Staden 2003b:n asentaminen Suse 9:ään

1. Lataa lähdekoodit  .

2. Siirry hakemistoon /usr/local ja vaihda käyttäjäksi su.

3. tar -xvzf /home/jeltsch/Documents/staden_linux_2003.0b1.tar.gz (jeltsch on käyttäjätunnukseni, joten se on korvattava muiden käyttäjien osalta!!!!)

4. Muokkaa .bashrc-tiedostoasi lisäämällä sen loppuun seuraavat kaksi riviä: export STADENROOT=/usr/local/staden_linux_2003.0b1. $STADENROOT/staden.profile

5. Valmis.

6. Saan sekvensointitiedot yleensä abi-tiedostoina. Laitan nämä tiedostot uuteen hakemistoon yhdessä muiden sekvenssitiedostojen (pelkkää tekstiä) kanssa. Sitten suoritan skriptin, joka lyhentää tiedostonimiä, jotta ne ovat yhteensopivia Staden-paketin kanssa, esikäsittelee tiedot pregap4:llä ja käynnistää gap4-ohjelman:

!/bin/sh
for i in `ls *_Run_ABI_3100_*.ab1`; do
echo "Renaming $i"
mv $i `echo $i | sed "s/_Run_ABI_3100//"`
done
rm -f *Run_ABI_3100_*
rm *.txt
ls *.ab1 *.seq > tracefile.list
/usr/local/staden_linux_2003.0b1/linux-bin/pregap4 -nowin -config /home/jeltsch/sequences/pregap4 .defaultconf -fofn tracefile.list
/usr/local/staden_linux_2003.0b1/linux-bin/gap4`