdettaessa F2-konsoliin saattaa syntyä vaikutelma, että X on kaatunut (mikä ei pidä paikkaansa).Jos Ctrl-Alt-Fx-yhdistelmä ei toimi, olet valinnut väärän näppäimistöasettelun (joka ei ole tarkoitettu X-ikkunasessioihin, vaan komentoriviterminaaliin). Voit vaihtaa oikeaan terminaaliin GNOME-näppäimistöasettelunvaihtimen avulla. GNOME-näppäimistöasettelun vaihtaja on apuohjelma, jonka voit lisätä paneeliisi (napsauta paneelia tyhjää aluetta, Lisää paneeliin, Apuohjelmat, Näppäimistöasettelun vaihtaja). Valitse oikea näppäimistöasettelu napsauttamalla hiiren kakkospainikkeella paneelissa olevaa näppäimistöasettelun vaihtajan kuvaketta, valitse Asetukset ja Lisää. Kun napsautat eri kielten edessä olevaa kolmiota ja sitten maan edessä olevaa kolmiota, näet toisinaan kaksi eri vaihtoehtoa (minun tapauksessani: suomalainen näppäimistöasettelu ja suomalainen xkb-näppäimistöasettelu). Sinun tulee valita xkb-näppäimistöasettelu, muuten Ctrl-Alt-Fx-yhdistelmä ei toimi.

GRUB-käynnistyslataimen (uudelleen)asennus

Sat, 26 May 2007 00:00:00 +0000

Tietokoneessa oli seuraava ongelma: 2 kiintolevyä (hda ja hdb). hda sisältää MBR:n (master boot record) ja Windows 2000 -asennuksen ensimmäisellä osiolla. hdb:llä on Linux (ja sen ensimmäinen osio on käynnistysosio, joka sisältää RedHat 9:n asennusohjelman asentaman GRUB-käynnistysjärjestelmän). BIOSissa voi määrittää käynnistysjärjestykseen vain yhden kiintolevyn, ja se oli hda (luultavasti siksi, että se oli ensimmäisen IDE-ketjun pääasema). Siksi jouduimme käynnistämään Linuxin käynnistyslevykkeeltä (koska levykkeasemalla oli etusija kiintolevyyn nähden). Saadaksemme GRUBin toimimaan teimme seuraavasti:$/sbin/grub (käynnistää grub-komentotulkin)grub> root (hd1,0) (ilmoittaa, mikä on käynnistysosio, johon grub on asennettu)Tiedostojärjestelmän tyyppi on ext2fs, osiotyyppi 0x83 (ilmoittaa, että osio löytyi)grub> find (hd1,0)/grub/stage1(fd0)(hd0,0)(hd1,0)(hd1,1)(hd1,2)(hd1,5)(hd1,6) (tämä komento ei ehkä ole välttämätön, se luettelee ilmeisesti kaikki mahdolliset osiot, joihin GRUB-käynnistyslataaja on voitu asentaa)grub> setup (hd0)Tarkistetaan, onko "/boot/grub/stage1" olemassa… eiTarkistetaan, onko "/grub/stage1" olemassa… kylläTarkistetaan, onko "/grub/stage2" olemassa… kylläTarkistetaan, onko "/grub/e2fs_stage1_5" olemassa… kylläSuoritetaan "embed /grub/e2fs_stage1_5 (hd0)"… 16 sektoria upotettu.onnistuiSuoritetaan "install /grub/stage1 d (hd0) (hd0)1+16 p (hd1,0)/grub/stage2 /grub/grub.conf"… onnistui Valmis. (tämä asentaa käynnistyslataimen ensimmäiselle kiintolevylle, ilmeisesti ei ensimmäiselle osiolle, ehkä MBR:ään?)grub> quit (poistu grub-komentotulkista)emacs /boot/grub/grub.confNyt sinun tarvitsee vain muokata grub-määritystiedostoa. Meidän tiedostomme näyttää tältä:grub.conf, jonka on luonut anacondaHuomaa, että sinun ei tarvitse suorittaa grubia uudelleen tämän tiedoston muutosten jälkeenHUOMAUTUS: Sinulla on /boot-osio. Tämä tarkoittaa, että kaikki ytimen ja initrd:n polut ovat suhteellisia /boot/:iin nähden, esim.root (hd1,0)kernel /vmlinuz-version ro root=/dev/hdb3initrd /initrd-version.imgroot=/dev/hdb1 default=0 timeout=10 splashimage=(hd1,0)/grub/splash.xpm.gztitle Red Hat Linux (2.4.20-19.9)root (hd1,0)kernel /vmlinuz-2.4.20-19.9 ro root=LABEL=/ hdd=ide-scsiinitrd /initrd-2.4.20-19.9.imgtitle Red Hat Linux (2.4.20-18.9)root (hd1,0)kernel /vmlinuz-2.4.20-18.9 ro root=LABEL=/ hdd=ide-scsiinitrd /initrd-2.4.20-18.9.imgtitle Red Hat Linux (2.4.20-13.9)root (hd1,0)kernel /vmlinuz-2.4.20-13.9 ro root=LABEL=/ hdd=ide-scsiinitrd /initrd-2.4.20-13.9.imgtitle Red Hat Linux (2.4.20-9)root (hd1,0)kernel /vmlinuz-2.4.20-9 ro root=LABEL=/ hdd=ide-scsiinitrd /initrd-2.4.20-9.imgtitle Red Hat Linux (2.4.20-8)root (hd1,0)kernel /vmlinuz-2.4.20-8 ro root=LABEL=/ hdd=ide-scsiinitrd /initrd-2.4.20-8.imgtitle Windows 2000rootnoverify (hd0,0)chainloader +1title Floppyrootnoverify (fd0)chainloader +1title Rebootreboottititle Halthalt

Jaetun kansion luominen Linuxissa

Sat, 26 May 2007 00:00:00 +0000

Kun kaksi Linux-käyttäjää haluaa jakaa tiedostoja keskenään, käyttöoikeudet voivat aiheuttaa melkoisen ongelman. Oletusasetuksena vain tiedoston luoja voi lukea ja muokata sitä, vaikka se olisi tallennettu hakemistoon, johon toisella käyttäjällä on pääsy. Minusta näyttää edelleen mahdottomalta ratkaista tätä ongelmaa kokonaan, koska Linux ei voi ”periyttää” oikeuksia uusille tiedostoille niiden päähakemistojen oikeuksien perusteella (muuten: miten Mac OS X on ratkaissut tämän ongelman?). Seuraavat ohjeet luovat jaetun hakemiston, mutta vaativat lisämuokkauksia. Root-käyttäjänä

Joitakin osioiden uudelleenjärjestelyjä Linuxissa

Sat, 26 May 2007 00:00:00 +0000

Linux-asennus on seuraava: /dev/hdb1 100 MB /boot/dev/hdb2 8 MB /home/dev/hdb3 8 MB //dev/hdb4 Laajennettu osio/dev/hdb5 1 GB Linux-swap/dev/hdb6 100 GB NTFSAjatuksena oli käyttää 100 GB:n osiota (/dev/hdb6), joka on alustettu NTFS-tiedostojärjestelmällä (= Windows 2000), suurten tiedostojen tallentamiseen Linuxissa. Linux ei vielä tue NTFS-tiedostojärjestelmiä. Ainoa DOS/Windows-tiedostojärjestelmä, joka on yhteensopiva Linuxin kanssa, on FAT32. Valitettavasti FAT32 on melko tehoton järjestelmä, ja sen osion enimmäiskoko on 32 GB (itse asiassa Windows voi käyttää jopa 127 GB:n FAT-osioita, mutta se ei voi alustaa niitä itse, vaan alustamiseen tarvitaan kolmannen osapuolen apuohjelma). Joka tapauksessa Linux voi lukea ja kirjoittaa vain enintään 32 GB:n FAT-osioille. Lisävaatimuksena on, että /dev/hdb6 tulisi liittää kahteen eri liitäntäpisteeseen. Siksi meidän on jaettava tämä osio kahdeksi pienemmäksi osioksi. Tämä osoittautui mahdottomaksi Linuxissa. Syynä tähän on – kuten niin monien muidenkin surkeiden asioiden kohdalla – Bill Gates. Samalla tavalla kuin päätöksessään, että ”640 KB RAM-muistia riittää kaikille”, hän päätti, että yhdellä fyysisellä kiintolevyllä voi olla vain neljä ensisijaista DOS-tyyppistä osiota. Pian tämä osoittautui liian vähäiseksi, ja siksi otettiin käyttöön kiertotapa: ”laajennetut osiot”. Yksi levyn neljästä ensisijaisesta osiosta voi olla niin sanottu ”laajennettu osio”, joka voi sisältää useita (itse asiassa luullakseni rajattoman määrän) loogisia osioita. Näin ollen yllä olevassa kiintolevyn rakenteessa /dev/hdb:n osio numero 4 (/dev/hdb4) on laajennettu osio. Se sisältää kaksi loogista osiota: /dev/hdb5 ja /dev/hdb6. Ongelma on seuraava: Linux-apuohjelmat cfdisk ja fdisk eivät voi käsitellä näitä kahta loogista osiota erikseen. Jos haluamme jakaa /dev/hdb6:n kahdeksi pienemmäksi osioksi, meidän on ensin poistettava tämä osio ja luotava sen tilalle kaksi uutta. Mutta sekä cfdisk että fdisk voivat poistaa vain /dev/hdb4:n kokonaisuudessaan. Tämä poistaisi Linuxin swap-osion (mikä olisi melkoinen katastrofi, kun käyttöjärjestelmä on käynnissä). Ongelma ratkaistaan seuraavasti: Käynnistä tietokone Windows 2000:ssa, poista 100 GB:n NTFS-osio ja luo sen tilalle kaksi pienempää osiota (/dev/hdb6 ja /dev/hdb7). Ne on alustettava FAT32- tai NTFS-tiedostojärjestelmään, sillä Windows ei tue muita vaihtoehtoja. Jos käytössäsi on Partition Magic 8 tai uudempi versio (mieluiten käynnistyslevykkeellä), voit alustaa nämä kaksi uutta pienempää osiota välittömästi Linux-osioiksi (eli ext2- tai ext3-tiedostojärjestelmään). Käynnistä tietokone uudelleen Linuxissa. Huvittavaa kyllä, kun liitetään Partition Magic 8:lla alustettuja osioita, jo 5 prosenttia tilasta on jo käytössä, vaikka missään ei ole tiedostoja (ainakin näin näyttää Hardware Browser/Hard Drives -apuohjelma). Tämän menetetyn tilan takaisin saamiseksi sinun on alustettava osiot uudelleen Linuxissa komennolla mkfs.ext3 /dev/hdb6. Jos haluat käyttää Linuxin uusinta (ja luultavasti yhtä parhaista) tiedostojärjestelmistä, voit alustaa osiot ReiserFS-tiedostojärjestelmällä (komento: mkfs.reiserfs /dev/hdb6). Käynnistä tietokone uudelleen ja lisää osiot fstab-tiedostoon, jotta ne liitetään automaattisesti käynnistyksen yhteydessä.

Kahden hakemiston vertailu (diff)

Sat, 26 May 2007 00:00:00 +0000

diff -r polku1 polku2

Käynnistystason muuttaminen (inittab, telinit)

Sat, 26 May 2007 00:00:00 +0000

Yleensä oletustason voi muuttaa muokkaamalla tiedostoa /etc/inittab. Joskus kuitenkin käynnistyt tasolle 3 (esimerkiksi valitsemalla GRUB-valikosta ”safe mode”) ja haluat sitten siirtyä tasolle 5. Tämän voi tehdä lennossa komennolla: telinit 5. RedHat 9:ssä riittää, että muutat /etc/inittab-tiedostossa käynnistystason arvoksi 3 (aiemman 5 sijaan), jolloin järjestelmä käynnistyy oletuksena pelkästään komentoriville. Ei X11-graafista kirjautumista jne. Uudemmissa Ubuntu-julkaisuissa tämä ei ilmeisesti enää toimi, vaikka telinit + numero pitäisi edelleen muuttaa käynnistystasoa, mutta ainakin Precise Pangolinissa (12.04) telinit 2–5 ei näytä tekevän mitään. Telinit 1 yrittää sammuttaa koneen, mutta sammutus juuttui puoliväliin, kun testasin sitä. Jos haluat saavuttaa jotain vastaavaa kuin siirtyminen ajotaso 3:een, sinun on sammutettava graafinen käyttöliittymä (eli lopetettava gdm- tai lightdm-prosessi). Ajotasokonsepti näyttää olevan kuollut.

Levykkeet ja Linux

Sat, 26 May 2007 00:00:00 +0000

Siitä lähtien, kun aloin käyttää HTML:ää ja CSS:ää esitysteni luomiseen (OpenOfficen sijaan, joka puolestaan korvasi Microsoft Officen), jopa melko suuret esitykset mahtuvat tavallisille 1,4 Mt:n levykkeille. Niinpä laitoin tyhjän levykkeen asemaan ja alustin sen ext2-tiedostojärjestelmään. Hassua kyllä, graafinen levykkeiden asennusohjelma ei tunnista tiedostojärjestelmää, kun se on asetettu tunnistamaan se automaattisesti. Siksi alustin levykkeen MS-DOS-muotoon, ja sen jälkeen automaattinen tiedostojärjestelmän tunnistus toimi. Outoa…

Levykuvatiedostojen ja salattujen tiedostojärjestelmien/osioiden liittäminen

Sat, 26 May 2007 00:00:00 +0000

Voit tallentaa levyn (tai osion) tiedostoon seuraavalla komennolla: dd if=/dev/hda3 of=file.bin. Tämä komento kirjoittaa hda3-osion kaikki tiedot tiedostoon file.bin.Jos haluat liittää tiedostossa olevan tiedostojärjestelmän, sinun on luotava loopback-laite: losetup /dev/loop0 file.bin. Nyt voit liittää tiedostojärjestelmän tavalliseen tapaan: mount -r -t tiedostojärjestelmätyyppi /dev/loop0 /mnt/kiinnityspiste. Ilmeisesti voidaan yhdistää kaksi viimeistä komentoa yhdeksi:mount -t tiedostojärjestelmätyyppi -o loop ./file.bin /mnt/kiinnityspisteJos haluat salata tiedoston tiedot, joka sisältää kokonaisen tiedostojärjestelmän, asia mutkistuu hieman:sudo mkdir /mnt/secure (luo kiinnityskohta tiedostojärjestelmälle)dd if=/dev/zero of=polku/tiedostoon bs=1k count=409600 (luo tyhjä tiedosto, jonka koko on 400 Mt) sudo /sbin/losetup -e xor /dev/loop0 polku/tiedosto/sbin/mkfs -t ext2 /dev/loop0 409600 (alusta laite ext2-tiedostojärjestelmäksi)sudo mount -t ext2 /dev/loop0 /mnt/secure (kiinnitä laitetiedosto)cd /mnt/securechown käyttäjätunnus . (vaihda tiedostojärjestelmän ylimmän tason hakemiston omistaja)Jos haluat irrottaa tiedostojärjestelmän:sudo umount /dev/loop0Jos haluat poistaa tiedostojärjestelmän, sinun on irrotettava se loop-laitteesta 0: /sbin/losetup -d /dev/loop0Jostain syystä RedHat 9:ssä ei ole DES-tukea, joten toistaiseksi (kunnes korjaan ytimen tai siirryn Suse Linuxiin) käytän nopeampaa, mutta paljon heikompaa XOR-salausta.Suse 9:ssä on sisäänrakennettu vahva salaus, ja se tarjoaa jo asennuksen aikana mahdollisuuden luoda salattu osio. Suse 9 kysyy käynnistyksen aikana salasanaa salatun tiedostojärjestelmän liittämiseksi. Käynnistysprosessi pysähtyy ja odottaa 2 minuuttia ennen jatkamista, jos et kirjoita salasanaa. Voit lyhentää tätä aikaa muokkaamalla tiedostoa /etc/init.d/boot.crypto. Muuta seuraavassa rivissä 120 esimerkiksi arvoon 10: ${TIMEOUT:=120}Jos et ehtinyt syöttää salasanaa käynnistyksen aikana, voit liittää salatun osion seuraavasti:/sbin/losetup -e twofish /dev/loop0 /dev/hda7 mount /dev/loop0 /media/confMuuten: Tiedot salatuista tiedostojärjestelmistä löytyvät tiedostosta /etc/cryptotab.

lmule- ja xmule-ongelmat

Sat, 26 May 2007 00:00:00 +0000

Yhtäkkiä lmule (tai xmule) lakkasi toimimasta. Jostain syystä ~/.lmule/ -kansiossa olevat tiedostot voivat vaurioitua helposti. Poista vain kaikki tiedostot (tai jopa koko kansio), niin ohjelma toimii jälleen. Älä unohda tallentaa tiedostoja Temp- ja Incoming-kansioista! Voit kopioida ne myöhemmin takaisin juuri luotuihin ~/.lmule/Temp- ja ~/.lmule/Incoming-hakemistoihin.

ls-komento

Sat, 26 May 2007 00:00:00 +0000

Olen käyttänyt sitä jo vuosia, mutta en ole juurikaan hyödyntänyt sen ”edistyneitä” asetuksia. Toisin sanoen: ls -t lajittelee hakemiston sisällön muokkauspäivämäärän mukaan. ls -d näyttää hakemistot ilman niiden sisältöä. ls -alh listaa hakemiston koko sisällön pitkässä, ihmiselle luettavassa muodossa (eli tiedostojen koot ilmoitetaan B:inä, K:ina, M:inä tai G:inä eikä tavuina).Käytän -d-vaihtoehtoa useimmiten muodossa: ls -d .*. Tämä näyttää minulle kaikki nykyisessä hakemistossa sijaitsevat ”piilotetut” hakemistot. Jos kirjoittaisin vain ls .*, saisin rekursiivisen luettelon kaikkien piilotettujen hakemistojen koko sisällöstä.

Mac-Linux-yhteydet (netatalk, atalk, Appletalk)

Sat, 26 May 2007 00:00:00 +0000

Yhteyden muodostaminen Macintoshista LinuxiinTein tämän jo jonkin aikaa sitten, mutta kirjaan tämän muistiin: Sinun on asennettava Appletalk-palvelin Linux-koneellesi. Tarvitsemasi paketti on nimeltään netatalk. Kaikki toimi hyvin, minulla oli vain ongelma Appletalk-vyöhykkeiden kanssa. Vaikka asetin atalkd.conf-tiedostossa oletusvyöhykkeeksi “Biomedicum cancerbio” (vyöhyke, johon haluan kuulua), netatalk ohittaa tämän asetuksen palvelun uudelleenkäynnistyksen yhteydessä. Siksi Linux-koneeni päätyy aina oletusvyöhykkeeseen (jota kutsutaan suomeksi “Kadotus”).Atalkd:n on ilmeisesti neuvoteltava vyöhykkeestä jotenkin reitittimen kanssa, mutta miten? Mac-tietokoneet onnistuvat selvästikin pysymään siinä vyöhykkeessä, jonka ne määrittävät Asetuksissa. Ne päätyvät ”Kadotukseen” vain silloin, kun ne eivät määritä vyöhykettä, joten sen pitäisi olla mahdollista myös Linuxissa. Kokeilemalla sain selville, että vyöhykkeen muuttaminen tiedostossa /etc/atalk/atalkd.conf ei toimi. On poistettava oletusmerkintä tiedostosta /etc/atalk/afpd.conf ja korvattava se toisella merkinnällä (Suse 9:ssä sijainti on /etc/netatalk eikä /etc/atalk):"Michael's Linux Box@Biomedicum cancerbio" -transall -uamlist uams_clrtxt.so,uams_dhx.so -nosavepasswordja sitten jaettujen kansioiden määritelmät (tiedostossa AppleVolumes.default):"Public" -uamlist uams_guest.so -loginmesg "Welcome guest!"Netatalkia tarvitaan kuitenkin käytännössä vain vanhemmista Mac-tietokoneista Linuxiin muodostettaviin yhteyksiin. Mac OS X:llä voi käyttää SAMBAa, ja kokemukseni mukaan tiedostojen jakaminen SAMBAN avulla on luotettavampaa kuin netatalkin. Pitkät tiedostonimet (luultavasti yli 31 merkkiä) saivat netatalkin jumittumaan useissa tapauksissa, kun taas SAMBA toimi ongelmitta. Sekä Mac OS X että Linux tukevat yli 31 merkin pituisia tiedostonimiä, mutta ilmeisesti netatalk ei.Yhteyden muodostaminen Linuxista Macintosh-tietokoneeseenTämä riippuu siitä, haluatko muodostaa yhteyden Mac-tietokoneeseen, jossa on OS 9.2 tai vanhempi versio, vai Mac OS X:ään. Jotta voit muodostaa yhteyden Mac-tietokoneeseen, jossa on OS 9.2 tai vanhempi versio, tarvitset afpfs-moduulin. Tätä moduulia ei enää ylläpidetä, ja viimeisin käännös on tehty 2.1-ytimelle. Tämä tarkoittaa, että olet todennäköisesti pulassa, ellet ole todellinen nörtti (tai käytä edelleen 2.1-ytintä). Yhteyden muodostamiseksi Linuxista Mac OS X:ään sinun tulee käyttää SAMBAa. GNOME-ympäristössä riittää, että kirjoitat smb:// Nautilus-selaimen Sijainti-kenttään, ja näet verkossa näkyvät toimialueet, työryhmät ja tietokoneet. Myönnän, että verkon tunnistus on melko hidasta. Joten jos tiedät työryhmän tai verkkotunnuksen nimen (esim. mcbl, kuten minun tapauksessani), kirjoita vain smb://mcbl

Mikä vastaa Windowsin ipconfig /all -komentoa Linuxissa?

Sat, 26 May 2007 00:00:00 +0000

Luulen, että komento /sbin/ifconfig näyttää ainakin IP-osoitteen, laiteosoitteen, aliverkon peitteen ja joitakin muita tietoja. Mutta se ei kerro juuri mitään muusta, kuten DHCP- tai DNS-osoitteista…

Miten Gene Construction Kit -ohjelmaa käytetään Linuxissa?

