Vanhojen plasmidi-karttatiedostojen avaaminen

Uutta kloonausprojektia varten tarvitsimme pääsyn erään vanhan rakenteeni (pSecTagN2, joka oli [pMosaic]( https://doi.org/10.1074/jbc:n  edeltäjä)M511593200), eli pSecTagI), jonka olin koonnut useista eri lähteistä vuonna 1999. Vuonna 1999 työskentelin Kari Alitalon laboratoriossa  tohtoriopiskelijana. Olimme teknologian ”kärjessä”, sillä käytimme Gene Construction Kit  (GCK) -nimistä ohjelmistoa kloonausprosessiemme seurantaan. Viime keskiviikkona käytin neljä tuntia työajastani yhden tiedoston avaamiseen, joka oli luotu GCK-versiolla 2.5 vuonna 1999.

Gene Construction Kit

GCK:lla oli se erikoisuus, että se ei tallentanut rakennelman historiaa. Oli kuitenkin mahdollista luoda manuaalisesti niin sanottuja Illustration-tiedostoja (tiedostotunniste .gci), joita voitiin käyttää monimutkaisten kloonausprojektien manuaaliseen dokumentointiin sekä kuvien luomiseen käsikirjoituksiin tai esityksiin. Olin todellakin luonut tällaisen .gci-tiedoston pSecTagI:n rakentamista varten, ja se sisältääkin yksityiskohtaisen kuvauksen kloonauksesta. Ja koska en koskaan poista mitään, tiedosto oli edelleen kansiossani ”Documents/Sequences/GCK/pSecTag/pSecTagI”. Mutta miten sen saisi auki? Itse GCK-sekvenssitiedostot voidaan avata nykyaikaisella DNA-konstruktien kartoitus- ja kloonausohjelmistolla SnapGene  . Olimme käyttäneet GCK:ta vuoteen 2013 asti, jolloin korvasimme sen paljon paremmin suunnitellulla ja monipuolisemmalla SnapGene-ohjelmistolla. SnapGene ei kuitenkaan pysty avaamaan .gci-tiedostoja (kuvatiedostot).

macOS:n päivittäminen ja jatkuvasti häiritsevien ponnahdusikkunoiden poistaminen

Tämän tiedoston avaamiseksi minun piti asentaa GCK yhdelle tietokoneistani. Minun piti käyttää vanhaa vuoden 2013 MacBookia, koska GCK toimii vain Mac- ja Windows-koneilla, ja kaikissa PC-koneissani on Linux. Vuoden 2013 MacBook oli päivitetty macOS 10.15:een (Catalina) ehkä vuosi sitten, kun käytin sitä viimeksi. Käynnistyksen jälkeen jouduin ensin asentamaan valtavan määrän päivityksiä, ilman joita minua pommitettiin jatkuvasti ponnahdusikkunoilla, joissa minua pyydettiin poistamaan ”Pulse Secure” ja ”navlibx”. Noin kahden tunnin kuluttua olin ladannut ja asentanut kaikki päivitykset ja pystyin jopa poistamaan ”Pulse Securen” manuaalisesti ( Pulse Secure  oli se hirvittävän turvaton ”turvallisen viestinnän” työkalu, jota yliopiston IT-osasto halusi koko yliopiston käyttävän muutama vuosi sitten. IT-osasto tajusi pian, että lisenssimaksut tulisivat liian kalliiksi, jotta kaikki voisivat käyttää VPN:ää, ja siksi yliopistollamme oli käytössä kaksi rinnakkaista VPN-ratkaisua: Pulse Secure ja OpenVPN  (jälkimmäinen on ilmainen). Sitten kävi ilmi, että Pulse Secure vain teeskenteli olevansa turvallinen. Toivottavasti IT-osasto on oppinut, että turvallisuutta ei voi ostaa rahalla. Mutta tietenkin tällä hetkellä IT-osastomme on jälleen toivottoman jäljessä, kun kaikki muut ovat siirtymässä WireGuardiin  , joka on konseptiltaan yksinkertaisempi ja suorituskykyisempi.

