Tiede Ja Tutkimus on Michael’s Domain

Opetukseni

Fri, 26 Jan 2024 00:00:00 +0000

IN RED - as (one of the) responsible teacher(s); * - as course developer

Current wet lab teaching
*DPDR-305 (1 ECTS) Purification of Recombinant Proteins and Protein Drugs by FPLC Introduction Methods Protein tags PROV-004 (5 ECTS) Introduction to cell and molecular biology methods Alternative assignment: Expression, purification and functional testing of Phusion polymerase Practical: PCR Work PROV-410* (4 ECTS)** Recombinant DNA technology in therapeutic protein engineering - laboratory work

Current wet lab teaching

DPDR-305* (1 ECTS) Purification of Recombinant Proteins and Protein Drugs by FPLC
PROV-004 (5 ECTS) Introduction to cell and molecular biology methods
- Alternative assignment: Expression, purification and functional testing of Phusion polymerase
- Practical: PCR Work
PROV-410* (4 ECTS) Recombinant DNA technology in therapeutic protein engineering - laboratory work

Current courses
FARM-310 (5 ECTS) Biopharmaceuticals, basic course Luento #3: Terapeuttiset proteiinit I: Insuliinit ja insuliinianalogit Lecture #3: Therapeutic proteins I: Insulin ja insulin analogs Luento #4: Terapeuttiset proteiinit II: Erytropoietiini, interferonit, & G-CSF Lecture #4: Therapeutic proteins II: Erythropoietin, interferons, & G-CSF Luennot #5+#6: Terapeuttiset proteiinit III: Vasta-aineet ja fuusioproteiinit Lectures #5+#6: Therapeutic proteins III: Antibodies and fusion proteins PROV-004 (5 ECTS) Introduction to cell and molecular biology methods Lecture #1: Alternative Assignment: Protein Production & Purification Lecture #2: Protein Purification Methods Lecture #3: Protein Purification Tags Lecture #4: PCR lecture *PROV-409 (1 ECTS) Recombinant DNA technology in therapeutic protein engineering - lecture & exercise course Session #1: Introduction to Recombinant DNA Technology: Restriction Enzymes, PCR, Plasmids, Transformation Session #2: Multifragment assembly (“Gibson” and similar), Golden Gate, mutagenesis methods, CRISPR/Cas systems Session #3: Databases, sequences, software, bioinformatics for your cloning Session #4: Vectors and systems for protein expression Session #5: How to make transgenic organisms and recombinant viruses PROV-216 (5 ECTS) Molecular Pharmacology VEGFs and VEGF receptors PROV-204 (5 ECTS) Biological Drugs II Antibodies, antibody fusions and antibody conjugates as drugs TMED-929* (1-2 ECTS) Drug discovery & development with a focus on biologics Introductory lecture Protein drugs group work kick-off Vaccines, vaccine development & biological warfare: The smallpox vaccine Challenges in formulation, production and quality control Evidence-based medicine, science-based medicine, and complementary and alternative medicine PROV-303 (5 ECTS) Advanced Biopharmaceutics Session #6: Biological barriers: The blood brain barrier Session #8: Recombinant DNA Technology (aka “cloning”) is the starting point for nearly every biological drug …and much more Session #9: Transgenic animals: For drug production, generating human antibodies and making animal models of human diseases Session #10: Protein Drugs: Engineering and Case Studies GMB-401 (5-10 ECTS) Integrative health biosciences Clinical Trials MPHARM-002A/PROV-105A (11 ECTS) Drug development and preclinical evaluation Discovery, Development and Optimization of Protein Drugs MPHARM-002B/PROV-105B (11 ECTS) Pharmaceutical product development and rational use of medicines Biophamaceuticals - Challenges in formulation, production and quality control MPHARM-009 (5 ECTS) Introduction to research methods in drug discovery and development – theory Plans for the future… Protein production and purification Stable cell line generation FARM-314 (5 ECTS)** Medicinal preparations I Basic Issues in the Formulation of Biophamaceuticals

Current courses

FARM-310 (5 ECTS) Biopharmaceuticals, basic course
- Luento #3: Terapeuttiset proteiinit I: Insuliinit ja insuliinianalogit Lecture #3: Therapeutic proteins I: Insulin ja insulin analogs
- Luento #4: Terapeuttiset proteiinit II: Erytropoietiini, interferonit, & G-CSF Lecture #4: Therapeutic proteins II: Erythropoietin, interferons, & G-CSF
- Luennot #5+#6: Terapeuttiset proteiinit III: Vasta-aineet ja fuusioproteiinit Lectures #5+#6: Therapeutic proteins III: Antibodies and fusion proteins
PROV-004 (5 ECTS) Introduction to cell and molecular biology methods
- Lecture #1: Alternative Assignment: Protein Production & Purification
- Lecture #2: Protein Purification Methods
- Lecture #3: Protein Purification Tags
- Lecture #4: PCR lecture
PROV-409* (1 ECTS) Recombinant DNA technology in therapeutic protein engineering - lecture & exercise course
- Session #1: Introduction to Recombinant DNA Technology: Restriction Enzymes, PCR, Plasmids, Transformation
- Session #2: Multifragment assembly (“Gibson” and similar), Golden Gate, mutagenesis methods, CRISPR/Cas systems
- Session #3: Databases, sequences, software, bioinformatics for your cloning
- Session #4: Vectors and systems for protein expression
- Session #5: How to make transgenic organisms and recombinant viruses
PROV-216 (5 ECTS) Molecular Pharmacology
- VEGFs and VEGF receptors
PROV-204 (5 ECTS) Biological Drugs II
- Antibodies, antibody fusions and antibody conjugates as drugs
TMED-929* (1-2 ECTS) Drug discovery & development with a focus on biologics
PROV-303 (5 ECTS) Advanced Biopharmaceutics
GMB-401 (5-10 ECTS) Integrative health biosciences
- Clinical Trials
MPHARM-002A/PROV-105A (11 ECTS) Drug development and preclinical evaluation
- Discovery, Development and Optimization of Protein Drugs
MPHARM-002B/PROV-105B (11 ECTS) Pharmaceutical product development and rational use of medicines
- Biophamaceuticals - Challenges in formulation, production and quality control
MPHARM-009 (5 ECTS) Introduction to research methods in drug discovery and development – theory
FARM-314 (5 ECTS) Medicinal preparations I
- Basic Issues in the Formulation of Biophamaceuticals

Teaching Videos
2025 Biologiset Lääkkeet (in Finnish) (Unitube) Biologiset lääkkeet: Intro ja historia Linkki Biologiset lääkkeet: Tuotanto, stabiilius, säilytys ja käsittely Linkki Biologiset lääkkeet - Biosimilaarit, biobetterit ja lainsäädäntö Linkki Esimerkkejä biologisista lääkkeistä Biologiset lääkkeet - Metaboliset sairaudet Linkki Biologiset lääkkeet - Syövän hoitoon tarkoitetut vasta-aineet Linkki Biologiset lääkkeet - Vasta-ainekonjugaatit Linkki Biologiset lääkkeet - Bispesifiset vasta-aineet Linkki Biologiset lääkkeet - Vasta-aineet Alzheimerin taudin hoitoon Linkki Biologiset lääkkeet - Tulevaisuus Linkki

Teaching Videos

2025 Biologiset Lääkkeet (in Finnish) (Unitube)
1. Biologiset lääkkeet: Intro ja historia Linkki
2. Biologiset lääkkeet: Tuotanto, stabiilius, säilytys ja käsittely Linkki
3. Biologiset lääkkeet - Biosimilaarit, biobetterit ja lainsäädäntö Linkki
Esimerkkejä biologisista lääkkeistä
1. Biologiset lääkkeet - Metaboliset sairaudet Linkki
2. Biologiset lääkkeet - Syövän hoitoon tarkoitetut vasta-aineet Linkki
3. Biologiset lääkkeet - Vasta-ainekonjugaatit Linkki
4. Biologiset lääkkeet - Bispesifiset vasta-aineet Linkki
5. Biologiset lääkkeet - Vasta-aineet Alzheimerin taudin hoitoon Linkki
1. Biologiset lääkkeet - Tulevaisuus Linkki

Previous wetlab teaching
2014 - 2019 DPBM-135 Purification and Characterization of Recombinant Proteins (organized yearly until Covid-19) 2015 2017 2015 - 2017 DPBM Cloning Club (wetlab part) 2014 DPBM Practical Molecular Biology and Genetic Engineering (wetlab part) 2010 HBGS Tags in protein expression, detection and purification

Previous courses
2018-2022 DPBM-119 Protein Interaction Biochemistry 2018 Cell-based assays for protein interaction detection & quantification 2022 Cell-based assays for protein interaction detection & quantification 2017 DBPM CancerBio Summer School A short histrory of antiangiogenic tumor treatment 2014 DPBM Practical Molecular Biology and Genetic Engineering (lecture part) 2011 Lymphatic Research lecture series (six lectures) Lecture #1: Introduction to Lymphatic Research

Previous courses

2018-2022 DPBM-119 Protein Interaction Biochemistry
- 2018 Cell-based assays for protein interaction detection & quantification
- 2022 Cell-based assays for protein interaction detection & quantification
2017 DBPM CancerBio Summer School
- A short histrory of antiangiogenic tumor treatment
2014 DPBM Practical Molecular Biology and Genetic Engineering (lecture part)
2011 Lymphatic Research lecture series (six lectures)
- Lecture #1: Introduction to Lymphatic Research

Workshops
2015 - 2017 DPBM Cloning Club (workshop part)

Uusien professorien juhlaluennot

Thu, 28 May 2026 00:00:00 +0000

Me – Helsingin yliopiston farmasian tiedekunnan uudet professorit – pidimme eilen “virkaanastujais"luennot!

Lääkemetaboloomikan professori Tiina Sikanen: https://www.helsinki.fi/fi/farmasian-tiedekunta/ajankohtaista/miten-laakeaineet-muuntuvat-ihmiskehossa-ja-luonnossa

Angiogeeninen doping on mahdollista ja vaikea todistaa

Thu, 21 May 2026 00:00:00 +0000

Tyypillisissä maailmanluokan kilpailuissa (maailmanmestaruuskilpailut, olympialaiset) alle 1 % urheilijoista testataan positiiviseksi. Tiedämme kuitenkin, että vähintään 70 % urheilijoista käyttää dopingia . Miten tämä ristiriita voidaan selittää? Laboratoriossani tutkimme angiogeneesia, eli tutkimme verisuonten ja imusuonten kasvua. Siitä lähtien, kun Birgitta Olofsson ja Ulf Eriksson löysivät VEGF-B:n kasvutekijän vuonna 1996 , olen epäillyt, että VEGF-kasvutekijöistä voi ennemmin tai myöhemmin tulla tehokkaita dopingaineita. Kestävyyslajien antidoping-tutkimus on keskittynyt vereen ja punasoluihin (RBC). Erytropoietiini (EPO)-doping osoittaa, kuinka tärkeitä punasolut ovat. Jos kuitenkin tarkastellaan perusmatemaattista yhtälöä ”pitoisuus = massa jaettuna tilavuudella”, käy heti selväksi, että punasolujen massaa voidaan lisätä ilman punasolupitoisuuden kasvua lisäämällä veritilavuutta. Ei siis ole yllättävää, että veritilavuus on erittäin tärkeä kestävyyssuorituskyvyn kannalta, ehkä jopa tärkeämpi kuin punasolupitoisuus. Tämä näkyy ”urheilijan anemiassa/pseudoanemiassa”, jossa joillakin urheilijoilla on suhteellisen alhainen hemoglobiinipitoisuus huolimatta siitä, että heidän suorituskykynsä on ennallaan. Missä on veritilavuuden yläraja? Ja olisiko mahdollista nostaa tätä ylärajaa muodostamalla uusia verisuonia? Keskustelemme angiogeenisestä dopingista tuoreimmassa julkaisussamme Sports Medicine -lehdessä . Hypoteesimme on, että angiogeenistä dopingia saatetaan jo käyttää ilman, että WADA:lla on mahdollisuuksia paljastaa sitä. VEGF-kasvutekijöitä ei todennäköisesti vielä käytetä, koska niiden käyttö vaatii kalliita ja monimutkaisia lääketieteellisiä tekniikoita, joita vain harvoilla laboratorioilla on käytössään. On kuitenkin olemassa koko joukko pieniä molekyylejä, joita voidaan antaa hitaasti mikroannoksina stimuloimaan sekä angiogeneesiä että erytrosyyttituotantoa synkronisesti ja välttämään siten suurempia vaikutuksia urheilijan biologiseen passiin. Kiitän Sofie Lehtoa, joka loi perustan tälle tutkimukselle, sekä dopingtutkijaa ja urheilulääkäriä Sergei Iljukovia, joka on työskennellyt kanssani tämän sivuprojektin parissa viimeiset kaksi vuotta.

Tekoäly: Lääketieteellisesti koulutetut mallit, tietoisuus

Mon, 11 May 2026 00:00:00 +0000

Useimmat ihmiset osaavat ehkä mainita muutaman LLM-mallin, ehkä tusinan verran, jos he seuraavat teknologia-uutisia. Samaan aikaan Hugging Facesta on kuitenkin vapaasti saatavilla noin 3 miljoonaa erilaista LLM-mallia. Eivätkä ne kaikki ole heikkolaatuisia malleja. Esimerkiksi Googlen avoimen lähdekoodin Gemma-mallit ovat myös saatavilla siellä; ne ovat peräisin samasta lähteestä kuin Googlen Gemini-mallit, mutta ne on optimoitu paikalliseen ja tutkimuskäyttöön. Biolääketieteen tutkijoille on tärkeää huomata, että saatavilla on myös monia avoimia, vapaasti saatavilla olevia ja paikallisesti käytettäviä, lääketieteellisesti koulutettuja LLM-malleja. En ole testannut niitä, mutta GitHubissa on kuratoitu luettelo erikoismalleista: https://github.com/FreedomIntelligence/Awesome-Specialized-Medical-LLMs . Luettelossa on myös useita vapaasti saatavilla olevia yleislääketieteellisiä malleja, kuten

Keskityn vääriin asioihin

Wed, 22 Apr 2026 00:00:00 +0000

Nyt on pakko avautua, mutta kuunnelkaa loppuun asti. Sen sijaan, että työskentelisin sen parissa, miten hyödyntää tekoälyä omalla alallani, minä:

Proteiinien puhdistus Äkta- ja Unicorn-järjestelmillä

Sun, 19 Apr 2026 00:00:00 +0000

Proteiinit (ja muut biomolekyylit) puhdistetaan useimmiten kromatografisilla menetelmillä. Vain muutamat valmistajat ovat kehittäneet erityisesti biomolekyyleille, kuten proteiineille, nukleiinihapoille ja viruksille, optimoituja kromatografiajärjestelmiä. Tunnetuimpia järjestelmiä ovat BioRadin NGC-sarja ja Cytivan Äkta-sarja. Tiedekuntamme on hiljattain hankkinut Äkta Avant -laitteiston, ja sen käyttöönotto on aivan loppusuoralla. Se on jo integroitu varausjärjestelmään, ja ainoastaan automaattinen varmuuskopiointijärjestelmä puuttuu vielä. Olen käyttänyt Äkta-laitteita vuodesta 1996 lähtien, jolloin professori Jorma Keski-Oja osti yhden ensimmäisistä Äkta Explorer -laitteistoista Haartman-instituuttiin. Ohjelmistona oli ja on edelleen Unicorn, mutta nykyisin käytössä on versio 7, joka näyttää huomattavasti nykyaikaisemmalta kuin viime vuosituhannen Unicorn-versiot: se on paljon selkeämpi ja vähemmän sekava. Kuitenkaan edes yli 10 vuoden kehitystyön jälkeen Unicorn 7 ei vastaa ominaisuuksiltaan täysin vanhoja versioita. Siksi Evaluation-moduuli tarjoaa mahdollisuuden vaihtaa takaisin Evaluation Classic -näkymään. Jos haluat esimerkiksi esitellä yksilöllisiä ja tyylikkäitä kromatogrammeja luennoillasi, tarvitset edelleen Evaluation Classic -versiota! Vaikka uudessa Evaluation-moduulissa on pikatoimminot käyrien viemiseksi suoraan esitysohjelmiin (kuten PowerPointiin), tämä vienti perustuu täysin pikseligrafiikkaan, eikä kuva ole enää helposti muokattavissa viennin jälkeen. Käyrät kannattaa viedä alan standardimuotoiseen vektorigrafiikkamuotoon: SVG-muotoon. Voit muokata sitä millä tahansa nykyaikaisella vektorigrafiikkaohjelmalla, kuten Canvalla, Adobe Illustratorilla tai Inkscapella. Kun klikkaat hiiren kakkospainikkeella kromatogrammin sisällä Evaluation Classic -näkymässä, voit tallentaa kromatogrammin metatiedostona. Nykyisessä Unicorn-versiossa tämä kuitenkin aiheuttaa virheen Windows 11 -ympäristössä. Ongelman voi kuitenkin kiertää seuraavasti:

Opintoseteli

Sat, 04 Apr 2026 00:00:00 +0000

Koska työskentelen Helsingin yliopistossa (HY), minun pitäisi luultavasti tietää hieman enemmän tulossa olevasta opintosetelikokeilusta, sillä HY tulee tarjoamaan runsaasti kursseja tämän ohjelman puitteissa, mukaan lukien muutamia omiani, kuten Rekombinantti-DNA-teknologia (eli “Kloonaus”) -kurssin. Perehdyin asiaan hieman, ja tässä on sen pääsisältö pähkinänkuoressa:

Zotero 15 gigatavun ilmaisella tallennustilalla?

Thu, 12 Mar 2026 00:00:00 +0000

Olen käyttänyt Zoteroa viitteidenhallintaohjelmanani vuodesta 2013 lähtien (siirryttyäni EndNotesta) ja olen ollut siihen yleisesti ottaen tyytyväinen (ja kirjoitin siitä aiemminkin. Vaikka yliopistomme tarjoaa käyttöoikeuden EndNoteen, useimmat opiskelijat menettävät tämän “ilmaisen” edun valmistuttuaan. EndNoten vuositilaus maksoi aiemmin (Suomessa jälleenmyyjän kautta) noin 100 euroa, mikä on tarpeeton menoerä opiskelijan budjetissa. EndNoten “kertaostos”-malli on mielestäni harhaanjohtavaa markkinointia, sillä se ei oikeuta suuriin päivityksiin, joita julkaistaan suunnilleen vuosittain. “Päivitysmaksu” on yleensä suurin piirtein saman verran kuin entinen vuositilaus.

Kuinka asentaa värisokeille turvallinen Nature Color Palette Inkscapeen

Wed, 28 Jan 2026 00:00:00 +0000

Tämä on helppoa ja nopeaa Linuxissa. Ohjeet tämän väripaletin asentamiseen Windowsissa tai macOS:ssa löydät osoitteesta https://github.com/atsuyaw/NatureColorPalette .

Mietitkö vielä, mitä opiskella?

Sat, 20 Dec 2025 00:00:00 +0000

Tätä minä tekisin, jos olisin tänään 20-vuotias: hakeutuisin monitieteiseen koulutusohjelmaan. Suosikkini Suomessa tarjottavista ohjelmista on farmasian kansainvälinen maisteriohjelma (virallisesti “Master’s Programme in Pharmaceutical Research, Development and Safety”, lyhennettynä MPHARM) Helsingin yliopistossa. Annan sinulle 5 hyvää syytä:

Vain kala muiden joukossa

Wed, 12 Nov 2025 00:00:00 +0000

Haaveilen edelleen suomen kielen taitoni parantamisesta, ja sen seurauksena teen välillä harkitsemattomia asioita. Nyt olen kahden hämmästyttävän kärsivällisen toimittajan suurella avulla yrittänyt kirjoittaa suomeksi populaaritieteellisen artikkelin tieteellisestä retkestämme kalabiologian alueelle. Artikkeli ilmestyi juuri Nuorten Tiedeakatemian mene & tiedä -verkkolehdessä.

Tietokilpailun tulokset

Thu, 06 Nov 2025 00:00:00 +0000

ADAMTS18 säätelee solunulkoisen matriisin kiertoa fibronektiinin pilkkomisen kautta

Tue, 04 Nov 2025 00:00:00 +0000

Suolinukan erikoistuneiden verisuonten ylläpito oli aiheena Nature Communications -lehdessä vuonna 2022 julkaistussa Petrovan laboratorion artikkelissa ( https://doi.org/10.1038/s41467-022-31571-2 ). Ravinteita imevien suonten polaarisuuden ylläpitäminen vaati erilaista altistumista VEGFA:lle, jota ylläpitivät erikoistuneet solut tuottamalla oikean määrän fibronektiiniä. Aiemmin tuntematon ADAMTS18 oli proteaasi, joka osoittautui keskeiseksi fibronektiinin proteolyyttisessä kypsymisessä. Nyt Itä-Suomen yliopiston julkaisussa analysoitiin ADAMTS18-fibronektiini-yhteyttä tarkemmin: https://doi.org/10.1016/j.jbc.2025.110844 . Fibronektiini ei normaalisti esiinny yksittäisenä molekyylinä, vaan se muodostaa säikeitä, jotka ovat solunulkoisen matriisin (ECM) tärkeitä rakennuspalikoita. ADAMTS18 poistaa kriittisen osan fibronektiinimolekyylistä ja estää siten sitä muodostamasta säikeitä. Tämä tekee ADAMTS18:sta tärkeän tekijän paitsi endoteelisolubiologiassa, myös mahdollisesti monissa muissa yhteyksissä, joissa fibronektiiniä sisältävä solunulkoinen matriisi on mukana. Fibronektiini on tilapäisen matriisin pääkomponenttina ratkaisevan tärkeä haavan paranemisessa ja elinten, kuten keuhkojen, ECM:n ylläpidossa. Näin ollen avautuu monia mielenkiintoisia väyliä tutkia ADAMTS18:n muita erityistehtäviä. Onnittelut Maria tästä tärkeästä panoksesta toisen ADAMTS-perheen jäsenen ymmärtämiseen!

Kiitos, Aalto-Helsinki iGEM -tiimi!

Sun, 02 Nov 2025 00:00:00 +0000

Olen erittäin ylpeä teistä, Aalto-Helsinki iGEM -tiimi ( https://www.aaltohelsinki.com )! Vaikka koko vuosi on ollut selviytymistaistelua, tulokset ovat todella poikkeuksellisia: kultamitali saavutettu, ehdokkuus parhaaksi terapeuttiseksi projektiksi (overgrad-sarja, häviten niukasti Toronton yliopiston yhtä poikkeukselliselle Mystiphage-projektille) sekä kaksi erikoispalkintoa: Best Measurement ja Best Sustainable Development Impact! Olisin mielelläni ollut Pariisissa Grand Jamboreessa, mutta opetustehtävät ja apurahahakemusten määräajat menivät edelle. Videoiden perusteella minua ei kuitenkaan tarvittu lainkaan. Suun kautta otettava B12-vitamiinilisä, joka toimii myös kaikille potilaille, jotka tarvitsevat tällä hetkellä pistoksia, on askeleen lähempänä. Pidämme teidät ajan tasalla edistymisestämme, tämä on vasta alkua!

Sota syöpää vastaan

Wed, 01 Oct 2025 00:00:00 +0000

Keskiviikko 1. lokakuuta 2025 on eurooppalainen säätiöiden päivä. Koska saamme lähes nolla euroa perustutkimusrahoitusta, tutkimukseni on täysin riippuvaista ulkopuolisesta rahoituksesta. Koska suuri osa hallituksemme T&K-rahoituksesta on siirtynyt akateemisesta tutkimuksesta kaupalliseen tutkimukseen (“yritysrahoitus”), säätiöt pitävät syöpätutkimuksen elossa Suomessa. Aiemmin merkittävä määrä rahaa syöpätutkimukseen on tullut myös veronmaksajien varoista. Useimmat ihmiset yhdistävät tämän Yhdysvaltain presidenttiin Richard Nixoniin, joka julisti sodan syöpää vastaan vuonna 1971. Poliittisesti tuettu “sota syöpää vastaan” ei kuitenkaan alkanut Nixonista, kuten usein väitetään. Sota syöpää vastaan oli ollut aivan toisenlaisten poliitikkojen prioriteetti jo lähes 40 vuotta aiemmin.

t_coffee ei edelleenkään pelaa vakio-Ubuntu 24.04 LTS -asennuksen kanssa

Thu, 18 Sep 2025 00:00:00 +0000

t_coffeen bugi, josta on ilmoitettu osoitteessa https://github.com/cbcrg/tcoffee/issues/27#issuecomment-1355339411, on edelleen olemassa monen vuoden jälkeen. Tuskin uskallan suositella t_coffeeta opiskelijoille, vaikka haluaisinkin, koska se on muuten erinomainen ja erittäin tehokas ohjelma. Useimmat eivät onnistu asentamaan sitä yliopistomme Ubuntu-distroon (“Cubbliin”), joka on tällä hetkellä Ubuntu 24.04. Kokeilin sitä itse aivan äskettäin (Ubuntu 24.04 LTS, sekä pakettienhallinnan kautta Ubuntu-paketinhallintalähteestä saatavalla versiolla että stable ja beta-versiolla osoitteesta https://tcoffee.org/Projects/tcoffee/index.html (vakaa COFFEE_installer_Version_13.46.0.919e8c6b_linux_x64.tar.gz ja beta T-COFFEE_installer_Version_13.46.1.b8b01e06_linux_x64.tar.gz). Kaikissa tapauksissa edelleen sama virhe estää ohjelman käyttöä: –ERROR: MAX_N_PID exceeded. Ohjelma jumittuu ja kestää noin minuutin ennen kuin se antaa virheilmoituksen, jopa yksinkertaisessa tehtävässä, joka normaalisti vie vain muutaman sekunnin. Monimutkaisemman alignmentin kohdalla voi kestää minuutteja tai tunteja ennen kuin virhe ilmenee. Kiertotapana on asettaa ympäristömuuttuja ennen jokaista ajokertaa, eli t_coffee korvataan skriptilla, joka kutsuu uudelleennimettyä t_coffeeta sen jälkeen, kun ympäristöparametri MAX_N_PID_4_TCOFFEE on asetettu johonkin suureen arvoon (kuten /proc/sys/kernel/pid_max), ja tämä on selitetty yllä olevassa Github linkissä. Katso myös https://github.com/cbcrg/tcoffee/issues/47 . Toinen kiertotapa on compilata ohjelma uudelleen eri MAX_N_PID-arvolla, mikä on melko suoraviivaista; katso myös täältä https://github.com/cbcrg/tcoffee :

Kuljetus rajoittaa yhä VEGF-terapiaa

Fri, 12 Sep 2025 00:00:00 +0000

Laboratoriossa valmistetun kasvutekijän injektoiminen kehoon ei riitä jäljittelemään kehon luonnollista toimintaa. Tämä johtuu siitä, että omat kasvutekijämme vapautuvat oikeassa paikassa, oikeaan aikaan ja oikeana määränä, ja niiden tasoja säädetään jatkuvasti palautejärjestelmien avulla.

Akateeminen ura

Sun, 03 Aug 2025 00:00:00 +0000

Pienet työmarkkinat mutta paras Euroopan maa asua (ilmaston lämpeneminen huomioon ottaen)

Tässä kuussa siiryin apulaisprofessorista (Associate Professor) varsinaiseksi professoriksi (Full Professor) yliopistossani. Luottaen väitöskirjaohjaajani Kari Alitalon , nykyisen esihenkilöni ja lähes kaikkien muiden mielipiteeseen en valmistellut suunnitelma B:tä siltä varalta, että minulta evättäisiin vakinaistaminen (tenure). Mitä realistisia suunnitelma B:itä X-sukupolven edustajalla voisi olla Suomen työmarkkinoilla? Kansainvälisten työmarkkinoiden tarkastelu helpottaisi ongelman ratkaisemista lisäämällä mahdollisuuksia satakertaisesti, silloinkin kun otetaan huomioon vain englannin- ja saksankieliset maat. Suomen väkiluku on vain noin 5,6 miljoonaa, ja sen työmarkkinat ovat piskuiset. Ulkomaille muutto ei kuitenkaan ole niin helppoa, jos muu perhe vastustaa maisemanvaihdosta. Ja miksi jättäisin Euroopan ainoan maan, jonka kesälämpötilat eivät ole terveydelle vaarallisia? Toki ilmastonmuutos koettelee myös Pohjoismaita: meillä oli juuri Suomen pisin yhtäjaksoinen helleaalto mittaushistorian aikana (22 päivää >30 °C). Mutta 30 °C voittaa 40 °C mennen tullen. Amerikkalaisille ystävilleni ja perheelleni: 30 °C = 86 °F, 40 °C = 104 °F.

Mahdoton overlap-extension-PCR

Sat, 21 Jun 2025 00:00:00 +0000

Väitöskirjatutkija kysyi minulta plasmidikarttoja useille DNA-konstrukteille, jotka olin kloonanut noin 20 vuotta sitten. Koska SnapGeneä ei ollut tuolloin olemassa, olin käyttänyt nykyään vanhentunutta GeneConstructionKit2-ohjelmaa. Tein tuohon aikaan paljon klonauksia, mutta en jaksanut karttojen luomista niistä kaikille. GCK2-muoto ei mahdollista helppoa annotointia. Plasmidien kattavaan annotointiin tarvittiin erillinen ohjelma, ja nämä tiedot tallennettiin erilliseen tiedostoon, niin sanottuun ”illstraatiotiedostoon” – mikä voisikaan mennä vikaan? Eilen päädyin kaivamaan esiin vanhat laboratoriomuistiinpanoni ja jäljittämään noin 10 vanhaa klonausta SnapGenessä. En kuitenkaan pystynyt simuloimaan yhtä kloonausta, koska SnapGene oli liian konservatiivinen ja ei sallinut ”huonojen” PCR-alukkeiden (primerien) toiminnan.

Biologisia lääkkeitä käsittelevät oppimis- ja opetusmateriaalit

Sun, 08 Jun 2025 00:00:00 +0000

Lecture slides “Biologiset lääkkeet” (Finnish)

Suomenkieliset oppimismaterialit

Perustiedot biologisista lääkkeistä

Otsikko: Biologiset lääkkeet (2016, Fimea = Lääkealan turvallisuus- ja kehittämiskeskus)
https://fimea.fi/laaketurvallisuus_ja_tieto/biologiset-laakkeet

Restriktioentsyymilaskuri

Tue, 29 Apr 2025 00:00:00 +0000

Käytä interaktiivista työkalua laskeaksesi kuinka paljon entsyymiä tarvitset restriktiopilkkomiseen.

Restriction Digest Calculator

Joskus on tarpeen tietää, kuinka paljon restriktioentsyymiä tarvitaan tietyn plasmidimäärän pilkkomiseen tietyssä ajassa. Tässä on etsimäsi laskentatyökalu! Kaikki tämän algoritmin koodaamiseen käytetyt tiedot on saatu New England Biolabsilta (NEB). Entsyymin säilyminen reaktiossa ekstrapoloitiin NEB:n raportoimista kokeista. Syötä vain luvut lomakkeeseen ja paina Submit-painiketta!

Englanti vai suomi?

Wed, 26 Mar 2025 00:00:00 +0000

Opetan kandidaatti-, maisteri- ja väitöskirjatutkijoita Helsingin yliopistossa . Vaikka lähes kaikki biotieteiden maisteri- ja väitöskirjatyöt kirjoitetaan englanniksi, keskustelen famaseutti- ja LuK-vaiheen opiskelijoiden kanssa usein siitä, pitäisikö opinnäytetyö kirjoittaa suomeksi vai englanniksi. Tulen toimeen sekä suomen että englannin kielellä, mutta päätöstä tehdessä kannattaa ottaa huomioon muutama seikka:

Avaruustutkimus

Tue, 25 Mar 2025 00:00:00 +0000

Kun olin 10-vuotias, halusin tulla astronautiksi. En enää. Pidän avaruustutkimusta edelleen jännittävänä, mutta kun otetaan huomioon selviytymismahdollisuutemme avaruudessa, pysyn mieluummin Maapallolla. Emmehän me vielä edes tiedä, miten voimme suojella ihmisiä ionisoivalta säteilyltä matkalla Marsiin…

Miljardiluokan peli

Fri, 28 Feb 2025 00:00:00 +0000

Viime joulukuussa Forbes julkaisi artikkelin Megan Baldwinin työstä silmäsairauksien antiangiogeenisen hoidon parantamiseksi. Toivon, että hän voittaa miljardiluokan pelinsä, eikä vain siksi, että kyseinen lääke keksittiin täällä Helsingin yliopistossa. Lääkkeen nimi on OPT-302, tai INN-nimeltään sotsinibersepti (sozinibercept). Patentissa on merkitty vain kaksi keksijää: Kari Alitalo ja minä. Lääke suunniteltiin alun perin syövän hoitoon (nimellä VGX-300), mutta – kenties onneksi – sitä ei ole koskaan otettu käyttöön siinä tarkoituksessa, koska se estää VEGF-D:n lisäksi myös VEGF-C:tä, jota elimistö tarvitsee immuunivasteessaan syöpää vastaan. Toistaiseksi kukaan ei ole pystynyt erottamaan VEGF-C:n metastaaseja edistäviä ja immunogeenisiä ominaisuuksia toisistaan.

DTE-proteiini asporiini ja suoliston uudistuminen

Thu, 13 Feb 2025 00:00:00 +0000

Ikääntyminen ja uudistuminen ovat kaksi elintieteiden kiehtovinta alaa. Aiemmin esimerkiksi ruston TGF-beeta-aktiivisuuden säätelijänä tunnetun, hieman tuntemattoman proteiinin (tai pikemminkin proteoglykaanin) Asporinin on nyt osoitettu olevan avainasemassa suoliston uudistumisessa. Hieno osoitus tieteellisestä sinnikkyydestä, Sharif ja Pekka! Tämän artikkelin valmistelu on kestänyt useita vuosia, ja matkan varrella oli useita teknisiä haasteita, jotka piti voittaa. Sawan K. Jha aloitti tämän yhteistyön vuonna 2017 luomalla useita solulinjoja, ennen kuin hän onnistui Asporinin rekombinanttituotannossa. Termille ”vaikeasti ilmentyvä (DTE) proteiini” ei ole yleisesti hyväksyttyä määritelmää, mutta Asporin sopii kuvaukseen hyvin. Sen saanto on surkea, ja sen aktiivisuus menetetään helposti puhdistuksen aikana. Sawan tuotti ja puhdisti myös ensimmäiset erät, ja sen jälkeen kun Sawan oli siirtynyt Stanfordin yliopiston Red-Horse-laboratorioon , Sharif (tuotantoketjun alkupää) ja minä (tuotantoketjun loppupää) jaoimme tuotanto- ja puhdistustyön keskenämme. Tässä on suora linkki julkaisuun, jonka pitäisi toimia 26. huhtikuuta asti, vaikka sinulla ei olisikaan tilausta. Sen jälkeen käytä linkkiä https://doi.org/10.1016/j.stem.2025.02.009 . Jos sinulla ei ole tilausta, lähetän sinulle mielelläni PDF-tiedoston sähköpostitse…

Sartorius Midi Plus

Sun, 26 Jan 2025 00:00:00 +0000

Kun suuret kilpailijat ostavat innovatiivisia pienyrityksiä tai tuotemerkkejä, tuotteiden laatu voi toisinaan kärsiä tuottavuuden parantamiseen tähtäävien toimien vuoksi. En tiedä, onko näin BioHit Midi Plus -pipetointiohjaimen kohdalla, mutta meillä on ollut runsaasti ongelmia sen jälkeen, kun BioHit Midi Plus nimettiin uudelleen ”Sartorius”-tuotemerkiksi. Tuntuu siltä, että kyseessä on huono liitosongelma. Laboratoriossamme on luultavasti noin 20 tällaista laitetta. Niiden joukossa on (ikivanhoja) kirkkaan sinisiä, tummansinisiä ja mustia malleja. Meillä oli ja on edelleen paljon ongelmia mustan mallin, eli uusimman mallin , kanssa. Vaikka nämä mallit ovat ladattuja, ne lakkaavat toisinaan yhtäkkiä toimimasta kokonaan. Kun imu- ja tyhjennyspainikkeita painetaan useita kertoja, ne alkavat toimia uudelleen (ikään kuin kyseessä olisi jokin kosketusongelma). Joskus meidän on kuitenkin kytkettävä latauskaapeli hetkeksi tällaiseen tilapäisesti toimimattomaan pipettiin, jotta saamme sen jälleen toimintakuntoon. Vaikka olen käyttänyt vanhempia (sinisiä) malleja lähes päivittäin kahden vuosikymmenen ajan, tämä ilmiö on minulle uusi. Se on erityisen häiritsevää soluviljelytyössä: olet juuri poistanut elatusaineen soluista ja haluat lisätä PBS:ää pesua varten. Nyt solut alkavat kuivua, kun etsit kiireesti korvaavaa pipetointivälinettä. Tutkimusryhmän johtajana työskentelen yhä harvemmin soluviljelyssä, mutta kun teen niin, tämä tapahtuu minulle nykyään joka kerta Sartorius Midi Plus -pipetin kanssa. Tuotekehityksen pitäisi parantaa tuotteita, ei huonontaa niitäOlen myös miettinyt, miksi näitä pipettejä ei ole kehitetty juurikaan vuosien varrella. Miksi niissä ei ole nykyaikaista älykästä latausohjainta, kuten nykyään jokaisessa matkapuhelimessa on? Oletan, että jonkinlainen ohjain on olemassa, mutta ilmeisesti se ei ole tehtäväänsä sopiva. Jotkin asiat ovat kuitenkin muuttuneet. Esimerkiksi vanhimmissa malleissa käytettiin NiCd 2/3 AA -paristoja, jotka myöhemmin korvattiin NiMH 2/3 AA -paristoilla. Oletan, että myös latausohjain päivitettiin, koska nämä kaksi paristotyyppiä vaativat latauksen aikana erilaista käsittelyä paristojen käyttöiän optimoimiseksi.Minusta tuntuu, että tämän sarjan vanhimmat pipetit ovat olleet luotettavimpia ja että uusimpien mallien käyttöikä on lyhentynyt vuosien mittaan. Koska asun hyvin lähellä laboratoriota, tarjouduin jakamaan soluja kaikille laboratoriossani viime joululoman aikana. Midi Plus -laitteen ongelmien takia turhauduin kuitenkin kovasti, kun tein solujen jakamista. Minun piti keskeyttää soluviljely ja hakea toinen pipetointiapuväline, mikä on aina suuri vaiva. Löytämäni MidiPlus (myös musta) toimi, mutta sen LED-valot alkoivat vilkkua ja laite päästi piippausääniä, mitä en ollut aiemmin kokenut minkään vanhemman mallin kanssa. Puutteellinen käyttöohjeMyöhemmin yritin selvittää käyttöohjeesta, mitä LED-viestit ja piippaus tarkoittivat. Valitettavasti en löytänyt käyttöohjeesta mitään tietoa asiasta. Miksi kukaan sisällyttäisi tällaisia ominaisuuksia laitteeseen, mutta jättäisi ne dokumentoimatta käyttöohjeeseen? Otin yhteyttä Sartoriukseen juuri tästä kysymyksestä 31. joulukuuta. Sain sähköpostivastauksen 10. tammikuuta, jossa paikallinen huoltopäällikkö tarjoutui tulemaan laboratorioomme selvittämään ongelmamme. Yhtään kysymystäni vilkkumisesta ja piippauksesta koskevasta puutteellisesta dokumentaatiosta ei kuitenkaan vastattu, ja vasta toistettu pyyntö johti vastaukseen: Punainen vilkkuminen = akku melkein tyhjäVihreä vilkkuminen = latautumassaVihreä valo palaa tasaisesti = täysin ladattuPiippaus = akku melkein tyhjäJatkuva piippausääni = akun jännite liian alhainen, akut on ehkä vaihdettava Käyttöohjeen nykyisessä versiossa (01/2022) mainitaan vain vihreän LED-valon viestit. On outoa, että käyttöohjeessa jaettiin noin 10 vuoden ajan puutteellisilla tiedoilla. Eikö Sartorius välittänyt asiasta? Ehkä käyttöohjeen kirjoitti harjoittelija, joka ei ollut käyttänyt BioHit Midi Plus -laitetta tarpeeksi kauan todistaakseen vilkkumista tai piippausta? Sartorius lupasi kuitenkin lisätä puuttuvat tiedot käyttöohjeen seuraavaan painokseen. **Pitäisikö meidän siirtyä Integraan? Onko kenelläkään käyttökokemuksia muista merkeistä?**Kun perustin laboratorioni, ensimmäinen ostamamme musta Sartorius-merkkinen Midi Plus oli rikki heti alusta alkaen. Sen akkuja ei saatu ladattua lainkaan, joten se lähetettiin suoraan korjattavaksi. Mielenkiintoista kyllä, kaikki kolme (alkuperäistä) Integra Pipetteboyta toimivat edelleen moitteettomasti. Kyllä, paristot piti vaihtaa, mutta Integra-laitteiden etuna on, että ne toimivat ladattavilla 9 V:n paristoilla, joita voi ostaa melkein mistä tahansa, missä paristoja myydään. Tämä on jyrkässä ristiriidassa Midi Plus -laitteen 2–3 AA-pariston kanssa, jotka on tilattava Sartoriukselta kalliilla hinnalla. Veikkaan, että Sartorius myy näitä paristoja noin kymmenkertaisella hinnalla siihen verrattuna, mitä se maksaa niistä kiinalaiselta valmistajalta. Valitettavasti Integra ei enää myy alkuperäistä Pipetteboyta, eikä minulla ole kokemusta Pipetteboy acu 2:sta. Mikä on suosikkipipetointiapulaisesi? Käytätkö työssäsi elektronisia pipetointiapulaisia? Haluaisin kuulla kokemuksistasi: mitkä merkit ovat luotettavia, kestäviä ja edullisia? En näe mitään ongelmaa siinä, että maksan korkean hinnan korkealaatuisesta tuotteesta, mutta minusta tuntuu, että tällä hetkellä Sartoriuksen BioHit Midi Plus ansaitsee ”premium”-nimityksen vain hinnan, ei suorituskyvyn perusteella.

Vuoden 2025 vaarallisin tauti?

Wed, 08 Jan 2025 00:00:00 +0000

Tehokkaiden rokotteiden ja näyttöön perustuvan hoidon ansiosta Covid-19 ei ole vuoden 2025 vaarallisin tauti. Asiantuntijoille ei ole myöskään yllätys, että HIV, tuberkuloosi ja malaria ovat edelleen tämän vuoden kolme suurinta huolenaihetta. Nämä kattavat kolme erilaista taudinaiheuttajatyyppiä: virukset, bakteerit ja loiset. Nämä kolme tautia yhdessä tappavat vuosittain noin 2 miljoonaa ihmistä. Me Euroopassa ja Yhdysvalloissa pidämme HIV:tä, tuberkuloosia ja malariaa menneisyyden sairauksina tai hallittavissa olevina kroonisina sairauksina. Kaikki nämä kolme voivat kuitenkin palata. Malaria oli esimerkiksi Suomessa endeeminen tauti, ennen kuin se hitaasti katosi ( viimeinen kotoperäinen tapaus vuonna 1954 ). Ilmastonmuutoksen seurauksena se voi paitsi palata myös levitä maihin, joissa sitä ei ole koskaan aiemmin esiintynyt. Euroopassa ja Yhdysvalloissa meidän pitäisi kuitenkin luultavasti pelätä eniten lintuinfluenssaa (avian influenza). Miksi? Koska kaikki palaset ovat paikoillaan maailmanloppua varten, sellaisena kuin sen tunnemme. A-tyypin H5N1-influenssa on se lintuinfluenssatyyppi, joka tällä hetkellä on otsikoissa. Se on viime aikoina aiheuttanut useita taudinpurkauksia linnuissa ja lehmissä. Myös ihmiset ovat yhä useammin saaneet tartunnan linnuilta, lehmiltä tai raakamaitoa juomalla. Ainoa asia, joka estää lintuinfluenssaa leviämästä pandemiaksi, on se, että lintuinfluenssavirus ei tartu helposti ihmisestä toiseen. Tämän käyttäytymisen muuttumiseen riittää kuitenkin vain yksi mutaatio ( https://doi.org/10.1126/science.adt0180 ). Jokaisen tartunnan saaneen ihmisen myötä todennäköisyys tälle mutaatiolle kasvaa. Influenssa on nimittäin RNA-virus, joka mutatoituu keskimäärin paljon helpommin kuin DNA-virus. Siksi on erittäin järkevää rokottaa ihmiset, joilla on suurin riski sairastua tautiin, kuten siipikarjatyöntekijät, lintujen rengastajat tai eläinlääkärit. Suomi on alkanut toimia juuri näin , ja myös useat muut EU-maat noudattavat samanlaista strategiaa . Ellei muu maailma kuitenkaan seuraa perässä, nämä toimet eivät juurikaan vähennä edessämme olevaa valtavaa maailmanlaajuista riskia. Lintuinfluenssarokotteen valmistus on rutiinitoimenpide, ja se voitaisiin toteuttaa melko nopeasti, koska prosessi on identtinen kausi-influenssarokotteen valmistuksen kanssa. Epäilen kuitenkin, että väestön rokottaminen riittävän nopeasti on mahdollista. Suuret maat, kuten Saksa, haluavat ilmeisesti odottaa, kunnes virus on mutatoitunut. Miten muuten voisi tulkita Saksan liittovaltion terveysministeriön lausuntoa, jonka mukaan Saksa hankkisi lintuinfluenssarokotteita vain ” jos kyseessä on olemassa oleva tai välittömästi uhkaava tartuntatauti ”? Mikä voisi mennä pieleen? On pelottavaa, että Yhdysvalloissa raakamaitoa puolustava henkilö saattaa pian tulla terveys- ja sosiaaliministeriksi. Muut maat suhtautuvat uhkaan vakavammin. Vaikka useimmat maat – mukaan lukien Suomi – ovat purkaneet valtion ylläpitämät rokotekehityskeskuksensa vuosia tai vuosikymmeniä sitten, Yhdistynyt kuningaskunta on säilyttänyt valtion omistaman rokotekehitys- ja arviointikeskuksen (VDEC, UKHSA:n rokotekehitys- ja arviointikeskus ). Yhdistyneen kuningaskunnan hallitus on juuri antanut VDEC:lle tehtäväksi valmistaa 5 miljoonaa annosta lintuinfluenssarokotetta mahdollisen epidemian varalta ( https://www.euronews.com/health/2024/12/03/uk-purchases-5-million-bird-flu-vaccine-doses-to-prepare-for-possible-pandemic ). Kun ihmisten kuolleisuusaste on jopa 30 % , lintuinfluenssa saa Covid-19:n (0,3 %:n kuolleisuus rokottamattomilla minun ikäisilläni) näyttämään melkein edulliselta. Vaikka 30 prosentin kuolleisuus on todennäköisesti yliarvioitu, jopa 3 prosentin kuolleisuus olisi silti noin 10 kertaa pahempi kuin COVID-19:n. Toisin kuin COVID-19:n tapauksessa, tunnemme tämän viruksen ja voisimme varautua siihen hyvin. Mutta epäpätevän hallituksen vuoksi (enkä tarkoita tällä vain tulevaa Yhdysvaltain hallitusta) olemme menossa suoraan kohti maailmanloppua. On epätodennäköistä, että mikään Warp-Speed-operaatio tai rokotuskampanja olisi tarpeeksi nopea pysäyttämään influenssa-aaltoa, joka leviää ympäri maailmaa nopeammin kuin koskaan, koska lentomatkustaminen on jo ylittänyt COVID-19-pandemiaa edeltäneen tason ja kasvaa edelleen. Hyvää uutta vuotta – ja älkää unohtako varastoida wc-paperia! Tämä kirjoitus perustuu löyhästi keskusteluun uusista taudeista The Skeptics’ Guide to the Universe -podcastin jaksossa #1017.

Laboratoriomme ei mene konkurssiin vuonna 2025!

Fri, 29 Nov 2024 00:00:00 +0000

Laboratoriollamme on ollut niin huonoa onnea viimeaikaisissa apurahahakemuksissaan, että olin jo vakavasti harkinnut vaihtoehtoisia urapolkuja. Kuten raitiovaununkuljettajaksi ryhtymistä. Helsinki ja sen lähikaupungit laajentavat raitiovauniverkostojaan, ja hyviä kuljettajia on harvassa. Suomen Syöpäliitto ( https://syopasaatio.fi/en/homepage/ ) on kuitenkin nyt katkaissut epäonnisen putkemme! Vaikka kyseessä onkin vain vaatimaton summa, katson tulevaisuuteen toiveikkaasti. Kaikki tutkimus ei ole yhtä kallista: jotkut menetelmät vaativat enemmän rahaa kuin toiset, ja omamme kuuluvat budjettipäähän tässä asteikossa. Mikä projekti sai rahoitusta? No, kyseessä ei ole meidän uusi proteiinin ilmentymisjärjestelmämme, vaan projekti, jonka tarkoituksena on vastata kysymykseen, joka on vaivannut monia verisuonibiologian tutkijoita vuodesta 2001 lähtien, jolloin Achenin/Stackerin laboratorio julkaisi artikkelin, jossa osoitettiin, että hiiren ja ihmisen VEGF-D:llä EI ole samoja reseptoreita, mutta että hiiren VEGF-D ei sitoudu hiiren VEGFR-2:een ( Baldwin et al., 2001 ). Osoitimme vuosina 2011 ja 2019 , että katepsiini D:n aiheuttama VEGF-D:n proteolyyttinen aktivaatio johtaa ihmisen VEGF-D:n VEGFR-3-sitoutumisen täydelliseen menetykseen. Jos tämä pätee myös hiiren VEGF-D:hen, kyseessä olisi kasvutekijä ilman reseptoria! Tämä ei ole mahdotonta, mutta se olisi poikkeuksellista. On tärkeää selvittää nämä molekyylitason yksityiskohdat oikein, koska testaamme tulevia syöpälääkkeitämme aina hiirillä. Jos hiirien ja ihmisten välillä on suuri ero angiogeenisessä signalointissa, tämä voisi tehdä suuresta osasta hiiritutkimustietoja hyvin vaikeasti tulkittavia ja ehkä jopa selittää, miksi lääkkeet, jotka toimivat hyvin hiirillä, epäonnistuvat ihmisillä. On huomionarvoista, että kaikista lääkkeistä juuri syöpälääkkeillä on huonoimmat onnistumisprosentit kliinisissä tutkimuksissa. On perusteltua syytä uskoa, että VEGF-D on VEGF-perheen ”paha poika” VEGF-perheessä, eli se, joka on vastuussa syöpien vastustuskyvyn kehittymisestä VEGF-A:n estämiseen perustuvia antiangiogeenisiä syöpähoitoja vastaan. Joka tapauksessa suuri kiitos Suomen Syöpäliitolle! Lue täältä palkinnosta.

JuFo-ranking: Huonompi vaikutuskerroin?

Sat, 02 Nov 2024 00:00:00 +0000

Muutokset suomalaisessa tohtorikoulutuksessa Kaikki suomalaiset yliopistot ovat lieventämässä väitöskirjan vaatimuksia. Aiemmin vaadittujen 3–4 julkaisun sijaan väitöskirjan voi nyt puolustaa 2–3 julkaisulla. Yksi tämän muutoksen puolesta esitetty peruste oli tasapuolisten toimintaedellytysten luominen suhteessa muihin maihin. Yksikään suurista Euroopan maista ei vaadi julkaisuja tohtorintutkinnon suorittamiseksi: ei Iso-Britannia, Saksa, Ranska eikä Italia. Muut Skandinavian maat ovat ainoat muut Euroopan maat, joilla on (tai on ollut) vastaavia vaatimuksia vaadittavien julkaisujen lukumäärän suhteen, ja Ruotsin järjestelmä on lähes samankaltainen kuin Suomen. Jos tavoitteena oli kansainvälinen yhdenmukaistaminen, muutoksen olisi pitänyt olla radikaalimpi, eli julkaisuvaatimuksista olisi pitänyt luopua kokonaan. Uudet säännöt kuitenkin vain varmistavat, että menetämme laadussa sen, mitä voimme määrässä. Pidän parempana, että tohtoreita on vähemmän, mutta he ovat paremmin koulutettuja, mutta nykyhallituksemme haluaa ilmeisesti vain kasvattaa Suomen tuottamien tohtoreiden määrää. Julkaise tai kuole Pelkään, että pyrkimys lyhentää tohtoriopintoja saattaa heikentää julkaisujen laatua. Tohtoriopiskelijat ovat nyt paineen alla julkaista kolme artikkelia 3–4 vuoden kuluessa. Heti kun ”pienin julkaistava kokonaisuus” on saatu valmiiksi, se työnnetään ulos maailmaan. Harvoilla tutkimusryhmillä on varaa lykätä tutkimustulosten julkaisemista pitkään, koska ”julkaise tai kuole” -kulttuuri kukoistaa edelleen. Vaikka Suomi on luopunut vaikutuskertoimesta (hyvä asia), olemme korvanneet sen vähemmän läpinäkyvällä järjestelmällä (huono asia). Suomessa käytetään tällä hetkellä JuFo-järjestelmää, jossa lehdet luokitellaan luokkiin 0–3 ”asiantuntijoiden yksimielisen arvion” perusteella. JuFo on lyhenne sanasta Julkaisufoorumi (“Julkaisufoorumi”). Koska jokaisella (myös asiantuntijoilla) on omat suosikkilehtensä, tämä avaa oven puolueellisuudelle ja jopa manipuloinnille. On runsaasti esimerkkejä erittäin arvostetuista, yli 10:n vaikutuskertoimen lehdistä, joiden hylkäysaste on tähtitieteellisen korkea ja jotka luokiteltiin pitkään JuFo 1 -luokkaan, kunnes – kyseisen JuFo-paneelin jäsenten vaihdoksen jälkeen – ne lopulta pudotettiin tasolle 2. Miksi JuFo-luokituksia ylipäätään on olemassa? Yksi perustelu on, että Journal Impact Factor (JIF) ei ota huomioon eri tutkimusaloilla vallitsevien julkaisu- ja viittauskulttuurien yksilöllisiä eroja. Nämä erot ovat valtavia, mutta luokiteltuaan kaikki lehdet omiin kategorioihinsa (esim. kliininen lääketiede vs. kielet vs. maatalous jne.) voitaisiin kehittää kompensointikaava (joka voisi sisältää jopa manuaalisesti määritettyjä kompensointikertoimia) JIF:n mukauttamiseksi tällaisten tieteenalojen välisten erojen mukaan. Ohjelmistoskripti voisi hoitaa kaiken JuFo-paneelien työn automaattisesti ja läpinäkyvästi. Bibliometrian tutkijat ovat ehdottaneet tällaisia parempia vaihtoehtoja JIF:lle. Lähetä minulle sähköpostia, jos mielestäsi olen jättänyt jotain huomiotta! Anekdootit vastaan dataJärjestelmä, joka mahdollistaa lehtien ”manuaalisen” alaluokittelun, on varmasti hyvä asia. Kannatan myös JuFon pyrkimystä kerätä yksittäisten tutkijoiden palautetta. Kun kuitenkin lasketaan, kuinka monta lehteä JuFo joutuu arvioimaan, huomaa, että palautteen kerääminen 180 yksittäisen tutkijan kokemuksista ja sen perusteella 60 lehden luokituksen alentaminen on ongelmallista. Näin kävi muutama vuosi sitten. Jos oletetaan, että KAIKKI palaute on ollut negatiivista ja KAIKKI negatiivinen palaute on johtanut luokituksen alentamiseen, kunkin lehden kohdalla tapauksia on vain hyvin vähän. Todisteisiin perustuvan lääketieteen piirissä jotkut näistä tapauksista saattavat olla anekdootteja. Älkää ymmärtäkö minua väärin: nämä päätökset eivät todennäköisesti ole vääriä, eikä ole väärin kerätä palautetta tutkijoilta. Itse asiassa oma kokemukseni yhdestä luokitusta alennetusta lehdestä (International Journal of Molecular Sciences) viittaa varsin selvästi saalistavaan julkaisutoimintaan. Näiden päätösten taustalla olevat tiedot eivät kuitenkaan ole parhaita mahdollisia, ja olisi yllättävää, jos jokainen näistä päätöksistä kestäisi tarkemman tarkastelun. On vaikea kuvitella, miten tällainen palaute voisi välttää puolueellisuutta. Kyseessä on itseilmoitus, ja tutkijoilla saattaa olla kannustin raportoida negatiivisista kokemuksista. Arviointi käyrän mukaan Toinen vähän tunnettu tosiasia on, että JuFo on nollasummapeli. Lehtiä ei voida jakaa vapaasti neljän luokan kesken, vaan JuFo käyttää eräänlaista ”käyrän mukaista arviointia”: enintään 10 % tietyn JuFo-paneelin (esim. Chemical sciences) lehdissä julkaistuista artikkeleista saa kuulua JuFo-luokkaan 3. Tämä ottaa huomioon eri alojen väliset erot julkaisumäärissä. Jos me – tiedeyhteisö – kuitenkin parannamme julkaisutuotantomme laatua yleisesti, tämä ei näy JuFo-luokituksessa. Se on mielestäni väärin (samojen pedagogisten syiden vuoksi, joiden vuoksi kouluja kehotetaan välttämään oppilaiden arviointia käyrän mukaan). Päätökset suljettujen ovien takana? Toinen suuri ongelma on läpinäkyvyys. Se, että joudun edellisessä kappaleessa spekuloimaan luokituksen alennuksiin johtaneista luvuista, on huolestuttavaa:

”Biologiset lääkkeet” luennot suomeksi

Fri, 01 Nov 2024 00:00:00 +0000

Farmasian tutkimuksen, kehittämisen ja turvallisuuden kansainvälisen maisteriohjelman (MPHARM) ohjausryhmä sai vuonna 2022 ryhmänä Innoopeli-palkinnon opetuksen kehittämisestä Farmasian tiedekunnassa . Ohjausryhmän jäsenenä olin hieman yllättynyt, sillä silloin yksikään opiskelijamme ei ollut vielä valmistunut. Ennenaikainen kehuminen sai kuitenkin hyväksynnän aiemmin tänä vuonna, kun ensimmäinen erä opiskelijoita valmistui . Tänä vuonna Innoopeli 2024 -palkinnon sai Patrick Laurén , Farmaseutin koulutusohjelman johtaja. Minä sain ”kunniamaininnan” opetustoiminnastani . Yllätyin eniten siitä, että suomenkielisiä opetusyrityksiäni arvostettiin. Olen käynyt suomen kielen kursseja nimenomaan koska halusin opettaa suomen kielellä. Nyt olen jopa kokeillut taitojani muutamaan otteeseen. Hyvät FARM-310 (Biologiset lääkevalmisteet, peruskurssi) -opiskelijat, antakaa anteeksi, koska en tiennyt, mitä olin tekemässä! Suomenkielinen opettaminen on ollut haastavaa, mutta kyllä se onnistuu. Se vaatii kuitenkin minulta reilusti enemmän valmistautumisaikaa kuin englanninkielinen luento. Haluan myös kiittää opettajiani Emmi, Yrjö ja Taija! Ehkä tärkeintä oli kannustuksenne huonosta suorituksestani huolimatta. Minulla on videotodiste heikosta ensimmäisestä yrityksestäni, mutta olen hiljalleen parantamassa. Tässä ovat linkit suomenkielisiin ja englanninkielisiin luentokalvoihin (niiden pitäisi olla ihan kunnossa kolmen vuoden parannusten jälkeen, mutta ottakaa rohkeasti yhteyttä, jos löydätte kieli- tai asiavirheitä):

Proteiinien tuotanto ammattilaisia paremmin

Thu, 31 Oct 2024 00:00:00 +0000

Onnittelut, Laura ja Akseli! Artikkelinne Scientific Reports -lehdessä ( https://doi.org/10.1038/s41598-024-77104-3 ) on vankka tutkimus, jolla on merkitystä paitsi sydän- ja verisuonitautien kannalta myös työmme kannalta, jota teemme lipedeemaan/lipoedeemaan (ja siten mahdollisesti jopa lymfedeemaan, joka on ollut tutkimuksemme pääkohde aiemmin). Sepelvaltimotaudin ja lipedeeman välillä on hämmästyttäviä yhtäläisyyksiä, sillä molempia voidaan pitää rasvan varastointihäiriöinä.Kiitos myös Khushbulle ja Betülille siitä, että he auttoivat Lauraa tuottamaan ja puhdistamaan niin korkealaatuista LCAT-proteiinia, joka toimi paremmin kuin kaupallisesti saatavilla olevat proteiinivalmisteet! Ehkä suuri osa salaisuudesta piili siinä, että pystyimme saavuttamaan korkeat ilmentymistasot verrattuna muihin järjestelmiin. Kokeilimme ensimmäistä kertaa HEK293T-soluja räätälöidyllä CHO-vektorilla ( pCHOKE-B-LCAT-H6 ), ja se toimi yllättävän hyvin. pCHOKE-B koottiin alusta alkaen, ja siihen sisällytettiin useita vuosien varrella kehitettyjä parannuksia verrattuna tavallisiin CHO-ilmentymisvektoreihin. Vektori sisältää

Kuvia esityksiin ja havainnollistamiseen

Mon, 09 Sep 2024 00:00:00 +0000

Lupasin tammikuussa luetella verkkosivustoja, joilta löytyy ilmaisia kuvia ( ilmaisia sekä taloudellisessa että vapauden merkityksessä ). Sitten unohdin lupaukseni. Koska käytän pääasiassa Inkscapea kuvitusten piirtämiseen, etsin yleensä SVG-kuvia. Inkscape on avoimen lähdekoodin ohjelmisto, jolla luodaan vektorigrafiikkaa. SVG ei ole vain vektorigrafiikan verkkostandardi, vaan myös Inkscapen oma tiedostomuoto. Joskus myös PNG- tai JPEG-kuvat käyvät, jos ne voidaan helposti muuntaa SVG-kuviksi (esim. siluetit). Toisinaan etsin 3D-kuvia (“malleja”), ja silloin pidän niistä parhaiten Blender -muodossa (ainoa 3D-ohjelmisto, jota olen käyttänyt useammin kuin vain muutaman kerran).Verkossa on kahta erilaista vapaasti käytettävää kuvatyyppiä: Public Domain ja Creative Commons . Public Domain -kuvia voi käyttää ilman rajoituksia, kun taas Creative Commons -kuviin liittyy yleensä joitakin rajoituksia. Yleisin rajoitus CC-lisensoiduille kuville on, että tekijän nimi on mainittava. Joskus on myös lisärajoituksia, kuten kaupallisen käytön tai muokkaamisen kieltäminen.Kun teet kuvahakua Googlen tai DuckDuckGon avulla, voit rajata hakutulokset vain tiettyä lisenssiä noudattaviin kuviin. Google ja DuckDuckGo kattavat kuitenkin vain murto-osan internetistä, ja on olemassa hakusivustoja, jotka ovat erikoistuneet tiettyjen kuvien etsimiseen.Voit myös pyytää tekoälyä luomaan täydellisen kuvan. Yleensä tarvitaan useita yrityksiä, ennen kuin saat jotain käyttökelpoista, etkä voi koskaan saada tekijänoikeuksia kuvaan, vaikka olisit viettänyt tunteja täydellisen kehotteen suunnitteluun. Voit kokeilla esimerkiksi DALL·E 3:a , tai voit jopa käyttää joitakin tekoälypohjaisia kuvageneraattoreita omalla tietokoneellasi, kuten Stable Diffusion . Yllä oleva kuva on luotu DALL·E 3:lla seuraavan ohjeen avulla: ”Henkilö, jota ympäröivät kuvat, symboloimassa täydellisen kuvan etsimistä.”

Mitä me oikeastaan tiedämme varmasti lipödeemista?

Mon, 09 Sep 2024 00:00:00 +0000

Lipedeema on ihonalaisen rasvakudoksen kertyminen, erityisesti alavartaloon, joka ei väisty painonpudotuksesta ja jota esiintyy lähes yksinomaan naisilla. Se on usein kivulias, altistaa mustelmille ja siihen liittyy todennäköisesti geneettinen tekijä, jonka laukaisijana ovat todennäköisesti hormonaaliset muutokset. Vaikka lipoedeema tunnistettiin sairaudeksi jo yli 80 vuotta sitten, tietomme sairaudesta ja sen syntymekanismeista ovat puutteellisia. Syynä tähän on etenkin se, että lipoedeema on vasta äskettäin sisällytetty viralliseen sairausluetteloon. Lähes kaikki sairauden näkökohdat ovat kiistanalaisia, luokittelusta lähtien. Lipödeemin oireet ovat samankaltaisia kuin liikalihavuuden, lipodystrofioiden, lymfedeemien ja sidekudossairauksien oireet. Erityisiä testejä ei vielä ole, ja epävakaan diagnoositilanteen vuoksi lipödeemin esiintyvyydestä on myös huomattavaa epävarmuutta; arviot vaihtelevat laajasti välillä 1:75 000 – 39 % kaikista naisista. Lipödeemin syystä on esitetty monia hypoteeseja, muun muassa että kyseessä olisi rasva-aineenvaihdunnan häiriö, sidekudoksen häiriö, tulehdussairaus tai immuunisairaus. Lopullista syytä ei ole vielä löydetty, eikä ”lipödeemigeenien” etsiminen ole toistaiseksi tuottanut selkeitä tuloksia, lukuun ottamatta yksittäisiä geenejä, joilla on merkitystä vain pienelle osalle potilaista.

6. Sveitsin imusolmukesymposiumi

Sat, 07 Sep 2024 00:00:00 +0000

6. Swiss Lymphsymposium on juuri päättynyt. Tämän symposiumin suosio näyttää kasvavan jokaisella kerralla, ja kuulin, että tänä vuonna oli jopa jonotuslista. Juzo AG oli kutsunut asiantuntijoita keskustelemaan aiheista, jotka liittyvät sekä turvotukseen että liikalihavuuteen. Tapaaminen oli mielenkiintoinen, eikä siinä vältelty kiistanalaisia aiheita. Minun kaltaiselleni laboratoriotutkijalle on aina innostavaa saada terveydenhuollon ammattilaisten näkökulma sairauksiin, joiden molekyylitason mekanismeja tutkin. Olin ollut mukana 3. Sveitsin lymfasymposiumissa vuonna 2021 , ja sen jälkeen on tapahtunut monia kehityskulkuja, joihin en ole halunnut kiinnittää huomiota perusbiolääketieteellisen tutkimuksen ”norsunluutorniini” sulkeutuneena. Erityisesti uudet S2k-lipedeema-ohjeet , jotka ovat olleet voimassa vuoden 2024 alusta lähtien, herättivät paljon huomiota.Uusissa lipedeema-ohjeissa tarkastellaan kysymyksiä ja tavoitteita, jotka liittyvät diagnostisiin kriteereihin, erotusdiagnoosiin, siihen, miten komorbiditeetit vaikuttavat diagnoosiin ja hoitoon, mitä hoitomahdollisuuksia on olemassa ja miten potilaat voivat aktiivisesti osallistua sairauden hallintaan. Kun otetaan huomioon, kuinka vähän tiedämme lymfedeeman etiologiasta, nämä tavoitteet ovat kunnianhimoisia. Tohtori Tobias Bertsch Földi-klinikalta piti erittäin intohimoisen ja vakuuttavan esitelmän näiden ohjeiden merkitsemästä edistysaskeleesta puheessaan ”Uudet lipoedeemaoireyhtymää koskevat ohjeet – enemmän valoa kuin varjoa”. Esitys seurasi suurin piirtein kannanottoa , jonka hän julkaisi yhdessä monien muiden eurooppalaisten asiantuntijoiden kanssa. Ainoa kohta, jossa kannanotto poikkeaa eniten ohjeista, on rasvaimun arviointi hoitovaihtoehtona. Kannanotossa todetaan selvästi, että rasvaimulla ei saavuteta pitkäkestoisia tuloksia, kun taas ohjeissa tästä aiheesta puhutaan yllättävän niukasti, ja saavutettu konsensus sai kirjoittajilta vähiten tukea kaikista suosituksista.Laboratoriotutkijalle päätösten tekeminen ilman korkeatasoista näyttöä on tyydyttämätöntä. Terveydenhuollon ammattilaisille suunnatut ohjeet eivät kuitenkaan voi käyttää samaa kieltä kuin tieteelliset artikkelit, sillä se heikentäisi niiden hyödyllisyyttä. ”Se, joka parantaa, on oikeassa”, ja jos uudet ohjeet johtavat parempiin hoitotuloksiin, ne täyttävät tarkoituksensa. Ohjeet – kuten tieteellinenkin tieto – ovat aina väliaikaisia ja niitä voidaan muokata, kun parempaa näyttöä tulee saataville. Samalla meidän on varottava estämästä kehitystä pitämällä niitä pyhänä totuutena. Loppujen lopuksi sanonta ”Se, joka parantaa, on oikeassa” on peräisin Samuel Hahnemannilta, saksalaiselta lääkäriltä, joka perusti homeopatian (joka on pohjimmiltaan noituutta; tarvitseeko tätä edes mainita?). Siitä huolimatta Samuel Hahnemannin elinaikana homeopatian käyttö johti todennäköisesti parempiin hoitotuloksiin kuin tuon ajan valtavirran hoitomenetelmät, kuten verenvuoto tai valmiit elohopealääkkeet, jotka olivat usein paitsi hyödyttömiä myös vaarallisia tai myrkyllisiä.Miten suhtaudun lipedemaanSeurattuani lipedema-alaa muutaman vuoden ajan hypoteesini on, että lipedema on yksi päätepiste ihmisen rasvanvarastointifysiologian laajalla spektrillä. Rasvan varastointi on ollut niin suuri etu 99,999997 %:lla evoluution ajasta, että luonto oli valmis hyväksymään monimutkaisiin ja vaikeisiin järjestelmiin liittyvät lukuisat riskit. Mitä monimutkaisempi koneisto, sitä useammin se pettää, ja monet perinnölliset rasva-aineenvaihduntaan liittyvät sairaudet ovat tämän koneiston toimintahäiriöitä. Keskeinen ongelma, jonka ratkaisemiseksi tämä monimutkainen koneisto on kehittynyt, on rasvan liukenemattomuus veteen. Rasvan kuljettaminen solun sisään ja ulos edellyttää rasvan muuttamista vesiliukoiseksi. Veressä tämä saavutetaan pakkaamalla rasvamolekyylit lipoproteiinihiukkasiin. Polttamatta jääneet lipidit varastoituvat jonnekin. Ne voivat varastoitua ihonalaisesti tai vatsaonteloon. Rasvan varastointitapoja on muitakin, mutta tämä on yksinkertaistettu versio: jokaisella ihmisellä on hieman erilainen rasvan jakautuminen vatsaonteloon ja ihonalaisesti monien geenien ja ympäristön monimutkaisen vuorovaikutuksen perusteella. Joillakin ihmisillä tämä vuorovaikutus johtaa näiden kahden rasvavaraston väliseen äärimmäiseen epätasapainoon, jolla on patologisia seurauksia. Esimerkiksi sepelvaltimotaudissa useimmilla ihmisillä geneettinen taakka johtuu monista geeneistä (polygeeninen), kun taas pienellä osalla potilaista yksi tai muutama geeni saattaa selittää sairauden (monogeeninen tai oligogeeninen). Geenien etsiminen ei todennäköisesti tuota käytännön kannalta merkityksellisiä tuloksia useimmille lipedeemapotilaille. Kuitenkin, kuten sepelvaltimotaudin tapauksessa, riskitekijöitä saattaisi olla mahdollista tunnistaa. Tunnemme jo kolme lipedeeman riskitekijää: naissukupuoli, hormonaaliset muutokset ja taudin esiintyminen suvussa. Olisi hyödyllistä tunnistaa lisää riskitekijöitä, joita on helpompi muuttaa kuin näitä kolmea jo tunnettua. Tarvitsemme lipedemalle jotain vastaavaa kuin veren rasva-arvojen mittaus sepelvaltimotaudille. Tässä on linkki esitykseeni (jota päivitän ajan myötä paremmilla tiedoilla): Mitä me oikeastaan tiedämme lipedeemasta? . Voit myös ladata saksankielisen version Was wissen wir eigentlich sicher über Lipödeme? – Eine Bestandsaufnahme .

