SnapGene ja osittaiset restriktioentsyymihajotukset uudelleen tarkasteltuna

SnapGene on ohjelmisto laboratoriossa työskenteleville molekyylibiologeille, jotka tekevät paljon kloonaustyötä (konstruktien suunnittelu ja annotointi). Siitä lähtien, kun viimeksi kirjoitin SnapGene-ohjelmistosta ( https://www.snapgene.com/  ), on tapahtunut monia hyviä asioita:

1. Snapgen-palvelin: http://www.snapgene.com/products/snapgene_server/  . Jos haluat julkaista konstruktisi verkossa, tämä on hyvä vaihtoehto. Kokeilin sitä, ja sen käyttöönotto on melko helppoa.
2. Proteiinisekvenssien tuki: Tämä on vielä kokeiluvaiheessa, ja monet vaihtoehdot ovat harmaana (ainakin minun versiossani). SnapGene keskittyy ominaisuuksien nopeaan toteuttamiseen, ja dokumentaatio jää usein jälkeen. Minulle tämä ominaisuus ei ole välttämätön, koska teen suurimman osan proteiinisekvenssityöstäni BioPythonilla tai EMBOSSilla. Ymmärrän kuitenkin, että tästä olisi hyötyä laboratoriotutkijoille, jotka haluavat saada työtä nopeasti tehtyä ilman, että joutuvat viettämään tunteja Biopython-skriptin kirjoittamiseen tai EMBOSS-komentojen syntaksin opetteluun.
3. Kokoelmien tuki: Kokoelma on yksinkertaisesti kansio, joka sisältää SnapGene-tiedostoja. Ohjelma pystyy lukemaan kaikki kyseisen kansion tiedostot, ja kokoelmaan voi suorittaa toimintoja (esim. etsiä tiettyä sekvenssiä).

SnapGene ei kuitenkaan ole vieläkään toteuttanut ominaisuutta, jota toivoisimme: osittaisia restriktioentsyymipilkkauksia. Tämä on kätevää, kun teet analyyttisen pilkkomisen etkä ole lisännyt tarpeeksi entsyymiä. Tai entsyymi oli jo suurimmaksi osaksi menettänyt aktiivisuutensa. Tällöin saat tyypillisesti monimutkaisen kuvion, josta voit hyvin usein päätellä (jonkin verran vaivaa nähden), onko konstruktisi kunnossa vai ei. Tämä vaatii kuitenkin kaikkien mahdollisten fragmenttien pituuksien laskemista käsin, mikä voi olla melko työlästä, jos olet käyttänyt esimerkiksi kahta entsyymiä, jotka molemmat leikkaavat DNA:ta useista kohdista. Juuri tällainen työ sopii erinomaisesti tietokoneille! Joskus haluat myös tehdä osittaisen pilkkomisen tarkoituksella. Esimerkiksi jos haluat eristää insertin, joka voidaan leikata pois vain restriktioentsyymillä, joka leikkaa myös insertin sisällä, kuten kuvassa on esitetty: Huolimatta kahdesta ylimääräisestä BssHII-leikkauksesta sekvenssin sisällä on mahdollista eristää 1985 bp:n pituinen BssHII-SalI-fragmentti.Monet yritykset ja laboratoriot ovat alkaneet käyttää SnapGene-ohjelmistoa (monet niistä suosituksiemme perusteella). Niiden joukossa on Addgene, erittäin hyödyllinen voittoa tavoittelematon jakelukanava DNA-konstruktioille ( https://www.addgene.org/news/addgene-upgrades-plasmid-maps-snapgene-server-software/  ). Jos harkitset lisenssin ostamista, saat 10 %:n alennuksen käyttämällä sähköpostiosoitteeni ( michael@jeltsch.org ) alennuskoodina. PÄIVITYS (17.7.2020): SnapGene muuttaa lisensointijärjestelmäänsä (ei enää pysyviä lisenssejä, vain vuosittaiset tilausmaksut). Myös suosittelualennuskoodit on lakkautettu (tästä syystä yllä oleva teksti on yliviivattu).