Sähköinen laboratoriopäiväkirja: onko se vihdoin tarpeeksi hyvä?

Jotkut rakastavat ja jotkut vihaavat sitä: sähköinen laboratoriopäiväkirja (ELN). Jo vuosikymmen sitten ennustettiin, että 10 vuoden kuluttua paperinen laboratoriopäiväkirja olisi mennyttä aikaa. Todellisuudessa suurin osa akateemisista laboratorioista käyttää paperia vielä vuonna 2022.

Siirtymistä ei ole helpottanut kirjaimellisesti sadat kaupalliset ELN ohjelmat, jotka ovat kaikki keskenään yhteensopimattomia. Aloitimme labrassamme ELN-kokeilut vuonna 2013 ja testasimme muutamia kaupallisia ja avoimen lähdekoodin ratkaisuja. Kaupallisten ohjelmien pahimmat eivät edes tarjonneet meille ilmaista kokeilujaksoa (LabVantage: Emme haluneet ostaa kallista kissaa säkissä!).
Päädyimme eLabFTW:hen, joka on avoimen lähdekoodin hanke, jonka pääkehitys tapahtuu Pariisissa, Ranskassa sijaitsevassa Curie-instituutissa. se on on PHP:llä ja MySQL:lla rakennettu web app. Sitä on myös vertaisarvioitu: https://doi.org/10.21105/joss.00146, ja lisäksi on Nature Protocols katsausartikkeli, jossa käsitellään ELN:n käyttöönottoa: https://doi.org/10.1038/s41596-021-00645-8.

eLabFTW:n käyttö opetuksessa Helsingin yliopistossa

Viimeisimmän päivityksen versioon 4.3 myötä viimeinen este laajamittaiselle käyttöönotolle opetustehtäviin on otettu: Tästä lähtien kaikki, joilla on helsinki.fi-tili, voivat kirjautua järjestelmään yliopiston IT tunnuksilla. Tämä helpottaa huomattavasti monien uusien käyttäjien sisäänpääsyä. Aion käyttää järjestelmää uudella kurssillamme Rekombinantti-DNA-teknologia ja geenitekniikka.

Miten pääset liikkeelle?
Tällä hetkellä palvelimelle pääsee vain yliopiston verkon sisältä. Jos haluat käyttää sitä ELN kotoa käsin, sinun on käytettävä VPN:iä (Helsingin Yliopisto käyttää vielä OpenVPN:iä). ELN-käyttäjiä on vuosien varrella kertynyt noin 25, ja on mielenkiintoista nähdä, miten järjestelmä toimii, kun käyttäjämäärät tuplaantuvat tai nelinkertaistuvat. Järjestelmä toimii Docker-säiliössä Ubuntu 20.04 LTS -virtuaalipalvelimella, jota emme valitettavasti voi päivittää tai laajentaa ilman taloudellista lisätukea. Jos siis olet kiinnostunut käyttämään ELN:iä, varmista paikkasi jo tänään kirjautumalla sisään osoitteeseen https://elab.ltdk.helsinki.fi käyttäen alareunassa olevaa "Login through your institution" -vaihtoehtoa. Tunnistautumisen jälkeen sinua pyydetään valitsemaan tutkimusryhmä. Tutkimusryhmän ylläpitäjän on hyväksyttävä sinut, ennen kuin voit käyttää järjestelmää. Jos et löydä laboratoriotasi tutkimusryhmän joukosta, se tarkoittaa, että olet ensimmäinen käyttäjä laboratoriostasi, joka käyttää tätä järjestelmää. Siinä tapauksessa sinun pitäisi valita tiimi "Helsingin yliopisto" ja ottaa yhteyttä sähköpostiin michael@jeltsch.org, koska minun täytyy rekisteröidä uusi tutkimusryhmä, ja sinusta tulee tämän uuden ryhmän ylläpitäjä.

Jos olet vieras
Jos sinulla ei ole Helsingin yliopiston IT tiliä, voit silti käyttää järjestelmää, jos olet Helsingin yliopiston Eduroam-verkossa, mutta sinun on käytettävä "Rekisteröidy nyt" -linkkiä, ja järjestelmän ylläpitäjän on hyväksyttävä tilisi.

ELN käyttäminen omalla koneella
eLabFTW:n järjestelmävaatimukset ovat melko alhaiset, eikä kannettavallasi tietokoneella todennäköisesti ole ongelmia ajaa docker-appia. Vaikka eLabFTW:n asentaminen uudempaan Windows- tai macOS-tietokoneeseen on mahdollista, se ei ehkä ole hyvä idea. ELN:n perusajatus on, että voit käyttää sitä miltä tahansa internet-yhteydellä varustetulta laitteelta ja että voit jakaa ympäristön tutkimusryhmäsi kanssa. Vaikka et tarvitsisikaan mitään ryhmätoimintoja, suosittelen, että käytät joku vanhaa pöytätietokonetta tähän tehtävään (i.e. Docker hosting). Helpointa on asennus Linuxissa. Vastaan mielelläni kaikkiin mahdollisiin kysymyksiisi (järjestelmänvalvojan ja loppukäyttäjän näkökulmasta): michael@jeltsch.org