VEGF-D on Michael’s Domain

Mahdoton overlap-extension-PCR

Sat, 21 Jun 2025 00:00:00 +0000

Väitöskirjatutkija kysyi minulta plasmidikarttoja useille DNA-konstrukteille, jotka olin kloonanut noin 20 vuotta sitten. Koska SnapGeneä ei ollut tuolloin olemassa, olin käyttänyt nykyään vanhentunutta GeneConstructionKit2-ohjelmaa. Tein tuohon aikaan paljon klonauksia, mutta en jaksanut karttojen luomista niistä kaikille. GCK2-muoto ei mahdollista helppoa annotointia. Plasmidien kattavaan annotointiin tarvittiin erillinen ohjelma, ja nämä tiedot tallennettiin erilliseen tiedostoon, niin sanottuun ”illstraatiotiedostoon” – mikä voisikaan mennä vikaan? Eilen päädyin kaivamaan esiin vanhat laboratoriomuistiinpanoni ja jäljittämään noin 10 vanhaa klonausta SnapGenessä. En kuitenkaan pystynyt simuloimaan yhtä kloonausta, koska SnapGene oli liian konservatiivinen ja ei sallinut ”huonojen” PCR-alukkeiden (primerien) toiminnan.

Laboratoriomme ei mene konkurssiin vuonna 2025!

Fri, 29 Nov 2024 00:00:00 +0000

Laboratoriollamme on ollut niin huonoa onnea viimeaikaisissa apurahahakemuksissaan, että olin jo vakavasti harkinnut vaihtoehtoisia urapolkuja. Kuten raitiovaununkuljettajaksi ryhtymistä. Helsinki ja sen lähikaupungit laajentavat raitiovauniverkostojaan, ja hyviä kuljettajia on harvassa. Suomen Syöpäliitto ( https://syopasaatio.fi/en/homepage/ ) on kuitenkin nyt katkaissut epäonnisen putkemme! Vaikka kyseessä onkin vain vaatimaton summa, katson tulevaisuuteen toiveikkaasti. Kaikki tutkimus ei ole yhtä kallista: jotkut menetelmät vaativat enemmän rahaa kuin toiset, ja omamme kuuluvat budjettipäähän tässä asteikossa. Mikä projekti sai rahoitusta? No, kyseessä ei ole meidän uusi proteiinin ilmentymisjärjestelmämme, vaan projekti, jonka tarkoituksena on vastata kysymykseen, joka on vaivannut monia verisuonibiologian tutkijoita vuodesta 2001 lähtien, jolloin Achenin/Stackerin laboratorio julkaisi artikkelin, jossa osoitettiin, että hiiren ja ihmisen VEGF-D:llä EI ole samoja reseptoreita, mutta että hiiren VEGF-D ei sitoudu hiiren VEGFR-2:een ( Baldwin et al., 2001 ). Osoitimme vuosina 2011 ja 2019 , että katepsiini D:n aiheuttama VEGF-D:n proteolyyttinen aktivaatio johtaa ihmisen VEGF-D:n VEGFR-3-sitoutumisen täydelliseen menetykseen. Jos tämä pätee myös hiiren VEGF-D:hen, kyseessä olisi kasvutekijä ilman reseptoria! Tämä ei ole mahdotonta, mutta se olisi poikkeuksellista. On tärkeää selvittää nämä molekyylitason yksityiskohdat oikein, koska testaamme tulevia syöpälääkkeitämme aina hiirillä. Jos hiirien ja ihmisten välillä on suuri ero angiogeenisessä signalointissa, tämä voisi tehdä suuresta osasta hiiritutkimustietoja hyvin vaikeasti tulkittavia ja ehkä jopa selittää, miksi lääkkeet, jotka toimivat hyvin hiirillä, epäonnistuvat ihmisillä. On huomionarvoista, että kaikista lääkkeistä juuri syöpälääkkeillä on huonoimmat onnistumisprosentit kliinisissä tutkimuksissa. On perusteltua syytä uskoa, että VEGF-D on VEGF-perheen ”paha poika” VEGF-perheessä, eli se, joka on vastuussa syöpien vastustuskyvyn kehittymisestä VEGF-A:n estämiseen perustuvia antiangiogeenisiä syöpähoitoja vastaan. Joka tapauksessa suuri kiitos Suomen Syöpäliitolle! Lue täältä palkinnosta.

