Bio-Rad korjaa NGC-laitteemme

PÄIVITYS (tilanne 21.12.2024)

Selvisimme juuri proteiinien puhdistuskurssista (ks. myös mun muut blogpostit opetuksesta ). Suoritettuamme noin 25 ajoa ”korjatulla” Bio-Rad NGC:llä joudun valitettavasti toteamaan, että suurin ongelma on edelleen olemassa: FPLC ei reagoi manuaalisesti annettuihin komentoihin. Myös näiden yhteyskatkosten satunnaisuus jatkui. Vain yhdellä opiskelijaryhmällä oli ongelmia, mutta meillä sattui useita tapauksia tuona yhtenä päivänä. Tämä päättää valitettavasti lyhyen vierailumme Bio-Radin maailmassa proteiinien puhdistuksen osalta. Kaikki tämä viittaa siihen, että lisäinvestoinnit tähän laitteeseen ovat ajanhukkaa ja rahan tuhlausta. Meillä ei ole liikaa aikaa eikä liikaa rahaa. Jos Bio-Rad haluaa tehdä jotain omasta aloitteestaan, annan mielelläni heidän tehdä mitä tahansa, jotta laite saadaan käyttökelpoiseen kuntoon, mutta emme aio aktiivisesti ryhtyä mihinkään lisätoimiin. Paras tapa pitää FPLC-laite hyvässä kunnossa on solmia huoltosopimus. Vaikka olemme viimeisten 30 vuoden aikana kahdesti saaneet yliopistoltamme rahoitusta huippuluokan FPLC-laitteen hankintaan, rahoituksen saaminen huoltosopimukseen on paljon vaikeampaa. Yksi monista syistä on se, että useimmat apurahakausit ovat lyhyempiä kuin huoltosopimukset, jotka ovat järkeviä vain, jos ne tehdään useaksi vuodeksi.

Pienet ongelmat alkoivat yli vuosi sitten

Koska tällaisia huoltosopimuksia ei ole, lääketieteellisen tiedekunnan Äkta Explorer -laitteemme ja farmasian tiedekunnan Bio-Rad NGC -laitteemme eivät ehkä ole parhaassa mahdollisessa kunnossa. Lisäksi niitä käytetään opetustarkoituksiin, ja ne ovat (koulutuksen jälkeen) kaikkien niitä tarvitsevien tutkijoiden käytettävissä. Viime kesänä meillä oli ongelmia NGC:n UV-moduulin kanssa: se ei vastannut tilakyselyyn. Tämän vuoksi oli vaikea arvioida, milloin lamput olisi vaihdettava. Tilasimme huollon, ja uskoisin, että yksi lamppu oli jo mennyt rikki, kun huolto suoritettiin muutama viikko myöhemmin. Huoltoteknikko ei kuitenkaan kyennyt vastaamaan kysymykseemme siitä, miksi lampun tilakysely epäonnistui ja – mikä vielä tärkeämpää – miksi tämä ei ollut laukaissut virheilmoituksia, kun lampun kalibrointi suoritettiin käynnistyksen yhteydessä. Se oli hieman epätyydyttävää. Olen kuitenkin työskennellyt vanhanaikaisessa autokorjaamossa aikana, jolloin elektroninen diagnostiikka oli vasta tulossa käyttöön. Siksi tiedän, miten asenteet ovat muuttuneet. Nykyään autokorjaus tiivistyy usein seuraavasti: ”Diagnostiikka ei kertonut, mikä on rikki. Mutta yritetään vaihtaa (SISÄLLYTÄ OSAN NIMI TÄHÄN) ja katsotaan, parantuuko tilanne.”

Tarvitsemme opetukseen vähintään yhden FPLC:n

Kahdesti vuodessa opetamme opiskelijoille laitteen käyttöä ( DPDR-305  opetusjaksolla 2 ja PROV-004  opetuskausina 3). (Myönnetään, että UV-lukemien ongelma on vähäinen), mutta sen lisäksi on ilmennyt kaksi vakavampaa ongelmaa, jotka tekevät laitteen käytön opetuksessa lähes mahdottomaksi. Meillä on kolme yhä vakavampaa ongelmaa, jotka meidän on ratkaistava 4. joulukuuta mennessä, jolloin seuraava käytännön kurssimme alkaa.

