Staden-paketti Ubuntussa bioinformatiikan veteraaneille

Last modified on 24. heinäkuuta 2026 • 1 min read • 166 words

Käytämme pääasiassa SnapGene  -ohjelmistoa, kun tarkistamme DNA-rakenteidemme sekvenssejä. Joskus SnapGenin sekvenssien kohdistusnäkymä ei kuitenkaan ole tarpeeksi joustava, jolloin turvaudun vanhaan Staden-pakettiin  . Olin juuri päivittänyt Ubuntun  versiosta 14.04 versioon 16.04, joten Stadenia ei ollut asennettuna. Olin iloisesti yllättynyt, kun Stadenin asennus kesti vain noin 15 sekuntia, sillä vihdoin – kiitos Debian Med -tiimin – Staden on saatavilla universe-pakettivarastosta (itse asiassa jo lokakuusta 2014 lähtien).sudo apt install stadenStaden ei selvästikään ole niin intuitiivinen kuin se voisi olla, mutta se on erittäin tehokas ja sopii hyvin tietojen automatisoituun käsittelyyn. Jos sinulla on mahdollisuus oppia käyttämään sitä, kannustan sinua tekemään niin. Suomen CSC tallensi vuonna 2004 järjestetyn Staden-kurssin, johon osallistuin, ja tallenteet ovat saatavilla Funet TV:stä  . Olin juuri harkinnut hetken siirtymistä Ubuntusta SuSE:hen  johtuen jatkuvasta langattoman yhteyden ongelmasta, jota Canonical ei näytä saavan korjattua, mutta kun ottaa huomioon, kuinka työläs Stadenin manuaalinen asennus on, tämä on suuri etu Ubuntulle. Bioinformatiikan käyttöön on tietenkin olemassa erikoistuneita Linux-jakeluja, mutta ne kaikki jäävät yleensä jälkeen suurimpien jakelujen uusimmista ja parhaista kehityksistä.