Onko kaloilla hengitysvaikeuksia?

Fri, 28 Jun 2024 00:00:00 +0000

Kalat hengittävät kiduksillaan, mutta monille niistä tämä on kirjaimellisesti vain puoli totuutta. Vaikeus saada happea vedestä on se yksittäinen tekijä, joka eniten on muokannut kalojen evoluutiota. Maaeläimet altistuvat pääosin samalle happipitoisuudelle, mutta kalojen on toimittava vesissä, joiden happipitoisuus vaihtelee huomattavasti ja muuttuu nopeasti. Lisäksi vesi sisältää paljon vähemmän happea kuin ilma, ja hapen diffuusio vedessä on suuruusluokkia hitaampaa kuin hapen diffuusio ilmassa. Siksi kalojen evoluutio joutui keksimään luovia tapoja

Kuka vielä tekee restriktioentsyymikloonausta?

Thu, 27 Jun 2024 00:00:00 +0000

Rajoitusentsyymit katkaisevat DNA:n tietyistä kohdista ja mahdollistavat siten – yhdessä DNA:ta sitovien entsyymien kanssa – molekyylitason leikkaa-ja-liimaa-toimenpiteet, jotka ovat edelleen nykypäivän rekombinantti-DNA-rakenteiden perustana. Vaihtoehtoisia kokoonpanomenetelmiä on aina ollut, mutta noin 10 vuotta sitten restriktiokohtien kloonaus sai vakavan kilpailijan yksiputkisista, homologiaan perustuvista kokoonpanostrategioista (etenkin ”Gibson-kokoonpanosta” ja sen johdannaisista). Tästä huolimatta restriktiokohtien asema on edelleen tärkeä kaikissa rekombinantti-DNA-laboratorioissa.Restriktioentsyymien laajaa valikoimaa tarjoavia kaupallisia toimittajia ei ole paljon. New England Biolabs ja ThermoFisher ovat kaksi suurta toimijaa ja ainoat toimittajat, joilla on tarjolla yli 200 erilaista entsyymiä. Kaikilla muilla toimijoilla (Roche, TaKaRa, Promega) on huomattavasti suppeampi valikoima. Noin 10 vuotta sitten väitin, ettei kenenkään pitäisi käyttää ThermoFisherin FastDigest-entsyymejä. Voit lukea kyseisen blogikirjoituksen , mutta sen ydinviesti on seuraava: ThermoFisher ei tarjoa entsyymeistään riittävästi tietoa, jotta niitä voitaisiin käyttää tasavertaisesti sekaympäristössä, jossa on mukana täysin avoimesti toimivien toimittajien, kuten New England Biolabsin (NEB), entsyymejä.Tämä sulkeutuneisuus on saanut ThermoFisherin keksimään oman määritelmänsä restriktioentsyymien aktiivisuudelle 5 minuutin ikkunan perusteella, mikä tekee suorista vertailuista kilpailijoiden entsyymien kanssa mahdottomia, koska nämä käyttävät standardina 1 tunnin ikkunaa. Koska entsyymit säilyvät reaktiossa vaihtelevan ajan ja koska ThermoFisher – toisin kuin NEB – ei tarjoa lainkaan tietoja entsyymiensä säilyvyysajoista, merkityksellistä vertailua ei ole mahdollista tehdä. Voidaan kysyä, oliko uuden yksikön määritelmän ainoana tarkoituksena estää vertailut. Pelkästään tämä olisi jo riittävä syy välttää ThermoFisheriä kuin ruttoa, mutta siihen ei jää. Vuonna 2014 huomautin, että ThermoFisherin ostettua Fermentasin, yhtään uutta FastDigest-entsyymiä ei ollut lisätty heidän tuotevalikoimaansa. Tämä väite pätee edelleen vuosikymmen myöhemmin (ja se pätee yhtä lailla perinteisiin restriktioentsyymeihin). Myös NEB:llä restriktioentsyymien kehitys on hidastunut, mutta vuodesta 2015 lähtien NEB on lisännyt valikoimaansa noin viisi HighFidelity-entsyymiä (ApoI, BbsI, BclI, BsiWI, BstZ17I) sekä muutamia perinteisiä restriktioentsyymejä.Suurin ongelma, jonka näen ThermoFisherin salailupolitiikassa, on se, että tuskin kukaan tietää, että he myyvät isoskizomeereja prototyyppientsyymin nimellä. Vaikka he kertovat avoimesti isoskizomeerien käytöstä muissa kuin FastDigest-tuotteissaan, he eivät paljasta FastDigest-entsyymiensä identiteettiä. Monet FastDigest-entsyymeistä ovat isoskizomeereja Arvydas Janulaitisin mukaan monet FastDigest-entsyymeistä ovat isoschizomeja. Janulaitis on Fermentasin entinen tieteellinen johtaja; kyseinen yritys kehitti FastDigest-järjestelmän ennen kuin ThermoFisher osti sen vuonna 2010. Äskettäin päivitetyssä esitteessä Thermo Scientific yrittää luoda kuvan ylivoimaisuudestaan NEB:hen nähden, mutta onnistuu huijaamaan vain kloonauksen aloittelijoita. Infografiikassaan he yrittävät korostaa puskurin valinnan yksinkertaisuutta ThermoFisherin restriktioentsyymivalikoimassa ja vertaavat sitä NEB:n valikoimaan.Se jättää kuitenkin huomiotta 190 perinteistä entsyymiään, jotka eivät ole yhteensopivia FastDigest-puskurin kanssa (ja tähän ryhmään kuuluu tärkeitä entsyymejä, kuten ”GoldenGate”-tyypin IIS-entsyymi BsmBI). Tietojen oikaisemiseksi olen laatinut paremman graafisen vertailun ThermoFisherin ja NEB:n välillä, joka on tämän blogikirjoituksen pääkuva. Jopa oma vertailuni on visuaalisesti harhaanjohtava, koska siinä ei oteta huomioon päällekkäisiä entsyymejä, joita ThermoFisherilla on paljon sen aggressiivisen yritysostostrategian vuoksi. Tässä vertailussa näyttää siltä, että ThermoFisher tarjoaisi enemmän erilaisia entsyymejä, mutta näin ei ole lainkaan. Redundanssit huomioon ottaen NEB:llä on 257 erilaista kaupallisesti saatavilla olevaa restriktioentsyymiä, kun taas ThermoFisherillä on vain 209. En laskenut niitä itse, vaan luotin parhaan kloonaussuunnittelu- ja dokumentointiohjelmiston SnapGene uusimpaan entsyymikuvaus-tiedostoon. Vuonna 2014 valitin, että heidän Fast Digest -puskurinsa koostumus on salainen, ja kun tarkistin asian tänään, tilanne oli edelleen sama. Thermo Fisherin restriktioentsyymien saralla ei ole tapahtunut lainkaan edistystä: ei innovaatioita, ei lisääntynyttä läpinäkyvyyttä.

Ouriginal ei useimmiten onnistu havaitsemaan plagiointia

Thu, 23 May 2024 00:00:00 +0000

Ouriginal , aiemmin Urkund-nimellä tunnettu plagioinnin havaitsemispalvelu, on ollut käytössä Helsingin yliopistossa jo hyvin pitkään. Koska Ouriginal ei kyennyt käsittelemään joitakin opiskelijoidemme pro gradu -tutkielmia, käytin hieman aikaa Ouriginalin ja sen ongelmien tutkimiseen. Tässä ovat havaintoni. Ruotsalaisesta eurooppalaiseksi ja edelleen yhdysvaltalaiseksiMinulle ei ole selvää, mitä ohjelmistoa oikeastaan käytämme, sillä Ouriginal on syntynyt ruotsalaisen Urkundin ja saksalaisen PlagScanin fuusiosta, ja vuonna 2021 amerikkalainen Turnitin osti Ouriginalin. En tarvitse mitään tällaista ohjelmistoa, mutta yliopistomme vaatii, että opinnäytetyöt on skannattava kyseisellä ohjelmistolla. Koska luen ja arvioin vuosittain yhä enemmän opinnäytetöitä, käytän myös yhä enemmän Ouriginalia. Ouriginal tukee monia tiedostomuotoja, mutta tuki on buginen Tarkastellessani lähetysten historiaa huomasin, että noin toukokuun puoliväliin 2024 asti kaikki lähetetyt PDF-tiedostot oli analysoitu asianmukaisesti. Mutta viime viikolla jotain muuttui, sillä noin puolet lähetetyistä asiakirjoista jäi käsittelemättä. Tavanomaiset kikat (lähettäminen toisessa muodossa, kuten .docx, .odt, .ps, .rtf) toimivat joidenkin, mutta eivät kaikkien opinnäytetöiden kohdalla. Yksi opinnäytetyö oli erityisen hankala, eikä meidän ”asiantuntijoillamme” eikä Originalin tukipalvelun henkilökunnalla ollut aavistustakaan, miksi heidän ohjelmistonsa ei pystynyt käsittelemään sitä (mikä saa minut jälleen miettimään, mitä ohjelmistoa heidän taustajärjestelmänsä oikeastaan käyttää). Ouriginal on tutkinut asiaa jo kuukauden ajan ilman, että minulle olisi annettu vastauksia… Yliopistomme saa opetusministeriöltä rahoitusta valmistuvien opiskelijoiden määrän perusteella, ja menetämme tuhansia euroja jokaisesta opiskelijasta, joka ei valmistu ajoissa. Maksuvelvollisilla opiskelijoilla on myös vahva kannustin valmistua ajoissa lisäkustannusten välttämiseksi. Siksi jokainen viivästys valmistumisaikataulussa on mahdoton hyväksyä. Ouriginalin suorituskyky tuottaa pettymyksen järkyttävällä tunnistusasteella Koska Word-asiakirjan muuntamiseen PDF-tiedostoksi on kymmeniä tapoja, yritin rajata ongelman lähettämällä testiasiakirjoja Ouriginal-palveluun. Käytin käsikirjoituksia, jotka olemme julkaisseet viime vuosina. Olin järkyttynyt huomatessani, että Ouriginal ei onnistunut havaitsemaan plagiointia yli puolessa tapauksista. Syynä eivät ole maksumuurit, sillä lähes kaikki julkaisumme ovat vapaasti saatavilla. Julkaisun uutuus tai lehden laatu eivät myöskään vaikuttaneet tuloksiin havaittavalla tavalla. Näyttää kuitenkin selvältä, että Ouriginalilla on enemmän ongelmia muiden kuin englanninkielisten asiakirjojen kanssa. On erittäin vaikea selittää, miksi niin monia vapaasti saatavilla olevia tieteellisiä tekstejä arvostetuista lehdistä ( Scientific Reports , Angiogenesis , Annals of Anatomy ) eivät ole Ouriginalin indeksoimia. Plagioinnin tunnistamatta jääminen Helsingin yliopiston omasta väitöskirjarekisteristä Ouriginal ei indeksoi edes oman yliopistomme vapaasti saatavilla olevia väitöskirjoja ( https://ethesis.helsinki.fi ). Yhtäkään omassa laboratoriossani kirjoitettua väitöskirjaa ei tunnistettu. Tarkistin myös oman väitöskirjani , ja se oli ainoa, joka tunnistettiin (Ouriginal löysi sen [docslib.org]-sivustolta ( https://docslib.org/doc/7864611/vegfr-3-ligands-and-lymphangiogenesis ), ei oman yliopistomme virallisesta väitöskirjarekisteristä). Onko järkevää maksaa tällaisesta puutteellisesta palvelusta? En usko. Tärkeiden lehtien vapaasti saatavilla olevien tekstien puuttuminen vaikuttaa anteeksiantamattomalta, sillä yksinkertainen Google-haku toimii paremmin. Tein Google-hakuja tunnistamattomista teksteistä löytyneillä lauseilla, ja useimmissa tapauksissa Google tunnisti alkuperäisen lähteen ongelmitta. Mikä tahansa ohjelmoija voi kirjoittaa Python-skriptin, joka jakaa tekstit lauseiksi yksittäisiä Google-hakuja varten ja kokoaa tulokset yhteen, yhden iltapäivän aikana. Miksi ylläpitäisit omaa tietokantaasi, jos Google hoitaa asian paremmin kuin sinä? Seuraavista julkaistuista käsikirjoituksista/opinnäytetöistä/konferenssijulkaisuista ei havaittu plagiointia:*

Opiskelijavalinnan hakukeskustelu

Thu, 09 May 2024 00:00:00 +0000

Yhä useammat yliopistomme maisteriohjelmat ovat ottaneet haastattelun osaksi valintamenettelyä. TRANSMED-ohjelman Tiina Immonen oli Helsingin yliopiston edelläkävijä, joka ensimmäisenä uskaltautui tälle alueelle. Jos sinut kutsutaan haastatteluun Helsingin yliopistoon, olet jo ylittänyt suurimman esteen, eli hakemuksesi arvioinnin. Päästäksesi sisään sinun on varmistettava, ettet mokaa haastattelua. Sinun ei tarvitse loistaa, mutta sinun on vastattava odotuksiin. Syynä on se, että haastatteluja on tunnetusti vaikea arvioida, ja siksi monet ohjelmat käyttävät niitä ensisijaisesti varoitusmerkkien seulomiseen.

MPHARM-virstanpylväs

Fri, 26 Apr 2024 00:00:00 +0000

Helsingin yliopiston lääketutkimuksen, -kehityksen ja -turvallisuuden kansainvälinen maisteriohjelma (MPHARM) on saavuttamassa uuden merkkipaalun: ensimmäiset valmistujamme jättävät pian opinnäytetyönsä. Torstaina juhlimme maisterintutkielmaseminaarin jälkeen, jossa ensimmäinen opiskelijaryhmä esitteli tutkielmatyönsä tulokset. Kuvan keskellä on Leena , ystävällinen johtajamme. Kuvasta puuttuu Tomi , jolle kuuluu suuri osa kunniasta siitä, että lääkekehitys- ja farmakologian opintopolku on ollut niin suuri menestys!

Mia Sivén, maailman ensimmäinen kestävän farmasian professori

Fri, 05 Apr 2024 00:00:00 +0000

Kun kysyimme ulkomaalaisilta opiskelijoiltamme, miksi he olivat päättäneet opiskella Helsingin yliopistossa, useat heistä mainitsivat kestävän kehityksen näkökohdat. Monet farmasian tiedekunnan tutkimusryhmät tutkivat aiheita, joilla on suuri merkitys kestävän tulevaisuuden kannalta. Esimerkiksi antibioottiresistenssin kasvavan uhan torjuminen on tiedekunnallemme erittäin tärkeä prioriteetti. Ja oma ryhmäni kehittää planeetan ympäristöystävällisintä proteiinintuotantojärjestelmää. Lääkkeen elinkaaren jokainen vaihe voidaan tarkastella kestävän kehityksen näkökulmasta. Siksi oli jo korkea aika, että tämä kattava teema tunnustettiin vihdoin perustamalla sille oma professuurin virka. Tietääksemme ensi kuussa Mia Sivén aloittaa työnsä maailman ensimmäisenä kestävän farmasian professorina . Ette varmaankaan ole yllättyneitä siitä, että olen erittäin iloinen tästä nimityksestä.

Kuoleeko suomen kieli?

Sat, 30 Mar 2024 00:00:00 +0000

Annikka Mutanen tarttui mielipidekirjoituksessaan Helsingin Sanomissa suomalaisten määrän ennustettuun vähenemiseen : Tämän vuosisadan lopussa suomalaistaustaisten määrä Suomessa on laskenut alle kahden miljoonan. Minä en ole enää elossa kokemassa tätä, mutta lapsillani on siihen hyvät mahdollisuudet.

Elämäntieteiden keskeiset elementit

Sun, 24 Mar 2024 00:00:00 +0000

Tässä on oma versioni yksinkertaistetusta jaksollisesta järjestelmästä biotieteiden opiskelijoille. Muutama vuosi sitten poikani opetteli ulkoa koko jaksollisen järjestelmän aina alkuaineeseen 118 (oganessoni) asti. Hän piti hauskana, että minä osasin vain kaksi ensimmäistä riviä. En ole nolostunut, vaikka en edes muista kahta ensimmäistä riviä kokonaan. On alkuaineita, joihin en työssäni juuri koskaan törmää, kuten alumiini. Kyllä, tiedän, että alumiinia käytetään rokotusten adjuvanttina. Mutta emmehän me edes pääse yksimielisyyteen siitä, kirjoitetaanko tämän alkuaineen nimi ”aluminium” vai ”aluminum”! Ja unohtaisin jopa berylliumin, ellei olisi sitä, että olen kerran ollut etsimässä berylli-jalokiviä (joita löytyy Suomesta ). Työssäni kohtaan korkeintaan ehkä 11 alkuainetta (jotka muodostavat yli 99,5 % ihmiskehosta). Kysymykseen siitä, kuinka monta alkuainetta on välttämättömiä ihmisen elämälle, ei ole helppoa vastata. Niiden määrä on jossain 19:n ja 29:n välillä. Miksi on niin paljon alkuaineita, joiden merkitys on tuntematon? Jotkut ”kiistanalaisista” alkuaineista eivät ehkä ole ehdottomasti välttämättömiä elämälle, mutta silti tarpeellisia hyvän terveyden kannalta. Mihin raja vedetään? Ja sitten on vielä ongelma siitä, miten välttämättömyys voidaan todistaa kokeellisesti. Monet kiistanalaisista alkuaineista ovat niin sanottuja ultrahivenaineita, ja on erittäin vaikeaa kasvattaa koe-eläimiä ympäristössä, josta puuttuu täysin pieninkin jälki näistä alkuaineista ( https://en.wikipedia.org/wiki/Biological_roles_of_the_elements ).

Ylikuormitettu IT-tuki

Fri, 23 Feb 2024 00:00:00 +0000

Ongelma: Järjestelmän kaatuminen käynnistyksen aikana

Yli vuosi sitten, muutama viikko sen jälkeen, kun olin saanut uuden työtietokoneeni, se ei käynnistynyt uudelleen järjestelmäpäivityksen jälkeen, vaan jumittui käynnistysprosessin alkuvaiheessa. Huomasin pian, että pystyin silti käynnistämään tietokoneen ”turvatilassa”. Outoa kyllä, mikään ei näytä olevan vialla, sillä kun poistun turvatilasta manuaalisesti käynnistysprosessin lopussa, tietokone toimii normaalisti. IT-osastomme on yrittänyt korjata ongelmaa monta kertaa tuloksetta. Jouduin jopa työskentelemään ilman tietokonetta noin kolme viikkoa, kun se oli ”korjauksessa”. Tiedät varmaan, kuinka paljon töitä voi saada tehtyä ilman tietokonetta: lähes nolla.Tietokoneellani on Cubbli 20.04.06LTS, epävirallinen Ubuntu-versio, jota Helsingin yliopisto ylläpitää sisäiseen käyttöön. Vaikka bioinformatiikkaa voi harrastaa myös Windows- tai macOS-tietokoneella, Linux on ylivoimaisesti paras valinta. Monet bioinformatiikan kehittäjät eivät edes vaivaudu julkaisemaan ohjelmistojaan Windowsille. MacOS toimii pääosin hyvin (koska sekin on UNIX-yhteensopiva käyttöjärjestelmä), mutta joutuisin maksamaan kaksinkertaisen hinnan samasta laskentatehosta.Tietokone on Lenovo P350 , jossa on NVIDIA T1000 -näytönohjaimella, jota käytän kahden näytön ohjaamiseen. Tarvitsen näytönohjainta pääasiassa 3D-mallinnukseen, fylogeneettiseen analyysiin ja vastaaviin tehtäviin. Tämä näytönohjain on saattanut aiheuttaa ongelman. En alun perin halunnut ostaa tätä mallia, mutta koska grafiikkakorteista oli tuolloin pulaa, IT-osasto sai minut vaihtamaan alkuperäisen valintani T1000-malliin.

Takaisin monografiaan?

Thu, 01 Feb 2024 00:00:00 +0000

Suomi oli tullut kansainvälisesti tunnetuksi korkeasti koulutettujen tohtoreiden tuottajana STEM-aloilla. Tämä johtui vaatimuksesta julkaista 4–5 tieteellistä artikkelia arvostetuissa tieteellisissä lehdissä. Ei ole yllättävää, että tämän saavuttaminen kesti keskimäärin noin seitsemän vuotta. Nykyään suomalaiset tohtorit ovat kansainvälisesti kenties paremmin tunnettuja siitä, että he ovat valmistuessaan suhteellisen iäkkäitä. Itse olin 34-vuotias kun sain tohtorihattuni . Minulta kesti hieman alle kuusi vuotta.Toisaalta ohjaajani oli niin viisas, että antoi minun tehdä mitä halusin, ja vietin melko paljon aikaa sivuprojekteissa, jotka eivät oikeastaan edistäneet etenemistäni kohti tutkintotodistusta. Se tarkoitti kuitenkin myös sitä, että hankin taitoja, tietoa ja verkostoja, joita en muuten olisi saanut. Jos 10 000 tunnin sääntöä tulkitaan kirjaimellisesti, 10 000 tuntia vastaa melko tarkalleen kuuden vuoden tohtoriopintoja.Tällä hetkellä Suomen opetusministeriö haluaa lyhentää tohtorintutkinnon suorittamiseen vaadittavan ajan kolmeen vuoteen. Tämä artikkeli World University News -lehdessä on tähän mennessä laajin englanninkielinen artikkeli, joka on julkaistu tästä hankkeesta. Kysymykseni ovat: Miksi? ja Miten? Miksi on melko ilmeistä: Suomi on jäänyt jälkeen OECD:n tilastoissa korkeasti koulutettujen ammattilaisten määrässä. Näiden lukujen parantamiseksi Suomi tarvitsee lisää tohtoreita. Ja koska keskittymiskyvyltään heikentyneiltä poliitikoilta ei voi odottaa kuuden vuoden odottelua, on loogista, että he suostuvat käyttämään rahaa tutkintomäärien kasvattamiseen, edellyttäen että se tapahtuu nopeasti.Mutta entä miten? Miten tohtoriopiskelijat voivat oppia kolmessa vuodessa sen, mitä he aiemmin oppivat kuudessa vuodessa? Jos se olisi mahdollista, se tarkoittaisi, että nykyinen tohtorikoulutuksemme on valtavan tehotonta. Voimmeko tiivistää sen kolmeen vuoteen laadusta tinkimättä? Optimointimahdollisuuksia on selvästi olemassa. Erityisesti opintojen rahoituksen osalta. Yliopistojen palkkaamia tohtoriopiskelijapaikkoja on jatkuvasti puuttunut. Tämän seurauksena monet tohtoriopiskelijat käyttävät merkittävän osan ajastaan apurahojen hakemiseen tai – mikä vielä pahempaa – osa-aikatyöhön saadakseen toimeentulonsa kasaan. Vaikka palkkaaminen on ehdottomasti askel oikeaan suuntaan, se ei lyhennä vaadittavaa aikaa 50 prosentilla. Tieteessä on jotain ärsyttävää, jota poliitikot eivät ehkä täysin ymmärrä: Tieteellisten kokeiden tuloksia on mahdotonta ennustaa. Juuri tämä tosiasia on ainoa syy, miksi niitä ylipäätään tehdään! Jos kokeiden tuloksia ei kuitenkaan voi ennustaa, ei voida ennustaa myöskään sitä, kuinka kauan työn valmistuminen ja tulosten julkaiseminen kestää. Jotta tohtorintutkinnon suorittamisprosessi voitaisiin pakottaa kolmivuotiseksi, ennustettavaksi matkaksi, meidän on kaivettava syvälle akateemisten temppujen kirstusta ja herätettävä ”monografia” henkiin. Monografia on vaihtoehtoinen tapa saavuttaa tohtorintutkinto. Vaikka se on paperilla yhä olemassa, se oli käytännössä kuollut STEM-aloilla jo vuosikymmeniä sitten, sillä yli 99 % kaikista STEM-alan tohtorintutkinnoista perustuu julkaisuihin. Joillakin aloilla ja tiedekunnissa monografia on säilyttänyt suuremman osuuden, mutta sen suosio on vähentynyt kaikkialla erittäin hyvistä syistä. Mutta nyt se on palannut! Monografian avulla et avaa tieteellistä tuotantoasi tiedeyhteisölle vertaisarviointia, parantamista ja arvostusta (viittausten muodossa) varten. Sen sijaan kirjoitat tutkimustuloksesi satojen sivujen paksuiseksi käsikirjoitukseksi, jota tarkastelevat vain ohjaajasi ja kaksi tiedekuntaneuvoston nimittämää ulkopuolista asiantuntijaa. Mikä siinä voisi mennä pieleen? Toivon olevani väärässä, mutta kolmivuotinen tohtorikoulutus ei todennäköisesti pysty tarjoamaan samaa kuin kuusivuotinen tohtorikoulutus. Lisäksi on muita tekijöitä, jotka hidastavat tarpeettomasti tohtorikoulutusta, mutta joita nykyisessä pilottihankkeessa ei käsitellä. Merkittävin huomiotta jätetty tekijä on ohjaajien ja opiskelijoiden välinen suhde. Yliopistojen perustoimintojen rahoituksen jatkuvan suhteellisen vähenemisen vuoksi suomalaisten yliopistojen opettajat ja ohjaajat ovat jo nyt erittäin kuormitettuja, ja nykyinen ”epäoptimaalinen” ohjaaja-opiskelija-suhde heikkenee entisestään, kun suomalaisten yliopistoihin tulee ensi vuoden aikana 1 000 uutta tohtoriopiskelijaa. Ymmärrän täysin halun yhdenmukaistaa tohtorintutkintoa Euroopan tasolla (asia, jonka olemme toteuttaneet enemmän tai vähemmän menestyksekkäästi kandidaatti- ja maisterintutkintojen osalta vuodesta 1999 lähtien Bolognan prosessin myötä). Emme vielä tunne monia tämän pilottihankkeen toteutuksen yksityiskohtia. On kuitenkin täysin selvää, että useimpia todellisia sidosryhmiä ei ole koskaan kuultu, kun tätä pilottihanketta kehitettiin.PÄIVITYSSuomalaisessa päivälehdessä ”Helsingin Sanomat” on julkaistu kaksi artikkelia tästä pilottihankkeesta, joissa käsitellään kahta tärkeintä kritiikin kohdetta, jotka on kohdistettu 1000tohtoriopiskelijahanketta kohtaan, nimittäin tohtorikoulutuksen laadun heikkeneminen, joka näyttää väistämättömältä, sekä rahoituksen erittäin epätasainen jakautuminen eri tieteenalojen välillä: https://www.hs.fi/politiikka/art-2000010217525.html https://www.hs.fi/kaupunki/art-2000010242698.html PÄIVITYSHelsingin yliopisto on vihdoin julkaissut tietoja tulevasta hakukierroksesta. Sivua ei löydy uutisvirrasta, vaan sen löytämiseksi on tiedettävä tarkalleen, mitä etsii. Tämä on haitallista, kun otetaan huomioon, että hakuaika on vain kaksi viikkoa: https://www.helsinki.fi/en/research/doctoral-school/doctoral-education-pilot

Onko kaloilla imusuonistoa?

Sat, 27 Jan 2024 00:00:00 +0000

Lue koko taustatarina ennakkopainoksestamme: https://doi.org/10.20944/preprints202312.2119.v1 . On vaikea uskoa, että tiedeyhteisö ei pääse yksimielisyyteen siitä, onko seeprakalalla imusuonistoa. Seeprakala on yksi biologian menestyneimmistä malliorganismeista, ja voisi olettaa, että tunnemme sen verisuoniston rakenteen kokonaisuudessaan. Kuitenkin jo W. Vogelin vuonna 1981 julkaisemasta artikkelista lähtien ( https://doi.org/10.1515/znc-1981-5-627 ) lähtien monet kalafysiologit ovat kannattaneet käsitystä, ettei kaloilla ole imusuonia, ja useimmat nykyiset kalafysiologian oppikirjat ovat omaksuneet tämän näkemyksen. Samaan aikaan useiden laboratorioiden luotettavat julkaisut osoittavat, että kaloilla on imusuonia ( https://doi.org/10.1038/nm1427 , https://doi.org/10.1016/j.cub.2006.05.026 ). Mistä on kyse? Kun Yanivin laboratorio julkaisi vuonna 2022 tutkimuksen, jonka mukaan zebrakalan alkion imusuonet voivat erilaistua verisuoniksi ( https://doi.org/10.1038/s41586-022-04766-2 ), näytti yhtäkkiä mahdolliselta yhdistää nämä kaksi ristiriitaista näkemystä. Lyhyesti sanottuna: Useimmilla kaloilla alkion imusuonisto transdifferentioituu kehityksen aikana verisuoniksi, jotka muodostavat sydän- ja verisuonijärjestelmän erikoistuneen osajärjestelmän (ns. toissijainen verisuonisto). Transdifferentiaation aste näyttää vaihtelevan melko paljon kalalajien välillä, ja jotkut verisuonet – erityisesti rintakanava – saattavat säilyttää hybridifenotyypin. Kuten huippulehdissä niin usein tapahtuu, Dasin ym. alkuperäisessä artikkelissa ei käsitelty 100 vuotta kestänyttä kiistaa eikä sen käänteentekevien havaintojen seurauksia. Vaikka Kari Alitalo ja minä teimme niin lyhyessä kommentissa ( https://rdcu.be/cOjJ0 ), aiheen käsittelyyn tarvitaan enemmän tilaa. Vaikka kiista kalojen imusuonistosta on kaukana ratkaisusta, vaikuttaa tärkeältä kirjata keskustelun nykytilanne tieteelliseen kirjallisuuteen. Lisäksi halusimme kuvata erittäin todennäköisen konsensusmallin, jonka pohjalta tulevia kokeita voidaan suunnitella. Tuloksena on laajennettu katsaus; toivomme, että nautitte sen lukemisesta. Jos löydätte jotain, josta ette pidä, kertokaa siitä meille ehdottomasti! Erityisesti, jos voitte perustella kritiikkinne tiedoilla tai järkevillä argumenteilla. Olemme lähettäneet käsikirjoituksen arvioitavaksi ja parannamme sitä mielellämme palautteenne perusteella.

Miksi BioRenderiä ei kannata käyttää

Wed, 17 Jan 2024 00:00:00 +0000

Noin kaksi vuotta sitten yliopistomme otti käyttöön BioRenderin organisaatiotilauksen. BioRender on selainpohjainen tieteellinen kuvitusohjelmisto, jossa on laaja kirjasto valmiita elementtejä, mukaan lukien monimutkaisia kuvituksia. Sen avulla voi kuvittaa tieteellisiä käsitteitä nopeasti tai luoda vuokaavioita kokeellisille järjestelyille. Ja kun otetaan huomioon, kuinka helppoa sen käyttö on, tulokset näyttävät varsin tyylikkäiltä. Se on kuin tieteellisen kuvituksen McDonald’s. Se on nopea ja hoitaa homman. Totta, ruoka kolmen Michelin-tähden ravintolassa maistuu paljon paremmalta, mutta useimmilla meistä on harvoin varaa sellaiseen ylellisyyteen. Miksi et sitten pitäisi käyttää sitä kaikista edellä mainituista eduista huolimatta?

Opiskelijoiden tehtävien arviointi on vaikeaa

Sat, 16 Dec 2023 00:00:00 +0000

Olen lukenut tänä syksynä satoja opiskelijoiden tehtäviä. Monissa näistä tehtävistä opiskelijoiden odotetaan vastaavan kysymyksiin. Tehtävien arviointi tarkoittaa sitä, että päätetään, onko vastaus ”oikea” vai ”väärä”. Tämä on toisinaan vaikeaa. Useimmat vastaukset sijoittuvat jonnekin ”oikean” ja ”väärän” välille. Siksi arvioinnin tarve paljastaa syvemmän ongelman: ennen kuin voin päättää, mihin kohtaan ”oikean” ja ”väärän” välisellä asteikolla opiskelijoiden vastaukset sijoittuvat, on oltava olemassa objektiivinen ”oikea” ja ”väärä”. Muuten objektiiviset arvosanat ovat jo lähtökohtaisesti illuusio (puhumattakaan siitä ongelmasta, miten ne voitaisiin määrittää luotettavasti). Kaikki tieteellinen tietomme on kuitenkin alustavaa. Se voi muuttua tai jopa kumoutua, kun uutta, parempaa tietoa tulee saataville. Miten siis kukaan voi arvioida mitään tehtävää varmuudella? Onneksi kaikki tietomme ei ole samanarvoista. Yksi tieteellisen väittämän tärkeä tunnusmerkki on falsifioitavuus , käsite, jonka ehkä ensimmäisenä popularisoi tiedefilosofi Karl Popper kirjassaan Tieteellisen löytämisen logiikka . Mitä ovat esimerkkejä tieteellisesti falsifioitavista teorioista?

Suomen 1000 tohtoria -pilottihanke

Tue, 28 Nov 2023 00:00:00 +0000

Suomen hallitus aikoo rahoittaa 1 000 uutta, täysin rahoitettua tohtoriopiskelijapaikkaa, jotka aloitetaan lukuvuonna 2024/2025. Rahat (85 000 €/vuosi kutakin tohtoriopiskelijaa kohti) jaetaan kilpailun perusteella suomalaisten yliopistojen kesken, ja osa varoista käytetään tohtoriopiskelijoiden palkkojen maksamiseen kolmen vuoden ajan. Ehkä yksi tämän aloitteen taustalla olevista syistä on se, että Suomi on jäänyt jälkeen OECD:n tilastoissa korkeasti koulutettujen työntekijöiden määrässä. Kysymys on, nostaako tämä kertaluonteinen meno todella koulutustasoa vai vain kasvattaa lukuja. Tohtoriopintojen keskimääräinen kesto on Suomessa noin seitsemän vuotta. Jotta kolmivuotiset tohtoriopinnot voitaisiin toteuttaa näin laajassa mittakaavassa, on odotettavissa, että tohtorintutkinnon vaatimuksia madalletaan. Itse asiassa vaatimuksia on jo lievennetty, mutta lisää ”lievennyksiä” saattaa vielä olla tulossa. Näiden lisäksi yliopistot pyrkivät virtaviivaistamaan kafkamaisen absurdia ja keskiaikaista hallintoprosessia, joka voi helposti kestää puoli vuotta viimeisen käsikirjoituksen valmistumisesta varsinaisen tohtorintodistuksen saamiseen.Monet muut tiedotusvälineet ovat raportoineet tästä pilottihankkeesta; tässä on yksi artikkeli, joka on saatavilla myös englanniksi: https://acatiimi.fi/2023/11/28/for-once/Although Vaikka useimmat ovat tyytyväisiä lisärahoitukseen, lähes kaikki suhtautuvat asiaan jossain määrin skeptisesti. Hyvät aikomukset eivät riitä, ja tässä pilottihankkeessa on monia vakavia ongelmia:

Bio-Rad korjaa NGC-laitteemme

Wed, 20 Sep 2023 00:00:00 +0000

PÄIVITYS (tilanne 21.12.2024)

Selvisimme juuri proteiinien puhdistuskurssista (ks. myös mun muut blogpostit opetuksesta ). Suoritettuamme noin 25 ajoa ”korjatulla” Bio-Rad NGC:llä joudun valitettavasti toteamaan, että suurin ongelma on edelleen olemassa: FPLC ei reagoi manuaalisesti annettuihin komentoihin. Myös näiden yhteyskatkosten satunnaisuus jatkui. Vain yhdellä opiskelijaryhmällä oli ongelmia, mutta meillä sattui useita tapauksia tuona yhtenä päivänä. Tämä päättää valitettavasti lyhyen vierailumme Bio-Radin maailmassa proteiinien puhdistuksen osalta. Kaikki tämä viittaa siihen, että lisäinvestoinnit tähän laitteeseen ovat ajanhukkaa ja rahan tuhlausta. Meillä ei ole liikaa aikaa eikä liikaa rahaa. Jos Bio-Rad haluaa tehdä jotain omasta aloitteestaan, annan mielelläni heidän tehdä mitä tahansa, jotta laite saadaan käyttökelpoiseen kuntoon, mutta emme aio aktiivisesti ryhtyä mihinkään lisätoimiin. Paras tapa pitää FPLC-laite hyvässä kunnossa on solmia huoltosopimus. Vaikka olemme viimeisten 30 vuoden aikana kahdesti saaneet yliopistoltamme rahoitusta huippuluokan FPLC-laitteen hankintaan, rahoituksen saaminen huoltosopimukseen on paljon vaikeampaa. Yksi monista syistä on se, että useimmat apurahakausit ovat lyhyempiä kuin huoltosopimukset, jotka ovat järkeviä vain, jos ne tehdään useaksi vuodeksi.

Julkaisimmeko artikkelin saalistavassa lehdessä?

Thu, 03 Aug 2023 00:00:00 +0000

Kun saan pyynnön arvioida käsikirjoitusta, tarkastelen ensin, mistä lehdestä pyyntö on peräisin. Useimmiten en tunne lehden nimeä. Loppujen lopuksi maapallollamme julkaistaan ehkä jopa 25 000 tieteellistä lehteä. Jos pyyntö tulee huijauslehdestä, hylkään sen yleensä. Joskus suostun altistamaan itseni tahallaan tälle hölynpölylle (se on yhtä aikaa hauskaa ja turhauttavaa). Mutta mistä tietää, onko lehti saalistava vai ei? Tätä kysymystä on esitetty paljon viime vuosina, esimerkiksi tässä Nature-kommentissa . Artikkelissa johtavat asiantuntijat ovat laatineet määritelmän. Saalistavat kustantajat:

Onnittelut, tohtori Khushbu Rauniyar!

Sat, 10 Jun 2023 00:00:00 +0000

Tohtorinväitöksen puolustaminen on Suomessa ISO juttu, ja sinä olet juuri tehnyt sen. Toisin kuin muualla maailmassa (ehkä Ruotsia lukuun ottamatta), missään muussa maassa ei vaadita tohtoriopiskelijoilta yhtä paljon sitkeyttä kuin Suomessa. Keskimäärin se vaatii neljä julkaisua ja kestää 7 vuotta. Pitkä kesto ja selkeiden vaatimusten puute ovat kaksi ongelmaa, joihin Suomen opetusministeriö haluaa puuttua lähivuosina tasoittaakseen suomalaisten tohtorien asemaa kansainvälisillä työmarkkinoilla. Tohtorin tutkinnon suorittaminen Suomessa vaatii paljon sisua. Sisu on suomalainen sana, jota ei voi kääntää mihinkään muuhun kieleen, mutta äskettäin ilmestynyt samanniminen elokuva voi antaa siitä käsityksen. Wikipedia määrittelee sisu:n poikkeukselliseksi päättäväisyydeksi äärimmäisten vastoinkäymisten edessä . ”Vanhoina aikoina” lääkkeitä löydettiin niiden vaikutusten perusteella, ilman että niiden vaikutusmekanismia tunnettiin. Tämä ajattelutapa on yhä enemmän kääntymässä päälaelleen. Tutkijat pyrkivät ymmärtämään sairauteen johtavan mekanismin ennen kuin ryhtyvät kehittämään tai etsimään lääkettä. Suuri osa Khushbun väitöskirjasta käsittelee ensisijaisen lymfangiogeenisen kasvutekijän VEGF-C: Evoluutiollinen alkuperä, aktivaatio ja potentiaali lääkekohteena . Prof. Eckhard Lammert hoiti vastaväittäjän roolin erinomaisesti, ja prof. Kari Keinänen teki samoin kustoksena. Rakas Khushbu , toivotamme sinulle kaikkea hyvää seuraavaan suureen projektiisi!

Ihmisen genomin kartoitus on juuri saatu päätökseen (jälleen kerran)

Mon, 15 May 2023 00:00:00 +0000

Yli 20 vuotta sitten Genome Reference Consortium (GRC) sai

valmiiksi

ihmisen genomin kartoituksen (Lander et al., 2001). Tämä sekvenssi tunnetaan nimellä GRCh38-vertailusekvenssi. Vaikka se perustuu nimettömän luovuttajaryhmän DNA:han, ⅔ sen sekvenssistä on peräisin yhdeltä ainoalta afrikkalais-eurooppalaista syntyperää olevalta miesluovuttajalta (Genome Reference Consortium, 2023).*

Huippuluokan suonibiologia jatkuu Wihurin tutkimuslaitoksessa

Wed, 10 May 2023 00:00:00 +0000

Taija Mäkinen on nimitetty Wihurin tutkimuslaitoksen (WRI) johtajaksi vuodesta 2024 alkaen . Taijalla on nykyisen johtajan Kari Alitalo n tavoin erinomainen asiantuntemus imusuonten verisuonibiologiasta. Taija tekee tällä hetkellä tutkimusta Ruotsissa Uppsalan yliopistossa . Hän on panoksellaan mullistanut käsityksemme siitä, miten imusuonet muodostuvat ja kasvavat ( 10.1016/j.celrep.2015.02.026 , 10.1161/CIRCRESAHA.116.306170 ).Biomedicum Helsingissä sijaitsevan Wihurin tutkimuslaitoksen on perustanut ja sitä rahoittaa Jenny ja Antti Wihurin säätiö . Se keskittyy sydän- ja verisuonibiologiaan. Tutkimus on välttämätöntä sydänsairauksien uusien hoitomuotojen kehittämiseksi. Veri- ja imusuonet läpäisevät kuitenkin lähes kaikki kehon elimet, ja niillä on merkitystä lähes kaikissa sairauksissa, kuten tulehdus- ja tartuntataudeissa, hermoston rappeutumissairauksissa, syövässä ja verisuonten epämuodostumissa tai hypoplasioissa. Siksi WRI:ssä tehty tutkimus avaa mahdollisuuksia hoitaa monia muita sairauksia kuin sydänsairauksia.Jenny ja Antti Wihurin säätiön hallitus on tehnyt erinomaisen valinnan, vaikka olenkin monesta syystä puolueellinen. Teen samankaltaista tutkimusta, ja työskentelin Taijan kanssa samassa laboratoriossa tohtorikoulutuksemme aikana. Tarpeetonta mainita, että Taija valmistui minua reilusti nopeammin …

Vau: T. rexillä ei ollut VEGF-B:tä!

Wed, 05 Apr 2023 00:00:00 +0000

Tutkimuksemme PDGF- ja VEGF-kasvutekijöiden evoluutiollisesta alkuperästä on juuri julkaistu Angiogenesis-lehdessä: https://doi.org/10.1007/s10456-023-09874-9 . Analysoimme sekä PDGF- että VEGF-tekijöitä, mutta keskityimme luonnollisesti VEGF-puoleen. On pelkkä sattuma, että PDGF:t osoittautuivat VEGF:ien alaryhmäksi eikä päinvastoin, mutta se on tietysti vain meidän puolueellinen näkökulmamme :-) Koska teemme imusuonitutkimusta, voimme ylpeänä ilmoittaa, että fylogeneettisesti vanhin VEGF muistutti todennäköisesti VEGF-C:tä ja sisälsi salaperäisen silk-homologian domeenin. Se on intuitiivisesti järkeenkäypää (ja Jörg Wilting oli ehdottanut sitä jo aiemmin), sillä yksinkertaisimmat tuntemamme verisuonijärjestelmät ovat niin sanotut hemolymfajärjestelmät (esim. hyönteisillä), joilla on monia yhteisiä piirteitä imukudosjärjestelmän kanssa. Tällä julkaisulla emme tehneet mitään poikkeuksellista, mihin vain harvat pystyvät. Teimme jotain, minkä kuka tahansa voisi tehdä, mutta mitä kukaan ei ollut tähän mennessä tehnyt: tarkastelimme järjestelmällisesti, millä eläimillä on mitäkin PDGF- ja VEGF-proteiineja. Itse asiassa teimme jotain uutta: kehitimme joukkoistamismenetelmän PDGF- ja VEGF-proteiinien luokittelemiseksi. Sen sijaan, että olisimme kysyneet ihmisiltä, kysyimme tietokannoilta. Tietokannoissa on monia PDGF:n ja VEGF:n kaltaisia sekvenssejä, jotka tunnistetaan sellaisiksi vain niiden aminohapposekvenssin homologian perusteella. Selvittääksemme, onko kyseessä esimerkiksi VEGF-C vai VEGF-D, suoritamme useita (PSI)BLAST-hakuja ja laskemme sitten yhteen enemmistön mielipiteen (määritettynä parhaiden osumien perusteella).Meitä odotti monia yllätyksiä, kun bioinformatiikkaskripti oli saanut työnsä päätökseen kahden viikon PDGF- ja VEGF-kaltaisten sekvenssien etsimisen ja vertailun jälkeen:

Uuden raitiovaunun huonot tärinät

Mon, 03 Apr 2023 00:00:00 +0000

Työpaikkani suihkut olvat käyttökiellossa Helsingin yliopiston Viikin kampuksen edessä kulkevan uuden raitiovaunulinjan vuoksi. Raitiovaunun koeajojen aikana huomasin halkeamia pukuhuoneen seinässä ja suihkuissa. Ilmoitin näistä halkeamista joskus helmikuussa. Ymmärtääkseni yliopiston rakennusten kunto oli dokumentoitu ennen raitiovaunulinjan rakentamisen aloittamista. Nyt tutkitaan, johtuivatko lisävahingot ratikkalinjan rakentamisesta tai koeajoista.Pyöräilen tai juoksen töihin, ja käyn siksi suihkussa joka aamu. Aamurutiineistani on tullut vaikeampia, koska korvaavissa suihkuissa ei ole teilineitä eikä kuivauskappia, johon voisin ripustaa märät vaatteeni ja pyyhkeeni kuivumaan. Vaikka tästä aiheutuu jonkin verran haittaa, vakavimmat seuraukset eivät vaikuta minuun jos raitiovaunun liikennöinnissä on syy-yhteys seinävahinkoon: Yliopistolla on kalliita tutkimuslaitteita, jotka ovat herkkiä tärinälle.On käsittämätöntä, miten yliopiston ylin hallinto on voinut sopia Helsingin kaupungin kanssa raitiovaunulinjan ajamisesta suoraan yliopiston rakennuksen eteen. Itse asiassa raitiovaunu tekee nyt kiertotien Viikinkaarta pitkin. Luonnollisempi ja lyhyempi reitti olisi ollut noin 200 metriä nykyisestä radasta etelään (Viikintietä pitkin). Se olisi estänyt kaikki ongelmat. Jotta raiteet voitiin rakentaa suoraan Biokeskus 1:n ja 2:n eteen, miljoonia euroja tuhlattiin tärinänvaimennuselementteihin, joilla suojellaan huippulaitteitamme tärinältä. Ja ehkäpä kaikki nämä rahat menivät hukkaan, jos osoittautuu, että tärinänvaimennus on riittämätön.

GPT-3 hallusinoi taas

Tue, 07 Mar 2023 00:00:00 +0000

Viikonloppuna minun piti viimeistellä raporttini UP (yliopistopedagogiikka) 3.1 -kurssille. Koska olimme keskustelleet paljon virallisten ohjaussopimusten hyödyllisyydestä, halusin selvittää, tukevatko jotkin empiiriset tutkimukset ajatuksiamme. Koska yliopistomme oli lopettanut tilauksensa Iris AI -palveluun (tekoälypohjainen kirjallisuushakutyökalu), päätin kysyä GPT-3:lta. Menin GPT-3:n kokeilualustalle ja kysyin: "Voitko etsiä minulle viisi kirjallisuusviitettä, jotka osoittavat ohjaussopimuksen hyödyllisyyden akateemisessa ympäristössä?" Se palautti nopeasti viisi viitettä (katso kuva). Sitten pyysin DOI-tunnisteita (käytän Zoteroa viitteiden hallintaan, ja Zotero voi helposti hakea viitteiden koko tekstin, jos sille annetaan DOI-tunniste, edellyttäen että artikkeli ei ole maksullinen).Kun yritin ladata lähteet, Zotero ilmoitti: ”Zotero ei löytänyt tietuetta annetulle tunnisteelle. Tarkista tunniste ja yritä uudelleen.” Niinpä muodostin VPN-yhteyden yliopiston verkkoon päästäkseni artikkeliin suoraan maksumuurin takana olevan kustantajan (Taylor & Francis) verkkosivustolta. Kun selailin oikeaa ”Studies in Higher Education” -lehden numeroa (2005, vuosikerta 30, numero 5), siellä ei kuitenkaan ollut tällaista artikkelia. Ei tällaista kirjoittajaa. Mikään ei edes etäisesti muistuttanut sitä lähdettä, jonka se oli luvannut. GPT-3 keksi nämä pinnaltaan uskottavilta vaikuttavat lähteet tyhjästä. Tarkemmin tarkasteltuna artikkelit ovat kuitenkin outoja: jokaisella on vain yksi kirjoittaja (harvinaista, mutta ei mahdotonta), kaikki kirjoittajat ovat tohtoreita (todellisuudessa useimmat kirjoittajat ovat tohtoriopiskelijoita) ja kaikilla kirjoittajilla on täsmälleen yksi toinen nimi (mahdollista, mutta epätodennäköistä). Kun GPT-3:lle osoitettiin, että DOI-tunnukset ovat vääriä eivätkä ne johda mihinkään julkaistuun artikkeliin, se väitti aluksi, etten päässyt artikkeleihin käsiksi, koska ne olivat maksullisen sisällön takana. Kun toistin tämän kokeen kuvakaappausten ottamiseksi, GPT-3 pyysi anteeksi ja lupasi korjata virheen. Kun huomautin, ettei virhettä voida korjata, koska artikkelit olivat keksittyjä, GPT-3 kaatui. Tämä käyttäytyminen on loogista: samalla tavalla kuin se löytää tietoa mistä tahansa aiheesta ja yhdistelee sen siististi vastaukseksi, se löysi monia viitteitä ja yhdisteli ne ”uudeksi” vastaukseksi. Mutta koska algoritmi ei ”ymmärrä” mitään, se ei tajua, että kirjallisuusviitteitä ei saa muokata millään tavalla. Odotan, että tämä korjataan pian, sillä se on helppo korjata. GPT-3 on vain taitava yhdistelijä ja toistaja, ja tämä näyttää olevan vain erityistapaus hallusinaatiosta. Opiskelijoille tärkeä viesti: Älkää koskaan luottako siihen, että GPT-3 antaa teille tarkkaa tietoa. Myös muut ovat raportoineet, että GPT-3 harhaanjohtuu usein ja melko pahasti .

Showdown: GE Healthcaren Äkta vastaan Bio-Radin NGC

Tue, 07 Feb 2023 00:00:00 +0000

Olen puhdistanut proteiineja vuodesta 1996 lähtien. Työskentelin Äkta Explorer -laitteella vuoteen 2015 asti, jolloin päivitimme laitteistomme Äkta Avant -malliin. Vuonna 2020 laboratoriomme muutti, ja saimme käyttöön Bio-Rad NGC -laitteen, jota olemme käyttäneet nyt kahden vuoden ajan.Bio-Rad NGC:n kanssa kohtasimme monia ongelmia. Aluksi ajattelin, että tämä saattaisi olla normaalia järjestelmänvaihdon yhteydessä. Odotin ongelmien häviävän yksi kerrallaan. Olihan meillä ollut ongelmia myös silloin, kun vaihdoimme Explorerista Avant-laitteeseen.Kuitenkin kahden vuoden ja kymmenien puhdistuskierrosten jälkeenkin NGC:n ongelmat eivät näytä loppuvan. Aina kun ratkaisemme yhden ongelman, ilmestyy uusi, aiemmin tuntematon ongelma. Ja toisin kuin GE Healthcare, Bio-Radin asiakaspalvelu ei ole lähelläkään sitä, mitä olemme kokeneet GE Healthcaren kanssa. Kun IT-osastomme ei saanut Äktaa kytkettyä yliopistomme verkkoon, GE Healthcare lähetti Münchenin tiimistään insinöörin Helsinkiin korjaamaan ongelman. GE Healthcare arvosti oppimiskäyräämme ja tarjosi lisäksi jollekin tiimimme jäsenelle ilmaisen osallistumisen yhteen kursseistaan. Eikä heidän tukensa rajoittunut takuuaikaan! He todella halusivat meidän olevan tyytyväisiä laitteeseensa. Emme koe saavamme yhtä paljon tukea Bio-Radilta. Tuntuu aina siltä, että meidän on pakotettava heidät ratkaisemaan NGC:n kanssa kohtaamamme ongelmat, ja heidän vasteaikansa on selvästi alle asiakkaiden odotusten.Tämä on ensimmäinen useista blogikirjoituksista, joissa verrataan Äktaa ja NGC:tä. Toivon, että löydän aikaa kirjoittaa tarkemmin kaikista ongelmistamme seuraavien kuukausien aikana.Päätimme vuonna 2015, että tarvitsimme vihdoin uuden FPLC:n. Äkta Explorer -laitteemme oli tulossa käyttöikänsä päähän, ja olimme saaneet noin 100 000 rahoitusta keskuslaitoksemme FPLC:n uusimiseen. Laite oli niin kallis, että meidän piti käydä läpi virallinen tarjouskilpailumenettely (tuolloin raja oli 30 000 €, mutta se on sittemmin nostettu 60 000 €:ksi). Kilpailijoita oli vain kaksi: Bio-Rad Discover NGC ja GE Healthcare Äkta Avant. Bio-Rad oli halvempi (82 810 € verrattuna 95 470 €), mutta päätimme ostaa GE Healthcaren laitteen. Yksi tärkeä syy oli se, että kaikki käyttäjämme olivat tottuneet käyttämään Äkta Exploreria ja sen Unicorn-ohjelmistoa. Vaihtaminen olisi yksinkertaisesti häiritsevää ja vaatisi meiltä paljon tukea ja aikaa. Oli kuitenkin myös teknisiä syitä, joiden vuoksi pidimme Äktaa parempana kuin NGC:tä: Äkta Avantin edut

Miksi suurin osa tiedemiehistä on kahvinarkomaaneja?

Wed, 04 Jan 2023 00:00:00 +0000

Viime viikolla siirryin sähkökäyttöön, kun olin ehkä 25 vuoden ajan keittänyt kahvia ilman suoraan sähköllä toimivaa kahvinkeitintä. Olen keittänyt kahvini legendaarisella italialaisella liesiespressokoneella, jonka ostin vuonna 1990 Debrecenistä, Unkarista. Tai Aeropressillä . Tai ehkä useimmiten 2 dollarin kahvisuppilolla. Espressokeittimeni on kopio, mutta se toimii edelleen täydellisesti; jouduin vain vaihtamaan tiivisteen kerran. Espressokeitin, Aeropress ja 2 dollarin kahvisuppilo valmistavat erinomaista kahvia, joten OBH Nordicalla on vakava kilpailija.Ensimmäinen asia, jonka opin, oli se, että ruotsalais-tanskalainen OBH Nordica ei ole enää pohjoismainen, vaan osa Tefalia , joka puolestaan kuuluu [Group SEB]-konserniin ( https://en.wikipedia.org/wiki/Groupe_SEB ). Se ei sinänsä ole mikään huono asia. Mutta kun ostat eurooppalaisen keittiökoneen, ostat sen useimmiten samalta yritykseltä tuotemerkistä riippumatta: Krups, Moulinex, Rowenta, Tefal, OBH Nordica ja WMF kuuluvat nykyään kaikki ranskalaisen Groupe SEB:n alaisuuteen.Tietenkin kannattaa ostaa eurooppalaisia tuotteita halpojen kiinalaisten kilpailijoiden sijaan. Halusin kuitenkin selvittää, mitkä näistä Groupe SEB:n tuotteista on valmistettu ”Euroopassa” ja mitkä ”Eurooppaa varten Kiinassa”. Ainakin tästä laitteesta – Blooming-kahvinkeittimestä – en löytänyt mitään ”Made in” -merkintää. Kun menin sivustolle obhnordica.com/blooming , minua tervehti teksti ”Lue lisää Blooming-kahvinkeittimestä – Valitse maasi”, ja kun klikkasin Suomen lippua (koska asun Helsingissä), päädyin . Päätin siis ottaa yhteyttä OBH Nordicaan heidän verkkolomakkeensa kautta ja kysyä, missä kahvinkeittimeni tarkalleen ottaen on koottu, ja he vastasivat hyvin nopeasti, että laite on valmistettu Kiinassa. Siinäpä se eurooppalaisten tuotteiden ostaminen sitten oli, ja nyt minulla on huono omatunto.

Mastodon

Fri, 30 Dec 2022 00:00:00 +0000

Voit ohittaa seuraavan tekstin, jos luet tätä Mastodonissa. En ole vielä poistunut Twitteristä. Jos palvelu on suunniteltu hyvin, Elon Musk ei pysty tuhoamaan Twitteriä, mutta se voi silti kuolla hitaasti (aivan kuten Skype on kuollut hitaasti siitä lähtien, kun Microsoft osti sen). Mutta varalta olen avannut tilin Mastodonissa. Tarkemmin sanottuna mastodo.fi -palvelussa. Ja kokemus on ollut toistaiseksi miellyttävä. Suurin osa ihmisistä, joita seuraan Twitterissä, ei ole (vielä) Mastodonissa, mutta teen parhaani asian eteen! Tiedeyhteisö on omaksunut Twitterin jo kauan sitten , ja saan suuren osan tiedeuutisistani Twitterin kautta. Sen korvaaminen vaatii jonkin verran vaivaa.Yksi asia, joka saattaa karkottaa joitakin käyttäjiä, on se, että sisältöä on etsittävä aktiivisesti. Kukaan eikä mikään algoritmi työnnä sisältöä sinulle. Eikä ole yhtä ainoaa paikkaa, jossa voi avata tilin. Voit avata tilin sadoilla eri Mastodon-palvelimilla ( https://www.pcmag.com/how-to/how-to-pick-a-mastodon-server ). Harkitsin hetken oman Mastodon-palvelimen pyörittämistä, mutta liityin sitten mastodo.fi -palveluun, koska se sijaitsee – kuten minäkin – Suomessa. Opettelen yhä, miten kaikki toimii. Ihan totta: jos et vielä ole Mastodonissa, harkitse liittymistä! Ja kun olet liittynyt, seuraa minua @mjeltsch@mastodo.fi !

Turingin testi ja tenttivastaukset: Pystynkö paljastamaan tekoälyn?

Thu, 29 Dec 2022 00:00:00 +0000

Suomalaisessa päivälehdessä Helsingin Sanomat GPT-3 ja Jyväskylän yliopiston Laura Ketonen pohtivat, miten tekoäly vaikuttaa opiskelijoiden arviointiin ( Tekoäly ravistelee opiskelijoiden arviointia , englanniksi: Artificial intelligence shakes up student assessment). Yksi tekoälyn ilmeisistä ”sovelluksista” olisi tenttivilppi. Lauran mielipidekirjoitus herätti melko paljon reaktioita. Jotkut vastasivat, että tekoäly tuottaa sisältötöntä tekstiä . Toiset mainitsivat, ettei tekoälyllä ole rohkeutta ja aloitteellisuutta . Tuntuu siltä, että me ihmislajina joudumme pian kamppailemaan yleisen alemmuuskompleksin kanssa.Luonnontieteiden tenttitilanteessa kandidaatin tai maisterin tasolla aloite on opettajalla, ja opiskelijat ovat määritelmän mukaan reaktiivisia. Miten määritellään tyhjä teksti, kun pyydetään selittämään glykoinsinööritiedettä? Elämäntieteissä rohkeus ja aloitteellisuus ovat olennaisia piirteitä jokaiselle tulevaisuuden tiedemiehelle. Mutta ilman vankkaa tietopohjaa rohkeus ja aloitteellisuus johtavat harvoin vaikuttaviin uusiin kehityssuuntiin. Tällä hetkellä emme voi vielä ulkoistaa tätä perustaa tekoälylle. Siksi vaadimme opiskelijoilta vankkaa tietopohjaa, josta rohkeus ja aloitteellisuus voivat ammentaa kukoistakseen. Ehkä helpoimmat tulokset voidaan saavuttaa pelkästään rohkeudella ja aloitteellisuudella. Mutta nykypäivän ongelmien ratkaiseminen vaatii lisäksi vankkaa tietopohjaa (”seisominen jättiläisten hartioilla”). Arvioidessamme tekoälyä teemme todennäköisesti samat virheet kuin ihmiset tekevät kaikkien uusien teknologioiden kohdalla: yliarvioimme sen vaikutuksen lyhyellä aikavälillä, mutta aliarvioimme sen vaikutuksen pitkällä aikavälillä. (Kapea) tekoäly on kerta toisensa jälkeen onnistunut tunkeutumaan aloille, jotka aiemmin olivat varattuja ihmisille. Ei ole mitään syytä olettaa, ettei tämä kehitys jatkuisi. Voi hyvinkin olla, että tällä hetkellä hallitsevat tekoälyn lähestymistavat (syväoppiminen, koneoppiminen, neuroverkot, tilastolliset menetelmät) eivät johda tulevaisuudessa merkittäviin läpimurtoihin kohti ihmisen kaltaista yleistä tekoälyä, ehkä jopa itsetietoista tekoälyä. Emme edes tiedä, miten ihmisen tietoisuus syntyy. Toisaalta olen samaa mieltä Daniel Dennettin ajatuksesta, että tietoisuudessa ei ehkä olekaan vaikeaa ongelmaa: tietoisuus on se, mitä saat, kun olet ratkaissut kaikki helpot ongelmat. Joka tapauksessa, jos itsetietoisuudesta vailla oleva tekoäly muuttuu erottamattomaksi itsetietoisesta tekoälystä, mikä ero niillä on ja miten voisimme sen tietää? Olen varma, että jossain vaiheessa pystymme myös ulkoistamaan tietomme kokonaan. Googlen avulla olemme jo alkaneet ottaa pieniä askelia tähän suuntaan, mutta tarvitsemme paremman tietokone-aivo-rajapinnan, jotta voimme täysin omaksua tiedon ulkoistamisen konseptin. Deep Blue voitti kansainvälisen suurmestarin Garry Kasparovin vuonna 1997. En halunnut hyväksyä tätä ihmisen kärsimää tappiota ja julistin pelin epäreiluksi: Deep Blue kaatui ja sitä jouduttiin käynnistämään uudelleen kerran kuuden pelin turnauksen aikana, mikä oli mielestäni sama asia kuin jos ihminen olisi kuollut pelin aikana (tai ainakin herätetty henkiin elvytyksellä). Vuonna 2016 tietokoneet ohittivat ihmiset Go-pelissä, ja nykyään ne voittavat ihmisiä jopa pokerin kaltaisissa peleissä, joissa vaaditaan hienostuneita psykologisia temppuja, kuten bluffaamista. Testatakseen, miten tekoäly pärjää opiskelijoille tenttitilanteessa, Patrick lisäsi yhden tekoälyn tuottaman vastauksen opiskelijoiden vastauksiin äskettäin pidetyssä tentissä. Tämä idea toi arviointiin jännittävän käänteen! Luulen, että tiesin, mikä tekoälyn vastaus oli. Olin kuitenkin kokeillut GPT-3:a aiemmin ja tiesin, että – ilman hienosäätöä – tekoäly on liian tarkka ja järjestelmällinen kysymyksiin vastaamisessa. Esimerkiksi kolmiosaisessa kysymyksessä tekoäly vastaa yleensä järjestelmällisesti kaikkiin kolmeen osaan. Lisäksi tekoäly ei tuntenut luentojeni tarkkaa sisältöä, minkä vuoksi tekoälyn vastauksen tunnistaminen oli suhteellisen helppoa. Patrickin on vielä paljastettava, tunnistinko tekoälyn vastauksen oikein… Tekoäly (tai se, minkä tunnistin tekoälyksi) suoriutui huonommin kuin paras opiskelija, mutta kaiken kaikkiaan se pärjäsi todella hyvin. On selvää, että tulevissa tenttikysymyksissämme on keskityttävä entistä enemmän kriittiseen ajatteluun ja kuvitteellisiin esimerkkeihin, joita tekoäly ei voi tietää valtavasta koulutusaineistostaan. Mutta kun otetaan huomioon tekoälyn tulevaisuudessa käytettävissä olevan tiedon kasvava määrä, tekoäly voi tukeutua muiden ihmisten kriittiseen ajatteluun. Seuraavan sukupolven tekoäly (ChatGPT-4 ja Googlen LaMDA) odottaa jo julkista julkaisua… Pienillä hienosäätöillä Patrick olisi voinut helposti huijata minua. Ehkä hän on jo huijannutkin… Jos hän käski tekoälyä rikkomaan vastausmallia tahallaan ja jos hän koulutti GPT-3:a käyttäen luentokalvojani viitemateriaalina, en voi enää olla varma mistään. Kerron teille, onnistuinko tunnistamaan tekoälyn oikein, kun Patrick paljastaa, mitkä vastaukset olivat tekoälyn tuottamia. PÄIVITYS: Minä (samoin kuin muutkin opettajat) tunnistin tekoälyn vastaukset oikein. Yleinen mielipiteemme oli, että jos meitä ei olisi varoitettu siitä, että yksi vastauksista oli tekoälyn tuottama, emme olisi huomanneet sitä. Tekoälyn vastausten laatu riippui kysymyksen tyypistä. Näytti siltä, että (tällä hetkellä) suhteellisen helppo tapa hämätä tekoälyä on antaa kysymykseen vastaamiseen tarvittavat tiedot graafisessa muodossa. Mutta olen varma, että tekoäly oppii yhdistämään kuvia ja tekstiä hyvin pian.

Innoopeli-palkinto 2022

Wed, 21 Dec 2022 00:00:00 +0000

Me – Kansainvälisen lääketutkimuksen, -kehityksen ja -turvallisuuden maisteriohjelman ohjausryhmä – saimme Innoopeli-palkinnon 2022 ! Innoopeli-palkinto myönnetään merkittävästä panoksesta tiedekuntamme opetustyöhön. Vaikka olenkin puolueellinen, mielestäni palkinto on täysin perusteltu, sillä tarjoamme monia uusia kursseja, päivitämme olemassa olevia kursseja ja käännämme kursseja suomesta englanniksi. Työ on ollut raskasta, mutta voimme jo nähdä tuloksia: olemme onnistuneet rekrytoimaan todella älykkäitä ja sitoutuneita opiskelijoita!Ohjelmajohtajamme Leena Hanski kertoo: ”Tammikuussa 2021 aloitimme työmme ohjausryhmänä ilman oppimistavoitteita, opetussuunnitelmaa, valintaperusteita tai edes verkkosivustoa, puhumattakaan yhdestäkään päätöksestä ohjelman toteuttamisen käytännön järjestelyistä. Meillä on vielä paljon työtä edessämme, mutta olen vakuuttunut siitä, että pystymme pitämään vauhtia yllä ja tekemään tästä ohjelmasta loistavan paikan, jossa tulevat lääketutkimuksen, -kehityksen ja -turvallisuuden tähdet saavat hioa taitojaan. Ensimmäiset opiskelijamme ovat olleet monille meistä suuri inspiraation ja motivaation lähde, ja haluan myös kiittää heitä erityisesti heidän avoimuudestaan ja halukkuudestaan jakaa tarinoitaan, ajatuksiaan ja odotuksiaan.”

