Yliopisto on Michael’s Domain

Keskityn vääriin asioihin

Wed, 22 Apr 2026 00:00:00 +0000

Nyt on pakko avautua, mutta kuunnelkaa loppuun asti. Sen sijaan, että työskentelisin sen parissa, miten hyödyntää tekoälyä omalla alallani, minä:

Suomen 1000 tohtoria -pilottihanke

Tue, 28 Nov 2023 00:00:00 +0000

Suomen hallitus aikoo rahoittaa 1 000 uutta, täysin rahoitettua tohtoriopiskelijapaikkaa, jotka aloitetaan lukuvuonna 2024/2025. Rahat (85 000 €/vuosi kutakin tohtoriopiskelijaa kohti) jaetaan kilpailun perusteella suomalaisten yliopistojen kesken, ja osa varoista käytetään tohtoriopiskelijoiden palkkojen maksamiseen kolmen vuoden ajan. Ehkä yksi tämän aloitteen taustalla olevista syistä on se, että Suomi on jäänyt jälkeen OECD:n tilastoissa korkeasti koulutettujen työntekijöiden määrässä. Kysymys on, nostaako tämä kertaluonteinen meno todella koulutustasoa vai vain kasvattaa lukuja. Tohtoriopintojen keskimääräinen kesto on Suomessa noin seitsemän vuotta. Jotta kolmivuotiset tohtoriopinnot voitaisiin toteuttaa näin laajassa mittakaavassa, on odotettavissa, että tohtorintutkinnon vaatimuksia madalletaan. Itse asiassa vaatimuksia on jo lievennetty, mutta lisää ”lievennyksiä” saattaa vielä olla tulossa. Näiden lisäksi yliopistot pyrkivät virtaviivaistamaan kafkamaisen absurdia ja keskiaikaista hallintoprosessia, joka voi helposti kestää puoli vuotta viimeisen käsikirjoituksen valmistumisesta varsinaisen tohtorintodistuksen saamiseen.Monet muut tiedotusvälineet ovat raportoineet tästä pilottihankkeesta; tässä on yksi artikkeli, joka on saatavilla myös englanniksi: https://acatiimi.fi/2023/11/28/for-once/Although Vaikka useimmat ovat tyytyväisiä lisärahoitukseen, lähes kaikki suhtautuvat asiaan jossain määrin skeptisesti. Hyvät aikomukset eivät riitä, ja tässä pilottihankkeessa on monia vakavia ongelmia:

Turingin testi ja tenttivastaukset: Pystynkö paljastamaan tekoälyn?