1. Tämä outo ongelma UV-lukemien kanssa alkoi kesällä 2022. Kukaan ei näytä osaavan selittää sitä. Ongelmaa ei voi toistaa; se näyttää tapahtuvan satunnaisesti. Joskus lampun lämpenemisaika kestää jopa yli 24 tuntia 30 minuutin sijaan. Tämän vuoksi olemme päättäneet, ettemme koskaan sammuta laitetta. Tietenkin taustalla oleva ongelma säilyy, ja toisinaan hitaasti muuttuva perusviiva ilmestyy satunnaisesti mittauksen aikana. Se ei olisi suuri ongelma, jos Bio-Rad-ohjelmisto mahdollistaisi perusviivan helpon manuaalisen säätämisen. En ole kuitenkaan vielä löytänyt tällaista mahdollisuutta. Kuten jo mainitsin, tämä on vähäinen ongelma, sillä se vaikutti ehkä vain yhteen ajosta 20:stä. Tästä huolimatta muutaman viikon välein joku koputtaa toimistoni oveen ja pyytää apua selittämättömästi virheellisesti käyttäytyvän perusviivan kanssa. Ehdotin aina laitteen uudelleenkäynnistämistä, mikä usein auttoi (mikä viittaa siihen, että kyseessä saattaa olla myös ohjelmistovirhe).

2. Bio-Rad NGC lakkaa reagoimasta ohjaavan tietokoneen komentoihin. Tämä alkaa usein viivästyneenä vasteena (muutama sekunti) ja kärjistyy nopeasti useiden minuuttien vasteviiveiksi. Ongelma häviää aina uudelleenkäynnistyksen jälkeen. Joskus laite toimii viikkoja ilman näitä oireita, mutta toisinaan ongelma on ilmennyt jopa kolme kertaa yhden päivän aikana. Kun otin yhteyttä paikalliseen Bio-Rad-edustajaan, vastaus oli: ”tilanne saattaa parantua, kun emolevy vaihdetaan”. Koneessamme on pyörivä kiintolevy, kun taas uudemmissa malleissa käytetään SSD-levyjä. Oireet muistuttavat todellakin tietokonetta, jonka kiintolevy on vikaantumassa, mutta jos kyseessä on ohjelmistovirhe, emolevyn ja kiintolevyn vaihtaminen ei auta. Se kuitenkin maksaa meille muutaman tuhat dollaria ja vie osan apurahoistamme.

3. Kesän alussa 2023, kesken ajon (juuri ennen fraktioiden keräämisen aloittamista), huomasimme, että fraktiokerääjämme (Bio-Frac) ei reagoinut. Sen LCD-näytössä luki jotain tyyliin ”Laiteohjelmiston päivitys. Älä sammuta”. Joten emme sammuttaneet laitetta, vaan keräsimme näytteet manuaalisesti jäteputkista. Odotin seuraavaan päivään asti, että laiteohjelmistopäivitys valmistuisi, mutta päätin lopulta sammuttaa laitteen. Se ei enää koskaan palautunut toimintakuntoon. Olen suuri automaattisten ohjelmistopäivitysten kannattaja. Nykypäivän ympäristössä automaattiset ohjelmistopäivitykset ovat tarpeen ennen kaikkea turvallisuus- ja tietosuojasyistä. Jos toimittaja lähettää päivityksen, sen ei pitäisi tehdä laitteesta käyttökelvotonta. Meillä on vireillä oleva apurahahakemus, johon sisältyy NGC-fraktiokerääjän hankinta, mutta tällainen kerääjä on yli 15k:n investointi. Olemme käyttäneet vanhaa Bio-Radin erillistä fraktiokerääjää (jonka perimme Jorma Keski-Ojan laboratoriosta). Se ei kuitenkaan kommunikoi NGC:n kanssa. Vaikka sen käyttö on mahdollista, se on varsinainen riesa. Dokumentointi ja analysointi muuttuvat hankalaksi, koska kromatogrammissa ei ole fraktiotietoja. Fraktioinnin alkamisen ja päättymisen synkronoinnin tarkkuus riippuu käyttäjän nopeudesta (ja useimmiten tarkistamme piikkifraktiot mittaamalla OD280nm:n nanodropillamme).

