Staden-paketin integrointi työpöytäympäristöön KDE:ssä Suse Linux 9:ssä

Olen asentanut Staden-paketin kannettavalleni. Jotta voisin saada muut laboratoriossani työskentelevät ihmiset käyttämään sitä, sen on oltava erittäin helppokäyttöinen. Ihannetapauksessa heidän pitäisi vain valita muutama sekvenssi, napsauttaa, ja esikäsittely sekä sekvenssien kokoaminen hoituisivat automaattisesti. Tämän saavuttamiseksi tein seuraavaa:

Loin uusia MIME-tyyppejä tiedostonhallintaohjelmalle Konquerorille. Konqueror tarvitsee näitä tunnistaakseen, mitä sen tulisi tehdä tiedostolle (tai useammalle tiedostolle), kun niitä napsautetaan. Siirry kohtaan: Käynnistä-valikko -> Ohjauskeskus -> KDE-komponentit -> Tiedostoyhdistelmät. Napsauta ”Lisää”, valitse ”Kaikki” ”Ryhmät”-pudotusvalikosta ja kirjoita ”x-staden”. Lisää ”Tiedostonimen malli” -kohtaan kaikki tiedostopäätteet, joita haluat stadenin käsittelevän. Esimerkiksi minä lisäsin *.ab1 (ABI-jäljitystiedostot) ja *.ebl (EMBL-sekvenssitiedostot). Lisää ”Kuvaus”-kenttään mitä tahansa (Konqueror käyttää tätä tietoa tiedostotyyppisarakkeessa); minä lisäsin ”Sekvenssitiedosto”. Lisää kohdassa ”Sovellusten järjestys” kaksi sovellusta: ensin trev (jos haluat nopeasti tarkastella jäljitystietoja) ja toiseksi skripti, jonka olen koonnut ja jonka voit ladata täältä . Sijoitin tämän skriptin kansioon /home/jeltsch/bin, mutta se voi tietysti olla missä tahansa. Sinun on myös muokattava polkuja konfiguraatiotiedostoihisi jne., jotta se toimii omassa asennuksessasi. Sinun on muutettava yksi asia, kun olet lisännyt skriptin (mukaan lukien sen täydellinen polku, jos se ei ole PATH-muuttujassasi). Kohdassa ”Sovellusten prioriteettijärjestys -> Suorita” näet seuraavan merkinnän (riippuen siitä, mihin olet sijoittanut skriptin): '/home/jeltsch/bin/stadenlaunch'Sinun on muokattava se seuraavaksi:'/home/jeltsch/bin/stadenlaunch' %U%U-merkki saa Konquerorin välittämään skriptille ne tiedostonimet (mukaan lukien niiden täydelliset polut), joita on napsautettu, ja tämä on välttämätöntä (%u välittää vain ensimmäisen tiedostonimen täydellisen polun kanssa, %F välittää kaikki tiedostonimet ilman polkua ja %f vain ensimmäisen tiedostonimen ilman polkua). Itse asiassa ohjauskeskuksessa tekemäsi muutokset vain lisäävät tiedoston nimeltä stadenlaunch.desktop KDE-asetushakemistoosi (~.kde/share/applnk/.hidden/stadenlaunch.desktop): Tämän tiedoston sisältö näyttää tältä:[Desktop Entry] Comment= Comment[en_US]= Exec='/home/jeltsch/bin/stadenlaunch' %U GenericName= GenericName[en_US]= Icon= InitialPreference=2 MimeType=all/x-staden Name=stadenlaunch Name[en_US]=stadenlaunch ServiceTypes= SwallowExec= SwallowTitle= Terminal=false TerminalOptions= Type=Application X-KDE-SubstituteUID=false X-KDE-Username=Koska skripti luo staden-tietokantatiedostoja (tiedostopääte .aux), olen lisännyt toisen MIME-tyypin, ja kun napsautan .aux-päätteisiä tiedostoja, gap4 lataa tämän tiedoston. Itse asiassa tajusin juuri, että minun pitäisi tehdä Suse Linux 9:n RPM-paketti Staden-paketille. Silloin voisin päättää suoritustiedostojen ja konfiguraatiotiedostojen sijainnista, asennus olisi helpompaa ja loppukäyttäjät voisivat aloittaa vain napsauttamalla sekvenssitiedostojaan.