GCK 4.5 ei toimi macOS 10.15 Catalinassa eikä tule koskaan toimimaan

Kun olin ladannut ja asentanut GCK:n (joka oli sillä välin päivitetty versioon 4.5), sovelluksen kuvake näkyi harmaana ja yliviivattuna: Tämä sovellus on liian vanha toimimaan macOS 10.15:ssä (joka on itsekin jo 2,5 vuotta vanha). Toisin kuin Windows, joka pyrkii pitkälti säilyttämään taaksepäin yhteensopivuuden, macOS näyttää tekevän jatkuvasti muutoksia, jotka rikkovat vanhemman ohjelmiston toiminnan. Kävin GCK:n kotisivulla, mutta en löytänyt mitään FAQ-osiosta. Tarvitsin Googlen apua löytääkseni tämän GCK:n kehittäjien blogikirjoituksen: https://www.textco.com/blog/2020/09/gck-gi-not-supported-under-mac-os-10-15-catalina/En  ollut kovin yllättynyt huomatessani, että GCK on nyt melkein abandonware  . GCK:lle ei ole tullut mitään ominaisuuspäivityksiä ehkä kymmeneen vuoteen. Nyt tuntuu kuitenkin petokselta jatkaa tämän ohjelmiston myyntiä, kun se ei edes toimi täysin päivitetyillä käyttöjärjestelmillä. En tiedä, toimiiko GCK:n Windows-versio Windows 11:ssä, mutta olettaisin, että toimii. Ainoa Windows 11 -koneeni on kuitenkin käytössä yliopistolla, koska se on ainoa käyttöjärjestelmä, joka pystyi ohjaamaan Bio-Rad FPLC -laitettamme sen firmware-päivityksen jälkeen (oletan, että ongelmana ei ole Windows 10, vaan pikemminkin yliopistomme lisäosat, todennäköisesti palomuurin asetukset tai virustorjuntaohjelmisto).

Tarvitaan virtualisoitu macOS <10.15: Parallels

Joten minun on ajettava vanhempi macOS-versio emulointitilassa. VirtualBox  olisi ensisijainen valintani. macOS:n ajaminen vieras-käyttöjärjestelmänä  on mahdollista VirtualPC:llä, mutta käytännössä erittäin vaikeaa toteuttaa (yritin sitä kerran ilman menestystä). Suositeltu ratkaisu on Parallels  . Valitettavasti Parallels lopetti ilmaisen Parallels Lite -version tarjoamisen noin 1,5 vuotta sitten. Minulla on kyllä vanha lisenssi täysversioon, mutta asennuslevy ja lisenssitiedot ovat laboratoriossa, ja työskentelen kotona. Ladasin kokeiluversion olettaen, että yksi kuukausi olisi riittävä aika muuntaa GCK-kuvatiedostot… hyvä kysymys! Miksi? Ainoa mahdollisuus taitaa olla tulostaa nämä kuvitukset PDF-tiedostoiksi.

Parallels ei riitä, tarvitsemme vanhan asennuskuvan

Asennuksen jälkeen Parallels löysi heti 10.14-asennusohjelman, joka oli vielä kiintolevylläni noin kolme vuotta sitten tehdyn High Sierra -päivityksen jäljiltä. Asennus kuitenkin epäonnistui (vaikka päivitys High Sierraan oli onnistunut samalla asennuskuvalla). Yritin lukea SuperDrivesta fyysistä asennuslevyä, jolla oli MacOS 10.7 (Lion), mutta Parallels ei edes tunnistanut levyä. Joten aloin luoda kuvatiedostoa levystä, mikä kesti vielä tunnin: asennus-DVD on 9 vuotta vanha. Mutta asennus kuvatiedostosta onnistui.

Tiedostojen siirtäminen virtualisoituun MacOS 10.7:ään ja sieltä pois

Tiedoston siirtäminen virtuaalikoneeseen oli toinen lähes mahdoton tehtävä. Ajattelin aluksi, että Parallelsissa on varmasti sisäänrakennettu tiedostojen jakaminen vieras- ja isäntäkoneen välillä. Niin onkin, mutta en löytänyt vierasjärjestelmän lisäosia, joita tämän toimimiseen tarvitaan. Sitten ajattelin käyttää paikallisverkkoa tiedostojen siirtämiseen. Se näytti toimivan, mutta kun yhteyden piti muodostua, sain vain virheilmoituksen ”Yhteyden muodostaminen epäonnistui”. Sitten ajattelin kirjautua Gmail-tiliini vieraskoneessa ja lähettää tiedoston itselleni sähköpostitse. Mielenkiintoista kyllä, mikään MacOSX 10.7:n uusimmista Safari-, Firefox- tai Chrome-selaimista ei onnistunut kirjautumaan Gmail-tiliini. Sen jälkeen päätin, että minun pitäisi laittaa tiedosto jonnekin internetiin ja ladata se sitten selaimella. Joten latasin tiedoston verkkopalvelimelleni ja tein siitä julkisesti saatavilla olevan. Ainoa selain, joka pystyi muodostamaan yhteyden, oli kuitenkin Chrome, mutta sekään ei suostunut lataamaan tiedostoa, koska tietokoneeni järjestelmäkello oli asetettu väärin (mikä on varmasti virheellinen virheilmoitus, koska se oli asetettu oikein Applen eurooppalaisen aikapalvelimen avulla). Ottaakseni käyttöön Parallelsin isäntä-vieras-tiedostojen jakamistoiminnon aloitin päivittämällä macOS 10.7:n (Lion), mikä vei jälleen ehkä puoli tuntia. Sen jälkeen asennusväline todellakin liitettiin, ja pystyin asentamaan Parallels Tools -ohjelmiston sekä ottamaan tiedostojen jakamisen käyttöön, minkä jälkeen onnistuin lopulta kopioimaan tiedoston virtuaalikoneen Document-kansioon.