E. colista peräisin oleva bioaktiivinen VEGF-C ilman in vitro -taitumista!

Fri, 28 Oct 2022 00:00:00 +0000

Artikkelimme ”Bioaktiivinen VEGF-C E. colista” on julkaistu Scientific Reports -lehdessä. Lue täältä: https://doi.org/10.1038/s41598-022-22960-0.As Itse asiassa tein ensimmäiset kokeet, joissa ilmentin VEGF-C:tä E. colissa vuonna 1999, mutta en koskaan saanut aktiivista proteiinia. Seuraavien yli 15 vuoden ajan käytimme VEGF-C:n tuottamiseen yksinomaan eukaryoottisoluja (hiivaa, S2/Sf9/Hi5-hyönteissoluja, CHO-soluja). Elvytimme ”VEGF-C E. coli:ssa” -projektin muutama vuosi sitten ja saavutimme lopulta tavoitteemme viime vuonna. Työmäärä oli kuitenkin paljon suurempi kuin alun perin olimme arvioineet. Alussa kaikki yritykset epäonnistuivat, ja pelastaaksemme projektin kehitimme in vitro -taitto-ohjeiston. Oli ehkä enemmän onnea kuin osaamista, että törmäsimme liukoisuustunnisteen ja redox-modifioidun E. coli-kannan yhdistelmään, jolla onnistui tuottaa suoraan bioaktiivista VEGF-C:tä ilman in vitro -taitto-vaihetta. Päätimme sisällyttää tulososioon myös epäonnistuneet yrityksemme (CyDisCo ja periplasmainen ilmentyminen) välttääksemme ”file drawer effect” -ilmiön.

Karsinta: Miksi VEGF-C ≠ VEGF-C

Wed, 28 Sep 2022 00:00:00 +0000

Eilen puhuin VEGF-C:stä Zoom-lymfaattiseminari-sarjassa, jonka järjestää Young Kwon Hong . Koska kysymyksiin ei jäänyt paljon aikaa, vastaan niihin mielelläni sähköpostitse. Jos et ole ehtinyt kirjoittaa ylös linkkiä esityksen dioihin, tässä se on: https://mjlab.fi/c . Tärkein viesti: Pro-VEGF-C:stä voi syntyä monia erilaisia VEGF-C:n kypsiä muotoja proteolyyttisen prosessoinnin kautta (ja sama pätee myös VEGF-D:hen). Nämä muodot käyttäytyvät eri tavalla. Äärimmäinen tapaus on aktivoituminen katepsiini D:n (CTSD) vaikutuksesta: Kun CTSD aktivoi VEGF-C:n, siitä tulee lähes yksinomaan lymfangiogeeninen, kun taas VEGF-D:stä tulee CTSD-aktivoinnista yksinomaan angiogeeninen. CTSD:n aktivoiman VEGF-C:n havaitseminen on vaikeaa, koska kaikki hyvin toimivat vasta-aineet tunnistavat katkaisukohdan N-terminaaliset epitoopit (tai ulottuvat katkaisukohdan yli). Toinen esitelmä oli Barbara Garmy-Susinin , ja hänen aiheensa sopi hyvin kokonaisuuteen, sillä hän puhui VEGF-C:n käytöstä lymfedeeman hoidossa. Mutta kuten jo VEGF-A:n kohdalla tiedämme, verisuonten kasvutekijät eivät yksinään välttämättä riitä toimivan verisuoniston muodostumiseen…

PDGF/VEGF-kasvutekijöiden kehitys

Thu, 22 Sep 2022 00:00:00 +0000

Olemme ladanneet bioRxiv-palveluun ennakkopainoksen uusimmasta artikkelistamme, joka käsittelee PDGF/VEGF-kasvutekijöiden evoluutiota . Olemme analysoineet kattavasti proteomin PDGF/VEGF-osan kaikissa eläinlajeissa, joista tietoja on saatavilla. Osa näistä tiedoista on ollut käytössämme jo jonkin aikaa, mutta nyt olemme täydentäneet niitä tarkastelemalla kaloja yksityiskohtaisesti. Kalojen verisuonibiologia on tullut entistäkin kiehtovammaksi Dasin ym. aiemmin tänä vuonna julkaiseman artikkelin jälkeen ( lue lisää tästä poikkeuksellisesta tutkimuksesta ).Kalojen verisuonijärjestelmien huomattava heterogeenisyys näyttää saavan tukea vastaavasta laajasta heterogeenisyydestä molekyylitasolla. Usein, mutta ei aina, tämä geneettinen heterogeenisyys voidaan jäljittää koko genomin duplikaatioihin. Kalat sietävät koko genomin duplikaatioita paremmin kuin nisäkkäät. Ainakin kalojen fylogeneettisen puun eri haaroissa on tapahtunut melko paljon tällaisia duplikaatioita, mikä on johtanut polyploidisiin tai jopa tetraploidisiin lajeihin. Tämän seurauksena joillakin kalalajeilla on neljä kertaa niin monta PDGF/VEGF-geeniä kuin ihmisillä, ja paljon enemmän mahdollisuuksia näiden molekyylien toimintojen monipuolistumiseen.Ensimmäinen PDGF/VEGF-tyyppinen molekyyli ilmestyi todennäköisesti yli 800 miljoonaa vuotta sitten prekambrium-kaudella, kun meren eliöissä alkoi näkyä kudosten organisoitumisen merkkejä. Jos ryhtyisimme rekonstruoimaan tätä molekyyliä, se näyttäisi hämmästyttävän samankaltaiselta kuin nykyaikainen VEGF-C. Erityisesti C-terminaalinen ”silkkihomologialohko” näyttää kehittyneen jo evoluution varhaisessa vaiheessa. Itse asiassa suurella joukolla nykyisin eläviä, morfologisesti yksinkertaisia organismeja on tällaisia VEGF-C:n kaltaisia molekyylejä vielä tänäkin päivänä (esim. sukkulamato C. elegans). Näiden PDGF- ja VEGF-proteiinien evoluutiota koskevien oivallusten lisäksi verisuonibiologeille on tarjolla joitakin hyödyllisiä johtopäätöksiä: Esimerkiksi linnuista ei löytynyt yhtään toiminnallista VEGF-B-geeniä. Vastaavasti sammakkoeläimissä ei näytä olevan PlGF-proteiineja. Toisaalta käärmeiden myrkystä tunnistetut VEGF-F-proteiinit näyttävät esiintyvän laajemmin myös myrkyttömissä liskoissa. Tämä asettaa joitakin rajoituksia tietyille eläinmalleille (Xenopus, CAM-määritys), mutta olisi mukava tietää, mitä VEGF-F tekee gekkoissa…Tutustu käsikirjoitukseen ja kommentoi tai kritisoi, jos sinulla on ajatuksia! Ajatuksena on hioa tätä käsikirjoitusta vielä hieman parempaan kuntoon ennen kuin se lähetetään lehteen perinteistä vertaisarviointia varten.

Tutkimuksen tekeminen ilman syvällistä tietoa

Mon, 12 Sep 2022 00:00:00 +0000

Arvoisa professori Jeltsch, nimeni on Shahid ja opiskelen lääketiedettä. Olen kiinnostunut molekyylibiologiasta ja biokemiasta. Valitettavasti opintosuunnitelmaani ei sisälly kovin monia nykyaikaisia molekyylibiologian tutkimusmenetelmiä. Haluan kuitenkin perehtyä tähän alaan niin hyvin, että pystyn luottavaisin mielin esittämään hypoteesin ja mahdollisen hoitomenetelmän jollekin sairaudelle. Tavoitteenani olisi testata tätä hypoteesia molekyylibiologien ja muiden asiantuntijoiden muodostaman tutkimusryhmän avulla. Siksi en tarvitse syvällistä tietämystä. Tällä kirjeellä pyydän teidän kaltaistanne ammattitutkijaa ohjaamaan minut lähteisiin, joiden avulla voisin hankkia tällaiselle hankkeelle tarvittavan asiantuntemuksen. Mitkä kirjat tai materiaalit sopisivat opiskeluun? Mainitsen myös, että minulla on pääsy kaikkiin merkittäviin tieteellisiin kustantajiin yliopistomme kirjaston kautta. Kiitos avustanne, Shahid. Sain yllä olevan pyynnön sähköpostitse muutama kuukausi sitten. Kannustan opiskelijoita aina menemään opetussuunnitelman tarjoamaa pidemmälle. Tämä ei tarkoita, etteikö hyvä ”tavallinen” koulutus antaisi mahdollisuutta olla osa tuottavaa tiimiä. Mutta ilman opetussuunnitelman ulkopuolelle menemistä ei nykyään ole helppoa saada aikaan mitään kestävää vaikutusta mihinkään. Tähän asti kaikki hyvin. Yllä olevan sähköpostin varoitusmerkki on tämä lause: ”Siksi en tarvitse syvällistä tietoa.” Useimpien sairauksien hoidossa helpoimmin saavutettavat tulokset on jo saavutettu. Kun yritetään saavuttaa vaikeammin saavutettavia tuloksia, on olemassa kaksi lähestymistapaa:

12 kuukauden vientikielto päättyy

Wed, 07 Sep 2022 00:00:00 +0000

Barack Obaman presidenttikaudella otettiin käyttöön 12 kuukauden sääntö, jonka mukaan kaikki tutkimukset, joiden rahoituksessa on käytetty Yhdysvaltain liittovaltion varoja, on asetettava yleisön vapaasti saataville viimeistään 12 kuukauden kuluttua niiden julkaisemisesta ( https://www.science.org/content/article/white-house-unveils-long-awaited-public-access-policy ). Joe Bidenin uusi toimeenpanomääräys poistaa nyt 12 kuukauden säännön ja edellyttää välitöntä saatavuutta viimeistään joulukuusta 2025 alkaen. Muita tämän toimeenpanomääräyksen merkittäviä parannuksia ovat koneellisen luettavuuden vaatimus, metatietojen merkitseminen ja raakadatan saatavuus. Lisäksi nämä uudet säännöt eivät koske ainoastaan lehtiartikkeleita, vaan ne kattavat tästä lähtien myös kirjan luvut ja konferenssijulkaisut ( https://www.theverge.com/2022/8/26/23322194/white-house-ostp-open-access-federal-research-policy-update ). Monet kaupalliset kustantajat vastustavat tätä, koska heidän mahdollisuutensa ansaita rahaa on vähitellen heikentymässä. Mitä he eivät mainitse, on se, että koko kustannusalan vaativin työ – nimittäin artikkelien kirjoittaminen ja vertaisarviointi – tehdään edelleen täysin ilmaiseksi tutkijoiden toimesta ympäri maailmaa. Jos kustantajien pitäisi maksaa markkinahintoja kirjoittajien ja arvioijien työajasta, ne menisivät – poikkeuksetta – kaikki konkurssiin vuoden sisällä. Jokainen tutkija käyttää merkittävän osan työajastaan muiden tutkijoiden käsikirjoitusten kirjoittamiseen ja arviointiin ILMAN MITÄÄN KORVAUSTA. Itse asiassa monet meistä tekevät tätä työtä iltaisin ja viikonloppuisin, koska olemme täysin varattuja apurahahakemusten kirjoittamiseen, hallintoon ja opetukseen normaalin työaikamme aikana. Monet näistä käsikirjoituksista julkaistaan sitten voittoa tavoittelevien kustantajien toimesta, jotka hyödyntävät taloudellisesti tutkimustulosten kirjallista esittämistä ja vertaisarviointiprosessia, jotka on maksettu veronmaksajien rahoilla. Jotkut voittoa tavoittelevat kustantajat tekevät arvokasta ja loistavaa työtä parantaakseen kirjoittajiensa teosten saatavuutta ja laatua. Toiset taas näyttävät olevan mukana lähinnä rahan vuoksi. Jälkimmäisten joukossa on valitettavasti myös monia avoimen julkaisemisen (Open Access) lehtiä . Huomattava ongelma on SciHub. Vaikka yliopistoni maksaa pääsyn useimpiin tarvitsemiini lehtiin, pääsy on niin sekavaa ja ajoittain toimimatonta, että joudun usein turvautumaan SciHubiin saadakseni PDF-artikkelin lehdestä, johon yliopistollani on tilaus. Vaihtoehtoisesti olen käyttänyt ResearchGatea ja #icanhazpdf:tä saadakseni sähköisiä uusintapainoksia, mutta SciHub on ylivoimaisesti nopein ja luotettavin vaihtoehto. Lisätietoja Sci-Hubista: https://www.zmescience.com/other/feature-post/sci-hub-effects-academic-publishing/ .

”E. colin sytoplasmasta peräisin oleva bioaktiivinen VEGF-C” – ennakkopainos verkossa

Fri, 01 Jul 2022 00:00:00 +0000

Manuskriptimme ennakkopainos on julkaistu verkossa. Esitämme, kuinka bioaktiivista kypsää VEGF-C:tä voidaan tuottaa E. coli -bakteerin sytoplasmassa ilman, että tarvitaan proteiinin taitumisvaihetta. Kesti melko kauan, ennen kuin pääsimme tähän tulokseen, ja kokeilimme monia menetelmiä, jotka eivät toimineet, ennen kuin löysimme toimivan tavan. Kuvaamme myös ne menetelmät, jotka epäonnistuivat. Näyttää siltä, että VEGF-C:ssä on yksinkertaisesti liian monta kysteiinijäännöstä, joiden kaikkien on muodostettava pareja oikeassa konfiguraatiossa. Samassa käsikirjoituksessa esittelemme myös toimivan uudelleenlaskostusmenetelmän. Katsokaa sitä ja antakaa meille palautetta: https://www.researchsquare.com/article/rs-1776636/v1 .

eLabFTW-sähköinen laboratoriopäiväkirja: valmis päärooliin?

Fri, 03 Jun 2022 00:00:00 +0000

Toiset rakastavat sitä, toiset vihaavat: sähköinen laboratoriopäiväkirja (ELN). Jo vuosikymmen sitten ennustettiin, että 10 vuoden kuluttua paperinen laboratoriopäiväkirja olisi mennyttä. Todellisuudessa suurin osa akateemisista laboratorioista käyttää paperia edelleen vuonna 2022. Siirtymää ei ole helpottanut se, että markkinoilla on kirjaimellisesti satoja kaupallisia tuotteita, jotka eivät ole keskenään yhteensopivia. Aloimme kokeilla ELN-ratkaisuja vuonna 2013 testaamalla muutamia kaupallisia ja avoimen lähdekoodin ratkaisuja. Huonoimmat niistä eivät edes antaneet mahdollisuutta kokeilla niitä ennen ostamista (esim. LabVantage näyttää olettavan, että et osta sitä, kun olet kerran kokeillut sitä – ja he ovat täysin oikeassa!). Päädyimme [eLabFTW]:hen ( https://www.elabftw.net ), avoimen lähdekoodin projektiin, jonka pääkehitys tapahtuu Curie-instituutissa Pariisissa, Ranskassa. Se on PHP:llä ja MySQL:llä rakennettu verkkosovellus. Siitä on myös vertaisarvioitu julkaisu: https://doi.org/10.21105/joss.00146 sekä yleinen Nature Protocols -katsausartikkeli, jossa käsitellään ELN:n käyttöönottoa: https://doi.org/10.1038/s41596-021-00645-8 .Käyttöönotto opetuksessa Helsingin yliopistossa Äskettäisen versioon 4.3 tehdyn päivityksen myötä viimeinen este laajamittaiselle käyttöönotolle on ylitetty. Kaikki, joilla on helsinki.fi-tili, voivat nyt kirjautua järjestelmään yliopistotunnuksillaan. Tämä helpottaa huomattavasti uusien käyttäjien käyttöönottoa. Aion käyttää järjestelmää uudella kurssillamme ”Rekombinantti-DNA-tekniikka ja geenitekniikka”. Tällä hetkellä palvelimeen pääsee vain yliopiston sisäverkosta. Jos haluat käyttää sitä kotoa käsin, sinun on käytettävä VPN:ää. Vuosien varrella käyttäjämäärä on kasvanut noin 25 käyttäjään, ja on mielenkiintoista nähdä, miten järjestelmä toimii, kun käyttäjämäärä kaksinkertaistuu tai nelinkertaistuu. Järjestelmä toimii Docker-kontissa Ubuntu 20.04 LTS -virtuaalipalvelimella, jota emme valitettavasti voi päivittää tai laajentaa ilman lisärahoitusta. Joten jos olet kiinnostunut käyttämään ELN:ää, varmista paikkasi jo tänään kirjautumalla osoitteeseen https://elab.ltdk.helsinki.fi ja valitsemalla alareunassa olevan vaihtoehdon ”Login through your institution”. Sinulla on mahdollisuus valita tiimi. Tiimin ylläpitäjän on hyväksyttävä sinut, ennen kuin voit käyttää järjestelmää. Jos et löydä laboratoriotasi tiimien joukosta, se tarkoittaa, että olet laboratoriostasi ensimmäinen käyttäjä, joka käyttää tätä järjestelmää. Siinä tapauksessa sinun tulee valita tiimi ”Helsingin yliopisto” ja ottaa minuun yhteyttä sähköpostitse ( michael@jeltsch.org ), sillä minun on rekisteröitävä uusi tiimi laboratoriollesi, ja sinusta tulee tämän uuden tiimin ylläpitäjä.Vierailijoiden käyttöoikeudetJos sinulla ei ole Helsingin yliopiston tiliä, voit silti käyttää järjestelmää, jos olet Helsingin yliopiston Eduroam-verkossa, mutta sinun on käytettävä ”Rekisteröidy nyt” -linkkiä, ja järjestelmän ylläpitäjän on hyväksyttävä tilisi.Käyttö omalla koneellaeLabFTW:n järjestelmävaatimukset ovat melko vaatimattomat, ja kannettavallasi ei todennäköisesti ole ongelmia Docker-kontin paikallisen kopion ajamisessa. Vaikka eLabFTW:n asentaminen uudelle Windows- tai macOS-tietokoneelle on mahdollista, se on jossain määrin haitallista, koska se ei tarjoa verkkoyhteyttä eikä tiimitoimintoja. Vaikka et tarvitsisikaan näitä ominaisuuksia, suosittelisin, että otat vanhan pöytätietokoneen käyttöön tätä tehtävää varten ja käytät sitä tavallisella Linux-palvelinasennuksella. Vastaan mielelläni kaikkiin mahdollisiin kysymyksiisi (sekä järjestelmänvalvojan että loppukäyttäjän näkökulmasta).

Kalojen sekundaarinen verisuonisto kehittyy imusuonista

Thu, 26 May 2022 00:00:00 +0000

Seeprakaloilla peräevän verisuonet kehittyvät imusuonista transdifferentioitumalla. Karina Yaniv esitteli viime syyskuussa pidetyssä Kloster Seeon Angiogenesis kokouksessa epäsovinnaisia mutta erittäin vakuuttavia tietoja, jotka tukevat tätä päätelmää. Nyt hänen artikkelinsa on julkaistu Nature -lehdessä.

Tohtorinväitöskirja hepsiinin roolista rintasyövässä

Sun, 24 Apr 2022 00:00:00 +0000

Viime lauantaina Denis Belitškin puolusti väitöskirjaansa. Aiheena oli Tyypin II seriiniproteaasi hepsinin rooli rintasyövän signalointiprosesseissa . Nautin suuresti keskustelusta vastaväittäjän Karin Listin kanssa, joka käytiin Zoomissa vain pienen paikan päällä olleen yleisön läsnä ollessa. Proteaasit ovat vähitellen nousseet yhdeksi suosikkiproteiiniluokistani. Aiemmin niitä arvostettiin lähinnä niiden hajottavaa toimintaa varten, mutta nykyään on selvää, että ne ovat paljon monimutkaisempia. Minua kiinnostaa erityisesti niiden rooli signaalimolekyylien aktivoinnissa. Tässä yhteydessä proteaasit ovat signaalimolekyylejä, jotka toimivat samalla tasolla kuin hormonit, sytokiinit ja kasvutekijät. Kiitos, Denis, vakuuttavasta esityksestä ja karonkasta!

Parhaan julisteen palkinto Khushbulle (GeneCellNano-vuosikokous)

Fri, 22 Apr 2022 00:00:00 +0000

Viime viikolla, 2,5 vuoden viiveellä, GeneCellNano-lippulaivahankkeen kumppanit tapasivat vihdoin ensimmäistä kertaa kasvotusten. Tämä kokous oli jo kauan odotettu, ja siellä käytiin monia erittäin mielenkiintoisia keskusteluja muun muassa Suomen Punaisen Ristin (syövän immunoterapiasta) ja UPM Biomedicals (heidän biokompatibeleista selluloosatuotteistaan). Tapahtuma tarjosi runsaasti uusia ideoita ja joitakin konkreettisia suunnitelmia tulevasta yhteistyöstä. Osallistuimme tapahtumaan kahdella posterilla, ja – hieman yllättäen, sillä projekti on vielä alkuvaiheessa – laboratoriomme Khushbu Rauniyar voitti parhaan posterin palkinnon. Onnittelut!

Revontulia kaikkialla

Sun, 13 Feb 2022 00:00:00 +0000

Revontulet näyttävät olevan nykyään tavallista näkyä Helsingissä, Suomessa. Revontulien esiintymistiheys ja näkyvyys ovat suorassa yhteydessä 11-vuotiseen aurinkosykliin. On tiedetty jo satojen vuosien ajan, että auringonpilkkujen määrä kasvaa ja vähenee syklisesti keskimäärin noin 11 vuoden välein.Vaikka olemme vielä kaukana aurinkosyklin huipusta (jonka ennustetaan olevan joskus vuosien 2023 ja 2026 välillä), Helsingissä havaittavien revontulien määrä näyttää olevan kasvussa. Ehkä aurinkosyklin 25 ennustepaneeli ei ollut täysin oikeassa ennustaessaan, että sykli 25 olisi samanlainen kuin sykli 24. Toistaiseksi auringonpilkkujen määrä on selvästi ennusteita suurempi . Sykli 24 oli muuten heikoin sykli syklin 14 jälkeen (joka saavutti huippunsa vuonna 1906). Voimakkaan aurinkoaktiivisuuden epämiellyttävä ja vaarallinen sivuvaikutus on koronan massapurkaus (CME). CME tapahtuu, kun aurinko syöksee ulos suuria määriä aurinkoplasmaa (satoja tai tuhansia miljardeja tonneja). Tällaisia purkauksia tapahtuu aurinkosyklin huipulla pari kertaa päivässä, mutta aurinkominimin aikana kerran parin päivän välein. Koska nämä CME:t ovat suunnattuja, suurin osa niistä ohittaa maapallomme enemmän tai vähemmän. Koronamassapurkausten (CME) suuruus ja siten revontulien voimakkuus ja näkyvyys alemmilla leveysasteilla eivät riipu aurinkosyklistä, mutta tällaisten tapahtumien esiintymistiheys riippuu siitä. Suuri CME voi aiheuttaa ongelmia, koska se voi häiritä sähköverkkoamme. Viime vuosina on jo tapahtunut muutamia pienempiä sähkökatkoja (esim. Tanskassa ja Kanadassa) pienempien CME-ilmiöiden seurauksena. Oletetaan, että riittävän suuri CME voisi lamauttaa suurimman osan planeetan sähköverkosta. Vuosina 2010–2020 (joka kattoi suuren osan heikosta aurinkosyklistä 24) tutkijat arvioivat suuren CME:n todennäköisyydeksi noin 12 % ( https://agupubs.onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1029/2011SW000734 ). Viimeisin suuri CME tapahtui vuonna 1859, ja se tunnetaan Carringtonin ilmiönä sen tähtitieteilijän mukaan, joka havaitsi sen ensimmäisenä. Carringtonin tapahtuman aikana ”revontulia” nähtiin jopa Kolumbiassa (8° pohjoiseen päiväntasaajasta; https://arxiv.org/abs/1508.06365).Ongelmamme ei ole se, että kaikki elektroniset laitteet lakkaavat toimimasta, kun Carringtonin suuruinen aurinkomyrsky iskee maapalloon. Pikemminkin muutama tärkeä, mutta vaikeasti korvattava infrastruktuurin osa joutuu toimintakyvyttömäksi. Tämä saattaa käynnistää dominoefektin, joka lopulta ulottuu elämämme jokaiseen osa-alueeseen. Jos aurinkomassapurkaus on riittävän suuri, Covid-19 tuntuu silloin olleen pelkkä kävelyretki puistossa. Jopa pienet aurinkomyrskyt voivat toisinaan aiheuttaa ongelmia: Sama aurinkomyrsky, joka aiheutti kuvassa näkyvän revontulen (torstaina 10. helmikuuta), lamautti pysyvästi 40 viimeisimmistä 49:stä laukaistusta SpaceX-satelliitista.

Miksi kukaan ottaisi rokotteen?

Tue, 25 Jan 2022 00:00:00 +0000

Kuten tästä tilastosta selvästi näkyy, isorokkorokotus ei toiminut: Ruotsissa usein esiintyneet epidemiat loppuivat vasta noin 100 vuotta myöhemmin rokotuksen aloittamisesta!*Sama oli tilanne kaikissa muissa maissa. Rokotus otettiin käyttöön yli 200 vuotta sitten Englannissa. Tämän tilaston luvut ovat Ruotsista, koska se oli yksi niistä harvoista maista, jotka jo varhain pitivät suhteellisen hyviä tilastoja. Tyypillisessä isorokkoepidemiassa 10-20 prosenttia tartunnan saaneista kuoli. Väestöissä, joita ei ollut valittu vastustuskykyisiksi toistuvien epidemia-aaltojen vuoksi, kuolleisuus saattoi nousta jopa 70 prosenttiin. Miksi kukaan ottaisi rokotteen? Kun viimeinen isorokkotartunnan saanut ihminen kuolee tai toipuu, virus kuolee sukupuuttoon, ja ihmiskunta onnistui hävittämään isorokon tällä tavoin. Pääsimme lähelle samaa tavoitetta polioviruksen kanssa, mutta emme saavuttaneet sitä (vielä). Polion, isorokon ja SARS-CoV2:n välisistä eroista huolimatta esintymiskäyrät näyttävät osoittavan, että virus jää toistaiseksi meidän keskudessamme.*Vaihtoehtoisessa todellisuudessa eläviä varten lisätty huomautus: Nämä lauseet sisältävät ironiaa!

Vihdoin kolmas pistos

Fri, 14 Jan 2022 00:00:00 +0000

Hurraa, sain vihdoinkin kolmannen annoksen! Ihan sama mitä saan; BioNTech, Moderna, AstraZeneca: kaikki käy! Lopuksi sain BioNTech/Pfizer mRNA-rokotteen.UPDATE (23.01.2022):Sain palautetta tähän lyhyeen blogikirjoitukseeni. En oikeastaan enää pohdiskele rokotusta kovinkaan paljon. Minusta tilanne näyttää hyvin selvältä näytöön perustuvasta lääketieteellisestä näkökulmasta. Kuitenkin, tässä ovat vastaukseni joihinkin saamiini kysymyksiin ja väitteisiin.

Vanhojen plasmidi-karttatiedostojen avaaminen

Sat, 01 Jan 2022 00:00:00 +0000

Uutta kloonausprojektia varten tarvitsimme pääsyn erään vanhan rakenteeni (pSecTagN2, joka oli [pMosaic]( https://doi.org/10.1074/jbc:n edeltäjä)M511593200), eli pSecTagI), jonka olin koonnut useista eri lähteistä vuonna 1999. Vuonna 1999 työskentelin Kari Alitalon laboratoriossa tohtoriopiskelijana. Olimme teknologian ”kärjessä”, sillä käytimme Gene Construction Kit (GCK) -nimistä ohjelmistoa kloonausprosessiemme seurantaan. Viime keskiviikkona käytin neljä tuntia työajastani yhden tiedoston avaamiseen, joka oli luotu GCK-versiolla 2.5 vuonna 1999.

Tutustu opettajaan!

Fri, 31 Dec 2021 00:00:00 +0000

Lähes 30 vuotta akateemisen urani alkamisen jälkeen aloin opettaa farmasian tiedekunnassa (ilman juurikaan pedagogista kokemusta tai koulutusta). Opetan pääasiassa aiheita, joista minulla on käytännön tutkimuskokemusta ja asiantuntemusta: rekombinantti-DNA-tekniikka, geenitekniikka, proteiinien tuotanto ja puhdistus sekä – ennen kaikkea – proteiinilääkkeet. Helsingin yliopiston mottona on Tutkijat opettavat, opettajat tutkivat . Kokemuksen puutteesta huolimatta osallistuin Helsingin yliopiston ”Meet the teacher!” -kampanjaan, joka on suunnattu tuleville kansainvälisille maisteriopiskelijoille: https://www.facebook.com/HelsinkiUniversity/posts/10160122296028083

KLK3: aiheuttaako se kasvaimia vai ei?

Wed, 22 Dec 2021 00:00:00 +0000

Olemme juuri julkaisseet uusimman katsauksemme aiheesta KLK3:n rooli VEGF-C:n ja VEGF-D:n aktivaattorina eturauhassyövässä . Eturauhassyöpä on yksi miesten yleisimmistä syövistä. Kyse ei ole siitä, sairastutko siihen, vaan ainoastaan siitä, milloin. Kun saavutat 80-vuotiaiden ikäryhmän, todennäköisyys sairastua eturauhassyöpään on suurempi kuin se, ettet sairastu siihen. Vuonna 2013 tehdyssä japanilaisten miesten ruumiinavaus tutkimuksessa , jotka olivat kuolleet muihin syihin, 59 prosentilla yli 80-vuotiaista oli eturauhassyöpä. On todennäköistä, että monet näistä tapauksista olivat hitaasti eteneviä eivätkä olisi koskaan aiheuttaneet ongelmia. Vain harvoista niistä olisi saattanut tulla oireilevia, jos nämä miehet olisivat eläneet pidempään. Siksi on erittäin tärkeää pystyä erottamaan ne syövät, jotka tulevat aiheuttamaan ongelmia. Juuri tätä varten on ehdotettu monia ennustemarkkereita: niiden avulla pyritään ennustamaan, mitkä syövät muuttuvat ongelmallisiksi. Verisuonibiologian näkökulmasta angiogeneesi ja lymfangiogeneesi ovat kaksi syövän tunnusmerkkiä, joilla on aiemmin ehdotettu olevan ennustearvoa. Kun huomasimme sattumalta, että eturauhaskohtainen antigeeni (PSA, tunnetaan myös nimellä KLK3) kykenee aktivoimaan VEGF-C:tä ja VEGF-D:tä , ajattelimme, että tällä saattaisi olla merkitystä eturauhassyövän kannalta. Sittemmin jatkotutkimukset ovat selventäneet joitakin kysymyksiä, ja näyttää todellakin siltä, että sekä VEGF-C että VEGF-D ovat mukana syövän etenemisessä. Ei ole vielä selvää, mitkä proteaasit ovat vastuussa VEGF-C:n ja VEGF-D:n aktivoitumisesta todellisissa ihmisen syövissä. KLK3:n tai katepsiini D:n (CTSD) aktivoima VEGF-D saattaa olla yksi mahdollinen syy kasvaimien resistenssille bevasitsumabihoidolle (Avastin). VEGF-C:n aktivoitumisen seurauksia on sen sijaan vaikeampi ennustaa, sillä aktivoitunut VEGF-C aiheuttaa samanaikaisesti sekä hyviä että huonoja vaikutuksia: Yhtäältä se edistää etäpesäkkeiden muodostumista. Toisaalta se mahdollistaa tehokkaamman immuunivasteen kasvainta vastaan. Mielenkiintoisia tutkimuksia on vielä edessä. Lue lisää katsauksestamme: https://doi.org/10.3390/ijms222413545

3. Sveitsin lymfasymposiumi

Fri, 17 Sep 2021 00:00:00 +0000

Saksankielisen esityksen englanninkielinen käännös (diat ja tiivistelmä) on saatavilla täältä: https://doi.org/10.5281/zenodo.6034307 . 3. Swiss Lymphsymposium järjestettiin 4. syyskuuta Zürichissä. Sen järjestäjänä toimi Juzo , joka valmistaa vaatteita monimutkaiseen fysikaaliseen dekongestiiviseen terapiaan (CPDT), joka on lymfedeeman hoidon pääasiallinen hoitomuoto. CDT ei paranna sairautta, mutta se pitää oireet hallinnassa. Pidin todella paljon professori Erich Brennerin esityksestä, sillä siinä käsiteltiin hienosti umpinaisten ”imukapillaarien” kysymystä, joita – joitakin poikkeuksia lukuun ottamatta – todennäköisesti esiintyy harvoin aikuisen ihmisen vakiintuneessa anatomiassa. Olin keskustellut tästä aiemmin muiden kanssa, kuten Johannes Grünzigin ( https://doi.org/10.1016/j.aanat.2018.08.004 ) kanssa, joka tutki erityisesti silmän alkuvaiheen imusuonten muotoa. Kysyin Erichiltä, mistä umpipäisten kapillaarien käsite on peräisin, ja se näyttää juontavan juurensa saksalaisten fysiologien varhaisista piirroksista. Itse asiassa olen itsekin toistellut umpipäisiä alkuperäisiä imusuonia kaaviopiirroksissani, esim. tässä , kiinnittämättä asiaan juurikaan huomiota. Puolustuksekseni voin väittää, että pienellä suurennuksella näkyvät vain suuret keräyssuonet ja suurilla suurennuksilla kärsitään kapeasta syväterävyydestä. Itse asiassa syväterävyys voi todellakin joskus antaa vaikutelman umpipäisistä pääteosuuksista, vaikka todellisuudessa suoni saattaa yksinkertaisesti kääntyä. Olen kuitenkin nähnyt myös vakuuttavia kuvia, joissa alkuvaiheen imusuonissa on umpipäitä. Toiminnallisesta näkökulmasta katsottuna, kumpi rakenne olisi parempi valinta? Luonto taitaa olla hyvä optimoimaan rakenteita… Tietenkin monet meistä molekyylitutkijoista ovat nähneet todellisia umpipäisiä imusuonia. On selvää, että kehitysvaiheessa ja muissa tilanteissa, joissa imusuonisto laajenee (haavan paraneminen, VEGF-C:n käyttö), tällaisia umpinaisia imusuonien haaroja esiintyy. Tarkastelemme usein myös imusuonia paikoissa, joissa tällaiset sormimaiset rakenteet tosiasiassa säilyvät koko aikuisuuden ajan (eli ruoansulatuskanavan villuksissa). Tässä tapauksessa kuitenkin jatkuva runsas VEGF-C:n saanti todennäköisesti vaikuttaa näiden epätavallisten rakenteiden ylläpitämiseen ( https://doi.org/10.15252/emmm.201505731 ). Esityksessäni käsittelin terapeuttisen lymfangiogeneesin nykytilaa. VEGF-C:n avulla voimme indusoida uusien imusuonirakenteiden kasvua, mutta nykyinen geeniterapia (Lymfactin) pystyy toimittamaan VEGF-C:tä vain lyhyenä purskeena, koska kuljetusvektori (adenovirus) inaktivoituu nopeasti immuunijärjestelmän toimesta. Siksi kliiniset tutkimukset oli valittu hyvin: niiden tarkoituksena oli käynnistää imusolmukesiirtojen integrointi paikalliseen imusuonistoon. Mutta kun otetaan huomioon tämä suhteellisen kapea käyttöaihe, Herantis Pharman liiketoiminnallinen päätös keskittyä neurodegeneratiivisten sairauksien tuotekehitykseen ja lopettaa Lymfactinin kehittäminen on jopa ymmärrettävä. Mielestäni tarvitsisimme molekyylitason vaikutusta, jotta voitaisiin vaikuttaa useimpiin ihmisen lymfedeemotiloihin, jotka ovat – suurimmaksi osaksi – kroonisia. Imusolmukkeiden supistumisen matalan tason, hajautettu stimulaatio olisi yhdistettävä suuremman kapasiteetin verkostoon. VEGF-C voisi toimia, mutta tällä hetkellä meillä ei ole teknologiaa, joka pystyisi luotettavasti tuottamaan tällaista molekyylitason vaikutusta pitkään, vaikka ideoita siitä, miten tämä voitaisiin toteuttaa, onkin paljon. Ketoprofeeni- ja bestatiini-tutkimukset ovat osoittaneet, että akuutin ja kroonisen lymfedeeman välillä on suuri ero. Hiirten lymfedeema, jota hoidettiin yllättävän tehokkaasti ketoprofeenilla, eroaa huomattavasti ihmisen kroonisesta lymfedeemasta. Yksi asia, jota varmasti tarvitsemme, on parempia eläinmalleja krooniselle lymfedeemalle. Mielenkiintoista on, että krooninen lymfedeema on yleinen ongelma hevosilla.Tämä tuntuu olevan vanha juttu hevosista perillä oleville, mutta minulle tämä oli uutta: hevosien ja ihmisten lymfedeemassa käytetään samaa konservatiivista vakihoitoa: monipuolista fysikaalista dekongestiohoitoa. Olin vain yllättynyt siitä, että hevospotilaita on tarpeeksi, jotta jotkut tutkijat ja hoitajat ovat erikoistuneet hevosten lymfedeeman hoitoon: https://www.equicrown.de tai https://horsephysio.at/uber-uns.htmlFrom Tieteelliseltä kannalta katsottuna tämäntyyppinen turvotus on todennäköisesti paljon lähempänä ihmisen lymfedeemaa kuin mikään niistä hiirimalleista, joita meillä on: kyseessä on suuri eläin, jonka jaloissa on korkea hydrostaattinen paine, ja tila on krooninen. Mietin, mitkä ovat hevosten lymfedeeman molekyylitason syyt ja onko tämä ongelma aiheutunut kesyttämisestä tai jalostuksesta, eli onko myös villihevosilla ja seeproilla lymfedeemaa? Olisi hienoa keskustella jonkun kanssa, joka tietää tästä jotain! Kiitos Sonja Ehamille ja tohtori Michael Oberlinille lisätietojen antamisesta hevosten lymfedeemasta sekä Sonja Ehamille ja Dace Zankerille moitteettomasta järjestelystä. Taidanpa ryhtyä heti kloonaamaan hevosen VEGF-C:tä…

Kuinka houkutteleva Suomi on kansainvälisille opiskelijoille?

Sun, 29 Aug 2021 00:00:00 +0000

Kun kirjoitin tämän blogikirjauksen, huomasin, että kaikki linkit johtavat suomenkielisille sivustoille. Siinä on ensimmäinen niistä ongelmista, joita ulkomaalaiset opiskelijat kohtaavat Suomessa: kieli, joka ei muistuta mitään muuta eurooppalaista kieltä (lukuun ottamatta viroa ja unkaria, jotka myös kuuluvat suomalais-ugrilaiseen kieliperheeseen).Ulkomaalaiset opiskelijat viihtyvät Suomessa yleensä hyvin. Vaikka kaikki ei olekaan täydellistä, Helsingin yliopistoa (ja Suomea yleensä) kannattaa harkita, kun halua opiskella ulkomailla. Tämä on yli 800 kansainvälisen opiskelijan vuonna 2020 ja 2021 tehdyn palautekyselyn lopputulos. Erityisesti opetuksen korkeaa laatua arvostettiin. Muita kohtia, joissa Helsingin yliopisto loistaa, olivat turvallinen ympäristö ja Covid-19-pandemian käsittely.Jälkimmäisessä on kuitenkin myös kääntöpuolensa, sillä opiskelijoiden toivelistalla oli enemmän kohtaamisia ja keskusteluja akateemisen henkilökunnan kanssa sekä enemmän sosiaalista tukea. Tämä on tuskin yllättävää, koska kansainväliset opiskelijat eivät voi maahan saapuessaan turvautua samoihin verkostoihin kuin paikalliset opiskelijat. Pahin yksittäinen ongelma näytti olevan opiskelijoiden vastaanotto. Tuntemattoman ja käsittämättömän byrokratian kohtaaminen on usein liikaa uusille tulokkaille. Syrjintää koki vain 4 prosenttia vastaajista, ja heistä kielellinen syrjintä ja yksinäisyys olivat yleisimpiä.Varoitan aina opiskelijoita, jotka kertovat aikovansa hakea Helsingin yliopistoon. Jos haluat rehellisen mielipiteen siitä, kannattaako aloittaa opinnot Suomessa, ole hyvää: Suomessa on kylmä ja talvella tulee TODELLA pimeää. Helsinki on kuitenkin edelleen yksi viihtyisimmistä paikoista mitä Suomessa löytyy, jos puhutaan kylmyydestä ja pimeydestä. Lämpötila laskee harvoin alle -17,8 °C:n (0°F). Koska Helsinki sijaitsee Suomen etelärannikolla, se on yksi vähiten pimeistä paikoista. Ja ilmaston lämpeneminen tekee parhaansa lämpötilojen nostamiseksi. Suomi on jo nyt pitkän aikavälin kiinteistösijoittajien sisäpiirin suosikki: se on vielä riittävän halpa, mutta sillä on äärimmäinen kasvupotentiaali, kunhan ilmastonmuutos muuttaa Etelä-Euroopan sulatusuuniksi. Nämä skenaariot toteutuvat kuitenkin täysin vasta, kun nykyiset poliittiset päättäjät ovat jo potkaisseet ämpäriin. Mutta jos olet mukana pitkällä tähtäimellä, Suomi saattaa olla se paikka, jossa kannattaa olla. Mutta jälleen kerran, jos Golfvirta romahtaa, joudut takaisin lähtöruutuun. Kiittäkää vanhempianne siitä sotkusta, jonka he ovat jättäneet teille ( https://www.theguardian.com/environment/2021/aug/05/climate-crisis-scientists-spot-warning-signs-of-gulf-stream-collapse ).Valitettavasti, niin hyvä kuin Suomi voikin olla opiskeluun, Suomeen pysyvästi jääminen on eri juttu. Vaikka Suomen on lisättävä maahanmuuttoa korvatakseen vähenevän ja ikääntyvän väestömääränsä, on valitettavasti vielä liian monta estettä voitettava, ennen kuin asettumisesta tulee realistinen vaihtoehto useimmille ulkomaalaisille. Kieli on vain yksi niistä esteistä. Muita, jotka mainitaan juuri ilmestyneessä Helsingin Sanoman artikkelissa, ovat vaikeus integroitua suomalaiseen yhteiskuntaan, ulkomaalaisten kannalta käsittämätön byrokratia ja alhainen palkkataso.Mutta myös suomalaisväestön sisällä vihamielisyys ulkomaalaisia kohtaan kasvaa. Se ilmestyy esimerkiksi perussuomalaisten menestyksenä. Myös useimmat muut Euroopan maat taistelevat oikeistolaisten poliittisten virtausten kanssa. Kotimaassani Saksassa AfD:tä (joka on Saksassa suunnilleen sama kuin PS Suomessa) ei yksikään demokraattinen puolue pidä mahdollisena koalitiokumppanina (toiveajattelua minun osaltani?). Mutta täällä Suomessa PS on ollut jo koalitiohallituksessa, ja vain sosialidemokraateilla ja vasemmistoliitolla on selkeä ei-kanta tässä asiassa.Juuri äskettäin Helsingin vastavalittu kaupunginjohtaja Juhana Vartiainen kommentoi Suomen työmarkkinoiden houkuttelevuutta ulkomaalaisille:“Surkea epäonnistuminen Suomelta. Hyvin hitaasti on poliittiseen tajuntaan mennyt edes se, että me ylipäätään tarvitsemme työperäistä maahanmuuttoa.” Helsingin Sanomat, 28.08.2021).Joka tapauksessa, akateeminen opetus on Suomessa vielä erittäin korkealla tasolla. Ja sen lisäksi, se on ilmaista EU/EFTA-maissa asuville (ja kyseisistä maista kelpoisuuden antavan tutkinnon suorittaneille). Maksaville opiskelijoille lukukausimaksut ovat tosi edullisia verrattuna moniin muihin samassa sarjassa pelaaviin yliopistoihin (13000-18000 euroa vuodessa koulutusohjelmasta riippuen). Yliopiston henkilökunta joutuu kuitenkin maksamaan kovan hinnan tämän laadun ylläpitämisestä. Kuluvalla vuosikymmenellä (2020-2030) opetusministeriön tavoitteena on lisätä suoritettujen yliopistotutkintojen määrää 100000:lla ( https://www.acatiimi.fi/4_2021/15.php ). Samaan aikaan yliopistojen määrärahoja on leikattu. Hallitus luultavasti kompensoi leikkaukset mediavetovoimaa keräävällä “pelasta yliopisto” -liikkeellä harhauttaakseen huomiota siitä, että tarvitsemme sen lisäksi kymmeniä miljoonia, jotta voimme tulevina vuosina tarjota saman korkeatasoisen opetuksen noille 100000 lisätutkinnolle. Tutkimuksen puolella akateeminen henkilöstö on käynyt raskasta taistelua vuodesta 2005 lähtien, jolloin inflaatiokorjattu T&K-budjetti pieneni ensimmäistä kertaa. Samaan aikaan opiskelijat alkavat kuitenkin tuntea riittävän rahoituksen puutteen esimerkiksi silloin, kun heidän opettajillaan ei ole enää yhtä paljon aikaa heille kuin ennen.Minulla ei ole muuta vaihtoehtoa kuin neuvoa opiskelijoita luopumaan akateemisesta urasta yleensä. Useimmissa muissa Euroopan maissa on samanlaisia ongelmia, mutta ei ehkä samalla tasolla kuin Suomessa. Ja opiskelijat tietävät, että akateeminen rahoitus on erityisen huono Suomessa.

Lymfedeeman hoitoon tarkoitetun lääkkeen etsiminen

Wed, 11 Aug 2021 00:00:00 +0000

Yli 20 vuotta sitten kloonasin VEGF-C-cDNA:n adenoviruksen kuljetusvektoriin. Vaikka meillä oli Bert Vogelsteinin laboratorion AdEasy-järjestelmän vektorit adenovirusten valmistamiseksi itse, päätimme kuitenkin tehdä yhteistyötä geeniterapian asiantuntijan Seppo Ylä-Herttualan kanssauef.fi/en/group/molecular-medicine/) kanssa ensimmäisen VEGF-C -kuormaa sisältävän adenoviruksen (AdVEGF-C) valmistamiseksi. Seppo ja me olemme käyttäneet tätä ja muita VEGF-C:tä ilmentäviä adenoviruksia useissa prekliinisissä tutkimuksissa osoittaaksemme, että VEGF-C:tä voidaan menestyksekkäästi käyttää tiettyjen lymfedeematyyppien perimmäisen syyn hoitoon.Vuonna 2018 Herantis Pharma aloitti vaiheen 1 kliiniset tutkimukset AdVEGF-C:llä, joka sai tuotenimeksi Lymfactin. Sen jälkeen kun Eiger Biopharmaceuticals ei onnistunut osoittamaan bestatiinin vaikuttavan lymfedeemaan vaiheen 2 tutkimuksissaan, Lymfactin oli ainoa kliinisissä tutkimuksissa oleva lääke, joka oli tarkoitettu lymfedeeman hoitoon. Tänä keväänä Herantis ilmoitti lopettavansa Lymfactinin kliiniset tutkimukset keskittyäkseen neurodegeneratiivisten sairauksien ( CDNF ) lääkekehitykseen. Tämän pettymyksen lisäksi tuli uutinen, että potilaiden jakaminen vaiheen 2 tutkimukseen ei ollut satunnaista ja että vaiheen 2 tulokset ovat siksi epäselvät . Tämä on huono uutinen lymfedeemapotilaille juuri nyt, kun geeniterapia on kokonaisuudessaan tekemässä paluuta lähes kahden vuosikymmenen tauon jälkeen. Miten tästä eteenpäin? Vaikka pienimolekyylisen bestatiini-lääkkeen osoitettiin lisäävän VEGFR-3:n ilmentymistä ja aktivaatiota , se ei koskaan ollut lymfangiogeneesiä edistävä hoito. Hiirikokeet olivat osoittaneet selvästi, että se tukee ainoastaan endogeenistä imusuonten korjautumista, joka käynnistyy luonnollisesti akuutin imusuonivaurion jälkeen. Se torjuu erityisesti liian korkeita leukotrieeni B4 -pitoisuuksia, jotka estävät imusuonten muodostumista, mutta sillä ei ole omaa imusuonten muodostumista edistävää signaalia.Strategiaa, jossa estetään estäjää, käytettiin myös hiiritutkimuksissa, jotka Kataru ym. julkaisivat tänään Science Signaling -lehdessä: Kataru ym. Kataru ym. käyttivät imusuonten endoteelisolujen geneettistä muuntelua estääkseen PTEN:n, joka on VEGFR-3-signaloinnin solunsisäinen estäjä. Tulokset ovat vakuuttavia: lymfangiogeneesi ilman kasvutekijähoitoon väistämättä liittyviä haittoja, kuten liian korkeita kasvutekijäpitoisuuksia annostelukohdassa, mikä voi johtaa verisuonten vuotamiseen ja muihin ei-toivottuihin reaktioihin. Pienimolekyylisiä PTEN-inhibiittoreita on olemassa, mutta ne ovat melko myrkyllisiä. Jos löydettäisiin kohtuullisen myrkytön PTEN:ää estävä yhdiste, jäljellä olisi enää sen kohdentaminen nimenomaan imusuonten endoteelisoluihin. Kumpikaan näistä – yhdisteen löytäminen tai kohdentaminen – ei kuitenkaan ole helppo tehtävä, vaikka ideoita onkin riittävästi, joita voitaisiin seurata, jos rahoitusta olisi saatavilla. Lue lisää aiheesta Science Signaling -lehdessä julkaistusta mielipidekirjoituksestamme, joka käsittelee lymfedeemalääkkeen etsimistä: doi-linkki , e-print-linkki niille, joilla ei ole pääsyä koko tekstiin.

50 kurkkua ja lisää tulossa

Sat, 03 Jul 2021 00:00:00 +0000

Pandemia + loma = parvekepuutarhan homma. Vaikka tomaatit ovat vielä vihreitä, kurkkusato on alkanut meillä noin kaski viikkoa sitten. Tähän mennessä olemme keränneet 50 kurkkua, joista 25 tänään. Ainakin saman verran on vielä roikkumassa kasveissa. Viime vuonna kurkut saivat varhain vihannespunkitartunnan, ja saimme vain hyvin pientä satoa. Ainoa asia, jonka tein toisin kuin viime vuonna, on se, että lisäsin lannoitteen jokaiseen kasteluun. Kokeilin kahta erilaista biologista lannoitetta, mutta ne eivät toimineet: nokkospohjainen (fermentoitu) lannoite oli niin pahanhajuista, ettemme voineet käyttää parveketta kolmeen päivään sen levittämisen jälkeen. Toinen kokeilemani lannoite oli matotee, joka on matofarmimme sivutuote. Se on periaatteessa hajuttomia, mutta matofarmimme on liian pieni tuottamaan riittävästi lannoitetta kurkkuille ja tomaateille, joilla molemmilla on suuret ravinnevaatimukset. Niinpä käytin pääasiassa vain Biolan kastelulannoitetta ja olen siihen erittäin tyytyväinen. Se sisältää tavallisen NPK:n (typpi, fosfori, kalium) lisäksi myös paljon mikromineraaleja.

Mihin siirtyä RefWorksista?

Thu, 10 Jun 2021 00:00:00 +0000

“Sanoinhan, että älkää käyttäkö kaupallista ohjelmistoa, vaikka yliopistomme maksaisi siitäkin!” En ole koskaan ymmärtänyt, miksi yliopistomme maksaa kaupallisesta viitteidenhallintaohjelmistosta. Ehkä jotkut hallinnon vanhat konkarit elävät yhä viime vuosituhannen 90-luvulla, jolloin EndNote oli käytännössä ainoa kunnollinen viitteidenhallintaohjelmisto WYSIWYG-tekstinkäsittelyohjelmille. Mutta ne ajat ovat jo kauan menneet. Viimeinkin yliopistomme on ainakin luopumassa yhdestä suljetun lähdekoodin viitteidenhallintaohjelmistostaan:

TuKoKe-menestystä TET-harjoittelijoille

Wed, 09 Jun 2021 00:00:00 +0000

Suomessa 8- tai 9-luokkalaiset tekevät yhden tai kahden viikon mittaisen työelämään tutustumisjakson (TET) valitsemassaan työpaikassa. Covid-19-pandemia on sekoittanut tämänkin perusteellisesti, mutta laboratoriomme onnistui kuitenkin isännöimään muutamia harjoittelijoita syksyllä, kun Covid-19-luvut olivat melko alhaiset.Yksi ryhmä, joka koostui Pessi Baskista, Rasmus Poutasta ja Okko Siljanderista Käpylän ala-asteelta, tekivät TET-projektin nimeltä Voiko 3d-tulostuksessa kytetyist muovimateriaaleista valmistettuja astioita käyttää solujen viljelyssä? Niklas Koppatzin ohjaukissa he osallistuivat tällä projektilla valtakunnallisille TuKoKe (Tutki-Kokeile-Kehitä)–tiede- ja teknologiakilpailussa ja voittivat paitsi kolmannen palkinnon myös Aalto-yliopiston Design Factory n tuotepalkinnon ja Keksintösäätiön stipendin keksinnöllistä piirteitä sisältävälle töille. Onnittelut!

Covid-19-rokotus

Sun, 23 May 2021 00:00:00 +0000

PÄIVITYS (6. elokuuta 2021) Olen nyt täysin rokotettu CDC:n määritelmän mukaisesti!

Sain ensimmäisen Biotech/Pfizer-rokotteen 15. toukokuuta 2021. Pistoskohta kipuili kahden päivän ajan. Tämä tarkoittaa, että kehoni reagoi rokotteeseen, mikä on hyvä asia. Toivon vilpittömästi, että kaikki, jotka voivat saada rokotuksen, menevät rokotettavaksi. Uusien muunnoksien vuoksi tarvitsemme todennäköisesti paljon korkeamman rokotuskattavuuden, jotta saamme tämän pandemian hallintaan. Valitettavasti maissa, joissa rokotusten hyväksyntä on suhteellisen alhainen, pandemiasta tulee endeeminen (ja siten myös kaikkialla muualla, koska kukaan ei halua lopettaa kansainvälistä matkustamista).Pelon lietsojat pitäisi vihdoin myöntää, ettei rokotteista ole ilmennyt suuria haittoja. Tämä koskee erityisesti ”kiistanalaisia” AstraZenecan ja Johnson & Johnsonin rokotteita! Ensimmäiset vapaaehtoiset rokotettiin jo 14 kuukautta sitten. Jokaiseen toimivaan lääkkeeseen liittyy riski-hyötysuhteen arviointi, ja hyödyt ovat riskejä suuruusluokkia suuremmat kaikkien EMA:n hyväksymien rokotteiden osalta, mukaan lukien AZ- ja J&J-rokotteet. Jos ymmärrät Biontechin ja Modernan uusien mRNA-rokotteiden toimintamekanismin, tiedät tämän: jos on olemassa rokotteita, jotka vähentävät vakavien haittavaikutusten teoreettista mahdollisuutta, niin ne ovat juuri mRNA-tyyppiset rokotteet. Kysymys on, mikä on hyväksyttävä Covid-19:n aiheuttaman kuoleman riski, jotta hallitukset poistaisivat rajoitukset? Influenssan osalta kymmeniä tuhansia kuolemantapauksia pidettiin ilmeisesti täysin hyväksyttävinä. Ehkä Covid-19 muuttaa asennetta muihin vältettävissä oleviin tartuntatauteihin. Toivotaan, että päätökset perustuvat tieteelliseen tietoon! Jotkut evankeliset liikkeet ovat perinteisesti vastustaneet rokottamista, erityisesti seitsemännen päivän adventistien reformaatioliikkeet. En ole koskaan oikein ymmärtänyt tämän asian uskonnollista puolta. Jos en erehdy, Ellen G. White, joka oli luultavasti heidän varhaisimpien vaikuttajiensa tärkein, otti itse isorokkorokotuksen. Tämä rokotus oli huomattavasti vaarallisempi kuin nykyiset rokotukset, sillä 1–2 prosenttia rokotetuista kärsi vakavista sivuvaikutuksista. Jos olet jäsen, tiedät, että puhun sinulle: Tee itsellesi ja kaikille muille palvelus! Ylitä väärin perusteltu vastustuksesi ja ota rokote! Se on kymmenentuhatta kertaa turvallisempi kuin se isorokkorokote, jonka Ellen G. White otti! Se on ainoa oikea valinta.

Lääketutkimuksen, -kehityksen ja -turvallisuuden maisteriohjelma

Mon, 12 Apr 2021 00:00:00 +0000

Helsingin yliopisto laajentaa tarjontaansa tarjoamalla uuden kansainvälisen farmaseuttisen tutkimuksen, kehityksen ja turvallisuuden maisteriohjelman . Vuosi 2020 on osoittanut, kuinka valtavan tärkeää lääketiede on ihmisyhteisöille. Ja tämän merkityksen merkitys vain kasvaa tulevaisuudessa! Uusien virusten lisäksi edessämme on monia haasteita. Alla oleva luettelo on vasta alkua…* *

Tieteellisen yhteisön tietosanakirja

Tue, 30 Mar 2021 00:00:00 +0000

Olemme lisänneet VEGF-artikkelin Scholarly Community Encyclopediaan . En tiedä projektista enempää kuin mitä sen Tietoa-sivulta löytyy. Palvelun takana on MDPI-kustantamo, ja artikkelit on pääosin laadittu yhteistyössä MDPI-lehtien kanssa ja perustuvat niissä julkaistuihin artikkeleihin. Voit luoda erilaisia artikkeleita: aihekatsauksia, elämäkertoja ja ”muita”, mutta kaikki näkemäni artikkelit ovat MDPI:n lehdissä julkaistuista artikkeleista johdettuja aihekatsauksia. En näe, minkä markkinaraon tämä tietosanakirja pyrkii täyttämään. Vaikka monet artikkelit perustuvat vertaisarvioituihin artikkeleihin, artikkeleita itseään ei vertaisarvioida, ja – ei ole yllättävää – tietosanakirja sisältää melko paljon kyseenalaisia artikkeleita. Toisin kuin esimerkiksi Wikipediassa, tässä ei kuitenkaan ole vakiintunutta yhteisöä, joka huolehtisi joukkoistettua laadunvalvontaa. Kun artikkeliin tehdään muutoksia, alkuperäisille kirjoittajille lähetetään kuitenkin ilmoitus. En kuitenkaan tiedä, miten muokkaussodat (jotka ovat olleet varsin yleisiä esimerkiksi kiistanalaisissa Wikipedian artikkeleissa) ratkaistaisiin tässä järjestelmässä. MDPI toteaa, että kaikki kirjoittajat ovat korkeasti päteviä asiantuntijoita, mutta todellisuudessa kuka tahansa voi luoda tilin ja muokata olemassa olevia artikkeleita. MDPI pyrkii kannustamaan artikkeleiden luomista myöntämällä alennuksia artikkelinkäsittelymaksuista (APC) pistejärjestelmän kautta. Pistejärjestelmän väliaikainen luonne ei kuitenkaan luultavasti tarjoa riittävää kannustinta tunnetuille tutkijoille tai kehittyneiden maiden tutkijoille, joilla on useimmiten riittävät taloudelliset resurssit APC-maksujen maksamiseen.MDPI:llä on myös tutkijoille suunnattu oheispalvelu nimeltä ”SciProfiles”, joka – samoin kuin Mendeley, ResearchGate, ORCID, Publons, Google Scholar, Loop ja monet muut – ylläpitää tutkijaprofiileja. Toisin kuin useimmat muut palvelut, SciProfiles on kuitenkin näkyvissä vain jäsenille, mikä tekee siitä mielestäni melko hyödyttömän.

Martin Jeltsch (1933–2021)

Wed, 03 Mar 2021 00:00:00 +0000

Tänä aamuna isäni, Martin Jeltsch, kuoli Covid-19-tautiin 88-vuotiaana. Hänellä oli mahdollisuus ottaa rokote jo 25. tammikuuta alkaen, mutta hän päätti olla ottamatta sitä. Jos hän olisi tarttunut ensimmäiseen tilaisuuteen rokotuksen saamiseksi, hänellä olisi todennäköisesti ollut jo osittainen suoja, kun hän sairastui. Ei ole kuitenkaan mikään salaisuus, että hän vastusti rokotuksia, ja hänen ammatillinen sidonnaisuutensa täydentävään ja vaihtoehtoiseen lääketieteeseen oli vain yksi monista seikoista, jotka tekivät suhteestamme hyvin monimutkaisen. Rokotusten avulla saavutettava laumaimmuniteetti suojaa myös niitä, jotka eivät käytä järkeä. Toivottavasti pääsemme siihen pian. PÄIVITYS: Äitimme mukaan isäni oli itse asiassa aikonut ottaa rokotteen. Rokotusten jakelu hänen piirikunnassaan alkoi kuitenkin vasta tammikuun lopussa, eikä hän ollut vielä saanut edes ensimmäistä annosta. Se ensimmäinen annos olisi antanut hänelle jo osittaisen immuniteetin ja todennäköisesti estänyt taudin vakavan kulun.

MDPI:n vertaisarviointi

Wed, 24 Feb 2021 00:00:00 +0000

Viimeisin katsausartikkelimme julkaistiin lopulta Biology-lehdessä. Minun makuuni sen otsikko on liian pitkä: Proteolyyttiset pilkkoutumiset VEGF-perheessä: monimuotoisuuden luominen angiogeenisten VEGF-proteiinien joukossa, mikä on välttämätöntä lymfangiogeenisten VEGF-proteiinien aktivoitumiselle . Tämän lisäksi otsikossa on lyhenne: VEGF.Useimmat kustantajat ovat mukana rahan vuoksiTämä on ensimmäinen kerta, kun julkaisemme MDPI:n kautta. Vaikka kritiikki MDPI:tä kohtaan ei ole täysin hävinnyt sen jälkeen, kun se vuonna 2015 vapautettiin Beallin listalta , kritiikki keskittyy nykyään lähinnä syytökseen, että MDPI on kiinnostunut rahasta eikä laadusta. Tosin useimmat kustantajat ovat mukana rahan vuoksi. Erityisesti pörssissä noteeratut kustantajat ovat lain mukaan pakotettuja toimimaan rahan vuoksi: Elsevier, John Wiley & Sons jne. Ja monet muut, kuten Springer Nature, yrittävät epätoivoisesti päästä myös pörssiyhtiöiden joukkoon. Me tiedemiehinä voisimme luultavasti ottaa hieman oppia tästä asenteesta, sillä olemme luonnostaan huonoja rahan ansaitsemisessa (osaamme tuottaa tietoa, mutta emme tuloja).Huolenaiheet arvioinnin laadustaLisäksi MDPI:n arviointiprosessia on kritisoitu siitä, ettei se ole kovin tiukka. Millainen kokemus meillä oli? Artikkeliamme tarkasteli ilmeisesti neljä arvioijaa, ja voit lukea heidän kommenttinsa täältä: https://www.mdpi.com/2079-7737/10/2/167/review_report .**Miten koimme arvioijien palautteen laadun?**Kolme neljästä arvioijasta antoi todellista palautetta. Arvioija 3 voitaisiin – käytännössä – korvata Grammarly.com -palvelulla tai Microsoft Wordin oikeinkirjoituksen tarkistuksella. Arvioija 2 keskittyy myös lähes kokonaan tyyliin ja esitystapaan. Älkää ymmärtäkö väärin: hyvä tyyli ja esitystapa ovat erittäin tärkeitä! Mutta ensinnäkin, hoidetaan tiede kuntoon! Kaksi muuta arvioijaa eivät ilmeisesti olleet kovin perehtyneitä tutkimusaiheeseen verisuonibiologia. Tämä täsmää oman kokemukseni kanssa: saan usein MPDI-lehtiltä pyyntöjä arvioida artikkeleita, jotka eivät kuulu tai liittyvät vain välillisesti omaan asiantuntija-alueeseeni (mitä hylkään välittömästi, koska minulla on muutenkin liian paljon artikkeleita arvioitavana).Voisit puolustaa MDPI:tä sillä, että käsikirjoituksemme oli jo melko hyvä, kun lähetimme sen ensimmäisen kerran. Mutta kuulehan: kyhäsimme tämän kiireessä kasaan joulukuun aikana, ja tiedän, että siinä on edelleen melko paljon virheitä (joista huomasimme muutaman minuutin kuluttua artikkelin julkaisemisesta).Halusimme kokeilla avointa arviointia, mutta epäonnistuimmeMinusta tuntuu, että olimme valinneet avoimen arvioinnin (eli että käytettäisiin vain arvioijia, jotka suostuisivat julkistamaan henkilöllisyytensä yhdessä arvioidensa kanssa). Kukaan arvioijistamme ei kuitenkaan paljastanut henkilöllisyyttään. Jossain on luultavasti pienellä painettu teksti, jossa sanotaan, että toimittaja voi kumota tämän valinnan, jos ei löydy arvioijia, jotka suostuvat luopumaan nimettömyydestään. Voin jossain määrin ymmärtää toimittajan ahdinkoa. Hyvien vertaisarvioijien löytäminen on jo sinänsä tarpeeksi vaikeaa, koska – huolimatta monista muutospyrkimyksistä – käsikirjoitusten arviointia ei nykyisessä tiedejärjestelmässä palkita. Onko se nopeaa? Mielestäni osa siitä oli liian nopeaaArviointiprosessi oli nopea. Korjaukset olivat vieläkin nopeampia. Ja julkaiseminen oli aivan liian nopeaa. Olin kauhuissani, kun huomasin, ettemme ehkä saisi toista korjausvedosta. Ensimmäisiä korjausvedoksia jouduttiin muokkaamaan laajasti, koska taitto oli muuttanut kuvien sijoittelua. Tämän seurauksena lähes kaikki viitteet piti numeroida uudelleen. Lisäksi vedosten luomisen aikana osa kuvateksteistä tulkittiin virheellisesti runotekstiksi. Siksi jouduimme siirtelemään suuria tekstiosia vedosten tarkistuksen aikana. Ja jos olet koskaan käyttänyt Wordia, tiedät, ettei tämä ole mikään ilonaihe. Ainakin MS Word ei enää kaadu, kuten se teki vanhoina aikoina. Tuolloin Ctrl-S-näppäinyhdistelmän painaminen jokaisen muokkausminuutin jälkeen oli siirtynyt aivoista selkäytimeen. Mutta tälläkin kertaa Word ei tuottanut pettymystä tuomalla mukanaan ei-toivottuja muotoilumuutoksia, joita oli mahdotonta peruuttaa.Kukaan meistä ei ehtinyt edes vilkaista toisia oikolukukappaleita tänä maanantaina ennen kuin artikkeli julkaistiin verkossa, minkä jälkeen linkki toisiin oikolukukappaleisiin vanheni. Meillä on paljon muuta tekemistä: luentojen valmistelu, osallistuminen tiedekunnan kokouksiin, opiskelijoiden huolehtiminen ja – viimeisenä mutta ei vähäisimpänä – haluamme toisinaan myös tehdä tutkimusta. Nopea julkaiseminen ei ole sinänsä hyve. Mutta se auttaa varmasti pitämään kustannukset kurissa. Pelin jälkeen on jo seuraava peli. Ja tällä kertaa kyseessä ei ole katsausartikkeli, vaan alkuperäinen tutkimus, ja valitsemme toisen kustantajan. Kokemus ei todellakaan ollut katastrofi, mutta näen selvästi, että tällainen liian virtaviivainen prosessi voi joskus mennä pieleen vähemmän tunnollisten kirjoittajien kohdalla. Ja esimerkkejä on paljon (katso Wikipedia-artikkeli ).Kiinnostuneille tässä on linkki norjalaisen artikkelin käännökseen , jossa käsitellään MDPI:n laatuongelmaa.**PÄIVITYS (15.01.2022)*Tämän kokemuksen jälkeen MDPI-lehdistä tehtiin tieteellinen analyysi, jossa tarkasteltiin itseviittauksia, viittauskartelleja, erikoisnumeroita, APC-maksuja sekä arviointi- ja hyväksymisaikoja: https://doi.org/10.1093/reseval/rvab020 . Sain tietää tästä artikkelista vasta yli puoli vuotta sen julkaisemisen jälkeen. Artikkelin keskeinen viesti on, että MDPI sekä kustantaja OMICS International harjoittavat toimituskäytäntöjä, jotka kuuluvat saalistavien käytäntöjen piiriin. Samalla niiden toiminta ”on kehittynyt niin pitkälle, että ne täyttävät kokonaan tai osittain ne muodolliset kriteerit, joiden avulla erotetaan toisistaan saalistavat ja lailliset lehdet”. Tämän analyysin tekijät käyttävät termiä ”epäselvä/piilotettu saalistava kustantaja”. Samalla monet lailliset ja arvostetut tutkijat toimivat MDPI-lehtien toimituskunnissa. Tunnen henkilökohtaisesti melkoisen joukon heistä. Kuten aina, totuus ei ole mustavalkoinen, vaan jonkinlainen harmaan sävy. Lisäksi tämän artikkelin on julkaissut arvostettu kustantaja Oxford University Press , mikä voitaisiin tulkita eturistiriidaksi. *

Ensimmäinen OER-aineistomme (avoin oppimateriaali)

Wed, 03 Feb 2021 00:00:00 +0000

Kun aloitin uudessa tehtävässäni farmasian tiedekunnassa, oli selvää, että tulisin pitämään enemmän virallista opetusta kuin aiemmin. Vaikka olen pitänyt luentoja aiemminkin, olen yleensä vain muokannut konferenssiesitystä, jossa esittelin laboratoriomme tutkimustyötä. Se ei kuitenkaan riitä perustutkinto-opiskelijoille, joten laadin luentoja nyt alusta asti. Vaikka avoimesta tieteestä puhutaan paljon, minun opettamilleni aiheille – geenitekniikka ja proteiinitekniikka, proteiinilääkkeet, biologiset lääkkeet – on tarjolla vain vähän tai ei lainkaan avoimia opetusresursseja. Koska mielestäni avoimesti saatavilla olevia opetusmateriaaleja pitäisi olla enemmän, päätin julkaista omat luentoni avoimesti. Huomasin kuitenkin pian, että tekijänoikeudella suojattua materiaalia on erittäin vaikea korvata ilmaisilla vaihtoehdoilla, kuten public domain -materiaalilla tai Creative Commons -lisensoidulla materiaalilla. 80 % kuvista ja piirroksista on helppo korvata, seuraavien 15 %:n korvaaminen vie yhtä paljon aikaa kuin ensimmäisten 80 %:n, ja viimeisten muutaman kuvan osalta tekijänoikeuksista vapaiden vaihtoehtojen löytäminen vaikuttaa mahdottomalta. Lopulta tuotin suurimman osan materiaalista itse. Tätä nimenomaista luentoa varten en ole löytänyt yhtään käyttökelpoista kuvaa Judah Folkmanista . Tarpeetonta sanoa, että jos raha ei olisi ongelma, voisin ostaa kuvan muutamalla sadalla dollarilla, mutta silti muiden ei olisi mahdollista käyttää sitä uudelleen. Väliaikaisena ratkaisuna piirsin kuvan itse. En ole hyvä piirtämään, joten auttakaa minua, jos pystytte! Tänään olen vihdoin ladannut ensimmäisen luentoni Avoimen oppimateriaalin kirjastoon : https://aoe.fi/#/materiaali/1212 . Se oli Protein Drug Discovery & Development -kurssin johdantoluento farmasian kandidaattiopiskelijoille (kurssi PROV-105), joka pidettiin 9. syyskuuta 2020. Avoimen oppimateriaalin kirjastoa ylläpitää Suomen opetusministeriö. Lisäsin luennon myös Merlot-kokoelmaan (joka on ehkä suurin avoimen oppimateriaalin luettelo): https://www.merlot.org/merlot/viewMaterial.htm?id=773405613.En kuitenkaan ole täysin tyytyväinen tilanteeseen, sillä valmistelin luennon Google Slidesin avulla. Miksi Google Slides? Valitettavasti se on ainoa toimiva reaaliaikainen yhteistyöesitysohjelmisto. Tästä syystä luentodian alkuperäistä versiota ei ole saatavilla osoitteesta aoe.fi. Siellä on kuitenkin linkki Google Slides -esitykseen. Olen tietenkin lisännyt saman esityksen PDF- ja ODF-muodossa muunnettuani sen sekä kaikki muokattavat lähdetiedostot (pääosin SVG-muodossa). Ja jos LibreOfficen yhteistyömuokkaus verkossa vihdoin muuttuu käyttökelpoiseksi, siirrymme todennäköisesti käyttämään sitä Google Slidesin sijaan. Reaaliaikainen verkkoversio on hyödyllisempi resurssi. Sen lisäksi, että kyseessä on diaesityksen alkuperäinen versio, sitä päivitetään säännöllisesti (koska pidän tämän luennon toistuvasti), kun taas ladattu PDF-/ODF-tiedosto vanhentuu ajan myötä yhä enemmän.PÄIVITYSOlen sillä välin onnistunut lataamaan toisen luennon osoitteeseen https://aoe.fi . Kaikki tulevat julkaisuni ovat saatavilla kokoelmasivultani .* *

Preprint ja avoin arviointi

Mon, 18 Jan 2021 00:00:00 +0000

Helmikuussa 2020 Henry Kwok Macaon yliopistosta kysyi minulta, haluaisinko kirjoittaa artikkelin Biology-lehden tulevaan erikoisnumeroon. Hän toimi tämän erikoisnumeron vierailevana toimittajana, ja sen aiheena oli Proteaasit – perusrakenteesta toimintaan ja lääkekehitykseen kohdennetussa hoidossa. Aihe on juuri se, mitä tutkimme parhaillaan: voimmeko vaikuttaa lymfangiogeeniseen kasvutekijään VEGF-C:hen sen aktivoivien proteaasien kautta. Suostuin siis alustavasti kirjoittamaan katsausartikkelin VEGF-tekijöiden aktivoitumisesta. Päätimme ensimmäistä kertaa julkaista käsikirjoituksen samanaikaisesti preprinttinä JA pyytää avointa arviointia. Avoin arviointi tarkoittaa, että arvioijien kommentit ja vastauksemme julkaistaan yhdessä artikkelin kanssa, jos artikkeli hyväksytään.

