Staden unter Mac OS X (ebiotools)

Heute habe ich das Staden-Paket auf Tanjas Macintosh G4 (MacOS 10.3) installiert. Ich empfehle die Verwendung des von Anders Nister erstellten ebiotools-Pakets  . Es enthält weitere nützliche Programme wie EMBOSS, Blast usw. Installationsanleitungen findst Du in den Ausgaben 9/1, 9/2, 9/3 und 10/1 der „embnet news“  oder als eine PDF-Datei hier zusammengefasst.

Das Installationsprogramm speichert alle Dateien im neu erstellten Verzeichnis /usr/ebiotools. Ich habe ein Shell-Skript, das ich ursprünglich für Linux geschrieben hatte, an Mac OS X angepasst. Hier findet ihr die erste Version des Skripts sowie die Konfigurationsdatei für pregap4, die in /usr/ebiotools/staden/userdata abgelegt werden sollte. Das Hauptproblem besteht darin, dass man unter macOSX Dateitypen nicht mit Shell-Skripten verknüpfen kann (zumindest weiß ich nicht, wie das geht). Es gibt jedoch eine praktische Lösung für dieses Problem: Platypus  : Es bindet Shell-Skripte (und einige andere Skripte) in Cocoa ein. Danach musst du MacOSX noch beibringen, dass Dateien mit bestimmten Dateiendungen (wie in unserem Fall .ab1) mit dem Shell-Skript-Wrapper verarbeitet werden sollen. Wähle die Datei aus, drücke Apfel+i, wähle „Öffnen mit“, ändere „Empfohlene Anwendungen“ in „Alle Anwendungen“, navigiere zu dem von Platypus erstellten Wrapper, wähle ihn aus und setze ein Häkchen bei „Dateien immer mit dieser Anwendung öffnen“. Das war’s.

Leider habe ich keine Möglichkeit gefunden, macOSX dauerhaft beizubringen, *.ab1-Dateien mit dem Shell-Skript-Wrapper zu öffnen. Wenn ich auf die Schaltfläche „Auf alle anderen Dateien dieses Typs anwenden“ klicke, erhalte ich eine Fehlermeldung… na ja, vielleicht schaffe ich es ja früher oder später, das Problem zu lösen.