Thu, 29 Dec 2022 00:00:00 +0000

Suomalaisessa päivälehdessä Helsingin Sanomat GPT-3 ja Jyväskylän yliopiston Laura Ketonen pohtivat, miten tekoäly vaikuttaa opiskelijoiden arviointiin ( Tekoäly ravistelee opiskelijoiden arviointia , englanniksi: Artificial intelligence shakes up student assessment). Yksi tekoälyn ilmeisistä ”sovelluksista” olisi tenttivilppi. Lauran mielipidekirjoitus herätti melko paljon reaktioita. Jotkut vastasivat, että tekoäly tuottaa sisältötöntä tekstiä . Toiset mainitsivat, ettei tekoälyllä ole rohkeutta ja aloitteellisuutta . Tuntuu siltä, että me ihmislajina joudumme pian kamppailemaan yleisen alemmuuskompleksin kanssa.Luonnontieteiden tenttitilanteessa kandidaatin tai maisterin tasolla aloite on opettajalla, ja opiskelijat ovat määritelmän mukaan reaktiivisia. Miten määritellään tyhjä teksti, kun pyydetään selittämään glykoinsinööritiedettä? Elämäntieteissä rohkeus ja aloitteellisuus ovat olennaisia piirteitä jokaiselle tulevaisuuden tiedemiehelle. Mutta ilman vankkaa tietopohjaa rohkeus ja aloitteellisuus johtavat harvoin vaikuttaviin uusiin kehityssuuntiin. Tällä hetkellä emme voi vielä ulkoistaa tätä perustaa tekoälylle. Siksi vaadimme opiskelijoilta vankkaa tietopohjaa, josta rohkeus ja aloitteellisuus voivat ammentaa kukoistakseen. Ehkä helpoimmat tulokset voidaan saavuttaa pelkästään rohkeudella ja aloitteellisuudella. Mutta nykypäivän ongelmien ratkaiseminen vaatii lisäksi vankkaa tietopohjaa (”seisominen jättiläisten hartioilla”). Arvioidessamme tekoälyä teemme todennäköisesti samat virheet kuin ihmiset tekevät kaikkien uusien teknologioiden kohdalla: yliarvioimme sen vaikutuksen lyhyellä aikavälillä, mutta aliarvioimme sen vaikutuksen pitkällä aikavälillä. (Kapea) tekoäly on kerta toisensa jälkeen onnistunut tunkeutumaan aloille, jotka aiemmin olivat varattuja ihmisille. Ei ole mitään syytä olettaa, ettei tämä kehitys jatkuisi. Voi hyvinkin olla, että tällä hetkellä hallitsevat tekoälyn lähestymistavat (syväoppiminen, koneoppiminen, neuroverkot, tilastolliset menetelmät) eivät johda tulevaisuudessa merkittäviin läpimurtoihin kohti ihmisen kaltaista yleistä tekoälyä, ehkä jopa itsetietoista tekoälyä. Emme edes tiedä, miten ihmisen tietoisuus syntyy. Toisaalta olen samaa mieltä Daniel Dennettin ajatuksesta, että tietoisuudessa ei ehkä olekaan vaikeaa ongelmaa: tietoisuus on se, mitä saat, kun olet ratkaissut kaikki helpot ongelmat. Joka tapauksessa, jos itsetietoisuudesta vailla oleva tekoäly muuttuu erottamattomaksi itsetietoisesta tekoälystä, mikä ero niillä on ja miten voisimme sen tietää? Olen varma, että jossain vaiheessa pystymme myös ulkoistamaan tietomme kokonaan. Googlen avulla olemme jo alkaneet ottaa pieniä askelia tähän suuntaan, mutta tarvitsemme paremman tietokone-aivo-rajapinnan, jotta voimme täysin omaksua tiedon