KLK3: aiheuttaako se kasvaimia vai ei?

Wed, 22 Dec 2021 00:00:00 +0000

Olemme juuri julkaisseet uusimman katsauksemme aiheesta KLK3:n rooli VEGF-C:n ja VEGF-D:n aktivaattorina eturauhassyövässä . Eturauhassyöpä on yksi miesten yleisimmistä syövistä. Kyse ei ole siitä, sairastutko siihen, vaan ainoastaan siitä, milloin. Kun saavutat 80-vuotiaiden ikäryhmän, todennäköisyys sairastua eturauhassyöpään on suurempi kuin se, ettet sairastu siihen. Vuonna 2013 tehdyssä japanilaisten miesten ruumiinavaus tutkimuksessa , jotka olivat kuolleet muihin syihin, 59 prosentilla yli 80-vuotiaista oli eturauhassyöpä. On todennäköistä, että monet näistä tapauksista olivat hitaasti eteneviä eivätkä olisi koskaan aiheuttaneet ongelmia. Vain harvoista niistä olisi saattanut tulla oireilevia, jos nämä miehet olisivat eläneet pidempään. Siksi on erittäin tärkeää pystyä erottamaan ne syövät, jotka tulevat aiheuttamaan ongelmia. Juuri tätä varten on ehdotettu monia ennustemarkkereita: niiden avulla pyritään ennustamaan, mitkä syövät muuttuvat ongelmallisiksi. Verisuonibiologian näkökulmasta angiogeneesi ja lymfangiogeneesi ovat kaksi syövän tunnusmerkkiä, joilla on aiemmin ehdotettu olevan ennustearvoa. Kun huomasimme sattumalta, että eturauhaskohtainen antigeeni (PSA, tunnetaan myös nimellä KLK3) kykenee aktivoimaan VEGF-C:tä ja VEGF-D:tä , ajattelimme, että tällä saattaisi olla merkitystä eturauhassyövän kannalta. Sittemmin jatkotutkimukset ovat selventäneet joitakin kysymyksiä, ja näyttää todellakin siltä, että sekä VEGF-C että VEGF-D ovat mukana syövän etenemisessä. Ei ole vielä selvää, mitkä proteaasit ovat vastuussa VEGF-C:n ja VEGF-D:n aktivoitumisesta todellisissa ihmisen syövissä. KLK3:n tai katepsiini D:n (CTSD) aktivoima VEGF-D saattaa olla yksi mahdollinen syy kasvaimien resistenssille bevasitsumabihoidolle (Avastin). VEGF-C:n aktivoitumisen seurauksia on sen sijaan vaikeampi ennustaa, sillä aktivoitunut VEGF-C aiheuttaa samanaikaisesti sekä hyviä että huonoja vaikutuksia: Yhtäältä se edistää etäpesäkkeiden muodostumista. Toisaalta se mahdollistaa tehokkaamman immuunivasteen kasvainta vastaan. Mielenkiintoisia tutkimuksia on vielä edessä. Lue lisää katsauksestamme: https://doi.org/10.3390/ijms222413545