Edullinen PCR-pohjainen mutageneesipakkaus

Thu, 26 Nov 2020 00:00:00 +0000

Jos DNA-konstruktia on tarpeen muokata, yksi yleisesti käytetty menetelmä on PCR-pohjainen mutageneesi, jossa mutaatio sijoitetaan kahden komplementaarisen alukkeen väliin. Vaihtoehtoisesti pidempien lisäysten kohdalla voidaan käyttää aluketunnistetta. Sitten amplifioidaan yksinkertaisesti koko konstruktio PCR:llä. Tämä toimii kohtuullisen hyvin konstruktioille, jotka ovat pienempiä kuin noin 10 kb. Tätä tarkoitusta varten on saatavilla useita kaupallisia sarjoja, jotka eroavat toisistaan yksityiskohdissa. Niistä mainittakoon Agilentin QuickChange-sarja ja NEB:n Q5 SDM -sarja NEB:ltä sekä Phusion Site-Directed Mutagenesis -sarja ThermoFisheriltä. QuikChange-pakkaus on kallein (myös siksi, että sen ostaa aina yhdessä kompetenttisolujen kanssa), ja NEB:n pakkaus on melko edullinen (minulle täällä Suomessa 168 €). Useimmat pakkaukset on mitoitettu 10 reaktiota varten. Mutta mitä teet, jos haluat tehdä vain yhden tai kaksi mutageneesireaktiota? Ostatko koko sarjan? Kohtasin tämän kysymyksen kaksi viikkoa sitten. Menin entsyymipakastimeemme ja huomasin, että meillä on T4-DNA-ligaasia, polynukleotidikinaasia (PNK) ja Phusion-polymeraasia. Siinä on kaikki, mitä tarvitset oman kohdennetun mutageneesipakkauksen tekemiseen!

GeneCellNano Flagship

Wed, 18 Nov 2020 00:00:00 +0000

GeneCellNano-ohjelma valittiin Suomen Akatemian lippulaivahankkeeksi. Lippulaivahankkeen tavoitteena on edistää tärkeiden sairauksien hoitoa kehittyneen bioteknologian avulla. Kohdesairauksiin kuuluvat iskeeminen sydänsairaus, tietyt syövät ja retinopatia. Hakemuksen vetäjinä toimivat Seppo Ylä-Herttuala Itä-Suomen yliopistosta ja Seppo Vainio Oulun yliopistosta. Näiden kahden yliopiston ryhmien lisäksi konsortioon kuuluu myös ryhmiä Aalto-yliopistosta (Olli Ikkala) ja Helsingin yliopistosta (Marjo Yliperttulan, Timo Laaksonen, Hélder A. Santosin, Tatu Lajusen ja oma ryhmäni).Linkki Suomen Akatemian lehdistötiedotteeseen: https://www.aka.fi/en/about-us/whats-new/press-releases/20202/academy-of-finland-selects-four-new-finnish-flagships/

Eksponentiaalinen kasvu

Wed, 11 Nov 2020 00:00:00 +0000

Keskustellessani ihmisten kanssa, jotka ovat aidosti huolissaan ihmiskunnan selviytymisestä, olen usein kuullut seuraavanlaisen ajatuksen: ”Tätä ei ole poliittisesti korrektia sanoa, mutta Covid-19-pandemia on parasta, mitä ympäristöagendalle on koskaan tapahtunut”. Jos SARS-CoV-2 olisi osoittautunut yhtä tarttuvaksi kuin tuhkarokko ja yhtä tappavaksi kuin Ebola, se olisi ollut epäinhimillinen ratkaisu ilmastonmuutoksen ongelmaan. Ennustan, että lähitulevaisuudessa militantti ympäristöaktivisti, jolla on erinomainen synteettisen biologian koulutus, kehittää tällaisen viruksen pelastaakseen maapallon. Jos tämä henkilö onnistuu tehtävässään, hän syrjäyttää Hitlerin pahuuden ruumiillistumana kaikille tuleville sukupolville. SARS-CoV-2 oli onnettomuus, mutta ehkä jo seuraava pandemia on todellakin ihmisen aiheuttama, jonkun hullun tahallaan aikaansaama. PCR:n, Gibson-sekvensoinnin ja CRISPR/Cas-tekniikan ansiosta kaikki työkalut ovat kaikkien tämän planeetan asukkaiden saatavilla. Eksponentiaalisen kasvun ymmärtävät kaikki, jotka eivät ole eläneet kivikolossa viimeisten yhdeksän kuukauden aikana. Kummallista kyllä, ainoat eksponentiaaliset funktiot, jotka tällä hetkellä näyttävät kiinnostavan, ovat viruksen leviämiseen liittyvät. Jokainen, jolla on perustiedot matematiikasta, tietää, että ilmaisu ”kasvu prosentteina vuodessa” tarkoittaa eksponentiaalista funktiota. Ja jokainen tiedemies tietää, että mikä tahansa eksponentiaalinen kasvu todellisessa maailmassa on pakko tasaantua jossain vaiheessa, koska kaikki resurssit ovat rajallisia. Siksi mikä tahansa talousmalli, joka edellyttää jatkuvaa talouskasvua järjestelmän ylläpitämiseksi, on pitkällä aikavälillä tuomittu epäonnistumaan. Kysymys ei ole SIITÄ, TAPAHTUUKO romahdus, vaan ainoastaan SIITÄ, MILLOIN se tapahtuu ja MITEN se tapahtuu. Luonnossa eksponentiaalinen kasvu tasaantuu eri tavoin: se voi hidastua asteittain lähestyen lineaarista kasvua ennen pysähtymistään. Mutta se voi myös pysähtyä lähes välittömästi ja palata lähtötasolle. Ensimmäinen vaihtoehto pätee esimerkiksi silloin, kun bakteerit kasvavat koeputkessa. Jälkimmäinen pätee esimerkiksi syöpäsolujen kasvuun elimistössä. Lue lisää: http://www.igbp.net/globalchange/greatacceleration.4.1b8ae20512db692f2a680001630.html

OCAA-kirjaston Entry-vektorin (pENTR221) DNA-sekvenssin kokoaminen

Fri, 30 Oct 2020 00:00:00 +0000

Tämä artikkeli on tarkoitettu molekyylikloonausta harjoittaville. Tarkemmin sanottuna niille, joiden on käsiteltävä Gateway-vektoreita. Oletetaan, että olet saanut joltakulta Gateway-kloonin. Tiedät insertin sekvenssin ja tiedät vektorin runko-osat. Yksi yleisimmistä runko-osista on pENTR221. Otetaan esimerkkinä insertiksi ihmisen CTSL1-cDNA, tarkemmin sanottuna klooni-ID 100010639 OCAA-kloonikokoelmasta. Tiedät insertin sekvenssin sen rekisteröintinumerosta (BC012612).Haluat tämän vektorin täydellisen DNA-sekvenssin, jotta voit käyttää älykästä kloonausohjelmistoa, kuten SnapGene , apuna kloonaussuunnittelussasi. Tämä ohjelmisto edellyttää kuitenkin, että sinulla on konstruktin täydellinen sekvenssi (tai ainakin sen tärkeiden osien täydellinen sekvenssi). Miten siis selvität pENTR221-CTSL1-kloonin täydellisen sekvenssin? Insertisekvenssin saat NCBI:stä : Kirjoita vain kloonillesi saatu rekisteröintinumero. Lataa sekvenssi Fasta- tai Genbank-muodossa. Mielenkiintoista kyllä, muuten niin älykäs SnapGene-ohjelmisto ei tunne pENTR221-vektoria. Joten sinun täytyy googlettaa vektorin runko ”pENTR221 DNA sequence”. Tuloksia löytyy paljon, ja tässä on vain neljä niistä: 1. http://dnasu.org/DNASU/GetVectorDetail.do?vectorid=2792 . https://plasmid.med.harvard.edu/PLASMID/GetVectorDetail.do?vectorid=279 3. https://www.genomics-online.com/vector-backbone/48/pentr221/4 . http://yrgene.com/documents/vector/pentr221.pdfMatthias , neljännen lähteen kirjoittaja, esittää sekvenssin PDF-tiedostossa, mitä ei suositella. Jos kopioit DNA-sekvenssin tästä tiedostosta, se sekoittuu kokonaan, koska PDF-tiedosto ei lue 10 nukleotidin ryhmittelyjä rivi riviltä. Hyvä Matthias, älä käytä PDF-tiedostoa DNA-sekvenssien jakeluun tai dokumentointiin! Jos sinun on pakko tehdä niin, liitä PDF-tiedostoon tekstitiedosto, jossa on nukleotidisekvenssi! Tietenkin voit purkaa DNA-sekvenssin oikeassa järjestyksessä älykkäällä PDF-työkalulla, kuten PDF Studio Prolla. Jostain outosta syystä kolmannen URL-osoitteen sekvenssi poikkeaa muista neljästä, sillä se on ainoa, jossa on täydelliset kiinnityskohdat (attL1 ja attL2). Ei kuitenkaan ole väliä, mitä sekvenssiä käytät kokoonpanossa, koska erot ovat kaikki alueella, joka poistetaan kokoonpanoprosessin aikana (en tiedä, miten pENTR221-vektori valmisteltiin kirjaston kloonausta varten tässä nimenomaisessa esimerkissäni, mutta minusta näyttää siltä, että alkuperäinen vektori avattiin yhdellä DraI-pilkkomisella (joka luo tasaiset päät) ja sitten lisättiin ensin linkkeri ja sen jälkeen insertti. Ehdotan, että käytät kolmannesta URL-osoitteesta löytyvää sekvenssiä (koska se on Fasta-muodossa) ja tuot sen SnapGeneen, jolloin SnapGene tunnistaa yhteiset piirteet. Nyt tarvitset vielä linkkerin. Mistä tiedät, mitä linkkeriä on käytetty? Saamme suurimman osan Gateway-klooneistamme sisäisestä OCAA-kloonikokoelman kopiosta, ja voit ladata täydellisen klooniluettelon Excel-taulukkona täältä . Tiedot sisältävät jokaisesta kloonista käytetyn linkkerin (5’-linkkereitä on 8 erilaista ja 3’-linkkereitä 16 erilaista). Valitettavasti näyttää siltä, että tässä Excel-taulukossa on joitakin virheitä, sillä joissakin linkkereissä on stop-kodoni, mutta ne on silti merkitty ”ilman stop-kodonia” ja päinvastoin. Esimerkkikloonissamme on käytetty seuraavia linkkereitä: 5’-linkkeri: GTACAAAAAAGCAGGCTCCACCATG 3’-linkkeri:TAGGACCCAGCTTTCTTGTACLähes kaikki 5’-linkkerit sisältävät Kozak-sekvenssin (CACC) viimeisinä nukleotideina ennen insertin alkua, ja muutamat sisältävät Kozakin lisäksi itse ATG:n (kuten yllä oleva). Linkkerin toisessa päässä homologisen sekvenssin tunnistaa helposti pENTR221-runko-osien attL1:n päästä (GTACAAAAAAG). 3’-linkkerit ovat heterogeenisempia, mutta ne kaikki sisältävät attL2:n CTTTCTTG-sekvenssin. Kun niitä käytetään stop-kodonin sisältävien kloonien tekemiseen, ne kaikki alkavat juuri kyseisellä stop-kodonilla (TAG, TGA tai TAA).Nyt sinun tarvitsee vain kopioida inserttijakson avoin lukukehys linkkerisekvenssien väliin. Jos 3’-linkkerissäsi on aloituskoodoni ATG, sinun on ohitettava se. Älä myöskään kopioi stop-koodonia, koska ”stop-koodonilla varustetuissa klooneissa” se sisältyy aina linkkeriin ja ”stop-koodonittomissa klooneissa” et halua sitä mukaan. Tässä esimerkissä tämä sekvenssi käsittää nukleotidit 202–1197 rekisteröintinumerosta BC012612 . Se olisi:AATCCTACACTCATCCTTGCTGCCTTTTGCCTGGGAATTGCCTCAGCTACTCTAACATTTGATCACAGTTTAGAGGCACAGTGGACCAAGTGGAAGGCGATGCACAACAGATTATACGGCATGAATGAAGAAGGATGGAGGAGAGCAGTGTGGGAGAAGAACGTGAAGATGATTGAACTGCACAATCAGGAATACAGGGAAGGGAAACACAGCTTCACAATGGCCATGAACGCCTTTGGAGACATGACCAGTGAAGAATTCAGGCAGGTGATGAATGGCTTTCAAAACCGTAAGCCCAGGAAGGGGAAAGTGTTCCAGGAACCTCTGTTTTATGAGGCCCCCAGATCTGTGGATTGGAGAGAGAAAGGCTACGTGACTCCTGTGAAGAATCAGGGTCAGTGTGGTTCTTGTTGGGCTTTTAGTGCTACTGGTGCTCTTGAAGGACAGATGTTCCGGAAAACTGGGAGGCTTATCTCACTGAGTGAGCAGAATCTGGTAGACTGCTCTGGGCCTCAAGGCAATGAAGGCTGCAATGGTGGCCTAATGGATTATGCTTTCCAGTATGTTCAGGATAATGGAGGCCTGGACTCTGAGGAATCCTATCCATATGAGGCAACAGAAGAATCCTGTAAGTACAATCCCAAGTATTCTGTTGCTAATGACACCGGCTTTGTGGACATCCCTAAGCAGGAGAAGGCCCTGATGAAGGCAGTTGCAACTGTGGGGCCCATTTCTGTTGCTATTGATGCAGGTCATGAGTCCTTCCTGTTCTATAAAGAAGGCATTTATTTTGAGCCAGACTGTAGCAGTGAAGACATGGATCATGGTGTGCTGGTGGTTGGCTACGGATTTGAAAGCACAGAATCAGATAACAATAAATATTGGCTGGTGAAGAACAGCTGGGGTGAAGAATGGGGCATGGGTGGCTACGTAAAGATGGCCAAAGACCGGAGAAACCATTGTGGAATTGCCTCAGCAGCCAGCTACCCCACTGTGNyt lisätään linkkeri (ensimmäinen ja viimeinen rivi):GTACAAAAAAGCAGGCTCCACCATGAATCCTACACTCATCCTTGCTGCCTTTTGCCTGGGAATTGCCTCAGCTACTCTAACATTTGATCACAGTTTAGAGGCACAGTGGACCAAGTGGAAGGCGATGCACAACAGATTATACGGCATGAATGAAGAAGGATGGAGGAGAGCAGTGTGGGAGAAGAACGTGAAGATGATTGAACTGCACAATCAGGAATACAGGGAAGGGAAACACAGCTTCACAATGGCCATGAACGCCTTTGGAGACATGACCAGTGAAGAATTCAGGCAGGTGATGAATGGCTTTCAAAACCGTAAGCCCAGGAAGGGGAAAGTGTTCCAGGAACCTCTGTTTTATGAGGCCCCCAGATCTGTGGATTGGAGAGAGAAAGGCTACGTGACTCCTGTGAAGAATCAGGGTCAGTGTGGTTCTTGTTGGGCTTTTAGTGCTACTGGTGCTCTTGAAGGACAGATGTTCCGGAAAACTGGGAGGCTTATCTCACTGAGTGAGCAGAATCTGGTAGACTGCTCTGGGCCTCAAGGCAATGAAGGCTGCAATGGTGGCCTAATGGATTATGCTTTCCAGTATGTTCAGGATAATGGAGGCCTGGACTCTGAGGAATCCTATCCATATGAGGCAACAGAAGAATCCTGTAAGTACAATCCCAAGTATTCTGTTGCTAATGACACCGGCTTTGTGGACATCCCTAAGCAGGAGAAGGCCCTGATGAAGGCAGTTGCAACTGTGGGGCCCATTTCTGTTGCTATTGATGCAGGTCATGAGTCCTTCCTGTTCTATAAAGAAGGCATTTATTTTGAGCCAGACTGTAGCAGTGAAGACATGGATCATGGTGTGCTGGTGGTTGGCTACGGATTTGAAAGCACAGAATCAGATAACAATAAATATTGGCTGGTGAAGAACAGCTGGGGTGAAGAATGGGGCATGGGTGGCTACGTAAAGATGGCCAAAGACCGGAGAAACCATTGTGGAATTGCCTCAGCAGCCAGCTACCCCACTGTGTAGGACCCAGCTTTCTTGTACNyt meillä on ensimmäinen ongelma: 3’-linkkerissä on pysäytyskodoni (heti viimeisen rivin alussa), vaikka klooni on saamamme tiedon mukaan ”ilman stop-kodonia”.Olemme sekvensoineet kloonin ja todenneet, että ainoa ero stopkodonilla varustetun ja ilman stopkodonia olevan kloonin välillä on mutaatio, joka muuttaa TAG-stopkodonin TTG-kodoniksi (leusiini). Joten vaihdamme yhden A-nukleotidin yllä olevassa sekvenssissä T-nukleotidiksi:GTACAAAAAAGCAGGCTCCACCATGAATCCTACACTCATCCTTGCTGCCTTTTGCCTGGGAATTGCCTCAGCTACTCTAACATTTGATCACAGTTTAGAGGCACAGTGGACCAAGTGGAAGGCGATGCACAACAGATTATACGGCATGAATGAAGAAGGATGGAGGAGAGCAGTGTGGGAGAAGAACGTGAAGATGATTGAACTGCACAATCAGGAATACAGGGAAGGGAAACACAGCTTCACAATGGCCATGAACGCCTTTGGAGACATGACCAGTGAAGAATTCAGGCAGGTGATGAATGGCTTTCAAAACCGTAAGCCCAGGAAGGGGAAAGTGTTCCAGGAACCTCTGTTTTATGAGGCCCCCAGATCTGTGGATTGGAGAGAGAAAGGCTACGTGACTCCTGTGAAGAATCAGGGTCAGTGTGGTTCTTGTTGGGCTTTTAGTGCTACTGGTGCTCTTGAAGGACAGATGTTCCGGAAAACTGGGAGGCTTATCTCACTGAGTGAGCAGAATCTGGTAGACTGCTCTGGGCCTCAAGGCAATGAAGGCTGCAATGGTGGCCTAATGGATTATGCTTTCCAGTATGTTCAGGATAATGGAGGCCTGGACTCTGAGGAATCCTATCCATATGAGGCAACAGAAGAATCCTGTAAGTACAATCCCAAGTATTCTGTTGCTAATGACACCGGCTTTGTGGACATCCCTAAGCAGGAGAAGGCCCTGATGAAGGCAGTTGCAACTGTGGGGCCCATTTCTGTTGCTATTGATGCAGGTCATGAGTCCTTCCTGTTCTATAAAGAAGGCATTTATTTTGAGCCAGACTGTAGCAGTGAAGACATGGATCATGGTGTGCTGGTGGTTGGCTACGGATTTGAAAGCACAGAATCAGATAACAATAAATATTGGCTGGTGAAGAACAGCTGGGGTGAAGAATGGGGCATGGGTGGCTACGTAAAGATGGCCAAAGACCGGAGAAACCATTGTGGAATTGCCTCAGCAGCCAGCTACCCCACTGTGTTGGACCCAGCTTTCTTGTACViimeinen vaihe on lisätä tämä sekvenssi tyhjään pENTR221-sekvenssiin, jonka olemme avanneet SnapGene-ohjelmassa. Käytännössä valitset 32 nukleotidia kohdista 652–687 ja korvaat ne yllä olevalla sekvenssillä. Voilà! Valitettavasti se, että linkkereitä ei aina ole merkitty oikein, herättää minussa huonoa aavistusta. Oman kokemuksemme mukaan Orfeomen kirjastokopiot sisältävät kuitenkin niin paljon virheitä, että on joka tapauksessa suositeltavaa sekvensoida koko insertti käyttämällä T7- tai M13 rev -alukkeita 3’-päästä ja M13 fwd -aluketta 5’-päästä. Tällä tavoin saat selville mahdolliset linkkerivirheet, joita on tehty kloonien annotoinnissa.

Tieteen takia Suomeen?

Mon, 26 Oct 2020 00:00:00 +0000

Kun miettii ulkomaille lähtemistä opiskelemaan tai tekemään tiedettä, mieleen tulevat yleensä angloamerikkalaiset maat. Vaikka Yhdysvallat ja Englanti ovat edelleen erittäin houkuttelevia kohteita, niiden vetovoima on hieman heikentynyt. Euroopassa pysyminen ei ole enää umpikuja tieteelliselle uralle. Suomi ei todellakaan ole listan kärjessä, kun tarkastellaan mahdollisia eurooppalaisia kohteita. Erityisesti opiskelijoiden keskuudessa Suomi on kuitenkin saanut maineen sisäpiirin vinkkinä ulkomaanvaihtokohteeksi. Näistä saksalaiset opiskelijat muodostavat suurimman ryhmän, jota seuraavat ranskalaiset, espanjalaiset, hollantilaiset ja italialaiset opiskelijat. Suurin osa heistä saapuu Euroopan unionin tukeman Erasmus-vaihto-ohjelman kautta. Kirjoitin äskettäin vierasblogin Claudia’s Helsinki -sivustolle tieteentekijänä Suomeen tulemisesta. Blogikirjoitus on saksankielinen, mutta sen ydin voidaan tiivistää yhteen lauseeseen: on useita tieteenaloja, joilla Suomessa tehdään maailmanluokan tutkimusta. Suomalaiset yliopistot tarjoavat yhä enemmän kansainvälisiä koulutusohjelmia (pääasiassa maisteri- ja tohtoriohjelmia). Näissä koulutusohjelmissa peritään lukukausimaksu, mutta jos olet kotoisin EU-maasta (tai hakemuksesi perustana oleva tutkinto on suoritettu EU-maassa), olet vapautettu lukukausimaksusta. Katso, mitä maisteri- ja tohtoriohjelmia Helsingin yliopistossa tarjotaan: https://www.helsinki.fi/en/admissions/explore-our-international-masters-programmeshttps://www.helsinki.fi/en/research/doctoral-education/doctoral-schools-and-programmes

Lääketieteellinen tutkimus Suomessa

Sun, 11 Oct 2020 00:00:00 +0000

Tutkijaksi Suomeen? Miksi ei? Helsingin yliopistossa on runsaasti saksankielisistä maista kotoisin olevia professoreita. Ulkomaalaisten tutkijoiden osuuden kasvattaminen on kaikkien suomalaisten yliopistojen nimenomainen tavoite.Akateemisen tutkimuksen laadun osalta Suomi sijoittuu hyvälle keskitasolle Euroopassa. Vain yksi Suomen kymmenestä yliopistosta on päässyt maailman 100 parhaan yliopiston joukkoon: Helsingin yliopisto (74. sija Shanghai-rankingissa 2020 ). Sen sijaan neljä saksalaista yliopistoa on päässyt muutoin angloamerikkalaisten hallitsemalle listalle (Münchenin Ludwig-Maximilians-yliopisto, Münchenin teknillinen yliopisto, Heidelbergin yliopisto ja Bonnin yliopisto sijoilla 51, 54, 57 ja 87). On kuitenkin syytä huomata, että nämä rankingit muodostavat keskiarvon yliopiston kaikista tutkimusaloista.

Yliopistopedagogiikka (UP2.2, 2019): Oppimisen arviointi ja palautteen antaminen

Fri, 02 Oct 2020 00:00:00 +0000

Opettajaksi valmistuminen SuomessaYliopistopedagogiikan (UP) 60 op:n moduulin tutkintovaatimukset koostuvat 25 op:n perusopintoista ja 35 op:n syventävistä opinnoista. Vaikka UP keskittyy yliopisto-opetukseen, suoritettu moduuli antaa pätevyyden myös kouluopetukseen. Helsingin yliopiston pedagogiikkakeskus järjestää perusopintomoduulin (25 ECTS-opintopistettä) kurssit englanniksi. Jos kuitenkin haluat suorittaa koko moduulin, joudut suorittamaan kursseja, joita tarjotaan vain suomeksi tai ruotsiksi. Tämä tarkoittaa, että et voi tulla päteväksi opettajaksi ilman suomen tai ruotsin kielen taitoa. En tiedä, onko suomenkieleni tällä hetkellä riittävän hyvää siihen. Toistaiseksi pysyn englanninkielisissä kursseissa.**Yliopistopedagogiikka 2.2 (2019)**Syksyllä 2019 suoritin kurssin UP2.2 (ilman että olisin suorittanut ensin kurssia UP2.1). Meillä oli erittäin mukava opettaja (Jokke Häsä), mutta en vieläkään ymmärrä, miksi hän siirtyi matematiikan parista pedagogiikan opettamiseen. Se on varmasti pedagogiikan kannalta voitto, sillä hän ymmärtää tilastotiedettä, ja meillä oli mielenkiintoista keskustelua lukemamme Johnstonin ja Milesin artikkelin tilastoista. Artikkeli on liitetty myös tähän viestiin, ja siinä esitetty kuvaus heidän tilastollisista menetelmistään jättää paljon tulkinnanvaraa. Lähetin itse asiassa sähköpostia artikkelin ensimmäiselle kirjoittajalle, mutta hän oli juuri jäänyt eläkkeelle muutama kuukausi sitten. Vaikka en saanut toimitusvirheilmoitusta, hän ei ehkä enää kokenut tarpeelliseksi vastata.SokkolentoMinulle yksi suurimmista ongelmista oli se, että minulla ei ollut mitään vertailukohtaa, kun valmistelin tehtäviäni. Kun kirjoitan artikkeleita lehtiin, minulla on tuhansia esimerkkejä, joita voin tutkia ja joihin voin verrata omaa työtäni. Joten päätin kurssin aikana, että julkaisisin kaikki tehtäväni. Noloja hetkiä myöten. Mutta ehkä joillakin tulevilla UP2.2-kurssin osallistujilla on jotain, mihin verrata. Eräänlainen esimerkki. Ei täydellinen, mutta kelvollinen. Julkaisen vain omia tehtäviäni.**Kaikki tehtäväni ovat saatavilla CC0-lisenssillä (= ilman ehtoja)**Kaikki tämä materiaali on jaettu CC0 -lisenssillä: Käytä sitä miten haluat, minua ei tarvitse mainita. Ainoa puuttuva asia täällä on ryhmätehtävä, koska siihen tarvitsisin kaikkien suostumuksen, mitä ei tule tapahtumaan. Minun olisi pitänyt tehdä tämä 9 kuukautta sitten, mutta unohdin sen yksinkertaisesti. Muita asioita oli vain liikaa meneillään.Pärjäsin kurssilla ihan hyvin, mutta en vieläkään tiedä mitäänMinkä arvosanan sain? Ryhmätyömme sai arvosanan 5 (asteikolla 1–5, jossa 5 on paras arvosana) ja omat työni arvosanan 4. Kiitos kaikille Carbonara-tiimin mahtaville jäsenille! Kurssin kokonaisarvosanaksi tuli keskiarvona 5. Jostain oudosta syystä Moodle-kurssisivulla näkyy edelleen, että olen suorittanut vain 66 % kurssitehtävistä, mutta WebOodissa näkyy, että sain opintopisteet. Siinäpä se IT-järjestelmien ihmeellisyys…

Michael Jeltschin Wikimedia, Wikipedia ja ResearchGate -julkaisut

Tue, 29 Sep 2020 00:00:00 +0000

Osallistumalla Wikimediaan ja Wikipediaan voin tutkijana tuoda luotettavaa tietoa yhteiskunnan ulottuville ja vahvistaa tieteen ja suuren yleisön välistä yhteyttä. Mutta miksi kirjoittaisin ResearchGateen , joka tunnetaan myös nimellä ”tutkijoiden Facebook”? Alusta lähtien tutkijat ovat spekuloineet ResearchGate-projektin perustamisen taustalla olevista piilomotiiveista, varsinkin kun kyseessä on riskipääomalla rahoitettu, voittoa tavoitteleva yritys, joka on kerännyt kymmeniä miljoonia dollareita sijoittajilta, kuten Bill Gatesilta, Goldman Sachsilta, Peter Thielin Founders Fundilta ja Benchmarkilta. Sijoittajat eivät sijoita tuollaisia summia odottamatta tuottoa tulevaisuudessa. ResearchGate on varmasti kätevä paikka jakaa, etsiä ja pyytää artikkeleita, jotka eivät ole avoimesti saatavilla. Käytän palvelua pääasiassa juuri tähän tarkoitukseen.

Proteiinipohjaisten lääkkeiden tutkimus ja kehitys

Wed, 09 Sep 2020 00:00:00 +0000

Eilen pidin ensimmäisen Zoom-luennon proteiinilääkkeiden tutkimuksesta ja kehittämisestä. Toivon, että opiskelijat saivat siitä ainakin jotain irti. Tavoitteenani on julkaista koko esitys CC-lisenssillä, mutta muutama kuva on vielä vaihdettava. Ensimmäinen yritys on harvoin täydellinen, ja meilläkin oli osansa teknisistä ongelmista. Kuulokkeeni pettivät ensimmäistä kertaa sen jälkeen, kun ostin ne Covid-19-pandemian alussa. Lisäksi Zoom-äänestystoiminto katosi ennen kuin opiskelijat ehtivät käyttää sitä, emmekä saaneet sitä enää toimimaan. Tässä on linkki reaaliaikaiseen Google Slides -esitykseen: https://mjlab.fi/pddd . Nämä muuttuvat jatkuvasti (= parantuvat). Alla on PDF-kuvakaappaus esityksestä varsinaiselta luentopäivältä. Koko esitys on CC-lisensoitu. Voit siis vapaasti käyttää sitä uudelleen. Kaikki lähdetiedostot (pääosin Inkscape SVG -muodossa) ovat saatavilla myös täältä: https://mjlab.fi/pddd-files . Olen tehnyt kaikki SVG-tiedostot Inkscapessa , mutta voit avata ne myös millä tahansa selaimella tai muokata niitä Adobe Illustratorissa. Jos haluat muokata tai poimia kuvia, helpoin tapa on ehkä ladata esitys Microsoft PowerPoint-, LibreOffice Impress- tai PDF-muodossa. En ole vielä keksinyt, miten voisin jakaa Google Slides -esityksen ilman, että alkuperäinen tiedosto muuttuu kaikkien muokattavaksi (haluanhan säilyttää jonkin verran hallintaa luentojeni sisällöstä).Huomaa, että tällä hetkellä esitys sisältää edelleen kahdeksan kuvaa, jotka perustuvat Fair Use -periaatteeseen tai joiden lisenssiehdot ovat tuntemattomat (vaikka oikeudellista fair use -käsitettä ei oikeastaan ole olemassa Yhdysvaltojen ulkopuolella). Kaikki kuvien lähteet (omia kuviani lukuun ottamatta) on lueteltu README.txt-tiedostossa niiden lisenssien ja lähde-URL-osoitteiden kera. Jotkut kuvat ovat niin vanhoja, etten enää löytänyt niiden alkuperäisiä URL-osoitteita. Siksi en ole varma niiden lisenssiehdoista. Aion korvata nämä kuvat seuraavien viikkojen aikana, kunhan onnistun hankkimaan CC-lisensoituja tai julkisen omaisuuden kuvia niiden tilalle.

Duodecim-lehdessä julkaistu katsaus: Imusuonet ja silmä

Fri, 28 Aug 2020 00:00:00 +0000

Englanti on ylivoimaisesti tärkein kieli tieteen alalla. Toisinaan on kuitenkin tarvetta kohdistaa viestintä muille kohderyhmille kuin akateemisille tutkijoille. Suomessa kahden viikon välein ilmestyvä Duodecim on luultavasti se lääketieteellinen lehti, jolla on suurin tavoittavuus kotimaisten lääketieteen ammattilaisten keskuudessa. Siksi syntyi ajatus suomenkielisestä katsauksesta. Tarkastelemme kolmesta eri näkökulmasta (Sirpa Loukovaaran, Kaisa Lehden ja Michael Jeltschin laboratorioista käsin) proliferatiivista diabeettista retinopatiaa (PDR), joka on silmäkomplikaatio, joka kehittyy hitaasti vuosikymmenien kuluessa diabeetikoilla ja joka on edelleen merkittävä sokeuden syy. PDR:n hoito on usein vähemmän onnistunutta kuin se potentiaalisesti voisi olla. Tärkeää on, että esittelemme myös PDR-tutkimuksen edistysaskeleita, joista saattaa syntyä uusia ideoita nykyisten hoitokäytäntöjen parantamiseksi. Katsauksen alkuperäinen suomenkielinen versio on juuri julkaistu verkossa: https://www.duodecimlehti.fi/lehti/2020/16/duo15739 . Englanninkielinen käännös on saatavilla Zenodosta: https://doi.org/10.5281/zenodo.4005517 .

VEGF-C suojaa verisolujen tuotantoa

Fri, 28 Aug 2020 00:00:00 +0000

Vaskulaarinen endoteelinen kasvutekijä-C (VEGF-C) on alun perin kuvattu imukudoksen ensisijaiseksi kasvutekijäksi. Ei olekaan yllättävää, että molempien VEGF-C-geenin alleelien pysyvä inaktivointi hiirillä on tappavaa. Vuosien mittaan tutkijat ovat kuitenkin löytäneet VEGF-C:lle uusia toimintoja. Vuonna 2016 osoitettiin, että VEGF-C on välttämätön punasolujen tuotannolle (erytropoieesille) sikiön maksassa. Alkionkehityksen aikana punasolujen tuotantopaikka siirtyy kahdesti: ensin keltarauhasta maksaan (ihmisillä 3. ja 4. kuukauden välillä) ja sitten, kolme kuukautta myöhemmin, maksasta luuytimeen, jossa se pysyy loppuelämän ajan. Vegfc-geeni osoittautui välttämättömäksi primitiivisten erytroblastien mobilisoinnille, kypsymiselle ja ytimen irtoamiselle. Kun Vegfc poistettiin alkionkehityksen 7,5. päivänä (E7.5), erytro-myeloidisten esisolujen siirtyminen maksaan sekä makrofagien ja erytroidisolujen lisääntyminen olivat puutteellisia ( https://doi.org/10.1182/blood-2015-12-687970 ).Osa, mutta ei koko vaikutuksesta johtui hematopoieettisten solujen itsensä tuottamasta VEGF-C:stä, mikä ei ole yllättävää, sillä useiden verisolujen tiedetään tuottavan tai sisältävän VEGF-C:tä (esim. makrofagit, verihiutaleet). Vuoden 2016 artikkelissa aikuisten hematopoieesin ei havaittu muuttuneen, kun VEGF-C poistettiin 8 viikon ikäisiltä hiiriltä. Myöskään silloin, kun erytropoieesia lisättiin fenyylihydratsiinin (PHZ) aiheuttamalla anemialla tai kun luuytimen hematopoieesia estettiin fluorourasiililla (5-FU), ei havaittu merkittäviä muutoksia. Uudessa artikkelissa osoitamme kuitenkin, että VEGF-C:llä on tärkeä rooli luuytimen toipumisessa säteilyvaurioista ja että se pystyy myös suojaamaan luuytimen ennakoivasti, kun sitä annetaan ennen säteilyvaurion syntymistä. Vaikutus johtui osittain luuytimen endoteelisoluista ja LepR+-stromasoluista, jotka tuottivat VEGF-C:n stimuloimana tekijöitä, jotka edistävät hematopoieettisten kantasolujen uudistumista ( https://doi.org/10.1182/blood.2020005699 ). Vaikutus LepR+-soluille oli kuitenkin todennäköisesti epäsuora, sillä ne eivät ilmentä VEGF-C:n reseptoreita. Kun otetaan huomioon, että aiemmat tiedot osoittavat VEGFR-2:n ilmentymistä hematopoieettisissa kantasoluissa ( https://doi.org/10.1038/nature00821 ) sekä lintujen VEGFR-2:n ja -3:n ilmentymistä endoteeli- ja hematopoieettisen erilaistumisen aikana ( https://www.pnas.org/content/94/10/5141 ja http://dev.biologists.org/content/125/4/743 ), VEGF-C:n suoraa vaikutusta ei mielestäni voida sulkea pois, vaikka sitä ei analysoitukaan.

Ihmisen ja naudan metaanituotanto

Sun, 19 Jul 2020 00:00:00 +0000

Vähän aikaa sitten eräs ystäväni väitti, että hänen kohdallaan siirtyminen lihattomaan ruokavalioon ei vaikuttaisi merkittävästi ilmaston lämpenemiseen. Kun osa ihmisistä korvaa eläinperäiset proteiininlähteet kasviperäisillä, he alkavat piereskellä paljon enemmän, mikä kumoaa karjan kasvihuonekaasupäästöjen vähenemisen tuomat hyödyt.En tiennyt, oliko tuossa väitteessä mitään perää, mutta lopulta tein karkean laskelman. Jopa kaikkein suotuisimmissa olosuhteissa tämä väite kaatuu, koska ihmisten ja lehmien kasvihuonekaasupäästöt ovat valtavan erilaiset. Yksinkertaisuuden vuoksi tarkastelin vain metaania, sillä se on tässä yhteydessä paljon merkittävämpi kuin hiilidioksidi. Näyttää siltä, että kuitupitoisella ruokavaliolla ihmiset tuottavat noin 10 mg metaania päivässä ( http://dx.doi.org/10.1136/gut.32.6.665) , kun taas ruoholla ruokitut lehmät tuottavat noin 250 g ( http://www.fao.org/3/a0701e/a0701e00.htm , https://blogs.agu.org/geospace/2019/01/09/scientists-breathalyze-cows-to-measure-methane-emissions/) . Lehmä tuottaa 25 tuhatta kertaa enemmän metaania kuin ihminen. Vaikka oletettaisiin, että lihansyöjä ei tuota lainkaan metaania ja että hän syö elinaikanaan vain yhden lehmän verran lihaa, argumentti jää silti lähes 1 000-kertaisesti vajaaksi (lehmän elinikä: 2 vuotta, ihmisen elinikä: 80 vuotta).Oletus, että lihansyöjä syö elinaikanaan vain yhden lehmän verran lihaa, on kuitenkin erittäin optimistinen. Todellisuudessa tämä on erittäin epätodennäköistä, sillä yhdestä lehmästä saadaan esimerkiksi vain 5 sirloin-pihviä, mutta 85 paunaa jauhelihaa. Lehmä painaa teurastettaessa noin 450 kg, josta käyttökelpoista lihaa on tuskin 200 kg. Jos tämä määrä käytetään tyydyttämään keskimääräisen ihmisen lihanhimoa (80 vuotta, 70 kg lihan kulutusta vuodessa, https://en.wikipedia.org/wiki/List_of_countries_by_meat_consumption) , se tarkoittaa 30 lehmää elinaikana, jos kaikki liha on peräisin lehmistä. Siksi oletus, että yhden elinaikana tarvitaan yksi lehmä, on liian optimistinen jopa ihmisille, joiden lihan kulutus on vähäistä. Toinen mielenkiintoinen seikka, jota en tiennyt, oli se, että vapaasti laiduntavat lehmät tuottavat kolme kertaa enemmän metaania kuin lihatehtaissa maissilla ruokitut lehmät. Siinäpä se ”luomuliha”.

Rasva voi tukkia verisuonisi, mutta myös keittiön pesualtaan viemärin

Sun, 19 Jul 2020 00:00:00 +0000

Työni liittyy ihmiskehon viemärijärjestelmään: imusuonistoon . Viime viikolla jouduin puuttumaan keittiön tiskialtaan viemärijärjestelmään. Ja kas, aivan kuten ihmiskehon verisuonistossa , rasvalla näytti olevan osansa keittiön tiskialtaan viemäriputken tukkeutumisessa. Veden virtaus oli hidastunut viime viikkojen aikana yhä enemmän, ja lopulta putki oli täysin tukossa. Ensin puhdistin – kuten tavallista – U-mutkan, mutta se oli yllättävän puhdas. Sitten ajattelin, että ylivuotoputki saattoi olla syyllinen. Se olikin todellakin täysin tukossa. Sen voi helposti irrottaa kokonaan puhdistusta varten: tarvitsee vain löysätä ruuvia, jolla se on kiinnitetty pesualtaan reunaan; toisessa päässä se ei ole edes kiinnitetty pääviemäriin letkukiinnikkeellä, vaan sen voi vain vetää irti. Tukoksen aiheuttanut hyytymä oli ällöttävä, mutta sen puhdistaminen ei parantanut tilannetta lainkaan. Sitten avasin putket aivan alhaalta, mistä ne lähtevät asunnosta, ja puhdistin ne 2 metriä pitkällä viemärinpuhdistusharjalla, mutta en havainnut mitään tukosta eikä sekään auttanut. Oli kuitenkin selvää, että tukos oli putken loppupäässä, sillä kun kaadoin vettä putkiin, se täytti putken nopeasti yläreunaan asti ja vedenpinta laski vain hyvin hitaasti. Sitten muistin sen 130 tonnin rasvamassan, joka tukki Lontoon pääviemärin muutama vuosi sitten ( https://www.theguardian.com/environment/12.9.2017/total-monster-concrete-fatberg-blocks-london-sewage-system ), ja ehkä syynä oli juuri tällainen rasvamöykky. Rasvan liuottamiseksi päätin kaataa nopeasti paljon kuumaa vettä (ei kiehuvaa, mutta kuuminta, mitä lämminvesijärjestelmämme pystyi tuottamaan, eli 54 °C) viemäriin (ehkä noin 100 litraa). Tämän toimenpiteen ansiosta tukos hävisi välittömästi ja kokonaan.

Jätteiden kehitys

Wed, 08 Jul 2020 00:00:00 +0000

Kertakäyttöiset kahvikupit ovat jo kauan sitten ohittaneet juomatölkit ja -pullot ajattelemattomassa roskaamiskilpailussa. Tämä pätee ainakin Suomeen ja niihin harvoihin muihin EU-maihin, jotka ovat onnistuneet luomaan jonkin verran järkevän tölkkien ja pullojen palautusjärjestelmän. Käytetyt kasvomaskit ovat kuitenkin nousemassa kahvikuppien vahvaksi kilpailijaksi COVID-19:n vuoksi.

Tohtori Sawan K. Jha: VEGF-C:n aktivoitumisen mekanismi […]

Mon, 01 Jun 2020 00:00:00 +0000

Ensimmäinen tohtoriopiskelijani puolusti menestyksekkäästi väitöskirjaansa aiheesta VEGF-C:n aktivoitumismekanismi ja vaikutus imusuonten kasvuun ja uudistumiseen . COVID-19-tilanteen vuoksi järjestimme tilaisuuden etäyhteydellä ja käytimme Zoom-videoneuvotteluohjelmistoa. Vastaväittäjänä toimi professori Jonathan Sleeman Heidelbergin yliopistosta. Sekä vastaaja että vastapuoli suoriutuivat tehtävästään loistavasti, ja keskustelu toi esiin useita uusia suuntia tulevalle tutkimukselle, joita en ollut aiemmin tullut ajatelleeksi. VEGF-C on monimutkainen proteiini, ja olen varma, että se tarjoaa vielä yllätyksiä ahkeralle tutkijalle. Valitettavasti tilaisuudessa ei järjestetty vastaanottoa, illallista eikä karonkkaa (illallisen jälkeistä valmistujaisjuhlaa), mutta aiomme järjestää juhlat myöhemmin tänä vuonna, kun COVID-19-tilanne sen sallii!

Tulevaisuuden varalle varautuminen

Mon, 13 Apr 2020 00:00:00 +0000

Aiheuttaako Covid-19-pandemia muutakin kuin vain väliaikaisia muutoksia siihen, miten yhteiskuntamme varautuvat tulevaisuuteen? Varmistammeko, että talouksiemme organisointi, teollisuuden toimitusketjut, julkinen terveydenhuolto, matkustustottumuksemme ja kulutustottumuksemme ovat tulevaisuuden vaatimusten mukaisia? Jos historiasta on mitään opittavaa, pelkään, ettei tästä kriisistä opita paljoakaan. Todennäköisesti hallituksemme varmistavat, että meillä on tarpeeksi kasvomaskeja ja parempi infrastruktuuri uusien virustestien käyttöönottoon tulevia virusepidemioita varten. Virologit ja epidemiologit ovat kehottaneet varautumaan pandemiaan, mutta menestys on ollut vähäisempää kuin toivoisimme. Espanjantautia lähtien on ollut selvää, että globaalisti verkottuneessa maailmassa viruspandemiat ovat väistämättömiä. Kysymys ei ole koskaan ollut siitä, tapahtuuko seuraava pandemia, vaan ainoastaan siitä, milloin se tapahtuu. Varoitusmerkkejä on ollut riittävästi: SARS, MERS, ebola ja sikainfluenssa, vain muutamia mainitakseni. Muut asiantuntijat ovat varoittaneet ja varoittavat edelleen, että on varauduttava myös muunlaisiin globaaleihin kriiseihin. Kuten viruspandemian kohdalla, kysymys ei ole siitä, tapahtuuko seuraava suuri asteroiditörmäys tai CME ( koronamassapurkaus ), vaan ainoastaan siitä, milloin se tapahtuu. Kuten Covid-19:n kohdalla, saimme runsaasti varoitusmerkkejä molemmista: Tunguskan tapahtuma , Tšeljabinskin meteoriitti , Carringtonin tapahtuma ja vuoden 2012 aurinkomyrsky , mainitakseni vain tunnetuimmat. Tästä huolimatta emme ole valmistautuneet tällaisiin katastrofeihin, ja pelkään, että hallitukset eivät näe yhtäläisyyksiä Covid-19-epidemian ja auringon magneettisen purkauksen välillä. Valitettavasti tähtitieteelliset ilmiöt voivat olla suuruusluokaltaan moninkertaisesti pahempia kuin mikään pandemia.

Imusuonet ja silmä

Wed, 12 Feb 2020 00:00:00 +0000

Duodecim on hyväksynyt katsausartikkelimme silmän imusuonista. Artikkelissa käsittelemme silmän imusuonia ja keskitymme erityisesti proliferatiiviseen diabeettiseen retinopatiaan (PDR). PDR on diabeettisen retinopatian pitkälle edennyt vaihe. Se on hitaasti kehittyvä diabeteksen komplikaatio ja voi johtaa sokeuteen.Jo pitkään on ollut tiedossa, että verkkokalvon verisuonien vaurioituminen on keskeinen tapahtuma taudin kehityksessä. Angiogeeniseen VEGF-A-kasvutekijään kohdistettu antiangiogeeninen terapia on hoidon kulmakivi. Äskettäinen löytö imusuonimaisista rakenteista PDR-taudissa kuitenkin osoittaa, että hoidon kohdistaminen myös VEGF-C ja VEGF-D –imusuonikasvutekijöihin saattaa olla hyödyllistä. Tämä on ensimmäinen suomenkielinen tieteellinen kirjoitukseni. Vaikka kirjoitin jopa joitain lauseita suomeksi aivan itse, suuret kiitokset kanssakirjoittajille, jotka osaavat kirjoittaa tieteellistä suomea. Jos tulevaisuudessa eteen tulee vastaavia kirjoitustilanteita, joissa avainhenkilöt eivät osaa hyvin kohdekieltä, olisi parempi kirjoittaa kaikki ensin englanniksi ja vasta sen jälkeen kääntää teksti kohdekielelle. Mitä tulee yleisimpiin kieliin, paras työkalu tieteellisten artikkeleiden automatisoituun kääntämiseen on DeepL . DeepL ei kuitenkaan osaa suomea, ja suomen lisääminen ei todellakaan ole korkealla kehittäjän prioriteettiluettelossa…

Suojaus UV-valolta

Thu, 12 Dec 2019 00:00:00 +0000

** UV valot luokittellan seuravasti UV-C (100 / 200-280 / 290 nm, lyhytaalto, kova UV)UV-B (290-315 nm, keskiaalto, keskimääräinen UV)UV-A (315-400 nm, pitkäaallon UV, pehmeä UV, “musta valo”)Erityisesti UVC:n suhteen käytetään usein erilaisia aallonpituusrajoja eri UV-tyyppien välisten rajojen määrittelemiseen. Alle 200 nm:n UVC:n aallonpituudet kutsutaan myös “vakuumi-UV (VUV)”. Toiset erottavat UVC-spektrin ja viittaavat aallonpituuksiin välillä 10 - 200 nm “UVC-VUV”. “Extreeminen (äärimmäinen) UV (EUV)” tarkoittaa aallonpituuksia välillä 10-121 nm, ja tämän alueen lyhyessä päässä säteilyä pidetään ionisoivana (niin kuin röntgensäteilyä). En kuitenkaan tiedä mitään selkeää aallonpituusrajaa, jota käytetään ionisoivan ja ei-ionisoivan säteilyn erottelun määrittämiseen. Molekyylibiologia Useimpia molekyylibiologian UV-pöytiå käytetään etidiumbromidilla värjätyn DNA:n kuvantamiseen agaroosigeeleissä. Nämä UV-pöydät käyttävät noin 300-nm aallonpituutta (enimmäkseen 302 nm), mutta joillakin on myös pidempi aallonpituusvaihtoehto. Esim. Alpha Innotech/UVP, Inc/Ultra-Violet Products Ltd./Analytik Jena LM-26E UV-pöytää voidaan käyttää aallonpituudella 302 tai 365 nm). Nyrkkisääntö on, että mitä pidempi aallonpituus, sitä vähemmän se vaurioittaa DNA:ta (samalla myös DNA-interkaloidun etidiumbromidin signaali heikkenee). On myös 254-nm UV-lamppuja, mutta ne eivät sovellu DNA-töihin, koska ne aiheuttavat DNA:ssa mutaatiot jo muutamassa sekunnissa. Tämä ei ole yllättävää, koska DNA:n oma absorptiomaksimi on 260 nm ja se tarkoittaa, että DNA absorboi suurimman säteilymäärän. Siis 302 nm on kompromissi herkkyyden ja DNA-vaurioiden välillä.Työskenteleminen UV-pöydän kanssa ei ole vaaratonta, ja olettaisin, että UV-vaara on suurempi kuin etidiumbromiidivärjäyksen vaara. Jotkut tutkijat irrationaalisesta syystä pelkäävät etidiumbromiidia liikaa (https: //bitesizebio.com/95/ethidium-bromide-a-reality-check/, http://rrresearch.fieldofscience.com/2006/10/heresy-about-ethidium-bromide.html , https://blogs.sciencemag.org/pipeline/archives/2016/04/18/the-myth-of-ethidium-bromide) . Olen nähnyt “auringonpolttaman” yhdessä kollegassani liian pitkältä altistumiselta UV-pöytien UV-valolle. Kasvonaamari suojaa kasvojasi, mutta voit silti polttaa käsiäsi tai dekolteeasi. UV-läpäisevät ja UV-läpinäkymättömät materiaalit Materiaalin (näkyvästä) valon läpinäkyvyydestä ei voida tietää, kuinka tehokkaasti materiaali absorboi UV-valoa. Tavallinen akryylilasi (“Plexiglas”) on läpinäkyvä suuremman aallonpituuden UV-säteilylle (kutsutaan myös UV-A, 315-400 nm) eikä siksi sovellu silmien suojaamiseen ( https://www.gsoptics.com/transmission-curves / ). Akryylilasi voidaan tehdä UV-läpinäkymättömäksi lisäämällä UV-säteilyä absorboivia lisäaineita. UV-suodattavalla akryylilasilla (“museolaadullinen akryyli”) on erilaisia ominaisuuksia. Jos UV-aallonpituus on alle ~ 375 nm, mikä tahansa UV-suodattavaa akryylia käytetään. UF-4-akryylilasi suojaa vähiten: 80% 400 nm: n UV-säteestä johdetaan 2 mm: n levyn läpi. UF-3 suojaa paremmin ja UF-5 absorboi melkein kaiken hyvin näkyvän ultraviolettivalon (> 390 nm). Polykarbonaatti (PC) on ystäväsi Kun tarvitset suojaa UV-säteiltä, polykarbonaatti on kuitenkin ystäväsi. 3 mm paksu polykarbonaatti on käytännöllisesti katsoen täysin läpinäkymätön UV: lle useimmista UV-lähteistä, joita käytetään molekyylibiologiassa 400 nm asti. Siksi UV-suojaavat kasvonaamarit ja aurinkolasit valmistetaan pääasiassa polykarbonaatista.2 mm, joka on hiukan paksumpi kuin polykarbonaattisten aurinkolasien tyypillinen paksuus, on enimmäkseen riittävä, mutta vähemmän tehokas absorptio paksumpiin polykarbonaattiaineisiin verrattuna vain UV: n ollessa yli ~ 385 nm (siis hyvät aurinkolasit suojaavat silmiäsi molekyylibiologian UV-lampuilta , mutta kasvosi iho altistuu silti). Itse asiassa 2 mm paksuissa polykarbonaattisissa aurinkolaseissa on vähemmän kuin 2 mm polykarbonaattia, koska polykarbonaatin molemmilla puolilla on naarmuuntumaton, UV-säteilyä vaimentava pinnoite, koska polykarbonaatti on erittäin pehmeää ja naarmuuntuu helposti. Valitettavasti polykarbonaattimuoveja on vaikea tunnistaa, koska niiden lukumäärä on “7” hartsin tunnistuskoodien (RIC) luettelossa, joka on “Muu” -sekoitettu pussi. Tuottajien tietojen tulkinta **Kun tarkistat lomakkeilla läpinäkyvien materiaalien optiset ominaisuudet, huomaat pian, että niitä on vaikea tulkita. Huomaat pian, että tuottajien verkkosivustojen lähestymistapa on vähemmän tieteellinen, mutta enemmän mainontaa. He puhuvat UV-säteilystä prosenteissa, mutta eivät missään nimessä mainitse materiaalin paksuutta, mikä on yksi tärkeimmistä imeytymisen / läpäisyn näkökohdista ( https://en.wikipedia.org/wiki/Beer%E2%80%93Lambert_law ). Epäilen voimakkaasti, että he käyttävät 2 mm valotieä (paksuus), toinen mahdollisuus on 1 cm (mikä on toinen “vakio” pituus). Jos sinulla on sisäpiiritietoa, ota meihin yhteyttä!

Ylhäältä tuleva kiusaaminen

Fri, 22 Nov 2019 00:00:00 +0000

Jotkut luvut Nature-lehden vuoden 2019 jatko-opiskelijatutkimuksesta ( https://www.nature.com/articles/d41586-019-03535-y ) ovat huolestuttavia. Vastaajista vain hyvin harvat olivat Suomesta, joten Suomen tuloksia on syytä tulkita varauksella. Mutta jokainen yksittäinen tapaus on yksi tapaus liikaa. Minua huolestuttaa eniten a) se, että kiusatut tohtoriopiskelijat Suomessa kokevat, etteivät he voi puhua kokemuksistaan ilman seurauksia, ja b) se, että ylhäältä tuleva kiusaaminen saattaa olla Suomessa yleisempää kuin vertaisryhmän kiusaaminen (jos muihin akateemisiin työntekijöihin lasketaan mukaan myös ”ylhäältä tulevat”). Yhden opiskelijan kerrotaan kokeneen kiusaamista ohjelman johtajalta (mikä kuuluu luokkaan ”muut”, jota Nature ei ole erikseen eritellyt kaaviossa). Luvut eivät yhteensä tee 100 %:a pyöristysten ja useiden mainintojen vuoksi.

Suojaa UV-valolta

Fri, 15 Nov 2019 00:00:00 +0000

Ensin muutamia määritelmiäUV-C (100/200–280/290 nm, lyhytaaltoinen, kova UV)UV-B (290–315 nm, keskiaaltoinen, välimuotoinen UV)UV-A (315–400 nm, pitkäaaltoinen UV, pehmeä UV, ”musta valo”) Erityisesti UV-C:n osalta käytetään toisinaan erilaisia aallonpituusrajoja eri UV-tyyppien välisten rajojen määrittelemiseksi. Jotkut sulkevat alle 200 nm:n aallonpituudet UV-C:n ulkopuolelle ja viittaavat niihin termillä ”tyhjiö-UV (VUV)”. Toiset jakavat UV-C-spektrin edelleen ja viittaavat 10–200 nm:n välisiin aallonpituuksiin termillä ”UV-C-VUV”. ”Äärimmäinen UV (EUV)” viittaa aallonpituuksiin välillä 10–121 nm, ja tämän alueen lyhyemmässä päässä säteilyä pidetään ionisoivana (samanlaisena kuin röntgensäteet). En kuitenkaan tiedä mitään selkeää aallonpituusrajaa, jota käytettäisiin ionisoivan ja ei-ionisoivan säteilyn erottamiseen toisistaan. Molekyylibiologia Useimpia molekyylibiologiassa käytettäviä UV-laitteita käytetään etidiumbromidilla värjätyn DNA:n havaitsemiseen agaroosigeeleissä. Niissä käytetään aallonpituutta noin 300 nm (yleensä 302 nm), mutta joissakin laitteissa on myös pidempi aallonpituusvaihtoehto (esim. Alpha Innotech LM-26E -laitetta voidaan käyttää 302 tai 365 nm:n aallonpituudella). Nyrkkisääntönä voidaan pitää, että mitä pidempi aallonpituus on, sitä vähemmän DNA:lle aiheutuu vaurioita (mutta myös DNA:n väliin tunkeutuneen etidiumbromidin signaali heikkenee). On olemassa 254 nm:n UV-lamppuja, mutta ne eivät sovellu DNA:n tutkimiseen, koska ne aiheuttavat DNA:ssa mutaatioita muutamassa sekunnissa. Tämä ei ole yllättävää, sillä DNA:n absorptiomaksimi on 260 nm:ssä, mikä tarkoittaa, että DNA imee suurimman osan säteilystä. Siksi 302 nm on kompromissi herkkyyden ja DNA-vaurioiden välillä. UV-pöydän käyttö ei ole vaaratonta, ja oletan, että UV-säteily on vaarallisempaa kuin etidiumbromidivärjäys, jota jotkut ihmiset (tutkijat!) jostakin irrationaalisesta syystä pelkäävät liikaa ( https://bitesizebio.com/95/ethidium-bromide-a-reality-check/ , http://rrresearch.fieldofscience.com/2006/10/heresy-about-ethidium-bromide.html , https://blogs.sciencemag.org/pipeline/archives/2016/04/18/the-myth-of-ethidium-bromide ). Olen nähnyt yhden kollegani saaneen ”auringonpolttaman” liian pitkästä altistumisesta UV-pöytien UV-valolle. Kasvomaski suojaa kasvojasi, mutta käsivarret tai dekoltee voivat silti palaa. UV-läpäisevät ja UV-läpäisemättömät materiaalit Materiaalin (näkyvän) valon läpäisevyydestä ei voi päätellä, kuinka tehokkaasti materiaali absorboi UV-valoa. Tavallinen akryylilasi (”Plexiglas”) on läpäisevä pidemmän aallonpituuden UV-säteilylle (jota kutsutaan myös UV-A-säteilyksi, 315–400 nm) eikä siksi sovellu silmien suojaamiseen ( https://www.gsoptics.com/transmission-curves/ ). Akryylilasi voidaan tehdä UV-läpäisemättömäksi lisäämällä siihen UV-valoa absorboivia lisäaineita. UV-suodattavaa akryylilasia (”museolaatuista akryyliä”) on saatavilla eri laatuluokissa. Jos UV-aallonpituus on alle ~375 nm, mikä tahansa UV-suodattava akryylilaatu sopii. UF-4-akryylilasi suojaa vähiten: 2 mm:n paksuinen levy päästää läpi 80 % 400 nm:n UV-säteilystä. UF-3 suojaa paremmin ja UF-5 absorboi lähes kaiken näkyvän valon läheisen UV-säteilyn (>390 nm).Polykarbonaatti (PC) on paras valintaKun tarvitset suojaa UV-säteilyltä, polykarbonaatti on paras valinta. 3 mm:n paksuinen polykarbonaatti on käytännössä täysin läpäisemätön useimpien molekyylibiologiassa käytettävien UV-lähteiden 400 nm:iin asti ulottuvalle UV-säteilylle. Siksi UV-suojaavat kasvomaskit ja aurinkolasit valmistetaan pääasiassa polykarbonaatista. 2 mm:n paksuus, joka on hieman tyypillistä polykarbonaattiaurinkolasien paksuutta paksumpi, riittää useimmiten, mutta paksumpaan polykarbonaattiin verrattuna heikompi absorptiokyky on merkityksellistä vain ~385 nm:n yläpuolella olevan UV-säteilyn osalta (siksi hyvät aurinkolasit suojaavat silmiäsi molekyylibiologiassa käytettäviltä UV-lampuilta, mutta kasvojen iho jää silti altistumaan). Itse asiassa 2 mm paksuisissa polykarbonaattisissa aurinkolaseissa on alle 2 mm polykarbonaattia, koska niiden polykarbonaatin molemmilla puolilla on naarmuuntumaton, UV-säteilyä imemätön pinnoite, sillä polykarbonaatti on erittäin pehmeää ja naarmuuntuu hyvin helposti. Valitettavasti polykarbonaattimuovit ovat vaikeasti tunnistettavissa, sillä niiden numero on ”7” muovimerkintäkoodiluettelossa (RIC), joka on ”Muut”-kategoriaan kuuluva sekalaista sisältöä.Valmistajien tietojen tulkintaKun tarkastelee läpinäkyvien materiaalien optisia ominaisuuksia koskevia tietolehtisiä, huomaa pian, että niitä on vaikea tulkita. Huomaa pian, että valmistajien verkkosivustojen lähestymistapa on vähemmän tieteellinen ja enemmän mainosluonteinen. He puhuvat UV-läpäisyasteesta prosentteina, mutta eivät mainitse missään vaiheessa materiaalin paksuutta, joka on yksi tärkeimmistä absorptio- ja läpäisyominaisuuksiin vaikuttavista tekijöistä ( https://en.wikipedia.org/wiki/Beer%E2%80%93Lambert_law ). Epäilen vahvasti, että he käyttävät 2 mm:n valopolkua (paksuutta), toinen mahdollisuus on 1 cm (joka on toinen ”vakiopituus”). Jos sinulla on sisäpiiritietoa asiasta, kerrothan minulle!

Helsingin yliopisto hävisi oikeudenkäynnin, jossa käsiteltiin vuoden 2015 joukkovähentämismenettelyjen laillisuutta

Wed, 16 Oct 2019 00:00:00 +0000

Vuonna 2015 Helsingin yliopisto irtisanoi noin 370 työntekijäänsä (eikä jatkanut ehkä yhtä monen määräaikaisia työsopimuksia). Monet selvisivät vain siksi, että heidän työsopimuksensa eivät päättyneet juuri silloin, kun yliopiston hallinnon ”keskuskomitea” reagoi liioitellusti tajutessaan, kuinka huonoksi yliopiston taloudellinen tilanne oli todellisuudessa muuttunut. Noin 10 vuotta kestänyt konservatiivinen talouskurinpito huipentui keväällä 2015 valittuun hallitukseen, jota johti suomalainen liikemies Juha Sipilä, joka oli osasyyllinen niihin massiivisiin rahoituksen leikkauksiin, jotka johtivat vuoden 2015 lopun laajamittaisiin irtisanomisiin. Viime kuussa suomalainen käräjäoikeus totesi, että irtisanomiset eivät olleet laillisia siinä mielessä, että Helsingin yliopisto ei noudattanut Suomen lakia useilta osin (” Yhteistoimintamenettelylaki ”, englanniksi suunnilleen ”Act on Collaboration in Businesses”). Erityisesti tuomioistuin moitti yliopistoa sen tiedotuspolitiikasta ja siitä, ettei se ollut yrittänyt neuvotella irtisanomisten vaihtoehtoja. Tämä oli juuri se tunne, joka useimmilla työntekijöillä oli tuolloin: keskushallinto oli kyhännyt ”ratkaisun” joissakin suljettujen ovien takana pidetyissä kokouksissa kuulematta yhtään sidosryhmää, ja sitten se ajoi tätä ratkaisua huolettomasti seurauksista piittaamatta. Kantajille myönnetyt korvaukset olivat 5 000 tai 6 000 euroa työsuhteen kestosta riippuen. Voidaan keskustella Yhdysvaltain oikeuskäytännön korvausnäkökulman eduista ja haitoista (joiden tavoitteena on pikemminkin ennaltaehkäisy kuin korvaus), mutta jopa taloudellisissa vaikeuksissa olevalle yliopistolle 64 000 euroa (mukaan lukien 35 000 euroa oikeudenkäyntikuluja ja 29 000 euroa korvauksia viidelle kantajalle) ei juurikaan auta kantajia eikä estä yhtään yliopistoa toistamasta tällaisia toimia. Ja vastauksesta päätellen yliopiston keskushallinto ei ole samaa mieltä käräjäoikeuden näkemyksestä, jonka mukaan menettely ei ollut lainmukainen. Skandinavian suurin päivälehti Helsingin Sanomat raportoi tästä tapauksesta: https://www.hs.fi/politiikka/art-2000006245821.html sekä monissa muissa lehdissä, kuten http://www.acatiimi.fi/6_2019/12.php .