Tulostaminen PDF-tiedostoksi

Tiedosto avautui ilman ongelmia. GCK itse pystyy viemään tiedostoja vain JPG- ja PICT-muotoon. Olen nähnyt PICT  -tiedostoja viimeksi ehkä vuonna 1999, ja JPG-tiedostojen laatu on kauheaa. ”Julkaisukelpoiset kuvat” tuntuu hieman liioitellulta. Ajattelin kuitenkin tulostaa PDF-tiedostoksi. Koska tulostinta ei kuitenkaan ollut asennettuna, en voinut tulostaa PDF:ksi. Ymmärtääkseni Applen Quarz on pohjimmiltaan PDF, mutta miksi en sitten voi tulostaa PDF:ksi? Muistan, että olen tehnyt niin aikoinaan, mutta nyt tämä vaihtoehto puuttui kokonaan, sillä en saanut edes tulostusvalintaikkunaa esiin, kun napsautin ”Tulosta”-painiketta GCK:n käyttöliittymässä. PDF-tiedostoon tulostaminen kuitenkin toimi normaalisti, kun yritin tulostaa muista 10.7-sovelluksista. Ainoastaan GCK-ohjelma ei suostunut edes avaamaan tulostusvalintaikkunaa.

Nukkutulostinohjain

Arvelin, että minun pitäisi asentaa tulostinohjain, jotta tulostusvalintaikkuna avautuisi. Mutta miten se olisi mahdollista ilman tulostinta? Tein sen käyttämällä IP-tulostusta, joka osoitti paikallisverkossa olevaan valepuhelinosoitteeseen. Yrittäessään pitkään ottaa yhteyttä tulostimeen OS X luovutti ja tarjosi minulle mahdollisuuden jatkaa ilman tulostimen vastausta. Sen jälkeen pystyin tulostamaan PDF-tiedostoksi. Ainoa tapa saada A3-paperikoko (jotta koko rakennekuva mahtuu yhdelle sivulle) on kuitenkin asettaa oletuspaperikooksi A3 ja käyttää sitten Esikatselu-toimintoa. Jos tulostat suoraan PDF-tiedostoksi, ajuri jakaa suuret piirrokset useille A4-sivuille. Vain tulostusesikatselun tallentaminen tuottaa A3-sivukokoa käyttävän PDF-tiedoston, jolloin suuret piirrokset pysyvät yhdellä sivulla.

Yhteenveto

Kymmenen vuotta riittää tekemään joidenkin digitaalisten asiakirjojen palauttamisesta lähes mahdotonta. Mitä erikoisempi ohjelmisto on, sitä suurempi ongelma on. Jos se käyttää dokumentoimatonta, omaa tiedostomuotoa, tilanne voi muuttua ratkaisemattomaksi. Minulla on muutama vektori-kartta MacVector-muodossa (uskoakseni versio 6). Nämä on luonut Marika Kärkkäinen ehkä suunnilleen samaan aikaan kuin GCK-tiedostoni. Minulla ei kuitenkaan ole lisenssiä sellaiseen MacVector-versioon, joka toimisi MacOSX:ssä tai macOS:ssa, joten en ole pystynyt avaamaan näitä tiedostoja enää ehkä 15 vuoteen, siitä lähtien kun MacOS9-yhteensopivuuskerros poistettiin MacOSX:stä. Olen säilyttänyt autotallissani vanhan PowerBook G3 Kanga -tietokoneeni (jonka ostin 27 000 Suomen markalla vuoden 1998 alussa), mutta minulla ei ole aavistustakaan, käynnistyisikö se enää lainkaan. Tarkistaessani, ovatko tietoni ajan tasalla, huomasin juuri, että nyt on saatavilla ilmainen versio MacVectorista  , jossa on rajoitettu ominaisuusvalikoima. Ainakin voin avata Marikan vanhat plasmidi-kartat (edellyttäen, että minulla on toimiva macOS-tietokone).

Entä SnapGene?

Käytämme tällä hetkellä SnapGeneä kloonausprojektien suunnitteluun ja dokumentointiin. Se on – GCK:n tavoin – kaupallinen ohjelmisto, joka voi kadota milloin tahansa ilman, että meillä on mitään keinoja vaikuttaa asiaan. Vaikka SnapGene onkin huomattavasti parempi kuin GCK, kaupalliset yritykset eivät kehitä ohjelmistoja siksi, että haluaisivat helpottaa elämäämme. Ne kehittävät ohjelmistoja ansaitakseen rahaa, ja heti kun ne lakkaavat tuottamasta voittoa, ne lopettavat ohjelmiston tuen. SnapGene on vakiintunut alan de facto -standardiksi, eikä näytä todennäköiseltä, että se katoaisi lähiaikoina. Sama pätee kuitenkin myös Vector NTI:hin 10 vuotta sitten, mutta Thermo Fisher lopetti sen silti  viime vuonna. Siksi olisi tärkeää ajaa SnapGenin omaa tiedostomuotoa koskevan avoimuuden asiaa. Tai ainakin aloittaa sen käänteissuunnittelu.