ulkoistamisen konseptin. Deep Blue voitti kansainvälisen suurmestarin Garry Kasparovin vuonna 1997. En halunnut hyväksyä tätä ihmisen kärsimää tappiota ja julistin pelin epäreiluksi: Deep Blue kaatui ja sitä jouduttiin käynnistämään uudelleen kerran kuuden pelin turnauksen aikana, mikä oli mielestäni sama asia kuin jos ihminen olisi kuollut pelin aikana (tai ainakin herätetty henkiin elvytyksellä). Vuonna 2016 tietokoneet ohittivat ihmiset Go-pelissä, ja nykyään ne voittavat ihmisiä jopa pokerin kaltaisissa peleissä, joissa vaaditaan hienostuneita psykologisia temppuja, kuten bluffaamista. Testatakseen, miten tekoäly pärjää opiskelijoille tenttitilanteessa, Patrick lisäsi yhden tekoälyn tuottaman vastauksen opiskelijoiden vastauksiin äskettäin pidetyssä tentissä. Tämä idea toi arviointiin jännittävän käänteen! Luulen, että tiesin, mikä tekoälyn vastaus oli. Olin kuitenkin kokeillut GPT-3:a aiemmin ja tiesin, että – ilman hienosäätöä – tekoäly on liian tarkka ja järjestelmällinen kysymyksiin vastaamisessa. Esimerkiksi kolmiosaisessa kysymyksessä tekoäly vastaa yleensä järjestelmällisesti kaikkiin kolmeen osaan. Lisäksi tekoäly ei tuntenut luentojeni tarkkaa sisältöä, minkä vuoksi tekoälyn vastauksen tunnistaminen oli suhteellisen helppoa. Patrickin on vielä paljastettava, tunnistinko tekoälyn vastauksen oikein… Tekoäly (tai se, minkä tunnistin tekoälyksi) suoriutui huonommin kuin paras opiskelija, mutta kaiken kaikkiaan se pärjäsi todella hyvin. On selvää, että tulevissa tenttikysymyksissämme on keskityttävä entistä enemmän kriittiseen ajatteluun ja kuvitteellisiin esimerkkeihin, joita tekoäly ei voi tietää valtavasta koulutusaineistostaan. Mutta kun otetaan huomioon tekoälyn tulevaisuudessa käytettävissä olevan tiedon kasvava määrä, tekoäly voi tukeutua muiden ihmisten kriittiseen ajatteluun. Seuraavan sukupolven tekoäly (ChatGPT-4 ja Googlen LaMDA) odottaa jo julkista julkaisua… Pienillä hienosäätöillä Patrick olisi voinut helposti huijata minua. Ehkä hän on jo huijannutkin… Jos hän käski tekoälyä rikkomaan vastausmallia tahallaan ja jos hän koulutti GPT-3:a käyttäen luentokalvojani viitemateriaalina, en voi enää olla varma mistään. Kerron teille, onnistuinko tunnistamaan tekoälyn oikein, kun Patrick paljastaa, mitkä vastaukset olivat tekoälyn tuottamia. PÄIVITYS: Minä (samoin kuin muutkin opettajat) tunnistin tekoälyn vastaukset oikein. Yleinen mielipiteemme oli, että jos meitä ei olisi varoitettu siitä, että yksi vastauksista oli tekoälyn tuottama, emme olisi huomanneet sitä. Tekoälyn vastausten laatu riippui kysymyksen tyypistä. Näytti siltä, että (tällä hetkellä) suhteellisen helppo tapa hämätä tekoälyä on antaa kysymykseen vastaamiseen tarvittavat tiedot graafisessa muodossa. Mutta olen varma, että tekoäly oppii yhdistämään kuvia ja tekstiä hyvin pian.