Lymfologia 2019

Sat, 12 Oct 2019 00:00:00 +0000

Viikko sitten kävin Saksassa osallistuakseni Lymphologie 2019 -konferenssiin, joka pidettiin Bad Krozingenissa Freiburgin lähellä.Konferenssin järjestävät yhdessä kahden vuoden välein DGL ( Deutsche Gesellschaft für Lymphologie ) ja GDL ( Gesellschaft Deutschsprachiger Lymphologen ). Tapahtuma on kokonaisuudessaan hyvin käytännönläheinen ja kliinisesti suuntautunut, ja se tarjoaa lukuisia työpajoja ja käytännön neuvoja. Siksi sitä suositellaan lämpimästi saksan kieltä ymmärtäville lääkäreille. Tarjolla on kuitenkin myös ”perustieteen” ohjelmaosa, ja järjestäjät onnistuvat aina rekrytoimaan tähän osioon muutamia hyviä tutkijoita (katso täältä: https://www.lymphologie-kongress.de/programm/samstag-03-10-15/) . On syytä huomata, että esitelmät pidetään saksaksi, mikä ei helpota rekrytointia. Saksan lymfologit ovat edelleen johtavassa asemassa lymfedeeman (ja viime aikoina myös lipedeeman) hoidossa ainutlaatuisesti erikoistuneiden asiantuntijoiden ja laitosten ansiosta ( Földiklinik ), mutta englanti on tullut biolääketieteellisen tutkimuksen kieleksi myös Saksassa. Tutkimustulosten levittämiselle saksan kielellä on kuitenkin edelleen tarvetta, ja siksi kirjoitan ajoittain artikkeleita saksankieliseen lehteen ”Lymphologie in Forschung und Praxis”.

ISK 2019

Thu, 10 Oct 2019 00:00:00 +0000

Kallikreiineja ja kallikreiiniin liittyviä peptidaaseja käsittelevä kansainvälinen symposiumi (ISK) järjestettiin 25.–27. syyskuuta Prahassa. Vaikka en ole kallikreiinialan tutkija, opin siellä paljon. En esimerkiksi tiennyt, että KLK4 voi aktivoida plasminogeenia (tämä seikka saattaa selittää joitakin aikaisempia, epäjohdonmukaisia tuloksiamme, joissa KLK4 näytti toisinaan aktivoivan VEGF-C:tä heikosti soluviljelyssä). Ei ole yllättävää, että monet osallistujat olivat kiinnostuneita havainnoistamme, joiden mukaan KLK3/PSA voi aktivoida kasvutekijöitä VEGF-C ja VEGF-D, jotka molemmat liittyvät syövän etenemiseen, erityisesti etäpesäkkeiden muodostumiseen. He vahvistivat, että KLK3/PSA-mutaatioiden vaikutuksesta ihmisen hedelmällisyyteen ei ole tehty kovin paljon tutkimusta, mutta olen varma, että joku tulee tutkimaan asiaa. Vaikka puheen pitämistä pidetään arvokkaampana kuin posteriesitystä, minun on harkittava asiaa uudelleen ja ehkä esitän ensi kerralla posterin. Mitä mieluiten tekisin: puhuisin JA esittelisin posterin. Miksi niin harvat konferenssit tarjoavat tämän mahdollisuuden? Kuinka syvälle aiheeseen voi sukeltaa, jos lavalla on aikaa vain 15 minuuttia? Onko konferenssiosallistujien keskittymiskyky todella heikentynyt viime vuosikymmeninä Facebookin, YouTuben ja Instagramin vuoksi? Ehkä: https://www.telegraph.co.uk/science/2016/03/12/humans-have-shorter-attention-span-than-goldfish-thanks-to-smart/The konferenssin ilmapiiri oli todella ystävällinen ja yhteistyöhaluinen, ehkä myös suhteellisen pienen osallistujamäärän ansiosta. Jos meidän todella pitäisi laajentaa tutkimustamme KLK-alalle, minulla on monia asiantuntijoita, joilta voin pyytää apua. Tapasin myös joitakin Prahan Kaarlen yliopiston tutkijoita, jotka tekevät imusuonitutkimusta, ja näyttää siltä, että voimme auttaa toisiamme omien kokeellisten mahdollisuuksiemme puitteissa. Kaiken kaikkiaan matka oli erittäin onnistunut. Poikkeuksena oli Lufthansan paluulento, joka saapui Frankfurtin kautta niin myöhään, etten ehtinyt tehdä siellä ostoksia paluumatkalla kuten olin alun perin suunnitellut (monet kaupat Saksassa sulkevat ovensa klo 17).

Proteiinien puhdistuskurssi 2019

Wed, 31 Jul 2019 00:00:00 +0000

Järjestämme jälleen joulukuussa laboratoriossamme DPBM-proteiinien puhdistuskurssin. Varmista paikkasi, sillä tämä käytännönläheinen kurssi on suosittu ja paikkoja on vain 16. Voit tuoda mukanasi oman proteiinin, ja räätälöimme kurssiohjelman juuri sinun tarpeidesi mukaan!Lisätietoja: http://research.med.helsinki.fi/corefacilities/b3p/teaching.htmlRegistration : https://courses.helsinki.fi/en/dpbm-135/131042336

Käsikirjoitusten arviointi PDF-tiedostoihin tehtyjen merkintöjen avulla

Fri, 28 Jun 2019 00:00:00 +0000

Tieteelliseen vertaisarviointiin tarkoitetut käsikirjoitukset toimitetaan PDF-tiedostoina. Siksi tuntuu luonnollisimmalta tehdä huomautuksia suoraan PDF-tiedostoon sen sijaan, että kommentit lähetettäisiin erillisenä tekstitiedostona. Monet julkaisujärjestelmät eivät kuitenkaan salli kommenttien lähettämistä merkittyjen PDF-tiedostojen muodossa.Lisäksi Linuxille (jota käytän) ei ole helppokäyttöistä ilmaista tai avoimen lähdekoodin PDF-editoria. Kyllä, on olemassa PDFEdit ( http://pdfedit.cz/en/index.html) , mutta sen käyttö vaatii paljon opettelua, ja sen viimeisin versio on vuodelta 2012. Verkossa on ilmaisia PDF-muokkausohjelmia (esim. https://www.pdfescape.com/) , mutta joskus tarvitsen paikallista työkalua. Vaikka se ei ole avoimen lähdekoodin ohjelmisto eikä ilmainen, valitsemani työkalu on ollut PDF Studio Pro . Siinä on kaikki tarvitsemani ominaisuudet (itse asiassa paljon enemmän kuin tarvitsen), se on aidosti monialustainen (Windows, Mac, Linux), helppokäyttöinen ja erittäin edullinen siihen nähden, mitä se tarjoaa (129 dollaria kertaluonteisesta pysyvästä lisenssistä). Valitettavasti Quoppa Software – PDF Studion kehittäjä – ei tarjoa akateemisia alennuksia.PDF Studio ViewerJokin aika sitten PDF Studion kehittäjät alkoivat tarjota ilmaista versiota nimeltä PDF Studio Viewer . Tämä ilmainen versio on tullut ajan myötä yhä hyödyllisemmäksi. Viime vuodesta lähtien se tukee myös PDF-merkintöjä, mikä on erittäin tärkeää työssäni, etenkin kun arvioin tieteellisiä käsikirjoituksia vertaisarviointina. Monille akateemisille käyttäjille PDF Studio Viewer saattaa olla täysin riittävä.LibreOffice ja InkscapeTietenkin LibreOffice Draw ja Inkscape pystyvät muokkaamaan PDF-tiedostoja, mutta ne eivät ole erikoistuneet merkintöjen tekemiseen. Jos joudut tekemään laajoja merkintöjä, prosessista tulee pian hyvin työläs. Lisäksi Inkscapen muokkaus voi olla tuhoisaa (esim. kun muokkaat tekstiä), mutta olen käyttänyt sitä esimerkiksi lomakkeiden täyttämiseen.Sen lisäksi, että erillisiä merkintä- ja tarkistustyökaluja (kuten ”korvaa teksti”, ”yliviivaa teksti”, ”poista teksti”, ”lisää teksti” tai selitystekstejä) puuttuu, LibreOffice Draw on itse asiassa varsin pätevä PDF-editori, mutta se ei silti aina onnistu avaamaan hyvin monimutkaisia PDF-tiedostoja oikein (minulla on ollut ongelmia taustakuvien/kuvioiden kanssa). Outoa kyllä, ainoaa tarkistustyökalua (kommentteja) ei viedä oletuksena. Sinun on valittava ”Vie kommentit” -valintaruutu, kun viet muokatun PDF-tiedoston PDF-muodossa (”Tallenna”-toiminto luo ODG-tiedoston, jota et todennäköisesti halua).PDFsamJos sinulla ei ole tarvetta lisätä merkintöjä, saatat pärjätä avoimen lähdekoodin työkalulla PDFsam . Toisin kuin PDFEdit, PDFsam on saatavilla Ubuntun pakettivarastoista. PDFsamista on saatavilla myös kaksi maksullista versiota ( PDFsam Enhanced ja PDFsam Visual ). PDFsam Basic (avoimen lähdekoodin versio) on vain yksinkertainen graafinen käyttöliittymä, joka toimii joidenkin komentoriviohjelmien päällä, kun taas PDF Studio Viewer tarjoaa aidon visuaalisen muokkauskokemuksen. En voi puhua PDFsamin maksullisista versioista, koska niitä ei ole saatavilla ilmaisina kokeiluversioina. Itse asiassa kaikki PDFsamin toiminnot voidaan suorittaa komentoriviltä (katso täältä blogikirjoitukseni siitä, miten yleisiä PDF-muokkaustehtäviä suoritetaan pääasiassa komentorivityökalulla pdftk ).Tiedostokoon pienentäminenPDFsam Basic ja PDF Studio Viewer eivät tarjoa mitään toimintoja tiedostokoon pienentämiseen. LibreOffice Drawin PDF-vienti-valintaikkunassa voit pienentää kuvan resoluutiota ja JPEG-pakkausta, minkä avulla voit pienentää tiedostokokoa. Avoimen lähdekoodin alalla ainoat työkalut, joilla PDF-tiedoston kokoa voi pienentää, näyttävät kuitenkin olevan komentorivityökalut. Käytän tähän tehtävään ghostscript -ohjelmaa, mutta komentoa ei ole helppo muistaa:gs -sDEVICE=pdfwrite -dCompatibilityLevel=1.4 -dPDFSETTINGS=/screen -dNOPAUSE -dQUIET -dBATCH -sOutputFile=output.pdf input.pdfPDF Studio Pron avulla sinun ei tietenkään tarvitse muistaa eri avainsanoja eri tulostuslaatuasetuksille (näyttö, e-kirja, tulostin, painovalmistelu), sillä voit valita käytettävissä olevista vaihtoehdoista suoraan pudotusvalikosta. Jos etsit avoimen lähdekoodin graafista kääreohjelmaa Ghostscriptille, kokeile esimerkiksi workerPdf . Asiakirjojen allekirjoittaminen ja allekirjoitusten lisääminen PDF Studio Viewerilla voit allekirjoittaa asiakirjoja, jos sinulla on DocuSign-tilaus . Minua kiinnostaa kuitenkin lähinnä se, että voin itse todistaa luoneeni tietyn asiakirjan (“itse allekirjoitettu allekirjoitus”), enkä niinkään sitä, että muut voivat vahvistaa tekijyyteni. Tässä tilanteessa PDF Studio Viewer ei valitettavasti auta. Eikä ilmeisesti PDFSam tarjoa mitään mahdollisuutta allekirjoittamiseen (ei itseallekirjoitusta eikä kolmannen osapuolen allekirjoitusta). Libre Office Draw sen sijaan mahdollistaa asiakirjojen allekirjoittamisen! Olen etsinyt edullista ratkaisua (ei itse allekirjoitettua, mutta muiden PDF-lukijoiden luottamaa) PDF-asiakirjojen allekirjoittamiseen, mutta sopivaa ratkaisua ei näytä löytyvän, jos allekirjoittamista tarvitaan vain harvoin. DocuSignin peruspaketti (10 dollaria/kk) tuntuu liian kalliilta, kun allekirjoitetaan vain yksi asiakirja kuukaudessa.YhteenvetoJos haluat pysyä ilmaisten tai avoimen lähdekoodin ratkaisujen parissa, joudut todennäköisesti yhdistämään useita työkaluja, jotta kaikki tyypilliset PDF-muokkaustehtävät sujuvat vaivattomasti: PDFsam Basic, LibreOffice Draw, PDF Studio Viewer ja ghostscript. Mutta jos muokkaat PDF-tiedostoja usein (kuten minä), PDF Studio Pron ostaminen on selvästi paras vaihtoehto.

Kasvutekijän VEGF-C:n uudenlaisen hyödyntämisen

Sat, 22 Jun 2019 00:00:00 +0000

eLIFE-tiivistelmässä esitellään tuore julkaisumme VEGF-C:stä ( https://elifesciences.org/digests/44478/re-purposing-the-growth-factor-vegf-c ). Vaikka tutkimuksessamme ei syvennetty VEGF-C:n toimintaa lisääntymisen yhteydessä, arvioijien kommentit ja vastauksemme (otsikon ”Author response” alla) antavat enemmän tietoa kuin itse julkaisu. Emme sisällyttäneet siittiöiden liikkuvuutta koskevia tietoja käsikirjoitukseen. Vaikka tulokset olivat toisinaan suuruudeltaan hämmästyttäviä, emme aina mitanneet siittiöiden liikkuvuuden lisääntymistä aktiivisen VEGF-C:n vaikutuksesta. Kuten yleisesti tiedetään, siittiöt biologisena näytteenä ovat koostumukseltaan ja laadultaan erittäin vaihtelevia. Mielenkiintoista on, että kaksi vuotta sitten eLIFE-lehdessä julkaistu artikkeli tarjoaa lisätietoa siitä, mistä tässä saattaisi olla kyse: Sperman kilpailuriski ohjaa siemennesteen välittämiä nopeita ejakulaation sopeutumisia . Tämä artikkeli osoittaa, että urokset säätelevät siittiöiden uintinopeutta nopeasti sosiaalisen tilanteen mukaan (naaraan tai uroskilpailijan läsnäolo). Mielestäni tällaisia tekijöitä näyttää olevan lähes mahdotonta hallita, kun kyseessä ovat ihmisperäiset näytteet…Otsikko viittaa kuitenkin monitulkintaisesti myös syöpään. Aineistomme perusteella arvelemme, että VEGF-C:n toimintaa voidaan muuttaa lymfangiogeenisestä angiogeeniseksi ja edelleen metastaaseja edistäväksi.

Lymfologinen (perus)tutkimus: miten se toimii?

Wed, 29 May 2019 00:00:00 +0000

Esitelmä Saksan lymfologian seuran 43. vuosikongressissa

PD Dr. Michael Jeltsch Helsingin yliopisto & Wihuri-tutkimuslaitos Haartmaninkatu 8 FIN-00290 Helsinki, Suomi michael@jeltsch.org

KLK3/PSA ja katepsiini D aktivoivat VEGF-C:tä ja VEGF-D:tä

Sat, 18 May 2019 00:00:00 +0000

Eturauhaskohtainen antigeeni (PSA) tunnetaan hyvin – ainakin ikääntyneiden miesten keskuudessa – eturauhassyövän merkkiaineena, mutta harvat tietävät sen fysiologisen tehtävän: Siittiösolut ovat vangittuna tuoreessa siemennesteessä, jonka koostumus on hyytelömäinen. Spermien vapauttamiseksi siemennesteen on nesteytyttävä, ja juuri tämä nesteyttäminen on PSA:n tehtävä. Monille yllättävää on myös se, että tutkijat eivät vieläkään tiedä, miksi korkeat PSA-arvot liittyvät eturauhassyöpään. Eilen eLIFE-lehdessä julkaistussa uusimmassa tutkimuksessamme olemme ottaneet suuren askeleen eteenpäin PSA:n roolin ymmärtämisessä sekä lisääntymis- että syöpäbiologiassa.Näyttää siltä, että PSA (tunnetaan myös nimellä kallikreiiniin liittyvä peptidaasi 3 – KLK3) ja toinen entsyymi, nimeltään katepsiini D , voivat aktivoida kahta kasvutekijää, joiden on todettu vaikuttavan syövän etenemiseen: VEGF-C ja VEGF-D . Nämä kasvutekijät todennäköisesti edistävät kasvaimen angiogeneesiä ja lymfangiogeneesiä. Indusoimalla angiogeneesiä – verisuonten kasvua – kasvain varmistaa oman ravinteiden ja hapen saannin. Tällainen verenkierto on välttämätöntä, jotta kasvain voi kasvaa muutaman millimetrin koon yli. Vastaavasti kasvaimen lymfangiogeneesi tapahtuu, kun kasvain indusoi imusuonten kasvua, ja se liittyy läheisesti kasvaimen imusuonien kautta tapahtuvaan leviämiseen (metastaasiin).Sekä VEGF-C että VEGF-D tuotetaan inaktiivisina esiasteina (pro-VEGF-C, pro-VEGF-D), ja ne on aktivoitava, jotta ne voivat indusoida verisuonten tai imusuonten kasvua. Vuonna 2014 tunnistimme ADAMTS3:n eli entsyymin, joka aktivoi VEGF-C:n alkionkehityksen aikana – mikä myös edellyttää verisuonten kasvua – ( Jeltsch et al. ). Oli kuitenkin epäselvää, onko sama entsyymi vastuussa myös patologisesta verisuonten kasvusta. Nyt näyttää todennäköiseltä, että patologisessa verisuonten kasvussa käytetään erilaisia entsyymejä, ja PSA sekä katepsiini D ovat nousseet pääepäillyiksi. Seuraavissa kokeissamme testaamme, voimmeko hidastaa tai pysäyttää syövän kasvua estämällä näiden entsyymien toimintaa.

1000+ viittausta

Wed, 15 May 2019 00:00:00 +0000

Ensimmäinen julkaisuni, joka ylitti 1000 viittauksen rajan, oli Gerhardt ym. 2003 . ”Tip cell -konseptillaan” se loi uuden paradigman verisuonibiologian tutkimukselle: kaikki endoteelisolut eivät ole samanlaisia, ja tip cell on erikoistunut solu, joka merkitsee angiogeenisen verson eturintamaa. Oma panokseni oli kuitenkin rajallinen (7. sija 11 kirjoittajasta): tuotin suurimman osan tutkimuksessa tarvituista proteiineista. Tänä keväänä Jeltsch ym. 1997 ylitti ensimmäistä kertaa 1000 viittauksen rajan. Artikkelissa kuvataan hiiri, jonka ihossa VEGF-C:tä ilmentyy liikaa. Se on kaikkien aikojen ensimmäinen in vivo -osoitus lymfangiogeenisestä kasvutekijästä. Vaikka se ei luo uutta paradigmaa, se merkitsee lymfaattisen tutkimuksen molekyyliaikakauden alkua . Kuinka suuri osuus artikkeleista saavuttaa yli 1000 viittausta? Luku vaihtelee tieteenalojen välillä, mutta esimerkiksi https://en.wikipedia.org/wiki/Citation_impact -sivuston mukaan keskimäärin alle yksi 4000:sta. Vertaa tätä keskimääräiseen artikkeliin, joka saa 7,8 viittausta. Ja jopa tähän keskiarvoon vaikuttavat voimakkaasti muutamat erittäin paljon siteeratut artikkelit ( samoin kuin vaikutuskerroin ). Viittausten mediaani on 4, mikä tarkoittaa, että lähes puolella kaikista artikkeleista on alle 4 viittausta (katso täältä ).

Hae menestyksekkäästi Helsingin yliopistoon

Sun, 28 Apr 2019 00:00:00 +0000

Mitkä ovat mahdollisuuteni päästä Helsingin yliopiston maisteriohjelmaan?

Tämä vaihtelee suuresti vuosittain ja eri ohjelmien välillä. Useimpien yksittäisten koulutusohjelmien hyväksymisprosentit ovat vaihdelleet 5–40 prosentin välillä, ja suosittujen koulutusohjelmien, kuten Ympäristömuutokset ja globaali kestävyys tai Taloustiede alimmillaan ja esim. Metsätieteet ja Teoreettiset ja laskennalliset menetelmät yläpäässä.

ChemBio Finland

Thu, 28 Mar 2019 00:00:00 +0000

Kahden vuoden välein järjestettävä ChemBio Finland -tapahtuma pidetään Helsingin messukeskuksessa tämän viikon keskiviikkona ja torstaina. Esittelin tärkeintä projektiaamme Suomen Akatemian ( http://www.aka.fi/fi/akatemia/media/Ajankohtaiset-uutiset/2019/tervetuloa-suomen-akatemian-osastolle-chembio-messuille/ ) osastolla. Paikalle saapui paljon kuulijoita kuulemaan työstämme, jossa pyrimme siirtämään in vitro -vasta-aineiden tuotantoteknologiat 2000-luvulle synteettisen biologian ja CRISPR-tekniikan avulla.

Lehden vaikutuskertoimen ja tieteellisen vaikutuksen välinen heikko korrelaatio

Wed, 13 Mar 2019 00:00:00 +0000

Lehden vaikutuskertoimen määritelmä Lehden X vaikutuskerroin (JIF tai lyhyesti IF) on kaikkien lehtien ja konferenssijulkaisujen ( Web of Science Core Collectionissa ) vuonna 2017 julkaistujen viittausten määrä lehdessä X julkaistuihin artikkeleihin jaettuna kahden edellisen vuoden (2016 ja 2016). JIF:n laskemisessa huomioidaan vain lehdet ja konferenssijulkaisut (ei kirjoja), ja lehdissä vain alkuperäisartikkelit ja katsausartikkelit (pääkirjoitukset, kirjeet ja konferenssiesitelmien tiivistelmät eivät lasketa mukaan). Kuten helposti voidaan havaita, tässä kuvauksessa on useita tekijöitä, jotka altistavat tulkinnalle ja ihmisten suorittamalle manipuloinnille. Ensinnäkin kaikki tieteellisessä lehdessä julkaistava teksti on luokiteltava (esim. onko kyseessä artikkeli vai kirje), ja tämän luokittelun tekevät ihmiset. Lisäksi Web of Science -ydinkokoelmaan sisällytettävien julkaisujen valinta ei ole kiinteä vakio, vaan luetteloa päivitetään dynaamisesti ihmisten toimesta.Web of Science vs. ScopusEntä lehdet, jotka eivät kuulu WoS:n ydinkokoelmaan? Olen julkaissut esimerkiksi artikkelin saksankielisessä lehdessä ( Lymphologie in Forschung und Praxis ). Tämä lehti ei kuulu mihinkään WoS-kokoelmaan. Alkuperäisistä epäilyksistä huolimatta tämä katsausartikkeli on kerännyt tähän mennessä 8 viittausta, mikä on huomattava menestys, kun otetaan huomioon, että tieteellisen julkaisun viittausten mediaani on neljä ( lähde ; katso myös tämä blogikirjoitus ). Miten voin ilmoittaa JIF-arvon, kun joissakin apurahahakemuksissa sitä vaaditaan?Onneksi Impact Factorilla on edelleen kilpailija, nimittäin Cite Score . Tämän luvun on keksinyt maailman suurin tieteellinen kustantaja Elsevier . Elsevier laskee myös viittauksia Scopus -tietokannassa. Scopus on vähemmän valikoiva lehtien valinnassa, ja suurin osa lehdistä, joita ei ole listattu WoS:n ydinkokoelmassa, löytyy Scopusista.**ResearchGate Journal Impact?**Mitä siis tehdä, jos lehteäsi ei ole luettelossa kummassakaan näistä kahdesta suuresta scientometrisestä palveluntarjoajasta? On vielä yksi mittari, jota voit käyttää, nimittäin ResearchGate . RG Journal Impact -mittaria ei ole dokumentoitu kovin hyvin (ainakaan en löytänyt siitä paljon tietoa), mutta oletettavasti siinä käytetään samanlaista menetelmää. On kuitenkin vaikea luottaa mittariin, jos ei tiedä, miten se lasketaan. Olen julkaissut täsmälleen yhden artikkelin, jota ei lasketa mukaan WoS:ssa eikä Scopusissa. Tämä johtuu kuitenkin siitä, että lehti ( Frontiers in Biotechnology and Bioengineering ) on vasta aloittanut toimintansa. Sen kustantaja on ilmoittanut, että lehti saa vaikutuskertoimen vielä tämän vuoden aikana ja että se tulee olemaan varsin hyvä. Toistaiseksi käytän RG Journal Impact -arvoa ( 3,02 ).Suuria eroja lehtien arvioinnissaVaikka Cite Scoren laskentatapa on hyvin samankaltainen kuin JIF:n, tuloksena saatavat luvut voivat olla yllättävän erilaisia. Tämän tekstin lopussa on vertailu JIF:n, Cite Scoren ja RG Journal Impactin välillä kolmelle eri lehdelle vuodelta 2015, joissa olen julkaissut. Yksi huomionarvoinen ero on se, että JIF ottaa huomioon kaksi edeltävää vuotta, kun taas Cite Score ottaa huomioon kolme edeltävää vuotta. Tämä ei kuitenkaan selitä suurinta osaa eroista. Cite Score on myös vähemmän valikoiva sisältötyypin suhteen: se laskee – toisin kuin JIF – mukaan myös pääkirjoitukset ja lukijakirjeet (yleensä se laskee kaiken).Heikko korrelaatioImpact-kerrointa käytetään väärin. Se kehitettiin lehtien arvioimiseksi (jotta kirjastonhoitajat voisivat päättää, tilataanko lehteä vai ei), ja sitä on sittemmin käytetty yksittäisten artikkeleiden ja jopa yksittäisten tutkijoiden arvioimiseen. Impact factorin ja todellisen tieteellisen vaikutuksen (esim. viittausten määrällä mitattuna) välinen korrelaatio on heikentynyt tasaisesti viime vuosikymmenien aikana (ks. esim. tämä tutkimus: https://arxiv.org/abs/1205.4328) . Oman kokemukseni perusteella voin vahvistaa tämän pitävän paikkansa, sillä JIF:n ja omien julkaisujeni todellisen viittausmäärän välinen korrelaatio on noin 0,32. Tämä on varsin huono tulos, jos tavoitteena on käyttää JIF:ää indikaattorina tieteellisen vaikutuksen ennustamiseksi tulevien viittausten perusteella.PÄIVITYSFrontiers in Biotechnology and Bioengineering -lehden vuoden 2018 vaikutuskerroin on 5,122 ( https://www.frontiersin.org/journals/bioengineering-and-biotechnology# ). Onnittelut!

Suurten kustantajien ja tiedeyhteisön välinen taistelu

Mon, 04 Mar 2019 00:00:00 +0000

Osallistuin viime viikon Townhall-keskusteluun Mikä on avoimen tiedon hinta? (”Mikä on tiedon hinnan?”), jonka taustalla oli se, että suomalaisilta yliopistoilta oli äskettäin evätty pääsy Tyler & Francis -konsernin julkaisemiin lehtiin. Mikael Laakso esitteli yleisölle avoimen julkaisemisen kysymyksen ja hintojen nousun aiheuttamat ongelmat, ja Arja Tuuliniemi kertoi käynnissä olevista neuvotteluista Tyler & Francisin ja Wiley-konsernin kanssa. Vaikka kustantajat mielellään esittävät itseään tutkijoiden ystävinä ja liittolaisina, tosiasia on, että suurin osa tieteellisestä kustantamoteollisuudesta on suurten monikansallisten pörssiyhtiöiden omistuksessa, jotka vastaavat ensisijaisesti osakkeenomistajilleen, ja tutkijoiden tarpeet ovat parhaimmassakin tapauksessa toissijaisessa asemassa. Vaikka voisi luulla, että sähköinen julkaiseminen laskee julkaisemisen ja julkaistun aineiston saatavuuden hintoja, todellisuus osoittaa juuri päinvastaista. Nykyisessä tilanteessa, jossa monet suomalaiset yliopistot kamppailevat supistuvien budjettien kanssa, nämä miljoonat eurot voitaisiin käyttää paremmin, ja FinElib-konsortio pyrkii jatkuvasti neuvottelemaan oikeudenmukaisia sopimuksia julkaisujättien, kuten Elsevier, Springer, Tyler & Francis, Wiley ja SAGE . Jos neuvottelut eivät tuota tulosta ennen vanhojen sopimusten päättymistä, suomalaiset yliopistot jäävät toisinaan ilman pääsyä joihinkin lehtiin. Näin on tapahtunut jälleen (vuoden 2016 vastaavan kriisin jälkeen). Tämän vuoden helmikuun alussa Taylor & Francis -konsernin julkaisemat lehdet eivät olleet suomalaisten tutkijoiden saatavilla. Plan S (eli Euroopan tutkimusneuvoston aloite, jonka mukaan kaikki valtion rahoittama tutkimus on julkaistava avoimesti vuoteen 2020 mennessä) vahvistaa varmasti FinElib-konsortion neuvotteluasemaa, koska kaikki eurooppalaiset asiakkaat mukauttavat vaatimuksiaan Plan S:n vaatimusten mukaisesti. On kuitenkin vielä epäselvää, miten Plan S vaikuttaa pienempiin, voittoa tavoittelemattomiin kustantajiin, kuten tieteellisiin seuroihin ( https://scholarlykitchen.sspnet.org/2018/12/06/why-society-and-not-for-profit-journals-are-worth-preserving-better-economic-and-continuing-value-for-the-community ). Henkilökohtainen mielipiteeni on, ettei paniikkiin ole aihetta. Vastaava Elsevierin julkaisujen saatavuuden keskeyttäminen tapahtui tämän vuoden (2019) alussa kaikissa Max-Planck-instituuteissa, ja tutkijat näyttävät suhtautuvan siihen varsin hyvin. Vaikka en ehkä pääsekään heti käsiksi kaikkeen sisältöön, tätä tilannetta tulisi pikemminkin pitää mahdollisuutena. Pääset edelleen käsiksi kaikkeen tarvitsemaasi sisältöön (ehkä erittäin harvoja poikkeuksia lukuun ottamatta).

Näin opimme oppituntejamme – ei elämän varalle, vaan luentosalin tarpeisiin

Tue, 27 Nov 2018 00:00:00 +0000

Non vitae sed scholae discimus (“Näin opimme oppituntejamme, emme elämän, vaan luentosalin vuoksi”). 2000 vuotta sitten Seneca kirjoitti tämän yhdelle oppilaistaan. Poikani on samaa mieltä: suuri osa hänen opetussuunnitelmansa sisällöstä on merkityksetöntä todellisessa elämässä. Valitettavasti minun on pakko olla samaa mieltä (ja monet asiantuntijatkin ovat samaa mieltä). Muutaman vuoden kuluessa koulun aloittamisen alkuperäinen ylpeys ja ilo vaihtuvat tylsyyteen ja kiinnostuksen puutteeseen. Vasta muutaman viikon kuluttua syyslukukauden alusta lapset odottavat jo vain joululomaa. Oppimisen pitäisi olla hauskaa, ja mietin, mikä menee vikaan? Miten koulu onnistuu tukahduttamaan luonnollisen uteliaisuuden ja motivaation niin nopeasti? Alussa väittelin poikani kanssa siitä, että ei ole kovin tärkeää, MITÄ oppii, vaan että oppii oppimaan, minkä pitäisi olla mahdollista melkein minkä tahansa aiheen kohdalla. Vaikka tämä ajatus onkin ehkä totta, se on samalla tunnustus epäonnistumisesta niiden ihmisten taholta, jotka laativat ja toteuttavat oppimissuunnitelmia kouluissamme. Miksi tuntuu niin vaikealta valita aiheita, jotka ovat mielenkiintoisia ja merkityksellisiä? 100 vuotta sitten lukeminen, kirjoittaminen ja peruslaskutaito saattoivat riittää. Tietomäärä kasvaa nykyään räjähdysmäisesti, mutta opetussuunnitelmien laatijoiden ainoa vastaus on ahtaa suunnitelmiin yhä enemmän sisältöä ilman, että vanhentuneesta faktatiedosta luovutaan. Tämä jättää vain vähän vapautta opettaa metodologisia taitoja, joita nyky-yhteiskunnassa kipeästi tarvitaan. Ymmärrän, että kouluilla on rajalliset taloudelliset ja henkilöstöresurssit. On kuitenkin opettajia, jotka – kaikista aineellisista rajoituksista huolimatta (yhdessä maailman rikkaimmista maista!) – onnistuvat tarjoamaan modernin ja miellyttävän asiakaskokemuksen (sic!). Vastauksena yhteiskuntamme tulevaisuuden tarpeisiin jotkut yrittävät edistää STEM-aineita (luonnontieteet, teknologia, insinööritieteet ja matematiikka). Juuri näissä aineissa tiedon ja informaation kasvu on kuitenkin niin nopeaa, että opetussuunnitelmat (jotka ovat määritelmänsä mukaan melko joustamattomia) ja myös useimmat opettajat eivät pysty pysymään kehityksen vauhdissa. Vaikka tieto saattaakin olla merkityksellistä, tärkeimmät opetettavat asiat eivät ole faktatietoa vaan metodologista tietoa. Ja metodologista tietoa voidaan opettaa erittäin mielenkiintoisten ja merkityksellisten aiheiden avulla:

Parantunut sietokyky

Tue, 27 Nov 2018 00:00:00 +0000

Uskon vakaasti, että yritykset ovat aidosti kiinnostuneita saamaan rakentavaa palautetta. Sen pitäisi olla vähintäänkin osa niiden yrityksen selviytymisvaistoa. Kun tyytymättömät asiakkaat yksinkertaisesti vaihtavat toiseen toimittajaan antamatta palautetta, vahinko on jo tapahtunut. Siksi annan aina palautetta, jos tuote ei täytä korkeita laatuodotuksiani. Tällä kertaa kirjoitan kuitenkin tuotteesta, johon olen ollut erittäin tyytyväinen, nimittäin uudesta GE Healthcare Superdex 75 Increase 10/300 GL . Kyseessä on geelisuodatuskolonni ja edellisen [Superdex 75 10/300 GL] -mallin ( https://www.gelifesciences.com/en/us/shop/chromatography/prepacked-columns/size-exclusion/superdex-75-10300-gl-and-5150-gl-p-05899 ) -mallin versio, jota olemme käyttäneet viimeiset 30 vuotta. ”Increase”-mallin suurin etu on sen parempi paineenkestävyys. Muutama viikko sitten ylikuormitettu jatko-opiskelija unohti sulkea kolonnin käytön jälkeen ja palautti sen jääkaappiin, jossa 20-prosenttinen etanoli haihtui hitaasti seuraavien kahden viikon aikana. Jääkaappi on tuuletettu, ja kun tarvitsin kolonnia, vahinko oli jo tapahtunut: Siellä oli ehkä 8 mm:n rako ja noin yhden tuuman pituinen kuiva vyöhyke oli muodostunut. Täytin välittömästi kuolleet tilavuudet kaasuttamattomalla 20-prosenttisella etanolilla ja aloitin erittäin hitaan ajon (0,05 ml/min) useaksi tunniksi, minkä jälkeen vaihdoin kaasuttamattomaan veteen ja sitten puskuriin. Noin kahden päivän ajon jälkeen rako oli pienentynyt noin 3 millimetriin. Jäljellä oleva rako poistettiin säätämällä yläadapteria (minun piti kiristää se mahdollisimman tiukalle). Nyt minun piti testata ”korjattu” kolonnia. Tein sekä toimintatestin (erottamalla kaksi proteiinia PBS:ssä) että asetonitestin (injektoimalla 100 µl 2-prosenttista asetonia veteen). Olin valtavan yllättynyt, kun asetonitesti osoitti noin 19 000 teoreettista levyä (mikä on enemmän kuin mitä olemme koskaan saaneet vanhoilla Superdex 75 -kolonneillamme). Ja kahden proteiinin (RNaseA ja BSA) erottelu osoitti, että kolonnin toiminta on edelleen täysin kunnossa. Emme kuitenkaan voi sallia minkäänlaista geelikompressiota, sillä adapterin kyky korjata sitä on käytetty täysimääräisesti (GE Healthcare valmisti aiemmin pidempää adapteria, jonka avulla olisimme voineet kompensoida vielä enemmän, mutta he päättivät lopettaa tämän tuotteen valmistuksen).Sekä jatko-opiskelija että minä olimme helpottuneita näiden tulosten jälkeen, sillä uuden kolonnin ostaminen olisi tullut meille kalliiksi (2 200 €), ja koska meillä ei ole erillistä rahoitusta yhteiskäyttölaitoksemme ylläpitoon, olisin joutunut siirtämään tämän kustannuksen jatko-opiskelijan laboratorion vastuulle. Valitettavasti en ottanut kuvaa vaurioituneesta kolonnista, sillä vaistomainen reaktioni oli aloittaa pelastustoimet välittömästi. Alla olevassa kuvassa näkyvä kolonnin on kuitenkin se vaurioitunut kolonnin, kun pelastustoimet oli saatu päätökseen.

Emme opi elämän, vaan koulun vuoksi

Tue, 13 Nov 2018 00:00:00 +0000

Non vitae sed scholae discimus („Emme opi elämän, vaan koulun vuoksi.“; “Thus we learn our lessons, not for life, but for the lecture-room.”) on noin 2000 vuotta vanha Senecan lainaus, joka on peräisin kirjeestä yhdelle hänen oppilaistaan. Poikani on samaa mieltä: suurin osa siitä, mitä hänen täytyy oppia koulussa, ei ole tärkeää todellisessa elämässä. Valitettavasti minun on (kuten monien muiden asiantuntijoidenkin) pakko myöntää, että hän on oikeassa. Ylpeys ja ilo, jotka useimpien lasten koulunkäynnin alkua säestävät, vaihtuvat usein muutaman vuoden kuluessa pettymykseksi. Jo muutaman viikon kuluttua suurista lomista lapset odottavat vain syksyn ja sitten joululomia, vaikka oppiminen voisi olla hauskaa. Mikä tässä menee pieleen? Miten koulut onnistuvat niin nopeasti tukahduttamaan lasten luonnollisen uteliaisuuden ja motivaation? Yritin aluksi väittää, että tärkeää ei ole SE, mitä oppii, vaan se, että oppii OPPIMAAN. Ja sitä voi tehdä millä tahansa aiheilla. Valitettavasti tämä argumentti on osoitus epäpätevyydestä niille, jotka laativat tai toteuttavat koulujemme opetussuunnitelmia. Miksi oppilaita ei sitten anneta oppia oppimaan aiheista, jotka ovat mielenkiintoisia ja merkityksellisiä? Siinä missä sata vuotta sitten riitti lukeminen, kirjoittaminen ja peruslaskutoimitukset, nykyään tieto kasvaa eksponentiaalisesti. Ja koulubyrokraattien ainoa vastaus on pakata yhä enemmän uutta aineistoa opetussuunnitelmiin poistamatta vanhaa niistä. Samalla tarvitaan kuitenkin enemmän liikkumavaraa kuin aiemmin, koska monien nykypäivänä tarvittavien osaamisalueiden opettaminen vaatii joustavuutta ja joustavia rakenteita. Ymmärrän, että useimpien koulujen (henkilöstö- ja taloudelliset) resurssit ovat rajalliset. Siitä huolimatta on monia opettajia, jotka uhmaavat puutetta (yhdessä maailman rikkaimmista maista!) ja suunnittelevat modernia opetusta suurella energialla ja sitoutuneesti.Monet näkevät ratkaisun MINT-aineiden (MINT = matematiikka, tietotekniikka, luonnontieteet ja tekniikka; englanniksi STEM: science, technology, engineering and mathematics), mutta juuri näillä aloilla tiedon määrä kasvaa niin nopeasti, että opetussuunnitelmat ja luultavasti myös useimmat opettajat eivät pystyisi läheskään pysymään todellisuuden vauhdissa, vaikka opetettava tieto olisikin välittömästi merkityksellistä. Siksi nykyään tarvitaan opettajia, jotka eivät opeta oppilailleen pelkästään faktoja, vaan menetelmiä. Tällaisia käsitteitä voidaan välittää juuri ajankohtaisten ja mielenkiintoisten aiheiden avulla:

Kansainvälistyminen Meilahdin kampuksen päivittäisessä toiminnassa

Mon, 22 Oct 2018 00:00:00 +0000

Tapaa rehtorit Meilahdessa Viime torstaina (18.10.2018) Helsingin yliopiston uusi rehtori Jari Niemelä sekä neljä vararehtoria (Sari Lindblom, Paula Eerola, Hanna Snellman, Tom Böhling) vierailivat Meilahdin kampuksella avoimessa kysymys- ja vastaustilaisuudessa. Tilaisuudessa ei ollut juuri lainkaan ulkomaalaisia läsnä. Näin ollen viestintäkielenä oli suomi. On selvää, että ulkomaalaiset eivät osallistu, jos he eivät ymmärrä tai puhu tilaisuuden kieltä. Ja koska ulkomaalaiset eivät osallistu, ei ole syytä muuttaa tilaisuuden kieltä, ja niin kierre jatkuu… Perinteisesti vain suomea ja ruotsiaMeilahden kampuksella on erityinen asema kielenkäytön suhteen, sillä vielä aivan äskettäin oli mahdotonta saada tutkintoa Meilahdesta ilman suomen tai ruotsin kielen taitoa, koska ainoat tutkinto-ohjelmat eivät olleet englanninkielisiä. Tilanne on kuitenkin muuttumassa (esim. psykologian laitoksen muuton myötä Meilahdille ja uusien tutkinto-ohjelmien perustamisen myötä, kuten TRANSMED ), mutta vanhat tavat ovat sitkeässä. Edelläkävijät RPU ja HiLIFEMeilahden kampuksen kansainvälistymisen edelläkävijöitä ovat Tutkimusohjelmayksikkö ja HiLIFE. Tutkimusohjelmien yksikön (RPU) sekä HiLIFE -rekrytoinnit ovat Meilahdin kampuksen kaksi kansainvälisintä osaa, ja siksi Hannu Sariola (entinen Meilahdin tutkimuksesta vastaava varadekaani) ja Tomi Mäkelä (HiLIFE-ohjelman johtaja) ottivat esille kansainvälistymisen aiheen ja huomauttivat, että yliopiston säännöt sallivat suuremman kielellisen joustavuuden kuin mitä käytännössä toteutetaan. Tähän mennessä Helsingin yliopiston ainoat viralliset kielet ovat suomi ja ruotsi, vaikka englanninkielisiä opiskelijoita on kirjoilla enemmän kuin ruotsinkielisiä. Englanti on myös käytännössä lähes kaiken tieteellisen toiminnan kieli. Kotimaisten kielten ja englannin välisen tasapainon löytämiseen ei todennäköisesti ole täydellistä ratkaisua. Jos yliopisto haluaa optimoida kansainvälisen vaikutuksensa ja menestyksensä, suomen ja ruotsin roolin on väistämättä vähennettävä, ellei resursseja saada käytettäväksi huomattavasti enemmän.**Erilliset tilaisuudet?**Jotta myös ulkomaalainen henkilökunta saataisiin mukaan, tiedekunnan dekaani järjesti äskettäin tiedekunnan henkilökunnan kokouksen kahdesti: kerran englanniksi ja kerran suomeksi. En ole varma, onko tällainen erottelu pitkällä aikavälillä hyvä idea, mutta se ratkaisee ongelman käytännöllisesti ja hoitaa asian. Jos joku ehdottaisi tiedekunnan joulujuhlan jakamista kieliryhmittäin, sitä pidettäisiin syrjivänä, mutta työkokouksen osalta kukaan ei näytä vastustavan sitä…**PS:**En ole ainoa, joka on tietoinen siitä, että kansainvälistymisessä on vielä pitkä matka edessä. Helsingin yliopiston intranetissä on hyvä artikkeli, jossa esitellään uusi vararehtori Hanna Snellman ja hänen näkemyksensä asiasta: https://flamma.helsinki.fi/en/HY377022 . Yliopisto kuitenkin pitää suurimman osan mielenkiintoisesta verkkosisällöstään lukkojen takana (omassa Flamma -palvelussaan), jonne ei pääse yleisö, joka kuitenkin maksaa yliopiston laskut… Mitä yliopisto pelkää? Lisää läpinäkyvyyttä?

SnapGene ja osittaiset restriktioentsyymihajotukset uudelleen tarkasteltuna

Thu, 23 Aug 2018 00:00:00 +0000

SnapGene on ohjelmisto laboratoriossa työskenteleville molekyylibiologeille, jotka tekevät paljon kloonaustyötä (konstruktien suunnittelu ja annotointi). Siitä lähtien, kun viimeksi kirjoitin SnapGene-ohjelmistosta ( https://www.snapgene.com/ ), on tapahtunut monia hyviä asioita:

Kansainvälisen verisuonibiologian konferenssin 2018 järjestelyjä koskeva palaute

Wed, 20 Jun 2018 00:00:00 +0000

IVBM 2018 -tapahtuman paikallisen järjestelykomitean jäsenenä pyysin konferenssin osallistujilta suoraa palautetta. Sain paljon kiitosta, jota en halua tässä toistaa. Jos joskus järjestämme uudelleen suuren kansainvälisen konferenssin, tässä on asioita, joita meidän pitäisi tehdä toisin seuraavalla kerralla. Ehkä tämä luettelo voi auttaa myös muita, jotka järjestävät ensimmäistä kertaa suuria kansainvälisiä konferensseja. Jos tämä luettelo antaa sinulle vaikutelman, että konferenssi oli huonosti järjestetty, olet väärässä! Kaikki tärkeät asiat sujuivat jouhevasti, ja osa alla mainituista ongelmista ratkaistiin ennen kuin kukaan osallistujista ehti huomata niitä. Yksityiskohtia voi kuitenkin aina parantaa! Ja – kuten aina – osa ongelmista oli meidän vaikutusvaltamme ulkopuolella, sillä olimme ulkoistaneet osan työstä, etenkin Confedent Internationalille . Jotkut päätökset olivat kompromissi optimaalisen ratkaisun ja konferenssin budjetin sallimien mahdollisuuksien välillä. Kehotan teitä myös ottamaan minuun yhteyttä, jos haluatte lisätä jotain tähän luetteloon; se voi auttaa parantamaan tilannetta tulevaisuudessa!

Lyhyt katsaus imukudoksen kehitykseen, toimintaan ja tunnistamiseen liittyviin avainmolekyyleihin

Fri, 08 Jun 2018 00:00:00 +0000

Erich Brenner kysyi meiltä yli vuosi sitten, voisimmeko kirjoittaa artikkelin ihmisen imusuonia käsittelevään erikoisnumeroon , jota hän toimitti Annals of Anatomy -lehdelle. Sovimme, että voisimme ehkä kirjoittaa minikatsauksen. Aluksi epäröin itsekin, koska Annals of Anatomy ei sinänsä ole avoimen julkaisemisen lehti. Yliopistomme on kuitenkin sittemmin alkanut kattaa artikkelinkäsittelymaksut (APC:t) useille kustantajille (mukaan lukien maailman suurin tieteellinen kustantaja – Elsevier ), jotta artikkelit olisivat avoimesti saatavilla . Näin ollen kuka tahansa voi jo nyt paitsi lukea artikkelin, myös jakaa, kopioida ja levittää sitä edelleen, muokata, muuttaa ja käyttää sitä pohjana mihin tahansa tarkoitukseen, jopa kaupallisiin tarkoituksiin, kunhan me – alkuperäiset kirjoittajat – mainitaan lähteenä.Kohderyhmänä ei ole imusuoniston tutkimusyhteisö, vaan alan ulkopuoliset, jotka tarvitsevat ensimmäisen, hyvin lyhyen johdannon imusuoniston molekyylibiologian kannalta keskeisimpiin molekyyleihin. Valinta on selvästi värittynyt omasta tutkimushistoriastamme. Lähettäkää meille vihainen sähköposti, jos emme ole sisällyttäneet lempiproteiinianne! Jos saatte meidät vakuuttuneiksi siitä, että lempiproteiininne on keskeinen imukudoksen kehitykselle tai toiminnalle, sisällytämme sen seuraavaan katsaukseemme!

IVBM 2018 ja 2020 (posteriesitys, suullinen esitys ja virtuaalinen posterikierros)

Wed, 06 Jun 2018 00:00:00 +0000

IVBM 2018 Kansainvälinen verisuonibiologian konferenssi 2018 Helsingin Finlandia-talossa on ollut tähän mennessä suuri menestys. Olemme saaneet osallistujilta paljon positiivista palautetta konferenssin järjestelyistä. Myös esitelmäni (“Everything You Always Wanted to Know About the Proteolytic Processing of VEGF-C”) ja posterini herättivät paljon kiinnostusta. Posteri on ladattavissa PDF-tiedostona alla.IVBM 2020 IVBM 2020 Soulissa, Etelä-Koreassa, siirrettiin kokonaan verkkoon. Valitettavasti jotkut esitykset ovat saatavilla vain hyvin lyhyen ajan (yhden päivän), ja olen jo ehtinyt missata muutaman niistä. Fyysisen konferenssin etuna on, että se takaa sen, että voi keskittyä täysin tapahtumaan. Verkkotapahtuma joutuu kilpailemaan monien muiden asioiden kanssa, jotka yrittävät kiinnittää huomion.

Jeltsch Lab osallistuu Helsinki Running Day 2018 -tapahtumaan

Wed, 23 May 2018 00:00:00 +0000

Laboratoriomme osallistui Helsingin juoksupäivään ja saavutti loistavia tuloksia! ”Biomedicum Runners” -maratonviestijoukkue: Sawan Kumar Jha, Timo Lehti, Khushbu Rauniyar, Rustem Kasymov. Yksilösuoritukset: Zalina Magomedova, Michael Jeltsch (molemmat maraton) ja Alish GM (5 km). Kuvasta puuttuu Alisha GM.

Solupohjaiset määritykset (Protein Interaction Biochemistry 2018)

Mon, 14 May 2018 00:00:00 +0000

Luento solupohjaisista määrityksistä proteiinien vuorovaikutusten määrittämiseksi ja kvantifioimiseksi (osa vuoden 2018 kurssia Protein Interaction Biochemistry). Sisältää myös lyhyen johdannon ITC:hen (isoterminen kalorimetria). CC-lisensoitu.

Lakko Helsingin yliopistossa

Tue, 27 Feb 2018 00:00:00 +0000

Helsingin yliopistolle on annettu lakkovaroitus huomiseksi (28.2.). Syynä on se, että työnantajien ja työntekijöiden väliset neuvottelut palkoista ja työehdoista ovat jumiutuneet, ja lakkoa käytetään keinona nopeuttaa työnantajan neuvottelukannan siirtymistä kohti hyväksyttävää kompromissia. Liiketoiminta jatkuu entisellään? Loppujen lopuksi yliopistossa ei ole ollut lakkoa aikoihin… Vaikka lähes kaikki ovat yhtä mieltä siitä, että Suomen tulevaisuus rakentuu tiedolle ja innovaatioille, juuri tiedon ja innovaatioiden tuottajien arvostus näyttää olevan kaikkien aikojen alimmillaan, jos arvostusta mitataan työolojen ja palkkatason perusteella.Luulen, että taustalla ei ole niinkään työnantajan konkreettiset tarjoukset (tai niiden puute), vaan akateemisen koulutuksen, tutkimuksen ja kehityksen halveksunta ja kunnioituksen puute, joka on kasvanut vuosien mittaan ja jota on kiihdyttänyt vuonna 2015 valittu hallitus, joka kieltäytyy investoimasta tulevaisuuteen. Yliopistojen ei pitäisi käyttäytyä kuin yritykset, jotka pyrkivät maksimoimaan voittonsa työntekijöidensä kustannuksella ja tuotteidensa laadun kustannuksella. Muutamia poikkeuksia lukuun ottamatta kaikki, joilla on vähänkin itsetuntoa, osallistuvat mielenosoitukseen. Kaikki suuret ammattiliitot, mukaan lukien opiskelijoiden ja professoreiden liitot, tukevat tätä toimintaa. Ilmeisesti professorit ryhtyvät lakkoon ensimmäistä kertaa tämän maan historiassa ( https://yle.fi/uutiset/osasto/news/finnish_professors_walk_out_in_first-ever_strike/10095355 ).

VEGF-C:tä käsittelevä katsaus julkaisussa Frontiers in Bioengineering and Biotechnology

Mon, 12 Feb 2018 00:00:00 +0000

Frontiers in Bioengineering and Biotechnology -lehden ”Tissue Engineering and Regenerative Medicine” -osion toimittajat (Andrea Banfi, Wolfgang Holnthoner, Mikaël M. Martino ja Seppo Ylä-Herttuala) pyysivät meitä kirjoittamaan artikkelin tutkimusaiheeseen ”Vascularization for Regenerative Medicine”. Kirjoitimme lyhyen katsauksen VEGF-C:stä, jossa käsitellään erityisesti VEGF-C:n molekyylibiologiaa suhteessa regeneratiiviseen lääketieteeseen, eli imusuonten (uudelleen)kasvattamiseen in vitro tai in vivo.Artikkelin voi hankkia suoraan kustantajalta osoitteesta https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fbioe.2018.00007/full tai täältä . PÄIVITYS (1. huhtikuuta 2023): Kysymys siitä, onko Frontiers Media saalistava kustantaja, ei edes tullut mieleemme, kun meitä pyydettiin kirjoittamaan katsausartikkeli. Tunnen tämän tutkimusaiheen vierailevat toimittajat ja voin taata heidän tieteellisen rehellisyytensä. Lehti on kuitenkin äskettäin päätynyt saalistavien lehtien luetteloon ( https://predatoryreports.org/news/f/list-of-all-frontiers-media-predatory-journals ), ja asiaa käsitellään täällä yksityiskohtaisesti. Arvostelumme on tällä välin kerännyt:

EU:n luomuruokamerkinnän kaksijakoinen kuva

Tue, 30 Jan 2018 00:00:00 +0000

Monet ihmiset olettavat, että elintarvikkeiden luomutuotanto tuottaa terveellisempiä elintarvikkeita, joiden ravintoarvo on korkeampi. Siksi he ostavat elintarvikkeita, jotka on tuotettu EU:n ”luomuviljelyn” sääntöjen mukaisesti. Ensimmäiset säännöt otettiin käyttöön vuonna 1991, ja niitä on muutettu muutaman kerran. Jos haluat markkinoida elintarvikkeitasi ”luomuna” EU:n alueella ja käyttää EU:n luomuelintarvikkeiden logoa , sinun on noudatettava näitä sääntöjä.Usein juuri ne, jotka yleensä suhtautuvat EU:n lainsäädäntöön hyvin kriittisesti, pitävät itsestään selvänä, että EU on onnistunut luomuviljelydirektiivissään. Valitettavasti näin ei ole. Lainsäädännön päätarkoitus oli yhtenäistää ja mahdollistaa luonnonmukaisesti tuotettujen elintarvikkeiden EU:n laajuinen kauppa, ei varmistaa, että elintarvikkeet olisivat terveellisempiä tai laadukkaampia kuin ei-luonnonmukaiset elintarvikkeet.Direktiivissä korostetaan myös ”ei-luonnonmukaisten” kemikaalien välttämistä, mutta useimpien elintarvikkeiden kohdalla tämä on vain vähäinen tekijä, joka vaikuttaa siihen, kuinka ”terveellistä” ruoka on. Päänpyöräytän nähdessään luonnonmukaisen valkaistun jauhon supermarkettien hyllyillä. Jos haluat käyttää terveellistä jauhoa, sinun pitäisi käyttää täysjyväjauhoa. Jalostetussa jauhoissa on paljon vähemmän kuituja, joten se ei yksinkertaisesti ole hyvä valinta, jos tavoitteenasi on terveellinen ruokavalio. On käytännössä merkityksetöntä, onko vehnä viljelty luomuna vai ei, jos kuidut poistetaan. Luomujauhoa huonompi on enää vain luomusokeri, josta kaikki terveellinen on poistettu ja jonka alkuperä – luomu tai ei – on 100-prosenttisesti merkityksetön.Luomumerkintä on itse asiassa sekamelska hyvin erilaisia käytäntöjä, joilla pyritään hyvin erilaisiin tavoitteisiin. Näitä ovat muun muassa eläinten hyvinvointi, kestävä maatalous ja sellaisten käytäntöjen välttäminen, joita pidetään ”ei-luomina” (esim. GMO, ”epäluonnolliset” torjunta-aineet*). Mutta jos lopputuotteen terveysarvo oli yksi tavoitteista, se on epäonnistunut täysin. Kannatan täysin eläinten hyvää kohtelua, mutta jos minut pakotetaan ostamaan luomumaitoa, tuen monia käytäntöjä, joita en halua tukea. Esimerkiksi raivoa GMO:ta tai ei-luonnollisia torjunta-aineita ja lannoitteita kohtaan. Minulla ei ole mitään ongelmaa sen kanssa, että lehmät syövät muuntogeenisiä kasveja. On selvää, että muuntogeeniset organismit ovat yksi avainteknologioista, joita tarvitsemme tämän planeetan pelastamiseksi (vaihtoehtona olisi vähentää ihmisten määrää tällä planeetalla). Ilman torjunta-aineita ja lannoitteita emme voi ruokkia maapalloa ilman, että kaadamme viimeiset jäljellä olevat sademetsät ja muutamme ne viljelymaaksi (ks. esim. https://ourworldindata.org/yields-and-land-use-in-agriculture) . Ostamalla luomuruokaa tuet poliittista kompromissia, et tieteellisesti perusteltuja sääntöjä siitä, miten parhaiten tuotetaan korkealaatuista ruokaa tai pelastetaan planeetta. Odotitko EU:n direktiiviltä jotain muuta? EU perustettiin ”Euroopan talousyhteisönä”, ja taloudelliset edut olivat sen toiminnan pääasiallisia liikkeellepanevia voimia. Koska juon todennäköisesti litran maitoa päivittäin caffè lattena, minun kannattaisi ehkä kiinnittää huomiota korkealaatuiseen maitoon. On tehty vertailuja esimerkiksi luomumaidon ja tavanomaisen maidon rasvahappokoostumuksista. On selvää, että maidon laadun (esim. monityydyttymättömien rasvahappojen pitoisuudet, omega-6- ja omega-3-rasvahappojen suhde) kannalta tärkein tekijä ei ollut se, täyttikö maito EU:n luomuruokasäännöt, vaan pikemminkin se, söivätkö lehmät vihreää rehua! https://www.google.fi/url?sa=t&rct=j&q=&esrc=s&source=web&cd=1&cad=rja&uact=8&ved=0ahUKEwj1qOuJtIDZAhVJwYMKHfH9D2QQFggrMAA&url=http%3A%2F%2Forgprints.org%2F28133%2F1%2FForschung_2011-1.pdf&usg=AOvVaw31A0-ma28xQ0oXlBpxAF6U . Perinteinen vähäpanoksinen* lehmien kasvatus oli parempi kuin orgaaninen korkeapanoksinen** kasvatus, ja eroja perinteisen vähäpanoksisen** kasvatuksen ja orgaanisen vähäpanoksisen kasvatuksen välillä ei todennäköisesti ollut merkitseviä, vaikka en voi olla tästä varma, koska merkitsevyystasot vertasivat vain orgaanista vähäpanoksista kasvatusta perinteiseen korkeapanoksiseen kasvatukseen (pyysin alkuperäistä julkaisua, mutta en ole vielä saanut vastausta). Onko näillä eroilla mitattavissa olevia terveysvaikutuksia maidon kuluttajille, on vielä toinen kysymys ja riippuu todennäköisesti maidon kulutuksen määrästä.Mielenkiintoista on, että orgaanisen ja ei-orgaanisen tuotannon välinen ongelma on tunnustettu laajalti (ks. esim. täällä saksalaisessa päivälehdessä ”Die Zeit” https://www.welt.de/wirtschaft/article147993831/So-wird-Bio-zur-schoenen-Illusion.html) . Tarve erottautua on saanut suomalaisen maitotuottajan Juustoportin markkinoimaan maitoaan ei EU:n luomumerkinnällä, vaan ”vapaan lehmän maito” -merkinnällä ( vapaan lehmän maito ). Jos haluat terveellistä maitoa ja välität eläimistä, mutta et halua tukea tieteenvastaista luomulobbia, tämä voisi todennäköisesti olla sinun valintasi. Valitettavasti myös Juustoportti on hypännyt GMO-vastaisen aallon kyytiin. Luomumaito voi myös olla peräisin vapaasti laiduntavista lehmistä (ja toisinaan jopa tavanomaisesti tuotettu maito on), mutta sertifiointi ei välttämättä vaadi sitä.*Valitettavasti luomuviljelyssä sallittujen ja kiellettyjen torjunta-aineiden erottelun pääperiaate on se, ovatko ne ”luonnollista” alkuperää. Turvallisuus ja tehokkuus ovat vain toissijaisia seikkoja. Jokaiselle koulutetulle ihmiselle pitäisi olla selvää, että luonnollisuus ei tarkoita sitä, että aine olisi turvallista syödä: botuliinitoksiini, myrkkysieni ja mineraali sinoperi esiintyvät kaikki luonnossa, mutta ne kuuluvat ihmiskunnan tuntemiin myrkyllisimpiin aineisiin. **Vähäpanoksinen karjankasvatus tarkoittaa, että lehmät pidetään ulkona ruohoa syömässä, kun taas runsaspanoksinen karjankasvatus tarkoittaa, että lehmät ovat pääasiassa sisätiloissa. Molemmat karjankasvatustyypit ovat EU-direktiivin mukaan yhteensopivia ”luonnonmukaisen” ja ”tavanomaisen” maatalouden kanssa, mikä jo itsessään osoittaa, että EU-direktiivissä on ehkä jotain vikaa.

Etätyöpöytäyhteydet Helsingin yliopiston työtietokoneeseen

Mon, 15 Jan 2018 00:00:00 +0000

Jos sinulla on työkanula, voit viedä sen kotiin töiden tekemistä varten. Mutta entä jos sinulla on pöytätietokone ja haluat käyttää sitä kotoa käsin? Teknologia, joka mahdollistaa tämän, on ollut olemassa jo yli 20 vuotta, mutta jos luulet, että yliopiston IT-osasto olisi tehnyt tästä sinulle helppoa, olet väärässä. Itse asiassa en tunne ketään, joka osaisi tehdä tämän (puhumattakaan siitä, miten prosessi saataisiin sujumaan helposti). Jopa alla selitetyn asetuksen avulla jotkin asiat eivät toimi kunnolla (esim. en ole koskaan keksinyt, miten tiedostojen jakaminen saadaan toimimaan Mac-Mac-yhteydellä, joten käytän edelleen Fugua erillisen tunneloidun sftp-yhteyden kautta tiedostojen siirtämiseen). Sinulla on useita vaihtoehtoja:

Aivovuoto Suomesta jatkuu

Fri, 22 Dec 2017 00:00:00 +0000

Suomi tarjoaa kansalaisilleen erittäin korkeatasoista koulutusta, mutta ei pysty pitämään tätä korkeasti koulutettua työvoimaa maassa. Korkeakoulututkinnon suorittaneiden muuttoliikkeen nettotase on ollut negatiivinen koko viimeisen vuosikymmenen ajan, ja suuntaus on pahenemassa, erityisesti kandidaatti- ja maisteritasolla. Korkeimmalla koulutustasolla tulkinta ei ole kovin yksiselitteinen, sillä tähän ryhmään kuuluvat lisensiaatit*, tohtorit, postdoc-tutkijat sekä professorit. Negatiivinen suuntaus on kuitenkin vakaa, mutta se ei kiihty yhtä nopeasti kuin alemmilla koulutustasoilla. Tässä ryhmässä aivovuoto kohdistuu valikoivasti parhaimpiin maihin: vain viisi kärkimaata vastaanottaa 66 % korkeimmin koulutetuista maastamuuttajista (Yhdysvallat, Iso-Britannia, Sveitsi, Saksa ja Ruotsi), kun taas alemman koulutustason suorittaneet eivät ole yhtä valikoivia (52 % maisterin tutkinnon suorittaneista ja 41 % kandidaatin tutkinnon suorittaneista muuttaa samoihin kärkimaihin). Valitettavasti tämä tilasto kertoo vain Suomen kansalaisten muuttoliikkeestä. Kattavan kuvan saamiseksi tarvitaan samat tiedot myös muiden kuin Suomen kansalaisten muuttoliikkeestä. Tässä kaaviossa on käytetty Tilastokeskuksen tietoja ( http://www.stat.fi/til/muutl/2016/02/muutl_2016_02_2017-12-18_tie_001_fi.html) . Kaikki maat on ryhmitelty sen mukaan, oliko niiden tieteellinen tuotanto vertailussa parempi vai huonompi kuin Suomen (Nature Index, Weighted fractional count, https://www.natureindex.com/country-outputs/generate/All/global/All/weighted_score) . Maat, jotka suoriutuivat Suomea paremmin vuonna 2016, olivat: Yhdysvallat, Kiina, Saksa, Yhdistynyt kuningaskunta, Japani, Ranska, Kanada, Sveitsi, Etelä-Korea, Espanja, Intia, Italia, Australia, Alankomaat, Israel, Ruotsi, Singapore, Venäjä, Taiwan, Belgia, Itävalta, Tanska, Brasilia ja Puola.* Lisensiaatti on Suomessa ja muutamissa muissa maissa käytetty tutkinto, joka sijoittuu maisterin ja tohtorin tutkintojen välille. Suomessa sen merkitys on vähentynyt vuosien mittaan, koska monissa muissa maissa sille ei ole vastaavaa tutkintoa.

Laboratoriokurssi: Rekombinanttiproteiinien puhdistus ja karakterisointi (DPBM-135)

Sun, 10 Dec 2017 00:00:00 +0000

DPBM-kurssin ”Rekombinanttiproteiinien puhdistus ja karakterisointi” ( https://courses.helsinki.fi/en/DPBM-135/120171139 ) opetusmateriaali, tulokset jne.:

FPLC (Fast Protein Liquid Chrmatography)

UKunnes lisään uudet tiedot, tutustu tähän dokumentaatioon: /fi/FPLC-course .

20. kansainvälinen verisuonibiologian konferenssi Helsingissä, Suomessa

Mon, 27 Nov 2017 00:00:00 +0000

kansainvälinen verisuonibiologian konferenssi 2018 (IVBM2018) järjestetään Helsingissä, Suomessa, 3.–7. kesäkuuta. Ilmoittautuminen on alkanut ( https://b3p.it.helsinki.fi/IVBM/ ), ja toivon näkeväni teidät Helsingissä kesäkuussa! Olen asunut täällä Helsingissä noin 20 vuotta, joten kysykää minulta vapaasti mitä tahansa! Jos en osaa vastata, tiedän ainakin, kuka tietää vastauksen.

Acatiimin artikkeli laboratoriostamme

Mon, 27 Nov 2017 00:00:00 +0000

Juttu perustuu suurelta osin tähän aiempaan juttuun . Tällä kertaa mukana on kuitenkin ryhmäkuva, josta näkyy, kuka tekee todellista työtä!

TRANSMED – eniten lääketieteellistä tutkimuskoulutusta rahoillesi

Sat, 25 Nov 2017 00:00:00 +0000

Tämän syksyn lukukaudesta lähtien jopa suomalaiset yliopistot, jotka ovat tähän asti olleet ilmaisen koulutuksen linnakkeita, ovat alkaneet periä lukukausimaksuja opiskelijoilta, jotka eivät ole Euroopan unionin (EU) tai Euroopan talousalueen (ETA) kansalaisia. Opintomaksut ovat 13 000–18 000 euroa vuodessa, mikä on edelleen kohtuullista verrattuna joihinkin muihin yliopistoihin. Tällä hetkellä saat todennäköisesti parhaan vastineen rahoillesi Helsingin yliopistossa . TRANSMED -maisteriohjelma on ehkä paras esimerkki tästä. Kun otetaan huomioon tutkimuslähtöisen lääketieteen maisterikoulutuksen todelliset kustannukset maailmanluokan ympäristössä, 15 000 euron vuosimaksu on edullinen verrattuna muiden yliopistojen vastaaviin ohjelmiin. Ja mikä parasta: mahdollisuudet tulla hyväksytyksi ovat yllättävän hyvät. Jotkut ovat ehdottaneet lukukausimaksujen korottamista, mutta konkreettisia suunnitelmia ei tällä hetkellä ole. Mikä siis estää ulkomaalaisia opiskelijoita virtaamasta Suomeen? Kylmiä talvia ei voi enää syyttää. Ilmaston lämpenemisen ansiosta viime vuosien joulut ovat olleet täällä Helsingissä pääosin lumettomia. Itse asiassa ilmaston lämpeneminen näyttää vaikuttavan Suomeen voimakkaammin kuin useimpiin muihin maihin. Tarvitsetko lisää syitä tulla? Katso täältä: http://www.visitfinland.com/article/greatest-things-about-finland/

Lymphologica 2017

Wed, 01 Nov 2017 00:00:00 +0000

Lymphologica 2017 (Lymphologie 2017) -kongressissa Bad Sodenissa (5.–7. lokakuuta, Frankfurt, Saksa) esittelin VEGF-C:n molekyylibiologiaa ja sitä, miten VEGF-C/VEGFR-3-signaalinvälitysakselin geenien mutaatiot voivat aiheuttaa tai edistää perinnöllistä lymfedeemaa. Esitys oli suunnattu lymfologian alalla työskenteleville terveydenhuollon ammattilaisille. Tästä esityksestä laadittu lyhyt katsaus julkaistiin Vasomed-lehdessä, ja se oli saatavilla verkossa , mutta se on kadonnut jo jonkin aikaa sitten. Voit ladata esityksen diat ja minikatsauksen englanninkielisen käännöksen alla olevan latauslinkin kautta.