Sat, 26 May 2007 00:00:00 +0000

On vain muutamia Mac- tai Windows-ohjelmia, joille ei ole hyvää vastinetta Linuxissa. Yksi näistä harvoista on Textcon Gene Construction Kit (GCK). GCK on saatavilla sekä Windowsille että Macille. Sen pitäisi siis olla mahdollista ajaa i86-Linux-koneella Wine-ohjelmiston (eräänlainen emulaattori) avulla. Yritin sitä, mutta epäonnistuin (en tosin yrittänyt kovin kovasti). Luultavasti mikä tahansa Windows-ohjelma voidaan kuitenkin ajaa Linuxissa VMware -ohjelmiston avulla. Valitettavasti VMware on kaupallinen ja kallis (mutta siitä on saatavilla täysin toimiva, ajallisesti rajoitettu demoversio). GCK toimii ongelmitta VMware 4.0:n, W2K:n ja RedHat 9:n alla. Ainoa pettymys VMware:ssä on ”Shared Folders” -vaihtoehto. On paljon parempi jakaa Linuxin kotihakemisto Samban kautta ja saada se automaattisesti kiinnitettynä, kun kirjaudut emuloituun Windows-käyttöjärjestelmään. Onnistuin jopa piilottamaan kotihakemistostani Linux-spesifiset tiedostot, joiden nimi alkaa pisteellä (kuten .mozilla), lisäämällä rivin ”hide dot files = yes” Samba-määritystiedostoon /etc/samba/smb.conf. Vaikka käytän tällä hetkellä VMwarea, aion siirtyä Wineen välttääkseni kaikenlaista Microsoftin koodia.

rio500-0.7-1.i386.rpm toimii RedHat 9:ssä

Sat, 26 May 2007 00:00:00 +0000

Yritin jälleen kääntää rio500-0.8.1:n, mutta tuloksetta. Kääntäminen epäonnistuu ytimen 2.4 alla. Tämä on ratkaisematon ongelma, josta on mainittu keskustelufoorumeilla. Niinpä asensin Rio500-paketin rio500-0.7-1.i386.rpm. Mielenkiintoista kyllä, onnistuin komentoriviltä a) alustamaan sisäisen muistin: rio_format, b) luomaan kansion (mikä on välttämätöntä ennen kappaleen lataamista): rio_add_folder, c) lataamaan mp3-tiedostoja: rio_add_song. Tämä on suuri etu verrattuna surkeaan Windowsin Rioport-käyttöliittymään. Seuraavaksi yritän asentaa Gnome-käyttöliittymän. Kun kuuntelin Rio500:lla ensimmäisiä kappaleita, jotka olin siirtänyt Linuxin alla, ne kuulostivat hyvin hiljaisilta. Kun seuraavaksi koodaan kappaleita, minun pitäisi kokeilla lame-vaihtoehtoa –scale. En kuitenkaan tiedä, mitä argumenttia pitäisi käyttää, jotta ääni vahvistuisi kunnolla.

Samba-asennusten jakaminen (miksi Nautilus ei toimi?) ja SMB-asennusten muuttaminen pysyviksi

Sat, 26 May 2007 00:00:00 +0000

Samba-jakojen liittäminenNautilus-selaimesta on ilmeisesti erittäin helppo muodostaa yhteys Windows-tietokoneisiin (tai pikemminkin tietokoneisiin, joilla on käynnissä smb-palveluita). Ainoa mitä tarvitsee tehdä, on kirjoittaa smb:/// URL-palkkiin, jolloin verkosta haetaan käytettävissä olevat toimialueet, työryhmät ja palvelut. Kun kuitenkin yrittää avata joitakin tiedostoja (esim. kuvia), näkyviin tulee usein virheilmoitus, että kyseisiin tiedostoihin ei pääse käsiksi Samban kautta. Mitä tehdä? Huomasin, että kun liitetään smb-jakotiedostoja, tämä toimii oikein. Jotta voin liittää käyttäjäkansiostani toiselle tietokoneelle, komento on seuraava: sudo mount -t smbfs -o username=michael,password=here_goes_my_password //paula/michael /mnt/smbpaula on toisen tietokoneen NetBIOS-nimi ja michael on jaon nimi.Voit myös määrittää liitetyn tiedostojärjestelmän kaikkien tiedostojen omistajan -o uid=owner-vaihtoehdolla: sudo mount -t smbfs -o username=michael,password=here_goes_my_password -o uid=500 //paula/michael /mnt/smbJos et halua kirjoittaa salasanaasi, voit tallentaa sen tiedostoon esimerkiksi näin:username=susannepassword=0sdf7bja sitten voit viitata tähän “credentials”-tiedostoon:sudo mount -t smbfs -o username=susanne,credentials=/home/susanne/.smbpasswd //patolmac217/susanne /mnt/smbVoit irrottaa aseman seuraavasti:sudo umount /mnt/smbTämä epäonnistuu useimmiten, koska sinulla on todennäköisesti avoimia ikkunoita tai terminaaleja, jotka pitävät yhteyden aktiivisena. Sulje ne ja yritä uudelleen. Voit myös kokeilla komentoa umount -f.SMB-kiinnitysten tekeminen pysyviksiKun kiinnität SMB-jakon, se katoaa järjestelmän uudelleenkäynnistyksen yhteydessä. Jotta se kiinnittyisi automaattisesti järjestelmän käynnistyksen yhteydessä, sinun on luotava uusi merkintä tiedostoon /etc/fstab. Minun tapauksessani esimerkiksi: //paula/michael /mnt/smb smbfs credentials=/home/jeltsch/.smbpasswd 0 0 .smbpasswd-tiedostossa on käyttäjätunnukseni ja salasanani. Ei varmaankaan kovin turvallista, mutta mitä siitä? .smbpasswd-tiedoston pitäisi joka tapauksessa olla vain sinun itsesi luettavissa!

Sticky-bitti, bzip2 ja ohjelmien automaattinen käynnistys kirjautumisen yhteydessä

Sat, 26 May 2007 00:00:00 +0000

Sticky-bitti Mietin edelleen, mitä tarkalleen ottaen tiedostojen käyttöoikeuksien ”sticky-bitti” tekee. Epäilen, että jos sticky-bitti on asetettu hakemistolle ryhmäkentässä (chmod g+s hakemistonimi), käyttöoikeudet periytyvät (eli kaikki kyseisessä hakemistossa ja sen alihakemistoissa uudet tiedostot saavat samat käyttöoikeudet kuin niiden vanhemmat tiedostot). Mutta ehkä olen väärässä, sillä on olemassa vielä se outo “umask”-komento, joka vaikuttaa uusien tiedostojen käyttöoikeuksiin. Minun on selvitettävä, miten tietyn hakemiston (joka jaetaan eri käyttäjien kesken) käyttöoikeudet asetetaan automaattisesti arvoon g+rw.bzip2 ja bunzip2Pura bzip2-tiedosto suorittamalla seuraava komento: bunzip2 tiedostonimi.txt.bz2 (jossa tiedostonimi.txt.bz2 on sen tiedoston nimi, jonka haluat purkaa). Tämän toiminnon tuloksena syntyy tiedosto nimeltä filename.txt. Oletusarvoisesti bunzip2 poistaa tiedoston filename.txt.bz2.Ohjelmien automaattinen käynnistys kirjautumisen yhteydessäKäynnistääkseni ohjelman, esimerkiksi gaimin, automaattisesti kirjautumisen yhteydessä, lisäsin vain seuraavan rivin .bash_profile-tiedostoni loppuun: “gaim &”. En tiedä, onko tämä hyvä tapa toteuttaa asia, mutta se toimii. Tein sitten virheen käynnistämällä vncserverin tällä menetelmällä. Seurauksena oli, että vncserver käynnistyi kirjautumisen yhteydessä. Ja tietenkin .bash_profile-tiedosto suoritettiin vncserverin ensimmäisen xdisplay-istunnon aikana (mikä Red Hat 9:n tapauksessa tapahtuu, kun KDE käynnistyy ikkunanhallintaohjelmana). Tästä istunnosta käsin käynnistyi siis uusi vncserver-instanssi. Tämä toistui, kunnes koneellani oli käynnissä noin 80 vncserveriä ja nopeus hidastui dramaattisesti.

Viini- ja monialatoimisto

Sat, 26 May 2007 00:00:00 +0000

Koska olin kyllästynyt VMwareen (koska se on niin hidas ja vie puolet muististani), käännyin Winen puoleen. Mutta Wine näyttää olevan erittäin vaikea asentaa. Tyypillistä Linuxia. Se toimii kyllä, mutta ellei siihen käytä kokonaista viikkoa, sitä ei saa toimimaan. Siinä vaiheessa apuun tulee Crossover Office -sovellus. Se on vain joukko apusovelluksia, jotka helpottavat Wine-asennusta. Tämä koskee tiettyjä Windows-sovelluksia, eikä suurinta osaa Windows-sovelluksista tueta. Hankin siis Crossover Officen demoversion ja aloitin asennuksen (root-oikeuksilla). Sovellus asennettiin ilman ongelmia. Asennuksen jälkeen käynnistin Crossover Office Setup -sovelluksen. Siitä käsin asennetaan Windows-sovellukset. Halusin kokeilla Microsoft Office XP:tä (koska se on lisensoitu koko yliopistolle). Tein virheen valitsemalla ”Asenna kaikki”. Asennusohjelma pakotti minut asentamaan myös Microsoftin Internet Explorerin ja joukon muuta roskaa. Sitten Office XP:n asennusohjelma lakkasi vastaamasta kesken prosessin. Odotin kaksi tuntia, mutta edistymispalkki ei liikkunut eikä levyllä ollut mitään toimintaa. Joten jouduin keskeyttämään asennuksen ja jättämään jälkeeni sotkun. Toinenkin asennusyritys epäonnistui. Niinpä ajattelin käyttää Windowsin asennuksenpoisto-ohjelmaa. Sekin epäonnistui. Asennuksen poistaminen Crossover Officen sisällä epäonnistui myös. Joten ajattelin poistaa koko Crossover Officen (Crossover Officen bin-kansiossa on asennuksenpoistoskripti, jota ei mainita juuri missään dokumentaatiossa). Se toimi, mutta ilmeisesti ei poistanut kaikkea. Minun piti silti poistaa manuaalisesti useita kansioita, mutta pahinta oli, että Gnome-valikkokohteet eivät poistuneet. Gnome-valikkokohdat ovat melko hankala juttu, koska ne eivät sijaitse yhdessä paikassa. Gnome käyttää jonkinlaista ”virtuaalikansio” (vfolder) -järjestelmää valikoiden luomiseen. Toisin sanoen valikot kootaan lennossa useiden eri paikoissa sijaitsevien XML-tiedostojen perusteella. Mutta luulen, että löysin ne kaikki ja poistin kohdat manuaalisesti. Olin ilmeisesti tehnyt koodausvirheen, sillä tämän jälkeen koko valikko katosi. Virhe oli ilmeisesti ~/.gnome2/vfolders/applications.vfolder-info-tiedostossani. Tietysti minulla ei ollut varmuuskopiota, joten kopioin saman tiedoston hakemistosta /root/.gnome2/vfolders kotihakemistooni. Sen jälkeen asensin Crossover Officen uudelleen ja asensin vain Microsoft Word XP:n, ja se toimi! Valikossa ”Windows Applications/Programs/” näkyi hieno merkintä. Sitten asensin Adobe Photoshop 6.01:n. Asennus sujui ongelmitta, mutta sen jälkeen Microsoft Word -kohta oli kadonnut valikosta. Myöskään kohdassa ”Windows Applications/Programs/Adobe” ei ollut Photoshop-kohtaa. Siellä oli vain ImageReady-kohta. Näyttää siltä, että jokainen uusi asennettu sovellus poistaa aiemmin asennetun sovelluksen valikkokohdat. Hierarkkinen kansiorakenne säilyy kuitenkin ennallaan; vain viimeinen merkintä on kadonnut ja korvautunut pisteellä valikon viimeisessä kansiossa. Muuten Photoshop toimi, sillä sen voi käynnistää ImageReady-ohjelman sisältä. Sekä Office XP että Adobe Photoshop ovat sovelluksia, joita Crossover Office ”tukee”. Nyt yritin asentaa sovelluksen, jota ei tueta, eli Gene Construction Kit 2.5:n (GCK2.5). Ensimmäiseksi Crossover Office ilmoitti, että asennus-CD:llä on piilotiedostoja ja että minun on tehtävä muutoksia fstab-merkintöihin pääkäyttäjänä, jotta nämä tiedostot voidaan lukea. Tein niin ja jatkoin asennusta. Asennus saatiin päätökseen, ja valikossa kohdassa ”Windows Applications/Programs/Gene Construction Kit 2.5” oli valikkokohta nimeltä ”Uninstaller”. Päätin, että Uninstaller-ohjelma oli asennettu GCK2.5-sovelluksen jälkeen, ja poistin sen vuoksi jälkimmäisen valikkokohdan. Vielä kummallisempaa oli, että kirjautuessani ulos ja takaisin sisään jopa Uninstaller-kohta oli kadonnut valikosta. Myös kaikki muut ohjelmakohdat olivat kadonneet. Tajusin, että kaikki valikkokohdat ovat yksittäisiä tiedostoja hakemistossa /home/jeltsch/.gnome2/applications. Niillä on tiedostotunniste .desktop, ja ne ovat XML-tiedostoja, joiden rakenne on suhteellisen yksinkertainen. Yksi esimerkki:> more Internet\ Explorer.desktop[Desktop Entry]Name=Internet ExplorerType=ApplicationComment=Internet ExplorerExec=/opt/cxoffice/bin/wine “C://Program Files//Internet Explorer//IEXPLORE.EXE” X-Created-by=cxoffice Icon=/home/jeltsch/.cxoffice/dotwine/fake_windows/Windows/Icons/9d75_iexplore.-32528.xpm [jeltsch@mcblpc2 applications]$ more CXTree-Windows_Applications-Programs-Internet_Explorer.desktop[Desktop Entry]Name=Internet ExplorerType=ApplicationComment=Internet ExplorerExec=/opt/cxoffice/bin/wine “C://Program Files//Internet Explorer//IEXPLORE.EXE” X-Created-by=cxoffice Icon=/home/jeltsch/.cxoffice/dotwine/fake_windows/Windows/Icons/9d75_iexplore.-32528.xpm Categories=Application;X-cxoffice;X-CXTree-Windows_Applications-Programs;Näyttää siltä, että kaikki Crossover Office -asennusohjelman luomat merkinnät ovat edelleen tässä hakemistossa. Nyt minun täytyy vain selvittää, miksi ne eivät näy. Tietenkin voin käynnistää sovellukset kirjoittamalla Exec-kentän merkinnän komentoriville, mutta se on jotenkin hankalaa. Testatakseni GCK2.5:tä käynnistin sen komentoriviltä, ja se todellakin avautui. Ensin se pyysi asennus-CD:tä (jonkinlainen kopiosuojausmekanismi). Se oli asemassa, mutta jostain syystä minun piti poistaa se ja laittaa se takaisin, jotta se näkyisi. Se toimi hyvin, ja ruutu avautui, johon syötin nimeni ja organisaationi. Mutta sitten se valitti ihmeellisellä tavalla: ”Sovellusta ei voitu käynnistää, koska muistia ei ole tarpeeksi”. Nyt minun on ratkaistava tämä ongelma, koska GCK2.5 on minulle luultavasti tärkein sovellus, jolle ei ole Linux-vastaavaa.

VNC (Virtual Network Computing) SSH:n kautta

Sat, 26 May 2007 00:00:00 +0000

Istun kotona ja haluaisin käyttää työpaikkani Linux-tietokoneen käyttöliittymää. Työpaikkani tietokone, jolla VNC-palvelin toimii (mcblpc2.hi.helsinki.fi), sijaitsee kuitenkin yliopiston palomuurin takana. Ainoa yhteys, jonka voin muodostaa palomuurin läpi, on yliopiston keskuspalvelimien kautta, esimerkiksi vesuri.helsinki.fi. VNC-yhteyden muodostamiseen tarvitsen vain kaksi komentoa: ssh -L 5901:mcblpc2.hi.helsinki.fi:5901 mjeltsch@vesuri.helsinki.fivncviewer localhost:1Yhteyden nopeuttamiseksi voit käyttää pakkausta (auttaa vain, jos yhteys on hidas, esim. modeemiyhteys). Kun käytät VNC:tä ssh:n kautta, vncviewer luulee, että muodostat yhteyden paikalliseen koneeseen, ja valitsee siksi väärän koodauksen. Joten toisen komennon pitäisi oikeastaan olla: vncviewer localhost:1 -compresslevel 0 -encodings "copyrect hextile"Kun suoritat vncserveriä tietokoneella, jolla on oma palomuuri, sinun on pidettävä sshd:tä käynnissä ja avattava ssh-portti (22). Sitten muodostat tunnelin kyseisen tietokoneen SSH-palvelimelta paikallisen tietokoneesi porttiin: ssh -L 5901:remotemachine:5901 käyttäjätunnus@remotemachine vncviewer localhost:1Kun käytät KDE:n työpöydän jakamista Suse 9.0:ssa, jaat fyysisen näytön (:0). Siksi, jos olet kirjautunut ulos, et voi muodostaa yhteyttä työpöydän jakamisen avulla. Sinun on käynnistettävä lisäksi vncserver-instanssi: vncserver Tämä palvelin käyttää oletuksena :1-istuntoa, ja siksi välitettävän portin on oltava 5901 eikä 5900 (kuten ensimmäisessä istunnossa).

VNC-palvelimen käynnistyskäsikirjoitus

Sat, 26 May 2007 00:00:00 +0000

Jos haluat käynnistää VNC-palvelimen automaattisesti palveluna järjestelmän käynnistyksen yhteydessä, tarvitset tämän komentosarjan . Luultavasti voit myös kirjoittaa itse paljon yksinkertaisemman komentosarjan, joka hoitaa saman tehtävän. Itse asiassa sinun on pakko tehdä niin, sillä tämä skripti ei toimi RedHat 9:ssä. Yksinkertaisin shell-skripti on tietysti pelkkä komento “vncserver”… Tämä skripti sijoitetaan kansioon /etc/init.d. Sen jälkeen luot hakemistoon /etc/rc5.d symbolisen linkin, joka osoittaa skriptiin. Hakemisto /etc/rc5.d sisältää joukon linkkejä init.d-tiedostossa oleviin skripteihin, jotka suoritetaan, kun järjestelmä siirtyy ajotasolle 5 (ajotaso 5 on se, jossa graafinen käyttöliittymä ja useat käyttäjät ovat käytössä; se, jota todennäköisesti käytät 95 %:ssa kaikista tapauksista). Muille ajotasoille on omat hakemistonsa (esim. /etc/rc3.d ajotasolle 3 jne.).

Äänilevyjen siirtäminen Rio 500 -mp3-soittimeen Linux-käyttöjärjestelmässä

Sat, 26 May 2007 00:00:00 +0000

Selvä, Macilla se on helpompaa. iTunes on ilmainen ja hoitaa kaiken puolestasi (ja tekee sen hyvin). iTunesin korvaamiseksi tarvitsen Linuxissa ainakin kolme sovellusta :-(

BackupPC (ja Mac OS X)

Fri, 25 May 2007 00:00:00 +0000

BackupPC vaikuttaa olevan hieno sovellus. Paitsi että sen käytön aloittaminen ei ole kovin helppoa. Ladasin tiedoston BackupPC-2.0.0.tar.gz ja asensin sen hakemistoon /usr/local/backuppc. Sen jälkeen suoritin config.pl-komennon ja vastasin kaikkiin kysymyksiin, joihin osasin vastata. Haluan varmuuskopioida tiedostoni toiselle kiintolevylleni /dev/hdb5, joka on alustettu reiserfs-tiedostojärjestelmällä ja liitetty kansioon /mnt/hdb. Konfigurointiskriptin suorittamisen jälkeen hakemistoon /mnt/hdb ilmestyi uusi hakemisto: backuppc, joka sisälsi kuusi muuta hakemistoa: conf, cpool, log, pc, pool ja trash. Muuten, varmuuskopiotietoja ei voi tallentaa smbmount-kiinnityksen avulla (ainakaan helposti). Configure.pl-skripti yrittää muuttaa smbmount-aseman sisällön omistajaa (chown), mikä johtaa Perl-skriptin keskeyttämiseen (tätä voitaisiin muokata ja chown-komento suorittaa manuaalisesti määrittelemällä oikeat uid- ja gid-tunnukset fstab-tiedostossa). Kamppailin tämän kanssa päivän verran (annoin smbmountille jopa fmask=777, dmask=777 ja oikean omistajan/ryhmän), mutta turhaan, sillä ilmeisesti skriptit haluavat suorittaa chown-komennon. Minun täytyy todennäköisesti ratkaista tämä ongelma, sillä minun on tehtävä varmuuskopio verkossa OS X:ää käyttävälle Macintoshille ja siksi minun on käytettävä Sambaa (tai NFS:ää…). Käytän tar-komentoa SSH:n kautta varmuuskopioidakseni asiakaskoneeni (itse asiassa palvelin ja yksi asiakaskoneista ovat minun tapauksessani fyysisesti sama kone). Joka tapauksessa minun on määritettävä SSH. Koska minulla on RH9, kyseessä on OpenSSH (ssh2). Toisella asiakaskoneella on Mac OS X (10.3). Toimii melko hyvin sen jälkeen, kun tajusin, että Mac OS X:n tar-komento ei ole PATH-muuttujassa eikä tavallisessa sijainnissaan, vaan /usr/bin/tar-kansiossa. Tein vain linkin, ja BackupPC toimi: sudo ln -s /usr/bin/tar /bin/tar

GCK2.5:n virheenkorjaus Wine-ympäristössä

Fri, 25 May 2007 00:00:00 +0000

GCK 2.5.9 toimii Wine-ympäristössä (Crossover Office 2.01 -versio). 2.5.9-päivityksen jälkeen virheilmoitusta ”Sovellusta ei voitu käynnistää, koska muistia ei ole tarpeeksi” ei enää näy. GCK käynnistyy ongelmitta ja on osittain käyttökelpoinen. Itse asiassa se näyttää toimivan täysin (mukaan lukien Deluxe-tuonti) yhdellä suurella poikkeuksella: uusia tiedostoja ei voi luoda (ohjelma sulkeutuu, kun valitaan ”File – New”). Tyhjä ikkuna, jossa voi valita luotavan GCK-tiedoston tyypin (sekvenssi, kuvitus jne.), avautuu otsikolla ”New Window”, mutta se ei täyty sisällöllä ja sovellus sulkeutuu.

GCK2.5:n virheenkorjaus Wine-ympäristössä

Fri, 25 May 2007 00:00:00 +0000

Uusi ikkuna, jota ei saada näkyviin, sisältää (kun ohjelmaa ajetaan suoraan W2K:ssa) seuraavan tekstin (sekä valintapainikkeet neljälle eri tiedostotyypille):Valitse tiedostotyyppi Rakenne (Ctrl-C)Kuva (Ctrl-I)Luettelo (Ctrl-L)Geeli (Ctrl-G)Uusi tiedostonimiOKPeruutaEri valintapainikkeisiin liittyvät tekstit näkyvät ensin virheenkorjaustiedostossa seuraavilla riveillä (kuten komennolla ”grep -n ”List” all_output > List_output” jne. määritetään): 3890577 Gel3885836 Illustration3881107 List3876329 ConstructTämä on juuri sillä alueella, jolle ennustimme virheen sijoittuvan. Katsotaanpa nyt, mitä tapahtui vähän ennen ja jälkeen näiden komentojen antamista. Käytettyäni GCK2.5:tä Wine-ympäristössä vielä hetken, huomasin, että on olemassa toinenkin toiminto, joka aiheuttaa ohjelman kaatumisen ilman virheilmoitusta, nimittäin ”find sequence” -toiminto. Myös tässä tapauksessa näyttöön avautuu valintaikkuna, johon käyttäjän on tarkoitus kirjoittaa nukleotidisekvenssi. Ehkä näillä kahdella kaatumisella on jotain yhteistä, mikä voisi auttaa tunnistamaan sen ratkaisevan järjestelmäkutsun, joka saa ohjelman kaatumaan.