KLK3/PSA ja katepsiini D aktivoivat VEGF-C:tä ja VEGF-D:tä

Sat, 18 May 2019 00:00:00 +0000

Eturauhaskohtainen antigeeni (PSA) tunnetaan hyvin – ainakin ikääntyneiden miesten keskuudessa – eturauhassyövän merkkiaineena, mutta harvat tietävät sen fysiologisen tehtävän: Siittiösolut ovat vangittuna tuoreessa siemennesteessä, jonka koostumus on hyytelömäinen. Spermien vapauttamiseksi siemennesteen on nesteytyttävä, ja juuri tämä nesteyttäminen on PSA:n tehtävä. Monille yllättävää on myös se, että tutkijat eivät vieläkään tiedä, miksi korkeat PSA-arvot liittyvät eturauhassyöpään. Eilen eLIFE-lehdessä julkaistussa uusimmassa tutkimuksessamme olemme ottaneet suuren askeleen eteenpäin PSA:n roolin ymmärtämisessä sekä lisääntymis- että syöpäbiologiassa.Näyttää siltä, että PSA (tunnetaan myös nimellä kallikreiiniin liittyvä peptidaasi 3 – KLK3) ja toinen entsyymi, nimeltään katepsiini D , voivat aktivoida kahta kasvutekijää, joiden on todettu vaikuttavan syövän etenemiseen: VEGF-C ja VEGF-D . Nämä kasvutekijät todennäköisesti edistävät kasvaimen angiogeneesiä ja lymfangiogeneesiä. Indusoimalla angiogeneesiä – verisuonten kasvua – kasvain varmistaa oman ravinteiden ja hapen saannin. Tällainen verenkierto on välttämätöntä, jotta kasvain voi kasvaa muutaman millimetrin koon yli. Vastaavasti kasvaimen lymfangiogeneesi tapahtuu, kun kasvain indusoi imusuonten kasvua, ja se liittyy läheisesti kasvaimen imusuonien kautta tapahtuvaan leviämiseen (metastaasiin).Sekä VEGF-C että VEGF-D tuotetaan inaktiivisina esiasteina (pro-VEGF-C, pro-VEGF-D), ja ne on aktivoitava, jotta ne voivat indusoida verisuonten tai imusuonten kasvua. Vuonna 2014 tunnistimme ADAMTS3:n eli entsyymin, joka aktivoi VEGF-C:n alkionkehityksen aikana – mikä myös edellyttää verisuonten kasvua – ( Jeltsch et al. ). Oli kuitenkin epäselvää, onko sama entsyymi vastuussa myös patologisesta verisuonten kasvusta. Nyt näyttää todennäköiseltä, että patologisessa verisuonten kasvussa käytetään erilaisia entsyymejä, ja PSA sekä katepsiini D ovat nousseet pääepäillyiksi. Seuraavissa kokeissamme testaamme, voimmeko hidastaa tai pysäyttää syövän kasvua estämällä näiden entsyymien toimintaa.