Olen ollut yhteydessä paikalliseen Bio-Rad-tukeen näistä ongelmista viime vuoden aikana, mutta asia ei ole edennyt juurikaan ennen viime aikoja. Lähes kaikkiin uudempiin elektronisiin laitteisiin voi asentaa uuden laiteohjelmiston USB:n, SD-kortin tai sarjaliitännän kautta. Olen tehnyt niin ehkä 40 kertaa puhelimille, reitittimille ja sulautetuille järjestelmille Android-käyttöjärjestelmän alkuaikoina. Minulla ei kuitenkaan ole enää aikaa tehdä tällaisia asioita. Eikä opiskelijoillani ole mukava suorittaa tällaisia ”riskialttiita” toimenpiteitä. Bio-Radin tekniseen tukeen esittämiini kysymyksiin vastasi Keski-Euroopasta kotoisin oleva asiantuntija, mutta tavallisten neuvojen – jotka löytyvät käyttöohjeesta tai internetistä – lisäksi mikään ei koskaan muuttanut laitteen poikkeavaa käyttäytymistä. Tänä kesänä otimme varastosta käyttöön kaksi Äkta-laitetta: yhden Äkta Explorerin ja yhden Äkta Primen. Äkta Prime toimi heti käyttövalmiina (mutta meidän on vielä löydettävä tietokone ohjelmiston asentamista varten, koska se ei ilmeisesti voi toimia samassa tietokoneessa Unicorn-ohjelmiston kanssa). Äkta Explorer toimii vain osittain, koska pumput tuottavat vain 10 % laitteen näyttämästä virtauksesta. Purimme pumput, ja tiivisteet näyttävät olevan hyvässä kunnossa. Tämä on ratkaisevan tärkeää, sillä en tiedä, voiko niitä enää ostaa varaosina GE Healthcare/Cytivalta. GE Healthcare lopetti Äkta Explorerin varaosien saatavuuden takaamisen noin seitsemän vuotta sitten. Puhdistamme pumput ultraäänikylvyssä ja kokoamme ne uudelleen, minkä jälkeen laitteen pitäisi olla pian toimintakunnossa.

Bio-Rad astuu kuvaan

En tiedä miten, mutta jotenkin tieto ongelmastamme oli äskettäin vihdoin saavuttanut Bio-Rad-edustajan, joka välitti asiasta tarpeeksi soittaakseen minulle. Mielenkiintoista kyllä, puhelu tuli Ruotsista. Keskustelimme tilanteesta 14. syyskuuta, ja voin ilokseni kertoa, että Bio-Rad suostui saattamaan laitteen toimintakuntoon hyvän tahdon eleenä. Vastuun ottaminen epäonnistuneesta laiteohjelmistopäivityksestä pitäisi olla vakiokäytäntö kaikille hyvämaineisille yrityksille (esim. HP:llä oli äskettäin samanlainen ongelma joidenkin tulostinmalliensa kanssa, ja he kutsuivat takaisin kaikki käyttökelvottomiksi jääneet tulostimet, koska niitä ei voitu korjata etäyhteydellä). Koska olen työskennellyt kalliiden tutkimuslaitteiden parissa, luulen ymmärtäväni tämän toimenpiteen taustalla olevan ajattelutavan. Laitteen tuntemus on erittäin tärkeää. Jos joudut joskus ostamaan laitteen, valitset lähes aina sen merkin, jonka käytön jo osaat. Kun ostimme Äkta Avantin vuonna 2016, olimme käyttäneet Äkta Exploreria jo edelliset 20 vuotta. Jos käytät iPhonea, käytät sitä todennäköisesti siksi, että edellinen mallisi oli myös iPhone. Tästä näkökulmasta katsottuna Bio-Radin päätös on hyvin järkevä. Tällä hetkellä Bio-Rad on uusin laitteemme sen jälkeen, kun jätimme Äkta Avantin lääketieteelliseen tiedekuntaan/Biomedicumiin  muutettuamme farmasian tiedekuntaan. Jos Bio-Rad NGC toimisi, käyttäisimme sitä kaikessa opetus- ja tutkimustyössämme ja perehdyttäisimme monia ihmisiä sen käyttöön. Saimme juuri UV-moduulin takaisin korjauksesta, ja odotamme nyt, että laitteen reagoimattomuus ja epäonnistunut laiteohjelmistopäivitys korjataan, mikä todennäköisesti vaatii huoltoteknikon käynnin.

Kaksi on parempi kuin yksi

Olemme kuitenkin jo päättäneet, että investoimme pitkällä aikavälillä täysin uuteen FPLC-järjestelmään. Vaikka NGC:llä ei ollutkaan edellä mainittuja ongelmia, sen käyttöä varten jouduttiin toisinaan jonottamaan. Käyttäjien määrä on kasvanut tasaisesti siitä lähtien, kun liityimme tiedekuntaan. Olemme käyttäneet Äkta Explorer -laitettamme lähes 20 vuotta, ja tiedekunnan NGC on noin kymmenen vuotta vanha. Mutta täysin uuden huippuluokan FPLC:n ostaminen edellyttää meiltä 100k:n tai jopa hieman suuremman summan varaamista. Rahojen hankkiminen kesti noin kaksi vuotta vuonna 2015. Rahoitustilanne ei ole parantunut sen jälkeen. Siksi pelkään, että emme jälleen kerran pysty maksamaan huoltosopimusta.