Gnome- ja KDE-istuntojen automaattisesti käynnistyvät kohteet

Fri, 25 May 2007 00:00:00 +0000

Aina kun kirjauduin Gnome-istuntoon, useita sovelluksia käynnistyi automaattisesti ilman, että olisin halunnut niiden käynnistyvän (kaksi terminaali-istuntoa ja yksi Nautilus-ikkuna). Niistä pääsee eroon (ainakin luulen niin, katson seuraavalla kirjautumiskerralla) valitsemalla Päävalikko – Asetukset – Lisäasetukset – Istunnot. ”Nykyinen istunto” -välilehdessä voi poistaa ohjelmat, jotka käynnistyvät automaattisesti kirjautumisen yhteydessä, sekä määrittää, missä järjestyksessä automaattisesti käynnistyvät ohjelmat käynnistyvät. KDE:ssä /home/user/.kde/Autostart-kansiossa olevat tiedostot suoritetaan istunnon käynnistyessä. Riittää, että sijoitat .desktop-tiedoston kyseiseen hakemistoon, jotta se suoritetaan automaattisesti.

grep tiedoston sisällön etsimiseen tai rpm -qa -komennon tulosteeseen

Fri, 25 May 2007 00:00:00 +0000

Jos haluat etsiä tietystä hakemistosta (path_to_directory) ja sen kaikista alihakemistoista (-r tarkoittaa rekursiivista hakua) tiedostoja, jotka sisältävät tietyn tekstimerkkijonon, käytä seuraavaa komentoa: grep -r "tekstimerkkijono" hakemistopolkuMyös erittäin hyödyllistä on ohjata toisen prosessin tuloste grep-komentoon putkella. Esimerkiksi haluat tietää, onko tietty rpm-paketti asennettu järjestelmääsi, mutta et muista sen tarkkaa nimeä. Siksi et voi käyttää komentoa “rpm -q pakettinimi”. Tällöin voit pyytää rpm:ltä luettelon kaikista asennetuista paketeista (rpm -qa) ja ohjata tämän tulosteen grep-komentoon, jolloin grep etsii pakettinimestä sen osan, jonka muistat:rpm -qa | grep osajonoEsimerkiksi kun paketti modutils-2.4.22-8 on asennettuna, sinun on kysyttävä rpm:ltä:rpm -q modutils TAI rpm -q modutils-2.4.22, jotta saat vastauksen. Komento rpm -q modutils-2.4 antaisi seuraavan tuloksen: Pakettia modutils-2.4 ei ole asennettu. Jos et siis tiedä paketin tarkkaa nimeä, on turvallisinta etsiä grep-komennolla rpm-komennon tulosteesta jotain, jonka muistat tarkalleen.

Itsepurkautuvat pakatut tiedostot

Fri, 25 May 2007 00:00:00 +0000

Tänään loin itsepurkautuvan, pakatun tiedoston PDF-asiakirjasta (disclosure.pdf). Ensin pakkasin PDF-tiedoston:

bzip2 disclosure.pdf

Sitten luon tekstitiedoston (header.txt), jonka sisältö on seuraava:

Laukaisimien, paneelien jne. sijainti Gnome-ympäristössä

Fri, 25 May 2007 00:00:00 +0000

Tiedostot, jotka määrittelevät Gnome-käyttöliittymän eri kansiot ja painikkeet, ovat jotenkin todella hajallaan ympäriinsä. Tässä on vain muutamia yleisimpiä sijainteja:Paneelin kuvakkeet: ~/.gnome2/panel2.d/default/launchers/ Start Here -kansion sisältö: ~/.gnome2/vfolders/start-here/käyttäjän kotikansio, roskakori ja Start Here: ~/.gnome-desktop/

sudo ei ole tarkoitettu pelkästään sudo-komentoon (tiedostojen suorittamiseen toisena käyttäjänä)

Fri, 25 May 2007 00:00:00 +0000

Jos haluat suorittaa komennon pääkäyttäjän oikeuksilla, käytät yleensä komentoa ”sudo”. Mutta tietenkin voit suorittaa komennon myös minkä tahansa muun käyttäjän oikeuksilla. Esimerkiksi minun täytyy suorittaa varmuuskopiointia varten jokin skripti käyttäjänä ”backuppc”. Silloin kirjoitan vain: sudo -u backuppc /usr/local/backuppc/bin/BackupPC_serverMesg status info. Käyttäjänimen (backuppc) sijaan voi käyttää myös käyttäjätunnusta (uid).

Suse 9

Fri, 25 May 2007 00:00:00 +0000

Siirryin Suse 9:ään. En pysty RedHatin tiedotteista selvittämään, mitä he oikeastaan aikovat. Joten on parempi totutella vaihtoehtoon jo nyt. Siirryin myös Gnome-työpöydästä KDE:hen, ja ainakin Suse 9:ssä pidän KDE:stä enemmän kuin Red Hat 9:n Gnome-työpöydästä.

Ulkoisen kiintolevyn liittäminen tietokoneeseeni (Maxtor One Touch 200 GB, FireWire ja USB 2.0/1.1)

Fri, 25 May 2007 00:00:00 +0000

Kiintolevy oli kytketty Redhat9 Linux -järjestelmään Firewire-liitännän kautta, ja siinä oli reiserfs-tiedostojärjestelmä. Sen oli tarkoitus toimia varmuuskopiointilaitteena, mutta se lakkasi yhtäkkiä toimimasta (järjestelmä ei enää tunnistanut sitä käynnistyksen yhteydessä). Todennäköisesti tämä liittyi jotenkin ulkoiseen USB-Zip-asemaan. Molemmat näkyvät järjestelmälle ilmeisesti SCSI-laitteina, ja zip-asema saattoi (automaattisen asennuksen kautta) olla varannut sda-numeron, joka oli lisätty manuaalisesti tiedostoon /etc/fstab Maxtor-kiintolevyn käyttöönottamiseksi. Tarkistaakseni, onko levyssä itsessään kaikki kunnossa, liitin sen työtietokoneeseeni. Työtietokoneessani ei kuitenkaan ole FireWire-korttia, joten jouduin käyttämään USB-porttia. Tällä ei pitäisi olla merkitystä, sillä sekä USB- että FireWire-liitännät käsitellään tavalla tai toisella SCSI-laitteina.Muokkasin /etc/fstab-tiedostoa vain lisäämällä seuraavan rivin: /dev/sda1 /mnt/usbhd1 reiserfs defaults 1 2 Unohdin aluksi luoda hakemiston /mnt/usbhd1. Siksi asemaa ei kiinnitetty uudelleenkäynnistyksen jälkeen. Tarkistin tilanteen komennolla /sbin/fdisk -l, ja siellä oli seuraava merkintä: /dev/sda1 Windows 95 (tai jotain sinne päin). Hassua kyllä, ReiserFS-tiedostojärjestelmä näkyi FAT-tiedostojärjestelmänä. Muutin /etc/fstab-tiedoston ”reiserfs”-merkinnän muotoon ”vfat” ja loin hakemiston /mnt/usbhd1. Käynnistyksen aikana ilmeni virhe (jotain tyyliin ”FAT-tiedostojärjestelmää ei löytynyt osiolta”). Joten vaihdoin sen takaisin reiserfs:ksi, käynnistin tietokoneen uudelleen, ja ulkoinen asema liitettiin käynnistyksen aikana ilman ongelmia.

Windowsin sulauttaminen pehmeästi

Fri, 25 May 2007 00:00:00 +0000

Minulla on kaksi kiintolevyä, ja niiden osiot ovat seuraavat: hda1 120 GB /dev/hda1 100 MB Linux ext3 /boot /dev/hda2 95 GB Linux ext3 /home /dev/hda3 1 GB Linux swap /dev/hdb4 Laajennettu osio /dev/hdb5 17 GB Linux /hdb1 32 GB /dev/hdb1 100 MB Linux ext3 /boot /dev/hdb2 1 GB Linux swap /dev/hdb3 Laajennettu osio /dev/hdb4 12 GB NTFS Windows 2000 /dev/hdb5 18 GB Linux reiserfs Molemmille käynnistysosioille oli asennettu GRUB (hdb1:llä oli aiemmin vanha Linux Red Hat 7 -asennus). BIOS oli asetettu käyttämään ensimmäistä kiintolevyä (hda1) käynnistykseen. Windows 2000:n käynnistämiseksi tarvitaan ilmeisesti Windowsin kirjoittama MBR (master boot record), joka on ymmärtääkseni eräänlainen piilotettu osio, joka on joka tapauksessa minkä tahansa levyn ensimmäinen osio (kuten hda0). Koska hda1:lle ei ollut koskaan asennettu Windows 2000:ta (se asennettiin koneeseen myöhemmin ja asetettiin BIOSin käynnistysjärjestyksessä ensimmäiseksi), sen MBR:ään ei myöskään ollut kirjoitettu Windows 2000:n kaltaista MBR:ää. Toisella kiintolevyllä (hdb) on Windows-asennus (Linux asennettiin myöhemmin), joten siellä on täytynyt olla toimiva Windows 2000 -tyyppinen MBR. Tuo MBR tuhoutui todennäköisesti jossain vaiheessa. Tämä tuhoutuminen ei tapahtunut ensimmäisen Linux Red Hat 7 -asennuksen aikana, sillä sen jälkeen koneesta pystyi vielä käynnistymään Windows 2000:een GRUB:n kautta. Sen on täytynyt tapahtua myöhemmin jollain tavalla (ehkä GRUB:n päivityksen yhteydessä?). Sitten asensin toisen kiintolevyn, asensin Red Hat 9:n ja tämän asennuksen aikana Red Hat -asennusohjelma asensi toisen grub-asennuksen sen käynnistysosioon, joka sisälsi Windows-merkinnän (kuten määritin Red Hat 9:n asennuksen aikana). Käynnistäminen Windows 2000:een (joka sijaitsi toisella kiintolevyllä) oli edelleen mahdollista. Mutta koska en enää käynnistänyt Windowsia (aloin käyttää VMwarea ja sitten Winea), huomasin vasta äskettäin, että Windows-merkintä grub.conf-tiedostosta oli kadonnut. Näin ollen en enää pystynyt käynnistämään Windowsia. Syötin Windows-merkinnän manuaalisesti, kuten kaikkialla neuvottiin: title Windows 2000 root oververify (hd1,1) chainloader +1 Mutta se ei toiminut. Sain aina virheilmoituksen (Error 13 invalid device). Luulin valinneeni väärän osion ja kokeilin kaikkia mahdollisia osioita (hd1,0):sta (hd1,5):een. Ei vieläkään toiminut. Vaikka virheilmoitukset olivat erilaisia. Osion: /boot (hd1,0) kohdalla: Grubloader-virhe 25linux /home (hd1,1): Virhe 13: virheellinen tai tuettu suoritustiedostomuoto linux swap (hd1,2): Virhe 12: virheellinen laite laajennetun osion merkinnässä (hd1,3): virhettä ei ilmennyt, mutta päädyin toisen kiintolevyn käynnistysosion grub-valikkoon linux / (hd1,4): Virhe 12: virheellinen laite; kaikki muut (korkeammat) osiot, joita ei ollut olemassa (esim. hd1,5): Virhe 12: virheellinen laite. Käynnistin siis tietokoneen Windows 2000 -asennus-CD:llä ja yritin korjata hdb:n MBR:n. Siirryin manuaalisen korjauksen osioon ja kirjoitin fixmbr-komennon. Näkyviin tuli varoitus: ”Tämä toimenpide muuttaa osiotaulua ja voi tehdä kaikki kiintolevyllä olevat tiedot saavuttamattomiksi”. Minulla ei ollut muuta vaihtoehtoa, joten tein sen. Se ei auttanut. Ainakaan paljoa. Yksi asia kuitenkin parani: kun vaihdoin levyjen paikkaa (tein hdb:stä master-levyn ja hda:sta slave-levyn ja annoin BIOSissa käynnistysprioriteetin uudelle master-levylle), pystyin käynnistämään Windows 2000:n. Se oli jo jonkinlainen parannus. En kuitenkaan vieläkään pystynyt käynnistämään Windows 2000:ta grubin kautta. Joten käynnistin tietokoneen uudelleen Windows 2000:n asennus-CD:llä ja suoritin toisen ”vaarallisen” komennon: FIXBOOT. Tämä oli Windows-järjestelmäni loppu. Sen jälkeen en pystynyt käynnistämään Windowsia lainkaan. Sain aina virheilmoituksen: ntldr puuttuu (NT-latausohjelma puuttuu). Pystyin kyllä käyttämään tätä Windows 2000 -asennusta yhdessä VMware:n kanssa, mutta muuten sitä ei ollut mahdollista käynnistää. Microsoftin tietokannan artikkeli 318728 kuvaa monia mahdollisia ratkaisuja ”ntldr puuttuu” -virheeseen, ja kokeilin niitä kaikkia, mutta ilman myönteisiä tuloksia. Microsoft myöntää ilmeisesti, että tätä virhettä ei joissakin tapauksissa voida korjata, sillä viimeinen keino tällaisen tilanteen pelastamiseksi on: ”Suorita Windows 2000:n rinnakkaisasennus ja kopioi palautettavat tiedot Windowsin Resurssienhallinnan avulla”.

Ympäristömuuttujien muuttaminen (env, csh, bash)

Fri, 25 May 2007 00:00:00 +0000

Asensin juuri BackupPC:n. Perl-asennuskomentosarja ilmoittaa, että ympäristömuuttujani LANG on asetettu arvoon en_US.UTF-8, vaikka sen pitäisi olla en_US. Tämä asetus määritetään RedHat 9 Linux -järjestelmässä tiedostossa /etc/sysconfig/i18n. Voit tarkistaa LANG-muuttujan nykyisen arvon kirjoittamalla echo $LANG. Jos haluat muuttaa tai asettaa muuttujan arvoksi en_US, kirjoita LANG=en_US. Voit näyttää kaikki ympäristömuuttujat kirjoittamalla komentoriville env. Jos haluat asettaa ympäristömuuttujan, sinun on tiedettävä, mitä komentotulkkia käytät. Monissa ohjeissa oletetaan edelleen, että käytät csh:ta, mutta arvelen, että sitä käyttää ehkä vain 1 % Linux-käyttäjistä. Esimerkiksi bash-komentotulkissa voit asettaa ympäristömuuttujan DESTDIR arvoksi /usr/local seuraavalla komennolla: export DESTDIR=/usr/local, kun taas csh:ssa kirjoitat DESTDIR = /usr/local.

Crontab-tiedoston muokkaaminen

Thu, 24 May 2007 00:00:00 +0000

Tietokoneellamme on jaettu kansio (/home/shared) sekä käyttäjäryhmä nimeltä ”shared”. Tarkoituksena on, että sijoitamme sinne asioita, joiden pitäisi olla järjestelmän useiden käyttäjien saatavilla (myös kirjoitettavissa). Jos yksi käyttäjä sijoittaa sinne tiedoston, muut voivat lukea sitä, mutta eivät esimerkiksi poistaa sitä. Korjataksemme tämän muokkasimme crontab-tiedostoa niin, että se suorittaa seuraavat kaksi komentoa 5 minuutin välein: chgrp -R shared /home/sharedchmod -R 744 /home/sharedTätä varten muokkasimme (tietysti pääkäyttäjänä) tiedostoa /etc/crontab lisäämällä siihen rivin: */5 * * * * root run-parts /etc/cron.minutelyTämä tarkoittaa, että komento suoritetaan 5 minuutin välein, joka tunti, joka päivä, joka kuukausi, joka arkipäivä run-parts-skripti suoritetaan pääkäyttäjänä (root) ja se ottaa argumenttina kaikki skriptit hakemistosta /etc/cron.minutely (loimme tämän hakemiston uutena jo olemassa olevien /etc/cron.hourly jne. lisäksi). Käynnistimme crond-palvelun (crontab-daemonin) uudelleen graafisen käyttöliittymän kautta (RedHat 9:ssä valikosta Järjestelmäasetukset → Palvelinasetukset → Palvelut).

Lisätietoja GCK2.5:stä Wine-ympäristössä

Thu, 24 May 2007 00:00:00 +0000

Käytettyäni GCK 2.5:tä Wine-ympäristössä olen havainnut lisää virheitä, jotka aiheuttavat ohjelman odottamattoman sulkeutumisen. En ole kuitenkaan käyttänyt CrossOver Officea viime aikoina (koska sen kokeilujakso on päättynyt, eikä pomoni tietenkään suostu käyttämään senttiäkään Linux-ohjelmiin). Käytän siis Suse 9:n mukana tulevaa Wine-oletusasennusta. Kopioin entisestä .cxoffice-hakemistosta väärennetyn Windows-hakemiston. Seuraavat virheet ovat olemassa (ne ilmenevät aina, kun avautuu ikkuna, jossa vaaditaan aakkosnumeeristen arvojen syöttämistä näppäimistöllä): 1. Uuden tiedoston luominen (tiesin tästä jo aiemmin). Mielenkiintoista on, että ohjelman käynnistyessä avautuva (tyhjä) uusi tiedosto voidaan tallentaa ilman ongelmia… 2. Etsi merkkijono (hetken ajan näkyy ”Etsi esiintymä” -ikkuna, minkä jälkeen ohjelma sulkeutuu) 3. Joskus (ei aina), kun valitun sekvenssin väriä muutetaan, ohjelma kaatuu. 4. Ominaisuudet -> Tee alue 5. Kun valitaan sekvenssi ja haetaan tietoja

Mikä tekstieditori sopii Linuxille?

Thu, 24 May 2007 00:00:00 +0000

Olen käyttänyt tähän asti Emacsia (tai Xemacsia), mutta nyt olen alkanut käyttää Nedit . Se vaikuttaa varsin tehokkaalta ja nopealta (vaikka mikään ei pääse lähellekään BBEditia, joka on valitettavasti saatavilla vain Macille).

Muunna PDF-tiedostoksi

Thu, 24 May 2007 00:00:00 +0000

Olin hieman hämmentynyt ps2pdf-muunnosohjelman suhteen. Jotkut väittävät, että se luo poikkeuksetta PDF-tiedostoja, joiden sivukoko on Letter. On kuitenkin olemassa -sPAPERSIZE=a4-komento, jonka pitäisi tuottaa A4-kokoisia PDF-tiedostoja. Se näyttää toimivan. Jos syöttötiedostoina käytetään EPS-tiedostoja, ps2pdf sijoittaa EPS-kuvan suoraan PDF-tiedoston reunaan, jolloin se leikkautuu pois tulostuksen yhteydessä. Tämän korjaamiseen pitäisi löytyä joitakin apuohjelmia.

Ongelma X-työpöydän avaamisessa root-terminaalista

Thu, 24 May 2007 00:00:00 +0000

Red Hat 9:ssä minulle ei ole koskaan käynyt näin, mutta kun työskentelen KDE:ssä tavallisena käyttäjänä ja yritän suorittaa emacs-ohjelmaa terminaalista, johon olen kirjautunut su-komennolla, saan toisinaan seuraavan virheilmoituksen:jeltsch@mcblpc2:~> suPassword:mcblpc2:/home/jeltsch emacs test.txtXlib: yhteys kohteeseen ":0.0" hylättiin palvelimellaXlib: Virheellinen XDM-AUTHORIZATION-1-avain (avaimen vertailu epäonnistui)emacs: Ei voi muodostaa yhteyttä X-palvelimeen :0.0.Tarkista DISPLAY-ympäristömuuttuja tai käytä -d’-parametria.” Käytä myös xhost'-ohjelmaa varmistaaksesi, että se on määritetty sallimaan yhteydet koneeltasi. Jotta root-käyttäjä pääsisi X:ään, sinun on suoritettava seuraava komento: mcblpc2:/home/jeltsch export XAUTHORITY=/home/jeltsch/.Xauthoritymcblpc2:/home/jeltsch emacs test.txtTietenkin voin käyttää emacsia ilman sen graafista käyttöliittymää kirjoittamalla vain:emacs -nw test.txt`

Riosituden käyttö VMware-ympäristössä

Thu, 24 May 2007 00:00:00 +0000

Minun on myönnettävä, ettei rioutils-ohjelmistolle ole olemassa kunnolla toimivaa graafista käyttöliittymää. Tämä tarkoittaa, että jos haluan ladata mp3-tiedostoja Rio500-laitteeseeni Linuxissa, minun on käytettävä komentoriviä (ja jopa komentorivi vaikuttaa olevan jotenkin epävakaa, sillä rpm-paketti on luotu jo jonkin aikaa sitten ja sen kääntäminen epäonnistuu uusimmissa Linux-versioissa (Red Hat 8, 9, Suse 8, 9). Joten käytin aluksi Rioport AudioManager 3:a VMware-ympäristössä. Se on hidas ja käyttöliittymä on surkea (bloatware). Todella hieno korvaava ohjelma Windowsille on Riositude . Se on paljon nopeampi, helppokäyttöisempi eikä vie edes 200 KB levytilaa. Se toimii erinomaisesti VMware-ympäristössä, kunhan käynnistän sen heti Rio500:n liittämisen jälkeen. Muussa tapauksessa Linux ottaa ohjat (luultavasti USB-ytimen moduuli latautuu automaattisesti, kun Rio liitetään). Ytimen moduuli on poistettava manuaalisesti komennolla “sudo /sbin/rmmod rio500”, jotta VMware voi hallita Rioa. Voit tarkistaa ladatut ytimen moduulit komennolla “/sbin/lsmod”. Minun pitäisi jotenkin päästä eroon tästä moduulista, jos haluan käyttää Riositudea ja VMwarea Rio-soittimen ohjaamiseen. Windowsille on tietenkin myös muita ohjelmia, jotka pystyvät samaan, kuten esimerkiksi Rio FXP . Valitettavasti tämä ohjelma ei toiminut meillä Windows XP:ssä. Luettelo Rio-ohjelmistoista löytyy osoitteesta rioworld.org .

RPM:n hallinta

Thu, 24 May 2007 00:00:00 +0000

Esimerkki: Quanta-paketti rpm -q quanta Tarkista, onko Quanta asennettu ja mikä versio siitä on asennettuna rpm -ql quanta Luettele kaikki Quanta-paketin sisältämät tiedostot (ja niiden asennuskohteet) rpm -ivh quanta Asenna Quanta rpm -e quanta Poista (poista asennus) quantarpm -aq | grep quanta Jos et tiedä tarkalleen, mitä etsit, voit luetella kaikki paketit ja etsiä niistä osanimellä.rpm -q -f tiedostonimi Etsi rpm-paketteja, jotka sisältävät tiedostonimen. Hyvä opas rpm-hallintaan: http://www.rpm.org/max-rpm/ .Jos haluat tiedustella RPM-pakettia, jota ei ole asennettu, käytä seuraavaa syntaksia:rpm -qpl --requires quanta.rpm Tämä listaa kaikki vaatimukset ja kaikki paketin sisältämät tiedostot.cat package.rpm | rpm2cpio | pax -r Pura tiedosto RPM-paketista.

Samba-kiinnityksissä ei saa käyttää chown- tai chmod-komentoja

Thu, 24 May 2007 00:00:00 +0000

Tulin siihen tulokseen (toivottavasti oikein), että smbmount-asennuksen tiedostojen ja hakemistojen omistaja-, ryhmä- ja käyttöoikeuksia ei voi muuttaa, ei edes root-käyttäjänä. Siksi kaikki on määritettävä jo liittämisen yhteydessä, esim.: sudo mount -t smbfs -o username=jeltsch,credentials=/home/jeltsch/.smbpasswd5 -o uid=backuppc,gid=users,fmask=644,dmask=755 //patolmac217/jeltsch /mnt/jeltsch@patolmac217.hi.helsinki.fi

Staden 2003b:n asentaminen Suse 9:ään

Thu, 24 May 2007 00:00:00 +0000

Lataa lähdekoodit .
Siirry hakemistoon /usr/local ja vaihda käyttäjäksi su.
tar -xvzf /home/jeltsch/Documents/staden_linux_2003.0b1.tar.gz (jeltsch on käyttäjätunnukseni, joten se on korvattava muiden käyttäjien osalta!!!!)

