Installation von Staden 2003b unter Suse 9

1. Lade die Quelldateien  herunter.

2. Wechsel in das Verzeichnis /usr/local und wechseln Sie zu su.

3. tar -xvzf /home/jeltsch/Documents/staden_linux_2003.0b1.tar.gz (jeltsch ist mein Benutzername, muss also bei anderen Benutzern ersetzt werden!!!!)

4. Bearbeiten Sie Ihre .bashrc-Datei, indem Sie am Ende die folgenden zwei Zeilen hinzufügen: export STADENROOT=/usr/local/staden_linux_2003.0b1. $STADENROOT/staden.profile

5. Fertig.

6. Normalerweise erhalte ich Sequenzierungsdaten in Form von ABI-Dateien. Diese Dateien lege ich zusammen mit anderen Sequenzdatendateien (Klartext) in ein neues Verzeichnis. Anschließend führe ich ein Skript aus, das die Dateinamen verkürzt, um sie mit dem Staden-Paket kompatibel zu machen, die Daten mit pregap4 vorverarbeitet und das Programm gap4 aufruft:

!/bin/sh
for i in `ls *_Run_ABI_3100_*.ab1`; do
echo "Renaming $i"
mv $i `echo $i | sed "s/_Run_ABI_3100//"`
done
rm -f *Run_ABI_3100_*
rm *.txt
ls *.ab1 *.seq > tracefile.list
/usr/local/staden_linux_2003.0b1/linux-bin/pregap4 -nowin -config /home/jeltsch/sequences/pregap4 .defaultconf -fofn tracefile.list
/usr/local/staden_linux_2003.0b1/linux-bin/gap4`