Restriktioentsyymilaskuri

Käytä interaktiivista työkalua laskeaksesi kuinka paljon entsyymiä tarvitset restriktiopilkkomiseen.

Joskus on tarpeen tietää, kuinka paljon restriktioentsyymiä tarvitaan tietyn plasmidimäärän pilkkomiseen tietyssä ajassa. Tässä on etsimäsi laskentatyökalu! Kaikki tämän algoritmin koodaamiseen käytetyt tiedot on saatu New England Biolabsilta (NEB). Entsyymin säilyminen reaktiossa ekstrapoloitiin NEB:n raportoimista kokeista. Syötä vain luvut lomakkeeseen ja paina Submit-painiketta!

Muista, että monet muut tekijät, kuten puskuri, supercoilingaste, jne., lisäävät tarvittavan entsyymin määrää. Tämä laskuri on tarkoitettu antamaan enemmänkin karkea arvio tarvittavista määristä. Se ei voi ottaa huomioon kaikkia todelliseen pilkkomiseen vaikuttavia muuttujia. Älä unohda, että nykyään restriktioentsyymit voivat vanhentua jääkaapissa melkoisesti, ja niillä on tapana menettää aktiivisuuttaan ajan myötä. Tämä tarkoittaa myös sitä, että vastikään ostettu restriktioentsyymi on yleensä yliaktiivista, eli sen todellinen aktiivisuus on hieman suurempi kuin putkessa on ilmoitettu. Myyjänä halutaan yleensä pitää turvamarginaali; mikään ei ole pahempaa kuin asiakas, joka valittaa kuolleesta entsyymistä. Tässä laskettu luku on lähinnä optimaalisissa olosuhteissa vaadittava vähimmäismäärä. Jos olet tehnyt sen virheen, että olet ostanut FastDigest-entsyymejä Thermo Fisheriltä  (TF), tämä laskuri ei voi auttaa sinua, sillä TF ei ilmoita niiden aktiivisuutta. Parasta on pitäytyä hyvämaineisessa ja täysin läpinäkyvässä myyjässä, kuten NEB:ssä  . Työkalu olettaa, että DNA:ta käsitellään sille suositellussa puskurissa ja lämpötilassa.

Huomaathan, että keräsin tiedot NEB:ltä noin 25 vuotta sitten ollessani tohtoriopiskelija. En ole koskaan päivittänyt niitä sen jälkeen. Siirsin paikallisen työkalun Drupaliin (PHP) huhtikuussa 2025 ja koodasin sen uudelleen JavaScriptillä heinäkuussa 2026 tekemättä siihen kuitenkaan mitään muutoksia. Jos löydän aikaa, saatan päivittää tiedot ja ehkä sisällyttää puskurien käytön työkaluun (mikä auttaisi kaksoispilkkomisissa). TF epäonnistuu kuitenkin jälleen läpinäkyvyyden suhteen, sillä monet heidän puskurikoostumuksistaan pysyvät liikesalaisuutena. Tästä syystä TF:n puskurien sisällyttäminen tähän työkaluun vaatisi aika paljon ylimääräistä vaivaa.