Työn prioriteetin muuttaminen Linuxissa

Thu, 24 May 2007 00:00:00 +0000

Jos tehtävä on jo käynnissä, käytä komentoa: renice 19 -p 2478. Tämä antaa tehtävälle 2478 (kuten se tunnistetaan komennolla ps -aux) alimman mahdollisen prioriteetin. Komento renice -20 antaisi sille korkeimman prioriteetin. Jos tehtävä ei ole vielä käynnissä, voit suorittaa sen nice +19 amuleto -komennolla (suorita amule alhaisimmalla mahdollisella prioriteetilla) ja nice -20 amule -komennolla (suorita se korkeimmalla prioriteetilla).

Verkkokorttien käynnistäminen ja sammuttaminen

Thu, 24 May 2007 00:00:00 +0000

KÄYNNISTYS: (/usr)/sbin/ifup eth0 (tai eth1) PYSÄYTYS: (/usr)/sbin/ifdown eth0 (tai eth1) TILA: (/usr)/sbin/ifconfig -a

VNC-palvelin (eli KDE Desktop Sharing) Suse 9:ssä

Thu, 24 May 2007 00:00:00 +0000

Suse 9:ssä on sisäänrakennettu VNC-palvelin nimeltä KDE Desktop Sharing (valikossa Järjestelmä -> Etäkäyttö). Sen asetukset voidaan määrittää Ohjauskeskuksessa -> Internet ja verkko. Toisin kuin komentoriviltä käynnistettävä VNC (“vncserver”), tämä työkalu ei käynnistä uutta X-työpöytää, vaan muodostaa yhteyden jo olemassa olevaan X-työpöytään. Sisäänrakennetun KDE Desktop Sharing -toiminnon lisäksi on mahdollista käyttää tavallista vncserver-palvelinta, joka käynnistää omat X-istuntonsa.

VNC-palvelin SUSE 9:ssä

Thu, 24 May 2007 00:00:00 +0000

Yritin käyttää vncserveriä Suse 9:ssä, mutta yllätyksekseni, kun käynnistin sen komennolla ”vncserver” ja yritin muodostaa yhteyden ”vncviewer”-komennolla, näin vain harmaan ruudun ja X-terminaalin. Yritin suorittaa xclock- ja gaim-ohjelmia, ja ne käynnistyivät ongelmitta. Haluaisin kuitenkin pystyä käynnistämään myös KDE:n. Tutkin siis vanhan Red Hat 9 -asennukseni xstartup-tiedostoa (kotikansiossa olevassa .vnc-kansiossa) ja vertasin sitä Suse 9 -asennukseni vastaavaan tiedostoon:Suse 9:!/bin/shxrdb $HOME/.Xresourcesxsetroot -solid greyxterm -geometry 80x24+10+10 -ls -title "$VNCDESKTOP Desktop" &twm &Red Hat 9:!/bin/shRed Hat Linux VNC -istunnon käynnistyskäsikirjoitusunset SESSION_MANAGERexec /etc/X11/xinit/xinitrcSelvitin, että twm on ikkunanhallintaohjelma; se siis korvaa KDE:n tässä yhteydessä. Jos korvaan Suse-skriptin Red Hat -skriptillä, KDE käynnistyy vncserverin käynnistyessä.

Adobe Acrobat 5.0.5 Wine-ympäristössä

Wed, 23 May 2007 00:00:00 +0000

Asensin Acrobat 5:n uudelleen, jotta voisin käyttää sitä Wine-ympäristössä. Se ei toiminut. Syynä näytti jälleen olevan laajennus: DocBox.api. Kun poistin sen, kaikki sujui ongelmitta. Jo aiemminkin (käyttäessäni RedHat 9:ää) minulla oli ollut ongelmia Acrobat-laajennuksen kanssa (tuolloin se oli WebPDF.api). Suurin osa PDF-tiedostojen käsittelystä sujuu helposti Linux-työkaluilla, mutta yksi asia on hankala: jo olemassa olevien PDF-tiedostojen rajaaminen. Siksi tarvitsen Acrobatia.

Apache Mac OS X:ssä

Wed, 23 May 2007 00:00:00 +0000

Käytän edelleen yhtä vanhoista Macintosh-tietokoneistamme (sinivalkoinen G3) verkkopalvelimena ( msbl.helsinki.fi ). Olin asettanut pääsyrajoituksia joillekin sivuille, jotka sisältävät luottamuksellisia tietoja. Ja tietenkin unohdin, miten olin ne asettanut. Nyt minun piti selvittää asia, koska halusin lisätä uutta sisältöä. Yleisesti palvelimella pääsyä rajoitetaan hakemistoissa olevien yksittäisten .htaccess-tiedostojen avulla. Omassa käyttäjähakemistossani ( msbl.helsinki.fi/~michael ) vain yksi kansio on pääsyrajoitettu ( msbl.helsinki.fi/~michael/presentations/confidential ). Tämä asetus määritetään Apachen pääasetustiedostossa (/etc/httpd/httpd.conf), ja vain kahdella käyttäjällä (michael ja mcbl) on pääsy seuraavan merkinnän kautta: AuthType Basic AuthName "Confidential" AuthUserFile /Users/michael/.htpasswd require user michael mcbl

CD-levyjen polttaminen komentoriviltä: cdrdao

Wed, 23 May 2007 00:00:00 +0000

K3b näyttää olevan paras graafinen käyttöliittymä CD-levyjen polttamiseen Linuxissa. Mutta tänään se ei onnistunut polttamaan kuvatiedostoa (bin/cue), enkä tiedä miksi. Joten käytin seuraavaa komentoa: cdrdao write --device /dev/cdrecorder --speed 8 filename.cue

find-komennon tulosteen ohjaaminen uuteen komentoon (find, xargs)

Wed, 23 May 2007 00:00:00 +0000

Esimerkiksi kaikkien hakemistojen käyttöoikeuksien muuttaminen: find . -type d -print | xargs /bin/chmod ug+rx Erikoismerkkejä sisältävien hakemistojen nimien käsittely: find . -type d -print0 | xargs -0 /bin/chmod ug+rxJos haluat etsiä kaikki TIF-tiedostot nykyisestä hakemistosta tai sen alihakemistoista ja pakata ne (käyttämällä ImageMagickin “mogrify”-komentoa ja LZW-pakkausta):find . -name '*.tif' -print | xargs mogrify -compress LZW”xargs”-menetelmän lisäksi jotkin komennot (mukaan lukien find) hyväksyvät ”-exec”-argumentin. Seuraava komento etsii nykyisestä hakemistosta kaikki tiedostot, joiden koko on alle 4k, ja poistaa ne:find . -size -4k -exec rm {} \;

GRAMPS ja Suse Linux 9

Wed, 23 May 2007 00:00:00 +0000

Aluksi luulin, ettei GRAMPS-sukututkimusohjelmaa voi mitenkään saada toimimaan Suse 9:ssä. Ilmeisesti Suse:n GNOME-tuki on surkeaa; GRAMPS-kehittäjät jopa sanovat, että Suse:n GNOME-tuessa on useita toimimattomia kohtia. Mutta lopulta löytyi Suse Linux 9:n RPM-paketti, joka toimii (ainakin meillä): http://apt.bygden.nu/SuSE/9.0-i386/RPMS.suser-rbos/gramps-0.98.0-rb1.i586.rpm . Tässä on myös suosikkitapani luoda graafinen raportti GRAMPSista (sinulla on oltava graphviz -paketti asennettuna): Jos haluat luoda PDF-tiedoston:

Hyvä johdanto shell-skriptien kirjoittamiseen

Wed, 23 May 2007 00:00:00 +0000

http://www.freeos.com/guides/lsst

Kiihdytä kiintolevyn pyörimisnopeutta hdparm-komennolla

Wed, 23 May 2007 00:00:00 +0000

Komento, jolla kiintolevy pysäytetään 50 sekunnin (5x10) käyttämättömyyden jälkeen: /sbin/hdparm -S10 /dev/hda

Konquerorin palveluvalikoiden (eli kontekstivalikoiden) luominen

Wed, 23 May 2007 00:00:00 +0000

Konquerorin palvelumenut ovat lisävalintoja, jotka tulevat näkyviin, kun napsautat tiedostoa hiiren oikealla painikkeella Konquerorissa. Ne ovat tiedostotyyppikohtaisia, eli voit määrittää, mitkä vaihtoehdot näytetään sen mukaan, minkä tyyppistä tiedostoa napsautat. Mac-käyttäjät kutsuvat näitä ”kontekstivalikoiksi”. Hyvä opas löytyy osoitteesta https://techbase.kde.org/Development/Tutorials/Creating_Konqueror_Service_MenusIn . Lyhyesti sanottuna: hakemistossa /opt/kde3/share/apps/konqueror/servicemenus on joukko työpöytätiedostoja. Kopioi vain yksi tiedosto, nimeä se uudelleen ja muokkaa sen sisältöä mieleiseksesi. Seuraavassa esimerkissä olen luonut uuden tiedoston (pdfpic.desktop), joka lisää valikkokohdan, joka tulee näkyviin, kun napsautan jpg-tiedostoja hiiren oikealla painikkeella, ja se käynnistää editorin, jolla voin lisätä tai muokata jpeg-tiedoston upotettuja rdf-tietoja (resource description framework). Editori on Java-sovellus, ja %U-merkintä tarkoittaa, että jos useita tiedostoja napsautetaan hiiren oikealla painikkeella samanaikaisesti, ne avataan samassa ohjelma-instanssissa.[Desktop Entry]ServiceTypes=image/jpegActions=openInRdfpic[Desktop Action openInRdfpic]Name=Edit metadataIcon=backgroundExec=/usr/lib/java2/jre/bin/java -jar /usr/local/rdfpic-2.1/rdfpic.jar %U

Kuinka korjata virheellinen X-määritys SUSE 9:n asennuksen aikana

Wed, 23 May 2007 00:00:00 +0000

Ensimmäisen Suse9-asennukseni yhteydessä mokasin X:n. X:n määritysten yhteydessä asennusohjelma ehdotti minulle: vesa 1600x1200@75. Luulin olevani fiksumpi ja valitsin manuaalisen konfiguroinnin sekä valitsin luettelosta Nokia 445Xi -näytön. Sitten järjestelmä yritti siirtyä uuteen tilaan ja tarjosi painikkeita asetusten säätämiseen (keskitys, leveys jne.). Tein niin ja jatkoin asennusta, kun olin tyytyväinen. Kun X:n piti käynnistyä ensimmäistä kertaa, ruudullani näkyi vain teksti ”out of synch”. Tämä korjataan seuraavasti: Käynnistä tietokone uudelleen vikasietotilassa; muuta tiedostossa /boot/grub/menu.lst kohta vga=xxx muotoon vga=normal ja poista ”showopts”-merkintä. Käynnistä tietokone uudelleen vikasietotilassa, vaihda ajotaso 3:een (“init 3”) ja suorita komento sax2 –vesa 0:1024x768@75. Sitten valitsin jälleen Nokia-näytön, mutta en tehnyt säätöjä (keskitin ja skaalasin kuvan vain näytön etupaneelin säätimillä). Ja kaikki toimii jälleen kunnolla.

Kuinka tuoda sekvenssejä SRS:stä GCK2.5:een

Wed, 23 May 2007 00:00:00 +0000

Sekvenssit voi tietenkin tuoda GCK2.5:een suoraan Genbankista. Yleensä kuitenkin käytetään SRS:n kaltaista verkkotyökalua, jolloin sekvenssit näkyvät selaimessa. SRS-versiosta 7 alkaen tuonti tapahtuu seuraavasti: Napsauta hienossa näkymässäsi TALLENNA. Valitse avattavasta valikosta ”Käytä näkymää” vaihtoehto * Täydelliset merkinnät *. Valitse sitten ”Tallenna kohteeseen” Tiedosto (TEKSTI). Valitse kohdasta ”Tallenna nimellä” SAVE TABEL AS ASCII TABLE/TEXT WITH. Napsauta TALLENNA ja tallenna tiedosto jonnekin tiedostotunnisteella .ebl. Valitse sitten GCK2.5:ssä TUO ja valitse tiedosto. Valmis.

Kuvien muokkaus (koon muuttaminen, tiedostomuodon muuntaminen, pakkaaminen) komentoriviltä ImageMagickin avulla (mogrify, convert)

Wed, 23 May 2007 00:00:00 +0000

Muuta kaikkien nykyisessä hakemistossa olevien TIF-kuvien kokoa: mogrify -resize 25% 25% *.tif Muuta kaikkien nykyisessä hakemistossa olevien JPEG-kuvien leveys 614 pikseliksi säilyttäen kuvan kuvasuhteen ennallaan: mogrify -resize 614 *.jpgKuten edellä, mutta muuta korkeus 614 pikseliksi:mogrify -resize x614 *.jpgMuunna kaikki nykyisen hakemiston bmp-kuvat tiff-kuviksi:mogrify -format tiff *.bmpPakkaa kaikki nykyisen hakemiston TIFF-kuvat ZIP-pakkauksella:mogrify -compress ZIP *.tiffYritin muuntaa myös PICT-tiedostoja (Macintoshista), mutta en onnistunut, vaikka ImageMagick näyttää tukevan PICT-tiedostomuotoa. Varmistaakseni, että ImageMagick tunnistaa muunnettavan tiedoston pict-tiedostoksi, käytin tätä komentoa:convert pict:Photo0024.PICT tiff:Photo0002.tifNetpbm-paketissa on myös picttoppm-apuohjelma, mutta se ei enää sisältynyt Suse 9:n käyttämään versioon; en siis voinut testata sitä… Mielenkiintoista on, että PixiePlus pystyy näyttämään pict-tiedostoja – mistä se hakee rutiinit?Jos sinulla on erittäin suuria kuvia, ImageMagickin oletusrajat aiheuttavat virheen (esim. mogrify-im6.q16: leveys tai korkeus ylittää rajan), ja sinun on muokattava tiedostoa /etc/ImageMagick-6/policy.xml!

MP3-tiedostojen äänenvoimakkuuden tai bittinopeuden muuttaminen LAME-ohjelmalla

Wed, 23 May 2007 00:00:00 +0000

Toisinaan mp3-tiedostojen äänitaso on hyvin alhainen. Jos juoksen vilkkaan tien vieressä, en kuule mitään, vaikka äänenvoimakkuus olisi maksimissa. Siksi minun on nostettava mp3-tiedoston äänenvoimakkuutta. Lame-ohjelmalla tämä onnistuu seuraavalla skriptillä: #!/bin/bashwhile [ $# -ge 1 ]; doinfn=$1outfn="${infn%%.mp3}_3x.mp3"echo $outfnlame --mp3input -v --scale=3 $infn $outfnshift 1doneAinoa ongelma on, että tiedostonimet, joissa on välilyöntejä, saavat tämän skriptin kaatumaan. Täytyy keksiä jotain muuta. Myös bittinopeutta voi muokata tällä tavalla:#!/bin/bashwhile [ $# -ge 1 ]; doinfn=$1outfn="${infn%%.mp3}_LQ.mp3"echo $outfnlame --mp3input -V 9 $infn $outfnshift 1done-V 9 on alhaisin bittinopeus/laatu, -V 0 on korkein.

MySQL:n asennus

Wed, 23 May 2007 00:00:00 +0000

Kun olet asentanut Suse 9:n rpm-paketin, suorita seuraavat komennot: sudo /usr/bin/mysql_install_db (Oletustietokantojen ja käyttöoikeuksien luominen. Ilmeisesti sama voidaan tehdä komennolla “sudo rcmysql start”)sudo /usr/bin/mysqld_safe --user=mysql &(Käynnistä palvelin ensimmäistä kertaa)MUISTA ASETTAA SALASANA MySQL:N ROOT-KÄYTTÄJÄLLE! Tämä tehdään seuraavasti: /usr/bin/mysqladmin -u root password 'uusi-salasana' /usr/bin/mysqladmin -u root -h isäntänimi password 'uusi-salasana'Anna kaikki oikeudet root-käyttäjälle ja käyttäjälle:/usr/bin/mysql -u root -p Syötä salasana:Tervetuloa MySQL-monitoriin. Komennot päättyvät merkkiin ; tai \g. MySQL-yhteystunnuksesi on 6, palvelinversio: 4.0.15 Kirjoita 'help;' tai '\h' saadaksesi ohjeita. Kirjoita '\c' tyhjentääksesi puskurin.mysql> GRANT ALL PRIVILEGES ON *.* TO user@localhost IDENTIFIED BY 'Password' WITH GRANT OPTION; Kysely OK, 0 riviä muokattu (0,00 sek)mysql> GRANT ALL PRIVILEGES ON *.* TO user@'%' IDENTIFIED BY 'Password' WITH GRANT OPTION;Kysely OK, 0 riviä muokattu (0,00 sek)mysql> GRANT ALL PRIVILEGES ON *.* TO root@localhost IDENTIFIED BY 'Password' WITH GRANT OPTION; Kysely OK, 0 riviä muokattu (0,00 sek)mysql> GRANT ALL PRIVILEGES ON *.* TO root@'%' IDENTIFIED BY 'Password' WITH GRANT OPTION; Kysely OK, 0 riviä muuttui (0,00 sek) mysql> quit Heippa ``/usr/bin/mysqladmin version (myöhemmin tarvitaan komentoa “/usr/bin/mysqladmin -u root -p version”) /usr/bin/mysqladmin variables (myöhemmin tarvitaan komentoa “/usr/bin/mysqladmin -u root -p variables” tarvitaan)/usr/bin/mysqladmin -u root -p shutdown(voitteko sammuttaa palvelimen?)sudo /usr/bin/mysqld_safe --log &(voitteko käynnistää palvelimen?)ps -A | grep mysql (tarkista, onko palvelinprosessi käynnissä) /usr/bin/mysqlshow -u root -p (näytä kaikki tietokannat) /usr/bin/mysqlshow -u root -p mysql (näytä tietokannan “mysql” taulukot)Jos haluat käynnistää mysql-daemonin järjestelmän käynnistyksen yhteydessä, siirry ajotason muokkaajaan (edistynyt tila) ja vaihda init.d-tiedoston mysql-merkinnän tila

NFS-vienti asennetaan seuraavasti

Wed, 23 May 2007 00:00:00 +0000

sudo mount -t nfs -o rw server:/var/www /webserver tai mount server:/var/www /webserver Kiinnitys voidaan lisätä tiedostoon /etc/fstab, esim.:server:/var/www /webserver nfs rsize=8192,wsize=8192,timeo=14,intr,userTämä ei liitä NFS-vientiä automaattisesti käynnistyksen yhteydessä, mutta kuka tahansa käyttäjä voi liittää sen suorittamalla komennon “mount /webserver”. Huomaa, että jos olet liittänyt toisen tiedostojärjestelmän /var/www-kansion alle (esim. jos säilytät kaikki HTML-tiedot erillisellä osiolla, kuten /var/www/htdocs), nämä eivät ole käytettävissä, ellet vie osion liitäntäpistettä erikseen!

ps2pdf vs. pstill ja PDF-tiedostojen salasanasuojaus

Wed, 23 May 2007 00:00:00 +0000

Lukiessani ps2pdf:stä (joka on pelkkä Ghostscriptin komentoriviliittymä) huomasin, että yksinkertaisesta ulkonäöstään huolimatta ps2pdf:llä on lähes kaikki Acrobat 5:n ominaisuudet. ps2pdf14 tuottaa Acrobat 5 -yhteensopivia tiedostoja. Ohjeiden mukaan vahva salasanasuojaus pitäisi olla mahdollista, mutta en ole koskaan onnistunut siinä. Teoriassa seuraavien komentojen pitäisi toimia: -sOwnerPassword= ja -sUserPassword=. Jotta avaimen pituudeksi saadaan asetettua 128, on käytettävä komentoa ps2pdf14 -dEncryptionR=3 -dKeylength=128Toinen asia, jota en osaa hoitaa helposti ps2pdf:llä, on asiakirjojen rajaaminen.Salasanasuojauksen osalta erittäin hyvä vaihtoehto näyttää olevan PStill ( http://www.pstill.com/ ). Komento: pstill -Muserpassword=testpassword testfile.ps hoitaa asian.

RedHat 8:n käynnistyslevykkeen luominen

Wed, 23 May 2007 00:00:00 +0000

Lataa käynnistyslevykkeen kuva RedHat-sivustolta ja kirjoita se levykkeelle. Levykettä ei saa olla kiinnitettynä kirjoituksen aikana: dd if=boot.img of=/dev/fd0. Tuo komento sopii itse asiassa minkä tahansa levykekuvan kirjoittamiseen levykkeelle.

Ryhmien luominen ja ryhmäjäsenyyden muuttaminen Mac OS X:ssä

Wed, 23 May 2007 00:00:00 +0000

Haluan tallentaa joitakin tiedostoja Macintosh-tietokoneelle (OS 10.2). Niiden pitäisi sijaita Public-kansiossa, mutta vain tietyt henkilöt saavat käyttää niitä (= vain lukuoikeus). Siksi haluaisin luoda uuden ryhmän, jolla on käyttöoikeudet näihin tiedostoihin. Outoa kyllä, group-komentoa ei ole Mac OS X:ssä (chgrp-komento on kuitenkin olemassa). Ladasin User Manager -sovelluksen. OS 10.2:n versio ei kuitenkaan ollut kovin helppokäyttöinen. Siksi käytin NetInfo Manageria. Kopioin olemassa olevan ryhmän, muutin sen nimeksi ”gck” ja tunnusnumeron sekä lisäsin kaksi käyttäjää (jos merkintöjä on useampi kuin yksi, ne on lisättävä suluissa ja pilkuilla erotettuina). Sitten loin kansion Public-kansioon ja muutin sen ryhmäksi ”gck”. Tämän kansion käyttöoikeudet ovat drwxr-x—. Myös tämän kansion sisällä olevat tiedostot kuuluvat kaikki ”gck”-ryhmään, ja niiden käyttöoikeudet ovat -rwxr—–.