Yliopistopedagogiikka (UP2.2, 2019): Oppimisen arviointi ja palautteen antaminen

Fri, 02 Oct 2020 00:00:00 +0000

Opettajaksi valmistuminen SuomessaYliopistopedagogiikan (UP) 60 op:n moduulin tutkintovaatimukset koostuvat 25 op:n perusopintoista ja 35 op:n syventävistä opinnoista. Vaikka UP keskittyy yliopisto-opetukseen, suoritettu moduuli antaa pätevyyden myös kouluopetukseen. Helsingin yliopiston pedagogiikkakeskus järjestää perusopintomoduulin (25 ECTS-opintopistettä) kurssit englanniksi. Jos kuitenkin haluat suorittaa koko moduulin, joudut suorittamaan kursseja, joita tarjotaan vain suomeksi tai ruotsiksi. Tämä tarkoittaa, että et voi tulla päteväksi opettajaksi ilman suomen tai ruotsin kielen taitoa. En tiedä, onko suomenkieleni tällä hetkellä riittävän hyvää siihen. Toistaiseksi pysyn englanninkielisissä kursseissa.**Yliopistopedagogiikka 2.2 (2019)**Syksyllä 2019 suoritin kurssin UP2.2 (ilman että olisin suorittanut ensin kurssia UP2.1). Meillä oli erittäin mukava opettaja (Jokke Häsä), mutta en vieläkään ymmärrä, miksi hän siirtyi matematiikan parista pedagogiikan opettamiseen. Se on varmasti pedagogiikan kannalta voitto, sillä hän ymmärtää tilastotiedettä, ja meillä oli mielenkiintoista keskustelua lukemamme Johnstonin ja Milesin artikkelin tilastoista. Artikkeli on liitetty myös tähän viestiin, ja siinä esitetty kuvaus heidän tilastollisista menetelmistään jättää paljon tulkinnanvaraa. Lähetin itse asiassa sähköpostia artikkelin ensimmäiselle kirjoittajalle, mutta hän oli juuri jäänyt eläkkeelle muutama kuukausi sitten. Vaikka en saanut toimitusvirheilmoitusta, hän ei ehkä enää kokenut tarpeelliseksi vastata.SokkolentoMinulle yksi suurimmista ongelmista oli se, että minulla ei ollut mitään vertailukohtaa, kun valmistelin tehtäviäni. Kun kirjoitan artikkeleita lehtiin, minulla on tuhansia esimerkkejä, joita voin tutkia ja joihin voin verrata omaa työtäni. Joten päätin kurssin aikana, että julkaisisin kaikki tehtäväni. Noloja hetkiä myöten. Mutta ehkä joillakin tulevilla UP2.2-kurssin osallistujilla on jotain, mihin verrata. Eräänlainen esimerkki. Ei täydellinen, mutta kelvollinen. Julkaisen vain omia tehtäviäni.**Kaikki tehtäväni ovat saatavilla CC0-lisenssillä (= ilman ehtoja)**Kaikki tämä materiaali on jaettu CC0 -lisenssillä: Käytä sitä miten haluat, minua ei tarvitse mainita. Ainoa puuttuva asia täällä on ryhmätehtävä, koska siihen tarvitsisin kaikkien suostumuksen, mitä ei tule tapahtumaan. Minun olisi pitänyt tehdä tämä 9 kuukautta sitten, mutta unohdin sen yksinkertaisesti. Muita asioita oli vain liikaa meneillään.Pärjäsin kurssilla ihan hyvin, mutta en vieläkään tiedä mitäänMinkä arvosanan sain? Ryhmätyömme sai arvosanan 5 (asteikolla 1–5, jossa 5 on paras arvosana) ja omat työni arvosanan 4. Kiitos kaikille Carbonara-tiimin mahtaville jäsenille! Kurssin kokonaisarvosanaksi tuli keskiarvona 5. Jostain oudosta syystä Moodle-kurssisivulla näkyy edelleen, että olen suorittanut vain 66 % kurssitehtävistä, mutta WebOodissa näkyy, että sain opintopisteet. Siinäpä se IT-järjestelmien ihmeellisyys…

