VIINI on Michael’s Domain

WINE-regressiotestaus

Sun, 30 Nov 2008 00:00:00 +0000

Käytän Textco :n Gene Construction Kit -ohjelmaa (versio 2.5) DNA-vektori-karttojen piirtämiseen. Valitettavasti tämä yritys ei välitä Linux-käyttäjistä. Siksi joudun käyttämään WINE:tä Windows-version ajamiseen. Voisin tietenkin käyttää VMware:tä, VirtualBoxia tai Parallelsia, mutta onko se tarpeen vain pienen ohjelman ajamiseksi? Valitettavasti joko Gene Construction Kit (GCK) ei ole koodattu standardien mukaisesti tai WINE ei vieläkään pysty tarjoamaan täyttä yhteensopivuutta, mutta silloin tällöin WINE-päivitys aiheuttaa sen, että ohjelma ei enää toimi. Siksi jouduin turvautumaan regressiotestaukseen löytääkseni version, joka vielä toimii GCK:n kanssa. Tässä on komentoluettelo ja mitä tein:cdmkdir winecvs -z 3 -d :pserver:cvs@cvs.winehq.org:/home/wine checkout wine (salasana 'cvs')cvs update -PAd -D"2007-06-01 CDT"./configuremake dependmakesudo make installEdellä mainitun päivämäärän lähdekoodi on uusin, joka näyttää toimivan.

Miten Gene Construction Kit -ohjelmaa käytetään Linuxissa?

Sat, 26 May 2007 00:00:00 +0000

On vain muutamia Mac- tai Windows-ohjelmia, joille ei ole hyvää vastinetta Linuxissa. Yksi näistä harvoista on Textcon Gene Construction Kit (GCK). GCK on saatavilla sekä Windowsille että Macille. Sen pitäisi siis olla mahdollista ajaa i86-Linux-koneella Wine-ohjelmiston (eräänlainen emulaattori) avulla. Yritin sitä, mutta epäonnistuin (en tosin yrittänyt kovin kovasti). Luultavasti mikä tahansa Windows-ohjelma voidaan kuitenkin ajaa Linuxissa VMware -ohjelmiston avulla. Valitettavasti VMware on kaupallinen ja kallis (mutta siitä on saatavilla täysin toimiva, ajallisesti rajoitettu demoversio). GCK toimii ongelmitta VMware 4.0:n, W2K:n ja RedHat 9:n alla. Ainoa pettymys VMware:ssä on ”Shared Folders” -vaihtoehto. On paljon parempi jakaa Linuxin kotihakemisto Samban kautta ja saada se automaattisesti kiinnitettynä, kun kirjaudut emuloituun Windows-käyttöjärjestelmään. Onnistuin jopa piilottamaan kotihakemistostani Linux-spesifiset tiedostot, joiden nimi alkaa pisteellä (kuten .mozilla), lisäämällä rivin ”hide dot files = yes” Samba-määritystiedostoon /etc/samba/smb.conf. Vaikka käytän tällä hetkellä VMwarea, aion siirtyä Wineen välttääkseni kaikenlaista Microsoftin koodia.