Samba-ongelmat (smb, smbadduser, smbpasswd)

Wed, 23 May 2007 00:00:00 +0000

Jos Samba ei toimi luotettavasti, syitä voi olla useita. Minulle on jäänyt sellainen vaikutelma, että YAST korvaa manuaalisesti muokatut asetustiedot (esim. salasana- ja käyttäjätiedostoissa), kun yrität muuttaa asetuksia YAST:n Samba-asennusohjeiden avulla. Seuraavassa on tarkistuslista siltä varalta, että Samba ei jälleen kerran vastaa tai ei näy verkkoympäristössä. Vian syynä voi olla PDC:n sammuminen. Ehkä minun pitäisi asettaa Linux-koneeni PDC:ksi, koska se on aina käynnissä. Joka tapauksessa, vaikka onnistunkin muodostamaan yhteyden W2K:sta (käyttämällä ”liitä verkkoasema” -toimintoa), en pystynyt muodostamaan yhteyttä W98:sta napsauttamalla näkyvää ”Oma tietokone” -kuvaketta MCBL-työryhmässä (”verkkopolkua ei löydy”). MacOSX:ssä tietokonettani ei näkynyt lainkaan (mutta pystyin muodostamaan yhteyden manuaalisella komennolla ”smb://128.214.186.42/homes”). Outoa… Tiedostossa /etc/samba/smb.conf:

SSH-isäntäavaimet

Wed, 23 May 2007 00:00:00 +0000

Kun asennat SSH-palvelimen uudelleen, sinun tulisi säilyttää vanhan järjestelmän SSH-avaintiedostot. Muussa tapauksessa SSH-asiakasohjelmat saavat viestejä tyyliin ”ON MAHDOLLISTA, ETTÄ JOKU TEKEE JOTAKIN PAHAA!”. Jos tiedostoja ei ole säilytetty, asiakkaat voivat tietysti poistaa merkinnät isäntäavaintiedostosta (yleensä /home/user/.ssh/known_hosts). Kun käyttäjä sen jälkeen muodostaa uudelleen yhteyden palvelimeen, uudet, muuttuneet isäntäavaintiedostot lisätään isäntäavaintiedostoon.

SUSE 9:n lisääminen Red Hat 9:ään (kaksi eri jakelua samalla tietokoneella)

Wed, 23 May 2007 00:00:00 +0000

Red Hat 9 on asennettu, ja levyllä on seuraava osiointi: hdd1 /boot (ext3) 100MBhdd2 /home (reiserfs) 7,8 GB hdd3 / (ext3) 7,8 GB hdd4 EXT hdd5 swap 1 GB hdd6 /mnt/documents (reiserfs) 12 GB hdd7 /mnt/music (reiserfs) 90 GBTehtävänä on lisätä toinen Linux-käyttöjärjestelmä (Suse 9) tälle kiintolevylle mitään tuhoamatta. Tämän järjestelmän juuriosion tulisi olla 10 GB. Lisäksi haluan sijoittaa kaikki käyttäjän luomat tiedostot yhdelle osiolle (nykyisin ne ovat kolmella eri osiolla: hdd2, hdd6 ja hdd7). Ensin hankin 200 MB:n ulkoisen USB2/FireWire-kiintolevyn (Maxtor, liitetty nimellä /mnt/sdb1) ja kopioin siihen tiedot levyiltä hdd1, hdd2, hdd6 ja hdd7 komennolla “cp -ax /home /mnt/sdb1” jne. Sitten käynnistin tietokoneen uudelleen Knoppix 3.3 -CD:ltä ja suoritin partimage-komennon pääkäyttäjän terminaalista. Yritin tallentaa juuriosion kuvan suoraan ulkoiselle USB-asemalleni, mutta se ei onnistunut: ohjelma pysähtyi joka kerta jossain vaiheessa prosessia. Tallensin kuvan sitten kansioon /mnt/music, ja se onnistui. Käynnistin tietokoneen uudelleen Red Hat 9:ään ja kopioin kuvan manuaalisesti hakemistosta /mnt/music USB-asemalle (/mnt/sdb1). Koska en luottanut partimage-ohjelmaan, kopioin tiedostojärjestelmän lisäksi manuaalisesti USB-asemalle seuraavilla komennoilla: mkdir /mnt/sdb1/redhat_root cd / find . -xdev -print | cpio -padm /mnt/sdb1/redhat_root Ilmeisesti tämä kopioi kaiken, mukaan lukien erikoistiedostot, kiinnityskohdat jne., säilyttäen kaikki tiedostojen metatiedot. Tämän jälkeen irrotin ulkoisen USB-aseman (varmuuden vuoksi), käynnistin tietokoneen uudelleen Knoppix-käyttöjärjestelmään ja halusin kokeilla QTParted-ohjelmaa. Sen pitäisi pystyä muuttamaan osioiden kokoa. Kirjoitin root-terminaalissa: “qtparted”. En kuitenkaan pystynyt muuttamaan minkään osion kokoa (vaihtoehdot olivat harmaana). Pystyin kuitenkin poistamaan ja luomaan osiot uudelleen (mikä ei auttanut paljoakaan). Päätin siis tehdä puhdistuksen, laitoin Suse 9 -CD:n asemaan ja käynnistin tietokoneen uudelleen Suse 9:n asennusohjelmaan. Valitsin asiantuntijatason osioinnin, poistin kaikki olemassa olevat osiot ja loin seuraavat osiot uudelleen. Varmistin, että käytin hdb3:lle täsmälleen samaa lohkomäärää (1019) kuin hdd3:lle oli käytetty, koska tiesin, että partimage voi palauttaa kuvia vain osioille, jotka ovat täsmälleen samankokoisia tai suurempia:/dev/hdb1 1 8 64228+ 83 Linux (ext3) /boot/dev/hdb2 9 1314 10490445 83 Linux (reiserfs) //dev/hdb3 1315 2333 8185117+ 83 Linux (reiserfs) /redhat/dev/hdb4 2334 14945 101305890 f Win95 Ext'd (LBA)/dev/hdb5 2334 2464 1052226 82 Linux swap/dev/hdb6 2465 14945 100253601 83 Linux (reiserfs) /homeKun asennus oli valmis, käynnistin tietokoneen uudelleen Knoppix-käyttöjärjestelmässä ja yritin palauttaa Red Hat -juuriosion hdb3:lle. Partimage ilmoitti, että osio oli pienempi kuin kuva, joten palautus ei ollut mahdollista. Käynnistin siis tietokoneen uudelleen Suse 9:ään ja kopioin Red Hat 9:n juurijärjestelmän manuaalisesti takaisin hdb3:lle (samalla komentosarjalla, jota käytin kopioidessani sen manuaalisesti USB-asemalle). Sitten muokkasin tiedostoa /redhat/etc/fstab vastaamaan uutta osiointia ja kopioin kaikki tiedostot hakemistosta /boot (mutta en /boot-hakemiston alihakemistoja) uuteen käynnistysosioon (lukuun ottamatta niitä tiedostoja, joilla oli jo vastaavat tiedostot /boot-hakemistossa). Sitten muokkasin tiedostoa /boot/grub/menu.lst lisäämällä siihen rivin Red Hat -asennusta varten:title Red Hat 9 Linuxroot (hd1,0)kernel /vmlinuz-2.4.20-19.9 root=/dev/hdb3initrd /initrd-2.4.20-19.9.imgLuon myös kaksi käyttäjäkansiota /home-hakemistoon (joka aiemmin oli /home-osion kiinnityspiste). Kopioin kuitenkin kaikki piilotiedostot ja -hakemistot (ne, jotka alkavat pisteellä) käyttäjäkansioihin. Sitten yritin käynnistää järjestelmän uudelleen Red Hat 9:ään. Turhaan. Kernel panic. No init found. Try passing init=option to the kernel. Itse asiassa hdb3:n tiedostojärjestelmän tarkistus epäonnistui (superblockia ei löytynyt). Virheilmoituksia on useita, ja tärkeimmät tulevat ensimmäisinä ja nopeasti (eikä niitä näe), kun taas huonot, harhaanjohtavat virheilmoitukset tulevat myöhemmin. Jotain sellaista, että osio pitäisi korjata manuaalisesti. Ja että root-osio on kiinnitetty vain luku -tilassa. Ja että siitä voi tehdä luku-kirjoitus-tilan komennolla ”mount -n -o remount,rw /”. Ja että vain Ctrl-D:llä voi käynnistää järjestelmän uudelleen tässä tilassa. Ilmeisesti aion tehdä juuri niin. Ei kuitenkaan ole mitään vihjettä siitä, mitä komentoa pitäisi käyttää. Useat yritykset tehdä mitään hdb:stä kiinnitettynä epäonnistuivat (jos reiserfs on lukuoikeuksin, sitä ei voi korjata; jos se on luku- ja kirjoitusoikeuksin, sitä ei voi tarkistaa). Joten käynnistän tietokoneen uudelleen Knoppix-ympäristöön ja teen korjauksen sieltä käsin: fsck (joka suorittaa reiserfsck-komennon) ei hoida hommaa: se vain tarkistaa, mutta ei tee mitään korjauksia. Tajusin, että reiserfsck –rebuild-sb /dev/hdb3 -komento korjaa superblokin. Ei vieläkään toimi, joten suoritan tiedostojärjestelmän hitaan ja täydellisen uudelleenrakennuksen alusta alkaen komennolla reiserfsck –rebuild-tree /dev/hdb3. RH9 ei vieläkään käynnisty. Sitten keksin: RH9:n ydin ei ehkä tue reiserfs-tiedostojärjestelmää (tai moduulia ei ole ladattu). Tai (vaihtoehtoisesti) joidenkin erityistiedostojen kopioiminen ext3-osiosta reiserfs-osioon ei ehkä yksinkertaisesti toimi. Joten poistan (Knoppixista) koko hdb3-osion ja luon sen uudelleen ext3-tiedostojärjestelmänä. Kopioin kaikki tiedot takaisin (QTParted valittaa edelleen liian pienestä koosta). Ja lopulta se toimii. Luon kaksi hakemistoa kahdelle käyttäjälle /home-osiolle ja kopioin niihin manuaalisesti vanhojen käyttäjäkansioiden piilottamattomat tiedostot. En kopioi piilotiedostoja. Niitä on paljon, jotka sekoittaisivat Suse-järjestelmän ja tekisivät kirjautumisen mahdottomaksi (olin kokeillut sitä aiemmin). Kirjaudun Suse 9:ään root-käyttäjänä ja luon kaksi käyttäjää, joilla on täsmälleen samat nimet kuin RH9:ssä. Näkyviin tulee varoitus, että hakemisto on jo olemassa ja että sen koko sisältö siirtyy uuden käyttäjän omistukseen. Se on tietysti OK.

Tiettyjen omistusoikeuksien muuttaminen: chmod --from

Wed, 23 May 2007 00:00:00 +0000

Kopioin joukon asetustiedostoja (niitä tiedostoja ja kansioita, joiden nimi alkaa pisteellä) vanhasta RedHat-kotihakemistostani uuteen Suse-asennukseeni. Olin varmuuskopioinut tiedostot root-käyttäjänä, joten niiden omistaja ja ryhmä olivat kaikissa root:root. Jotta voisin muuttaa vain ne tiedostot, joiden omistaja ja ryhmä olivat root:root, omistajaksi ja ryhmäksi jeltsch:users, suoritin kotihakemistostani komennon: sudo chown -R --from=root:root jeltsch:users .*Jos haluat muuttaa järjestelmässä kaikki tiedostot, jotka kuuluvat yhdelle käyttäjälle, voit käyttää komentoa:sudo chown -R --from=käyttäjänimi uusiomistaja /

Uusi iPod (3. sukupolvi) ja Suse Linux 9

Wed, 23 May 2007 00:00:00 +0000

Olen ostanut iPodin. Ja näyttää siltä, että 3. sukupolven iPod eroaa huomattavasti aiemmista malleista. Esimerkiksi tiedostojärjestelmänsä osalta. Aikaisemmissa malleissa HFS+-tiedostojärjestelmän saattoi muuntaa FAT32-tiedostojärjestelmäksi. HFS+ on uuden Mac OS X -käyttöjärjestelmän käyttämä tiedostojärjestelmä. Windows-käyttöjärjestelmä ei pysty lukemaan sitä (ellei hanki kaupallista kolmannen osapuolen ohjelmistoa, kuten MacOpeneria tai MacDrivea). iPodille on olemassa useita Linux-liittymiä, mutta ne kaikki edellyttävät, että iPod liitetään tavallisena massatallennuslaitteena. Suse Linux 9 tukee onneksi HFS+-tiedostojärjestelmiä, vaikka tuki onkin vielä kokeiluvaiheessa. Jotta HFS+-muotoiset tiedostojärjestelmät voidaan liittää, sinun on ladattava hfsplus-ytimen moduuli: sudo /sbin/modprobe hfsplus. Sen jälkeen voit vain kytkeä iPodin. Hetken kuluttua kuulet äänimerkin, joka tarkoittaa, että laite on tunnistettu. Voit selvittää laitteen numeron tarkistamalla järjestelmäviestit: tail -30 /var/log/messages. Koska laitetta käsitellään SCSI-laitteena, sille annetaan todennäköisesti tunnus sda, jos se on ensimmäinen USB- tai FireWire-laitteesi. Jos tietokoneeseesi on jo kytketty USB- tai FireWire-laitteita, laitteelle annetaan ehkä tunnus sdb tai sdc (ja niin edelleen). Luo kiinnityspiste: sudo mkdir /media/ipod Kolmannen sukupolven iPodissa on ilmeisesti kaksi osiota. Ensimmäinen on varmaankin firmware- tai järjestelmäohjelmistolle (sdx1) ja toinen tiedoille (sdx2). Hauskasti, kun yritin liittää sen komennolla sudo mount -t hfsplus /dev/sdc2 /media/ipod, järjestelmä valitti, että laitteessa on jokin vika. Kun kuitenkin yritin: sudo mount -o umask=000 /dev/sdc2 /media/ipod, kaikki sujui ongelmitta. Umask-vaihtoehto on tarpeen, jotta kaikille voidaan myöntää luku- ja kirjoitusoikeudet. Muuten vain root voi kirjoittaa. Asensin gtkpodin siirtääkseni mp3-tiedostoni iPodiin. Saatavilla on jopa Suse 9 rpm .

Vhost-ongelmat RedHat 8:ssa

Wed, 23 May 2007 00:00:00 +0000

Olemme asentaneet ja määrittäneet httpd-2.0.40-11.9:n verkkotunnusrekisteröijämme palvelimelle siten, että verkkotunnukset jeltsch.org, marzidesign.com ja sundayscam.com ohjataan IP-osoitteeseemme (62.18.133.129). Kuitenkin riippumatta siitä, mitä sivustoa selaimellamme pyysimme, ladattiin vhostin jeltsch.org index.html-tiedostot. Aluksi näytti siltä, että selaimen pyynnössä ei ollut mukana palvelimen nimeä. Tällaisissa tapauksissa verkkopalvelin nimittäin palvelee luettelon ensimmäistä vhostia (joka on jeltsch.org). Ongelma oli kuitenkin toinen: vhosts-ohjeiden alla meillä oli seuraava konfiguraatio:NameVirtualHost *:80ServerAdmin webmaster@jeltsch.orgDocumentRoot /var/www/html/vhosts/jeltsch.orgServerName jeltsch.orgServerAlias www.jeltsch.orgErrorLog logs/jeltsch.org-error_logCustomLog logs/jeltsch.org-access_log combinedja sen jälkeen kaikki muut virtuaalipalvelimet. Kun muutimme nämä asetukset seuraaviksi, asiat alkoivat toimia:NameVirtualHost 62.78.133.129ServerAdmin webmaster@jeltsch.orgDocumentRoot /var/www/html/vhosts/jeltsch.orgServerName jeltsch.orgServerAlias www.jeltsch.orgErrorLog logs/jeltsch.org-error_logCustomLog logs/jeltsch.org-access_log combinedTämä ei ole hyvä ratkaisu, sillä se edellyttää, että meidän on muutettava IP-osoitetta httpd.conf-tiedostossa aina, kun dynaamisesti osoitettu IP-osoitteemme muuttuu. Teoriassa *:n pitäisi toimia.

Winen ajaminen aidossa Windows-asennuksessa

Wed, 23 May 2007 00:00:00 +0000

Ajattelin, että Wine saattaisi toimia paremmin aidossa Windows-asennuksessa. Niinpä muutin osioiden kokoa vapauttaakseni noin 8 GB tilaa. Valitettavasti osiointiohjelma ei ollut kovin hyvä, sillä menetin yhden osioistani (sen, johon olin tallentanut kaikki lataukseni…). Päätin siis aloittaa puhtaalta pöydältä ja alustin koko kiintolevyn. Ensin osioin levyn cfdisk-ohjelmalla. Sitten asensin Windows 98:n asennus-CD:ltä FAT32-osioon ja sen jälkeen Windows 2000:n asennus-CD:ltä toiseen FAT32-osioon (halusin asentaa Windows XP:n, mutta asennus-CD ei suostunut käynnistämään tietokonettani). Sen jälkeen asensin Suse 9:n uudelleen ja kopioin kotikansioni takaisin varmuuskopiolevyltäni. Toistaiseksi Wine toimii hyvin (tehtyäni joitakin pieniä säätöjä tiedostossa $home/.wine/config ja liitettyäni Windows 98 -osion komennolla `mount -t vfat -o uid=jeltsch,gid=users,fmask=644,dmask=755 /dev/hda1 /media/win98). Ilman uid-, gis-, fmask- ja dmask-vaihtoehtoja et voi kirjoittaa mitään osiolle.

Macintosh-vakiomuotoisten levyjen (HFS) lukeminen

Tue, 22 May 2007 00:00:00 +0000

Ilmeisesti hfs-muotoiltuja levyjä lukeva ytimen moduuli ei toimi yhtä hyvin kuin hfsplus-muotoiltuja levyjä varten tarkoitettu moduuli. Onnistuin kaatamaan järjestelmäni liittäessäni hfs-muotoiltua CD-levyä. Hyvä vaihtoehto ovat hfs-apuohjelmat (hfsutils). Niille on myös helppokäyttöinen graafinen käyttöliittymä nimeltä xhfsutil. PÄIVITYS (25.12.2023): Minun piti liittää HFS+-muotoiltu osio vuoden 2011 Macbook Pro -tietokoneesta (macOS Sierra) kopioidakseni joitakin tietoja ennen laitteen hävittämistä. Outoa kyllä, Ubuntu 20.04 ei vieläkään pysty automaattisesti liittämään näitä, jos ne on kääritty CoreStorage-taltioon (joka otettiin käyttöön macOS 10.10:ssä). Jotta nämä voidaan liittää, on määritettävä kokorajoitus (lisätietoja osoitteessa https://superuser.com/questions/961401/mounting-hfs-partition-on-arch-linux/1088110#1088110) . Tarkan kokorajan selvittämiseen käytetään testdisk-ohjelmaa. Sinun on selvitettävä osion koko (jonka testdisk ilmoittaa sektoreina). Sektorimäärä on kerrottava sektorikoolla (jonka voit selvittää fdisk-komennolla; se on yleensä 512). Osion liittämiseen käytettävä komento on: mount -t hfsplus -o ro,sizelimit=N /dev/sdXn /mnt

autofs, automount, auto.master ja Samba-resurssien liittäminen

Mon, 21 May 2007 00:00:00 +0000

Ensin lisäsin symbolisen linkin kansioon /etc/init.d/rc5.d/: cd /etc/init.d/rc5.d sudo ln -s ../autofs S21autofs Sitten lisäsin tiedostoon /etc/auto.master-tiedostoon seuraavan rivin:/media/automounts /etc/auto.smbmountsSitten luin tiedoston auto.smbmounts, jonka sisältö oli seuraava:michael_msbl.helsinki.fi -fstype=smbfs,username=michael,password=## ://paula/michael Sitten loin kiinnityskohdan:sudo mkdir /media/automounts/michael_msbl.helsinki.fiSitten käynnistin autofs-daemonin:sudo /etc/init.d/autofs startNyt aina, kun yritetään avata hakemistoa /media/automounts/michael_msbl.helsinki.fi, autofs-daemon liittää smb-jakon automaattisesti ja irrottaa sen tietyn ajan kuluttua, jos sitä ei käytetä.

Hyviä rpm-pakettivarastoja Suse Linux 9:lle

Mon, 21 May 2007 00:00:00 +0000

Voit etsiä nimenomaan SUSE 9:n RPM-paketteja osoitteesta http://rpm.pbone.net/ , mutta on olemassa kaksi hyvää sivustoa, jotka ovat erikoistuneet Suse Linuxin rpm-paketteihin: http://guru.linuxbe.org http://packman.links2linux.de/

Isäntänimen muuttaminen Yast2:lla (DHCP-palvelimen ohittaminen)

Mon, 21 May 2007 00:00:00 +0000

En keksinyt, miten isäntänimeä voi muuttaa. Isäntänimi näkyy esimerkiksi oletuksena (Suse 9) komentokehotteessa, ja useat sovellukset käyttävät sitä. Jos siirrät tietokonetta eri verkkojen välillä, tämä nimi muuttuu, sillä oletusasetuksena (Suse 9) on, että DHCP-palvelin määrittää isäntänimen. Voit kuitenkin ohittaa nämä asetukset Yast2:n avulla: Ohjauskeskus -> Yast2-moduulit -> Verkkolaitteet -> Verkkokortti -> Kirjaudu sisään! -> Muokkaa jo määritettyjä verkkokortteja -> Isäntänimi ja nimipalvelin -> Poista valinta ruudusta ”Vaihda isäntänimi DHCP:n kautta” ja kirjoita haluamasi isäntänimi kenttään. Oletan, että asetusten voimaantuloon tarvitaan uudelleenkäynnistys. Tämä ei kuitenkaan muuta esimerkiksi tietokoneesi nimeä, joka näkyy Windows-verkossa. Jos haluat muuttaa tätä, sinun on lisättävä /etc/samba/smb.conf-tiedostoon seuraavanlainen merkintä: netbios name = “michael-laptop” (Onko tämä oikein?: “"-merkit ovat välttämättömiä, muuten näkyvissä on vain nimen ensimmäinen osa (eli: michael).) Tämä muuttaa nimesi sellaisena kuin se näkyy esimerkiksi selatessasi verkkoa Windows NT -tietokoneelta. MacOS 10.2:n Samba-toteutus näyttää kuitenkin edelleen jonkin yleisen nimen (minun tapauksessani nimen, jonka DHCP-palvelin haluaa antaa minulle: mcblmj-2).

Macintosh-muotoisten (hfs ja hfs+) CD-levyjen kopioiminen Windows XP:ssä Nero Express -ohjelmalla

Mon, 21 May 2007 00:00:00 +0000

Vaikka tavallinen Windows XP Professional -käyttöjärjestelmä ei pysty lukemaan (= liittämään) Macintosh-muotoisia CD-levyjä (ei hfs- eikä hfs+-muotoisia), Nero Express -poltto-ohjelma pystyy kopioimaan tällaisia CD-levyjä!

Missä asiakirjat sijaitsevat?

Mon, 21 May 2007 00:00:00 +0000

Kun asennat Stuffit Expancerin Linuxille, saat paitsi suoritustiedostot myös man-sivut. Laitoin nämä kaksi tiedostoa (nimeltään unstuff ja stuff) seuraavaan hakemistoon: /usr/local/man/man1. Ne ovat nyt käytettävissä, kun kirjoitan: man stuff tai man unstuff.

