Showdown: GE Healthcaren Äkta vastaan Bio-Radin NGC

Tue, 07 Feb 2023 00:00:00 +0000

Olen puhdistanut proteiineja vuodesta 1996 lähtien. Työskentelin Äkta Explorer -laitteella vuoteen 2015 asti, jolloin päivitimme laitteistomme Äkta Avant -malliin. Vuonna 2020 laboratoriomme muutti, ja saimme käyttöön Bio-Rad NGC -laitteen, jota olemme käyttäneet nyt kahden vuoden ajan.Bio-Rad NGC:n kanssa kohtasimme monia ongelmia. Aluksi ajattelin, että tämä saattaisi olla normaalia järjestelmänvaihdon yhteydessä. Odotin ongelmien häviävän yksi kerrallaan. Olihan meillä ollut ongelmia myös silloin, kun vaihdoimme Explorerista Avant-laitteeseen.Kuitenkin kahden vuoden ja kymmenien puhdistuskierrosten jälkeenkin NGC:n ongelmat eivät näytä loppuvan. Aina kun ratkaisemme yhden ongelman, ilmestyy uusi, aiemmin tuntematon ongelma. Ja toisin kuin GE Healthcare, Bio-Radin asiakaspalvelu ei ole lähelläkään sitä, mitä olemme kokeneet GE Healthcaren kanssa. Kun IT-osastomme ei saanut Äktaa kytkettyä yliopistomme verkkoon, GE Healthcare lähetti Münchenin tiimistään insinöörin Helsinkiin korjaamaan ongelman. GE Healthcare arvosti oppimiskäyräämme ja tarjosi lisäksi jollekin tiimimme jäsenelle ilmaisen osallistumisen yhteen kursseistaan. Eikä heidän tukensa rajoittunut takuuaikaan! He todella halusivat meidän olevan tyytyväisiä laitteeseensa. Emme koe saavamme yhtä paljon tukea Bio-Radilta. Tuntuu aina siltä, että meidän on pakotettava heidät ratkaisemaan NGC:n kanssa kohtaamamme ongelmat, ja heidän vasteaikansa on selvästi alle asiakkaiden odotusten.Tämä on ensimmäinen useista blogikirjoituksista, joissa verrataan Äktaa ja NGC:tä. Toivon, että löydän aikaa kirjoittaa tarkemmin kaikista ongelmistamme seuraavien kuukausien aikana.Päätimme vuonna 2015, että tarvitsimme vihdoin uuden FPLC:n. Äkta Explorer -laitteemme oli tulossa käyttöikänsä päähän, ja olimme saaneet noin 100 000 rahoitusta keskuslaitoksemme FPLC:n uusimiseen. Laite oli niin kallis, että meidän piti käydä läpi virallinen tarjouskilpailumenettely (tuolloin raja oli 30 000 €, mutta se on sittemmin nostettu 60 000 €:ksi). Kilpailijoita oli vain kaksi: Bio-Rad Discover NGC ja GE Healthcare Äkta Avant. Bio-Rad oli halvempi (82 810 € verrattuna 95 470 €), mutta päätimme ostaa GE Healthcaren laitteen. Yksi tärkeä syy oli se, että kaikki käyttäjämme olivat tottuneet käyttämään Äkta Exploreria ja sen Unicorn-ohjelmistoa. Vaihtaminen olisi yksinkertaisesti häiritsevää ja vaatisi meiltä paljon tukea ja aikaa. Oli kuitenkin myös teknisiä syitä, joiden vuoksi pidimme Äktaa parempana kuin NGC:tä: Äkta Avantin edut

Kapa HiFi on loistava, Phusion toimii tavallaan, Q5 ja Platinum SuperFi tuottavat pettymyksen

Fri, 02 Dec 2016 00:00:00 +0000

Viimeisin NEBuilder-kokoonpanoni juuttui, koska en saanut kahta PCR-reaktiota toimimaan. Tarvitsin yhden pienen fragmentin ja kaksi noin 3 kb:n fragmenttia. Minun piti lisätä 2A-sekvenssi pienen fragmentin ja yhden 3 kb:n fragmentin väliin, joten lisäsin tarvittavat sekvenssit alukkeiden päihin. Malli ei ollut erityisen GC-rikas, ei mitään liian monimutkaista, mutta ensimmäisellä yritykselläni amplifioitui vain pieni fragmentti. Kun myöskään toisella yritykselläni ei onnistunut amplifioida 3 kb:n fragmentteja, päätin kokeilla joitakin vaihtoehtoisia polymeraaseja. Kloonauskäyttöön olen viime vuosina käyttänyt yksinomaan Phusion High Fidelity -DNA-polymeraasia (valmistaja New England Biolabs tai ThermoFisheriltä ), mutta ehkä oli olemassa jotain parempaa ja luotettavampaa? Sain kolme erilaista ilmaista näytettä testattavaksi: KAPA HiFi HotStart , NEB Q5® High-Fidelity sekä ThermoFisher Platinum SuperFi™ . Tutkijakoulutettavani suoritti PCR-reaktiot eilen, ja minä ajoin geelit tänään. Geelien laadusta voi nähdä, että rutiinini on hieman ruostunut, mutta tulokset ovat kokonaisuudessaan varsin selkeät, ja tulevaisuudessa KAPA tulee olemaan ensisijainen valintamme vaikeiden templaattien kanssa. Mielestäni KAPA:n korjauskyky on hieman Phusionia heikompi, mutta en välitä siitä, jos 2 % DNA-tuotteista sisältää mutaation 0,5 %:n sijaan.Liitteenä olevasta PDF-tiedostosta näet, että jatko-opiskelijani lisäsi kaksi ylimääräistä näytettä Phusion-polymeraasille, joissa hän käytti samoja olosuhteita, mutta erilaista templaattia (superkiertynyt plasmidi lineaarisen DNA:n sijaan). Yllättäen Phusion-polymeraasi onnistui amplifioimaan superkiertyneestä DNA:sta paljon paremmin kuin (samasta) lineaarisesta DNA:sta; en osaa selittää tätä…

Vertailu on Michael’s Domain

Showdown: GE Healthcaren Äkta vastaan Bio-Radin NGC

Kapa HiFi on loistava, Phusion toimii tavallaan, Q5 ja Platinum SuperFi tuottavat pettymyksen