https://jeltsch.org/fi/tags/tietysti/Recent content in Tietysti on Michael’s DomainHugofiCopyright © 2002 - 2026 Michael Jeltsch.Fri, 24 Jul 2026 00:18:18 +0300https://jeltsch.org/fi/cloningclub_materials/Tue, 30 Aug 2016 00:00:00 +0000https://jeltsch.org/fi/cloningclub_materials/<p> <a href="https://www.helsinki.fi/en/research/doctoral-education/doctoral-schools-and-programmes/doctoral-school-in-health-sciences/doctoral-programme-in-biomedicine" target="_blank" rel="noopener noreferrer nofollow">DPBM&nbsp; <svg class="svg-inline--fa fas fa-up-right-from-square fa-2xs" fill="currentColor" aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 512 512" overflow="visible"><use href="#fas-up-right-from-square"></use></svg></a> -järjestön järjestämän <a href="http://www.helisci.fi/hbgs/cloning-club2016" target="_blank" rel="noopener noreferrer nofollow">Cloning Club&nbsp; <svg class="svg-inline--fa fas fa-up-right-from-square fa-2xs" fill="currentColor" aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 512 512" overflow="visible"><use href="#fas-up-right-from-square"></use></svg></a> -kurssille. Jokaisesta luennosta on tiedostoja (ainakin) kahdessa eri muodossa: PDF ja ODP (Open Document Presentation). ODP-tiedostoa voi muokata <a href="http://www.libreoffice.org/" target="_blank" rel="noopener noreferrer nofollow">LibreOffice&nbsp; <svg class="svg-inline--fa fas fa-up-right-from-square fa-2xs" fill="currentColor" aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 512 512" overflow="visible"><use href="#fas-up-right-from-square"></use></svg></a> -ohjelmistolla. Jos haluat avata sen Microsoft Officella, sinun on ensin muunnettava tiedosto joko LibreOfficen avulla tai jollain verkkopohjaisella muuntotyökalulla (kuten <a href="https://cloudconvert.com" target="_blank" rel="noopener noreferrer nofollow">cloudconvert&nbsp; <svg class="svg-inline--fa fas fa-up-right-from-square fa-2xs" fill="currentColor" aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 512 512" overflow="visible"><use href="#fas-up-right-from-square"></use></svg></a> ). Kurssin järjestäjän tuottama materiaali (Open Document- ja PDF-muodossa) on saatavilla <a href="https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/" target="_blank" rel="noopener noreferrer nofollow">Creative Commons -lisenssin&nbsp; <svg class="svg-inline--fa fas fa-up-right-from-square fa-2xs" fill="currentColor" aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 512 512" overflow="visible"><use href="#fas-up-right-from-square"></use></svg></a> alaisena (lukuun ottamatta muokattua materiaalia, joka on nimenomaisesti merkitty). Kurssin osallistujien materiaalit (PowerPoint-muodossa) toimitetaan niiden tekijöiden ehdoilla. Saatatan lisätä myöhemmin parannettuja versioita kokous- tai luentodiasarjoista osallistujien palautteen perusteella.</p>https://jeltsch.org/fi/the_staden_package_on_ubuntu_for_bioinformatics_dinosaurs/Wed, 27 Jul 2016 00:00:00 +0000https://jeltsch.org/fi/the_staden_package_on_ubuntu_for_bioinformatics_dinosaurs/<p>Käytämme pääasiassa <a href="http://www.snapgene.com/" target="_blank" rel="noopener noreferrer nofollow">SnapGene&nbsp; <svg class="svg-inline--fa fas fa-up-right-from-square fa-2xs" fill="currentColor" aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 512 512" overflow="visible"><use href="#fas-up-right-from-square"></use></svg></a> -ohjelmistoa, kun tarkistamme DNA-rakenteidemme sekvenssejä. Joskus SnapGenin sekvenssien kohdistusnäkymä ei kuitenkaan ole tarpeeksi joustava, jolloin turvaudun vanhaan <a href="http://staden.sourceforge.net/" target="_blank" rel="noopener noreferrer nofollow">Staden-pakettiin&nbsp; <svg class="svg-inline--fa fas fa-up-right-from-square fa-2xs" fill="currentColor" aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 512 512" overflow="visible"><use href="#fas-up-right-from-square"></use></svg></a> . Olin juuri päivittänyt <a href="http://www.ubuntu.com/desktop" target="_blank" rel="noopener noreferrer nofollow">Ubuntun&nbsp; <svg class="svg-inline--fa fas fa-up-right-from-square fa-2xs" fill="currentColor" aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 512 512" overflow="visible"><use href="#fas-up-right-from-square"></use></svg></a> versiosta 14.04 versioon 16.04, joten Stadenia ei ollut asennettuna. Olin iloisesti yllättynyt, kun Stadenin asennus kesti vain noin 15 sekuntia, sillä vihdoin – kiitos Debian Med -tiimin – Staden on saatavilla universe-pakettivarastosta (itse asiassa jo lokakuusta 2014 lähtien).<code>sudo apt install staden</code>Staden ei selvästikään ole niin intuitiivinen kuin se voisi olla, mutta se on erittäin tehokas ja sopii hyvin tietojen automatisoituun käsittelyyn. Jos sinulla on mahdollisuus oppia käyttämään sitä, kannustan sinua tekemään niin. Suomen CSC tallensi vuonna 2004 järjestetyn Staden-kurssin, johon osallistuin, ja tallenteet ovat saatavilla <a href="http://meta.tv.funet.fi/medar/showDirectory.do?directory=/metadata/fi/csc/courses/staden" target="_blank" rel="noopener noreferrer nofollow">Funet TV:stä&nbsp; <svg class="svg-inline--fa fas fa-up-right-from-square fa-2xs" fill="currentColor" aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 512 512" overflow="visible"><use href="#fas-up-right-from-square"></use></svg></a> . Olin juuri harkinnut hetken siirtymistä Ubuntusta <a href="https://www.suse.com/" target="_blank" rel="noopener noreferrer nofollow">SuSE:hen&nbsp; <svg class="svg-inline--fa fas fa-up-right-from-square fa-2xs" fill="currentColor" aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 512 512" overflow="visible"><use href="#fas-up-right-from-square"></use></svg></a> johtuen jatkuvasta langattoman yhteyden ongelmasta, jota Canonical ei näytä saavan korjattua, mutta kun ottaa huomioon, kuinka työläs Stadenin manuaalinen asennus on, tämä on suuri etu Ubuntulle. Bioinformatiikan käyttöön on tietenkin olemassa erikoistuneita Linux-jakeluja, mutta ne kaikki jäävät yleensä jälkeen suurimpien jakelujen uusimmista ja parhaista kehityksistä.</p>