Itsearkistointi ja avoin pääsy

Sun, 07 Jul 2013 00:00:00 +0000

Kirjoitin äskettäin katsausartikkelin lehteen Lymphologie in Forschung und Praxis . Artikkelin otsikko oli ”Die lymphangiogenen Wachstumsfaktoren VEGF-C und VEGF-D”, ja se oli ensimmäinen artikkeli, jonka kirjoitin äidinkielelläni, saksaksi. Tämän lehden vaikutuskerroin on ollut jatkuvasti alle 1, mikä ei ole harvinaista muille kuin englanninkielisille lehdille. Suurissa eurooppalaisissa maissa, kuten Saksassa, Ranskassa ja Italiassa, on kuitenkin edelleen monia lääkäreitä, joille englannin kielen lukeminen ei suju helposti. Ajattelin auttaa heitä pysymään ajan tasalla imusuonitutkimuksen uusimmista tuloksista. Tieteen saatavuuden ja näkyvyyden lisääminen on mielestäni hyvä asia.Koska pomoni väitti, että se olisi ajanhukkaa (toivon voivani osoittaa hänen olevan väärässä – auttakaa minua tässä DLG !), minimoin vaivannäön ottamalla mukaan toisen asiantuntevan saksalaisen tutkijan Helsingin yliopistosta. Onneksi minulla oli jo luonnos valmiina, kun minua pyydettiin kirjoittamaan katsaus, vaikka olin alkanut kirjoittaa sitä noin kaksi vuotta sitten ja se oli tarkoitettu verkkosivustolleni. Kun artikkeli julkaistiin, sain kaksi painettua jäljennöstä. Kun yritin linkittää artikkelin verkkoversioon, jouduin huomaamaan, että se oli maksullisen palomuurin takana. Koska useimmat kustantajat tukevat nykyään itsearkistointia , kysyin kustantajalta heidän käytäntöjään. Oletan, että kustantajalla ei ollut olemassa mitään itsearkistointia koskevaa käytäntöä, koska he sanoivat suostuvansa siihen, mutta minun pitäisi saada siihen lupa DLG:n hallitukselta. Toivon todella saavani tämän luvan, sillä se on ainoa tapa, jolla voin täyttää uudelleenjulkaisupyynnön vaivattomasti (kyllä, voisin kopioida sivut ja lähettää ne postitse, mutta eikö me eläkään 21. vuosisadalla?). Jos en saa lupaa, yksi laillinen ja helppo tapa jakaa tämä artikkeli olisi julkaista verkossa esipainosversio (eli käsikirjoitus, jonka olen kirjoittanut). Onneksi kustantajan tekijänoikeudet kattavat vain julkaistun version, eivätkä preprint-versioita. Toiset ovat toimineet tällä tavalla (ja liittäneet mukaan luettelon muutoksista, jotka tehtiin, jotta preprint-versio olisi identtinen julkaistun version kanssa). Tämä on epäoptimaalinen ratkaisu, mutta se maksimoi saatavuuden ja näkyvyyden. Yliopistollani on väljä vaatimus julkaista ainoastaan avoimissa lehdissä. Tästä Helsingin yliopiston avointa julkaisemista koskevasta politiikasta tehdään kuitenkin säännöllisesti poikkeuksia, mutta niiden saaminen tulee olemaan yhä vaikeampaa, kun EU tiukentaa rahoituspolitiikkaansa, mukaan lukien tutkimustulosten avoimen julkaisemisen vaatimukset . EU:n tulkinnan mukaan lehteä voitaisiin pitää avoimena, jos se sallii julkaistun artikkelin itsearkistoinnin, joka on toinen, ”vihreä” reitti avoimeen julkaisemiseen. Suomen Akatemia (minun pääasiallinen rahoittajani) on samaa mieltä: ”Suosittelemme lisäksi, että Akatemian rahoittamat tutkijat julkaisevat artikkelinsa avoimesti saatavilla olevissa tieteellisissä lehdissä, jos kyseisellä alalla on verkkolehtiä, jotka ovat vähintään yhtä korkealaatuisia kuin perinteiset tilauslehdet. Artikkelit voidaan myös tallentaa avoimesti saatavilla oleviin sähköisiin arkistoihin.” Helsingin yliopiston työntekijöille itsearkistointi on ollut minulle pakollista vuodesta 2010 lähtien . Se on mielestäni järkevää: Tutkijana työskentelen veronmaksajien rahoilla; siksi kaikkien veronmaksajien tulisi saada pääsy työni tuloksiin. Vaikka työskentelin tämän katsauksen parissa vain vapaa-ajallani, vaatimukset pätevät silti teknisesti ottaen, koska käytin tietokonetta, joka on maksettu veronmaksajien rahoilla… Pysykää kuulolla, ja jos tarvitsette artikkelin jo nyt (ettekä halua odottaa DLG:n päätöstä), lähettäkää minulle sähköpostia!

Viemärien avaaminen

Mon, 01 Aug 2005 00:00:00 +0000

Phyllida Brownin Nature-lehdessä julkaistu mielenkiintoinen artikkeli, jossa kuvataan VEGF-C/VEGFR-3-signaalinvälitysketjun löytämistä ja sitä, miten imukudosjärjestelmää koskevasta tutkimuksesta tuli ajankohtainen aihe: https://www.nature.com/articles/436456a .

Rekombinanttiproteiinien tuotanto, CAM-assayt, VEGF-D, transgeeniset hiiret

Sat, 01 Nov 1997 00:00:00 +0000