Yliopistojen rankingit (ja miten niitä voidaan manipuloida)

Mon, 29 Aug 2016 00:00:00 +0000

Vau. Helsingin yliopisto onnistui jälleen parantamaan sijoitustaan Shanghai-rankingissa ja on nyt 56. sijalla. Kuitenkin jopa yliopiston omassa lehdistötiedotteessa sävy oli kuitenkin hieman synkkä, ikään kuin tämä olisi viimeinen kukoistus ennen lopullista rappeutumista. On totta, että tutkijat ovat kärsivällisesti rakentaneet nykyisen menestyksen perustan viime vuosikymmenien aikana. Siitä huolimatta, kun poliitikot nyt päättelevät, että koulutusbudjetin leikkaukset ovat vastuussa tästä menestyksestä, he ovat luultavasti oikeassa. Ehkä leikkaukset todellakin vaikuttivat tuottavuuden nousuun: kaikki tutkijat, jotka yllättäen jäivät työttömiksi, jatkoivat ilmeisesti kiihkeästi työtään nykyisissä projekteissaan saadakseen käsikirjoituksensa valmiiksi julkaistaviksi. Artikkelit ovat ylivoimaisesti hallitseva valuutta akateemisilla työmarkkinoilla. Ja nämä työttömät tutkijat saattavat julkaista aiempaa nopeammin, koska heillä ei ole opetustehtäviä… Vielä tärkeämpää on kuitenkin se, että Helsingin tulokset Shanghai-rankingin yksittäisissä indikaattoreissa vuosilta 2015 ja 2016 eroavat merkittävästi toisistaan vain akateemisen suorituskyvyn osalta (julkaisut/akateemisen henkilökunnan määrä) sekä paljon siteerattujen tutkijoiden lukumäärän osalta. Koska Helsingin yliopistojen henkilöstövähennykset ovat jatkuneet jo jonkin aikaa jo ennen tämän kevään mittavia leikkauksia, vaikuttaa perustellulta väittää, että 56. sija johtuu osittain henkilöstövähennyksistä, jotka vaikuttivat suoraan ja nopeasti akateemisen henkilöstön määrään. Shanghain ranking painottaa tutkimusta, kun taas muissa ranking-listoissa Helsingin sijoitus on jopa laskenut. Esimerkiksi QS World University Rankings -listalla Helsingin sijoitus laski sijalta 67 (2014/15) sijalle 96 (2015/16). Näiden kahden rankingin välillä QS-tiimi teki ”parannuksia” rankingjärjestelmäänsä, ja nämä olivat lähes yksin vastuussa sijoitusten laskusta, jos tarkastellaan tietoja tarkasti. He ”normalisoivat” tiedekuntakohtaisen viittaussuhteen oppiaineen mukaan, ja biotieteet joutuivat kovaan rangaistukseen, koska ne luokiteltiin ”paljon viitatuksi alaksi”. Yksinkertaisesti sanottuna viittaus taiteiden ja humanististen tieteiden alalla julkaistuun artikkeliin painaa nyt noin 40 kertaa enemmän kuin viittaus biotieteiden tai lääketieteen alalla julkaistuun artikkeliin. Jokainen viidestä suuresta alasta (taiteet ja humanistiset tieteet, tekniikka ja teknologia, biotieteet ja lääketiede, luonnontieteet sekä yhteiskuntatieteet ja johtaminen) vaikuttaa nyt yhtä lailla 20 prosentin osuudella lopulliseen arvioon ”viittaukset opettajaa kohti” -kategoriassa (yksityiskohtainen selitys normalisoinnista löytyy täältä: http://content.qs.com/qsiu/Faculty_Area_Normalization_-_Technical_Explanation.pdf) . Miksi ihmeessä he rankaisevat alaa siitä, että sillä on suurempi vaikutus? Humanististen alojen artikkeleita ei siteerata yhtä paljon kuin biotieteiden artikkeleita. Ehkä tämä johtuu siitä, että niiden keskimääräinen julkaisu ei ole yhtä merkityksellinen omalle alalleen kuin biotieteiden julkaisu on biotieteiden alalle? Myönnän, että alojen välillä on kulttuurieroja, mutta kuka voi sanoa, kuinka suuri osa johtuu juuri näistä kulttuurieroista ja kuinka suuri osa taas heikosta laadusta tai epäolennaisesta tutkimuksesta? Juuri näin QS World University Ranking teki keksimällä ”normalisointikertoimia”, joilla käytännössä väitettiin kaikkien alojen olevan yhtä merkityksellisiä. Kaikkia tällaisia ranking-listoja on kuitenkin helppo manipuloida. Esimerkiksi viittausten ja tiedekunnan jäsenten välistä suhdetta voidaan helposti parantaa ulkoistamalla palveluja, joita aiemmin suorittivat tiedekunnan tutkijat (ja juuri sitä Helsingin yliopisto tekee parhaillaan). Aivan kuten lehtien vaikutuskerroin, myös yliopistorankingit menettävät merkityksensä, jos tavoitteena on saavuttaa korkea sijoitus eikä erottautua tutkimuksessa ja opetuksessa ( Goodhartin laki : Kun mittari muuttuu tavoitteeksi, se lakkaa olemasta hyvä mittari).Shanghain rankingia on kritisoitu paljon. Se aliarvioi opetusta, koska opetuksen suorituskyky ei tule lainkaan suoraan mukaan laskelmiin, ja se suosii suuria yliopistoja, koska 50 % arvosanasta perustuu pelkkään lukumäärään, jota ei ole normalisoitu yliopiston koon huomioon ottamiseksi. Siitä huolimatta se on ainoa toistettavissa oleva (ja siten tieteellinen) aineisto kolmesta suuresta rankingista ( https://link.springer.com/article/10.1007/s11192-012-0801-y ), sillä sekä QS- että Times-ranking nojaavat vahvasti mielipide- ja maine-kyselyihin, joita on tunnetusti vaikea toistaa.Mikä on tämän viesti? Helsingin yliopisto on todennäköisesti yhtä hyvä kuin se on ollut viimeisen vuosikymmenen aikana, ja suuret vaihtelut ovat vain artefakteja, jotka johtuvat muuttuneista ranking-menetelmistä tai hallinnollisista sopeutuksista taloudelliseen todellisuuteen, jonka suomalaiset äänestäjät toivat tullessaan vuoden 2015 eduskuntavaaleissa.