Jälleen esillä…

Thu, 26 Oct 2017 00:00:00 +0000

Viime aikoina tutkimuksemme näyttää herättäneen paljon yleistä kiinnostusta: https://50tieteentekijaa.fi/tieteentekija/michael-jeltsch/ . Ja lisää on tulossa… Olisi mukavaa, jos hallituksemme osoittaisi vastaavaa kiinnostusta tiedettä ja koulutusta kohtaan. Ja olisi vielä parempi, jos hallituksella olisi järkevä suunnitelma siitä, miten varmistetaan tieteen ja tutkimuksen tulevaisuus Suomessa. Hallituksen määrärahat joillekin tutkimusaloille (toisin sanoen investoinnit Suomen tulevaisuuteen) ovat supistuneet niin dramaattisesti, että jopa iltapäivälehdet ovat tarttuneet aiheeseen: http://www.iltalehti.fi/kotimaa/201710122200451078_u0.shtml

Esittelyssä tärkein projektimme

Wed, 25 Oct 2017 00:00:00 +0000

Keskeinen projektimme esiteltiin sivustolla Tietyssti.fi . Katri Pajusola kirjoitti artikkelin, ja (ainakin sen perusteella, mitä ymmärrän suomenkielisestä tekstistä) se vaikuttaa olevan varsin tarkka kuvaus siitä, mitä yritämme tehdä: http://www.aka.fi/fi/tietysti/luonto-ja-ymparisto/nyt-pinnalla1/tautien-hoitoon-laakitysta-ei-ainoastaan-diagnostiikkaa/

Hyväksikäyttöön perustuva julkaisutoiminta – missä raja kulkee?

Wed, 21 Jun 2017 00:00:00 +0000

Vaikuttaa siltä, että monet tutkijat ovat viime aikoina saaneet kutsun liittyä uuden avoimen julkaisun ContROL (”Continuous Research Online Library”) toimituskuntaan. Jo kutsujen suuri määrä saattaa olla huono merkki, sillä toimituskunnan valinta on herkkä asia, eikä massapostitus ole todennäköisesti hyvä tapa koota korkealaatuista toimituskuntaa. Saan usein vastaavia pyyntöjä, ja kun sähköpostiviestistä ei selvästi käy ilmi, että kyseessä on roskaposti, olen aiemmin tarkistanut Beallin listalta , onko kustantajalla tai lehdellä ”varoitusmerkkejä”. Jotkut varoitusmerkit on helppo tunnistaa. Esimerkiksi jos olet alan asiantuntija, mutta et ole koskaan kuullutkaan niistä tutkijoista, joiden on tarkoitus hoitaa asiantuntijatehtävät. Voisi myös tarkastella kyseisten henkilöiden julkaisuhistoriaa arvioidakseen heidän aiempaa työtään. Kukaan ei kuitenkaan ehdi tehdä sitä, ja siinä Beallin lista oli kätevä apuväline.Beallin lista on kuitenkin kadonnut internetistä tämän vuoden tammikuussa. Se päivitettiin viimeksi 3. tammikuuta 2017, mutta pian sen jälkeen kaikki sisältö poistettiin. 3. tammikuuta julkaistu versio on – kiitos Internet Archiven tiimin loistavan työn – edelleen saatavilla täältä , mutta sitä ei tietenkään enää päivitetä. Kukaan ei tiedä tarkalleen, miksi Beall poisti kaiken sisällön, mutta huhujen mukaan Beall itse sai uhkauksia tahoilta, joilla on oma etu siinä, että saalistavat kustantajat pysyvät nimettöminä (lue lisää esim. täältä: http://retractionwatch.com/2017/01/17/bealls-list-potential-predatory-publishers-go-dark/).Markkinoilla on paljon ”uusia” kustantajia, jotka haluavat päästä osallisiksi tieteellisen julkaisutoiminnan tuottoisasta liiketoiminnasta. Ei ole oikeastaan väliä, käyttävätkö ne avoimen julkaisemisen mallia vai eivät (jos ne ovat avoimia, ne voivat esimerkiksi ansaita rahaa huomattavilla ”artikkelinkäsittelymaksuilla”). Riittävän pätevien arvioijien hankkiminen vertaisarviointiprosessia varten on vaikeaa jopa vakiintuneille lehdille, ja siksi monien uusien lehtien vertaisarviointiprosessi on useimmiten vähemmän kuin perusteellinen. En myöskään pidä siitä, jos on epäselvää, kuka uuden avoimen julkaisemisen lehden takana on. Koen eettisen ristiriidan, jos joku puolustaa avointa julkaisemista, mutta kaikki tiedot lehden taustasta pysyvät salaisina. Mielestäni tällä hetkellä ei ole juurikaan tarvetta uusille (avoimen julkaisemisen) lehdille. Sen sijaan useimmat vakavat ja arvostetut avoimen julkaisemisen puolestapuhujat pyrkivät pikemminkin parantamaan olemassa olevia lehtiä. Voisi päätellä, että saalistavien lehtien suhteellinen osuus kaikista uusista lehdistä kasvaa tasaisesti, ja Google Trends tukee tätä käsitystä. Miten voin selvittää, onko ContROL-lehti luotettava vai ei? Olen tarkistanut muutamia neuvoa-antavan lautakunnan jäseniä, ja he näyttävät olevan aitoja tutkijoita, joilla on vaihtelevan tasoisia todellisia saavutuksia. Kuitenkin jopa arvostetut tutkijat päätyvät toisinaan tällaisten lehtien toimituskuntaan (joskus omasta tahdostaan, joskus ilman omaa toimiaan). Tästä huolimatta saalistavien ja rehellisten kustantajien välillä ei ole selkeää rajaa. Jopa jotkut ”maineikkaista” kustantajista harjoittavat toisinaan epäilyttäviä ja kiistanalaisia käytäntöjä. Siksi Beallin sivustolla luetellaan ”potentiaalisia, mahdollisia tai todennäköisiä saalistavia tieteellisiä avoimen julkaisemisen lehtiä”. Beallin luetteloa on kritisoitu, mutta suuri osa kritiikistä voidaan helposti sivuuttaa. Erityisen alhainen hyökkäys Beallin rehellisyyttä kohtaan on esimerkiksi sivusto http://scholarlyoa.net (huomaa URL-osoitteen samankaltaisuus!), jossa nimetön henkilö tai henkilöt turvautuvat henkilökohtaisiin hyökkäyksiin, loogisiin virhepäätelmiin ja liioitteluun yrittäessään heikentää Beallin työn uskottavuutta. Itse epäilen, että tämän sivuston takana olevat henkilöt ovat todellisia avoimen julkaisemisen ystäviä. Mudan heittäminen ei tee palvelusta avoimelle julkaisemiselle. Ehkä tämä sivusto voisi olla jopa perinteisen julkaisemisen kannattajien harhaanjohtava, peitetoiminta, jonka tarkoituksena on heikentää avoimen julkaisemisen mainetta. Beallin työtä kohtaan on esitetty perusteltua kritiikkiä , mutta mikään siitä ei kyseenalaista ajatusta siitä, että jonkun on valvottava avointa julkaisemista (samalla tavalla kuin suuria kaupallisia kustantajia seurataan ja kritisoidaan). Ehkä minun pitäisi esittää ContROLin kustantajalle muutama kysymys. Ennen kaikkea siitä, miksi he edelleen näkevät tarpeen uudelle avoimen julkaisemisen lehdelle. ContROL lupaa lehden lisäksi jonkinlaista siihen liittyvää tieteellistä sosiaalisen median ja markkinoinnin alustaa. Myös tämä alue on kuitenkin jo katettu ( ResearchGaten ja Mendeleyn toimesta). Olin hämmentynyt siitä huomattavasta ”jäsenmaksusta”, jonka on maksettava heidän palvelujensa käyttämiseksi ( https://control.zinianz.com/membership ). Mutta ellei julkaise useita artikkeleita vuodessa, se vaikuttaa minusta ylihinnoitellulta. Vaikka he mainitsevatkin, että artikkelinkäsittelymaksuista on mahdollista saada vapautus, en löytänyt siitä mitään yksityiskohtia. Miksi he piilottaisivat tämän tiedon? Taloudellisesti heikommassa asemassa olevien maiden tutkijoiden on tiedettävä kustannukset etukäteen! Tällainen läpinäkyvyyden puute on juuri sitä, mitä avoimen julkaisemisen tulisi välttää. ”Jäsenmaksut” saattavat myös estää niihin liittyvien palvelujen menestymisen. Tieteellisen sosiaalisen median sivuston saaminen suosioon on vaikeaa (vaikka palvelut olisivatkin ilmaisia ja niillä olisi takanaan maailman vaikutusvaltaisin kustantaja). Todennäköisesti luvattuja etuja ei tulekaan toteutumaan.

Epävarmuus CRISPR:n tulevaisuudesta

Sun, 18 Jun 2017 00:00:00 +0000

Jotkut pelkäsivät, että tämän kevään CRISPR-tekniikkaa koskevat patenttipäätökset saattaisivat johtaa tekniikan monopolisointiin . Kuitenkin Nature Methods -lehdessä viime kuussa julkaistun artikkelin mukaan ei ole tällä hetkellä lainkaan selvää, tuleeko CRISPR:stä menestys ihmisen genomin muokkaamisessa. Jos yksittäiseen muokkauskertaan liittyy satoja ei-toivottuja ja arvaamattomia genomin muutoksia, sen puolesta olisi vaikea puhua sivuvaikutusten arvaamattomuuden vuoksi. Kyseessä on vain yksi hiirillä tehty tutkimus , mutta varovaisuus on paikallaan. Nature Methods -lehdessä julkaistu artikkeli on erityisen mielenkiintoinen, sillä tekniikkaa oli juuri käytetty ihmisillä ensimmäistä kertaa .Vaikka immateriaalioikeudet olisivatkin yhden yrityksen hallussa, on epäselvää, miten patenttia voitaisiin valvoa. CRISPR eroaa monista muista teknologioista siinä, että sen käyttöönoton kynnys on kustannusten ja osaamisen kannalta erittäin matala. Lähes kuka tahansa biotieteiden tutkija voisi tehdä sitä kotonaan autotallissaan…

Sähköisen laboratoriopäiväkirjan käyttöönoton esteet

Thu, 08 Jun 2017 00:00:00 +0000

Laboratoriossamme on jo jonkin aikaa kiinnostuttu sähköisistä laboratoriomuistikirjoista (ELN). Äskettäin julkaistu artikkeli [Journal of Cheminformatics] -lehdessä ( https://jcheminf.springeropen.com ) on keskittynyt ELN:ien käyttöönoton esteisiin. Erityisesti akateemisessa maailmassa yli 90 % tutkijoista käyttää edelleen perinteistä paperista laboratoriomuistikirjaa. Suurin käyttöönoton este oli kustannukset sekä rahallisesti että uusien tottumusten oppimisen kannalta. Tiiviisti perässä sijoilla 3 ja 4 olivat käyttöönoton vaivalloisuus ja tietoturvaan liittyvät huolenaiheet. Vaikka kirjoittajat ovat selvästi puolueellisia (he kehittävät avoimen lähdekoodin ELN-järjestelmää ELN SciNote ), käyttöönoton esteet ovat samat kuin ne, joita koen omassa laboratoriossani ja Helsingin yliopistossa.Olin ällistynyt, kun noin kaksi kuukautta sitten sain sähköpostiviestin, jossa kerrottiin, että Helsingin yliopisto oli neuvotellut puitesopimuksen LabVantage -LIMS/ELN-toimittajan Software Pointin kanssa. Vaikka pidän yliopistokohtaista ELN-ratkaisua tarpeellisena, tämä sopimus vaikuttaa kaikkea muuta kuin optimaaliselta useimmille Helsingin yliopiston tutkimuslähtöisille laboratorioille. Useat yliopiston laboratoriot ovat käyttäneet ELN-järjestelmiä jo jonkin aikaa, eikä yksikään niistä ole ollut tietoinen pyrkimyksistä solmia yliopistokohtainen sopimus LIMS/ELN-ratkaisusta. Eikä yksikään niistä, jotka jo käyttävät LIMS/ELN-järjestelmää, ole valinnut LabVantagea, vaan muita ratkaisuja ( Labguru , SciNote , eLabFTW ). Olisi ollut hyödyllistä, jos arviointiryhmässä olisi ollut joku, jolla on todellista kokemusta LIMS/ELN-järjestelmien käytöstä (tai joku, joka on osallistunut LIMS/ELN-kehitykseen), varsinkin kun tällaista asiantuntemusta on saatavilla Helsingin yliopistossa.Neuvotteluihin on osallistunut vain muutama henkilö, kun taas suurimmalta osin sidosryhmiltä ei edes pyydetty mielipidettä. Kun kysyin nimenomaisesti tästä suljetusta toiminnasta, vastaus oli: Hankintaan oli tuolloin mukana hyvin harvoja yksiköitä (lähinnä kronologian yksikkö ja yksi henkilö kemian laitokselta), vaikka tieto oli levitetty ympäri yliopistoa ja kuka tahansa oli tervetullut osallistumaan ja esittämään tarpeitaan. Vaikka yritänkin seurata aktiivisesti IT-infrastruktuurin kehitystä, en nähnyt missään mitään ilmoituksia, enkä löytänyt jälkikäteen etsiessäni mitään, mikä olisi herättänyt huomioni ja antanut minulle mahdollisuuden osallistua. Helsingin yliopiston kansainväliseen menestykseen eniten vaikuttavat laboratoriot ovat tärkeimpiä sidosryhmiä, mutta ne jätettiin huomiotta. Ehkä hieman aktiivisempi sidosryhmien etsiminen olisi ollut paikallaan. LabVantagen kanssa neuvoteltu peruspaketti näyttää olevan suunnattu rutiini- ja kliiniseen laboratoriotyöhön, mutta ei innovatiiviseen tutkimukseen. Kaksi moduulia, jotka ovat elintieteiden tutkimustyössä kaikkein välttämättömimpiä, ovat ELN ja tallennustilan hallinta. Valitettavasti monet biotieteille ominaiset rutiinit (DNA- ja proteiinisekvenssien haku BLAST-tyyppisillä hakualgoritmeilla) puuttuvat tarjouksesta kokonaan, vaikka niitä tarvitaan biotieteissä kipeästi. Ilmaisen sovellusrajapinnan (API) puuttuminen (kuten eLAbFTW -ominaisuudet tai SciNote ) estää käyttäjiä integroimasta omaa olemassa olevaa koodiaan tai omia tietokantajärjestelmiään. Jokainen pieni muutos vaatisi LabVantage-kehittäjien osallistumista, ja se olisi erittäin hidas ja kallis prosessi. Käytännössä tämä tarkoittaa, että järjestelmän puutteita ei koskaan korjata. Peruspaketin voi ottaa käyttöön mikä tahansa yliopiston laboratorio maksamalla kertaluonteisen 200 euron maksun jokaisesta käyttäjästä (ei jaettavia lisenssejä, vain nimelliskäyttäjiä). Meidän laboratoriomme osalta summa olisi 2 000 €, mutta alhainen hinta ei sinänsä ole myyntivaltti. Puitesopimuksen puitteissa mikä tahansa laboratorio voi maksaa lisämoduulit itse, mutta 17 500 €:n korkea hinta tekee siitä epätodennäköistä, että kukaan niin tekisi. En halua ajaa yhteishankintaa, koska ei ole mitään keinoa tietää, sopisivatko nämä moduulit laboratoriotyön arkeen. Toisin kuin useimmat muut toimittajat, LabVantage ei tarjoa järjestelmän ilmaista kokeiluversiota. Minusta on epäilyttävää, jos toimittaja ei tarjoa kokeiluversiota. Jos tuote on hyvä, kokeiluversio vakuuttaa potentiaaliset asiakkaat ostamaan sen. Jos tuote on hyvä, mitä haittaa kokeiluversiosta voisi olla toimittajalle? Olemme itse testanneet useita ELN-ratkaisuja kahden viime vuoden aikana, ja jotkut järjestelmät saivat erittäin huonoa palautetta niiltä, jotka käyttävät niitä päivittäin (esim. hankala tietojen tuonti, epäintuitiivinen käyttöliittymä, hidas palvelimen vasteaika). Itse asiassa oligonukleotidien hallintaan ja proteiinien/entsyymien varastointiin käytämme edelleen täysin vanhentunutta avoimen lähdekoodin LIMS-järjestelmää, jonka olin mukana kehittämässä noin 15 vuotta sitten tohtoriopiskelijana ( http://phplabdb.sourceforge.net , nykyisin osoitteessa https://github.com/mbekaert/phplabdb) . Laboratoriossani käytämme eLabFTW:tä . Meillä on paikallinen asennus Helsingin yliopiston intranetissä (johon pääsee VPN:n kautta mistä tahansa), ja kuka tahansa Helsingin yliopiston jäsen voi saada sieltä käyttäjätunnuksen. Jos olet kiinnostunut kokeilemaan sitä, ota yhteyttä minuun! Keskeinen kysymys jää edelleen vaille vastausta: miksi suurinta osaa sidosryhmistä ei otettu mukaan päätöksentekoprosessiin?

Jalokivien etsintä Suomen Karjalassa

Wed, 31 May 2017 00:00:00 +0000

Viime sunnuntaina osallistuimme Suomen Jalokiviharrastajain Yhdistyksen ( Suomen Jalokiviharrastajain Yhdistys ) kevätretkelle spektroliittilouhokselle Ylämaan lähellä Karjalassa. Spektroliitti on labradoriitin muunnos, jolla on voimakas värinleikki. Suomalainen spektroliitti on erityinen tumman pohjavärinsä vuoksi. Tarkkaan ottaen termi ”spektroliitti” viittaa ainoastaan tähän suomalaiseen värikkään labradoriitin lajikkeeseen. Retki oli menestys, sillä palasimme väsyneinä, mutta mukanaan useita kiloja näytteitä.

Tärkeimmät tiedot VEGF-C:stä lymfologiassa

Fri, 05 May 2017 00:00:00 +0000

Tärkeimmät tiedot VEGF-C:stä lymfologiassa

Dosentti Dr. Michael Jeltsch, Helsingin yliopisto ja Wihurin tutkimuslaitos, michael@jeltsch.org

Verisuonten endoteelin kasvutekijä C (VEGF-C) on välttämätön imusuoniston kehitykselle ja kasvulle. Yhdessä VEGF-D:n kanssa se muodostaa VEGF-kasvutekijäperheen imusuoniryhmän, jonka muut jäsenet (PlGF, VEGF/VEGF-A, VEGF-B) vastaavat ensisijaisesti verisuonten kasvusta ja toiminnasta. VEGF-C löydettiin tyrosiinikinaasireseptori VEGFR-3:n ligandina (1), ja sen spesifinen vaikutus imusuoniin kuvattiin ensimmäisen kerran vuonna 1997 (2,3). Noin kolmasosa ihmisten perinnöllisistä lymfedeemitapauksista johtuu VEGF-C-signaloinnissa mukana olevien geenien mutaatioista (4). VEGF-C:n täydellinen puuttuminen johtaa kuolemaan alkionkehityksen aikana (5). Todennäköisesti tästä syystä perinnöllisen lymfedeeman kliinisiä tapauksia leimaa signaalinsiirron osittainen inaktivoituminen. Useimmissa tapauksissa mutaatio kohdistuu VEGFR-3:een (6), mutta perinnöllisen lymfedeeman mutaatioita on kuvattu tai niitä epäillään kaikissa alla kuvatuissa VEGF-C-signaalinsiirron komponenteissa. z.T. Osana monitekijäistä periytyvyyttä.

Ikuisesti nuori

Sun, 30 Apr 2017 00:00:00 +0000

Novo Nordisk -säätiö (tarkemmin sanottuna tohtori John Peter Wittschieben) pyysi minua kertomaan muutaman sanan hyväksyttyjen hakijoiden näkökulmasta “ Kuinka saada rahoitusta kansainvälisiltä säätiöiltä ” -infotilaisuudessa, joka pidettiin 26. huhtikuuta Biomedicum Helsingissä.Hyödyllistä tietoaSelvyyden vuoksi: Tapahtuma oli erittäin hyödyllinen. Se oli hyödyllinen erityisesti Novo Nordisk -säätiön ja JDRF:n esittämien yksityiskohtaisten tietojen ansiosta, jotka esiteltiin tapahtuman aikana. Alussa olin yllättynyt kuullessani dekaanimme puhuvan johdannossaan ”onnekkaista, jotka saivat rahoitusta”. Naiivisuudessani olin aina olettanut, että rahoitusta jaetaan ansioiden ja kykyjen perusteella, ei onnen mukaan. Vaikka kokeneemmat tutkijat, kuten Mikael Knipp, pystyivät antamaan hyviä neuvoja, minä en siihen kyennyt. En tietenkään voi ylpeillä omilla rahoituksen saamisen todennäköisyyksilläni (jotka ovat noin 5 %; yksi 20 hakemuksesta hyväksytään).Ei aikaa tieteelle, liikaa aikaa apurahahakemusten kirjoittamiseen? Jotkut osallistujat ilmaisivat hämmästyksensä tutkijoiden nykyisistä laajalle levinneistä valituksista alhaisista myöntämisasteista ja väittivät, että hylätty hakemus johtaa parannettuun uuteen hakemukseen seuraavalla kierroksella. Olen samaa mieltä siitä, että parannus voi olla huomattava muutaman ensimmäisen kierroksen ajan, mutta sen jälkeen siitä tulee vähenevän tuoton peli. Kirjoitan keskimäärin 20 apurahahakemusta saadakseni yhden hyväksytyksi, ja 15 näistä tapauksista olen melko samaa mieltä E.P. Diamandisin kanssa, joka Clinical Chemistry -lehdessä valitti yli 20 miljardin dollarin tappiosta , joka johtui epäonnistuneesta hakemusten laatimisesta.**Kuka on ”nuori tutkija”?*Toinen kysymys, josta – mielenkiintoista kyllä – keskusteltiin (ja jota olin pohtinut jo vuosia), oli termi ”nuori tutkija”. Päätelmänä oli, että nuori tutkija on kuka tahansa, jolla ei ole täysipäiväistä professuuria. Tämä saattaa olla ainoa järkevä määritelmä, sillä pää tutkijoiden keski-ikä on noussut tasaisesti viime vuosikymmenien aikana (ks. esim. täältä ). Monet tutkijat pysyvät siis ikuisesti nuorina (tai ainakin eläkkeelle jäämiseen asti).On vaikea olla luova, jos kamppailee rahoituksen kanssaVaikka en pystynytkään vakuuttamaan monia (ehkä ketään), vastustin ajatusta, että akateemisessa tutkimuksessa olisi toivottavaa yhdistää luovuuden ja sovellettavuuden tavoitteet. Todellinen luovuus syntyy pääasiassa ensisijaisesta motivaatiosta, ja utilitaristiset näkökohdat itse asiassa haittaavat luovuutta. Tämä ei tarkoita, etteikö luova tutkimus voisi olla erittäin hyödyllistä. Niiden asettaminen tärkeiksi kriteereiksi rahoituksen jakamisessa on vain liikaa vaadittu rahoittajalta, nimittäin kykyä ennustaa tulevaisuutta. Luovuus ja pyrkimys tutkimuksen ”soveltuvuuteen/vaikutukseen” eivät ole vain keskenään kohtisuorassa, vaan ne vetävät vastakkaisiin suuntiin. Jos tutkimuksella on vaikeuksia rahoituksen saamisessa, on vaikea olla luova. Perustarpeet on tyydytettävä, ennen kuin ihmiset voivat toteuttaa mahdollisuuksiaan. Lisäksi kun säätiöt vaativat lyhyen aikavälin sovellettavuutta, ne vaikuttavat minusta poliitikoilta, jotka ajattelevat 4–5 vuoden vaalikierron puitteissa. Suuressa osassa akateemista tutkimusta emme voi ennustaa sen tulevia käyttötarkoituksia. Lisäksi potentiaaliset sovellukset ovat useimmiten PALJON kauempana kuin viiden vuoden päässä tulevaisuudessa. Jos soveltuvuuteen tähtäävä painotus johtaa painopisteen siirtymiseen perustutkimuksesta soveltavaan tieteeseen, tutkimusketju (perustutkimus > soveltava tutkimus > insinööritiede) kuivuu jo lähteestään. Ehkä tämä soveltuvuuteen tähtäävä painotus myös nopeuttaa perinteisten yliopistojen ja ammattikorkeakoulujen välisten rajojen hämärtymistä. *Tällä kertaa minun on oltava Marxin puolella: Nicht das Bewußtsein bestimmt das Leben, sondern das Leben bestimmt das Bewußtsein.

Hyvin lyhyt historia antiangiogeenisestä kasvainhoidosta

Mon, 24 Apr 2017 00:00:00 +0000

Käsittelin antiangiogeenisen kasvainhoidon aihetta vuoden 2017 Cancerbio Summer School (CBSS) -tapahtumassa. Katsauksena suosittelin seuraavaa: Weis SM, Cheresh DA. Kasvaimen angiogeneesi: molekyylireitit ja terapeuttiset kohteet. 2011. Nature Medicine 17:1359–70. http://www.nature.com/nm/journal/v17/n11/pdf/nm.2537.pdf

Jäikö Big Wheelin jalkoihin?

Fri, 24 Mar 2017 00:00:00 +0000

Kansainvälistymiseen panostamisesta huolimatta englanninkieliset tiedot koulutusuudistuksesta ovat puutteellisia ja myöhässä”Big Wheel” -uudistus vyöryy päälleni, enkä edes huomaa sitä. Yliopiston intranetissä on ollut jonkin verran englanninkielistä tietoa prosessista. Suunnitteluvaiheessa suurin osa asiakirjoista oli kuitenkin aluksi saatavilla vain suomeksi, ja käännöksistä aiheutuneen viivästyksen vuoksi ulkomaalaiset työntekijät, joilla ei ollut englannin kielen taitoa, jäivät suurelta osin prosessin ulkopuolelle. Tämän panoksen menettäminen ei todellakaan ollut hyödyllistä, sillä useat Big Wheel -uudistuksen tavoitteet liittyvät kansainvälistymiseen, kuten tutkinto-rakenteiden yhdenmukaistamiseen Euroopassa (”3+2+3-järjestelmä”) sekä tutkinto-ohjelmien kansainvälisen houkuttelevuuden ja kilpailukyvyn parantamiseen.Erinomaiset opiskelijat saattavat jäädä ilman opiskelupaikkaa yliopistossammeSyyskuussa 2017 alkavien maisteriohjelmien hakijamäärien perusteella voidaan todeta, että ohjelmien tekemiseksi ”kansainvälisesti houkutteleviksi ja kilpailukykyisiksi” on vielä paljon työtä tehtävänä. Lähes kaikilla koulutusohjelmilla hakijamäärät EU:n ja ETA:n ulkopuolelta ovat laskeneet, mikä todennäköisesti johtaa siihen, että lukukausimaksuista saatavat tulot jäävät selvästi alle yliopiston toivoman tason (Helsingin yliopiston maisterintutkinnon lukukausimaksut ovat ohjelmasta riippuen 13 000–18 000 euroa vuodessa). Menetämme todennäköisesti potentiaalisesti erinomaisia opiskelijoita, ja ilmassa on epämääräinen epäilys siitä, että koulutuksen yleinen taso saattaa kärsiä. EU:n ja ETA:n ulkopuolelta tuleville opiskelijoille on tarjolla 30 erisuuruisia apurahaa. Kuitenkin vain noin 10 stipendin saajista pystyy kattamaan lukukausimaksun kokonaan stipendillään (katso täältä: https://www.helsinki.fi/en/studying/how-to-apply/scholarship-programme) . Mielestäni myös koulutusohjelmien mainontaa voitaisiin ehdottomasti parantaa.Tiedot saatavilla olevista apurahoista: riittävän selkeitä vai sekavia? Pelkään myös, että monet potentiaaliset hakijat olivat hämmentyneitä apurahaohjelmasta (niin olin minäkin, ja olen edelleen). Oman maisteriohjelmamme verkkosivuilla ( https://www.helsinki.fi/en/programmes/master/translational-medicine-transmed ) stipendejä ei mainita näkyvästi (vai oliko se tarkoituksellista?). Vielä pahempaa on, että Helsingin yliopiston sivuilla oleva linkki, jonka avulla voi tarkistaa, joutuuko opiskelija maksamaan lukukausimaksua, on ollut jo jonkin aikaa puoliksi rikki (“Voit tarkistaa tämän Studyinfon verkkosivuston UKK:sta , onko sinun maksettava lukukausimaksuja vai ei” (alkuperäinen tällä sivulla ). Toivottavasti se kuoli vasta hakuaikojen päätyttyä…Tohtorintutkinnon koulutusuudistusBig Wheel -uudistus koskee kaikkia kolmea tutkintoa: kandidaatin, maisterin ja tohtorin (PhD) tutkintoja. Kansainvälistyminen koskee erityisesti tohtorintutkintoa ja niitä maisteriohjelmia, jotka ovat kokonaan englanninkielisiä (esim. translaatiolääketiede tai biotieteiden informaatiotekniikka). Vaikka noin puolet yksikköni (tutkimusohjelmien yksikkö) tohtoriopiskelijoista on ulkomaalaisia, tuskin kukaan heistä tietää, mistä ”Big Wheel” -uudistuksessa on kyse. Big Wheel -keskustelutilaisuus Meilahdin kampuksellaKun lähes kaikki oli jo sovittu ja päätetty, Meilahdin kampukselle ilmoitettiin Big Wheel -tiedotustilaisuudesta (31.3.2017). Sähköpostiviesti oli yksinomaan suomeksi. Olen usein antanut palautetta, kun tärkeitä tapahtumia ei ole ilmoitettu englanniksi (useimmiten ilman vastausta). Siksi kirjoitin viestin suoraan yliopiston rehtorille ja vararehtorille. Sähköpostikeskustelu on liitteenä alla. Riittää sanoa, että yliopisto on edelleen sitoutunut kansainvälistymisen edistämiseen, vaikka se ei olekaan ongelmatonta…Mistä kuulemistilaisuudessa keskusteltiinEnglanniksi käyty keskustelu keskittyi tohtorikoulutukseen. Erittäin perusteltu pyyntö oli, ettei korjattaisi sitä, mikä ei ole rikki. Kansainvälisessä vertailussa tohtorikoulutus on Suomessa suurimmaksi osaksi erinomaista, ja ainoana ongelmana pidetään sen kestoa. Tällä hetkellä suomalainen tohtorintutkinto biotieteissä edellyttää, että jatko-opiskelija julkaisee tieteellisissä lehdissä. Tämän seurauksena suurin osa tutkimuksesta Suomessa tehdään tohtoriopiskelijoiden toimesta. Vaadittavien julkaisujen tarkka lukumäärä ja laatu vaihtelevat tiedekunnittain, sillä asiasta ei ole virallista yksimielisyyttä. Tyypillisesti vaaditaan 3–5 artikkelia, ja tekijyys jaetaan tietyssä määrin. Kaikkien julkaisujen ei tarvitse olla ensimmäisen tekijän artikkeleita.Suomalaiset tohtorit ovat kilpailukykyisiäVaikka suomalaisesta yliopistosta saatu tohtorintutkinto on kansainvälisesti erittäin kilpailukykyinen, tohtorit ovat tyypillisesti paljon vanhempia kuin useimmissa muissa maissa. Tämä herättää kysymyksen: mitä sitten? Tohtoriopintojen tyypillisen keston Suomessa on yleisesti oletettu olevan noin 7 vuotta. Kukaan ei kuitenkaan tiedä tarkalleen (ei edes yliopisto itse, koska tiukkoja sääntöjä tohtoriopintojen rekisteröinnistä ei ole ollut olemassa vasta viime aikoihin asti), mutta suuntaus kohti lyhyempää kestoa (ja vähemmän vaatimuksia) näyttää olevan hyvin hidas. Voimakkaat voimat vastustavat tohtoriopintojen lyhentämistäSe, että tohtoriopinnot kestävät Suomessa niin kauan, on luonnonvalinnan tulos. Sääntelyllä painostaminen nopeampaan tohtoriopetukseen aiheuttaa monia tahattomia seurauksia. Tohtoriopintojen lyhentämistä vastaan vaikuttavat voimakkaat tekijät, erityisesti akateemista uraa tavoittelevien erittäin lahjakkaiden opiskelijoiden osalta: esimerkiksi suhteellinen helppous saada apurahaa tohtoriopintojen aikana sekä vastavalmistuneiden tohtorien korkea työttömyysaste Suomessa.Tohtorintutkintojen ikärajat rahoituksen saamiseksiKuten Kalle Saksela on tuonut esiin, yksi suurimmista esteistä tohtoriopintojen lyhentämiselle on akateemisen tutkimuksen yleinen rahoitustilanne. Jokaisella rahoituskierroksella myönnettävien apurahojen määrät laskevat uusille kaikkien aikojen alimmille tasoille. Menestyneillä hakijoilla on erittäin vakuuttava valikoima korkealaatuisia julkaisuja, joiden hankkiminen vie aikaa. Suurissa kilpailullisissa tutkimusrahoitusohjelmissa (Suomen Akatemia, ERC) asetetaan kuitenkin hakijoille rajoituksia (esim. ”enintään 7 vuotta tohtorintutkinnon suorittamisen jälkeen”), joilla ei ole mitään yhteyttä hakemuksen laatuun.Neljä vuottaVararehtori Hämäläisen erittäin selkeä viesti (Jukka Kola oli jo poistunut keskustelusta, kun kieleksi vaihdettiin englanti) oli, että tohtoriopintoja on lyhennettävä, jotta ne olisivat vertailukelpoisia muiden maiden kanssa. Tavoitteena on 3+2+4 (3 vuotta kandidaatin opintoja, 2 vuotta lisää maisterin opintoja ja sitten 4 vuotta tohtoriopintoja). Vararehtorin esittämä ajatus oli yksinkertaisesti siirtää osa opinnoista, jotka tällä hetkellä suoritetaan tohtoriopintojen puitteissa, varhaiseen postdoc-vaiheeseen. Suuri kysymys on tietysti se, kuka tämän siirron maksaa? Tutkimusrahoitusta on lisättävä huomattavasti, jotta postdoc-tutkijoiden palkat voidaan maksaa, ellei haluta heikentää kotimaisen tutkimustuotannon kokonaistasoa. Jo nyt postdoc-tutkijan palkkaaminen Akatemian tutkijabudjetilla on lähes taloudellista itsemurhaa.

Rekombinanttiproteiinien puhdistus ja karakterisointi

Mon, 20 Mar 2017 00:00:00 +0000

Järjestämme (jälleen) käytännönläheisen proteiinien puhdistuskurssin 4.–20. joulukuuta. Kurssille mahtuu enintään 16 osallistujaa, jotka jaetaan 2–4 hengen ryhmiin. Jokainen ryhmä tarvitsee kolme kokopäivää käytännön harjoitusten suorittamiseen, mutta kurssin kolmas päivä osuu päällekkäin seuraavan ryhmän ensimmäisen päivän kanssa. Kurssi pidetään Biomedicum Helsingissä, huoneissa A516a1 (jossa laitteet sijaitsevat) ja B318a/b (laboratoriossamme). Puhdistamme proteiinin (VEGF-reseptori 3) kaksivaiheisella menetelmällä (affiniteettikromatografia + geelisuodatus) Äkta Avant FPLC -laitteella. Kurssin kolmantena päivänä mittaamme proteiinin vuorovaikutusta sen ligandin (VEGF-C) kanssa ITC-laitteella (isoterminen kalorimetria). Olemme järjestäneet vastaavan kurssin vuonna 2015 ( http://www.helisci.fi/hbgs/FPLC2015/) . Tämä uusi kurssi ( https://courses.helsinki.fi/en/DPBM-135/120171139 ) on rakenteeltaan samanlainen, mutta olemme pidentäneet sitä yhdellä päivällä, jotta voimme analysoida proteiinien vuorovaikutuksia hyödyntämällä B3P-yksikkömme uutta isotermisen kalorimetrian laitetta. Kurssimateriaali ja tulokset ovat saatavilla myös täältä .Koska voimme käsitellä kerrallaan enintään kaksi näytettä (meillä on ”vain” kaksi FPLC-laitetta), joudumme jakamaan osallistujat ryhmiin (2–4 opiskelijaa ryhmässä) ja toistamaan kolmen päivän kurssin useita kertoja osallistujamäärän mukaan.

Angiogeneesin merkittävimmät julkaisut

Thu, 09 Mar 2017 00:00:00 +0000

Nature-lehden mukaan vuonna 1997 Science-lehdessä julkaistu artikkelimme on merkkipaalu angiogeneesin tutkimusalalla: *”Artikkeli, jossa vahvistetaan VEGF-C:n ja VEGF-R3:n signalointireittien rooli lymfangiogeneesissä. Uusi tutkimusalue on syntynyt.”*Kokoelma angiogeneesin alan merkkitutkimuksia viimeiseltä 80 vuodelta ( http://www.nature.com/focus/angiogenesis/classics/vegf.html ) julkaistiin ensimmäisen kerran vuonna 2003, eikä sitä valitettavasti ole päivitetty sisällyttämään myöhempiä merkittävimpiä tutkimuksia. Tähän päivään mennessä suurin osa näistä 86 artikkelista on kuitenkin edelleen pakollista luettavaa jokaiselle angiogeneesin alan tohtoriopiskelijalle.

5 sentin kolikon "hopea" ja "kulta" -pinnoite

Tue, 07 Mar 2017 00:00:00 +0000

Viime perjantaina pinnoitin lasteni kanssa 5 sentin (kupari) kolikoita. Ne näyttävät aika kivoilta, vaikka ne onkin vain sinkkiä ja messinkiä. Tarvitset vain puhtaan kuparikolikon (vanhat kolikot voi puhdistaa tehokkaasti etikalla), natriumhydroksidia (NaOH), sinkkijauhetta ja keittolevyn. Alkuperäisessä menetelmässä (katso tämä PDF ) käyttää bunsenpoltinta, mutta me teimme lämmittämisen ja sinkkipinnoitetun kolikon lopullisen muuntamisen messinkipinnoitetuksi kolikoksi yksinkertaisesti asettamalla sen keittiömme keittolevylle. Kuuma natriumhydroksidi on melko vaarallista, joten ole varovainen (käytä silmäsuojia) ja pidä lapset silmällä!

Ei kiinnostusta (takautuvaan tarkasteluun ja itsetutkiskeluun)?

Fri, 17 Feb 2017 00:00:00 +0000

Yliopistossa puhuttiin paljon viime vuoden ”muutoksista” . Yllättäen kukaan ei näytä enää olevan kiinnostunut aiheesta. Ainakin tämä oli ensivaikutelmani, kun menin Meilahden kampuksella järjestettyyn kuulemistilaisuuteen. Haartmanin instituutin luentosali 1, jossa kuulemistilaisuus oli tarkoitus järjestää, oli täysin tyhjä saapuessani. Koska vain kourallinen ihmisiä oli vaivautunut paikalle, kuulemistilaisuus oli siirretty läheisen kahvilan pöydän ääreen. Kukaan ei juuri huomannut, että arviointiryhmä on aloittanut työnsä analysoidakseen Helsingin yliopistossa viimeisen puolentoista vuoden aikana tapahtuneita ”muutoksia”. Oletan, että tarkoituksena oli selvittää, mitä vältettävissä olleita virheitä on tehty. Tämän yliopistolähteen mukaan Jukka Kola, joka on toiminut monien tämän ajanjakson kiistanalaisten päätösten julkisena kasvoina, sai itse päättää arviointiryhmän jäsenistä. Tämän vuoksi arviointiryhmän on oltava erittäin varovainen, jotta sen raportti ei vaikuta puolueelliselta.

Tiede on hyvä, kahvi on huono

Thu, 26 Jan 2017 00:00:00 +0000

Viime viikolla osallistuin Vascular Cell Biology Gordon Research Conference -konferenssiin Venturassa (Kaliforniassa). Kaksi aiempaa Gordon-konferenssiani (2001 Rhode Island, 2014 Lucca/Italia) olivat erinomaisia, eikä tämäkään tuottanut pettymystä.Vaikka paikalla oli paljon eurooppalaisia tutkijoita (19 %), Yhdysvallat muodosti 69 % osallistujista (Aasia 6 %, muu Amerikka 5 %). Tämä kuvastaa luultavasti hyvin sitä, missä verisuonibiologian huippututkimus tapahtuu. Tulee mieleen, miksi kahvi Yhdysvalloissa on niin huonoa kuin se on (ennakkoluuloni vahvistui jälleen). Sitä ei voi selittää tieteellisen asiantuntemuksen puutteella. Gordon-konferenssit on suunniteltu edistämään julkaisemattomien tietojen vaihtoa, joten en kirjoita mitään itse tieteestä. Yksi poikkeus: On olemassa kliinisiä tutkimuksia lymfedeeman hoitamiseksi leukotrieeni B4:n estäjillä ), mutta tämä on jo yleisesti tiedossa ja hiiritutkimukset on pääosin julkaistu ( http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0008380) . Joten mitään salaisuuksia ei tässä vuotanut… Esitin itse posterin CCBE1-tutkimuksen jatkosta, joka on parhaillaan arvioitavana, sekä joitakin alustavia tietoja uusista VEGF-C:tä aktivoivista entsyymeistä.Tietenkin presidentinvaalien tulos oli suosittu aihe lounas- ja illalliskeskusteluissa, etenkin kun se liittyy tieteen rahoitukseen ja tiedepolitiikkaan. Mielipiteet vaihtelivat lauseesta ”Meillä ei ole aavistustakaan, mitä odottaa” lauseeseen ”Pelkää. Pelätkää kovasti.” Itse nautin noin kahdeksasta tunnista Trumpin presidenttikautta, sillä paluulennoni Los Angelesista Müncheniin lähti viime perjantaina kello viisi varttia yli viisi iltapäivällä. Vapailla iltapäivillä yritin napata vain Amerikassa saatavan Taurus-Pokémonin tyttärelleni Milenalle. Valitettavasti konferenssipaikalla ei ollut lainkaan Pokéstoppeja, joten minulla oli jatkuvasti pulaa Poképalloista. Sisäpiiriläiset kertoivat minulle, että Santa Monican ranta on oikea paikka Pokémoneja pyydystämään. Olin itse asiassa suunnitellut meneväni sinne perjantaiaamuna, mutta satoi kaatamalla, joten kokeilin onneani lentokentällä ja noin tunti ennen lähtöä onnistuin vihdoin saamaan kiinni Tauruksen ja toisen juuri ennen koneeseen nousua. Kaiken kaikkiaan siis erittäin onnistunut konferenssimatka!

Kapa HiFi on loistava, Phusion toimii tavallaan, Q5 ja Platinum SuperFi tuottavat pettymyksen

Fri, 02 Dec 2016 00:00:00 +0000

Viimeisin NEBuilder-kokoonpanoni juuttui, koska en saanut kahta PCR-reaktiota toimimaan. Tarvitsin yhden pienen fragmentin ja kaksi noin 3 kb:n fragmenttia. Minun piti lisätä 2A-sekvenssi pienen fragmentin ja yhden 3 kb:n fragmentin väliin, joten lisäsin tarvittavat sekvenssit alukkeiden päihin. Malli ei ollut erityisen GC-rikas, ei mitään liian monimutkaista, mutta ensimmäisellä yritykselläni amplifioitui vain pieni fragmentti. Kun myöskään toisella yritykselläni ei onnistunut amplifioida 3 kb:n fragmentteja, päätin kokeilla joitakin vaihtoehtoisia polymeraaseja. Kloonauskäyttöön olen viime vuosina käyttänyt yksinomaan Phusion High Fidelity -DNA-polymeraasia (valmistaja New England Biolabs tai ThermoFisheriltä ), mutta ehkä oli olemassa jotain parempaa ja luotettavampaa? Sain kolme erilaista ilmaista näytettä testattavaksi: KAPA HiFi HotStart , NEB Q5® High-Fidelity sekä ThermoFisher Platinum SuperFi™ . Tutkijakoulutettavani suoritti PCR-reaktiot eilen, ja minä ajoin geelit tänään. Geelien laadusta voi nähdä, että rutiinini on hieman ruostunut, mutta tulokset ovat kokonaisuudessaan varsin selkeät, ja tulevaisuudessa KAPA tulee olemaan ensisijainen valintamme vaikeiden templaattien kanssa. Mielestäni KAPA:n korjauskyky on hieman Phusionia heikompi, mutta en välitä siitä, jos 2 % DNA-tuotteista sisältää mutaation 0,5 %:n sijaan.Liitteenä olevasta PDF-tiedostosta näet, että jatko-opiskelijani lisäsi kaksi ylimääräistä näytettä Phusion-polymeraasille, joissa hän käytti samoja olosuhteita, mutta erilaista templaattia (superkiertynyt plasmidi lineaarisen DNA:n sijaan). Yllättäen Phusion-polymeraasi onnistui amplifioimaan superkiertyneestä DNA:sta paljon paremmin kuin (samasta) lineaarisesta DNA:sta; en osaa selittää tätä…

Hankkeen keskeinen rahoitus

Fri, 07 Oct 2016 00:00:00 +0000

Tämä kirjoitus on saanut inspiraationsa äskettäisestä menestyksestämme Suomen Akatemian Key Project -rahoituskilpailussa . Yksi tutkijoiden suurimmista ajanhukista on rahoituksen hakeminen tutkimuksensa rahoittamiseksi. Tutkijat käyttävät yhä enemmän aikaa apurahahakemusten laatimiseen, koska kilpailu kutistuvista resursseista kiristyy. Kun opetukseen ja hallintoon käytetty aika on vähennetty, heillä jää ehkä muutama tunti viikossa tutkimustyöhön. Viime viikolla lounastauolla eräs ystäväni kysyi minulta, mitkä rahoituksen saamisen onnistumisprosenttimme olivat. En tiennyt, koska olen vältellyt tätä epämiellyttävää totuutta. Laskin asian tänään, ja masentava tulos on, että hyväksymisprosenttimme ovat alhaisella yksinumeroisella tasolla, ja tämä näyttää olevan melko keskimääräinen luku (meille vuosi 2015 oli poikkeuksellisen menestyksekäs, ja vuoden 2016 luku saattaa vielä parantua, koska useita päätöksiä ei ole vielä tehty).Akateemisen tuottavuuden parantaminen lisäämällä paperilla 1600 tuntia vuotuista työaikaa on merkityksetöntä, jos 400 tuntia tästä ajasta kuluu turhaan, eli epäonnistuneisiin apurahahakemuksiin. Järjestelmälle aiheutuvat taloudelliset menetykset ja vaihtoehtokustannukset ovat valtavat, ja eräs kollegani viittasi minulle äskettäin tähän vuoden 2015 artikkeliin Clinical Chemistry , jossa apurahahakemusten kirjoittamiseen tuhlatun rahan arvo arvioitiin Yhdysvaltojen osalta varovaisesti vähintään 20 miljardiksi dollariksi vuodessa. Budjettiimme sisältyy uusia tutkijapaikkoja, mutta emme vielä tiedä, missä ja milloin nämä henkilöt pääsevät aloittamaan työnsä. Teoriassa isäntäorganisaatio (eli Helsingin yliopiston tutkimusohjelma) takaa infrastruktuurin. Tutkimusohjelma ei kuitenkaan voi luoda laboratoriotilaa tyhjästä. Yliopisto yrittää vain säästää rahaa minimoimalla vuokraamansa lattiapinta-alan. Vaikka jotkut juhlistavat onnistuneita apurahahakemuksia, oma näkemykseni on realistisempi: Rahoituspäätöksen jälkeen on ennen rahoituspäätöstä*.*Lainaus on muokattu viittaamalla Sepp Herbergeriin , vuoden 1954 jalkapallon maailmanmestaruuden voittaneen Saksan valmentajaan, joka totesi kuuluisasti: ”Ottelun jälkeen on ennen ottelua.”

OpenBIS aloittelijoille

Tue, 06 Sep 2016 00:00:00 +0000

Jos olet harkinnut siirtymistä paperisista laboratoriomuistiinpanoista sähköisiin , kuten me tällä hetkellä teemme, olet ehkä törmännyt OpenBIS -ratkaisuun. Haluatko asentaa OpenBIS:n, mutta et tiedä miten? Minullakaan ei ollut aavistustakaan, joten yritin toistuvasti, kunnes onnistuin. Onneksi sain apua ETHZ:n OpenBIS-tiimiltä ja paikalliselta IT-tukitiimiltä, mutta he eivät tietenkään voi korvata Jetty- ja PostgreSQL-ohjelmistoihin liittyvän osaamisen puutetta….Jos haluat vain kokeilla sitä nopeasti, voi olla helpompaa ladata VirtualBox-kuva, jossa kaikki on esiasennettu ja esiasetettu ( https://wiki-bsse.ethz.ch/display/bis/openBIS+ELN-LIMS+Virtual+Machine ). Minulla ei kuitenkaan ollut tarpeeksi nopeaa laitteistoa VirtualBox-kuvan ajamiseen, joten päätin, että vanha tietokone riittää hyvin myös ilman virtuaalikoneen käyttöä. Alla olevat ohjeet on kirjoitettu muistista ja niiden lopullisten konfiguraatiotiedostojen perusteella, jotka toimivat. Aion kuitenkin vielä asentaa palvelimen alusta alkaen suorittamalla vain alla kirjoittamani ohjeet varmistaakseni, etten ole jättänyt mitään tärkeää huomiotta. Sillä välin haluan kuitenkin julkaista nämä tiedot. Olisin ollut iloinen, jos olisin löytänyt jonkinlaisen ”OpenBIS-asennus aloittelijoille” -ohjeen. Jotta tuki olisi mahdollisimman pitkäaikaista, valitsin asennukseen Ubuntu 16.04 Serverin (VirtualBox-kuvassa käytetään Ubuntu 14.04 Desktopia) ja OpenBIS 16.05.1 -ohjelmiston uusimman version.ethz.ch/display/bis/Production+Releases) (ohjelmiston lataaminen edellyttää tilin luomista). Sähköisen laboratoriomuistikirjan (ELN) laajennus sisältyy kyseiseen versioon. Tällöin sinulla on ongelma Java 7:n tuen kanssa (sitä ei ylläpidetä enää kauan, ja aion pian kokeilla OpenBIS ELN:n käyttöä Java 8:n kanssa, mutta tässä ohjeessa käytetään Java 7 PPA:ta Ubuntu 16.04:lle).1. Asenna Ubuntu 16.04.1 Server puhtaalta pöydältä. Luo asennuksen aikana järjestelmänvalvojakäyttäjä ”openbis”. Kun ohjelma pyytää valitsemaan ohjelmistot, valitse vakiotyyppisten järjestelmätyökalujen lisäksi OpenSSH ja PostgreSQL. Ensimmäisen kirjautumisen yhteydessä (käyttäjänä openbis) päivitä ja päivitä kaikki ohjelmistot uusimpaan versioon ja asenna emacs (tai mikä tahansa mieluisasi tekstieditori) sekä unzip:sudo apt install unzip emacs24-nox2. Asenna Java 7. Tässä on yksi tapa tehdä se:sudo add-apt-repository ppa:openjdk-r/ppa sudo apt-get updatesudo apt-get install openjdk-7-jre-headless3. Jotta PostgreSQL asennettaisiin oikein, muokkaa asetustiedostoa /etc/postgres/9.5/main/pg_hba.conf. Kaikissa peer-sanalla päättyvissä riveissä peer on vaihdettava sanaksi trust! Sen jälkeen lataa PostgreSQL uudelleen: sudo systemctl reload postgreql4. Jos asennat VirtualBoxin kaltaiseen virtuaalikoneeseen, on järkevää asentaa vierasapuohjelmat (virtualbox-guest-utils), sillä ne helpottavat käyttöä. Luo jaettu (pysyvä, automaattisesti avautuva kansio) ja lisää openbis vboxsf-ryhmään: sudo usermod -a -G vboxsf openbis 4. Siirrä pakattu openBIS-asennustiedosto openbis-käyttäjän kotikansioon. 5. Pura asennustiedosto:tar -xvzf openBIS-installation-standard-technologies-S233.0-r36799.tar.gz6. Siirry purkettuun hakemistoon: cd openBIS-installation-standard-technologies-S233.0-r36799 7. Muuta seuraavia asetuksia console.properties-tiedostossa: INSTALL_PATH=/home/openbis/DSS_ROOT_DIR=/home/openbis/dataELN-LIMS = truePATHINFO_DB_ENABLED = trueINSTALLATION_TYPE = serverTässä kokeilussa en ole muuttanut avainvaraston salasanaa, mutta sinun tulisi tehdä se turvallisuussyistä, jos käytät palvelinta tuotantokäytössä!8. Suorita asennusohjelma (ei root-käyttäjänä, vaan openbis-käyttäjänä):./run-console.sh9. Kun asennusohjelma pyytää antamaan openBIS-käyttäjän ”admin” salasanan, kirjoita salasana, jota haluat käyttää kirjautuessasi admin-käyttäjänä verkkokäyttöliittymään.10. Kun asennus on valmis, siirry kansioon ~/openbis/servers/openBIS-server/jetty/etc ja muokkaa tiedostoa service.properties. Itse asiassa sinun ei tarvitse muokata mitään, jotta asennus toimisi, mutta meidän piti määrittää järjestelmä Ldap-pohjaista kirjautumistodennusta varten.authentication-service = file-authentication-service => authentication-service = file-ldap-authentication-serviceJos käytät pelkästään LDAP:tä (eli authentication-service = ldap-authentication-service), LDAP-hakemistossa on oltava tiettyjä erityiskäyttäjiä. Todennamme yliopistomme LDAP-palvelimen kautta vain järjestelmän tavallisia käyttäjiä, joten esimerkiksi järjestelmänvalvojan käyttäjä on todennettava paikallisesti. Tämä järjestelmänvalvojan käyttäjä määritetään asennuksen aikana, mutta jotta tämä toimisi, sekä tiedosto- että LDAP-todennuksen on oltava käytössä. Tämä on ldap-palvelimemme osoite, sellaisena kuin se on määritelty service.properties-tiedostossa. Se sisältää todennusperustan, jonka sinun on pyydettävä järjestelmänvalvojiltasi:ldap.server.url = ldap://ldap2015.it.helsinki.fi/OU=people,DC=helsinki,DC=fiTämä on LDAP-käyttäjä ja hänen salasanansa LDAP-palvelimella (älä kysy minulta, miksi LDAP-väki käyttää niin monimutkaista sanamonsteria niin yksinkertaisen käsitteen kuvaamiseen):ldap.security.principal.distinguished.name = OU=openbis,OU=login,DC=helsinki,DC=fi``ldap.security.principal.password = PASSWORDSeuraavat parametrit koskevat nimenomaan LDAP-palvelintamme. Käytämme OpenLDAP:ia, ja koska OpenBIS ei näytä tukevan TLS:ää, käytämme SSL:ää:ldap.security.protocol = ssl``ldap.security.authentication-method = simple``ldap.queryTemplate = (&(%s))OpenBIS vaatii HTTPS:ää. Voit joko jättää itse allekirjoitetun varmenteen (jonka ETHZ on toimittanut) voimaan tai asentaa oman varmenteen. Jos pidät itse allekirjoitetun varmenteen voimassa, kaikki käyttäjät saavat varoituksen yrittäessään kirjautua verkkopalveluun. Lisäongelmana näyttää olevan se, että tiedostojen lähettäminen ei näytä toimivan itse allekirjoitetulla varmenteella, koska portin 8444 kautta lähetetty https-pyyntö ei tuota sellaista välityspyyntöä, joka näkyisi käyttäjille selainikkunassa ja jonka he voisivat ohittaa.Siksi meillä ei ollut muuta vaihtoehtoa kuin hankkia oikea varmenne, mikä onneksi on nykyään helpompaa kuin vielä vuosi sitten Let’s Encryptin ansiosta. Siitä huolimatta varmenteen hankkiminen kesti jonkin aikaa. Käytämme OpenBIS-palvelinta yliopiston sisäverkossa, eikä se ole näkyvissä ulkopuolelta. Käyttäjien, jotka haluavat käyttää palvelinta ulkopuolelta, on käytettävä VPN:ää. Siksi jouduimme asentamaan väliaikaisen ”väärennetyn” palvelimen, jolla on sama nimi, julkisesti saavutettavalle IP-osoitteelle ja luomaan Let’s Encrypt -varmenteen (Let’s Encrypt ei ole vielä automatisoitu Jetty-sovellukselle). Käytin automaattista menetelmää Apache2:lle omalla Digital Ocean -palvelimellani ja hain sitten kaksi tärkeää tiedostoa (fullchain1.pem ja privkey1.pem) hakemistosta /etc/letsencrypt/archive/eln.jeltsch.org ja siirrin ne OpenBIS-palvelimellemme. Muuntaakseni ne Java-avainvarastolle sopivaan muotoon käytin seuraavia komentoja:openssl pkcs12 -export -out keystore.pkcs12 -in fullchain1.pem -inkey privkey1.pemkeytool -importkeystore -srckeystore keystore.pkcs12 -srcstoretype PKCS12 -destkeystore keystore.jksEnsimmäinen komento pyytää vientisalasanaa. Ei ole väliä, mitä salasanaa käytät (minä käytin 12345678). Toinen komento pyytää kohdeavainvaraston salasanaa. Kirjoita tähän “changeit”, jos et ole muuttanut avainvaraston oletussalasanaa (“changeit”) asennuksen aikana. Sitten se pyytää myös lähdeavainvaraston salasanaa (joka on se 12345678, jota käytin juuri yllä).Sitten sinun on vielä lisättävä tämän avainvaraston sisältö jo olemassa olevaan avainvarastoon. Tähän on luultavasti monia tapoja, mutta minä käytin graafista työkalua nimeltä Keystore Explorer . Avaa vain molemmat avainvarastot (tähän tarvitset salasanan ”changeit”), poista olemassa oleva ETHZ-merkintä ja lisää ainoa (letsencrypt) merkintä äskettäin luodusta avainvarastosta. Korvaa hakemistossa ~/openbis/servers/openBIS-server/jetty/etc/ olevat tiedostot ”keystore” ja ”openBIS.keystore” muokatulla avainvarastolla. Molemmat tiedostot ovat identtisiä, enkä tällä hetkellä tiedä, miksi ne on kopioitu kahdesti. Sinun on myös korvattava ~/openbis/servers/datastore_server/etc/openBIS.keystore avainvaraston uudella versiolla. Jostain syystä tiedostojen lähetys ei toiminut, ja jotta lähetys saadaan toimimaan, datastore-palvelimen service.properties-tiedostossa on määritettävä datastore-palvelimen isäntäosoite: https://eln tarvitsee => https://eln.jeltsch.org. Koska käytimme eri isäntää varmenteen luomiseen, isäntänimissä oli ristiriita, ja jouduimme korvaamaan isäntänimen asetukset manuaalisesti: Muuta ne tiedostoissa /etc/hostname ja /etc/hosts ja käynnistä sitten järjestelmä uudelleen. Asennusohjelma otti kuitenkin datastore-palvelimen service.properties-tiedostoihin vain nimen ensimmäisen osan. Palvelimemme nimi on eln.jeltsch.org, mikä johti muotoon https://eln. Tätä osoitetta ei voitu ratkaista verkossamme, koska Let’s Encrypt -varmenne oli allekirjoitettu toisella palvelimella. Kun olimme muuttaneet service.properties-tiedostoja ja käynnistäneet järjestelmän uudelleen, olimme vihdoin valmiita testaamaan palvelinta: 11. Palvelimen käynnistäminen: Kirjaudu palvelimeen openbis-käyttäjänä. cd ~/openbis/bin/./allup.sh 12. Siirry toisella tietokoneella selaimellasi osoitteeseen “ https://eln.jeltsch.org:8443/openbis/webapp/eln-lims" . Jos et ole asentanut julkisesti luotettua varmennetta, selain varoittaa sinua nyt, että yhteys ei ole suojattu. Napsauta vain “Lisäasetukset” ja vahvista suojauspoikkeus. Sinun on kirjauduttava sisään käyttäjätunnuksella admin/PASSWORD (jonka määritit asennuksen yhteydessä). ELN:n käytöstä on saatavilla joitakin oppaita . Laboratoriossani työskentelevät kollegat ovat kuitenkin kertoneet, että käyttöliittymä ei ole kovin intuitiivinen ja että minun on opetettava heille perusasiat. Mielestäni voisi olla järkevää kuvata oppaassa tyypillisen pienen biotieteiden laboratorion asetukset: mitkä työtilat, millaiset käyttöoikeudet ja kenelle, sekä kuvata yleisiä tilanteita (esim. jos joidenkin reagenssiluetteloiden on oltava ulkopuolisten saatavilla jne.). Minulla on myös paljon parannusehdotuksia. Olisi esimerkiksi mukavaa saada lisää ”ELN-esikatseluja” ladatuille asiakirjoille. Tällä hetkellä kuvia voi esikatsella, mutta esimerkiksi PDF-tiedostoja ei (en ole vielä kokeillut SVG-tiedostoja, mutta käytämme niitä melko paljon kuvien merkitsemiseen). Tämä ei todellakaan ole viimeinen OpenBIS-aiheinen kirjoitukseni, ja ennen kuin otamme järjestelmän tuotantokäyttöön (todennäköisesti ensi vuoden alussa), minulla on vielä paljon opittavaa.

Kloonauskerho – työpajamateriaali

Tue, 30 Aug 2016 00:00:00 +0000

DPBM -järjestön järjestämän Cloning Club -kurssille. Jokaisesta luennosta on tiedostoja (ainakin) kahdessa eri muodossa: PDF ja ODP (Open Document Presentation). ODP-tiedostoa voi muokata LibreOffice -ohjelmistolla. Jos haluat avata sen Microsoft Officella, sinun on ensin muunnettava tiedosto joko LibreOfficen avulla tai jollain verkkopohjaisella muuntotyökalulla (kuten cloudconvert ). Kurssin järjestäjän tuottama materiaali (Open Document- ja PDF-muodossa) on saatavilla Creative Commons -lisenssin alaisena (lukuun ottamatta muokattua materiaalia, joka on nimenomaisesti merkitty). Kurssin osallistujien materiaalit (PowerPoint-muodossa) toimitetaan niiden tekijöiden ehdoilla. Saatatan lisätä myöhemmin parannettuja versioita kokous- tai luentodiasarjoista osallistujien palautteen perusteella.

Yliopistojen rankingit (ja miten niitä voidaan manipuloida)

Mon, 29 Aug 2016 00:00:00 +0000

Vau. Helsingin yliopisto onnistui jälleen parantamaan sijoitustaan Shanghai-rankingissa ja on nyt 56. sijalla. Kuitenkin jopa yliopiston omassa lehdistötiedotteessa sävy oli kuitenkin hieman synkkä, ikään kuin tämä olisi viimeinen kukoistus ennen lopullista rappeutumista. On totta, että tutkijat ovat kärsivällisesti rakentaneet nykyisen menestyksen perustan viime vuosikymmenien aikana. Siitä huolimatta, kun poliitikot nyt päättelevät, että koulutusbudjetin leikkaukset ovat vastuussa tästä menestyksestä, he ovat luultavasti oikeassa. Ehkä leikkaukset todellakin vaikuttivat tuottavuuden nousuun: kaikki tutkijat, jotka yllättäen jäivät työttömiksi, jatkoivat ilmeisesti kiihkeästi työtään nykyisissä projekteissaan saadakseen käsikirjoituksensa valmiiksi julkaistaviksi. Artikkelit ovat ylivoimaisesti hallitseva valuutta akateemisilla työmarkkinoilla. Ja nämä työttömät tutkijat saattavat julkaista aiempaa nopeammin, koska heillä ei ole opetustehtäviä… Vielä tärkeämpää on kuitenkin se, että Helsingin tulokset Shanghai-rankingin yksittäisissä indikaattoreissa vuosilta 2015 ja 2016 eroavat merkittävästi toisistaan vain akateemisen suorituskyvyn osalta (julkaisut/akateemisen henkilökunnan määrä) sekä paljon siteerattujen tutkijoiden lukumäärän osalta. Koska Helsingin yliopistojen henkilöstövähennykset ovat jatkuneet jo jonkin aikaa jo ennen tämän kevään mittavia leikkauksia, vaikuttaa perustellulta väittää, että 56. sija johtuu osittain henkilöstövähennyksistä, jotka vaikuttivat suoraan ja nopeasti akateemisen henkilöstön määrään. Shanghain ranking painottaa tutkimusta, kun taas muissa ranking-listoissa Helsingin sijoitus on jopa laskenut. Esimerkiksi QS World University Rankings -listalla Helsingin sijoitus laski sijalta 67 (2014/15) sijalle 96 (2015/16). Näiden kahden rankingin välillä QS-tiimi teki ”parannuksia” rankingjärjestelmäänsä, ja nämä olivat lähes yksin vastuussa sijoitusten laskusta, jos tarkastellaan tietoja tarkasti. He ”normalisoivat” tiedekuntakohtaisen viittaussuhteen oppiaineen mukaan, ja biotieteet joutuivat kovaan rangaistukseen, koska ne luokiteltiin ”paljon viitatuksi alaksi”. Yksinkertaisesti sanottuna viittaus taiteiden ja humanististen tieteiden alalla julkaistuun artikkeliin painaa nyt noin 40 kertaa enemmän kuin viittaus biotieteiden tai lääketieteen alalla julkaistuun artikkeliin. Jokainen viidestä suuresta alasta (taiteet ja humanistiset tieteet, tekniikka ja teknologia, biotieteet ja lääketiede, luonnontieteet sekä yhteiskuntatieteet ja johtaminen) vaikuttaa nyt yhtä lailla 20 prosentin osuudella lopulliseen arvioon ”viittaukset opettajaa kohti” -kategoriassa (yksityiskohtainen selitys normalisoinnista löytyy täältä: http://content.qs.com/qsiu/Faculty_Area_Normalization_-_Technical_Explanation.pdf) . Miksi ihmeessä he rankaisevat alaa siitä, että sillä on suurempi vaikutus? Humanististen alojen artikkeleita ei siteerata yhtä paljon kuin biotieteiden artikkeleita. Ehkä tämä johtuu siitä, että niiden keskimääräinen julkaisu ei ole yhtä merkityksellinen omalle alalleen kuin biotieteiden julkaisu on biotieteiden alalle? Myönnän, että alojen välillä on kulttuurieroja, mutta kuka voi sanoa, kuinka suuri osa johtuu juuri näistä kulttuurieroista ja kuinka suuri osa taas heikosta laadusta tai epäolennaisesta tutkimuksesta? Juuri näin QS World University Ranking teki keksimällä ”normalisointikertoimia”, joilla käytännössä väitettiin kaikkien alojen olevan yhtä merkityksellisiä. Kaikkia tällaisia ranking-listoja on kuitenkin helppo manipuloida. Esimerkiksi viittausten ja tiedekunnan jäsenten välistä suhdetta voidaan helposti parantaa ulkoistamalla palveluja, joita aiemmin suorittivat tiedekunnan tutkijat (ja juuri sitä Helsingin yliopisto tekee parhaillaan). Aivan kuten lehtien vaikutuskerroin, myös yliopistorankingit menettävät merkityksensä, jos tavoitteena on saavuttaa korkea sijoitus eikä erottautua tutkimuksessa ja opetuksessa ( Goodhartin laki : Kun mittari muuttuu tavoitteeksi, se lakkaa olemasta hyvä mittari).Shanghain rankingia on kritisoitu paljon. Se aliarvioi opetusta, koska opetuksen suorituskyky ei tule lainkaan suoraan mukaan laskelmiin, ja se suosii suuria yliopistoja, koska 50 % arvosanasta perustuu pelkkään lukumäärään, jota ei ole normalisoitu yliopiston koon huomioon ottamiseksi. Siitä huolimatta se on ainoa toistettavissa oleva (ja siten tieteellinen) aineisto kolmesta suuresta rankingista ( https://link.springer.com/article/10.1007/s11192-012-0801-y ), sillä sekä QS- että Times-ranking nojaavat vahvasti mielipide- ja maine-kyselyihin, joita on tunnetusti vaikea toistaa.Mikä on tämän viesti? Helsingin yliopisto on todennäköisesti yhtä hyvä kuin se on ollut viimeisen vuosikymmenen aikana, ja suuret vaihtelut ovat vain artefakteja, jotka johtuvat muuttuneista ranking-menetelmistä tai hallinnollisista sopeutuksista taloudelliseen todellisuuteen, jonka suomalaiset äänestäjät toivat tullessaan vuoden 2015 eduskuntavaaleissa.