Viini- ja monialatoimisto

Sat, 26 May 2007 00:00:00 +0000

Koska olin kyllästynyt VMwareen (koska se on niin hidas ja vie puolet muististani), käännyin Winen puoleen. Mutta Wine näyttää olevan erittäin vaikea asentaa. Tyypillistä Linuxia. Se toimii kyllä, mutta ellei siihen käytä kokonaista viikkoa, sitä ei saa toimimaan. Siinä vaiheessa apuun tulee Crossover Office -sovellus. Se on vain joukko apusovelluksia, jotka helpottavat Wine-asennusta. Tämä koskee tiettyjä Windows-sovelluksia, eikä suurinta osaa Windows-sovelluksista tueta. Hankin siis Crossover Officen demoversion ja aloitin asennuksen (root-oikeuksilla). Sovellus asennettiin ilman ongelmia. Asennuksen jälkeen käynnistin Crossover Office Setup -sovelluksen. Siitä käsin asennetaan Windows-sovellukset. Halusin kokeilla Microsoft Office XP:tä (koska se on lisensoitu koko yliopistolle). Tein virheen valitsemalla ”Asenna kaikki”. Asennusohjelma pakotti minut asentamaan myös Microsoftin Internet Explorerin ja joukon muuta roskaa. Sitten Office XP:n asennusohjelma lakkasi vastaamasta kesken prosessin. Odotin kaksi tuntia, mutta edistymispalkki ei liikkunut eikä levyllä ollut mitään toimintaa. Joten jouduin keskeyttämään asennuksen ja jättämään jälkeeni sotkun. Toinenkin asennusyritys epäonnistui. Niinpä ajattelin käyttää Windowsin asennuksenpoisto-ohjelmaa. Sekin epäonnistui. Asennuksen poistaminen Crossover Officen sisällä epäonnistui myös. Joten ajattelin poistaa koko Crossover Officen (Crossover Officen bin-kansiossa on asennuksenpoistoskripti, jota ei mainita juuri missään dokumentaatiossa). Se toimi, mutta ilmeisesti ei poistanut kaikkea. Minun piti silti poistaa manuaalisesti useita kansioita, mutta pahinta oli, että Gnome-valikkokohteet eivät poistuneet. Gnome-valikkokohdat ovat melko hankala juttu, koska ne eivät sijaitse yhdessä paikassa. Gnome käyttää jonkinlaista ”virtuaalikansio” (vfolder) -järjestelmää valikoiden luomiseen. Toisin sanoen valikot kootaan lennossa useiden eri paikoissa sijaitsevien XML-tiedostojen perusteella. Mutta luulen, että löysin ne kaikki ja poistin kohdat manuaalisesti. Olin ilmeisesti tehnyt koodausvirheen, sillä tämän jälkeen koko valikko katosi. Virhe oli ilmeisesti ~/.gnome2/vfolders/applications.vfolder-info-tiedostossani. Tietysti minulla ei ollut varmuuskopiota, joten kopioin saman tiedoston hakemistosta /root/.gnome2/vfolders kotihakemistooni. Sen jälkeen asensin Crossover Officen uudelleen ja asensin vain Microsoft Word XP:n, ja se toimi! Valikossa ”Windows Applications/Programs/” näkyi hieno merkintä. Sitten asensin Adobe Photoshop 6.01:n. Asennus sujui ongelmitta, mutta sen jälkeen Microsoft Word -kohta oli kadonnut valikosta. Myöskään kohdassa ”Windows Applications/Programs/Adobe” ei ollut Photoshop-kohtaa. Siellä oli vain ImageReady-kohta. Näyttää siltä, että jokainen uusi asennettu sovellus poistaa aiemmin asennetun sovelluksen valikkokohdat. Hierarkkinen kansiorakenne säilyy kuitenkin ennallaan; vain viimeinen merkintä on kadonnut ja korvautunut pisteellä valikon viimeisessä kansiossa. Muuten Photoshop toimi, sillä sen voi käynnistää ImageReady-ohjelman sisältä. Sekä Office XP että Adobe Photoshop ovat sovelluksia, joita Crossover Office ”tukee”. Nyt yritin asentaa sovelluksen, jota ei tueta, eli Gene Construction Kit 2.5:n (GCK2.5). Ensimmäiseksi Crossover Office ilmoitti, että asennus-CD:llä on piilotiedostoja ja että minun on tehtävä muutoksia fstab-merkintöihin pääkäyttäjänä, jotta nämä tiedostot voidaan lukea. Tein niin ja jatkoin asennusta. Asennus saatiin päätökseen, ja valikossa kohdassa ”Windows Applications/Programs/Gene Construction Kit 2.5” oli valikkokohta nimeltä ”Uninstaller”. Päätin, että Uninstaller-ohjelma oli asennettu GCK2.5-sovelluksen jälkeen, ja poistin sen vuoksi jälkimmäisen valikkokohdan. Vielä kummallisempaa oli, että kirjautuessani ulos ja takaisin sisään jopa Uninstaller-kohta oli kadonnut valikosta. Myös kaikki muut ohjelmakohdat olivat kadonneet. Tajusin, että kaikki valikkokohdat ovat yksittäisiä tiedostoja hakemistossa /home/jeltsch/.gnome2/applications. Niillä on tiedostotunniste .desktop, ja ne ovat XML-tiedostoja, joiden rakenne on suhteellisen yksinkertainen. Yksi esimerkki:> more Internet\ Explorer.desktop[Desktop Entry]Name=Internet ExplorerType=ApplicationComment=Internet ExplorerExec=/opt/cxoffice/bin/wine “C://Program Files//Internet Explorer//IEXPLORE.EXE” X-Created-by=cxoffice Icon=/home/jeltsch/.cxoffice/dotwine/fake_windows/Windows/Icons/9d75_iexplore.-32528.xpm [jeltsch@mcblpc2 applications]$ more CXTree-Windows_Applications-Programs-Internet_Explorer.desktop[Desktop Entry]Name=Internet ExplorerType=ApplicationComment=Internet ExplorerExec=/opt/cxoffice/bin/wine “C://Program Files//Internet Explorer//IEXPLORE.EXE” X-Created-by=cxoffice Icon=/home/jeltsch/.cxoffice/dotwine/fake_windows/Windows/Icons/9d75_iexplore.-32528.xpm Categories=Application;X-cxoffice;X-CXTree-Windows_Applications-Programs;Näyttää siltä, että kaikki Crossover Office -asennusohjelman luomat merkinnät ovat edelleen tässä hakemistossa. Nyt minun täytyy vain selvittää, miksi ne eivät näy. Tietenkin voin käynnistää sovellukset kirjoittamalla Exec-kentän merkinnän komentoriville, mutta se on jotenkin hankalaa. Testatakseni GCK2.5:tä käynnistin sen komentoriviltä, ja se todellakin avautui. Ensin se pyysi asennus-CD:tä (jonkinlainen kopiosuojausmekanismi). Se oli asemassa, mutta jostain syystä minun piti poistaa se ja laittaa se takaisin, jotta se näkyisi. Se toimi hyvin, ja ruutu avautui, johon syötin nimeni ja organisaationi. Mutta sitten se valitti ihmeellisellä tavalla: ”Sovellusta ei voitu käynnistää, koska muistia ei ole tarpeeksi”. Nyt minun on ratkaistava tämä ongelma, koska GCK2.5 on minulle luultavasti tärkein sovellus, jolle ei ole Linux-vastaavaa.

