Rekombinanttiproteiinien puhdistus ja karakterisointi

Järjestämme (jälleen) käytännönläheisen proteiinien puhdistuskurssin 4.–20. joulukuuta. Kurssille mahtuu enintään 16 osallistujaa, jotka jaetaan 2–4 hengen ryhmiin. Jokainen ryhmä tarvitsee kolme kokopäivää käytännön harjoitusten suorittamiseen, mutta kurssin kolmas päivä osuu päällekkäin seuraavan ryhmän ensimmäisen päivän kanssa. Kurssi pidetään Biomedicum Helsingissä, huoneissa A516a1 (jossa laitteet sijaitsevat) ja B318a/b (laboratoriossamme). Puhdistamme proteiinin (VEGF-reseptori 3) kaksivaiheisella menetelmällä (affiniteettikromatografia + geelisuodatus) Äkta Avant FPLC -laitteella. Kurssin kolmantena päivänä mittaamme proteiinin vuorovaikutusta sen ligandin (VEGF-C) kanssa ITC-laitteella (isoterminen kalorimetria). Olemme järjestäneet vastaavan kurssin vuonna 2015 ( http://www.helisci.fi/hbgs/FPLC2015/)  . Tämä uusi kurssi ( https://courses.helsinki.fi/en/DPBM-135/120171139  ) on rakenteeltaan samanlainen, mutta olemme pidentäneet sitä yhdellä päivällä, jotta voimme analysoida proteiinien vuorovaikutuksia hyödyntämällä B3P-yksikkömme uutta isotermisen kalorimetrian laitetta. Kurssimateriaali ja tulokset ovat saatavilla myös täältä .Koska voimme käsitellä kerrallaan enintään kaksi näytettä (meillä on ”vain” kaksi FPLC-laitetta), joudumme jakamaan osallistujat ryhmiin (2–4 opiskelijaa ryhmässä) ja toistamaan kolmen päivän kurssin useita kertoja osallistujamäärän mukaan.

1. päivä (3 tuntia) 14:00 - FPLC-laitteen valmistelu 16:00 - Affiniteettikromatografiakolonnin näytteen lataus

2. päivä (6 tuntia) 8:00 – 9:00 - Affiniteettikromatografiakolonnin pesu ja eluointi 9:00 – 11:00 - Kokoerottelukromatografia 11:00 – 16:00 - SDS-PAGE ja Coomassie-värjäys

3. päivä (5 tuntia) 9:00 – 12:00 - ITC-mittaus puhdistetuilla proteiineilla (vasta-aine–antigeeni-vuorovaikutus tai reseptori–ligandi-vuorovaikutus) 13:00 – 15:00 – Tulosten keskustelu ja analysointi