Voittakaamme syöpä yhdessä!

Sun, 07 Aug 2016 00:00:00 +0000

Sawan ja minä ilmoittauduimme ”The Jeltsch Laboratory” -joukkueena Helsingin Twilight Run -tapahtumaan, joka on Suomen Syöpäsäätiö tukeva hyväntekeväisyystapahtuma. Sawan sai kuitenkin kesäflunssan ja joutui jättämään koko tapahtuman väliin. Tavoitteenani oli pysyä alle tunnin ajassa, ja se onnistui. Paikalla oli itse asiassa useampia osallistujia RPU:sta (Research Programs Unit) ; törmäsin Tiiaan ja Juliaan. Ehkä meidän pitäisi ensi vuonna osallistua yhteisenä RPU-joukkueena (tai miksi ikinä RPU:ta sitten kutsutaankaan, jos todella onnistumme muuttamaan nimemme)?

Staden-paketti Ubuntussa bioinformatiikan veteraaneille

Wed, 27 Jul 2016 00:00:00 +0000

Käytämme pääasiassa SnapGene -ohjelmistoa, kun tarkistamme DNA-rakenteidemme sekvenssejä. Joskus SnapGenin sekvenssien kohdistusnäkymä ei kuitenkaan ole tarpeeksi joustava, jolloin turvaudun vanhaan Staden-pakettiin . Olin juuri päivittänyt Ubuntun versiosta 14.04 versioon 16.04, joten Stadenia ei ollut asennettuna. Olin iloisesti yllättynyt, kun Stadenin asennus kesti vain noin 15 sekuntia, sillä vihdoin – kiitos Debian Med -tiimin – Staden on saatavilla universe-pakettivarastosta (itse asiassa jo lokakuusta 2014 lähtien).sudo apt install stadenStaden ei selvästikään ole niin intuitiivinen kuin se voisi olla, mutta se on erittäin tehokas ja sopii hyvin tietojen automatisoituun käsittelyyn. Jos sinulla on mahdollisuus oppia käyttämään sitä, kannustan sinua tekemään niin. Suomen CSC tallensi vuonna 2004 järjestetyn Staden-kurssin, johon osallistuin, ja tallenteet ovat saatavilla Funet TV:stä . Olin juuri harkinnut hetken siirtymistä Ubuntusta SuSE:hen johtuen jatkuvasta langattoman yhteyden ongelmasta, jota Canonical ei näytä saavan korjattua, mutta kun ottaa huomioon, kuinka työläs Stadenin manuaalinen asennus on, tämä on suuri etu Ubuntulle. Bioinformatiikan käyttöön on tietenkin olemassa erikoistuneita Linux-jakeluja, mutta ne kaikki jäävät yleensä jälkeen suurimpien jakelujen uusimmista ja parhaista kehityksistä.

Siirtyminen paperisista laboratoriomuistiinpanoista sähköisiin laboratoriomuistiinpanoihin

Tue, 26 Jul 2016 00:00:00 +0000

Sähköiset laboratoriopäiväkirjat (ELN) ovat tulevaisuus. Vaikka tämä väite vaikuttaa itsestään selvältä, ei ole vielä selvää, mitkä ohjelmistot vakiinnuttavat asemansa ja mitkä katoavat markkinoilta. Kun tutustuin ELN-markkinoihin ensimmäisen kerran noin kolme vuotta sitten, ratkaisuja oli tarjolla vain kourallinen. Nyt alalla on jo ehkä noin sata erilaista ohjelmistoyritystä, jotka yrittävät hyötyä tästä trendistä. Ja vielä huolestuttavampaa on se, että toimittajaluettelossa on jo noin 20 hylättyä tuotetta… Siksi ohjelmiston valinta on vakava päätös laboratoriolle ja vieläkin vakavampi koko laitokselle. Huomioon on otettava monia seikkoja. Mainittakoon vain muutamia niistä: – Kuinka varmaa on, että ohjelmisto on saatavilla ja tuettu vielä 10 vuoden kuluttua? Jos yritys katoaa, samoin voi käydä myös tiedoillesi. Kaikki toimittajat väittävät, että tietosi ovat turvassa. Sinun tulisi olla realistinen, kun otetaan huomioon, kuinka laajalle levinnyttä on yritysten harhauttaminen asiakkaita ja viranomaisia kohtaan. Ajattele vaikka VW:tä… – Mikä on alkuinvestointi ja mitkä ovat käyttökustannukset? Jos tallennustilasta veloitetaan, hinta saattaa aluksi olla alhainen, mutta älä aliarvioi, kuinka paljon dataa kertyy kaikkien uusien korkean resoluution kuvantamis- ja sekvensointiteknologioiden myötä. Kun ryhdyt tekemään superresoluutiotutkimusta, dataa kertyy helposti useita gigatavuja viikossa. Esimerkiksi SciNote sisältää 100 GB tallennustilaa kahdelle tiimille, joka voi täyttyä muutamassa viikossa riippuen siitä, millaista tutkimusta teet. Yritin selvittää, miten voisin ostaa yli 100 GB:n tallennustilaa, mutta en keksinyt miten. Toivon, ettei heidän ELN-järjestelmänsä käytettävyys ole samalla tasolla… – Kuinka vapaasti voit käyttää tietojasi? Voitko helposti (ja automaattisesti säännöllisin väliajoin) siirtää tietosi pois, jos tarvitset? Missä muodossa saat tietosi? Jos ne ovat vain PDF- tai Word-tiedostoja, unohda koko juttu. Sinun pitäisi saada aito tietokantadump, jota voidaan käyttää muiden järjestelmien täyttämiseen. En luottaisi mihinkään yritykseen, joka kertoisi minulle etukäteen, että se menee pian konkurssiin ja että minun pitäisi pelastaa tietoni… – Missä tiedot fyysisesti säilytetään? Tämä määrää esimerkiksi sen, minkä lainsäädännön alaisina tiedot ovat ja kenellä on niihin pääsy. Kuinka paljon voit luottaa siihen, että pieni ulkomainen yritys pitää tietosi yksityisinä ja turvassa? Muistutetaanpa kaikkia niistä tietomurroista, jotka kohdistuivat Sonyyn, LinkedIniin, IRS:ään, T-Mobileen, UPS:ään ja JP Morgan Chaseen… Jotkut toimittajat tarjoavat sisäistä isännöintiä, mutta hinnoittelu vaikuttaa liian korkealta monille akateemisille laboratorioille, jotta tämä olisi toteuttamiskelpoinen vaihtoehto.- Avoin lähdekoodi näyttää olevan ratkaisu moniin näistä ongelmista. Koska yliopistojen tuki tietotekniselle infrastruktuurille kuitenkin vähenee, tällaisen järjestelmän ylläpitovaatimusten on oltava hyvin vähäiset, jotta ratkaisu olisi toteuttamiskelpoinen. - Jos palvelua markkinoidaan ”ilmaisena”, mitä sillä tarkoitetaan? Usein ”ilmainen” tarjous ei riitä mihinkään vakavaan työhön ja on siten harhaanjohtava. ”Ilmainen” siinä merkityksessä kuin ”ilmainen olut” ei myöskään riitä… Monet laboratoriot tarvitsevat myös vapauden mukauttaa ohjelmistoa omiin erityistarpeisiinsa, mikä sulkee pois suljetut ratkaisut, joilla ei ole julkisia sovellusrajapintoja (API). Laboratoriossamme olemme testanneet muutamia saatavilla olevia ratkaisuja. Painopisteemme oli avoimen lähdekoodin ratkaisuissa, sillä vain ne mahdollistavat ohjelmiston kattavan testaamisen. Tähän mennessä olemme kokeilleet:

RPU-seminaari 2016

Fri, 24 Jun 2016 00:00:00 +0000

Ladattavat tiedostot

Lataa diat PDF-muodossa.

Lataa PDF

Kloonauskerho

Wed, 22 Jun 2016 00:00:00 +0000

Järjestämme yhdessä biolääketieteen tohtoriohjelman (DPBM) kanssa syksyllä 2016 työpajan ja käytännön kurssin kloonauksesta (kurssikoodi 921244).Päivämäärät ja paikka (työpaja): Viikoittainen keskustelutyöpaja (8 kertaa, kukin 1–1,5 tuntia) alkaa tiistaina 30.8.2016; paikka: kokoushuone 7 (Biomedicum Helsinki, 5. kerros, paitsi 27.9. ja viimeinen työpaja 25.10., jotka pidetään huoneessa BM B136A); 1 opintopistePäivämäärät ja paikka (käytännön kurssi): Hajautettu laboratoriokurssi (osallistujien aikataulun ja paikan mukaan tai – niille osallistujille, joilla ei ole pääsyä tarvittaviin tiloihin – marraskuun kahden ensimmäisen viikon aikana laboratoriossamme); 1 opintopisteKurssin tietosivu: http://www.helisci.fi/hbgs/cloning-club2016 Ilmoittautumissivu: https://elomake.helsinki.fi/lomakkeet/71701/lomake.html Yksityiskohtaiset kurssitiedot: PDF Mainosjuliste: PDF Kurssimateriaali: Materiaalia lisätään tänne jokaisen tapaamisen jälkeen Kloonaus on houkuttelevaa juuri siksi, että se on tylsää. Kaikki alkaa kuitenkin DNA:sta. Geenitekniikka ei ole tullut jäädäkseen, vaan sen merkitys kasvaa entisestään: olemme vasta raapaisseet sen potentiaalin pintaa. Lähes kaikessa biolääketieteellisessä tutkimuksessa käytetään DNA-rakenteita: ilmentymisvektoreita solujen transfektioon, shuttle-plasmideja virusten valmistukseen sekä rakenteita transgeenisten eläinten tuottamiseen. Taitoa DNA-rakenteen luomiseen tarvitaan vielä siihen asti, kunnes markkinoille saapuu se luvattu laite, joka tuottaa minkä tahansa plasmidiin muutaman tunnin kuluttua siitä, kun sille on syötetty plasmidiin sekvenssi.Käytettävissä on monia uusia tekniikoita, minkä vuoksi valinta on vaikeampaa kuin vanhoina aikoina, jolloin restriktioentsyymikloonaus oli ainoa vaihtoehto. Nykyään vaatimukset ja vaihtoehdot ovat rajattomat, ja menestyksen ja nopeuden maksimoimiseksi on valittava oikea strategia.

Unicorn 7:n käyttäjien määrittäminen edellyttää manuaalista toimenpidettä verkkokäyttäjäympäristössä

Fri, 17 Jun 2016 00:00:00 +0000

Unicorn, Äkta Avant, Äkta Explorer, GE Healthcare, Windows, verkkotodennus, käyttäjän määrittäminen, menetelmä, tulos, tiede, proteiinien puhdistus Koska käytämme Äkta Avant -laitettamme monikäyttäjäympäristössä, meidän on erotettava eri käyttäjien menetelmät ja tulokset toisistaan. Oletusasetuksina jokainen verkkokäyttäjä voi tällä hetkellä nähdä kaikki menetelmät ja tulokset, jotka kuka tahansa muu verkkokäyttäjä on laitteella tuottanut. Tämä on merkittävä yksityisyys- ja turvallisuusongelma, sillä pahantahtoinen käyttäjä voisi poistaa (tai vielä pahempaa: muokata) menetelmiä ja tuloksia.Äkta-laitteemme on konfiguroitu siten, että käyttäjät voivat kirjautua Unicorn 7 -tietokoneeseen yliopiston käyttäjätunnuksella ja salasanalla tavallisen Windows-verkkotodennusmekanismin kautta. Jos kuitenkin useat henkilöt jakavat vastuun yhdestä mittaussarjasta, tämä järjestely ei ole mahdollinen, sillä heidän olisi paljastettava salasanansa toisilleen. Siksi olemme luoneet paikallisen tilin, jota voivat käyttää ne käyttäjät, jotka haluavat jakaa Äkta-laitteen käytön. Windowsiin kirjautumisen jälkeen käyttäjien on vielä kirjauduttava Unicorn 7 -ohjelmistoon, minkä he tekevät yliopiston käyttäjätunnuksella ja salasanalla (“Windows-todennus”). Tässä järjestelyssä jokainen käyttäjä voi nähdä kaikki menetelmät ja tulokset, mikä ei ole hyväksyttävää. Kun uusi käyttäjä määritetään Unicorn-ohjelmistossa (valikko ”Access > Folders”), voidaan määrittää tarkasti, mihin kansioihin kyseisellä käyttäjällä on pääsy, jolloin käyttäjä näkee vain omat menetelmänsä ja tuloksensa. Koska Unicorn 5:n kansiorakenne noudatti Windows-tiedostojärjestelmän kansiorakennetta, käyttäjät pystyivät aina kopioimaan menetelmiä ja tuloksia kansiosta toiseen ja saamaan ne siten käyttöönsä huolimatta Unicorn 5 -ohjelman asettamista rajoituksista.Kun luin ensimmäisen kerran, että Unicorn 7 tukee Windowsin verkkoautentikointia, toivoin, että voisimme välttää sen työlään käyttäjien määrittämisen, jonka jouduimme suorittamaan jokaisen käyttäjän kohdalla Äkta Explorerissa. Vaiva jatkuu kuitenkin, sillä käyttöoikeuksien määrittäminen kerran ryhmälle ei takaa käyttäjien eristämistä.Ensinnäkin Unicorn 7:ssä ei voi rajoittaa yksittäisten käyttäjien käyttöoikeuksia, vaan ainoastaan ryhmien käyttöoikeuksia. Meidän piti luoda yksi käyttöoikeusryhmä jokaiselle verkkokäyttäjälle, lisätä verkkokäyttäjä tähän ryhmään, luoda ryhmälle erillinen kotikansio ja sitten rajoittaa kansion käyttöoikeudet tähän kotikansioon. Muutaman käyttäjän kohdalla tarvittiin satoja napsautuksia, sillä oletusasetuksena on, ettei käyttäjällä ole pääsyä mihinkään, ja jokainen käyttöoikeusvalintaruutu on aktivoitava paitsi järjestelmänvalvojan oikeudet. Tässä suhteessa Windows (ja kaikki muut käyttöjärjestelmät) on paljon älykkäämpi kuin Unicorn. Jos yliopiston työntekijä kirjautuu koneelle, johon hän ei ole aiemmin kirjautunut, järjestelmä luo automaattisesti kaiken tarvittavan oletusarvoisen paikallisen kansiorakenteen ja liittää kyseisen käyttäjän yksityisen kotikansion ilman, että hänelle myönnetään pääsyä mihinkään muuhun, mitä muut työntekijät ovat kyseisellä koneella tehneet. Mielestäni tämän pitäisi olla vaihtoehto myös Unicornissa. Ehkä se onkin, enkä vain osaa löytää sitä? Toinen suuri haittapuoli edellä kuvatussa menetelmässä, jossa jokainen käyttäjä erotetaan omaan käyttöoikeusryhmäänsä, on se, että Unicorn-ohjelmaan kirjautuminen muuttuu suureksi koettelemukseksi: käyttäjänimen ja salasanan kirjoittamisen lisäksi käyttäjän on valittava oikea käyttöoikeusryhmä, jotta kirjautuminen onnistuu. Ja mikä vielä pahempaa: meidän järjestelmässämme emme voi välttää sitä, että jokainen yliopiston työntekijä kuuluu kahteen käyttöoikeusryhmään: manuaalisesti luotuun käyttöoikeusryhmään käyttäjien erottelua varten ja ”oletusryhmään”, joka toimii Windowsin verkkoautentikoinnin kautta – ehkä Kerberos?). Siksi, jos käyttäjät valitsevat oletuskäyttöoikeusryhmän (jota meidän tapauksessamme kutsutaan nimellä ”Users”), he pääsevät kirjautumaan sisään, mutta eivät näe omia menetelmiään ja tuloksiaan.On kaksi syytä, miksi emme voi poistaa ”Users”-käyttöoikeusryhmää: Ensinnäkin se on tiedekunnan määräys, ja toiseksi (ja olemme yrittäneet) emme voi enää poistaa sitä, koska monet ovat jo luoneet menetelmiä ja tuottaneet tuloksia ollessaan ”Users”-käyttöoikeusryhmässä. Näin ollen UNICORN estää meitä poistamasta tätä tiliä. Työstän parhaillaan tätä ongelmaa: minun pitäisi pystyä pääsemään suoraan taustalla olevaan MS-SQL-tietokantaan, jotta voisin muuttaa menetelmien ja tulosten omistajuutta. GE ei kuitenkaan ollut kovin avomielinen, kun kysyin käyttöoikeuksien hallinnasta. Vastaus oli: ”Itsenäisessä UNICORN-ratkaisussa tietokannan käyttöoikeustiedot on salattu, eikä niitä julkisteta.” Jos sinulla olisi yritysratkaisu (jossa isännöit omaa (SQL Server) -tietokantaasi), sinulla olisi hallintaoikeudet tunnistetietoihin ja teoriassa voisit poimia halutut tiedot (muoto on sellainen, jonka joudut selvittämään itse, emmekä me tue sitä). Voit päivittää ratkaisusi yritysversioon, jos haluat. Tämä kuulostaa pahemmalta kuin se on, koska meillä on fyysinen pääsy MS-SQL-palvelimeen ja käyttöoikeustietojen poimiminen ei vaikuta kovin vaikealta. Mutta minulta vie aikaa löytää haavoittuvuus, jonka avulla voin ”murtautua omaan järjestelmäämme”, ja juuri se ärsyttää minua. GE:n Lisa Bromarkin mukaan 7.0.2-päivitys näyttää kuitenkin korjaavan tämän ongelman: UNICORN voidaan konfiguroida käyttämään uutta tietokantasalasanaa. On mahdollista luoda salattu salasana tai syöttää jo salattu salasana. Tämä tehdään ajamalla UNICORN Service Tool -työkalu UNICORNin asennuksen jälkeen.Päivityksen saaminen on kuitenkin uskomattoman vaikeaa (ainakin se näyttää vievän viikkoja). Jakelu tapahtuu ilmeisesti edelleen optisilla tallennusvälineillä ja postitse. Luulen, että viimeksi hankin ohjelmiston CD- tai DVD-levyltä yli 10 vuotta sitten. GE kertoi minulle kuitenkin, että he ovat juuri siirtämässä UNICORN-ohjelmistopäivityksiä ”sähköiseen jakeluun”. Tervetuloa 21. vuosisadalle!

Aito biohakkerointi

Mon, 13 Jun 2016 00:00:00 +0000

Steven Novella on kirjoittanut mielenkiintoisen blogikirjoituksen biohakkeroinnista . Olen suurelta osin samaa mieltä hänen kanssaan siitä, että useimmat käyttävät tätä termiä väärin, koska he eivät tee mitään käsitteellisesti uutta, mikä oikeuttaisi tämän uuden termin käytön. Tämän termin käytölle ja sen erottamiselle DIY-biologiasta sekä erilaisista kehonmuokkausliikkeistä ei kuitenkaan ole vielä vakiintunut yhtenäisiä kriteerejä. Biohakkeroinnin määritelmä ”vapaudeksi tutkia omaa biologiaansa perusteellisesti” on suurelta osin merkityksetön. Sana ”hacking” sisältää yleiskielessä useimmiten laittomuuden tai ainakin puolilaillisuuden vivahteen. Tätä kielenkäyttöä noudattaen urheiludopingia voitaisiin kutsua biohakkeroinniksi, mutta kahvinjuontia ei niinkään (lukuun ottamatta sitä, että kahvinjuonti täyttää ainakin joidenkin ihmisten kohdalla dopingin tunnusmerkit). Toinen esimerkki, jota kutsuisin ”aidoksi” biohakkeroinniksi, olisi Crispr/Cas-tekniikan käyttö oman DNA:n muokkaamiseen. Tai lääkkeiden valmistaminen omassa autotallissa. Kysymys kuuluu: tekeekö kukaan tällaista? Geeniteknologiset menetelmät ja lääkkeiden valmistus ovat yliopisto- ja kaupallisella alalla tiukasti säänneltyjä, koska tällaisiin menetelmiin liittyy joitakin riskejä. Siksi ei ole yllättävää, että sääntelyviranomaiset eivät ole iloisia siitä, että heidän on valvottava vielä yhtä yhteisöä bioterrorismin merkkien varalta.Itse asiassa tämän alan tarvittavien välineiden valmistaminen ja käyttö on yhä helpompaa. Bioteknologia autotallissa on todellisuutta – ainakin Nature-lehti on omistanut tälle aiheelle uutisartikkelin . Kuulin jo jonkin aikaa sitten luennon Thomas Landrainilta, joka on yksi La Paillasse-laboratorion perustajista (Thomas: olithan luvannut kääntää La Paillassen verkkosivut englanniksi!), joka on bioteknologialaboratorio, joka perustettiin ilman alkupääomaa Pariisin esikaupungin autotallissa ja joka toteuttaa todella mielenkiintoisia projekteja (tässä on Thomas Landrainin artikkeli DIY-biologiasta ). Myös DIY-biologiasta on jo järjestetty konferensseja: https://www.synenergene.eu/news-item/paris-conference-what-can-do-it-yourself-biology-do . Mutta missä kulkee raja DIY-biologian ja biohakkeroinnin välillä? E. coli-bakteerien muokkaaminen niin, että ne tuottavat erytropoietiiniä , puhdistaa proteiini ja pistää sitä itseensä urheilusuorituskyvyn parantamiseksi, luultavasti kuka tahansa pitäisi tätä biohakkerointina. Mielestäni tämä esimerkki ei ole lainkaan niin kaukaa haettu, vaan se olisi täysin toteutettavissa nykyisen DIY-biologian keinoin.

Todellinen biohakkerointi

Mon, 23 May 2016 00:00:00 +0000

Olen lukenut mielenkiintoisen Steven Novellan blogikirjoituksen biohakkeroinnista . Olen täysin samaa mieltä siitä, että suurin osa biohakkerointia edistävistä ihmisistä ei tee mitään sellaista, mikä oikeuttaisi termin käytön. Uutta termiä tulisi käyttää, jos tekee jotain käsitteellisesti uutta. Biohakkeroinnin termin käyttö ja sen suhde DIY-biologiaan sekä erilaisiin kehonmuokkausliikkeisiin ei kuitenkaan ole vielä vakiintunut. Biohakkeroinnin määritelmä ”vapaudeksi tutkia biologiaa syvällisesti” tekee termistä melko merkityksettömän. Termi ”hacking” on aina sisältänyt (oikein tai väärin) ajatuksen laittomasta tai ainakin laillisuuden rajamailla olevasta toiminnasta. Tätä analogiaa seuraten urheiludopingia voitaisiin pitää biohakkerointina (mutta ei kahvin juomista – huolimatta siitä, että kahvi täyttää joidenkin ihmisten mielestä dopingin kriteerit). Muita esimerkkejä, joita kutsuisin ”todelliseksi” biohakkeroinniksi, olisivat Crispr/Cas-tekniikan käyttö oman DNA:n muokkaamiseen tai lääkkeiden kehittäminen sairauksien hoitamiseksi omassa autotallissa. Kysymys kuuluu: tekeekö kukaan tällaisia asioita? Tällaisten tekniikoiden kehittäminen on tiukasti säänneltyä sekä akateemisessa tutkimuksessa että kaupallisissa yrityksissä, ja todellinen geenitekniikka sisältää todellisia riskejä. Ei ole yllättävää, että lainvalvontaviranomaiset eivät ole kovin iloisia siitä, että on jälleen yksi alakulttuuri, josta on etsittävä merkkejä bioterrorismista . Työkalujen käyttö on kuitenkin yhä helpompaa, ja autotallibiotekniikka on todellinen ilmiö (ainakin Nature-lehti piti sitä uutisartikkelin arvoisena). Jo jonkin aikaa sitten kuuntelin Thomas Landrainin puheenvuoron. Hän on yksi La Paillasse -laboratorion (Thomas: lupasit, että La Paillassen verkkosivut käännetään englanniksi!), joka on biotekniikkalaboratorio, joka perustettiin ilman rahoitusta autotallissa Pariisin esikaupungissa. He tekevät varsin mielenkiintoista tutkimusta (katso esim. tämä artikkeli , jossa käsitellään hänen näkemyksiään DIY-biologiasta). DIY-biologiasta järjestetään myös konferensseja: https://www.synenergene.eu/news-item/paris-conference-what-can-do-it-yourself-biology-do . Mutta milloin DIY-biologia muuttuu biohakkeroinniksi? E. coli-bakteerin muokkaaminen tuottamaan erytropoietiiniä ja sen puhdistaminen sekä ruiskuttaminen itseensä urheilusuorituskyvyn parantamiseksi olisi varmasti biohakkerointia. Mielestäni tuo esimerkki olisi itse asiassa toteutettavissa, kun otetaan huomioon DIY-biologian teknologian nykytaso…

Unicorn 7:n käyttäjien erottelu edellyttää manuaalista toimenpidettä verkkokäyttäjäympäristössä

Mon, 09 May 2016 00:00:00 +0000

Koska käytämme Äkta Avant -laitettamme monikäyttäjäympäristössä, meidän on erotettava eri käyttäjien menetelmät ja tulokset toisistaan. Oletusasetusten mukaan jokainen verkkokäyttäjä voi tällä hetkellä nähdä kaikki menetelmät ja tulokset, jotka joku muu verkkokäyttäjä on tuottanut laitteella. Tämä on merkittävä yksityisyys- ja turvallisuusongelma, sillä pahantahtoinen käyttäjä voisi poistaa (tai vielä pahempaa: muokata) menetelmiä ja tuloksia.Äkta-laitteemme on konfiguroitu siten, että käyttäjät voivat kirjautua Unicorn 7 -tietokoneeseen yliopiston käyttäjätunnuksella ja salasanalla tavallisen Windows-verkkotodennusmekanismin kautta. Jos kuitenkin useat henkilöt jakavat vastuun yhdestä ajosta, tämä järjestely ei ole mahdollinen, sillä heidän pitäisi paljastaa salasanansa toisilleen. Siksi olemme luoneet paikallisen tilin, jota voivat käyttää ne käyttäjät, jotka haluavat jakaa Äkta-laitteen käytön. Windowsiin kirjautumisen jälkeen käyttäjien on vielä kirjauduttava Unicorn 7 -ohjelmistoon, minkä he tekevät yliopiston käyttäjätunnuksellaan ja salasanallaan (“Windows-todennus”). Tässä järjestelyssä jokainen käyttäjä voi nähdä kaikki menetelmät ja tulokset, mikä ei ole hyväksyttävää. Kun uusi käyttäjä määritetään Unicorn-ohjelmistossa (valikko ”Access > Folders”), voidaan määrittää tarkasti, mihin kansioihin kyseisellä käyttäjällä on pääsy, jolloin käyttäjä näkee vain omat menetelmänsä ja tuloksensa. Koska Unicorn 5:n kansiorakenne noudatti Windows-tiedostojärjestelmän kansiorakennetta, käyttäjät pystyivät aina kopioimaan menetelmiä ja tuloksia kansiosta toiseen ja saamaan ne siten käyttöönsä huolimatta Unicorn 5 -ohjelman asettamista rajoituksista.Kun luin ensimmäisen kerran, että Unicorn 7 tukee Windowsin verkkotodennusta, toivoin, että voisimme välttää sen työlään käyttäjien määrittämisen, jonka jouduimme suorittamaan jokaisen käyttäjän kohdalla Äkta Explorerissa. Vaiva jatkuu kuitenkin, sillä käyttöoikeuksien määrittäminen kerran ryhmälle ei takaa käyttäjien eristämistä.Ensinnäkin Unicorn 7:ssä ei voi rajoittaa yksittäisten käyttäjien käyttöoikeuksia, vaan ainoastaan ryhmien käyttöoikeuksia. Meidän piti luoda yksi käyttöoikeusryhmä jokaiselle verkkokäyttäjälle, lisätä verkkokäyttäjä tähän ryhmään, luoda ryhmälle erillinen kotikansio ja sitten rajoittaa kansion käyttöoikeudet tähän kotikansioon. Muutaman käyttäjän kohdalla tarvittiin satoja napsautuksia, sillä oletusasetuksena on, ettei käyttäjällä ole pääsyä mihinkään, ja jokainen käyttöoikeusvalintaruutu on aktivoitava paitsi järjestelmänvalvojan oikeudet. Tässä suhteessa Windows (ja kaikki muut käyttöjärjestelmät) on paljon älykkäämpi kuin Unicorn. Jos yliopiston työntekijä kirjautuu koneelle, johon hän ei ole aiemmin kirjautunut, järjestelmä luo automaattisesti kaiken tarvittavan oletusarvoisen paikallisen kansiorakenteen ja liittää kyseisen käyttäjän yksityisen kotikansion ilman, että hänelle myönnetään pääsyä mihinkään muuhun, mitä muut työntekijät ovat kyseisellä koneella tehneet. Mielestäni tämän pitäisi olla vaihtoehto myös Unicornissa. Ehkä se onkin, enkä vain osaa löytää sitä? Toinen suuri haittapuoli edellä kuvatussa menetelmässä, jossa jokainen käyttäjä erotetaan omaan käyttöoikeusryhmäänsä, on se, että Unicorn-ohjelmaan kirjautuminen muuttuu suureksi koitokseksi: käyttäjänimen ja salasanan kirjoittamisen lisäksi käyttäjän on valittava oikea käyttöoikeusryhmä, jotta kirjautuminen onnistuu. Ja mikä vielä pahempaa: meidän järjestelmässämme emme voi välttää sitä, että jokainen yliopiston työntekijä kuuluu kahteen käyttöoikeusryhmään: manuaalisesti luotuun käyttöoikeusryhmään käyttäjien erottelua varten ja ”oletusryhmään”, joka toimii Windowsin verkkoautentikoinnin kautta – ehkä Kerberos?). Siksi, jos käyttäjät valitsevat oletuskäyttöoikeusryhmän (jota meidän tapauksessamme kutsutaan nimellä ”Users”), he pääsevät kirjautumaan sisään, mutta eivät näe omia menetelmiään ja tuloksiaan.On kaksi syytä, miksi emme voi poistaa ”Users”-käyttöoikeusryhmää: Ensinnäkin se on tiedekunnan määräys, ja toiseksi (ja olemme yrittäneet) emme voi enää poistaa sitä, koska monet ovat jo luoneet menetelmiä ja tuottaneet tuloksia ollessaan ”Users”-käyttöoikeusryhmässä. Näin ollen UNICORN estää meitä poistamasta tätä tiliä. Työstän parhaillaan tätä ongelmaa: minun pitäisi pystyä pääsemään suoraan taustalla olevaan MS-SQL-tietokantaan, jotta voisin muuttaa menetelmien ja tulosten omistajuutta. GE ei kuitenkaan ollut kovin avomielinen, kun kysyin käyttöoikeuksien hallinnasta. Vastaus oli: ”Itsenäisessä UNICORN-ratkaisussa tietokannan käyttöoikeustiedot ovat salattuja eivätkä ne ole julkisia.” Jos sinulla olisi yritysratkaisu (jossa isännöit omaa (SQL Server) -tietokantaasi), sinulla olisi hallintaoikeudet tunnistetietoihin ja teoriassa voisit poimia halutut tiedot (muoto on sellainen, jonka joudut selvittämään itse, emmekä me tue sitä). Voit päivittää ratkaisusi yritysversioon, jos haluat. Tämä kuulostaa pahemmalta kuin se on, koska meillä on fyysinen pääsy MS-SQL-palvelimeen ja käyttöoikeustietojen poimiminen ei vaikuta kovin vaikealta. Mutta minulta vie aikaa löytää haavoittuvuus, jonka avulla voin ”murtautua omaan järjestelmäämme”, ja juuri se ärsyttää minua. GE:n Lisa Bromarkin mukaan 7.0.2-päivitys näyttää kuitenkin korjaavan tämän ongelman: UNICORN voidaan konfiguroida käyttämään uutta tietokantasalasanaa. On mahdollista luoda salattu salasana tai syöttää jo salattu salasana. Tämä tehdään ajamalla UNICORN Service Tool -työkalu UNICORNin asennuksen jälkeen.Päivityksen saaminen on kuitenkin uskomattoman vaikeaa (ainakin se näyttää vievän viikkoja). Jakelu tapahtuu ilmeisesti edelleen optisilla tallennusvälineillä ja postitse. Luulen, että viimeksi hankin ohjelmiston CD- tai DVD-levyltä yli 10 vuotta sitten. GE kertoi minulle kuitenkin, että he ovat juuri siirtämässä UNICORN-ohjelmistopäivityksiä ”sähköiseen jakeluun”. Tervetuloa 21. vuosisadalle!

Hyvää johtajuutta?

Mon, 02 May 2016 00:00:00 +0000

Kun aloitin pää tutkijana Helsingin yliopistossa , minua kehotettiin osallistumaan Henkilöstökoulutuksen järjestämään ”Hyvä johtajuus” -kurssille. Yhdessä 14 muun tutkimusryhmän johtajan kanssa opiskelin marraskuun 2013 ja maaliskuun 2014 välisenä aikana Sanna-Marja Heiminon ja muiden asiantuntijoiden johdolla muun muassa ”taitoja, joilla voi tehokkaasti kehittää, valmentaa, voimaannuttaa ja johtaa muita parhaiden tulosten saavuttamiseksi”.Kurssin päätteeksi meillä oli illallinen Jukka Kolan kanssa, jota pidetään nykyään vastuussa laajamittaisten (ja monien tarkkailijoiden mielestä liioiteltujen) kustannussäästöjen toteuttamisesta , jotka pakotettiin yliopistolle vallitsevien poliittisten voimien määräämien budjettileikkausten seurauksena.En halua tässä keskustella siitä, olivatko tällaiset radikaalit toimenpiteet välttämättömiä vai olisiko vähemmän laaja säästöstrategia riittänyt. Jopa päätös siitä, säästetäänkö vai harjoitetaanko alijäämäistä taloudenpitoa talouden laskusuhdanteessa, ei useimmiten perustu tosiasioihin vaan ideologiaan. Taloustieteessä kovat tiedot lisäksi vaikuttavat muodit ja ajan henki. Siksi ei ole yllättävää, että tunnetut taloustieteilijät ovat eri mieltä alijäämäisen taloudenpidon vaikutuksista. Mutta nyt eksyn aiheesta… Halusin vain ilmaista täydellisen pettymykseni. En säästötoimiin sinänsä, vaan siihen, MITEN säästöt toteutettiin suhteessa niihin ”hyvän johtajuuden” käytäntöihin, joita meitä on kehotettu noudattamaan. Päätöksistä ei keskusteltu riittävän avoimesti. Vieläkin monien irtisanomisten perusteet ovat käsittämättömiä ja kiistanalaisia (ks. esim. tämä artikkeli Suomen suurimmassa sanomalehdessä Helsingin Sanomissa). Koska avoimuus puuttui selvästi, yliopiston ylimmän johdon puheet hyvästä johtajuudesta näyttivät olevan lähinnä pelkkää sanahelinää. En epäile, etteivätkö he ajattelisi yliopiston yleisen edun parasta. Mutta kuka määrittelee yliopiston edun? Useimmat oligarkit määrittelevät sen itse, eikö niin? Siksi ei ole yllättävää, että äskettäisessä työhyvinvointikyselyssä tyytyväisyys yliopistotason strategiseen johtamiseen (rehtorit ja vararehtorit) oli kaikkien aikojen alimmillaan. Jos kysely toistettaisiin nyt, tulokset olisivat todennäköisesti paljon huonompia, varsinkin jos irtisanotuilla olisi vielä sananvaltaa. Huomionarvoista on, että johtoa ei enää luota pelkästään Helsingin yliopiston tavallinen työntekijä. Minusta tuntuu, että epäluottamus leviää nyt tutkijoiden keskuudessa kaikissa uran vaiheissa. Millainen tulevaisuus on mahdollinen tällaisessa tilanteessa? Google nimetään jatkuvasti yhdeksi parhaista amerikkalaisista työpaikoista, ja siellä päätettiin käyttää miljoonia dollareita ja useita vuosia tutkimaan, miten luodaan parhaat työryhmät. Yksittäinen ratkaisevin tekijä tiimin innovaatiotulosten, luovuuden ja tuottavuuden määrittämisessä oli psykologinen turvallisuus ( katso tämä NYT Magazine -artikkeli ). Arvaa, kuinka turvalliseksi yliopiston työntekijät tuntevat olonsa tällä hetkellä. Kun keskustelimme Jukka Kolan kanssa, olin erittäin vaikuttunut hänen selkeästä sitoutumisestaan Helsingin yliopiston kansainvälistämisen edistämiseen. Mietin kuitenkin jo silloin, kuinka realistinen tavoite ”rekrytoida aktiivisesti kansainvälistä huippuhenkilöstöä” on. Nyt näyttää entistäkin epätodennäköisemmältä, että tämä tavoite voitaisiin saavuttaa merkittävällä tavalla, sillä yliopistot ovat alkaneet kokea uuden aivovuodon aallon. Jopa opiskelijatasolla, jossa kansainvälistyminen on edistynyt huikeasti viimeisten 20 vuoden aikana, saatamme nähdä laskua EU:n ja ETA:n ulkopuolisten opiskelijoiden lukukausimaksujen käyttöönoton .

Äkta Avant -fraktiokerääjän toimintaperiaate

Mon, 02 May 2016 00:00:00 +0000

Kun olemme ratkaisseet kaikki Äkta Avant -laitteemme alkuvaikeudet , uskallamme vihdoin antaa asiakkaiden käyttää sitä. Asiakaskuntamme on hyvin monipuolinen: siihen kuuluu niin FPLC:n täydellisiä aloittelijoita kuin kokeneita Äkta Explorer -käyttäjiä (ja kaikkea siltä väliltä). Kun olemme antaneet palautetta GE:lle, näkökulmamme on luonnollisesti painottunut tiettyyn käyttäjäryhmään. Asiakkaiden palveleminen on kuitenkin antanut meille uuden näkökulman, sillä kohtaamme käytettävyysongelmia, joita he eivät pysty ratkaisemaan itse. Haluan tässä mainita vain yhden kompastuskiven, joka on toistuvasti tullut esille: fraktiokerääjän toimintatavan taustalla oleva logiikka. Toisin kuin vanhemmissa järjestelmissä, fraktiokerääjää ei voi nollata manuaalisesti ”ensimmäiseen asentoon” tai mihinkään mielivaltaisesti määriteltyyn asentoon, kuten oli mahdollista esimerkiksi Unicorn 5:n yhteydessä.Meiltä itseltämme kesti melko kauan tottua fraktiokeräysprosessin sisäiseen logiikkaan, ja tarvitsimme ohjausta GE:ltä. Sitä, että järjestelmä ei toimi intuitiivisesti, korostaa se, että jotkut GE:n asiantuntijoilta saamamme vastaukset olivat puutteellisia (mikä johti meille joihinkin ikäviin näytteiden menetyksiin). Lopulta saimme GE:n tukipalvelulta taulukon, joka kuvaa fraktiokerääjän toimintaa (katso alla). Kuitenkin jopa kyseinen taulukko on puutteellinen, ja olemme lisänneet siihen muutaman rivin, jotka kuvaavat joitakin epätyypillisiä tilanteita, joihin taulukko ei tarjoa vastausta. Nämä muutokset ja lisäykset GE:n kuvaukseen on merkitty punaisella.

HiLoad 26/60 Superdex pg -geelisuodatuskromatografiakolonnin suorituskyky

Mon, 11 Apr 2016 00:00:00 +0000

Yleisin käyttämämme proteiinien puhdistustekniikka on geelisuodatus (jota kutsutaan myös kokosuodatuskromatografiaksi). Geelisuodatuksessa proteiinit erotellaan niiden koon perusteella (tai tarkemmin sanottuna niiden ”Stokesin säteen” perusteella, joka määräytyy suurelta osin niiden koon ja muodon mukaan). Suurten proteiinimäärien geelisuodatusta varten hankimme GE Healthcaren HiLoad 26/60 Superdex 200 prep grade noin 9 vuotta sitten (malli 26/60 on korvattu mallilla HiLoad 26/600, mutta molemmat ovat lähes identtisiä). Tällä kolonnilla voidaan erottaa erittäin puhtaasti kaksi proteiinia, joiden kokero ero on 100 %. Siksi se sopii saman proteiinin monomeeristen ja dimeeristen versioiden erottamiseen. Kolonnin ”viimeinen käyttöpäivä” oli maaliskuu 2012. Kokemuksemme mukaan tällainen kolonnin käyttöikä voi asianmukaisessa käsittelyssä helposti olla 10–15 vuotta (emme käytä sitä kovin usein, säilytämme sitä 20-prosenttisessa etanolissa, ja jos emme tarvitse sitä pidempään aikaan, säilytämme sitä +4 °C:ssa).

Python lapsille (ja bioinformatiikan asiantuntijoille)

Sat, 12 Mar 2016 00:00:00 +0000

Aloin opettaa pojalleni ohjelmointia, ja me molemmat nautimme siitä. Aluksi opettelimme hieman HTML:ää ja PHP:tä, koska hän halusi tehdä verkkokyselyn omalle verkkosivustolleen, mutta nyt olemme alkaneet käydä läpi (saksankielistä) kirjaa ”Python für Kids” ( http://python4kids.net ). Valitsin Pythonin, koska se on moderni, helppolukuinen kieli ja nykyään luultavasti suosituin valinta aloitteleville ohjelmoijille. Se on avoimen lähdekoodin kieli, helppo asentaa mihin tahansa järjestelmään, ja sen avulla voi kirjoittaa tehokkaita ohjelmia jo lyhyen oppimisjakson jälkeen. Python for Kids -kirjassa käytetään Turtle -moduulia, joka mahdollistaa graafisen lähestymistavan ohjelmoinnin aloittamiseen. Vasemmalla oleva kuva on yksi tuloksista. Toinen erittäin hyödyllinen Python-opetusresurssi lapsille on Code Club . Python on myös erinomainen valinta biologeille ja bioinformatiikan asiantuntijoille, mutta koska se on monikäyttöinen kieli, et rajoitu tiettyihin tehtäviin. Käytössä on Biopython , joka on erinomainen työkalupaketti DNA- ja proteiinisekvenssien sekä jopa 3D-rakenteiden käsittelyyn.

Kuinka paljon PCR-tuotetta voi saada?

Thu, 10 Mar 2016 00:00:00 +0000

Kuinka paljon PCR-tuotetta tyypillisestä PCR-reaktiosta saadaan? 50–120 ng/µl näyttää olevan tyypillinen tulos, mutta se riippuu suuresti käytetyistä PCR-olosuhteista. Jos alukepitoisuutta on vähennettävä spesifisyyden maksimoimiseksi, saanto voi olla huomattavasti pienempi. Toisaalta, jos spesifisyys ei ole ongelma (esim. joissakin PCR-kloonauksissa), saanto voi olla moninkertainen.Tarkastellaan tyypillistä yhden PCR-reaktion enimmäismäärää, joka on 100 µl. Oletetaan, että spesifisyys ei ole ongelma ja voimme siksi käyttää suuria määriä alukkeita (kumpikin 1 µM) ja dNTP:itä (0,2 µM). Koska jokaisen kaksisäikeisen PCR-tuotteen molekyylin synteesi kuluttaa yhden alukkeen, kaksisäikeisen (ds) DNA-tuotteen teoreettinen suurin moolikonsentraatio on sama kuin alukkeen pitoisuus: 1 µM. 1 µM dsDNA:ta vastaisi 100 pmolia 100 µl:n PCR-reaktiossa. Kuinka paljon se on mikrogrammoina? Se riippuu tietysti PCR-tuotteen pituudesta: esimerkiksi 100 pmol 1000 bp:n dsDNA:ta vastaa 66 µg. Voiko todella saada niin paljon? Ei tässä 1000 bp:n tuotteen esimerkissä. Syynä on se, että DNA:n rakennuspalikat, dNTP:t, loppuvat kauan ennen alukkeita. 1000 bp:n tuotteen tapauksessa vain 40 % alukkeista on käytetty loppuun, kun dNTP:t loppuvat (olettaen, että amplikonin GC:n ja AT:n suhde on 50:50). Yhden 1000 bp:n dsPCR-tuotteen molekyylin valmistamiseen tarvitaan noin 2000 dNTP-molekyyliä. Esimerkissämme 400 bp:n PCR-tuote olisi siis optimaalinen, koska sekä alukkeet että dNTP:t loppuvat samaan tahtiin.Vaikuttaa siltä, että jos haluat saada suurempia määriä pidempiä PCR-tuotteita, sinun pitäisi lisätä dNTP-pitoisuutta. Kuitenkin esimerkissämme, jossa tuotteen pituus on 1000 bp, PCR-tuotteen teoreettinen enimmäismäärä on noin 26 µg, mikä on valtava määrä ja riittää useimpiin sovelluksiin. Verkossa on laskin, jonka avulla voi kokeilla eri alukkeiden ja dNTP-pitoisuuksien sekä tuotteen pituuksien yhdistelmiä: http://www.bioline.com/us/media/calculator/01_14.html

Arvostelu GE Healthcaren Äkta Avant 25 -laitteesta

Wed, 02 Mar 2016 00:00:00 +0000

Noin vuosi sitten saimme rahoitusta tiedekunnan sisäisessä hakukierroksessa vanhan Pharmacia Äkta Explorer 100 FPLC -laitteen Proteiinituotannon ja -puhdistuksen yhteislaitoksessa . Äkta Explorer oli hankittu vuonna 1996(?), kun ruotsalainen tuotemerkki Pharmacia oli vielä olemassa. Vuonna 2014 pahin mahdollinen skenaario toteutui, ja sekä monokromaattori että ksenon-salamalamput rikkoutuivat lähes samanaikaisesti, mikä aiheutti meille lähes 10 000 euron laskun. Siksi halusimme korvata laitteen nykyaikaisemmalla mallilla. Tällä alalla on vain kaksi yritystä, jotka tarjoavat luotettavia laitteita: GE Healthcare ( Äkta-tuotelinja ) ja BioRad ( NGC-tuotelinja ). GE Healthcare peri Äkta-tuotemerkin Pharmacialta useiden fuusioiden kautta, kun taas BioRad on suhteellisen uusi kilpailija NGC-malleillaan, jotka se toi markkinoille vasta muutama vuosi sitten.Päätimme valita Äkta Avant 25 . Halusimme ehdottomasti koteloidun, jäähdytetyn fraktiokerääjän. Halusimme myös tutun käyttökokemuksen. Suoritamme usein automatisoituja puhdistuksia, emmekä halua proteiinejamme olevan pitkiä aikoja huoneenlämmössä avoimissa putkissa, joihin bakteerit ja ilmasta tuleva pöly voivat päästä. Tähän mennessä olemme käyttäneet Äkta Avantia noin puoli vuotta, ja meillä on jo hyvä käsitys siitä, miten se vertautuu Äkta Exploreriin. Vaikka Avant on modernimpi kuin Explorer, kaikki ydinlaitoksemme käyttäjät käyttävät edelleen Exploreria. He ovat tottuneet Unicorn 5.11:n käyttöliittymään eivätkä näytä olevan kiinnostuneita oppimaan Avantin – myönnettäköön – monimutkaisempaa käyttöliittymää. Toinen syy siihen, että laitetta on toistaiseksi käytetty vain sisäisesti, oli kuitenkin se, että olemme kohdanneet melkoisen määrän ongelmia. Vanhan Äkta Explorer -laitteemme kanssa emme ole koskaan kohdanneet niin monia ongelmia niin lyhyessä ajassa peräkkäin. En tiedä, onko tilanteemme tyypillinen (GE Healthcaren edustajien mukaan se ei ole). Siitä huolimatta tässä ovat ongelmat, joita olemme kohdanneet:

Jeltschin laboratorio

Sat, 23 Jan 2016 00:00:00 +0000

Helsingin yliopiston laboratoriomme verkkosivut

Alkion imukudoksen kehitys: keskipakoiset ja keskipakoiset prosessit

Tue, 19 Jan 2016 00:00:00 +0000

Viime vuosisadan alusta lähtien tutkijat ovat kiistelleet imukudosjärjestelmän alkionperäisestä alkuperästä. Jotkut väittivät, että se on kokonaisuudessaan verisuonista kehittynyt (ns. sentrifugaalihypoteesi, jonka varhaisimpia kannattajia olivat Florence Sabin ja Louis-Antoine Ranvier; tätä kasvumekanismia kutsutaan ”lymfangiogeneesiksi”). Toiset puolestaan kannattivat näkemystä, jonka mukaan imusuonet muodostuvat uusina mesenkyymissä olevista esisoluista (ns. sentripetaalinen hypoteesi, jonka varhaisimpia kannattajia olivat George Huntington ja Charles McClure; tätä mekanismia kutsutaan ”lymfavaskulogeneesiksi”). Tämä kiista on jatkunut jo yli vuosisadan ajan, ja useat viime vuosina julkaistut tutkimukset osoittavat, että totuus löytyy jossain näiden kahden näkemyksen väliltä. Tällaisen synteesin oli ehdottanut jo vuonna 1932 van der Jagt. Kenny Mattonet ja minä kirjoitimme lyhyen päivityksen aiheesta, ja voit lukea englanninkielisen version tai saksankielisen alkuperäisversion .

FPLC-proteiinien puhdistuskurssi

Mon, 04 Jan 2016 00:00:00 +0000

Kahdeksan jatko-opiskelijaa ilmoittautui joulukuussa järjestettyyn FPLC-proteiinipuhdistuskurssille . Jos jotain opin, niin sen, että kurssin aikana tehtävä proteiinien puhdistus tulisi AINA suorittaa käyttämällä proteiinia ja menetelmää, joita on aiemmin käytetty menestyksekkäästi LUKUISIA kertoja. Opiskelijoiden tuomat proteiinit ovat erinomainen oppimisen lähde, mutta kurssimuodon aikarajoitukset eivät antaneet meille mahdollisuutta saada näiden proteiinien puhdistusta valmiiksi kurssin aikana.Uuden Äkta Avant 25:n tekniset ongelmatLisäksi Äkta Avant 25 , jonka ostimme GE Healthcarelta tänä kesänä, rikkoutui KAKSI KERTAA kurssin aikana. Ensin ohjaus tietokone rikkoutui (RAID-vika). HP toimitti korvaavan kiintolevyn 24 tunnin kuluessa, ja kun RAID oli palautunut, pystyimme jatkamaan kurssia. Kuitenkin ensimmäisen tämän vian jälkeisen ajon aikana Äkta-laitteessa ilmeni ylipaineongelma. Tunnistimme syyksi viallisen virtauksenrajoittimen , mutta emme halunneet jatkaa, koska aiemmissa ajoissa oli ollut vakavia ongelmia ilmakuplien kanssa. Siksi suoritimme ajot vanhalla Äkta Explorer 100 -laitteella. GE Healthcare lähetti nopeasti huoltoteknikon tarkastamaan järjestelmän, mutta koska hänellä ei ollut varaosaa mukanaan, jouduimme odottamaan maanantaihin 14.12. asti, kunnes Äkta Avant oli jälleen täysin toimintakunnossa.Mitä puhdistimme: liukoinen VEGFR-3 (VEGFR-3/Fc) ja HepsinPuhdistimme liukoista ihmisen VEGF-reseptoria 3 (sen solunulkoisen domeenin kolme ensimmäistä domeenia, jotka on liitetty ihmisen IgG:n vakio-Fc-osaan). Tämä on puhdistus, jonka olemme tehneet monta kertaa. Se vastaa vasta-aineiden puhdistusta proteiini A-sefarosella.Olimme valmistaneet etukäteen konditionoidun soluviljelyväliaineen. Tuotamme suurimman osan proteiineistamme hyönteissoluissa (pääasiassa Drosophila S2), ja S2-solut olivat erittäneet VEGFR-3/Fc:n väliaineeseen sen jälkeen, kun metallotioneiinin promoottoria oli indusoitu 1 mM:n Cu2+-pitoisuudella noin 4,5 päivän ajan. Puhdistukseen tarkoitetun väliaineen valmistelu koostuu ainoastaan 1) solujen poistamisesta sentrifugoimalla ja 2) suodattamisesta saostumien ja muiden pienten hiukkasten poistamiseksi, jotka saattaisivat tukkia kolonnin. pH:ta ei tarvitse säätää.Nopea neutralointi matalan pH:n eluution jälkeen ON TÄRKEÄÄJuoksutimme väliaineen kertakäyttöisen 5 ml:n HiTrap-rekombinanttiproteiini A -kolonnin läpi yön noin 1 ml/min nopeudella ja eluoimme matalan pH:n puskurilla. Eluoidut 2 ml:n fraktiot neutraloitiin välittömästi 400 µl:lla 1 M Tris-liuosta (pH 8,5). Tässä vaiheessa teimme pienen virheen toisen puhdistuksen aikana. GE Healthcare ei ollut vielä tuonut markkinoille kasetteja 5 ml:n keräysputkille (eivätkä ole vieläkään tehneet niin, vaikka lupasivat ne jo syyskuuksi 2015), joten käytimme 15 ml:n Falcon-putkia 2 ml:n fraktioiden keräämiseen; niihin olimme etukäteen annostelleet 400 µl neutralointiliuosta. Sekoittuminen näissä putkissa ei kuitenkaan ollut tehokasta, ja pitkäaikainen altistuminen matalalle pH-arvolle johti proteiinimme osittaiseen vaurioitumiseen. Tämä näkyy, kun verrataan ryhmän 2 ja ryhmän 4 kokojakokromatogrammeja: Ryhmässä 4 ensimmäinen piikki (aggregaatti) on paljon suurempi ja heterogeenisempi verrattuna ryhmän 2 vastaavaan piikkiin. Itse asiassa, kun VEGFR-3/Fc eluoidaan matalalla pH:lla proteiini A -kolonneista, se saostuu aina suuremmilla pitoisuuksilla pian eluution jälkeen, mutta liukenee jälleen neutraloinnin yhteydessä. Tätä ei tapahtunut fraktioissa 5.A.3 ja 5.A.4 (ryhmä 4), koska eluaatin ja neutralointipuskurin sekoittuminen 15 ml:n Falcon-putkessa oli tehotonta (myös 2 ml:n fraktiokoko oli todennäköisesti syynä; 1 ml olisi ollut parempi). Ryhmän 2 ajon aikana poistimme putket heti ajon päätyttyä ja sekoitimme siten puskurit, kun taas ryhmän 4 osalta ajo päättyi yöllä ja eluaatti pysyi suurelta osin sekoittumattomana aamuun asti.Vaihtoehtoisesti olisimme voineet eluoida erittäin väkevällä kaootrooppisella suolalla lähes neutraalissa pH:ssa (mitä teemme seuraavalla kerralla, jos meillä on automatisoitu ajo, jossa eluointi tapahtuu keskellä yötä). Pierce tarjoaa (patentoidun) ”hellävaraisen” eluointipuskurin , jonka pH on 6,6. En tiedä Piercen puskurin koostumusta, mutta se on erittäin tiheä liuos jostakin kaootrooppisesta suolasta. 3 M kalium-/natriumtiosyanaattia tai 4 M magnesiumkloridia puskuroiduissa liuoksissa, joiden pH on noin 7, käytetään usein kaootrooppisina suoloina tähän tarkoitukseen. Hepsin Opiskelijoiden toimittamat proteiinit olivat haastavia. Ensinnäkin niiden pitoisuudet lähtöaineessa olivat hyvin alhaiset. Vaikka proteiini näkyy selvästi, kun VEGFR-3/Fc-konditionoitu elatusaine ajetaan PAGE-geelillä ja värjätään Coomassie-värillä, Hepsinille ei näy tällaista kaistaa. Lisäksi näytti siltä, että merkittävä osa proteiinista ei (enää) sisällä histagiinia, minkä vuoksi sitä ei saata talteen ensimmäisessä puhdistusvaiheessa. Se osa Hepsin-H6:sta, joka sitoutuu Ni2+-sefarosiin, eluoituu jo 20 mM:n imidatsolipitoisuudella, mikä vaikeuttaa kolonnin pesua. Hepsin, jossa on pidempi histagiini (H10), selviää 20 mM:n imidatsolipesusta, mutta sen ilmentymistasot ovat myös alhaiset. Alla on yksittäisten ajojen kromatogrammit ja merkityt kuvat Coomassie-värjätyistä PAGE-geeleistä. Äkta Avant 25:n käytön yksityiskohtainen ohje on vielä valmistumassa…

SnapGene – Yksinkertaisesti paras DNA:n käsittelyohjelmisto

Fri, 01 Jan 2016 00:00:00 +0000

Laboratoriossamme on käytetty erilaisia ohjelmistopaketteja DNA-rakenteiden suunnitteluun, dokumentointiin ja visualisointiin. Niistä, joista olemme jo pitkään pitäneet erityisen paljon, ovat Textcon GeneConstructionKit (GCK) ja Clone Manager (Professional) . Jälkimmäinen toimii valitettavasti vain Windowsissa. Koska useat tietokoneistamme käyttävät kuitenkin Ubuntu Linuxia , käytimme GCK:n versioita 2.5 ja 3 WINE:n -ohjelmalla (yhteensopivuuskerros, jonka avulla voimme käyttää alkuperäisiä Windows-ohjelmia Linuxissa). Päivityksen myötä versioon 4 GCK muuttui kuitenkin WINE:n alla käyttökelvottomaksi hitaudeksi, joten aloimme etsiä sille korvaajaa. Otimme yhteyttä GCK:n kehittäjiin, mutta he eivät ilmeisesti olleet halukkaita tai kykeneviä auttamaan meitä. Oletan, että GCK:n koodipohja on luultavasti yli 20 vuotta vanha, ja siksi kukaan ei uskalla koskea siihen. Juuri tuolloin SnapGene julkaistiin, ja se täytti lähes kaikki vaatimuksemme:

Tunne oikeutesi

Thu, 19 Nov 2015 00:00:00 +0000

Acatiimi -lehden artikkelisarjassa Suomen yliopistotutkijoiden ja -opettajien liiton (FUURT) edustaja Mia Weckman esitteli Suomen oikeusjärjestelmää ja työelämää koskevaa lainsäädäntöä. Sarja oli suunnattu erityisesti ulkomaalaisille uusille työntekijöille ja kirjoitettu englanniksi, joten se on yksi harvoista tietolähteistä, jos et osaa suomea. On kuitenkin syytä muistaa, että paperi ja näytöt eivät punastu. Monet säännöistä on kehitetty perinteisiä työpaikkoja varten, ja ne sopivatkin hyvin niihin, mutta eivät niinkään akateemiseen tutkimukseen, joka kukoistaa parhaiten innostuksen ja omistautumisen voimalla, ei velvollisuudentunteen. Koska olemme kuitenkin kaukana tästä ihanteesta, sinun on hyvä tuntea oikeutesi. Tässä ovat aiheet ja linkit:

8 parasta tiedepodcastia, joita kannattaa kuunnella

Wed, 11 Nov 2015 00:00:00 +0000

Tässä on 8 suosikkipodcastiani, jotka on suunnattu tutkijoille (mutta eivät ole tarkoitettuja pelkästään heille). Kokeile niitä: ne ovat viihdyttäviä ja pitävät sinut ajan tasalla tieteen yleisestä kehityksestä. Jos keskityt liian kapeaan erikoisalaasi, ajattelusi kapenee. Monet johtavat tiedelehdet ovat hypänneet mukaan podcast-buumiin (esim. Science Magazine Podcast , Nature Podcast ), mutta nautin eniten aidoista podcasteista, jotka loivat tiedepodcast-genren. Kuunteluaikaan on rajansa (minulla se on yksi tunti päivässä pyörämatkalla töihin), ja esittelen tässä muutamia, joita kuuntelen mielelläni, mutta jotka eivät tällä hetkellä mahdu säännölliseen kuunteluohjelmaani. Järjestyksessä henkilökohtaisen mieltymykseni mukaan alenevassa järjestyksessä:

Indeksointi

Tue, 03 Nov 2015 00:00:00 +0000

On olemassa lukuisia tietokantoja, jotka tallentavat ja analysoivat tieteellisiä julkaisuja . “Indeksointi” tai “luettelointi” tarkoittaa lehden osalta yksinkertaisesti sitä, että jokin näistä tietokannoista sisältää kyseisessä lehdessä julkaistut artikkelit. On tärkeää huomata, että useat näistä tietokannoista sisältävät myös kunkin artikkelin viittaustiedot; siksi niitä kutsutaan usein lehtien viittaustietokannoiksi. Koska tällaisia tietokantoja on paljon, käytännössä jokainen lehti on ”luettelossa” jossain, ja jos haluat saada lehtesi luetteloon, on olemassa useita ohjeita, esim. Lehtesi indeksointi . Elämäntieteiden alalla on kuitenkin muutamia tietokantoja, jotka ovat huomattavasti tärkeämpiä ja arvovaltaisempia kuin muut. Kolme suurinta ovat MEDLINE , Web of Science ja Scopus . Miten nämä kolme tietokantaa eroavat toisistaan? On selvää, että tärkeimmät lehdet löytyvät kaikista kolmesta. Vähemmän merkittävät lehdet ja muilla kielillä kuin englanniksi julkaistavat lehdet saattavat kuitenkin löytyä vain yhdestä tai kahdesta näistä kolmesta. Tietokannoilla on erilaiset lehtien valintaperusteet (katso alla), ja valikoima muuttuu jatkuvasti. MEDLINE MEDLINE on ei-kaupallinen tietokanta, jota ylläpitää yhdysvaltalainen National Library of Medicine ylläpitää, ja lehtien valinta tapahtuu NIH -valvonnassa. MEDLINE ja erityisesti sen verkkoportaali PubMed ovat poikkeuksellisia, koska ne ovat kaikkien saatavilla ilmaiseksi. Itse asiassa PubMed on luultavasti ainoa avoin akateeminen bibliografinen tietokanta, jota kuka tahansa voi käyttää ilmaiseksi luonnontieteellisen kirjallisuuden tutkimiseen. MEDLINE indeksoi tällä hetkellä 5620 lehteä.Web of Science Web of Science koostuu useista tietokannoista, joita ylläpiti aiemmin Institute of Scientific Information (ISI), ennen kuin se myytiin Thomson Scientific & Healthcare -yhtiölle (nykyisin Thomson Reuters ). ISI:n perusti Eugene Garfield , jota pidetään bibliometrian ja tieteenmetriikan isänä. Web of Science indeksoi tällä hetkellä 13 762 lehteä (yhdistettynä Arts & Humanities-, Expanded Science- ja Social Sciences Citation Index -indekseihin).ScopusToinen kaupallinen lehtitietokanta on Scopus , jonka omistaa Elsevier , suurin tieteellisten lehtien kustantaja. Scopus on näistä kolmesta tietokannasta suurin, ja se kattaa huomattavasti enemmän lehtiä kuin muut kaksi. Joidenkin mielestä tämä johtuu hieman väljästi sovelletuista lehtien valintaperusteista ( http://www.issi2015.org/files/downloads/all-papers/1198.pdf) . Myös kaupallisten tietokantojen lehtien valinnan riippumattomuudesta on käyty keskustelua. Loppujen lopuksi PlosOne-lehdessä julkaistun tutkimuksen mukaan viisi yritystä hallitsee yli puolta kaikesta akateemisesta julkaisutoiminnasta, ja Elsevier hallitsee noin 25 % markkinoista ( http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0127502) . Scopus indeksoi tällä hetkellä yli 22 000 lehteä. Tietokantoja ja viittausmääriä on verrattu keskenään (esim. täällä ). Yksi tietokanta, jonka olen jättänyt mainitsematta, on Google Scholar . Vaikka Google Scholarin ilmainen saatavuus ja sen laajempi lähestymistapa vaikutuksen mittaamiseen tarjoavat etuja verrattuna Web of Scienceen tai Scopukseen, Google Scholar ei – samoin kuin yleinen Google-hakukone – ole kovin avoin siitä, mitä lehtiä ja lähteitä sen haku kattaa. Mielestäni tämä on suuri haittapuoli, mutta toisaalta Googlen on todennäköisesti jatkuvasti hienosäädettävä algoritmiaan väärinkäytön estämiseksi. Jos haluat tietää lisää Google Scholarista viitetietokantana, suosittelen tätä artikkelia . LehtiluettelotMEDLINE: ftp://ftp.nlm.nih.gov/online/journals/lsi2015.xml,http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nlmcatalog?cmd=historysearch&querykey=1 (tällä hetkellä indeksoitu)http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nlmcatalog/?term=reportedmedline (kaikki)Web of Science/Thomson Reuters: http://ip-science.thomsonreuters.com/mjl/Scopus : https://www.elsevier.com/__data/assets/excel_doc/0015/91122/title_list.xlsx Lehtien valintaperusteetMEDLINE: https://www.nlm.nih.gov/pubs/factsheets/jsel.htmlWeb of Science/Thomson Reuters: http://wokinfo.com/essays/journal-selection-process/Scopus : https://www.elsevier.com/__data/assets/pdf_file/0006/95118/SC_FAQ-content-selection-process-22092014.pdf

Tämän vuoden Nobel-palkinnot

Mon, 12 Oct 2015 00:00:00 +0000

Kolme tämän vuoden Nobel-palkinnoista myönnettiin aiheista, joiden parissa työskentelemme: Lääketieteen palkinnon jakoivat Youyou Tu sekä William Campbell ja Satoshi Ōmura. Campbell ja Ōmura saivat osuutensa loislääkkeen kehittämisestä, joka tehoaa suolinkaisiin (nematodeihin), jotka aiheuttavat jokisokeutta, lymfaattista filariaasia ja muutamia muita sairauksia. Lymfaattista filariaasia aiheuttavat sukkulamadot (kuten Brugia malayi) elävät imukudosjärjestelmässä. Monet sukkulamadot ilmentävät VEGF-C:n kaltaista molekyyliä, mutta tämän loisen VEGF-C:n merkitystä sukkulamadon elinkaaren kannalta ei ole koskaan tutkittu. Kemian palkinnon jakoivat Tomas Lindahl, Paul Modrich ja Aziz Sancar saivat sen DNA:n korjautumista koskevista mekanistisista tutkimuksistaan. Kokeilemme parhaillaan tällaisia mekanismeja, erityisesti sytidiinin deaminaatiota, jota hyödynnämme mutaatioiden tuottamiseksi tarpeen mukaan. Kun sytidiini muuttuu uraciliksi (mikä voi tapahtua spontaanisti tai entsyymin välityksellä), uracil-DNA-glykosylaasi (UNG) -entsyymi poistaa uracil-emäksen. Sitten toinen entsyymi (apuriininen/apyrimidiininen endonukleaasi) katkaisee selkärangan 5’-puolella emäksettömästä kohdasta, ja DNA-polymeraasi beeta leikkaa pois emäksettömän sokeri-fosfaattijäämän ja lisää sytosiinin, jolloin vaurio korjautuu. Kolmas palkinto on taloustieteen palkinto, joka myönnettiin Angus Deatonille. ”Hän oli edelläkävijä yksilöllisen dynaamisen kulutuskäyttäytymisen analysoinnissa yksilöllisten epävarmuustekijöiden ja likviditeettirajoitteiden olosuhteissa.” (lähde: Royal Academyn ennakkotiedote PDF . Vapaasti käännettynä: Hän tutki, miten ihmisten kulutuskäyttäytyminen muuttuu epäsäännöllisten ja riittämättömien tulojen edessä. Tämä kuvaa varsin hyvin laboratoriomme taloudellista tilannetta, ja me todellakin työskentelemme tämän ongelman parissa, sillä tiede ilman rahaa ei toimi.

Vaikea alku

Wed, 26 Aug 2015 00:00:00 +0000

PÄIVITYS: Kysyin Akatemialta Akatemian professuurien rahoitusosuuksia, mutta näitä virkoja on niin vähän, ettei kyseisistä tiedoista saa mitään käyttökelpoisia tilastotietoja. Sain Akatemialta hyvin avoimen vastauksen (joka sisälsi myös pyytämäni luvut). Päätös leikata rahoitusta ensisijaisesti postdoc-tutkijoilta oli akatemian tietoinen valinta, jolla pyrittiin säilyttämään kilpailukykyisen tutkimuksen edellytykset projekteille ja akatemian tutkimusapulaisille. Suuntaus siirtää rahoitusta nuoremmilta tutkijoilta vanhemmille näyttää kuitenkin olevan yleinen, ja se on jatkunut Yhdysvalloissa jo puoli vuosisataa (ks. esim. täältä: http://metamodern.com/2009/11/27/great-science-great-scientists-and-icons/ tai täältä: http://nexus.od.nih.gov/all/2012/02/13/age-distribution-of-nih-principal-investigators-and-medical-school-faculty/) . Tulevaisuutemme riippuu uusista ideoista ja innovaatioista. En ole varma, onko totta, että nuoremmat tutkijat tuottavat enemmän uusia ideoita ja innovaatioita, kuten edellä mainitussa blogikirjoituksessa väitetään ( http://metamodern.com/2009/11/27/great-science-great-scientists-and-icons/) , mutta jos asia on näin, rahoituksen siirtäminen pois heiltä olisi pitkällä tähtäimellä huono idea. Suomen Akatemian rahoittaman tutkimuspaikan saaminen on yhä vaikeampaa. Eniten minua huolestuttaa se, että säästöt kohdistuvat akateemisen uraportaikon ”alempaan” päähän: postdoc-tutkijapaikkojen hakujen hyväksymisaste on heikentynyt eniten, kun taas Terveystutkimusneuvostossa Akatemian hankkeiden rahoitus on pysynyt suurelta osin ennallaan. Tänä tiistaina Suomen Akatemia esitteli nämä luvut lääketieteellisen tiedekunnan Ask & Apply -tapahtumassa, joka koski syyskuun rahoitushakukierrosta. Myös Akatemian tutkijatoimien rahoitusta leikattiin, mutta huomattavasti vähemmän kuin postdoc-tutkijoiden rahoitusta. Kummallista kyllä, esityksestä puuttuu Akatemian professuurien hakujen hyväksymisaste. Viittaako tämä sukupolvien väliseen konfliktiin, jossa vakiintuneet tutkijat yrittävät menestyksekkäästi varmistaa itselleen hupenevat resurssit? Jotta voisin tehdä johtopäätöksiä, minun pitäisi tietää Akatemian professuurien hakujen hyväksymisaste ja myönnetyt summat.