GCK2.5:n virheenkorjaus Wine-ympäristössä

Fri, 25 May 2007 00:00:00 +0000

GCK 2.5.9 toimii Wine-ympäristössä (Crossover Office 2.01 -versio). 2.5.9-päivityksen jälkeen virheilmoitusta ”Sovellusta ei voitu käynnistää, koska muistia ei ole tarpeeksi” ei enää näy. GCK käynnistyy ongelmitta ja on osittain käyttökelpoinen. Itse asiassa se näyttää toimivan täysin (mukaan lukien Deluxe-tuonti) yhdellä suurella poikkeuksella: uusia tiedostoja ei voi luoda (ohjelma sulkeutuu, kun valitaan ”File – New”). Tyhjä ikkuna, jossa voi valita luotavan GCK-tiedoston tyypin (sekvenssi, kuvitus jne.), avautuu otsikolla ”New Window”, mutta se ei täyty sisällöllä ja sovellus sulkeutuu.

GCK2.5:n virheenkorjaus Wine-ympäristössä

Fri, 25 May 2007 00:00:00 +0000

Uusi ikkuna, jota ei saada näkyviin, sisältää (kun ohjelmaa ajetaan suoraan W2K:ssa) seuraavan tekstin (sekä valintapainikkeet neljälle eri tiedostotyypille):Valitse tiedostotyyppi Rakenne (Ctrl-C)Kuva (Ctrl-I)Luettelo (Ctrl-L)Geeli (Ctrl-G)Uusi tiedostonimiOKPeruutaEri valintapainikkeisiin liittyvät tekstit näkyvät ensin virheenkorjaustiedostossa seuraavilla riveillä (kuten komennolla ”grep -n ”List” all_output > List_output” jne. määritetään): 3890577 Gel3885836 Illustration3881107 List3876329 ConstructTämä on juuri sillä alueella, jolle ennustimme virheen sijoittuvan. Katsotaanpa nyt, mitä tapahtui vähän ennen ja jälkeen näiden komentojen antamista. Käytettyäni GCK2.5:tä Wine-ympäristössä vielä hetken, huomasin, että on olemassa toinenkin toiminto, joka aiheuttaa ohjelman kaatumisen ilman virheilmoitusta, nimittäin ”find sequence” -toiminto. Myös tässä tapauksessa näyttöön avautuu valintaikkuna, johon käyttäjän on tarkoitus kirjoittaa nukleotidisekvenssi. Ehkä näillä kahdella kaatumisella on jotain yhteistä, mikä voisi auttaa tunnistamaan sen ratkaisevan järjestelmäkutsun, joka saa ohjelman kaatumaan.

