Kaava oligonukleotidien annealing-lämpötilan laskemiseksi PCR:ää varten
Last modified on 24. heinäkuuta 2026 • 1 min read • 67 wordsOligonukleotidien pariutumislämpötilaa koskeva nyrkkisääntö
PCR-alukkeen annealing-lämpötilan laskemisen nyrkkisääntö on: Tm (°C) = 81,5 + 0,41(%GC) – (675/N), jossa %GC on G- ja C-nukleotidien prosenttiosuus oligonukleotidissa ja N on oligonukleotidin pituus nukleotideina ilmaistuna.
Laskelmaesimerkki
5’-TTAAAATGATAACCATCTCGC-3' Tm = 81,5 + 0,41(33,3) – (675/21) Tm = 81,5 + 13,7 – 32,1 (pyöristettynä yhteen desimaaliin) Tm = 63,1°C
Kun valitaan lämpötilaa PCR:n annealing-vaihetta varten, hyvä lähtökohta on Tm – 5°C, eli yllä olevassa esimerkissä 58°C.