Reiserfsck ja juuriosion korjaaminen Knoppix-CD:n avulla

Mon, 21 May 2007 00:00:00 +0000

Kun käynnistin kannettavan tietokoneeni tänään, sain seuraavan virheilmoituksen: Fsck epäonnistui. Korjaa virhe manuaalisesti ja käynnistä tietokone uudelleen. Juuritiedostojärjestelmä on tällä hetkellä kiinnitetty vain luku -tilassa. Kiinnitä se uudelleen luku-kirjoitus -tilassa seuraavasti: bash mount -n -o remount,rw / Huomio: Vain CONTROL-D käynnistää järjestelmän uudelleen tässä huoltotilassa. sgutdown- tai reboot-komennot eivät toimi. Anna pääkäyttäjän salasana kirjautuaksesi sisään. Kirjauduin sisään ja suoritin komennon: reiserfsck --fix-fixable /dev/hda7. Näkyviin tuli useita virheilmoituksia, joista viimeisenä oli: reiserfs_open: reiserfs-superblokkia ei löydy kohdasta /. Tiedostojärjestelmän avaaminen epäonnistui.Sitten se ilmoitti jotain siihen suuntaan, että superlohko on vioittunut ja että jos olen varma, että kyseessä on reiserfs-osio, voin rakentaa sen uudelleen komennolla:reiserfsck --rebuild-sbSitten tajusin, että /dev/hda7 on salattu tiedostojärjestelmäni, minkä vuoksi superlohkoa ei löytynyt. Toistin komennon: reiserfsck --fix-fixable /dev/hda6. Ohjelma ilmoitti, että vaihtoehto “–fix-fixable” ohitetaan. En tiedä miksi. Ehkä siksi, että olen liittänyt järjestelmän samalta osiolta, jota aion korjata. Joka tapauksessa alussa näkynyt viesti Juuritiedostojärjestelmä on tällä hetkellä kiinnitetty vain luku -tilassa. Kiinnitä se uudelleen luku-kirjoitus-tilassa seuraavasti: bash mount -n -o remount,rw / houkutteli minua kiinnittämään sen uudelleen luku-kirjoitus-tilassa ja suorittamaan komennon uudelleen. Mutta tulosta ei tullut. Joten käynnistin tietokoneen Knoppix-CD:ltä ja suoritin komennon sieltä. Tiedostojärjestelmä käytiin läpi uudelleen, mutta virheitä ei löytynyt.Sitten muistin, että olin eilen muokannut fstab-tiedostoa lisäämällä siihen: /dev/sda1 /media/firewire reiserfs noauto,user 1 2. Luulin, että noauto-vaihtoehto estää osiolle pääsyn käynnistyksen aikana. Ilmeisesti ei, ja ongelmallinen kohta olivat ne kaksi numeroa lopussa (1 2). Ne määrittävät, tarkistetaanko tiedostojärjestelmä käynnistyksen yhteydessä. Asetin ne arvoon ”0 0” ja yritin käynnistää tietokoneen uudelleen. Voilà, kaikki toimii taas kunnolla. Muussa tapauksessa olisin ehkä yrittänyt rakentaa superblokin uudelleen Knoppixin avulla: reiserfsck --rebuild-sb /dev/hda6

Rio500-ajurit W98:lle ja W2K:lle VMware-ympäristössä

Mon, 21 May 2007 00:00:00 +0000

VMware W2K ja W98 eivät tunnista Rio500-laitettani. Koska en käytä fyysistä levyä, en voi käynnistää tietokonetta uudelleen W2K:ssa tai W98:ssa ja asentaa ajuria sieltä. Tarkistin kuitenkin, mihin ajurit tallentuvat asennuksen aikana W98:ssa: ajuri koostuu kahdesta tiedostosta: riousb.inf ja RioUSB.sys. Riousb.inf-tiedosto tallennetaan kahteen paikkaan: kansioon C:\windows\INF ja (uudella nimellä RioPort.Comriousb.inf) kansioon C:\windows\INF\OTHER. RioUSB.sys-tiedosto tallennetaan kansioon C:\windows\system32\drivers. En voinut tarkistaa, mihin W2K tallentaa ajurit, koska kun yritin käynnistää W2K:n, sain seuraavan virheilmoituksen: Tiedostoa system32\ntoskrnl.exe ei löydy. Asenna uudelleen.

SMB-liitännät fstab-tiedoston kautta vai automaattisesti?

Mon, 21 May 2007 00:00:00 +0000

Minulla on useita tietokoneita, joihin minun täytyy muodostaa yhteys Linux-koneeltani. Verkon selaaminen toimii, mutta on hirveän hidasta, joten haluaisin luoda pikakuvakkeita, joiden avulla voisin yhdellä hiiren napsautuksella liittää tarvitsemani kohteet luettelosta. Aluksi ajattelin muokata fstab-tiedostoa ja lisätä sinne merkintöjä, joiden avulla voisin helposti liittää SMB-jakotiedostoja tavallisena käyttäjänä. Esim.://paula/michael /media/smbmounts smbfs noauto,user,credentials=/home/jeltsch/.smbpasswd1 0 0Tämä toimii, jos liitäntä on liitetty järjestelmän käynnistyksen yhteydessä (ilman “noauto”-merkintää). Jos ”noauto”-merkintä on mukana, smb-resurssia ei liitetä järjestelmän käynnistyksen yhteydessä, vaan se on liitettävä nimenomaisesti seuraavalla komennolla: mount /media/smbmounts fstab-tiedoston ”user”-vaihtoehdon ansiosta jokaisen tavallisen käyttäjän pitäisi pystyä tekemään tämä. Ei kuitenkaan! Ensin minun piti ottaa käyttöön “suid”-oikeus smbmnt-komennolle (se näytti olevan tiedostossa /usr/bin/smbmnt, mutta oli linkitetty linkkiin, joka viittasi tiedostoon /usr/lib/samba/classic/smbmnt:chmod +s /usr/lib/samba/classic/smbmnt Sitten löysin ristiriitaista tietoa siitä, pitääkö kiinnityskohdan (minun tapauksessani /media/smbmounts) olla kiinnittävän käyttäjän omistuksessa vai ei. Varmuuden vuoksi tein niin:chown jeltsch /media/smbmountsSilti sain virheilmoituksen, jota en kyennyt selvittämään, joten päätin käyttää automaattista liittämistä.

Staden 1.4 ja Suse 9

Mon, 21 May 2007 00:00:00 +0000

Asensin tänään uuden Staden-paketin (versio 1.4) Suse 9 -järjestelmääni. Lisäsin rivit: export STADENROOT=/usr/local/staden-linux-rel-1-4 . $STADENROOT/staden.profile ~/.bashrc-tiedostooni.Tämän jälkeen kprinter lakkasi toimimasta ja antoi seuraavan virheilmoituksen: kprinter: /usr/local/staden-linux-rel-1-4/lib/linux-binaries/libstdc++.so.5: versiotietoja ei saatavilla (vaaditaan tiedostossa /opt/kde3/lib/kprinter.so)Ilmeisesti tavanomaista tiedostoa (/usr/lib/libstdc++.so.5) ei enää käytetä, koska staden linux-binary -hakemisto on listattu PATH-muuttujassa aivan alussa ja siten ohittaa kaikki muut merkinnät. Siksi korvasin tiedostot /usr/local/staden-linux-rel-1-4/lib/linux-binaries/libstdc++.so.5 ja libstdc++.so.5.0.1 symbolisilla linkeillä tiedostoon /usr/lib/libstdc++.so.5.0.5:cd /usr/local/staden-linux-rel-1-4/lib/linux-binariessudo ln -s /usr/lib/libstdc++.so.5.0.5 libstdc++.so.5.0.1sudo ln -s /usr/lib/libstdc++.so.5.0.5 libstdc++.so.5Toistaiseksi ainakin tulostus toimii ilman virheilmoituksia, mutta en ole vielä kokeillut Stadenia…

suid ja ohjelmien suorittaminen root-käyttäjänä ilman, että root-salasanaa tarvitsee kirjoittaa

Mon, 21 May 2007 00:00:00 +0000

Jos sinulla on suoritettavia tiedostoja (ohjelmia, skriptejä), joiden suorittaminen vaatii pääkäyttäjän oikeuksia (esim. jotka liittävät jonkin levyn), sinun ei tarvitse kirjoittaa su-salasanaa joka kerta.Voit asettaa kyseiselle tiedostolle suid-oikeuden ja muuttaa sen omistajaksi rootin: chmod u+s tiedostonimi chown root tiedostonimi

Työpöydän merkintöjen nimien muokkaaminen

Mon, 21 May 2007 00:00:00 +0000

Kuinka muuttaa työpöydän kohteiden nimiä (esim. roskakori) Siirry hakemistoon ~/Desktop. Siellä on .desktop-tiedostoja, joita voit muokata. Jos haluat muuttaa hakemistojen nimiä (esim. roskakori), muokkaa piilotettua tiedostoa nimeltä .directory.

Ulkoisen FireWire-ReiserFS-levyn alustaminen ja asennus

Mon, 21 May 2007 00:00:00 +0000

En tiennyt, miten alustamaton kiintolevy alustetaan Linuxissa. Liitin tietokoneeseeni Firewire-kotelon, jossa oli vanha 12 GB:n Macintosh-alustettu kiintolevy. Alustaakseni sen reiserfs-tiedostojärjestelmällä käytin Yast2-ohjelmaa. Minun piti siirtyä asiantuntijatilaan ja kirjoittaa osiotaulukko uudelleen. Tämän toiminnon seurauksena Yast2 lisää merkinnän fstab-tiedostoon, jota muokkasin seuraavasti: /dev/sda1 /media/firewire reiserfs noauto,user 0 0, koska en halua, että se kytkeytyy automaattisesti joka kerta, kun käynnistän tietokoneen. Sen sijaan voin nyt liittää sen manuaalisesti tavallisena käyttäjänä komennolla: mount /media/tmp/Jotta tavalliset käyttäjät (tai kuka tahansa, jolle haluat myöntää käyttöoikeuden) voisivat kirjoittaa levylle, sinun on muutettava kiinnityskohdan omistajuutta ja/tai käyttöoikeuksia:chmod -R a+rwx /media/firewire

Viini ja Adobe Illustrator (AIRes.dll-tiedostoa ei löydy)

Mon, 21 May 2007 00:00:00 +0000

Adobe Illustrator ei suostunut käynnistymään Wine-ympäristössä, koska se ei löytänyt tiedostoa AI90Res.dll. Tämä tiedosto sijaitsee Illustratorin asennuksen jälkeen polussa: ~/.cxoffice/dotwine/fake_windows/Program Files/Adobe/Illustrator 10/Support Files/Contents/Windows/System. Siirsin sen vain yhden hakemiston ylemmäs, ja kaikki alkoi toimia.

VMware ja kannettavien tietokoneiden epätyypilliset näytön tarkkuudet

Mon, 21 May 2007 00:00:00 +0000

Kannettavan tietokoneeni näytön resoluutio on 1280x800. VMware:n grafiikkaohjain ei tue tätä resoluutiota. Windows 98:ssa poistin automaattisen sovituksen valinnan, muutin VMware-ikkunan koon hieman epätavalliseksi, avasin Windowsin rekisterin (Windows 98:ssa se koostuu kolmesta piilotetusta tiedostosta: system.dat, user.dat ja policy.pol) ja muutin Resolution-merkinnän (joka oli jotain 966,558) arvoksi 1280,800. Uudelleenkäynnistyksen jälkeen resoluutio oli kunnossa, kun valitsin koko näytön tilan. Ikkunatilassa resoluutio ei kuitenkaan sopeudu pienempään kokoon, vaan sen sijaan ruudulle ilmestyy vierityspalkit. Windows 98:ssa verkkoyhteydet eivät kuitenkaan halua toimia. Yhteys on olemassa (verkkoselaaminen jne. toimii), mutta aina kun yritän selata lähiverkkoa, saan virheilmoituksen: ”Verkkoa ei voi selata”. Windows 2000:ssa sama temppu resoluution kanssa ei toiminut. Rekisterimerkinnän nimi on myös erilainen: ”Resolution.KVM”. Tuon merkinnän edessä on useita muita merkintöjä, joiden nimessä on sana ”resolution”. Koska ne koostuvat monimutkaisista numerosarjoista, en tiedä miten niitä muokattaisiin. Siksi käytän 1078x768-resoluutiota, vaikka se selvästi näkyy epäselvänä 1280x800-näytölläni. Päivitettyäni VMware 4.5.2:een (build 8848) pystyn säätämään resoluution 1200x800:ksi myös Windows 2000 -vieraskäyttöjärjestelmässä. Koko näytön tilassa kaikki toimii hyvin, mutta kun käytän ikkunatilaa ja valitsen ”sovita vierasjärjestelmä ikkunaan”, asetukset katoavat Windowsin rekisteristä ja minun on muokattava niitä manuaalisesti sekä käynnistettävä tietokone uudelleen, jotta saan koko näytön resoluution takaisin arvoon 1200x800.

VMware ja Samba

Mon, 21 May 2007 00:00:00 +0000

VMware voi aiheuttaa häiriöitä Samban toiminnassa. Jos tietokoneellasi on käynnissä Samba-palvelin ja asennat VMware:n, Samba-palvelin saattaa lakata toimimasta. Voit tarkistaa tämän komennolla: sudo /etc/init.d/smb status. Jos tulos on “dead” ja jos VMware käyttää omaa Samba-palvelintaan (jonka voit tarkistaa komennolla ps -aux etsimällä vmware-smb:n kaltaista merkintää), sinun on suoritettava vmware-config.pl-skripti uudelleen. RedHatissa on helppo tapa estää VMware-Samba-palvelimen käynnistyminen järjestelmän käynnistyksen yhteydessä (Järjestelmäasetukset -> Palvelinasetukset -> Palvelut; pysäytä palvelu ja poista valintaruudun valinta, jos et halua sen käynnistyvän järjestelmän käynnistyessä). Suse 9:ssä suoritan vain vmware-config.pl-skriptin uudelleen. Kun se kysyy jotain seuraavanlaista: haluatko, että vmware määrittää tiedostojen käytön isäntätietokoneelle, sinun tulisi vastata kieltävästi.

VMware-asennusvirhe (libpopt)

Mon, 21 May 2007 00:00:00 +0000

VMware-asennuksen (vmware-config.pl) aikana ilmenevä virheilmoitus johtuu siitä, että Suse 9:ssä on liian uusi paketti pyydettyä kirjastoa varten: /usr/bin/vmware-smbpasswd.bin: virhe jaettujen kirjastojen lataamisessa: libpopt.so.0: jaettua objektitiedostoa ei voi avata: Tällaista tiedostoa tai hakemistoa ei oleSeuraava komento korjaa ongelman:ln -s /usr/lib/libpopt.so.1 /usr/lib/libpopt.so.0

BSPlayer ja vioittuneet DivX-tiedostot

Sun, 20 May 2007 00:00:00 +0000

Minulla on pari naarmuuntunutta CD-levyä, joilla on DivX-videotiedostoja. Sekä VLC että DivX Player eivät pystyneet toistamaan näitä tiedostoja ensimmäisten vioittuneiden ruutujen jälkeen. Ohjelmat yrittivät jatkaa toistoa, mutta koska vaurio oli liian suuri, ne jumittuivat kokonaan. Löysin kuitenkin soittimen, joka selviää suurimmasta osasta näistä ongelmista varsin hyvin: BSPlayer . Se on kuitenkin saatavilla vain Windowsille…

JPG-tiedostojen pikamuokkaus Konquerorissa (jhead, jpegtran)

Sun, 20 May 2007 00:00:00 +0000

Halusin löytää nopean tavan kiertää digikamerallani ottamiani kuvia. Olympus Camedia C-4000 tallentaa EXIF-tietoihin aina kuvan suunnaksi arvon ”1” (joko siinä ei ole suunnantunnistinta tai se on rikki), joten en voi kiertää kuvia automaattisesti komennolla jhead -autorot *.jpg. Siksi loin työpöytätiedoston ~/bin/rotate90clockwise.desktop, jonka sisältö on seuraava:[Desktop Entry] ServiceTypes=image/jpeg Actions=rotate90clockwise [Desktop Action rotate90clockwise] Name=Kierrä 90 astetta myötäpäivään Icon=/opt/kde3/share/icons/crystalsvg/22x22/actions/rotate_cw.png Exec=/usr/bin/jhead -cmd "jpegtran -rot 90 &i > &o" %USitten luin symbolisen linkinsudo ln -sf ~/bin/rotate90clockwise.desktop /opt/kde3/share/apps/konqueror/servicemenus/rotate90clockwise.desktop Nyt kun selaan tiedostoja Konquerorissa, saan jpeg-tiedostoa hiiren oikealla painikkeella napsauttamalla lisävaihtoehdon, jolla voin kiertää sitä. Kierto tapahtuu muuten häviöttömästi, ja EXIF-tiedot säilyvät. Kierron komentoja on myös mahdollista integroida kuvankatseluohjelmistoihin. Esimerkiksi jos seuraava skripti sijaitsee kansiossa ~/bin!/bin/sh jhead -cmd "jpegtran -rot 90 &i > &o" $*voit kutsua sitä GQView-ohjelmasta lisäämällä skriptin nimen johonkin vapaista paikoista ”isoja” kuvankäsittelyohjelmia alempana:Valikon nimi Komentorivi Kierrä myötäpäivään rotate_clockwise %fMuokkaa -> Asetukset -> Käsittelyohjelmat

Levykotelon asennus ja määritys SUSE 9.0:ssa

Sun, 20 May 2007 00:00:00 +0000

libcdaudio libcdaudio-devel (cdaudio.h:ta varten) perl-audio-cd-moduuli levynkannen asetukset: luo kaikki asetustiedostot, muuten tapahtuu segmentointivirhe lisää palvelimet tiedostoon .cdserverrc ( http://www.freedb.org/modules.php?name=Sections&sop=viewarticle&artid=9 )

MIME-tyyppiä application/octet-stream ei löytynyt (Konquerer/Kdesktop)

Sun, 20 May 2007 00:00:00 +0000

Tämä on kopioitu sivulta [http://users.pandora.be/Ice9/Linux stuff/Linux_tips.html]( http://users.pandora.be/Ice9/Linux stuff/Linux_tips.html). Käytin toista menetelmää, koska työpöytätiedosto näytti sisällön perusteella olevan viallinen ja se oli luotu silloin, kun virhe ilmeni ensimmäisen kerran (eli silloin, kun kokeilin ohjauskeskuksen Tiedostoyhdistelmät-osiota).

Tiedostotunnisteet KDE:ssä

Sun, 20 May 2007 00:00:00 +0000

Minulla on paljon tiedostoja, jotka ovat outoja tiedostomuotoja ja joita voi avata sovelluksilla, joita ei ole asennettu oletuksena mihinkään Linux-jakeluun. Miten saan KDE:n tunnistamaan nämä tiedostot niiden päätteiden perusteella (kuten .ab1) ja avaamaan ne – kun niitä napsautetaan – oikealla sovelluksella? Mene Ohjauskeskukseen -> KDE-komponentit -> Tiedostoyhdistykset -> Lisää -> Jätä ryhmä “kaikki” valittuna ja kirjoita lyhyt, kuvaava nimi (esim. ABI-jäljitystiedosto) -> Kirjoita kohtaan “Tiedostonimimallit” tiedostotunniste (tai mikä tahansa muu kuvio, jonka avulla KDE tunnistaa tiedoston; esim. *.abi1) -> Kirjoita jotain kuvaavaa ”Kuvaus”-kenttään -> Napsauta kohdassa ”Sovellusten järjestys” ”Lisää” ja kirjoita sovelluksen nimi (jos se löytyy polusta) tai selaa ja valitse suoritustiedosto (esimerkissä .ab1 se olisi esimerkiksi trev, Staden-paketin jäljitystiedostojen katseluohjelma) -> Napsauta ”Käytä” -> Minusta tuntuu, että muutosten voimaantuloon on kirjauduttava ulos ja sisään uudelleen. Edellä mainitussa esimerkissä huomaat, että Konqueror listaa .ab1-päätteiset tiedostot tiedostotyypiksi ”ABI-jäljitystiedosto”, ja kun niitä napsautat, ne avautuvat trev-sovelluksella.

Duplicate File Finder -ohjelman asennus

Sat, 19 May 2007 00:00:00 +0000

Olin järjestelemässä kotihakemistossani olevia yli 50 000 tiedostoa ja huomasin, että minulla oli useita kopioita samasta tiedostosta eri hakemistoissa. Siksi etsin kätevää tapaa löytää nämä kaksoiskappaleet ja poistaa ne.Tällaista tehtävää varten on olemassa useita sovelluksia. Mikään niistä ei kuitenkaan ole täydellinen. Esimerkiksi saman kappaleen mp3-tiedostot, joissa on erilaiset ID3-tunnisteet, tunnistetaan useimmissa ohjelmissa eri tiedostoiksi, vaikka ne saattaisivatkin olla olennaisesti samat ID3-tunnisteiden metatiedot lukuun ottamatta.Päädyin valitsemaan Duplicate File Finder -sovelluksen, joka on Java-sovellus. Asennus vaati JavaUnix -ohjelmiston, jonka asentaminen osoittautui hankalaksi. Ensinnäkin minun piti asentaa Java 2 SDK. Suse Linux 9:n oletusasetuksena on, että vain ajoympäristö (java3-jre) on asennettu.Jotta konfigurointi ja kääntäminen onnistuisivat (kiitos Ian Ballantyne), on lisättävä nykyinen asennushakemisto polkuun: export PATH=$PATH:. Mutta nyt ohjelma kaatuu ja valittaa, että java.lang.UnsatisfiedLinkError: no javaunix in java.library.path Sain jälleen apua: export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$JAVA_HOME/jre/lib/ext/Linux/ saa sen toimimaan. LD_LIBRARY_PATH-muuttujaa ei ole määritetty järjestelmässäni. Kun asennat Staden-paketin, se asettaa tämän muuttujan arvoksi “/usr/local/staden-linux-rel-1-4/lib/linux-binaries”. Voit kopioida javaunix.so-tiedoston ympäristömuuttujassa LD_LIBRARY_PATH määritettyyn sijaintiin.

Konquerorin oletusnäkymän muuttaminen puunäkymäksi

Sat, 19 May 2007 00:00:00 +0000

Tee muutokset sen mukaan, miltä ikkuna haluat näyttävän.
Napsauta hiiren kakkospainikkeella otsikkopalkkia ja valitse ”Tallenna ikkunan asetukset”.
Napsauta “Asetukset” -> “Tallenna näkymäprofiili” -> Valitse “Tiedostojen hallinta” käytettävissä olevien profiilien luettelosta -> “Tallenna”.
Sulje ikkuna ja avaa se uudelleen tarkistaaksesi, että asetuksesi ovat tallentuneet.