Lisätietoja GCK2.5:stä Wine-ympäristössä

Thu, 24 May 2007 00:00:00 +0000

Käytettyäni GCK 2.5:tä Wine-ympäristössä olen havainnut lisää virheitä, jotka aiheuttavat ohjelman odottamattoman sulkeutumisen. En ole kuitenkaan käyttänyt CrossOver Officea viime aikoina (koska sen kokeilujakso on päättynyt, eikä pomoni tietenkään suostu käyttämään senttiäkään Linux-ohjelmiin). Käytän siis Suse 9:n mukana tulevaa Wine-oletusasennusta. Kopioin entisestä .cxoffice-hakemistosta väärennetyn Windows-hakemiston. Seuraavat virheet ovat olemassa (ne ilmenevät aina, kun avautuu ikkuna, jossa vaaditaan aakkosnumeeristen arvojen syöttämistä näppäimistöllä): 1. Uuden tiedoston luominen (tiesin tästä jo aiemmin). Mielenkiintoista on, että ohjelman käynnistyessä avautuva (tyhjä) uusi tiedosto voidaan tallentaa ilman ongelmia… 2. Etsi merkkijono (hetken ajan näkyy ”Etsi esiintymä” -ikkuna, minkä jälkeen ohjelma sulkeutuu) 3. Joskus (ei aina), kun valitun sekvenssin väriä muutetaan, ohjelma kaatuu. 4. Ominaisuudet -> Tee alue 5. Kun valitaan sekvenssi ja haetaan tietoja

Adobe Acrobat 5.0.5 Wine-ympäristössä

Wed, 23 May 2007 00:00:00 +0000

Asensin Acrobat 5:n uudelleen, jotta voisin käyttää sitä Wine-ympäristössä. Se ei toiminut. Syynä näytti jälleen olevan laajennus: DocBox.api. Kun poistin sen, kaikki sujui ongelmitta. Jo aiemminkin (käyttäessäni RedHat 9:ää) minulla oli ollut ongelmia Acrobat-laajennuksen kanssa (tuolloin se oli WebPDF.api). Suurin osa PDF-tiedostojen käsittelystä sujuu helposti Linux-työkaluilla, mutta yksi asia on hankala: jo olemassa olevien PDF-tiedostojen rajaaminen. Siksi tarvitsen Acrobatia.

Winen ajaminen aidossa Windows-asennuksessa

Wed, 23 May 2007 00:00:00 +0000

Ajattelin, että Wine saattaisi toimia paremmin aidossa Windows-asennuksessa. Niinpä muutin osioiden kokoa vapauttaakseni noin 8 GB tilaa. Valitettavasti osiointiohjelma ei ollut kovin hyvä, sillä menetin yhden osioistani (sen, johon olin tallentanut kaikki lataukseni…). Päätin siis aloittaa puhtaalta pöydältä ja alustin koko kiintolevyn. Ensin osioin levyn cfdisk-ohjelmalla. Sitten asensin Windows 98:n asennus-CD:ltä FAT32-osioon ja sen jälkeen Windows 2000:n asennus-CD:ltä toiseen FAT32-osioon (halusin asentaa Windows XP:n, mutta asennus-CD ei suostunut käynnistämään tietokonettani). Sen jälkeen asensin Suse 9:n uudelleen ja kopioin kotikansioni takaisin varmuuskopiolevyltäni. Toistaiseksi Wine toimii hyvin (tehtyäni joitakin pieniä säätöjä tiedostossa $home/.wine/config ja liitettyäni Windows 98 -osion komennolla `mount -t vfat -o uid=jeltsch,gid=users,fmask=644,dmask=755 /dev/hda1 /media/win98). Ilman uid-, gis-, fmask- ja dmask-vaihtoehtoja et voi kirjoittaa mitään osiolle.

Viini ja Adobe Illustrator (AIRes.dll-tiedostoa ei löydy)

Mon, 21 May 2007 00:00:00 +0000

Adobe Illustrator ei suostunut käynnistymään Wine-ympäristössä, koska se ei löytänyt tiedostoa AI90Res.dll. Tämä tiedosto sijaitsee Illustratorin asennuksen jälkeen polussa: ~/.cxoffice/dotwine/fake_windows/Program Files/Adobe/Illustrator 10/Support Files/Contents/Windows/System. Siirsin sen vain yhden hakemiston ylemmäs, ja kaikki alkoi toimia.

Viini vs. monitoimitoimisto

Thu, 26 Feb 2004 00:00:00 +0000

Olen käyttänyt useita Crossover Office -ohjelman kokeiluversioita (2.0.1 ja 2.0.2). Itse asiassa se ei tee kovinkaan paljon. On tosin myönnettävä, että siinä on muutamia käteviä toimintoja: ”Reset Crossover Office”, jolla voi lopettaa jumittuneet Wine-sovellukset, ja ”Simulate Windows Reboot”. Nämä ovat itse asiassa skriptejä (sijaitsevat kansiossa /opt/cxoffice/bin), jotka voitaisiin suurelta osin korvata omilla ratkaisuilla.