Siirtyminen paperisista laboratoriomuistiinpanoista sähköisiin laboratoriomuistiinpanoihin

Tue, 26 Jul 2016 00:00:00 +0000

Sähköiset laboratoriopäiväkirjat (ELN) ovat tulevaisuus. Vaikka tämä väite vaikuttaa itsestään selvältä, ei ole vielä selvää, mitkä ohjelmistot vakiinnuttavat asemansa ja mitkä katoavat markkinoilta. Kun tutustuin ELN-markkinoihin ensimmäisen kerran noin kolme vuotta sitten, ratkaisuja oli tarjolla vain kourallinen. Nyt alalla on jo ehkä noin sata erilaista ohjelmistoyritystä, jotka yrittävät hyötyä tästä trendistä. Ja vielä huolestuttavampaa on se, että toimittajaluettelossa on jo noin 20 hylättyä tuotetta… Siksi ohjelmiston valinta on vakava päätös laboratoriolle ja vieläkin vakavampi koko laitokselle. Huomioon on otettava monia seikkoja. Mainittakoon vain muutamia niistä: – Kuinka varmaa on, että ohjelmisto on saatavilla ja tuettu vielä 10 vuoden kuluttua? Jos yritys katoaa, samoin voi käydä myös tiedoillesi. Kaikki toimittajat väittävät, että tietosi ovat turvassa. Sinun tulisi olla realistinen, kun otetaan huomioon, kuinka laajalle levinnyttä on yritysten harhauttaminen asiakkaita ja viranomaisia kohtaan. Ajattele vaikka VW:tä… – Mikä on alkuinvestointi ja mitkä ovat käyttökustannukset? Jos tallennustilasta veloitetaan, hinta saattaa aluksi olla alhainen, mutta älä aliarvioi, kuinka paljon dataa kertyy kaikkien uusien korkean resoluution kuvantamis- ja sekvensointiteknologioiden myötä. Kun ryhdyt tekemään superresoluutiotutkimusta, dataa kertyy helposti useita gigatavuja viikossa. Esimerkiksi SciNote sisältää 100 GB tallennustilaa kahdelle tiimille, joka voi täyttyä muutamassa viikossa riippuen siitä, millaista tutkimusta teet. Yritin selvittää, miten voisin ostaa yli 100 GB:n tallennustilaa, mutta en keksinyt miten. Toivon, ettei heidän ELN-järjestelmänsä käytettävyys ole samalla tasolla… – Kuinka vapaasti voit käyttää tietojasi? Voitko helposti (ja automaattisesti säännöllisin väliajoin) siirtää tietosi pois, jos tarvitset? Missä muodossa saat tietosi? Jos ne ovat vain PDF- tai Word-tiedostoja, unohda koko juttu. Sinun pitäisi saada aito tietokantadump, jota voidaan käyttää muiden järjestelmien täyttämiseen. En luottaisi mihinkään yritykseen, joka kertoisi minulle etukäteen, että se menee pian konkurssiin ja että minun pitäisi pelastaa tietoni… – Missä tiedot fyysisesti säilytetään? Tämä määrää esimerkiksi sen, minkä lainsäädännön alaisina tiedot ovat ja kenellä on niihin pääsy. Kuinka paljon voit luottaa siihen, että pieni ulkomainen yritys pitää tietosi yksityisinä ja turvassa? Muistutetaanpa kaikkia niistä tietomurroista, jotka kohdistuivat Sonyyn, LinkedIniin, IRS:ään, T-Mobileen, UPS:ään ja JP Morgan Chaseen… Jotkut toimittajat tarjoavat sisäistä isännöintiä, mutta hinnoittelu vaikuttaa liian korkealta monille akateemisille laboratorioille, jotta tämä olisi toteuttamiskelpoinen vaihtoehto.- Avoin lähdekoodi näyttää olevan ratkaisu moniin näistä ongelmista. Koska yliopistojen tuki tietotekniselle infrastruktuurille kuitenkin vähenee, tällaisen järjestelmän ylläpitovaatimusten on oltava hyvin vähäiset, jotta ratkaisu olisi toteuttamiskelpoinen. - Jos palvelua markkinoidaan ”ilmaisena”, mitä sillä tarkoitetaan? Usein ”ilmainen” tarjous ei riitä mihinkään vakavaan työhön ja on siten harhaanjohtava. ”Ilmainen” siinä merkityksessä kuin ”ilmainen olut” ei myöskään riitä… Monet laboratoriot tarvitsevat myös vapauden mukauttaa ohjelmistoa omiin erityistarpeisiinsa, mikä sulkee pois suljetut ratkaisut, joilla ei ole julkisia sovellusrajapintoja (API). Laboratoriossamme olemme testanneet muutamia saatavilla olevia ratkaisuja. Painopisteemme oli avoimen lähdekoodin ratkaisuissa, sillä vain ne mahdollistavat ohjelmiston kattavan testaamisen. Tähän mennessä olemme kokeilleet:

FPLC-proteiinien puhdistuskurssi

Mon, 04 Jan 2016 00:00:00 +0000

Kahdeksan jatko-opiskelijaa ilmoittautui joulukuussa järjestettyyn FPLC-proteiinipuhdistuskurssille . Jos jotain opin, niin sen, että kurssin aikana tehtävä proteiinien puhdistus tulisi AINA suorittaa käyttämällä proteiinia ja menetelmää, joita on aiemmin käytetty menestyksekkäästi LUKUISIA kertoja. Opiskelijoiden tuomat proteiinit ovat erinomainen oppimisen lähde, mutta kurssimuodon aikarajoitukset eivät antaneet meille mahdollisuutta saada näiden proteiinien puhdistusta valmiiksi kurssin aikana.Uuden Äkta Avant 25:n tekniset ongelmatLisäksi Äkta Avant 25 , jonka ostimme GE Healthcarelta tänä kesänä, rikkoutui KAKSI KERTAA kurssin aikana. Ensin ohjaus tietokone rikkoutui (RAID-vika). HP toimitti korvaavan kiintolevyn 24 tunnin kuluessa, ja kun RAID oli palautunut, pystyimme jatkamaan kurssia. Kuitenkin ensimmäisen tämän vian jälkeisen ajon aikana Äkta-laitteessa ilmeni ylipaineongelma. Tunnistimme syyksi viallisen virtauksenrajoittimen , mutta emme halunneet jatkaa, koska aiemmissa ajoissa oli ollut vakavia ongelmia ilmakuplien kanssa. Siksi suoritimme ajot vanhalla Äkta Explorer 100 -laitteella. GE Healthcare lähetti nopeasti huoltoteknikon tarkastamaan järjestelmän, mutta koska hänellä ei ollut varaosaa mukanaan, jouduimme odottamaan maanantaihin 14.12. asti, kunnes Äkta Avant oli jälleen täysin toimintakunnossa.Mitä puhdistimme: liukoinen VEGFR-3 (VEGFR-3/Fc) ja HepsinPuhdistimme liukoista ihmisen VEGF-reseptoria 3 (sen solunulkoisen domeenin kolme ensimmäistä domeenia, jotka on liitetty ihmisen IgG:n vakio-Fc-osaan). Tämä on puhdistus, jonka olemme tehneet monta kertaa. Se vastaa vasta-aineiden puhdistusta proteiini A-sefarosella.Olimme valmistaneet etukäteen konditionoidun soluviljelyväliaineen. Tuotamme suurimman osan proteiineistamme hyönteissoluissa (pääasiassa Drosophila S2), ja S2-solut olivat erittäneet VEGFR-3/Fc:n väliaineeseen sen jälkeen, kun metallotioneiinin promoottoria oli indusoitu 1 mM:n Cu2+-pitoisuudella noin 4,5 päivän ajan. Puhdistukseen tarkoitetun väliaineen valmistelu koostuu ainoastaan 1) solujen poistamisesta sentrifugoimalla ja 2) suodattamisesta saostumien ja muiden pienten hiukkasten poistamiseksi, jotka saattaisivat tukkia kolonnin. pH:ta ei tarvitse säätää.Nopea neutralointi matalan pH:n eluution jälkeen ON TÄRKEÄÄJuoksutimme väliaineen kertakäyttöisen 5 ml:n HiTrap-rekombinanttiproteiini A -kolonnin läpi yön noin 1 ml/min nopeudella ja eluoimme matalan pH:n puskurilla. Eluoidut 2 ml:n fraktiot neutraloitiin välittömästi 400 µl:lla 1 M Tris-liuosta (pH 8,5). Tässä vaiheessa teimme pienen virheen toisen puhdistuksen aikana. GE Healthcare ei ollut vielä tuonut markkinoille kasetteja 5 ml:n keräysputkille (eivätkä ole vieläkään tehneet niin, vaikka lupasivat ne jo syyskuuksi 2015), joten käytimme 15 ml:n Falcon-putkia 2 ml:n fraktioiden keräämiseen; niihin olimme etukäteen