Käyttöjärjestelmä on Suse Linux 9

Sat, 19 May 2007 00:00:00 +0000

Kokeilen parhaillaan useita graafisia käyttöliittymiä EMBOSS-molekyyliohjelmistopaketille, ja olen lukenut hyviä arvosteluja kaptainista . Koska kaptainista ei kuitenkaan ole saatavilla rpm-paketteja Suse Linux 9:lle, yritin kääntää sen itse. Ensimmäinen ongelma oli, että configure-skripti ei löytänyt qt3:n kirjastoja ja otsikkotiedostoja:> checking for Qt… configure: error: Qt (>= Qt 2.2.2) (headers and libraries) not found. Tarkista asennuksesi!Siksi suoritin ./configure-komennon seuraavalla vaihtoehdolla:> ./configure --with-qt-dir=/usr/lib/qt3 Nyt konfigurointiskripti etenee loppuun asti. Make kuitenkin epäonnistuu edelleen, ja tulosteen viimeiset rivit ovat seuraavat:Making all in kaptain make[2]: Entering directory /home/jeltsch/downloads/kaptain-0.71/kaptain’ g++ -DHAVE_CONFIG_H -I. -I. -I.. -I/usr/lib/qt3/include -I/usr/X11R6/include -D_REENTRANT -O2 -fno-exceptions -fno-check-new -c kaptain.cpp kaptain.cpp: Konstruktorissa Kaptain::Kaptain(Intermediate*, Kaptain*, QWidget*, QBoxLayout*, QDialog*, bool, const char*)': kaptain.cpp:99: virhe: assert’ ei ole määritelty (ensimmäinen käyttö tässä funktiossa) kaptain.cpp:99: virhe: (Jokainen määrittelemätön tunniste raportoidaan vain kerran jokaisessa funktiossa, jossa se esiintyy.) kaptain.cpp: Jäsenfunktiossa void Kaptain::button_pressed()': kaptain.cpp:1576: virhe: ostream_iterator’ ei ole määritelty (ensimmäinen käyttö tässä funktiossa) kaptain.cpp:1576: virhe: jäsentämisvirhe ennen >'-merkkiä kaptain.cpp:1598: virhe: jäsentämisvirhe ennen >’-merkkiä make[2]: *** [kaptain.o] Virhe 1 make[2]: Poistutaan hakemistosta /home/jeltsch/downloads/kaptain-0.71/kaptain' make[1]: *** [all-recursive] Virhe 1 make[1]: Poistutaan hakemistosta /home/jeltsch/downloads/kaptain-0.71’ make: *** [all-recursive-am] Virhe 2Sain apua ohjelmiston tekijältä Zsolt Terekiltä. Minun piti lisätä kaptain.cpp-tiedoston alkuun: include include `.

PATH-muuttuja Suse Linux 9:ssä (/etc/profile.local)

Sat, 19 May 2007 00:00:00 +0000

Useat ohjelmistoasennukset muuttavat PATH-ympäristömuuttujaa. Käynnistyksen aikana luetaan monia erilaisia tiedostoja, jotka vaikuttavat lopulliseen PATH-muuttujaan. Useat ohjelmistoasennukset kuitenkin rikkovat olemassa olevat PATH-merkinnät. Yksi niistä on Staden-paketti. Stadenin asennusohjeissa suositellaan lisäämään seuraavat rivit tiedostoon ~/.bashrc: export STADENROOT=/usr/local/staden-linux-rel-1-4 . $STADENROOT/staden.profilePATH-ongelmien pikakorjaamiseksi voit määrittää tarvitsemasi täydellisen polun tiedostoon /etc/profile.local:PATH=/home/jeltsch/bin:/usr/local/bin:/usr/bin:/usr/X11R6/bin:/bin:/usr/sbin/:/sbin:/opt/gnome/bin:/opt/kde3/bin:/usr/lib/java/bin:/usr/local/bio/bin/Jos jätät merkinnän ~/.bashrc-tiedostoon, Staden-polku lisätään ennen kaikkia /etc/profile.local-tiedoston merkintöjä, jolloin se on etusijalla muihin merkintöihin nähden. Tämä aiheuttaa ongelmia tietyissä ohjelmissa, koska jotkut Stadenin käyttämistä kirjastoista ovat vanhempia kuin Suse Linux 9:ssä olevat (katso joitakin vanhempia viestejä).

Sekvenssien käsittelyn automatisointi (Stadenin pregap4 ja gap4)

Sat, 19 May 2007 00:00:00 +0000

Kirjoitin jo jonkin aikaa sitten skriptin, joka pyrkii automatisoimaan suurimman osan työstä, joka liittyy sekvenssien siirtämiseen ABI-sekvensseristämme gap4-tietokantaan. Skripti on kaukana täydellisestä ja näyttää tältä:!/bin/sh rm *.seq *.log Log\ file.txt for i in ls .ab1; do echo "Nimeän uudelleen $i" mv $i echo $i | sed “s/ $.\{27\}$ ./\1.ab1/" done ls *.ab1 *.txt > tracefile.list pregap4 -nowin -config /home/jeltsch/bin/pregap4_gap4.conf -fofn tracefile.list gap4 test.0.auxLaitoin skriptin kansioon ~/bin; ja tämä skripti on tarkoitettu suoritettavaksi siitä hakemistosta, jossa sekvenssit sijaitsevat. Yleensä koneellamme tehdyn yhden sekvensointikierroksen ab1-jäljitystiedostot tallennetaan yhteen hakemistoon yhdessä joidenkin (minulle) merkityksettömien lokitiedostojen jne. kanssa. Ensin skripti poistaa tarpeettomat tiedostot hakemistosta; sitten se lyhentää tiedostonimet 27 merkkiin plus .ab1-päätteeseen. Huvittavaa kyllä, pregap4 käsittelee pidempiä tiedostonimiä hyvin, mutta gap4:llä on ongelmia. Sen jälkeen kaikki jäljellä olevat tiedostot lisätään luetteloon (tracefile.list), jonka pregap4 lukee. pregap4:ää käytetään ei-interaktiivisesti. Se saa ohjeensa (moduulien asetukset) konfiguraatiotiedostosta (joka minun tapauksessani on myös tallennettu hakemistoon ~/bin). pregap4 kutsuu gap4-shotgun-assembleria ja tallentaa lukemat gap4-tietokantaan. Valitettavasti en ole keksinyt, miten tälle tietokannalle voitaisiin automaattisesti antaa kuvaava nimi. Tällä hetkellä niillä on kaikilla sama nimi, ja ne voidaan tunnistaa vain niiden sijainnin perusteella eri hakemistoissa. Olisi hyvä antaa niille automaattisesti yksilöllinen nimi, esimerkiksi kokoonpanon suorituspäivämäärä tai jotain vastaavaa. Kun kaikki tämä on tehty, gap4 kutsutaan ja se lataa juuri luodun tietokannan manuaalista tarkastelua ja muokkausta varten.Suurin osa sekvensoinnistamme tehdään uusien vektoreiden tarkistamiseksi. Siksi tiedämme yleensä tarkalleen, mitä sekvenssiä odotamme. Jos (mikä valitettavasti ei ole tilanne) ihmiset käyttäisivät rakenteidensa dokumentointiin ohjelmaa, joka sisältää täydelliset sekvenssitiedot (kuten Gene Construction Kit), trace-tiedostot tulisi verrata automaattisesti tällaiseen ”odotettuun” sekvenssiin.Tällä hetkellä saan tämän aikaan viemällä DNA-sekvenssin Gene Construction Kit -ohjelmasta (GCK) tekstimuotoisena tiedostona (ilmeisesti voisin käyttää myös EMBL-muotoa) ja sijoittamalla tämän tiedoston yhdessä ab1-trace-tiedoston kanssa samaan hakemistoon ennen skriptin käynnistämistä. Näin se käsitellään aivan kuten mikä tahansa muu sekvenssi, ja sekvenssilukemat kohdistetaan sen mukaan. On kuitenkin useita asioita, jotka haluaisin asetettavan automaattisesti gap4:ää käynnistettäessä, koska suoritan aina saman klikkausjärjestyksen tarkastellessani kohdistusta manuaalisesti gap4:ssä: Kaikkien eteenpäin suuntautuvien lukukehysten näyttäminen: Oletan, että koska ”odotettu sekvenssi” on pisin, se esiintyy kokoonpanossa aina eteenpäin suunnattuna ja lukukehykset ovat aina eteenpäin suunnattuja. Tämä johtuu siitä, että pidän (luettavuuden helpottamiseksi) vektorisekvenssin GCK:ssa aina sellaisessa suunnassa, että GOI:n CDS on eteenpäin suunnatussa kehyksessä.Erojen korostaminen taustavärillä tulisi ottaa käyttöön. Suur- ja pienkirjaineroja ei tulisi käsitellä eroina. Koska sekvensointimme laatu on vaatimaton, oletusarvot ovat useimmiten liian tiukkoja, jotta gap4 voisi syöttää lukemat samaan kontigiin. Siksi päädyn yleensä etsimään sisäisiä toistoja ja syöttämään ne manuaalisesti. Tämän pitäisi olla mahdollista asettaa automaattisesti gap4-kokoonpanossa, mutta en ole vielä ehtinyt selvittää, miten se tehdään.

Staden-paketin integrointi työpöytäympäristöön KDE:ssä Suse Linux 9:ssä

Sat, 19 May 2007 00:00:00 +0000

Olen asentanut Staden-paketin kannettavalleni. Jotta voisin saada muut laboratoriossani työskentelevät ihmiset käyttämään sitä, sen on oltava erittäin helppokäyttöinen. Ihannetapauksessa heidän pitäisi vain valita muutama sekvenssi, napsauttaa, ja esikäsittely sekä sekvenssien kokoaminen hoituisivat automaattisesti. Tämän saavuttamiseksi tein seuraavaa:

Acrobatin oletustyökansion (polku) määrittäminen acroread.desktop-tiedoston avulla

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Acrobat avautuu aina ~-hakemistosta työkansiona. Koska säilytän kaikki PDF-tiedostoni erillisessä kansiossa, joudun selaamaan melko paljon, ennen kuin voin tallentaa ne. Tämä on erityisen hankalaa, koska Acrobatin ”Tallenna nimellä” -ikkuna näyttää kaikki tiedostot, myös piilotetut tiedostot.

BackupPC:n luomien varmuuskopiotiedostojen purkaminen manuaalisesti (Zzzz)

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Perl-skripti /usr/local/backuppc/bin/BackupPC_zcat hoitaa tämän, mutta tätä varten sinun on asennettava BackupPC. Pakkauskirjastoille on saatavilla erillinen käyttöliittymä nimeltä Zzzz… , jonka on kehittänyt sama henkilö, joka on myös mplayerin takana.

DCOPserver-virhe KDE:n kirjautumisen aikana

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Eilen kannettavan tietokoneeni akku loppui, ja hätäkatkaisun yhteydessä järjestelmä ilmeisesti sekoitti asiat. Kun yritin kirjautua KDE:hen tänä aamuna, sain seuraavan virheilmoituksen: KDE:n prosessien välisen viestinnän määrittämisessä tapahtui virhe. /home/jeltsch/.DCOPserver_michael-laptop__0 ei pystynyt lukemaan verkkoyhteysluetteloa. Tarkista, että "dcopserver" on käynnissä Tämä on jälleen kerran hyvin epäselvä virheilmoitus. Tämän korjaaminen tapahtui seuraavasti: rm ~/.kde/socket-michael-laptop rm ~/.kde/tmp-michael-laptop rm -rf /tmp/kdesocket-jeltsch rm -rf /tmp/kde-jeltsch /tmp-kansiossa olevien hakemistojen poistamisessa ilmeni virheitä. En pystynyt poistamaan hakemistoja edes pääkäyttäjänä; virheilmoituksen mukaan ne eivät olleet tyhjiä. ls -al -komennolla luetellessa niissä ei kuitenkaan ollut tiedostoja. Kiertotapana nimesin hakemistot uudelleen: mv /tmp/kdesocket-jeltsch /tmp/kdesocket-jeltsch.old mv /tmp/kde-jeltsch /tmp/kde-jeltsch.old Tämän jälkeen pystyin jälleen kirjautumaan sisään, mutta paneelini kohteet olivat kadonneet.

Farfalle-pastaa gorgonzola-kermakastikkeella

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

4 annosta 3 kupillista farfale-pastaa (”motylki”) 180 g gorgonzola-juustoa, kuori poistettu, kuutioituna 2/3 kupillista kermaa ripaus kidesokeria 2 teelusikallista hienonnettua tuoretta salviaa sekä tuoreita salvialehtiä koristeeksi suolaa ja jauhettua mustapippuria Keitä pasta al dente: 8–10 minuuttia tai pakkauksen ohjeiden mukaan. Laita sillä välin gorgonzola ja kerma keskikokoiseen kattilaan. Lisää sokeri ja runsaasti jauhettua mustapippuria ja lämmitä miedolla lämmöllä sekoittaen usein, kunnes juusto on sulanut. Ota kattila pois liedeltä. Valuta keitetyt pastat hyvin ja palauta ne keittokattilaan. Kaada kastike pastan päälle. Lisää hienonnettu salvia pastaan ja sekoita keskilämmöllä, kunnes pasta on tasaisesti kastunut kastikkeeseen. Maista ja lisää suolaa tarvittaessa, ja jaa sitten neljään lämmitettyyn kulhoon. Koristele jokainen annos salvialla ja tarjoile heti.

Kaupunki on MacOS X (ebiotools)

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Asensin tänään Staden-paketin Tanjan Macintosh G4 -tietokoneelle (MacOS 10.3). Suosittelen käyttämään Anders Nisterin laatimaa ebiotools-pakettia . Se sisältää muita hyödyllisiä ohjelmistoja, kuten EMBOSS, Blast jne. Asennusohjeet löytyvät embnet-uutislehdistä 9/1, 9/2, 9/3 ja 10/1 tai koottuina yhdeksi PDF-tiedostoksi täältä .

Kernelin version (ver) selvittäminen

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Voit selvittää, mitä ytintä käytät, kirjoittamalla komennon ver. Tietenkin voit myös tarkistaa /boot-kansiossa, mihin ytimeen oletuslinkit viittaavat.

KMail, useita SMTP-palvelimia ja vaihtoehtoinen sendmail

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

KMaililla on aina ollut ongelmia useiden SMTP-palvelimien kanssa. Ratkaisuksi asensin sendmailin. Sen jälkeen luin vain uuden lähtevän postin palvelimen ja valitsin sendmail-vaihtoehdon. Muita asetuksia ei tarvittu, ja se näyttää toimivan.

Kuinka lisätä kommentteja HTML-koodiin

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Käynnistä netatalk järjestelmäpalveluna käynnistyksen yhteydessä Suse Linux 9:ssä

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Suse Linux 9:stä puuttuu mielestäni kätevä graafinen käyttöliittymä, joka kokoaa yhteen KAIKKI järjestelmäpalvelut ja tarjoaa vaihtoehdot ”käynnistä”, ”pysäytä” ja ”käynnistä jokaisen järjestelmän käynnistyksen yhteydessä”. RedHat 9:ssä on jotain vastaavaa. Yast2 on kyllä olemassa, mutta palveluiden luettelossa netatalkia ei edes mainita. Käynnistääkseni netatalkin järjestelmän käynnistyksen yhteydessä luon vain manuaalisesti linkin: cd /etc/init.d/rc5.d sudo ln -s ../atalk S22atalk Uudelleenkäynnistyksen jälkeen (ja yllätyksekseni) tietokoneeni jumiutui. Ctrl-Alt-F2 ei toiminut, en päässyt sisään SSH:n kautta; ainoa pelastus oli fyysinen uudelleenkäynnistyspainike (johon olen tottunut vain Macintosh-ajoiltani). Kun käynnistin tietokoneen uudelleen vikasietotilassa ja poistin linkin, kaikki toimi jälleen normaalisti. Kun käynnistän atalkin manuaalisesti, järjestelmä jumiutuu samalla tavalla muutaman sekunnin kuluttua…

Meksikolainen chili-maissipiirakka

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

4 annosta 1 rkl maissiöljyä 2 valkosipulinkynsiä, murskattuina 1 punainen paprika ja 1 vihreä paprika, siemenet poistettuina ja kuutioituina 1 selleri, kuutioituna 1 tl tulista chilijauhetta 400 g:n tölkki hienonnettuja tomaatteja, 325 g:n tölkki maissia, valutettuna 215 g:n tölkki munuaispapuja, valutettuna ja huuhdeltuna 2 rkl hienonnettua tuoretta korianteria suolaa ja pippuria tomaatti- ja avokadosalaattia tarjoiluun Päällyste: 125 g maissijauhoa 1 rkl vehnäjauhoa 1/2 tl suolaa 2 tl leivinjauhetta 1 muna, vatkattu 100 ml maitoa 1 rkl maissiöljyä 125 g raastettua kypsää Cheddar-juustoa Kuumenna öljy suuressa paistinpannussa ja paista valkosipulia, paprikoita ja selleriä miedolla lämmöllä 5–6 minuuttia tai kunnes ne ovat juuri pehmenneet. Sekoita joukkoon chilijauhe, tomaatit, maissi, pavut ja mausteet. Kiehauta ja anna hautua 10 minuuttia. Sekoita joukkoon korianteri ja kaada seos uuninkestävään vuokaan. Valmista päällyste sekoittamalla maissijauho, jauhot, suola ja leivinjauhe. Tee keskelle kuoppa, lisää muna, maito ja öljy ja vatkaa, kunnes muodostuu tasainen taikina. Kaada taikina paprikan ja maissin seoksen päälle ja ripottele päälle juustoa. Paista esilämmitetyssä uunissa 220 °C:ssa 25–30 minuuttia, kunnes pinta on kullanruskea ja kiinteä. Tarjoile heti tomaatti-avokadosalaatin kera.

Mitkä NFS- ja SMB-jakot ovat käytettävissä palvelimella (showmount, smbclient)?

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Komento, jolla selvitetään, mitkä jaetut resurssit ovat käytettävissä esimerkiksi tietokoneessa 192.168.0.2, on seuraava: NFS:n tapauksessa: /usr/sbin/showmount -e 192.168.0.2 Samba:n tapauksessa: smbclient -L 192.168.0.2

Molekyylibiologian ohjelmistokehityshankkeet

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

GCK2.5:ään liittyvät asiat

GCK2.5:n vianetsintä Wine-ympäristössä** Wine-ympäristössä on edelleen joitakin virheitä, jotka tekevät GCK2.5:n käytöstä toisinaan hankalaa. Erityisesti alueiden merkitseminen, sekvenssien haku ja uuden tiedoston avaaminen eivät onnistu.
GCK2.5:n vienti** GCK2.5 ei pysty viemään tiedostoja EMBL-muotoon siten, että alueet muunnettaisiin piirteiksi. Se pystyy kuitenkin viemään kommentit tekstitiedostoon ja pelkän sekvenssin tekstitiedostoon. Olisi helppoa kirjoittaa Perl-skripti, joka ottaa nämä kaksi tiedostoa ja muuntaa ne yhdeksi EMBL-tiedostoksi, EMBOSS cirdna/lindna-tiedostoksi tai pDRAW32-tiedostoksi.
GCK2.5:n integrointi Wine-työpöydälle** Kun napsautetaan tiedostoja, jotka on liitetty Windows-ohjelmiin (Wine-ympäristössä), Linuxin tiedostonhallintaohjelma (esim. Konqueror) välittää tiedoston argumenttina liitetylle Windows-sovellukselle, ja tiedosto avautuu Wine-ympäristössä. GCK2.5 kieltäytyy kuitenkin hyväksymästä tiedostoa argumenttina. Kun napsautan .gcc-tiedostoa, GCK2.5 käynnistyy, mutta avaa tyhjän ikkunan, ja minun on avattava .gcc-tiedosto GCK2.5:n sisällä. Tarpeetonta napsauttelua, varsinkin kun joudun selaamaan useita kansiohierarkioita. Kun GCK2.5 toimii natiivisti Windowsissa, onko mahdollista käynnistää GCK2.5:n komentoriviparametrina rakennetiedosto? Minun pitäisi tarkistaa se.

pDRAW32-aiheiset

MySQL:n pääkäyttäjän salasanan nollaaminen

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Jos olet unohtanut MySQL:n pääkäyttäjän salasanan, voit nollata sen, jos sinulla on fyysinen pääsy koneeseen, jolla mysql-palvelu on käynnissä: Etsi mysql-prosessin .pid-tiedosto. Sen nimi on joko mysql.pid tai koneen_nimi.pid. Lopeta mysql-prosessi. MacOS X -palvelimellani esimerkiksi kill cat /usr/local/mysql-standard-4.0.16-apple-darwin6.6-powerpc/data/localhost.pid`` Käynnistä mysql-palvelin uudelleen /usr/local/mysql-standard-4.0.16-apple-darwin6.6-powerpc/bin/mysqld_safe --skip-grant-tables & Aseta uusi pääkäyttäjän salasana (korvaa newpassword uudella salasanalla!) /usr/local/mysql-standard-4.0.16-apple-darwin6.6-powerpc/bin/mysqladmin -u root flush-privileges password "newpassword" Valmis!

Paglia e Fieno, pähkinöillä ja gorgonzolalla

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

4 annosta 300 g paglia e fieno -pastaa (”litistettyjä spagetteja”) 2 rkl voita 1 tl hienonnettua tuoretta salviaa tai 1/2 tl kuivattua salviaa, sekä tuoreita salvialehtiä koristeeksi (valinnainen) 120 g gorgonzolaa 3 rkl mascarpone-juustoa 5 rkl maitoa 1/2 kuppia jauhettuja pähkinänpuolikkaita 2 rkl tuoretta raastettua parmesaanijuustoa tuoretta jauhettua mustapippuria Keitä pasta suuressa kattilassa suolattua kiehuvaa vettä käyttäen pakkauksen ohjeiden mukaisesti. Sillä välin sulata voi suuressa paistinpannussa tai kattilassa matalalla lämmöllä, lisää salvia ja sekoita. Ripottele kuutioitu gorgonzola seokseen ja lisää sitten mascarpone. Sekoita aineksia puulusikalla, kunnes juustot alkavat sulaa. Kaada maito seokseen ja jatka sekoittamista. Ripottele joukkoon pähkinät ja raastettu parmesan sekä runsaasti mustapippuria. Jatka sekoittamista matalalla lämmöllä, kunnes seoksesta muodostuu kermainen kastike. Älä anna sen kiehua, muuten pähkinät maistuvat katkerilta, äläkä keitä kastiketta pidempään kuin muutaman minuutin, muuten pähkinät värjäävät sen. Valuta pasta, kaada se lämmitettyyn kulhoon, lisää sitten kastike ja sekoita hyvin. Tarjoile heti, ripottele päälle lisää jauhettua mustapippuria. Koristele salvia-lehdillä, jos haluat.

