Vienti on Michael’s Domain

Proteiinien puhdistus Äkta- ja Unicorn-järjestelmillä

Sun, 19 Apr 2026 00:00:00 +0000

Proteiinit (ja muut biomolekyylit) puhdistetaan useimmiten kromatografisilla menetelmillä. Vain muutamat valmistajat ovat kehittäneet erityisesti biomolekyyleille, kuten proteiineille, nukleiinihapoille ja viruksille, optimoituja kromatografiajärjestelmiä. Tunnetuimpia järjestelmiä ovat BioRadin NGC-sarja ja Cytivan Äkta-sarja. Tiedekuntamme on hiljattain hankkinut Äkta Avant -laitteiston, ja sen käyttöönotto on aivan loppusuoralla. Se on jo integroitu varausjärjestelmään, ja ainoastaan automaattinen varmuuskopiointijärjestelmä puuttuu vielä. Olen käyttänyt Äkta-laitteita vuodesta 1996 lähtien, jolloin professori Jorma Keski-Oja osti yhden ensimmäisistä Äkta Explorer -laitteistoista Haartman-instituuttiin. Ohjelmistona oli ja on edelleen Unicorn, mutta nykyisin käytössä on versio 7, joka näyttää huomattavasti nykyaikaisemmalta kuin viime vuosituhannen Unicorn-versiot: se on paljon selkeämpi ja vähemmän sekava. Kuitenkaan edes yli 10 vuoden kehitystyön jälkeen Unicorn 7 ei vastaa ominaisuuksiltaan täysin vanhoja versioita. Siksi Evaluation-moduuli tarjoaa mahdollisuuden vaihtaa takaisin Evaluation Classic -näkymään. Jos haluat esimerkiksi esitellä yksilöllisiä ja tyylikkäitä kromatogrammeja luennoillasi, tarvitset edelleen Evaluation Classic -versiota! Vaikka uudessa Evaluation-moduulissa on pikatoimminot käyrien viemiseksi suoraan esitysohjelmiin (kuten PowerPointiin), tämä vienti perustuu täysin pikseligrafiikkaan, eikä kuva ole enää helposti muokattavissa viennin jälkeen. Käyrät kannattaa viedä alan standardimuotoiseen vektorigrafiikkamuotoon: SVG-muotoon. Voit muokata sitä millä tahansa nykyaikaisella vektorigrafiikkaohjelmalla, kuten Canvalla, Adobe Illustratorilla tai Inkscapella. Kun klikkaat hiiren kakkospainikkeella kromatogrammin sisällä Evaluation Classic -näkymässä, voit tallentaa kromatogrammin metatiedostona. Nykyisessä Unicorn-versiossa tämä kuitenkin aiheuttaa virheen Windows 11 -ympäristössä. Ongelman voi kuitenkin kiertää seuraavasti:

Vienti Avidemuxista MP4-muotoon

Sat, 20 Sep 2025 00:00:00 +0000

Jostain syystä Helsingin yliopiston Unitube kaatuu yritettäessä ladata MKV-tiedostoa. Sama toimi vielä viime vuonna… Vain suljetut tiedostomuodot näyttävät olevan ok (kuten MP4). Tämä aiheuttaa minulle paljon lisätyötä, sillä käytän avoimen lähdekoodin työkaluja luentotallenteideni editointiin (lähinnä turhien osien pois leikkaamiseen). MP4-tiedoston luominen edellyttää kuitenkin transkoodausta, mikä on aikaa vievä prosessi ja vaatii monien oletusasetusten muuttamista. Käytän siihen avoimen lähdekoodin ohjelma nimeltä Avidemux:

NFS-vienti asennetaan seuraavasti

Wed, 23 May 2007 00:00:00 +0000

sudo mount -t nfs -o rw server:/var/www /webserver tai mount server:/var/www /webserver Kiinnitys voidaan lisätä tiedostoon /etc/fstab, esim.:server:/var/www /webserver nfs rsize=8192,wsize=8192,timeo=14,intr,userTämä ei liitä NFS-vientiä automaattisesti käynnistyksen yhteydessä, mutta kuka tahansa käyttäjä voi liittää sen suorittamalla komennon “mount /webserver”. Huomaa, että jos olet liittänyt toisen tiedostojärjestelmän /var/www-kansion alle (esim. jos säilytät kaikki HTML-tiedot erillisellä osiolla, kuten /var/www/htdocs), nämä eivät ole käytettävissä, ellet vie osion liitäntäpistettä erikseen!

Mitkä NFS- ja SMB-jakot ovat käytettävissä palvelimella (showmount, smbclient)?

Thu, 05 Apr 2007 00:00:00 +0000

Komento, jolla selvitetään, mitkä jaetut resurssit ovat käytettävissä esimerkiksi tietokoneessa 192.168.0.2, on seuraava: NFS:n tapauksessa: /usr/sbin/showmount -e 192.168.0.2 Samba:n tapauksessa: smbclient -L 192.168.0.2

NFS-resurssit ja automaattinen liittäminen

Wed, 04 Apr 2007 00:00:00 +0000

Verkon jokaisella tietokoneella on käynnissä NFS-palvelin, joka käynnistyy järjestelmän käynnistyksen yhteydessä (muokkaa käynnistystasoa tämän mahdollistamiseksi). Suse Linuxissa NFS-jakotiedostot voidaan määrittää YAST-ohjelmassa (NFS-palvelimen määritykset) tai suoraan tiedostossa /etc/exports. Älä määritä etäjuurihakemistoa toimimaan paikallisena juurihakemistona! Jakot on määritettävä siten, että niihin pääsee käsiksi vain paikallisverkosta 192.168.0.0/24 tai 192.168.0.0/255.255.255.0. /media/downloads/ 192.168.0.0/255.255.255.0(root_squash,sync)UID-tunnusten on oltava samat kaikilla tietokoneilla, jotta käyttöoikeudet toimivat oikein. Jos ne ovat erilaisia, voit muuttaa niitä YAST:ssa. Muutosten jälkeen tiedostojen ja hakemistojen omistajaksi asetetaan vanha käyttäjätunnus, joten sinun on muutettava omistajaa globaalisti: chown -R --from=1001 marzena / Muuta myös kotihakemistossa olevien piilotiedostojen käyttöoikeudet: /home/marzena chown -R --from=1001 marzena .[a-zA-Z0-9]*Muut tietokoneet pääsevät käsiksi NFS-jakeluihin automaattisen liittämisen avulla, eikä niitä määritetä tiedostossa /etc/fstab!