Kaupunki on MacOS X (ebiotools)

Asensin tänään Staden-paketin Tanjan Macintosh G4 -tietokoneelle (MacOS 10.3). Suosittelen käyttämään Anders Nisterin laatimaa ebiotools-pakettia  . Se sisältää muita hyödyllisiä ohjelmistoja, kuten EMBOSS, Blast jne. Asennusohjeet löytyvät embnet-uutislehdistä 9/1, 9/2, 9/3 ja 10/1  tai koottuina yhdeksi PDF-tiedostoksi täältä .

Asennusohjelma sijoittaa kaikki tiedostot uuteen /usr/ebiotools-hakemistoon. Otin Linuxille kirjoittamani shell-skriptin ja muokkasin sen sopivaksi MacOSX:lle. Täältä löytyy skriptin ensimmäinen versio sekä pregap4:n määritystiedosto , joka tulisi sijoittaa hakemistoon /usr/ebiotools/staden/userdata. Suurin ongelma on se, että MacOSX:ssä tiedostotyyppejä ei voi liittää shell-skripteihin (ainakaan en tiedä, miten se tehdään). Tähän ongelmaan on kuitenkin kätevä kiertotapa: Platypus  : se käärii shell-skriptit (ja useita muita skriptejä) Cocoaan. Sen jälkeen sinun on vielä opetettava MacOSX:lle, että tiedostot, joilla on tietty tiedostopääte (kuten tässä tapauksessa .ab1), tulisi käsitellä shell-skriptin kääreen avulla. Valitse tiedosto, paina Apple+i, valitse ”Avaa”, vaihda ”Suositellut sovellukset” kohtaan ”Kaikki sovellukset”, etsi ja valitse Platypusin luoma kääreohjelma ja valitse ruutu ”Avaa tiedostot aina tällä sovelluksella”. Siinä se.

Valitettavasti en löytänyt tapaa opettaa MacOSX:ää avaamaan *.ab1-tiedostoja pysyvästi shell-skriptin kääreohjelmalla. Kun napsautan ”Käytä kaikkiin muihin tämän tyyppisiin tiedostoihin” -painiketta, saan virheilmoituksen… No, ehkä saan tämän selvitettyä ennemmin tai myöhemmin.