annostelleet 400 µl neutralointiliuosta. Sekoittuminen näissä putkissa ei kuitenkaan ollut tehokasta, ja pitkäaikainen altistuminen matalalle pH-arvolle johti proteiinimme osittaiseen vaurioitumiseen. Tämä näkyy, kun verrataan ryhmän 2 ja ryhmän 4 kokojakokromatogrammeja: Ryhmässä 4 ensimmäinen piikki (aggregaatti) on paljon suurempi ja heterogeenisempi verrattuna ryhmän 2 vastaavaan piikkiin. Itse asiassa, kun VEGFR-3/Fc eluoidaan matalalla pH:lla proteiini A -kolonneista, se saostuu aina suuremmilla pitoisuuksilla pian eluution jälkeen, mutta liukenee jälleen neutraloinnin yhteydessä. Tätä ei tapahtunut fraktioissa 5.A.3 ja 5.A.4 (ryhmä 4), koska eluaatin ja neutralointipuskurin sekoittuminen 15 ml:n Falcon-putkessa oli tehotonta (myös 2 ml:n fraktiokoko oli todennäköisesti syynä; 1 ml olisi ollut parempi). Ryhmän 2 ajon aikana poistimme putket heti ajon päätyttyä ja sekoitimme siten puskurit, kun taas ryhmän 4 osalta ajo päättyi yöllä ja eluaatti pysyi suurelta osin sekoittumattomana aamuun asti.Vaihtoehtoisesti olisimme voineet eluoida erittäin väkevällä kaootrooppisella suolalla lähes neutraalissa pH:ssa (mitä teemme seuraavalla kerralla, jos meillä on automatisoitu ajo, jossa eluointi tapahtuu keskellä yötä). Pierce tarjoaa (patentoidun) ”hellävaraisen” eluointipuskurin , jonka pH on 6,6. En tiedä Piercen puskurin koostumusta, mutta se on erittäin tiheä liuos jostakin kaootrooppisesta suolasta. 3 M kalium-/natriumtiosyanaattia tai 4 M magnesiumkloridia puskuroiduissa liuoksissa, joiden pH on noin 7, käytetään usein kaootrooppisina suoloina tähän tarkoitukseen. Hepsin Opiskelijoiden toimittamat proteiinit olivat haastavia. Ensinnäkin niiden pitoisuudet lähtöaineessa olivat hyvin alhaiset. Vaikka proteiini näkyy selvästi, kun VEGFR-3/Fc-konditionoitu elatusaine ajetaan PAGE-geelillä ja värjätään Coomassie-värillä, Hepsinille ei näy tällaista kaistaa. Lisäksi näytti siltä, että merkittävä osa proteiinista ei (enää) sisällä histagiinia, minkä vuoksi sitä ei saata talteen ensimmäisessä puhdistusvaiheessa. Se osa Hepsin-H6:sta, joka sitoutuu Ni2+-sefarosiin, eluoituu jo 20 mM:n imidatsolipitoisuudella, mikä vaikeuttaa kolonnin pesua. Hepsin, jossa on pidempi histagiini (H10), selviää 20 mM:n imidatsolipesusta, mutta sen ilmentymistasot ovat myös alhaiset. Alla on yksittäisten ajojen kromatogrammit ja merkityt kuvat Coomassie-värjätyistä PAGE-geeleistä. Äkta Avant 25:n käytön yksityiskohtainen ohje on vielä valmistumassa…

Suomen uusi hallitus leikkaa yliopistojen rahoitusta noin 500 miljoonalla eurolla (vai eikö?)

Thu, 11 Jun 2015 00:00:00 +0000

PÄIVITYS: Näyttää kuitenkin siltä, että jotkut tämän artikkelin tietolähteinä toimineet puolueiden edustajat eivät ole edustaneet omien puolueidensa virallisia kantoja. Toisin sanoen: he puhuivat hölynpölyä ilman minkäänlaista valtuutusta. Todellisuudessa tulevat leikkaukset ja niiden suuruus määritetään vasta tulevana syksynä.