PDF-tiedoston salasanasuojauksen poistaminen

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Ostin äskettäin PDF-kirjan. Se oli salasanasuojattu (40-bittinen suojaus). Valitettavasti jotkut Linuxin PDF-katseluohjelmat eivät pysty avaamaan salasanasuojattuja PDF-tiedostoja. Päätin siis poistaa salasanasuojauksen omaan käyttööni. Nopea haku verkosta paljasti kaksi erittäin helppoa tapaa salasanan poistamiseen:

Pinnacle PCTV Deluxe ja Linux-tuki

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Ostin USB-televisiokortin, Pinnacle PCTV Deluxen. Linuxille on saatavilla vain yksi ohjelma: dunerec . Näin sain sen toimimaan: Lataa ja pura (tar -xvzf) dune2-linux.tar.gz Pakkauksen purkamisen jälkeen sinulla on kaksi hakemistoa: dunetools ja dunelib, kaksi shell-skriptiä (joiden toimintaa en muista) ja yksi README.txt-tiedosto, jossa on asennusohjeita. Mitään ei tarvitse kääntää, vaan riittää, että kopioit suoritustiedostot (ja muutamat muut tiedostot) oikeisiin hakemistoihin: dunetools/dunerec/dunerec siirretään hakemistoon /usr/local/bin dunetools/duneinit/duneinit siirretään kansioon /usr/local/bin Sinun on luotava kansio /usr/local/lib/dune Nyt tarvitset joitakin tiedostoja Windows-ohjelmasta, joka tuli TV-kortin mukana. Sinulla on tietysti oltava Windows-järjestelmä, ja ohjelma on asennettava sinne ensin. Löydät tarvitsemasi tiedostot kansiosta “C:\Program Files\Pinnacle\Pinnacle PCTV Deluxe\Driver". Sinun on kopioitava tiedostot, joiden pääte on .v (k2.v jne.), sekä tiedostot DuneNTSC.sys ja DunePal.sys juuri luotuun hakemistoon /usr/local/lib/dune Koska asun Euroopassa, minun on käytettävä tiedostoa Pal.sys; joten nimeän sen uudelleen dune.sys:ksi chown root /usr/local/bin/dunerec chmod u+s /usr/local/bin/dunerec chown root /usr/local/bin/duneinit chmod u+s /usr/local/bin/duneinit Kanavien haku suoritetaan komennolla /usr/local/bin dunerec -i 0 -S 1 -d 1 Dune kohdassa 001/002 VID 2304 PID 061E Ladataan ezusb2-laiteohjelmistoa… dune.sys: FWOff: 77736 FWLen: 10296 Ohjelma on käynnistettävä uudelleen! Vaihtoehto “-d 1” on tarkoitettu vain vianmääritystietojen tulostamiseen. Komento on suoritettava uudelleen, mikä on normaalia: dunerec -i 0 -S 1 >> /usr/local/lib/dune/channels.txt Tämä komento tallentaa kanavahakutulokset tiedostoon /usr/local/lib/dune/channels.txt; sinun on vielä poistettava tästä tiedostosta rivit, jotka alkavat merkillä . Virheilmoitus ”Cannot find dune!” ilmestyy, kun TV-korttia ei ole kytketty tietokoneeseen. Minulle se ilmeni myös silloin, kun TV-kortti oli paikallaan, ja minun piti irrottaa kortti, käynnistää tietokone uudelleen ja kytkeä se uudelleen toimimaan. Tarkista, toimiiko kortti: dunerec -R test.mpg -i 0 -a 479250. Tämä tallentaa taajuudella 479,250 MHz olevan TV-signaalin tiedostoon test.mpg. Voit lopettaa tallennuksen painamalla Ctrl-C ja katsella tätä mpg-tiedostoa valitsemallasi videosoittimella. Jotta voisit kuitenkin katsella suoratoistettua televisiota, sinun on ohjattava data soittimeen. Ainoa soitin, joka onnistui hyväksymään dataa, on mplayer . Packman tarjoaa erinomaisen rpm-paketin Suse Linux 9.1:lle. Älä unohda ladata rpm-pakettia, joka sisältää kaikki koodekit! Tässä on muutamia komentoja, joita olen käyttänyt datan ohjaamiseen: dunerec -R - -i 0 -a 479250 | mplayer -cache 8192 - Voit säätää välimuistin kokoa lyhentääksesi toiston aloittamiseen kuluvaa odotusaikaa. dunerec -R - -i 0 -a 479250 | mplayer -framedrop -vo x11 - Ilman välimuistia sinun on sallittava soittimen pudottaa kehyksiä. dunerec -i 0 -a 479250 -t dvd -R - | mplayer -ao arts -vo xv -double -cache 4096 -framedrop - Tämä on täydellinen komento, jota käytän tällä hetkellä. Kopioin sen gtk2-käyttöliittymästä. GTK2-käyttöliittymä TV-kortille “Pinnacle PCTV Deluxe” http://pctvgtk.sourceforge.net” . Asennus sujui ohjeiden mukaisesti, ja järjestelmä toimii todella hyvin. Minulla oli hieman ongelmia kanavien etsinnässä; se ei löytänyt kaikkia kanavia. Minun piti suorittaa kanavahaku Windowsissa (Pinnacle-ohjelmalla) ja sitten kirjoittaa taajuudet muistiin ja lisätä ne manuaalisesti channels.txt-tiedostoihin. Mutta sekin sujui ilman ongelmia.

Psion3a-osoitetietokannan synkronointi KDE:n osoitekirjan kanssa

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Minulla on vanha Psion 3a, jota käytän pääasiassa herätyskellona lomalla, kun minun on ehdittävä junaan tai lentokoneeseen. Jotta laitteesta olisi enemmän hyötyä, päätin tallentaa kaikki osoitteeni sen tietokantaan. Tietokannan tiedostomuoto on jokin outo muoto (.dbf). Psion 3a:n tietokantasovellus ei voi tuoda mitään muuta muotoa, ja ainoa muoto, johon se voi viedä tietoja, on tekstitiedosto, jossa kentät on erotettu toisistaan erottimella (oletuksena rivinvaihto) ja tietueet on erotettu toisistaan tyhjällä rivillä (tai tyhjällä rivillä, jos erottimena on rivinvaihto). PC:llä toimiva PsiWin-sovellus pystyy avaamaan dbf-muotoa ja viemään tietoja useisiin eri muotoihin (toivottavasti). Joten tapa siirtää kaikki osoitteeni Psioniin (ne ovat tällä hetkellä Mac OS X:n osoitekirjamuodossa) olisi siirtää ne ensin KDE:n osoitekirjaan ja viedä sieltä sitten muodossa, jota PsiWin pystyy lukemaan, ja käyttää PsiWiniä tallentamaan tiedot dbf-muotoon, jota Psion pystyy lukemaan.

Quanta kaatuu käynnistyksen aikana (siirrän tilini uudelle käyttäjälle)

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Kun käynnistän Quantan tavallisena käyttäjänä, se kaatuu. Terminaalin tuloste on: jeltsch@michael-laptop:~> quanta QGDict::hashKeyString: Virheellinen nolla-avain Virheellinen merkintä (puuttuu '=') tiedostossa /opt/kde3/share/apps/quanta/doc/javascript.docrc:241 TagAction::property( "accel" ) epäonnistui: ominaisuus virheellinen tai ei ole olemassa TagAction::property( "accel" ) epäonnistui: ominaisuus virheellinen tai ei ole olemassa TagAction::property( "accel" ) epäonnistui: ominaisuus virheellinen tai ei ole olemassa jeltsch@michael-laptop:~> Kun ohjelma kuitenkin käynnistetään pääkäyttäjänä, se toimii kunnolla, vaikka virheilmoitukset ovat samat. Toistaiseksi muutin aloitusvalikossa olevan työpöytämerkinnän niin, että Quanta käynnistyy root-käyttäjänä. Tietenkin minun on sallittava pääsy X-ikkunoihini, esimerkiksi suorittamalla komento xhost +. Loin uuden tavallisen käyttäjän (mjeltsch9) ja suoritin Quantan mjeltsch-käyttäjänä, jolloin Quanta toimi myös moitteettomasti. Ilmeisesti joissakin käyttäjäkohtaisissa asetuksissa on jotain outoa. Yritin selvittää, mikä, mutta turhaan. Siksi päätin aloittaa puhtaalta pöydältä. Root-käyttäjänä muutin kaikkien kotihakemistossani olevien tiedostojen omistajan (chown) rekursiivisesti mjeltschiksi ja siirrin ne (piilotiedostoja lukuun ottamatta) hakemistoon /home/mjeltsch. Kaikki piilotiedostot siirrin uuteen hakemistoon, jonka nimesin old_dot_filesiksi. Saatan tarvita joitakin näistä. Sitten poistin /home/jeltsch-hakemistoni. Yast2:n avulla poistin käyttäjätilin ”jeltsch” ja muutin /home/mjeltsch-hakemiston nimeksi /home/jeltsch. Sitten, myös Yast2:n avulla, nimesin käyttäjän mjeltsch uudelleen nimellä jeltsch ja muutin hänen kotihakemistonsa /home/mjeltsch:stä /home/jeltsch:ksi. Minun piti myös suorittaa komento chown -R /tmp/mcop-jeltsch. Ilmeisesti kaikki toimii jälleen, mutta kaikki työpöydän asetukseni ovat tietysti kadonneet.

Rekursiivinen hakutoiminto

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

grep (kirjainkokoa huomioimatta, rekursiivinen) grep-komennolla ei ole mahdollista tutkia hakemistopuuta rekursiivisesti. Seuraava komento etsii esimerkiksi vain nykyisen hakemiston tiedostoista: grep bacteria * Jos haluat, että haku ei erota isoja ja pieniä kirjaimia, voit käyttää i-lippua: grep -i bacteria *Mutta jos haluat tehdä rekursiivisen haun, sinun on käytettävä melko monimutkaista UNIX-komentojen yhdistelmää tämän tavoitteen saavuttamiseksi:find ~/Mail -type f -exec grep 'bacteria' {} \; -printTämä komento etsii rekursiivisesti nykyisen käyttäjän Mail-hakemistosta ja tulostaa kaikki rivit, jotka sisältävät sanan bacteria.

scp (secure copy)

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Tiedoston index.html kopioimiseksi paikalliselta koneelta osoitteeseen vesuri.helsinki.fi tarvitaan seuraava komento: scp -p /Volumes/Documents/michael/Sites/index.html jeltsch@vesuri.helsinki.fi:./public_html/index.htmlp-lippu säilyttää alkuperäisen tiedoston muokkaus- ja käyttöajat sekä käyttöoikeudet. Alkuperäisen tiedoston koko polkua (/Volumes/Documents/michael/Sites/index.html) ei tietenkään tarvita, jos tiedosto sijaitsee nykyisessä hakemistossa.Jos haluat kopioida hakemiston “/Multimedia/TV Shows/Kids & Family” etäpalvelimelta, jonka IP-osoite on 192.168.0.16, paikallisen koneen nykyiseen hakemistoon, käytä seuraavaa komentoa:scp -r root@192.168.0.16:"/Multimedia/TV\\ Shows/Kids\\ \&\\ Family" .Huomaa kaksoisviivat, joilla välilyönnit tiedostopolussa korvataan! r-lippua tarvitaan, koska haluat hakemiston koko sisällön (rekursiivisesti). Jos sinun on määritettävä portin numero, tarvitset ison P-lipun: scp -P 22222 -v TVSeriesXY_S01E* mnmplus@192.168.0.16:/Volumes/MultimediaJoskus scp on tehoton (esim. siirrettäessä valtavia määriä pieniä, pakkaamattomia tiedostoja). Tällöin yksi ratkaisu on käyttää tar-komentoa (tiedostojen yhdistämiseen ja pakkaamiseen) ja ohjata tulos sitten putkella ssh:n kautta toiselle koneelle, jossa se puretaan ja tar-paketti avataan:tar cpf - server.helsinki.fi | ssh jeltsch@othermachine.helsinki.fi "tar xpf - -C /home/jeltsch/"

Sekvenssijäljitystiedostot tar-arkistoissa (Staden)

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Haluan tallentaa kaikki sekvensointiprojektin sekvenssijäljet (Staden-ohjelmalla) yhteen tiedostoon. Tämä onnistuu pakkaamalla kaikki *.ztr-tiedostot tar-tiedostoksi: tar -cvf ./test.tar *.ztr. Sen jälkeen sinun on määritettävä gap4:ssä Options -> Configure -valikoissa -> Expert ja määrittää Options -> Trace file location -> TAR=./test.tar

Staden-sovellusten muuttaminen klikattaviksi macOS X:ssä

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Olen asentanut Stadenin Mac OS X:ään ja kokeillut sitä vähän. Käytin asennuksessa Anders Nistersin luomaa ebiotools-pakettia, joka on kuvattu embnet.news -lehden numerossa 10/1. Se toimii, vaikkakaan ei Macin filosofian mukaisesti:

Stadenin integrointi KDE 3.2:een

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Kaksi asiaa on hoidettava: 1. Valikossa tulisi olla asianmukaiset kohdat. 2. Tiedostoja tulisi voida klikata, ja niillä tulisi olla asianmukaiset ”Avaa-valinnat”. Kohta 1 on helppo toteuttaa. Valikon (koko järjestelmän kattavat) kohdat sijaitsevat kansiossa /opt/kde3/share/applnk. Lisäsin juuri tämän kansion alle uuden hakemistorakenteen: Science – Staden |– Gap4.desktop |– Pregap4.desktop |– Spin.desktop |– Stadenlaunch.desktop -- Trev.desktop Jos muokkaat valikkoa tavallisena käyttäjänä, valintakohdat ovat voimassa vain sinulle itsellesi. Lisäksi Suse sekoittaa kaksi sijaintia käyttäjän määrittämille valintakohdille: ~/.kde/share/applnk ja ~/.local/share/applications. Kun merkinnät on lisätty järjestelmänlaajuiseen /opt/kde3/share/applnk-hakemistoon, yksittäisten käyttäjien tekemät lisämuutokset kopioidaan käyttäjän kotihakemistoon. Koska käyttäjän kotihakemistossa olevat merkinnät ovat etusijalla järjestelmänlaajuisiin merkintöihin nähden, ne ovat tällöin voimassa.

Stadenin ohjetoiminto (ilman Netscapea ei ole ohjetta)

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Koska tietokoneellani ei ole Netscapea asennettuna, Stadenin ohjetoiminto ei toimi automaattisesti. Staden-kurssin aikana James neuvoi minua tarkastamaan tiedoston /usr/local/staden-linux-rel-1-4/lib/tk_utils/help_netscape.tcl. Saatan tehdä niin, mutta pikaratkaisuna loin symbolisen linkin Mozillaan: sudo ln -s /usr/bin/mozilla /usr/bin/netscape Ja tämä todella toimii. Kokeilin sitä menestyksekkäästi myös Konquerorin kanssa: sudo ln -sf /opt/kde3/bin/konqueror /usr/bin/netscape

Suse Linux 9.1

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Ostin Suse Linux 9.1:n pakettiversion. Päivitys sujui varsin sujuvasti. Vaikka järjestelmä ilmoitti noin 1500 pakettiristiriidasta, ne johtuivat kaikki pelkästään Kopete 0.81:stä (ICQ-asiakasohjelmani) ja VLC 0.71:stä (videosoittimeni). Ratkaisin ristiriidat poistamalla ensin suojauksen asennetuilta muilta kuin Suse-paketeilta ja ottamalla sitten riskin järjestelmän epäjohdonmukaisuuksista. Päivityksen jälkeen sekä Kopete että VLC kuitenkin toimivat edelleen. Sen sijaan VMware 4.0.5 lakkasi toimimasta, mutta päivitys versioon 4.5.1 auttoi.

SUSE Linux 9.1/9.2 ja VMware

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Latasin uudelleen VMware-version testaamista varten (4.5.2). Mutta sitä ei edes voinut konfiguroida. Ilmeisesti SUSE on sekoittanut asennuksen lähdekansioiden hakemistorakenteen. Löysin seuraavan korjausohjeen: cd /usr/src/linux su make cloneconfig make prepare. Tämän jälkeen vmware-config.pl-skripti pitäisi toimia kunnolla. Ennen vmware-config.pl-komennon suorittamista asensin myös vmware-any-any-update78-korjauspäivityksen . Muuten: Tämä menettely on toistettava joka kerta, kun päivität ytimen! Päivitettyäni versioon 9.2 minulla oli lisää ongelmia. Jokaisen uudelleenkäynnistyksen jälkeen jouduin suorittamaan vmware-config.pl-komennon uudelleen. Tämä korjattiin lisäämällä rivi for a in seq 0 9; do mknod /dev/vmnet$a c 119 $a; done tiedoston /etc/init.d/vmware alkuun. Ytimen päivitysten jälkeen vmware-config.pl:n käynnistämistä edeltävä menettely on cd /usr/src/linux make cloneconfig make modules_prepare

Suse RPM-paketin luominen Staden-paketille

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Koska binäärit toimivat kaikissa SUSE-jakeluissa, ajattelin ohittaa kääntämisprosessin ja antaa rpm:n purkaa binäärit suoraan, minkä jälkeen lisään SUSE-kohtaiset tiedostot oikeille paikoilleen. Nämä lisätiedostot ovat pääasiassa kde.desktop-tiedostoja, kuvakkeita sekä komento export STADENROOT=/usr/local/staden-linux-1-4-1 ja komento /usr/local/staden-linux-1-4-1/staden.profile-tiedoston lataaminen ~/.bashrc-tiedostoon.Näin ollen purkaminen tapahtuisi yksinkertaisesti komennolla tar --extract --verbose --gzip --absolute-names --file=staden-linux-1-4-1.tar.gz ja chown -R root:root /usr/local/staden-linux-1-4-1.

Tiedostojen purkaminen rpm-arkistoista (rpm2cpio)

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Komento rpm2cpio finger-0.17-9.i386.rpm | cpio -imVd purkaa kaikki tiedostot rpm-arkistosta finger-0.17-9.i386.rpm. Se luo hakemistorakenteen nykyisen hakemiston suhteen.

TrueType-fontit Linuxissa

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

TrueType-fontit Linuxissa Fonttien käsittely Linuxissa on melkoista sekasotkua. Tässä on ohjeet siitä, miten lisäsin TrueType-fontit Suse Linux 9 -järjestelmääni. Valitse Ohjauskeskus -> Järjestelmän hallinta -> Fonttien asennusohjelma ja siirry hallintatilaan -> Lisäasetukset (sisäänrakennetulla fontinvalitsimella). Sitten valitsin vain haluamani fontit Windows XP -osion fonttikansiosta ja napsautin Lisää. Napsauttamalla Käytä fontit tulevat X Windows -palvelimen käyttöön. Voit tehdä saman kopioimalla fontit manuaalisesti kansioon /usr/X11R6/lib/X11/fonts/truetype ja suorittamalla sitten komennon xset fp rehash.

Useiden hiirien/kosketuslevyjen samanaikainen käyttö (SUSE Linux 9, YaST2/SaX)

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Minulla on kannettava tietokone, ja määritin ulkoisen USB-hiiren Yast2:n avulla. Sen seurauksena kosketuslevy lakkasi toimimasta. Kun nyt käynnistän tietokoneen uudelleen ilman USB-hiirtä, joudun pulaan. Käytin määrittämiseen seuraavaa reittiä: Ohjauskeskus -> Yast2-moduulit -> Laitteisto -> Valitse hiirimalli Jos haluat käyttää sekä ulkoista hiirtä että kosketuslevyä, sinun on syvennettävä asetuksia: Ohjauskeskus -> Yast2-moduulit -> Laitteisto -> Näytönohjain ja näyttö -> Graafinen työpöytäympäristö -> Muuta -> Komponentti: Syöttölaitteet Täällä voit lisätä rajattoman määrän hiiriä. Kannattaa todennäköisesti testata (testipainikkeella), toimivatko uudet asetukset, ennen kuin käynnistät tietokoneen uudelleen. Asetukset tulevat voimaan vasta uudelleenkäynnistyksen jälkeen. Eli jos haluat poistaa kosketuslevyn käytöstä (koska se häiritsee sinua), sinun on käynnistettävä tietokone uudelleen…

Vertailusekvenssit (Staden)

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Jos haluat määrittää jonkin sekvenssin vertailusekvenssiksi, valitse sen nimi gap4:n Edit Contig -ikkunasta, napsauta hiiren oikealla painikkeella ja valitse ”As reference sequence”. Jos tiedosto on embl-muodossa, piirteet näkyvät kohdistuksessa Staden-tunnisteina.

VMware Tools -työkalujen asennuksessa ilmenneet ongelmat (manuaalinen asennus)

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Jostain syystä VMware 4.5.2 ei onnistunut päivittämään VMware-työkaluja käyttämällä tavallista vaihtoehtoa kohdassa ”VM -> Asenna VMware-työkalut…”. Joten jouduin asentamaan ne manuaalisesti: sudo /sbin/losetup /dev/loop1 /home/käyttäjätunnuksesi/vmware-distrib/lib/isoimages/windows.iso mkdir /home/käyttäjätunnuksesi/temp sudo mount -r -t iso9660 /dev/loop1 /home/käyttäjätunnuksesi/temp/ Koska kotikansioni näkyy VMware-ympäristössä, käynnistin setup.exe-tiedoston manuaalisesti. Kaikki sujui hyvin, vaikka VMware valittaa edelleen uudelleenkäynnistyksen jälkeen, että VMware-työkaluni ovat vanhentuneita…

Windows 95:n asentaminen VMware-ympäristöön

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Tarvitset: Windows 95 -asennus-CD:n ja Windows 95 -version B käynnistyslevykkeen . Koska minulla ei ole levykkeasemaa, minun on luotava käynnistyslevykkeen kuvatiedosto. Käynnistä Windows 95:n käynnistyslevykkeeltä VMware-ympäristössä. Luo ensisijainen osio, joka täyttää virtuaalilevyn kokonaan (valitse vaihtoehto 1, sitten uudelleen 1 ja lopuksi kyllä). Käynnistä Windows 95 uudelleen. Alusta virtuaalilevy ja asenna Windows 95: format C: /S R:\WIN95\SETUP /IS En saanut asennus-CD:täni toimimaan. Joten tein siitä kuvan dd if=/dev/cdrom of=w95oem.iso. Sen jälkeen loput pitäisi sujua tavallisena asennuksena…

Windows NT, verkkoasemien selaaminen, verkkoasemien liittäminen ja irrottaminen (netuse-komento)

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Verkon selaaminen Windowsissa on mysteeri. Joskus jotkut tietokoneet eivät yksinkertaisesti näy verkkoa selattaessa. Tämä näyttää pätevän erityisesti Linux-palvelimiin. Uudemmissa Windows-käyttöjärjestelmäversioissa (2000, XP) voit muodostaa yhteyden palvelimeen (jos tiedät sen IP-osoitteen) verkkoaseman liittämiskomennolla, vaikka verkkoselain ei näe kyseistä palvelinta. Windows NT:ssä ei ole tätä vaihtoehtoa. Ainoa mahdollisuus on käyttää komentoriviltä annettavaa “net use” -komentoa. Tämä on hankalaa, vaikka usein käytettyjä yhteyksiä varten voi luoda .bat-tiedostoja. Komento on: net use * \\ip-osoite\käyttäjätunnus Tähdellä (*) jaetaan jaettu resurssi seuraavalle vapaalle asemakirjaimelle (tietenkin voit määrittää sen manuaalisesti esimerkiksi H:ksi). Voit poistaa tämän tietyn verkkoaseman kirjoittamalla: net use H: /delete Itse asiassa, vaikka voisit selata ja muodostaa yhteyksiä ilman komentoriviä, tarvitset komentoriviä aina, kun haluat katkaista yhteyden NT-palvelimen jaettuun resurssiin. Huvittavaa kyllä, Windows NT:ssä ei ole muuta keinoa kuin kirjoittaa net use * /delete. Joissakin keskusteluketjuissa mainittiin, että Linux-palvelimen smb.conf-tiedostossa tulisi ottaa WINS-tuki käyttöön wins support = Yes. Jos muodostat yhteyden Linuxiin, varmista, että Samba on käynnissä ja että käyttäjällä, jonka kotikansioon haluat muodostaa yhteyden, on merkintä ja salasana smb-tietokannassa (tätä EI ole esiasetettu edes Suse 9.2:ssa): root-käyttäjänä: smbpasswd -a käyttäjätunnus Se ei kuitenkaan auttanut minua. MacOS X -tietokoneet (10.3) näkyvät nyt ilman ongelmia (vanhemmissa MacOS X -versioissa oli myös ongelmia). Ehkä minun pitäisi verrata smb.conf-tiedostoja tai kopioida se suoraan Suse 9.1:een.

Windows XP -vieraskone VMWare 4:n alla olevasta raaka-osiosta, coLinux pelastustilana

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Toistaiseksi en ole onnistunut ajamaan Windows XP -vieraskäyttöjärjestelmää raakalevyosiosta Linuxin VMWare-ohjelmistolla. Tässä on keskusteluketju .

Ajan synkronointi manuaalisesti (xntp, ntpdate)