Imukudosjärjestelmän sairaudet (Diseases of the Lymphatic System)

Wed, 05 Aug 2015 00:00:00 +0000

Kirjan Erkrankungen des Lymphgefäßsystems (Imukudosjärjestelmän sairaudet) kuudes painos on ilmestynyt. Kyseessä on saksankielinen oppikirja, jonka viidennen luvun (Primaarisen lymfedeeman geneettiset syyt) ovat kirjoittaneet Kenny Mattonet, Jörg Wilting ja minä. Voit hankkia sen täältä , sillä Amazon myy edelleen vanhaa, viidettä painosta. Jos sinulla on todella hyvä syy, miksi sinun pitäisi saada yksi ilmaiseksi, lähetä minulle sähköpostia! Minulla on muutama kappale.

Neon-elektroporaatiolaite pettää

Tue, 04 Aug 2015 00:00:00 +0000

PÄIVITYS: Emme ole ainoita, jotka pyrkivät säästämään toimintakustannuksissaan. Tämä laboratorio julkaisi Neon-järjestelmällä tekemänsä kokeet lehdessä Analytic Biochemistry . Kiitos Joachim Goedhartille ( @joachimgoedhart ), joka toi tämän tietoon! Neon-transfektiolaite valmistajalta Life Technologies (oho, nykyään Thermo Fischer ja aiemmin Invitrogen ) tuotiin markkinoille noin viisi vuotta sitten. Se on suunniteltu nisäkässolujen helppoon elektroporointiin. Laite on ollut käytössämme vuodesta 2011 lähtien, mutta sitä ei ole juurikaan käytetty. En tiedä, johtuuko laitteen vähäinen käyttö sen käyttäjäepäystävällisyydestä (en vieläkään osaa kiinnittää elektrodin kärkeä pipettiin, vaikka olen tehnyt tämän satoja kertoja, mekaniikka on vain todella hankalaa), kalliista käyttökustannuksista (kertakäyttöisistä kullatuista elektrodeista ja valmistajan omasta transfektiopuskurista) vai jostakin muusta, jota en osaa selvittää. Haluaisin kuitenkin jakaa muutaman asian, sillä verkosta löytyy vain vähän todella hyödyllistä tietoa Neon-laitteesta.Ensimmäinen asia, josta meillä oli jatkuvasti ongelmia, olivat elektrodikärjessä olevat ilmakuplat, jotka johtavat katastrofaalisesti alhaiseen elektroporointitehokkuuteen. Ainoa tapa todella estää tämä on valmistaa vähintään 25 % enemmän solususpensiota kuin mitä tosiasiassa tarvitaan. Jos valmistat vain 10 % enemmän, viimeisessä elektroporoinnissa syntyy varmasti kipinöintiä väistämättömien ilmakuplien vuoksi (solususpensio tarttuu lisäksi helposti pipetin kärjen ulkopintaan, mikä lisää tarvetta valmistaa enemmän kuin todellisuudessa tarvitaan). Tämän seurauksena elektroporointipuskuri R loppui meiltä kauan ennen kuin pipetin kärjet loppuivat. Lisäksi puskuria R ei voi ostaa erikseen. Life Technologiesin edustaja, jonka kanssa olin yhteydessä, lupasi lähettää meille pienen erän pipetin kärkiä ja puskuria hyvän tahdon eleenä (se oli tammikuussa), mutta odotamme yhä niiden saapumista…Valitettavasti vanha Gene Pulser II -elektroporaatiolaite rikkoutui äskettäin. Bio-Rad ei enää korjaa sitä eikä myöskään toimita varaosia. Sitä käytettiin pääasiassa E. coli:n elektroporointiin. Tiesin, että Neon-laitetta ei ole suunniteltu E. coli:n elektroporointiin. Miksi ei, ja miksi sitä ei voi käyttää tähän tarkoitukseen? Kävi ilmi, että sähkökentän voimakkuus ei riitä läheskään E. coli:lle (BioRad Gene Pulser II:ssa tyypillisessä bakteerien elektroporoinnissa saavutetaan 12,5 kV/cm:n sähkökenttä, kun taas Neon saavuttaa hädin tuskin noin 850 V/cm). Kuitenkin (ajattelin), Neon pystyy tuottamaan paljon pidempiä pulsseja kuin Gene Pulser II (Neonin mainostetaan pystyvän tuottamaan jopa 100 ms:n pulsseja, kun taas Gene Pulser II:n tyypillinen pulssin pituus on noin 5 ms). Tämän lisäksi Neon pystyy lähettämään automaattisesti useita pulsseja. Halusin siis testata, voiko pitkä ja/tai toistuva pulssi, jonka kenttävoimakkuus on pienempi, transfektoida E. coli -bakteeria. Kävi kuitenkin ilmi, että kun E. coli:n transfektiopuskurina käytetään vettä (tai 10-prosenttista glyserolia) – kuten yleensä tehdään – laite ilmoittaa, ettei kärkielektrodi ole kosketuksessa. Tämä johtuu siitä, että laite tarkistaa, onko kärki asetettu oikein, lähettämällä pienen virran järjestelmän läpi, eikä virta kulje, jos E. coli on suspendoitu veteen. Jotta laite ”hyväksyisi” asetetun pipetin kärkielektrodin, tarvitaan 10–20 mM NaCl:ää. Käytin siis 15 mM natriumkloridia E. coli:n elektroporointipuskurina ja asetin elektroporointiparametrit arvoihin 2500 V ja 100 ms. Yllätys: Laite kieltäytyy antamasta tällaista pulssia, koska se on ”tehorajan yläpuolella!”. Suurin pulssin kesto, jonka se voi tuottaa 2500 V:n jännitteellä, on 19 ms. Valitettavasti edes tätä pulssia ei voida antaa automaattisesti useita kertoja (jälleen: ”tehorajan yläpuolella!”). Siksi suoritin tämän pulssin manuaalisesti 1–20 kertaa, mutta yksikään bakteeri ei saanut DNA:ta ja kaikki bakteerilevyt jäivät tyhjiksi. Käyttöohjeessa todetaan: `”Neon TM -laite on suunniteltu hyväksymään vain tiettyjä arvoja, ja kunkin arvon raja-arvot on lueteltu alla. Jos syöttämäsi arvo ylittää enimmäisarvon, näyttöön tulee virheilmoitus. Syöttöjännitealue: 500–2 500 V. Syöttöpulssin leveysalue: 1–100 ms. Syöttöpulssien lukumääräalue: 1–10.” Valitettavasti tämä voidaan ymmärtää hyvin helposti väärin. Minulle ei ollut selvää, ettei näiden alueiden sisällä olevia kolmea parametria voi yhdistellä vapaasti. Luulisi, että Life Technologylla olisi parempia teknisiä kirjoittajia (mutta ehkä he eivät käytä laitetta…). Johtopäätös: Laite on täysin käyttökelvoton mihinkään muuhun kuin nisäkässoluihin. Myös jotkut muut mielenkiintoiset sovellukset (kuten sukkulamatojen tai muiden pienten eliöiden elektroporaatio) ovat vaikeita tai mahdottomia. Vaikka laite saattaa olla hyvä valinta monille nisäkässoluille, se on paljon rajoitetumpi kuin vanhanaikainen BioRad Gene Pulser II. P.S.: Käytin puskuria E pipettiaseman täyttämiseen (käytettäväksi 10 µl:n kärkien kanssa). Testasin kuitenkin puskurin E sijaan myös seosta, jossa oli 90 % 150 mM natriumkloridia ja 10 % glyserolia (joka antaa saman johtavuuden kuin puskuri E). Haluaisin kuitenkin edelleen todella tietää puskurin R koostumuksen. Miksi? Koska uskon, että kärkielektrodeja voidaan kierrättää useammin kuin vain kaksi kertaa (muut pipettikärkielektrodien valmistajat mainostavat, että heidän elektrodejaan voidaan kierrättää paljon useammin (esim. BactoZapper , vaikka hekään eivät anna tarkkoja lukuja). Neonin käyttöohjeessa todetaan, että ”jos kärkiä käytetään useammin kuin kaksi kertaa, männän pinnalle voi muodostua oksidia, mikä heikentää männän elektrodin toimintaa”. Elektrodi on kullattu, ja kullan pitäisi kestää oksidien muodostumista paremmin kuin BactoZapperin ruostumattomasta teräksestä valmistetut elektrodit…

Lymfangiogeneesi terveydessä ja sairaudessa

Thu, 11 Jun 2015 00:00:00 +0000

Ladattavat tiedostot

Lataa esitys PDF-muodossa.

Lataa PDF

Parhaan artikkelin palkinto

Fri, 01 May 2015 00:00:00 +0000

[

![](/sites/]( http://www.med.helsinki.fi/english/news/2015/20150505_Jeltsch.html)Olemme voittaneet Circulation-lehden vuoden 2014 Best Paper Award -palkinnon perustieteen kategoriassa. Circulation on johtava kardiologian alan lehti ja American Heart Associationin virallinen julkaisu. Jo artikkelin julkaisuhetkellä (otsikolla [/files/files/Jeltsch%20et%20al.%20-%202014%20-%20CCBE1%20Enhances%20Lymphangiogenesis%20via%20A%20Disintegrin.pdf">”CCBE1 Enhances Lymphangiogenesis via A Disintegrin and Metalloprotease With Thrombospondin Motifs-3–Mediated Vascular Endothelial Growth Factor-C Activation”](/sites/<?php print $_SERVER[)), oli selvää, että se mullisti merkittävästi käsityksemme VEGF-C-kasvutekijästä , ja se esiteltiin [Open Heart] -lehdessä(http://openheart.circulationjournal.org/2014/05/michael-jeltsch-phd-and-kari-alitalo-md.html). Artikkeli tarjoaa useita uusia oivalluksia:

Seuraa meitä Google+:ssa ja tue syöpätutkimusta!

Fri, 17 Apr 2015 00:00:00 +0000

Tämä on kutsu teille kaikille seurata laboratoriomme uusia Google+-sivuja. Tämä on teidän tilaisuutenne tukea syöpätutkimusta. Tarvitsette Google+-tilin, jotta voitte seurata meitä: https://plus.google.com/101997423182393816561

Tieteellisten artikkeleiden kirjoittaminen saksaksi – ajanhukkaa?

Wed, 08 Apr 2015 00:00:00 +0000

Se tuntuu meistä oudolta, mutta sata vuotta sitten tieteen yhteinen kieli oli saksa. Vaikka entinen pomoni Kari Alitalo oli varoittanut minua, kirjoitin vuonna 2013 kaksiosaisen katsauksen lymfangiogeneesistä saksaksi ja olin järkyttynyt huomatessani, ettei sitä ollut sen jälkeen siteerattu lainkaan. Jotta se olisi saatavilla laajemmalle yleisölle, olemme nyt kääntäneet sen englanniksi. Kun otetaan huomioon, että keskimääräinen artikkeli saa noin neljä viittausta , meidän tarvitsee tulla viitatuksi vain viisi kertaa ollaksemme keskiarvon yläpuolella…

Streptomysiinin ja spektinomysiinin vastustuskyky

Sun, 11 Jan 2015 00:00:00 +0000

Monet ORFeome-geenikokoelman cDNA-kloonit toimitetaan pENTR223.1-plasmidissa*. Näiden kloonien viljelyyn useimmat käyttävät spektinomysiiniä, koska niin antibioottiresistenssigeeni on nimetty ORFeome-yhteistyön kartoissa ja koska protokolla sitä edellyttää. Kirjallisuutta tarkemmin tarkasteltaessa käy kuitenkin ilmi, että sama valintamarkkeri toimisi yhtä hyvin myös streptomysiinillä. No, mikä on ero? Pääasiassa hinta: kun 5 grammaa Sigma-valmistajan spektinomysiiniä maksaa täällä Suomessa 112,7 € (Sigma 85555-5G) , sama määrä streptomysiiniä maksaa vain 17,80 €, eli se on yli kuusi kertaa halvempaa (Sigma S6501-5G) .pENTR223.1:n resistenssigeeni on aminoglykosidi-adenyylitransferaasigeeni aadA (streptomysiini 3’’(9)-O-nukleotidyylitransferaasi; aminoglykosidi 3"-adenyylitransferaasi (AAD(3”)(9); ANT(3”)(9)), joka antaa resistenssin sekä spektinomysiinille että streptomysiinille. On kuitenkin olemassa samankaltaisia aminoglykosidi-adenyylitransferaaseja, jotka eivät anna resistenssiä molemmille antibiooteille, vaan vain jommallekummalle. Siksi sinun on tiedettävä tarkalleen, mitä spektinomysiiniresistenssigeeniä plasmidi kantaa, jos haluat korvata spektinomysiinin halvemmalla streptomysiinillä. Plasmidikartat eivät useinkaan ole avuksi: olen nähnyt, että pENTR223.1:ssä oleva aadA-geeni on merkitty SmR:llä (streptomysiiniresistenssi, kuten SnapGenessä) tai SpnR:llä (spektinomysiiniresistenssi, kuten ORFeome-kokoelman kartoissa).Testatakseni kokeellisesti, vahvistaako pENTR223.1 resistenssin molemmille antibiooteille, viljelin insertin sisältävää pENTR223.1-plasmidia 100 µg/ml:n spektinomysiini- ja 100 µg/ml:n streptomysiinipitoisuudessa, ja se kasvoi hyvin molemmissa olosuhteissa, kun taas transformoimaton emokanta E. coli (NEB5-alpha) ei kasvanut kummassakaan. Erot eivät kuitenkaan ole aina selkeitä, kun tarkastellaan näiden antibioottien eri pitoisuuksia. Streptomysiiniä/spektinomysiiniä inaktivoivat aminoglykosidi-adenyylitransferaasit ovat substraattispesifisiä, mutta eivät yksinomaan. Tämä tarkoittaa, että jonkin verran resistenssiä matalalle streptomysiinipitoisuudelle voi johtua aminoglykosidi-adenyylitransferaasista, joka kohdistuu ensisijaisesti spektinomysiiniin (tai päinvastoin). Käytännössä jotkut niistä ovat kuitenkin riittävän eksklusiivisia, jotta ne voidaan luokitella joko SmR- tai SpnR-tyyppisiksi. Jos haluat tietää, voit aina kokeilla sitä… Toinen asia, jonka opin tätä tehdessäni, on se, että negatiivinen valintamarkkeri ccdB EI TOIMI XL1 Blue -kannassa, kun taas se toimii NEB5-alpha-kannassa. Ilmeisesti ccdB ei toimi myöskään DH5alpha- ja JM109-kannoissa (mikä ero on DH5alpha- ja NEB5alpha-kannoilla?).* pENTR-223.1:tä kutsutaan myös nimillä pDONR-223.1 tai pENTR223.1-Sfi, koska inserttiä reunustavat kaksi SfiI-kohtaa. Ihmiset kutsuvat plasmidiä yleensä pDONR:ksi ennen cDNA:n lisäämistä ja pENTR:ksi, jos plasmidi sisältää cDNA:n. Tämä käyttötapa ei kuitenkaan ole yleispätevä. Insertin lisäämisen jälkeen (Gateway BP -reaktiolla) pDONR223.1-vektori menettää ccdB- ja chlR/CmR-selektiomarkkerit, ja tuloksena olevaa runkoa kutsutaan useimmiten nimellä pENTR223.1.

Laboratoriokamera

Fri, 02 Jan 2015 00:00:00 +0000

2 viikon laboratoriokurssi

Tue, 30 Dec 2014 00:00:00 +0000

En ollut lainkaan tietoinen siitä, kuinka paljon työtä käytännön laboratoriokurssin järjestäminen vaatii. Jos olisin tiennyt, Pirjo olisi joutunut paljon vaikeampaan tilanteeseen yrittäessään suostutella minua pitämään tämän kurssin DPBM-tohtorikoululle . Kari oli varoittanut minua… Kurssiin liittyvä luentokurssi oli ollut käynnissä syyskuusta marraskuuhun. Käytännön kurssille oli tarjolla 16 vapaata paikkaa, mutta se oli täysin epärealistista, kun otetaan huomioon, että meidän tilamme rajoittuivat minun 23,7 neliömetrin laboratorioon. Opetuskäyttöön tarkoitettua laboratoriotilaa on saatavilla, mutta ilman laitteita ja kaikkea muuta tällaiseen hankkeeseen tarvittavaa infrastruktuuria. Käytännön kurssille ilmoittautui kahdeksan henkilöä, ja – onneksi – puolet heistä perui osallistumisensa viime hetkellä, koska heillä ei ollut riittävää mahdollisuutta sitoutua kurssin vaatimaan raskaaseen työmäärään. Näin ollen meillä oli lopulta neljä opiskelijaa ja kolme projektia. Emme olisi missään nimessä selvinneet enempää.Ajatuksena oli tarjota jokaiselle osallistujalle mahdollisuus toteuttaa oma DNA-kloonaus- ja proteiini-ilmentymisprojekti, joka olisi merkityksellinen hänen omille tohtoriopintoilleen. Tätä varten tapasin kolme ryhmää kuukautta etukäteen kloonauksen suunnittelemiseksi ja tarvittavien materiaalien tilaamiseksi. Työskentelimme rinnakkain seuraavien kolmen projektin parissa:

38. Saksan lymfologian seuran vuosikongressi

Sun, 05 Oct 2014 00:00:00 +0000

Osallistuin Saksan lymfologisen seuran ( http://www.dglymph.de/ ) 38. kongressiin Hallessa (Saale). Kongressi oli erittäin virkistävä ja mielenkiintoinen: se poikkesi huomattavasti kokouksista, joihin yleensä osallistun, sillä siinä keskityttiin imusuonistoon liittyvien sairauksien kliinisen ja avohoidon käytännön näkökohtiin. Koska esitelmäni oli johdantoluento lymfangiogeneesitutkimuksesta, se ei sisältänyt julkaisemattomia tietoja, joten annan sen ladattavaksi. Diat ovat kuitenkin saksankielisiä, ja kohdeyleisöstä riippuen ne saattavat vaatia hieman selityksiä. Esitys on kronologinen katsaus lymfangiogeneesitutkimuksen alan tärkeimpiin julkaisuihin noin 20 vuoden takaa lähtien; se painottuu vahvasti omaan työhöni ja tutkimuksiin, joihin olen osallistunut.

Lymfangiogeneesin ja lymfedeeman uudet mekanismit

Fri, 26 Sep 2014 00:00:00 +0000

Tässä on esitys, jota en voinut pitää, koska aikatauluni oli liian tiukka, jotta olisin voinut ottaa huomioon 1 tunnin 20 minuutin viivästyksen. Jos teillä on esitykseen liittyviä kysymyksiä, voitte lähettää ne sähköpostitse osoitteeseen: michael@jeltsch.org.My Lufthansan lento LH855 Helsingistä Frankfurtiin viivästyi 1 tunti 20 minuuttia. Koska minulla oli vain 1 tunti 15 minuuttia aikaa vaihtaa konetta Frankfurtissa matkalla Euroopan lymfologian seuran 40. kongressiin Genovaan, Italiaan, en edes noussut koneeseen vaan peruin esitelmäni. Koska minulla on lauantaina toinen tapaaminen Saksassa, olin varannut paluulennon perjantaiaamuksi, joten en voinut siirtää esitelmääni myöskään. Ensi kerralla toimin viisaammin.

Käytännön molekyylibiologia ja geenitekniikka

Mon, 08 Sep 2014 00:00:00 +0000

Kokoelma DPBM -kurssin Käytännön molekyylibiologia ja geenitekniikka esitysdioja. Jokaisesta luennosta on tiedostoja (ainakin) kahdessa eri muodossa: PDF ja ODP (Open Document Presentation). ODP-tiedostoa voi muokata LibreOffice -ohjelmistolla. Jos haluat avata sen Microsoft Officella, sinun on ensin muunnettava tiedosto joko LibreOfficella tai jollain verkkopohjaisella muuntotyökalulla (kuten cloudconvert ). Kaikki materiaali on saatavilla Creative Commons -lisenssin alaisena. Saatan lisätä myöhemmin parannettuja versioita luentodioista osallistujien palautteen perusteella. Dia, joka käsittelee restriktioentsyymejä (RE) ja sitä, miten lasketaan tarvittavat RE-määrät tietyn määrän DNA:n pilkkomiseksi, löytyy luennon 1 tiedostosta.

CSL:n kanssa leikkimistä

Wed, 06 Aug 2014 00:00:00 +0000

Kun kirjoittaa tieteellisiä artikkeleita ja apurahahakemuksia, lähdeluetteloa joutuu päivittämään yhä uudelleen. Juuri tähän tarkoitukseen on kehitetty viitteidenhallintaohjelmistot. Niitä on saatavilla lukuisia (katso http://en.wikipedia.org/wiki/Comparison_of_reference_management_software) . Olen käyttänyt pääasiassa EndNotea, Bibusia tai Zoteroa ( http://www.zotero.org ), jota käytän myös tällä hetkellä. Sen etuna on, että se on aidosti alustojen välinen, avoimen lähdekoodin ohjelmisto ja yhteensopiva sekä LibreOfficen että Microsoft Officen kanssa. Aiemmin olen käyttänyt lyhyen aikaa myös Papersia (kehittäjä Mekentosj, joka väitti, ettei he ikinä tekisi Windows-versiota), Bookendsia, Mendeleytä ja RefWorksia (johon yliopistollani on lisenssi). Mikään niistä ei ole täydellinen, ja jopa kaikkein kaupallisimmista (Endnote, jonka omistaa nykyään Thomson Reuters) yksi tuhosi yhden (MS Word -muotoisen) käsikirjoitukseni kokonaan kaatuessaan. Jotkut näistä ohjelmista tallentavat tekstiviitteiden ja lähdeluettelon muotoilutiedot niin sanotussa CSL-muodossa (Citation Style Language, XML-tyyppinen kieli, http://en.wikipedia.org/wiki/Citation_Style_Language).En kuitenkaan löytänyt helppokäyttöistä CSL-editoria: Zoteron oma editori ei ole kovin hyvä, eikä myöskään verkkopohjainen CSL-editori ( http://editor.citationstyles.org/visualEditor).Tarvitsin kuitenkin keinon viedä nopeasti omat julkaistut artikkelini luodakseni ”Julkaisuluettelon” apurahahakemuksia varten. Siksi loin ryhmän Zoterossa ja lisäsin kaikki omat julkaisuni tähän ryhmään. Nyt valitsen ne kaikki, napsautan hiiren oikealla painikkeella ja valitsen ”Luo lähdeluettelo kohteista”. Avautuvassa valintaikkunassa valitsen tyylin ja merkitsen valintaruudut ”Lähdeluettelo” ja ”Kopioi leikepöydälle”. Palattuani tekstinkäsittelyohjelmaan minun tarvitsee vain liittää leikepöydän sisältö, ja suurin osa työstä on valmis. En kuitenkaan löytänyt tähän sopivaa tyyliä, joten loin sellaisen itse (se perustuu Vancouver-tyyliin). Käytä sitä vapaasti…

Molekyylibiologisista perusteista imukudosjärjestelmän sairauksien syitä hoitaviin menetelmiin

Tue, 22 Jul 2014 00:00:00 +0000

Dosentti Dr. Michael Jeltsch, Helsingin yliopisto

Lymfangiogeneesin molekyylitason perusteiden tutkiminen alkionkehityksessä ja patologisissa prosesseissa on johtanut tietämyksemme nopeaan kasvuun (Krebs ja Jeltsch 2013a, 2013b). Lymfatutkimuksen molekyylibiologinen aikakausi alkoi 25 vuotta sitten, kun VEGF-kasvutekijät ja niiden reseptorit löydettiin. Tämän katsauksen painopiste onkin näissä molekyyleissä.

FastDigest®:tä vastaan esitetyt syytökset

Wed, 25 Jun 2014 00:00:00 +0000

Rajoitusentsyymit ovat edelleen tärkeitä

Vuonna 2006 innovatiivinen liettualainen bioteknologiayritys Fermentas toi markkinoille uuden tuotelinjan molekyylibiologian tutkijoille: FastDigest-rajoitusentsyymit. Yhdessä polymeraasiketjureaktion (PCR) kanssa restriktioentsyymit (RE) ovat kiistatta molekyylibiologian tärkeimpiä työkaluja. Ne mahdollistivat rekombinantti-DNA-tekniikan 1970-luvun alussa. Kunnes jokaisella laboratoriolla on varaa luotettavaan DNA-lasertulostimeen (mikä on todennäköisesti vielä vuosikymmenen päässä), restriktioentsyymit ovat alan vakiintuneita työkaluja. Uudet kloonaustekniikat (kuten In-Fusion , Gibson Assembly tai SLICE ) ovat löytäneet paikkansa, mutta niiltä puuttuu edelleen perinteisen restriktioentsyymikloonauksen luotettavuus.

Meistä kirjoitettiin Circulation-lehdessä!

Mon, 12 May 2014 00:00:00 +0000

Hennekamin oireyhtymän molekyylitason perusteet

Thu, 20 Feb 2014 00:00:00 +0000

Viimeinkin CCBE1-artikkelimme on julkaistu! Voit lukea sen Circulationin kotisivulta . Jos kirjastollasi ei ole tilausta, lähetä minulle sähköpostia . Se täydentää hienosti Ben Hoganin ryhmän Le Guen et al. -artikkelia Development-lehdessä. Kun Le Guen ja kollegat analysoivat CCBE1:n vuorovaikutusta VEGF-C/VEGFR-3-signaalireitin kanssa pääasiassa geneettisellä tasolla seeprakalassa, me yritimme kuvata vuorovaikutuksen molekyylitason yksityiskohtia in vitro -määrityksillä, joita täydennämme in vivo -hiiritutkimustuloksilla. Osoitamme, että ensisijainen lymfangiogeeninen tekijä VEGF-C tuotetaan inaktiivisena esiasteena (pro-VEGF-C). Pro-VEGF-C (eli 29/31 kDa:n muoto) sitoutuu kyllä endoteelisolujen VEGFR-3:een, mutta ei kykene aktivoimaan sitä. Tähän asti yleisen käsityksen mukaan pro-VEGF-C oli vain VEGFR-3:n vähemmän voimakas aktivaattori kuin kypsä VEGF-C. Itse asiassa se toimii kypsän VEGF-C:n kilpailukykyisenä estäjänä. CCBE1:n tehtävänä on auttaa ADAMTS3-proteaasia pilkkomaan solupintaan sitoutunutta pro-VEGF-C:tä ja siten paikallistaa aktiivisen VEGF-C:n pitoisuus. Perinnöllisissä sairauksissa, jotka johtuvat CCBE1-geenin mutaatioista ( Hennekamin oireyhtymä ), tämä VEGF-C:n aktivaatio on häiriintynyt ja aiheuttaa lymfedeemaa. Koska imusuonilla on tärkeä merkitys monissa sairauksissa, CCBE1 ja ADAMTS3 ovat kiinnostavia lääkekohteita. Esimerkiksi syövän hoidossa olisi valtava etu, jos VEGF-C:n aktivoitumista voitaisiin estää ja siten ehkäistä VEGF-C:n välittämää etäpesäkkeiden muodostumista.

SVS vai imukudos?

Sun, 26 Jan 2014 00:00:00 +0000

Vuonna 2003 kirjoitin katsausartikkelin imukudoksesta , jossa käsittelin lyhyesti imukudoksen yleistä rakennetta eri eläimillä ja erehdyin kalojen imusuonistoa koskevassa osassa. Tai ainakin se oli puutteellinen. Vaikka nisäkkäät, linnut, matelijat ja sammakkoeläimet ovat melko helposti määriteltäviä eläinluokkia, ei ole olemassa eläinluokkaa ”kalat”. ”Kaloja” voidaan luokitella eri tavoin, mutta elävien ”kalojen” luokittelemiseksi tarvitaan vähintään kolme eläinluokkaa: rustokalat, säteeväiset luukalat ja lohkeeväiset kalat. Lähes kaikki kalojen imusuonijärjestelmää koskeva tutkimus on kohdistunut teleosteihin (yksi säteeväisten luukalojen kolmesta alaluokasta). Teleostei-ryhmään kuuluu suurin osa elävistä kaloista, mukaan lukien eniten tutkittu seeprakala (Danio rerio) . Joten kaikki seuraava koskee tätä alaluokkaa (eikä siten välttämättä päde haikaloihin ja sampiin, mainitakseni vain kaksi ei-teleostei-kalaa).

Historiallisia artikkeleita imukudosjärjestelmästä

Sat, 25 Jan 2014 00:00:00 +0000

Lupa itsearkistointiin

Tue, 21 Jan 2014 00:00:00 +0000

Kiitos Jörg Wiltingin , sain vihdoin luvan [Deutsche Gesellschaft für Lymphologie (Saksan lymfologian yhdistys)]:ltä( http://www.dglymph.de ) arkistoida itse kaksi katsausartikkelia, joita olen kirjoittanut viime vuonna Lymphologie in Forschung und Praxis -lehteen. Tämä on tärkeää, sillä muuten katsausartikkelin vaikutuspiiri olisi ollut hyvin rajallinen. Ensimmäisessä artikkelissa käsitellään lymfangiogeneesin molekyylitason päätekijöitä: VEGF-C:tä ja VEGF-D:tä sekä niiden toimintaa alkion lymfangiogeneesissä. Toisessa artikkelissa pyritään tiivistämään VEGF-C:n ja VEGF-D:n roolit imukudosjärjestelmään vaikuttavissa sairauksissa.

Pomon rooli

Fri, 01 Nov 2013 00:00:00 +0000

Sain ylennyksen melkein vahingossa. Olen nyt pää tutkija eli ryhmänjohtaja. En ole koskaan ollut erityisen innokas pomoksi ryhtymisestä. Maailmassa on jo tarpeeksi mukavia ja keskinkertaisia pää tutkijoita, ja (nykyisin entinen) pomoni Kari Alitalo on omalla omistautumisellaan ja erinomaisuudellaan luonut varjon, josta on luultavasti mahdotonta astua ulos.Siitä huolimatta, ennen kuin olisin liian vanha hakemaan ryhmänjohtajan paikkaa Suomen Akatemialta , päätin vuonna 2011 yrittää onneani. Olisin ehkä katunut, jos en olisi edes yrittänyt. Ensimmäinen yritys epäonnistui. Vuotta myöhemmin tohtorintutkintoni oli valmistunut yli yhdeksän vuotta aiemmin, ja minun piti esittää erityisiä syitä voidakseni hakea uudelleen (olin pitänyt pitkiä lastenhoitovapaita molempien lastemme vuoksi). Vaikka lähetin käytännössä saman hakemuksen, minulla oli tällä kertaa onnea siinä, mitä joku on kuvannut ”Tukirahaston arpajaisiksi”. Ja pahimmat pelkoni toteutuivat: tutkimuksen tekemisen sijaan minusta tuli rahanhankintakone. Tämä johtuu osittain siitä, että Tukirahasto myönsi huomattavasti vähemmän rahoitusta kuin mitä olin hakenut. Akatemialla on vuosi vuodelta yhä vähemmän jaettavaa rahaa, ja se joutuu tekemään vaikean päätöksen: rahoitetaanko vähemmän tutkijoita vai rahoitetaanko sama määrä tutkijoita, mutta annetaan kaikille vähemmän… Kävin kerran sähköpostikeskustelua Alexander Stubbin (kun hän oli vielä tavallisten ihmisten, kuten minun, ulottuvilla) tutkimusbudjetin supistumisesta, mutta ainakin nykyinen Suomen hallitus näyttää aliarvioivan Suomen akateemisen tutkimuksen jatkuvasti heikkenevän taloudellisen tilanteen pitkän aikavälin vaikutuksia. Tilanne on niin huono, että lahjakkaimmat ihmiset lähtevät maasta heti kun tilaisuus siihen tarjoutuu. Kokonaiskustannusmallin vuoksi olen käytännössä pakotettu pysymään budjetissa työvoimakustannusten osalta. Ja siksi rahaa ei jää päivittäisten kulujen, kuten kemikaalien ja reagenssien, maksamiseen. Kunnes jokin apurahahakemuksistani hyväksytään, joudumme tekemään tutkimusta niukalla budjetilla… Muuten: Laboratorioni uudet verkkosivut, joita ylläpidetään yliopiston palvelimilla, eivät ole vieläkään verkossa. Mutta koska ne ovat valmiit, laitoin ne näkyviin omalle palvelimelleni .

Puhdistus

Fri, 01 Nov 2013 00:00:00 +0000

Kalvojen uudelleentutkiminen eri vasta-aineella on laboratoriossa hyvin yleinen tehtävä. Kalvojen puhdistamiseen on olemassa erilaisia menetelmiä, ja klassinen menetelmä on se, jossa käytetään SDS:ää, β-merkaptoetanolia ja kuumentamista. Tein sitä ennen itsekin tällä tavalla, mutta se on hajuhaitallista, koska β-merkaptoetanoli haisee mädiltä munilta. Sitten yhtäkkiä kaikki laboratoriossa alkoivat käyttää Milliporen Re-Blot Plus -liuosta, ja niin tein minäkin. Kunnes huomasin tarkistamalla turvallisuustiedotteen huomasin, että he myyvät halpoja kemikaaleja kalliilla hinnalla. Nyt valmistan puhdistuspuskurin itse. 10-kertaisen liuokseni koostumus on seuraava:

Nobel-palkinto angiogeneesitutkimuksesta?

Sun, 27 Oct 2013 00:00:00 +0000

Vuonna 2008, erään illallisen aikana Tukholmassa (kun osallistuin Novo Nordisk -säätiön 8. vuosikonferenssiin, jonka aiheena oli verisuonibiologia diabeteksen komplikaatioiden yhteydessä) ehdotin Christer Betsholtzille , että Nobel-palkinto myönnettäisiin maailmanlaajuiselle postdoc-tutkijoiden yhteisölle, jotka ovat nykypäivän tutkimuksen tunnustamattomia sankareita. Mutta Nobel-säätiön säännöt kieltävät palkinnon myöntämisen useammalle kuin kolmelle henkilölle. Sääntöjä voidaan kuitenkin muuttaa, ja juuri niin Nobel-säätiö teki 40 vuotta sitten, kun se lopetti palkinnon myöntämisen kuolleille henkilöille. Ja tässä muuttuvassa maailmassa yhä harvemmin keksinnöt ja löydökset ovat yksittäisten henkilöiden tekemiä. Mutta tässä on uusin ehdotukseni, joka noudattaa enintään kolmen henkilön sääntöä: Kari Alitalo on luultavasti ainoa Nobel-palkinnon arvoinen tutkija maassa, jossa työskentelen (Suomessa). Vakavasti puhuen: Judah Folkmanin kuoleman jälkeen ei ole enää paljon vaihtoehtoja palkinnon myöntämiseksi jollekin angiogeneesin alalta. Judah Folkman oli sen hypoteesin isä, jonka mukaan kaikkia kasvaimia pitäisi voida hoitaa antiangiogeneesillä ( Folkman J. Tumor Angiogenesis: Therapeutic Implications. New England Journal of Medicine. 1971;285(21):1182–6 ). Nobel-palkintolautakunta menetti tämän tilaisuuden. Ja koska ala on jo merkittävästi edistänyt syövän hoitoa (ja todennäköisesti tulee edelleen edistämään sitä paljon), ei ole lainkaan kaukaa haettu ajatus myöntää jaettu palkinto VEGF-tekijöiden löytäjille. VEGF:n löysivät enemmän tai vähemmän itsenäisesti useat tutkimusryhmät noin 25 vuotta sitten, muun muassa Napoleone Ferraran ja Harold Dvorakin . Erityisesti Ferraran ryhmä Genentechissä jatkoi tutkimusta menestyksekkäästi tähän päivään asti, mikä johti ensimmäisen antiangiogeenisen syöpälääkkeen kehittämiseen vuonna 2004. Vaikka VEGF:n löytäminen ja siitä seurannut angiogeneesitutkimus eivät olleet riippuvaisia yhdestäkään yksittäisestä laboratoriosta, lymfangiogeneesin tutkimusalueen keksi käytännössä yksin uudelleen ja toi sen molekyyliaikakauteen Kari Alitalo vuosina 1995 jälkeen – sen jälkeen, kun ala oli jäänyt vanhentuneeksi ja polkenut paikallaan ilman merkittävää edistystä 1960-luvulta lähtien. Jaetaanko palkinto Ferraralle, Dvorakille ja Alitalolle? Markkinoilla on jo anti-VEGF-A-syöpälääke , ja ainoa puuttuva palanen on toimiva anti- tai pro-VEGF-C-lääke. Molemmat ovat tämän kirjoituksen hetkellä kliinisissä tutkimuksissa ( anti-VEGF-C , VEGF-C:tä edistävä lääke ).

Itsearkistointi ja avoin pääsy

Sun, 07 Jul 2013 00:00:00 +0000

Kirjoitin äskettäin katsausartikkelin lehteen Lymphologie in Forschung und Praxis . Artikkelin otsikko oli ”Die lymphangiogenen Wachstumsfaktoren VEGF-C und VEGF-D”, ja se oli ensimmäinen artikkeli, jonka kirjoitin äidinkielelläni, saksaksi. Tämän lehden vaikutuskerroin on ollut jatkuvasti alle 1, mikä ei ole harvinaista muille kuin englanninkielisille lehdille. Suurissa eurooppalaisissa maissa, kuten Saksassa, Ranskassa ja Italiassa, on kuitenkin edelleen monia lääkäreitä, joille englannin kielen lukeminen ei suju helposti. Ajattelin auttaa heitä pysymään ajan tasalla imusuonitutkimuksen uusimmista tuloksista. Tieteen saatavuuden ja näkyvyyden lisääminen on mielestäni hyvä asia.Koska pomoni väitti, että se olisi ajanhukkaa (toivon voivani osoittaa hänen olevan väärässä – auttakaa minua tässä DLG !), minimoin vaivannäön ottamalla mukaan toisen asiantuntevan saksalaisen tutkijan Helsingin yliopistosta. Onneksi minulla oli jo luonnos valmiina, kun minua pyydettiin kirjoittamaan katsaus, vaikka olin alkanut kirjoittaa sitä noin kaksi vuotta sitten ja se oli tarkoitettu verkkosivustolleni. Kun artikkeli julkaistiin, sain kaksi painettua jäljennöstä. Kun yritin linkittää artikkelin verkkoversioon, jouduin huomaamaan, että se oli maksullisen palomuurin takana. Koska useimmat kustantajat tukevat nykyään itsearkistointia , kysyin kustantajalta heidän käytäntöjään. Oletan, että kustantajalla ei ollut olemassa mitään itsearkistointia koskevaa käytäntöä, koska he sanoivat suostuvansa siihen, mutta minun pitäisi saada siihen lupa DLG:n hallitukselta. Toivon todella saavani tämän luvan, sillä se on ainoa tapa, jolla voin täyttää uudelleenjulkaisupyynnön vaivattomasti (kyllä, voisin kopioida sivut ja lähettää ne postitse, mutta eikö me eläkään 21. vuosisadalla?). Jos en saa lupaa, yksi laillinen ja helppo tapa jakaa tämä artikkeli olisi julkaista verkossa esipainosversio (eli käsikirjoitus, jonka olen kirjoittanut). Onneksi kustantajan tekijänoikeudet kattavat vain julkaistun version, eivätkä preprint-versioita. Toiset ovat toimineet tällä tavalla (ja liittäneet mukaan luettelon muutoksista, jotka tehtiin, jotta preprint-versio olisi identtinen julkaistun version kanssa). Tämä on epäoptimaalinen ratkaisu, mutta se maksimoi saatavuuden ja näkyvyyden. Yliopistollani on väljä vaatimus julkaista ainoastaan avoimissa lehdissä. Tästä Helsingin yliopiston avointa julkaisemista koskevasta politiikasta tehdään kuitenkin säännöllisesti poikkeuksia, mutta niiden saaminen tulee olemaan yhä vaikeampaa, kun EU tiukentaa rahoituspolitiikkaansa, mukaan lukien tutkimustulosten avoimen julkaisemisen vaatimukset . EU:n tulkinnan mukaan lehteä voitaisiin pitää avoimena, jos se sallii julkaistun artikkelin itsearkistoinnin, joka on toinen, ”vihreä” reitti avoimeen julkaisemiseen. Suomen Akatemia (minun pääasiallinen rahoittajani) on samaa mieltä: ”Suosittelemme lisäksi, että Akatemian rahoittamat tutkijat julkaisevat artikkelinsa avoimesti saatavilla olevissa tieteellisissä lehdissä, jos kyseisellä alalla on verkkolehtiä, jotka ovat vähintään yhtä korkealaatuisia kuin perinteiset tilauslehdet. Artikkelit voidaan myös tallentaa avoimesti saatavilla oleviin sähköisiin arkistoihin.” Helsingin yliopiston työntekijöille itsearkistointi on ollut minulle pakollista vuodesta 2010 lähtien . Se on mielestäni järkevää: Tutkijana työskentelen veronmaksajien rahoilla; siksi kaikkien veronmaksajien tulisi saada pääsy työni tuloksiin. Vaikka työskentelin tämän katsauksen parissa vain vapaa-ajallani, vaatimukset pätevät silti teknisesti ottaen, koska käytin tietokonetta, joka on maksettu veronmaksajien rahoilla… Pysykää kuulolla, ja jos tarvitsette artikkelin jo nyt (ettekä halua odottaa DLG:n päätöstä), lähettäkää minulle sähköpostia!

Akateeminen portfolio 2013

Mon, 27 May 2013 00:00:00 +0000

Alla on päivitetty akateeminen portfolioni PDF-muodossa. Koska se on julkinen, jouduin peittämään luottamukselliset tiedot, jotka liittyvät käynnissä oleviin luottamuksellisiin yhteistyöhankkeisiin ja tutkimussuunnitelmiini.

Rekombinanttiproteiinit

Fri, 20 Jan 2012 00:00:00 +0000

Aiemmin täällä oli dynaamisesti linkitetty luettelo proteiineistani. Valitettavasti jouduin turvallisuussyistä luopumaan suorasta linkityksestä laboratoriomme tietokantapalvelimeen. Ehkä jonain päivänä löydän aikaa julkaista laboratoriomme pakastimien sisällön turvallisella tavalla täällä kotisivuillani. Siihen asti tässä on vain luettelo proteiineista, joita olen tuottanut. Jos sinulla on kysyttävää tai tarvitset proteiineja tutkimustarkoituksiin, ota rohkeasti yhteyttä minuun tai esimieheeni:

Suosikkipodcastini

Fri, 20 Jan 2012 00:00:00 +0000

Suosikkipodcastini. Lähes jokainen jakso on loistava:

Tietokoneet: Uutisia ja tietoa tietoturvasta sekä siitä, miten internet ja tietokoneet toimivat: Security Now!
Kaikkea Linuxista: The Linux Action Show!
Joka viikko FLOSS Weekly esittelee uuden avoimen lähdekoodin projektin.

Tiede ja skeptisyys

Kasvutekijöiden vaikutus lymfangiogeneesiin

Thu, 19 Jan 2012 00:00:00 +0000

Kaikki kehomme solut tarvitsevat happea, ja ne saavat sitä verenkierron kautta. Siksi verisuonisto on kasvavan alkion ensimmäinen toimiva elin. Ennen kuin sydän aloittaa pumppaustoimintansa, alkio tyydyttää hapenkulutuksensa yksinomaan diffuusion avulla. Tämä on kuitenkin mahdollista vain, kunnes alkio on muutaman millimetrin kokoinen. Kasvaimilla on sama ongelma, kun ne saavuttavat samanlaisen koon. Sekä kasvava alkio että syöpäkasvain voivat jatkaa kasvuaan vain, jos ne onnistuvat muodostamaan verisuoniston, joka toimittaa niille tarvittavan hapen ja ravintoaineet. Syövän kasvu riippuu siis verisuonten kasvusta ja uudismuodostuksesta. Toisaalta on kuitenkin myös sairauksia, joille on ominaista riittämätön verisuonten kasvu. Esimerkiksi sepelvaltimotaudissa verisuonet eivät pysty toimittamaan sydänlihakseen riittävästi happea.Sydän- ja verisuonijärjestelmän lisäksi on olemassa vielä toinen verisuonijärjestelmä: imusuonisto. Se johtaa ylimääräisen kudosnesteen takaisin vereen ja sillä on tärkeä rooli kehon omassa puolustusmekanismissa bakteereja ja viruksia vastaan. Verenkiertojärjestelmän tavoin imukudosjärjestelmällä on tärkeä rooli monissa sairauksissa. Esimerkiksi lymfedeemapotilaat kärsivät raajojen turvotuksesta, koska imusuonia ei ole riittävästi tai niiden toiminta on rajoittunut. Myös syövän leviäminen (metastaasit) liittyy läheisesti imukudosjärjestelmään, koska syöpäsolut käyttävät imusuonia kuljetusreitteinä kehon sisällä.

Suosikkipodcastini

Thu, 05 Jan 2012 00:00:00 +0000

Suosikkipodcastini. Nautin melkein jokaisesta jaksosta:

Tietokoneisiin liittyvät aiheet Turvallisuusuutisia ja tietoa tietoturvasta sekä siitä, miten tietokoneet ja internet toimivat: Security Now!
Kaikki Linuxista: The Linux Action Show!
Joka viikko aiheena on yksi avoimen lähdekoodin projekti: FLOSS Weekly

Tiede ja skeptisyys

Dosentti

Wed, 04 Jan 2012 00:00:00 +0000

Olen toiminut 13. joulukuuta 2011 lähtien dosenttina (suom. dosentti ) Helsingin yliopistossa. Kyseessä ei ole vakituinen virka, vaan arvonimi, joka edellyttää tiettyä tieteellistä menestystä tohtorintutkinnon suorittamisen jälkeen sekä opetuskokemusta ( lisätietoja tästä suomeksi ).

Kuinka minusta tuli dosentti ("adjunct professor") Helsingin yliopistossa

Wed, 04 Jan 2012 00:00:00 +0000

Verrattuna tohtorin tutkinnon suorittamiseen tuo ”dosentti”-juttu oli helppoa. Aloitin vuoden 2011 alussa ja sain arvonimen saman vuoden joulukuussa.En tiedä, eroavatko menettelytavat eri suomalaisissa yliopistoissa toisistaan, ja jotkut muodollisuudet saattavat olla ominaisia juuri Helsingin yliopistolle , mutta luettelen kuitenkin alla vaiheet, jotka kävin läpi arvonimen saamiseksi. Ohjeita löytyy myös täältä .

Johdanto imusuonistotutkimukseen

Thu, 20 Oct 2011 00:00:00 +0000

Luento 1: Verenkierto ja imusuonisto: anatomia ja fysiologia
Luento 2: Imusuoniston molekyylit
Luento 3: Imusuonisto sairauksissa
Luento 4: Malliorganismit imusuoniston tutkimuksessa , [.tex file](/downloads/
Luento 5: Imusuonistotutkimuksen perustekniikat
Luento 6: Imusuonistotutkimuksen ajankohtaisia kysymyksiä

Rakenne-toiminto-suhteet VEGF- ja VEGF-reseptoriperheissä

Wed, 03 Aug 2011 00:00:00 +0000

Kahdeksas kansainvälinen Duodecim-symposiumi aiheesta ”Endoteelikasvutekijät syövässä ja sydän- ja verisuonitaudeissa” järjestettiin Vanajanlinnan kartanossa 9.–11. kesäkuuta 2011. Paikka sijaitsee hieman yli 100 km:n päässä Helsingistä, ja tein matkan polkupyörällä. Tässä on tiivistelmä kokoukseen laatimastani posterista:

Akateeminen portfolio 2011

Tue, 08 Mar 2011 00:00:00 +0000

Tämä on akateeminen portfolioni PDF-muodossa. Koska se on julkinen, jouduin peittämään luottamukselliset tiedot, jotka koskevat käynnissä olevia yhteistyöhankkeita, tutkimussuunnitelmiani sekä Vegenics Ltd./Circadian Technologies -yhtiölle tekemääni sopimusperusteista tutkimusta. Minun piti koota tämä dosentti -tittelin hakemusta varten.

Äkta Explorer FPLC -keskuksen ydinlaitos

Wed, 26 Jan 2011 00:00:00 +0000

Nykyään käytän suuren osan työajastani angiogeneesiä ja lymfangiogeneesiä säätelevien proteiinien puhdistamiseen. Siksi huolehdin Molekyylisen syöpäbiologian tutkimusohjelman omistamasta välttämättömästä laitteistosta: nopeasta proteiinien nestekromatografialaitteesta (FPLC). Prof. Jorma Keski-Oja hankki noin 15 vuotta sitten yhden ensimmäisistä (ja vuonna 2010 tuotannosta poistettuja) Äkta Explorer -laitteita ruotsalaiselta valmistajalta Pharmacia (joka fuusioitui vuonna 1997 Amershamin kanssa muodostaen Amersham Pharmacia Biotech -yhtiön, jonka puolestaan GE Healthcare osti vuonna 2004). Vuonna 2000 laitteet siirrettiin Haartman-instituutista Biomedicum Helsinkiin . Vaikka olen ylläpitänyt tämän tutkimusinfrastruktuurin verkkosivuja viimeiset viisi vuotta (mukaan lukien online-varaukset ja tietojen varmuuskopiointi), ne olivat saatavilla vain Helsingin yliopiston verkon sisältä.Nyt olen onnistunut saamaan Äkta Explorer FPLC -keskuksen verkkosivut lisättyä Lääketieteellisen tiedekunnan . Tällä hetkellä olemme lisäämässä WAVE-soluviljelyjärjestelmää laitokseemme, jotta voimme tuottaa suuria määriä soluja ja soluviljelyn supernatanttia (jopa 25 litraa bakteeri-, hyönteis- tai nisäkässoluviljelyä) proteiinituotantoa varten.

HBGS-kurssi

Mon, 10 May 2010 00:00:00 +0000

Kaikki HBGS -kurssiin Proteiinien ilmentymisen, havaitsemisen ja puhdistamisen merkit liittyvät asiakirjat. Suurin osa asiakirjoista on saatavilla sekä PDF- että OpenOffice-muodossa. Voit vapaasti käyttää asiakirjoja muihin tarkoituksiin. Niiden lisenssi on Creative Commons Attribution-Noncommercial-Share Alike 1.0 -lisenssi .

VEGF-C/VEGFR-2-kompleksin rakenteen selvittäminen kesti 13 vuotta

Wed, 03 Feb 2010 00:00:00 +0000

Lopulta artikkelimme hyväksyttiin julkaistavaksi [PNAS]-lehdessä ( http://www.pnas.org/content/early/2010/01/19/0914318107.abstract ) (ladattavissa myös täältä ). Aloitin projektin tekemällä ensimmäisen konstruktin 13 vuotta sitten, mutta se ei edennyt mihinkään ensimmäisten 9 vuoden aikana, koska panostus oli riittämätöntä ja kokeellisen suunnittelun osalta tehtiin muutamia epäonnisia valintoja. Päätin tutkia aluksi bakteeriproteiinia, mutta vaikka proteiinin uudelleenlaskostuminen onnistui, se oli erittäin tehotonta (Ala-mutaatio sekä N- ja C-terminaalien tarkka leikkaaminen). Lisää…

Rekombinanttiproteiinit

Fri, 25 Sep 2009 00:00:00 +0000

Tällä sivulla oli aiemmin dynaamisesti päivittyvä luettelo proteiineista, mutta poistin yhteyden laboratorion tietokantapalvelimeen tietoturvasyistä.

Alla on luettelo rekombinanttiproteiineista, joita olemme tuottaneet. Jos tarvitset jotakin niistä, ota rohkeasti yhteyttä! Teemme mielellämme yhteistyötä.

Kananalkio

Tue, 18 Aug 2009 00:00:00 +0000

Munan kuoren reiän kautta voit seurata silmällä kanan koko kehitystä. Napsauta alla olevaa videolinkkiä nähdäksesi sydämen lyönnit!

Molekyyli- ja syöpäbiologian laboratorio 2008

Sat, 11 Jul 2009 00:00:00 +0000

Jättimäiset saippuakuplat

Thu, 11 Jun 2009 00:00:00 +0000

Internetissä on satoja sivuja, joilla kuvataan jättimäisten saippuakuplien valmistusohjeita. Mielenkiintoisimpia niistä ovat The Bubblesphere , Bubble Town , Soap Bubbler , Riesenseifenblasen durch polymere Additive (saksaksi) , Nanotech Kids . Miksi taas uusi saippuakuplia käsittelevä blogikirjoitus? Koska lähes kaikissa resepteissä käytetään ainesosia, joita ei ole saatavilla siellä, missä asun (eli Suomessa). Sain reseptin saippuakuplataiteilijalta, joka esiintyi naapurustoni päiväkodin tapahtumassa, ja tässä on muokattu versioni (mukaan lukien tuotemerkit, joita alkuperäisessä reseptissä ei ollut):

Molekyyli- ja syöpäbiologian laboratorio 2008

Mon, 11 May 2009 00:00:00 +0000

Molekyyli- ja syöpäbiologian laboratorio 10 vuotta sitten

Tue, 05 May 2009 00:00:00 +0000

Siivosin tietokoneeni tiedostoja ja löysin tämän vanhan valokuvakollaasin…

Ja tässä on toinen historiallinen asiakirja. Se on artikkeli Alitalon laboratoriosta ”Yliopisto”-lehdessä syyskuulta 2002:

Proteiinien varastointi ja käsittely

Wed, 22 Oct 2008 00:00:00 +0000

Judah Folkman kuoli 74-vuotiaana

Fri, 15 Feb 2008 00:00:00 +0000

Judah Folkman kuoli sydänkohtaukseen Denverin lentokentällä 14. tammikuuta. Hän oli matkalla Vancouverissa pidettävään konferenssiin. Hänen merkitystään verisuonibiologian alalla ei voi liioitella; internet on täynnä hänen muistokirjoituksiaan ( The Lancet , Nature , Cell , mainitakseni vain muutaman). Tapasin hänet henkilökohtaisesti ensimmäisen kerran, kun hän toimi vastaväittäjänä Arja Kaipaisen väitöstilaisuudessa keväällä 1997. Arvoisa Nobel-komitea: Odotitte jälleen liian kauan.

EMBOSS ja GCK konstruktisekvenssien kokoamiseen ja dokumentointiin

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Yritän käyttää EMBOSS-ohjelmaa vektorisekvenssien kokoamiseen. Aikoinaan käytin tähän tarkoitukseen CGC:n seqed-ohjelmaa, ja tällä hetkellä käytän Gene Construction Kit -ohjelmaa. EMBOSS:ssa ei ole suoraa vastinetta seqed-ohjelmalle, joten sen toiminnallisuuden korvaamiseksi on käytettävä useita muita työkaluja. Katso tämä CGC:n ja EMBOSS:n vertailu .

Mitkä NFS- ja SMB-jakot ovat käytettävissä palvelimella (showmount, smbclient)?

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Komento, jolla selvitetään, mitkä jaetut resurssit ovat käytettävissä esimerkiksi tietokoneessa 192.168.0.2, on seuraava: NFS:n tapauksessa: /usr/sbin/showmount -e 192.168.0.2 Samba:n tapauksessa: smbclient -L 192.168.0.2

Molekyylibiologian ohjelmistokehityshankkeet

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

GCK2.5:ään liittyvät asiat

GCK2.5:n vianetsintä Wine-ympäristössä** Wine-ympäristössä on edelleen joitakin virheitä, jotka tekevät GCK2.5:n käytöstä toisinaan hankalaa. Erityisesti alueiden merkitseminen, sekvenssien haku ja uuden tiedoston avaaminen eivät onnistu.
GCK2.5:n vienti** GCK2.5 ei pysty viemään tiedostoja EMBL-muotoon siten, että alueet muunnettaisiin piirteiksi. Se pystyy kuitenkin viemään kommentit tekstitiedostoon ja pelkän sekvenssin tekstitiedostoon. Olisi helppoa kirjoittaa Perl-skripti, joka ottaa nämä kaksi tiedostoa ja muuntaa ne yhdeksi EMBL-tiedostoksi, EMBOSS cirdna/lindna-tiedostoksi tai pDRAW32-tiedostoksi.
GCK2.5:n integrointi Wine-työpöydälle** Kun napsautetaan tiedostoja, jotka on liitetty Windows-ohjelmiin (Wine-ympäristössä), Linuxin tiedostonhallintaohjelma (esim. Konqueror) välittää tiedoston argumenttina liitetylle Windows-sovellukselle, ja tiedosto avautuu Wine-ympäristössä. GCK2.5 kieltäytyy kuitenkin hyväksymästä tiedostoa argumenttina. Kun napsautan .gcc-tiedostoa, GCK2.5 käynnistyy, mutta avaa tyhjän ikkunan, ja minun on avattava .gcc-tiedosto GCK2.5:n sisällä. Tarpeetonta napsauttelua, varsinkin kun joudun selaamaan useita kansiohierarkioita. Kun GCK2.5 toimii natiivisti Windowsissa, onko mahdollista käynnistää GCK2.5:n komentoriviparametrina rakennetiedosto? Minun pitäisi tarkistaa se.

pDRAW32-aiheiset

DNA:n emästen epäselvyyskoodit

Wed, 30 Aug 2006 00:00:00 +0000

Code	Meaning	Bases
A	Adenine	A
C	Cytosine	C
G	Guanine	G
T	Thymine	T
R	puRine	A, G
Y	pYrimidine	C, T
S	Strong (3 H-bonds)	G, C
W	Weak (2 H-bonds)	A, T
K	Keto	G, T
M	aMino	A, C
B	not A	C, G, T
D	not C	A, G, T
H	not G	A, C, T
V	not T	A, C, G
N	Any base	A, C, G, T

Geneettinen koodi

Wed, 30 Aug 2006 00:00:00 +0000

Second position of codon

First
position
of
codon

ttt	Phe	F
ttc	Phe	F
tta	Leu	L
ttg	Leu	L

tct	Ser	S
tcc	Ser	S
tca	Ser	S
tcg	Ser	S

tat	Tyr	Y
tac	Tyr	Y
taa	Ochre	Stop
tag	Amber	Stop

tgt	Cys	C
tgc	Cys	C
tga	Opal	Stop
tgg	Trp	W

Third
position
of
codon

ctt	Leu	L
ctc	Leu	L
cta	Leu	L
ctg	Leu	L

cct	Pro	P
ccc	Pro	P
cca	Pro	P
ccg	Pro	P

cat	His	H
cac	His	H
caa	Gln	Q
cag	Gln	Q

cgt	Arg	R
cgc	Arg	R
cga	Arg	R
cgg	Arg	R

att	Ile	I
atc	Ile	I
ata	Ile	I
atg	Met	M

act	Thr	T
acc	Thr	T
aca	Thr	T
acg	Thr	T

aat	Asn	N
aac	Asn	N
aaa	Lys	K
aag	Lys	K

agt	Ser	S
agc	Ser	S
aga	Arg	R
agg	Arg	R

gtt	Val	V
gtc	Val	V
gta	Val	V
gtg	Val	V

gct	Ala	A
gcc	Ala	A
gca	Ala	A
gcg	Ala	A

gat	Asp	D
gac	Asp	D
gaa	Glu	E
gag	Glu	E

ggt	Gly	G
ggc	Gly	G
gga	Gly	G
ggg	Gly	G

Kaava oligonukleotidien annealing-lämpötilan laskemiseksi PCR:ää varten

Wed, 30 Aug 2006 00:00:00 +0000

PCR-alukkeen annealing-lämpötilan laskemisen nyrkkisääntö on: Tm (°C) = 81,5 + 0,41(%GC) – (675/N), jossa %GC on G- ja C-nukleotidien prosenttiosuus oligonukleotidissa ja N on oligonukleotidin pituus nukleotideina ilmaistuna.

Kehitys – Carnegie-vaiheiden vertailu

Wed, 30 Aug 2006 00:00:00 +0000

Tämän sivun on laatinut UNSW Embryology Carnegie Stages, tarkemmin sanottuna tohtori M. Hill. Valitettavasti yllä mainittu sivusto on ollut viime aikoina useita kertoja saavuttamattomissa, ja koska se on niin hyödyllinen, olen laatinut tämän peilisivuston.

Oligonukleotidien molekyylipaino ja ekstinktiokerroin

Wed, 30 Aug 2006 00:00:00 +0000

DNA-oligonukleotidien molekyylipainon laskentakaava on:

MW (g/mol) = (nA × 249,08619) + (nG × 265,0811) + (nC × 225,07496) + (nT × 240,07462)

Oligonukleotidin ε:n (epsilon, ekstinktiokerroin) laskemiseksi kaava on:

Kasvutekijöiden vaikutus lymfangiogeneesiin

Sun, 06 Aug 2006 00:00:00 +0000

Kaikki kehomme solut tarvitsevat happea, ja ne saavat sitä verenkierron kautta. Siksi verisuonisto on ensimmäinen elinjärjestelmä, joka alkaa toimia kehittyvässä alkiossa. Ennen kuin sydän alkaa pumppaa, alkion hapenkulutus on katettava pelkästään diffuusion avulla. Diffuusio riittää kuitenkin vain siihen asti, kunnes alkio saavuttaa muutaman millimetrin koon. Kasvaimet kohtaavat saman ongelman, kun ne saavuttavat vastaavan koon. Sekä kehittyvä alkio että kiinteä kasvain voivat jatkaa kasvuaan vain, jos ne onnistuvat muodostamaan verenkiertojärjestelmän, joka toimittaa niille happea ja ravinteita. Vaikka syöpä riippuu verisuonten patologisesta kasvusta, toiset sairaudet johtuvat verisuonten riittämättömästä toiminnasta. Esimerkiksi sydän- ja verisuonitaudeissa verisuonet eivät pysty toimittamaan tarpeeksi happea sydänlihakseen. Sydän- ja verisuonijärjestelmän lisäksi on olemassa toinen verisuonijärjestelmä: imukudosjärjestelmä. Se toimii pääasiassa kudosten nesteenpoistossa ja immuunipuolustuksessa taudinaiheuttajia vastaan. Sydän- ja verisuonijärjestelmän tavoin imukudosjärjestelmällä on tärkeä rooli useissa sairauksissa. Esimerkiksi lymfedeemassa potilaat kärsivät raajojen turvotuksesta, koska imusuonia ei ole tai ne eivät toimi kunnolla. Myös syövän leviäminen (”metastaasit”) näyttää olevan läheisesti yhteydessä imukudosjärjestelmään, sillä syöpäsolut käyttävät imusuonia kulkureitteinä liikkumiseen kehossa.

Pikaoppaat

Sun, 06 Aug 2006 00:00:00 +0000

Viemärien avaaminen

Mon, 01 Aug 2005 00:00:00 +0000

Phyllida Brownin Nature-lehdessä julkaistu mielenkiintoinen artikkeli, jossa kuvataan VEGF-C/VEGFR-3-signaalinvälitysketjun löytämistä ja sitä, miten imukudosjärjestelmää koskevasta tutkimuksesta tuli ajankohtainen aihe: https://www.nature.com/articles/436456a .

Ensiesiintymiseni suomalaisessa televisiossa (YLE1)

Thu, 03 Mar 2005 00:00:00 +0000

Dokumenttielokuva Syövän nälkäkuolema (Syövän nälkäkuolema) on Suomen yleisradioyhtiön YLE:n tuottama ja se on osa Tutkittu Juttu -sarjaa. Se keskittyy syöpään, syöpätutkimukseen ja uusiin syöpähoitoihin, kuten antiangiogeeniseen hoitoon, ja se esitettiin 1. maaliskuuta 2005. Voit katsoa videon täältä .

FEBS 2004

Fri, 10 Sep 2004 00:00:00 +0000

Esitelmäni FEBS 2004 -konferenssissa Varsovassa.

Lasi vai muovi

Sun, 23 May 2004 00:00:00 +0000

Lähes kaikki biotieteiden laboratoriot ovat siirtyneet tai ovat siirtymässä lasipipeteistä muovipipetteihin. En tarkoita pienitilavuuksisia pipetin kärkiä (10–1000 µl), jotka on aina valmistettu polypropeenista, vaan niin sanottuja serologisia pipettejä. Perinteisesti on käytetty lasipipettejä, mutta suurin osa laboratorioista on siirtynyt kertakäyttöisiin malleihin. Laboratoriossamme käytetään kertakäyttöisiä pipettejä, joiden tilavuudet ovat pääasiassa 5, 10 ja 25 ml soluviljelyyn (ja toisinaan 2 ja 50 ml). Nämä on valmistettu polystyreenistä, ja olen nähnyt vanhojen lasipipettien päätyvän roskiin. Pelastin jätesäiliöstä suuren erän tällaisia täysin toimintakuntoisia lasipipettejä olettaen, että ennemmin tai myöhemmin saatamme päättää palata lasipipetteihin ympäristösyistä. Lasipipettejä on kuitenkin pestävä ja steriloitava, mikä kuluttaa myös kemikaaleja, vettä ja energiaa. Ehkä muovi on ympäristön kannalta parempi valinta? Luulen, ettei kukaan oikeastaan tiedä…

Hiljaisen mutageneesin työkalujen (EMBOSS, GCK) puutteet: WatCut ratkaisuna

Sun, 22 Feb 2004 00:00:00 +0000

Päivitys: Toukokuussa 2026 (Pittsburghin yliopiston ylläpitämän) WatCut-verkkopalvelun viimeinen toimiva instanssi lopetettiin. Snapgene ( https://snapgene.com ) ja muut vastaavat työkalut tarjoavat kuitenkin saman toiminnallisuuden (eli ne pystyvät tunnistamaan paikat mihin voi rakentaa uuden restriktiokohdan kahden nukleotidin hiljaisen mutageneesin avulla).

Mitä sinun tulisi tietää VEGF-C:stä

Wed, 03 Sep 2003 00:00:00 +0000

Väitöstilaisuus (29. marraskuuta 2002): Lectio praecursoria

Mon, 07 Apr 2003 00:00:00 +0000

Tiede ensin

Tue, 31 Dec 2002 00:00:00 +0000

Tervetuloa minun domeeniin. Olen Michael Jeltsch, biolääketieteen tutkija ja opettaja, ja tämä blogi toimii ajatusteni, purkausteni ja tieteelliseen menetelmään sitoutumiseni arkistona. Edustan vanhanaikaista näkemystä, jonka mukaan maailma on ymmärrettävissä, koska se noudattaa luonnonlakeja. Empiirisen todellisuuden piirissä ei voi vedota taikuuteen tai yliluonnolliseen. Tiede on – selvästi ja ylivoimaisesti – paras menetelmä maailman tutkimiseen ja ymmärtämiseen.

Vuoden 2002 parhaat

Fri, 20 Dec 2002 00:00:00 +0000

Michael Jeltschin väitöskirja

Mon, 25 Nov 2002 00:00:00 +0000

Väitöskirjani on julkaistu: Michael Jeltsch VEGFR-3-ligandit ja lymfangiogeneesi, Helsinki 2002. Julkinen väitöstilaisuus pidetään 29. marraskuuta 2002 Biomedicumissa Helsingissä.

Labraseminaari: Kystiinisolmuproteiinit

Thu, 22 Aug 2002 00:00:00 +0000

Tyrosiinikinaasireseptorit

Sun, 07 Apr 2002 00:00:00 +0000

Imusuonisto eri selkärankaisten luokissa

Fri, 25 Jan 2002 00:00:00 +0000

Lymfangiogeneesin ja angiogeneesin vertailu molekyylitasolla

Fri, 07 Sep 2001 00:00:00 +0000

Alla olevien esitysdioiden lataaminen kestää jostain syystä erittäin kauan (noin 2 minuuttia). Sinun on siis oltava erittäin kärsivällinen! Kaikki nykyiset selaimet ovat lopettaneet Flash-tuen, ja tämä sivu käyttää Rufflea , Rust-kielellä kirjoitettua Flash Player -emulaattoria, jotta nämä kuoleeet tiedostot saadaan toimimaan.

Labraseminaari: Chicken kick ass

Wed, 13 Jun 2001 00:00:00 +0000

Koulu- ja yliopistotodistukset

Sat, 01 Jan 2000 00:00:00 +0000

Angiogeneesin aakkoset

Tue, 01 Jun 1999 00:00:00 +0000

Ladattavat tiedostot

Lataa posteri PDF-muodossa.

Lataa PDF

Angiogeneesin aakkoset

Thu, 31 Dec 1998 00:00:00 +0000

Ladattavat tiedostot

Lataa posteri PDF-muodossa.

Lataa PDF

Rekombinanttiproteiinien tuotanto, CAM-assayt, VEGF-D, transgeeniset hiiret

Sat, 01 Nov 1997 00:00:00 +0000